UNIVERSITEIT GENT FACULTEIT FARMACEUTISCHE WETENSCHAPPEN Vakgroep Farmaceutische Analyse Drug Quality and Registration (DruQuaR) Group Academiejaar 2010 - 2011 Vergelijking van methoden voor de activiteitsbepaling van asparaginase Jochem VANCOILLIE Eerste Master in de Geneesmiddelenontwikkeling Promotor Prof. Dr. Apr. B. De Spiegeleer Commissarissen Prof. Dr. D. Deforce Prof. Dr. apr. H. Robays
81
Embed
UNIVERSITEIT GENT FACULTEIT FARMACEUTISCHE … · 2012-03-14 · UNIVERSITEIT GENT FACULTEIT FARMACEUTISCHE WETENSCHAPPEN Vakgroep Farmaceutische Analyse Drug Quality and Registration
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
UNIVERSITEIT GENT
FACULTEIT FARMACEUTISCHE WETENSCHAPPEN
Vakgroep Farmaceutische Analyse
Drug Quality and Registration (DruQuaR) Group
Academiejaar 2010 - 2011
Vergelijking van methoden voor de activiteitsbepaling van
asparaginase
Jochem VANCOILLIE
Eerste Master in de Geneesmiddelenontwikkeling
Promotor
Prof. Dr. Apr. B. De Spiegeleer
Commissarissen
Prof. Dr. D. Deforce
Prof. Dr. apr. H. Robays
UNIVERSITEIT GENT
FACULTEIT FARMACEUTISCHE WETENSCHAPPEN
Vakgroep Farmaceutische Analyse
Drug Quality and Registration (DruQuaR) Group
Academiejaar 2010 - 2011
Vergelijking van methoden voor de activiteitsbepaling van
asparaginase
Jochem VANCOILLIE
Eerste Master in de Geneesmiddelenontwikkeling
Promotor
Prof. Dr. Apr. B. De Spiegeleer
Commissarissen
Prof. Dr. D. Deforce
Prof. Dr. apr. H. Robays
AUTEURSRECHT
“De auteur en de promotor geven de toelating deze masterproef voor consultatie
beschikbaar te stellen en delen ervan te kopiëren voor persoonlijk gebruik. Elk ander gebruik
valt onder de beperkingen van het auteursrecht, in het bijzonder met betrekking tot de
verplichting uitdrukkelijk de bron te vermelden bij het aanhalen van de resultaten uit deze
masterproef.”
DATUM
Promotor Auteur
Prof. B. De Spiegeleer Jochem Vancoillie
DANKWOORD
Graag had ik een pagina de tijd genomen om een aantal mensen te bedanken zonder wiens hulp deze thesis nooit
tot stand had kunnen komen.
Vooreerst wil ik mijn promotor en tevens persoonlijke begeleider, professor Bart De Spiegeleer, bedanken. Niet
enkel voor de opportuniteit om aan dit onderzoek deel te nemen, maar ook voor de tijd die hij voor mij
vrijmaakte in zijn drukke dagen om mij te begeleiden, mijn kritische geest aan te scherpen en mij talloze nieuwe
inzichten te verschaffen. Het vertrouwen, de zelfstandigheid en de verantwoordelijkheid die mij werden
toevertrouwd, zullen niet enkel waardevol gebleken zijn voor deze thesis, maar ook voor de verdere stappen in
mijn carrière.
Daarnaast wil ik ook het voltallige personeel van DruQuaR bedanken, die altijd klaar stonden om naar mijn
vragen te luisteren, zijnde praktisch of theoretisch, en deze naar het beste van hun vermogen te beantwoorden.
Deze mensen waren echter meer dan een vraagbaken, ze maakten de tijd in het labo aangenaam. De sporadische
babbels waren een aangename afwisseling.
Verder wil ik ook mijn medestudenten en vrienden in de kijker zetten, daar zonder vriendschap en steun van hen
deze afgelopen 4 jaar minder gemakkelijk zouden verlopen zijn. Ook mijn vriendin mag hierin niet ontbreken,
zij heeft namelijk een groot deel van mijn frustraties tijdens deze 12 weken getemperd en altijd het volste
vertrouwen in mij getoond.
Maar mijn grootste dank gaat uit naar mijn ouders die zich gedurende 22 jaar lang reeds belangeloos hebben
ingezet voor mij, zowel gedurende goede als slechte periodes. De kans om deze studies aan te vangen is aan hen
te danken, het latere succes dat ik hopelijk zal genieten zal een resultaat zijn van hun harde werk, hun opvoeding
Vooraleer het afgenomen supernatans kan worden gebruikt, moet deze verdund
worden in functie van de methode gezien de verschillende werk-concentraties. Tabel 4.2
geeft de verdunningsfactoren en uiteindelijke concentraties weer.
Tabel 4.2: Verdunningsreeks
Protocol Verdunningsfactor Eindconcentratie te meten product (ppm)
Nessler 1/100 6,39
Berthelot 1/1000 0,639
Indooxine 1/100 6,18
Glutamaat Dehydrogenase 1/100 6,39
Aspartaat Transaminase 1/250 19,97
Hieronder vindt men de resultaten van de methodenevaluatie. Ieder staal werd
standaard in twee- of drievoud bereid. Gemiddelden, st. dev. (standaard deviatie) en RSD
(relatieve standaard deviatie) worden gegeven van de verschillende stalen, alsook de
resultaten van de one-way ANOVA en Post-Hoc analyses (Tukey’s HSD (Honestly Significant
Difference), Bonferroni en LSD (Least Significant Difference)).
4.6.2. Nessler
Tabel 4.3 toont de gemeten waarden van de stalen onderworpen aan de Nessler
methode. De RSD’s van deze stalen hebben een waarde die lager is dan 2,5: dit is de door
ons opgelegde grens waaronder we de herhaalbaarheid als aanvaardbaar definiëren.
38
Tabel 4.3: Nessler
Staal Absorbantie425 nm Statistiek
Staal W1 0,877 Gemiddelde: 8,72E-01
Staal W2 0,872 St. Dev.: 5,00E-03
Staal W3 0,867 RSD: 5,73E-01
Staal B1 0,862 Gemiddelde: 8,61E-01
Staal B2 0,862 St. Dev.: 2,31E-03
Staal B3 0,858 RSD: 2,68E-01
Staal A1 0,862 Gemiddelde: 8,54E-01
Staal A2 0,847 St. Dev.: 7,64E-03
Staal A3 0,852 RSD: 8,95E-01
Staal BSA1 0,849 Gemiddelde: 8,58E-01
Staal BSA2 0,866 St. Dev.: 8,54E-03
Staal BSA3 0,859 RSD: 9,96E-01
Figuur 4.7: Plot Nessler
De Levene homogeniteitstest van de variantie leverde een Levene statistiek waarde op van
1,170 met significantie 0,380. Vervolgens gaf een one-way ANOVA analyse ons een F(3,8) =
4,549 met significantie 0,038. Gezien onze F-waarde statistisch significant is, kunnen we
besluiten dat minstens een van de gemiddelden statistisch verschillend is van de andere.
Omwille hiervan werden Post-Hoc testen uitgevoerd en deze wezen uit dat er een significant
39
verschil is tussen de staal W- en staal A-populatie (Tukey HSD, Bonferroni en LSD) en tussen
de staal W- en staal BSA-populatie ( enkel LSD). Er worden 2 homogene subsets gedefinieerd,
namelijk staal W-staal B-staal BSA en staal B-staal A-staal BSA. Figuur 4.7 geeft grafisch de
resultaten weer. De resultaten van de Levene-, ANOVA- en Post Hoc-testen vindt men terug
in Bijlage 7.
4.6.3. Berthelot
In Tabel 4.4 worden de gemeten waarden getoond van de stalen die werden
onderworpen aan de Berthelot methode. Deze stalen hebben RSD’s met een waarde die
lager is dan 2,5, wat een goede herhaalbaarheid aantoont.
Tabel 4.4: Berthelot
Staal Absorbantie633
nm Statistiek
Staal W1 0,612 Gemiddelde: 6,12E-01
Staal W2 0,608 St. Dev.: 3,51E-03
Staal W3 0,615 RSD: 5,74E-01
Staal B1 0,624 Gemiddelde: 6,25E-01
Staal B2 0,624 St. Dev.: 2,31E-03
Staal B3 0,628 RSD: 3,69E-01
Staal A1 0,632 Gemiddelde: 6,28E-01
Staal A2 0,623 St. Dev.: 4,73E-03
Staal A3 0,630 RSD: 7,52E-01
Staal BSA1 0,625 Gemiddelde: 6,22E-01
Staal BSA2 0,619 St. Dev.: 3,06E-03
Staal BSA3 0,621 RSD: 4,91E-01
40
Figuur 4.8: Plot Berthelot
De Levene statistiek gaf ons een waarde 0,741 met significantie 0,557, wat ons toeliet
om een ANOVA uit te voeren. Deze ANOVA resulteerde in F(3,8) = 12,800 met significantie
0,002. Met andere woorden, de vier stalen komen niet uit eenzelfde populatie. De Post-Hoc
testen toonden aan dat de W-stalen statistisch significant verschillend zijn van de drie
andere stalen, zoals Figuur 4.8 visueel weergeeft. De detailresultaten van de statistische
testen vindt men terug in bijlage 8.
4.6.4. Indooxine
De gemeten waarden van de stalen van de indooxine methode vindt men terug in
Tabel 4.5. De waarden van de RSD’s zijn kleiner dan 2,5. De Levene statistiek had een waarde
0,075 en significantie 0,972, waardoor we een ANOVA konden uitvoeren. Deze one-way
ANOVA gaf een F(3,8) = 36,975 met significantie 4,9 x 10-5. De F waarde was significant,
waardoor we Post-Hoc analysesuitvoerden die aantoonden dat er een statistisch significant
verschil is tussen de populatie van staal W en de andere stalen. De 2 homogene subsets
41
worden grafisch weergegeven in Figuur 4.9. De resultaten van de statistische testen vindt
men terug in bijlage 9.
Tabel 4.5: Indooxine
Staal Aborbantie705 nm Statistiek
Staal W1 0,664 Gemiddelde: 6,51E-01
Staal W2 0,637 St. Dev.: 1,35E-02
Staal W3 0,652 RSD: 2,08E+00
Staal B1 0,5701 Gemiddelde: 1,12E+00
Staal B2 0,5491 St. Dev.: 2,15E-02
Staal B3 0,5591 RSD: 1,92E+00
Staal A1 0,5781 Gemiddelde: 1,15E+00
Staal A2 0,5641 St. Dev.: 2,36E-02
Staal A3 0,5871 RSD: 2,05E+00
Staal BSA1 0,5881 Gemiddelde: 1,16E+00
Staal BSA2 0,5841 St. Dev.: 1,99E-02
Staal BSA3 0,5691 RSD: 1,71E+00 1 ) Deze waarden zijn gecorrigeerde waarden, de concentratie bedroeg 12.34 ppm tov 6.18 ppm voor de waarden van referentie
Figuur 4.9: Plot Indooxine
42
4.6.5. Glutamaat Dehydrogenase
Tabel 4.6 geeft de gemeten waarden weer van de stalen van de Glutamaat
1) De waarde tussen haakjes is het aantal reagentia dat met deze producten wordt bereid.
De parameter “Aantal producten” geeft weer hoeveel verschillende producten er
nodig zijn om de nodige reagentia te bereiden, stockoplossingen en water niet inbegrepen.
De waarde tussen haakjes is het aantal reagentia dat hiermee wordt bereid.
De parameter “Tijd” is de tijd nodig om de proef uit te voeren. Het correct afwegen
of pipetteren van 1 product wordt gerekend op een halve minuut, het bereiden van een
reagens op 1 minuut. Voor verwarmen, afkoelen, schudden, etc. worden de aangegeven of
werkelijke tijden in rekening gebracht.
De parameter “Prijs” weerspiegelt de kost om de proef uit te voeren op 1 staal.
48
De parameter “Moeilijkheidsgraad” Vergelijking 5.2 weergegeven:
(5.2)
#R: het aantal gemaakte reagentia
#pH: het aantal opgegeven pH-verificatie/correcties.
#T: Het aantal stappen die een specifieke temperatuur vereisen
#t: Het aantal stappen met een kritische tijdsduur. Deze worden een gewicht van 2
toegekend.
Nessler blijkt de eenvoudige en goedkoopste methode te zijn met een relatief korte
tijdsduur, waardoor deze aan de hand van de niet-statistische descriptoren als eerste keuze
wordt genomen. Een tweede plaats werd toegekend aan Berthelot, met een lage
moelijkheidsgraad en relatief lage kost. Glutamaat Dehydrogenase, met zijn vergelijkbare
moeilijkheidsgraad ten opzichte van Berthelot maar een kostprijs die tweemaal zo hoog ligt,
is volgens deze niet-statistische methodenvergelijken de derde aangewezen methode.
Indooxine volgt als vierde methode en Aspartaat Transaminase maakt het lijstje af met een
hoge moelijkheidsgraad en kostprijs.
Samenvattend kan men stellen dat Berthelot de eerst aangewezen keuze is, daar de
statistische eigenschappen zwaarder doorwegen dan de niet-statistische, gevolgd door
Nessler. Indooxine krijgt de derde plaats toebedeeld, daar deze statistisch iets beter is dan
Glutamaat Dehydrogenase door de lagere LoD en betere gevoeligheid. De minst aangewezen
keuze van deze methodenvergelijking is de Aspartaat Transaminase methode.
49
6. ALGEMEEN BESLUIT
Voor ieder van de vijf asparaginase activitetisbepalingsmethoden is een protocol
opgesteld en geëvalueerd. In principe zijn alle methoden geschikt om opgenomen te worden
in de verdere onderzoeksfase naar de activiteit en stabiliteit van asparaginase. Verscheidene
statistische en niet-statistische selectiecriteria werden opgesteld en geëvalueerd, teneinde
een finaal protocol te kiezen. Aan de hand van alle beschikbare gegevens, en het
orthogonaliteitsprincipe verwaarlozend, hebben we de keuze laten vallen op zowel Nessler
als Berthelot.
De Berthelot methode vertoont de laagste LoQ en de hoogste sensitiviteit. Dit laat
ons toe minieme wijzigingen in concentratie met hoge nauwkeurigheid te detecteren.
Daardoor is deze methode uiterst geschikt om op te nemen in de latere stabiliteitsstudies,
daar kleine veranderingen in de stabiliteit van het enzym mogelijks kleine verschillen in
enzymactiviteit kunnen teweegbrengen. De lineariteit en herhaalbaarheid voldoen aan onze
vooropgestelde eisen en de niet statistische kenmerken maken van deze methode een snelle,
gemakkelijke en relatief goedkope kwantitatieve test. Deze criteria samen maken van
Berthelot de voor ons meest geschikte methode.
De Nessler methode wordt als tweede methode gekozen gezien deze methode de
tweede laagste LoQ en tweede hoogste sensitiviteit heeft, waardoor we met deze methode
reeds lage concentraties kunnen detecteren, alsook kleine stijgingen in concentratie kunnen
waarnemen. Deze methode heeft een lagere kostprijs, moeilijkheidsgraad en tijdsduur dan
Berthelot. Door deze eigenschappen, samen met het hogere bovenlimiet waardoor
concentraties hoger dan 1,1 ppm kunnen worden bepaald, hebben er toe geleid dat ook
deze methode in de verdere stabiliteitsstudies kan worden opgenomen.
50
7. LITERATUURLIJST
Afkhami, A.; Norooz-Asl, R. (2008). Micelle-Mediated Extraction and Spectrophotometric Determination of Ammonia in Water Samples utilizing Indophenol Dye Formation. Journal of the Brazilian Chemical Society, 19, 1546-1552.
Aghaiypour, K.; Wlodawer, A.; Lubkowski, J. (2001). Do bacterial L-asparaginases utilize a catalytic triad Thr-Tyr-Glu? Biochimica Et Biophysica Acta-Protein Structure and Molecular Enzymology, 1550, 117-128.
Albertsen, B. K.; Schroder, H.; Jakobsen, P.; Avramis, V. I.; Muller, H. J.; Schmiegelow, K.; Carlsen, N. T. (2002). Antibody formation during intravenous and intramuscular therapy with Erwinia asparaginase. Med Pediatr Oncol, 38, 310-316.
Avramis, V. I.; Martin-Aragon, S.; Avramis, E. V.; Asselin, B. L. (2007). Pharmacoanalytical assays of Erwinia asparaginase (erwinase) and pharmacokinetic results in high-risk acute lymphoblastic leukemia (HR ALL) patients: simulations of erwinase population PK-PD models. Anticancer Res, 27, 2561-2572.
Benjwal, S.; Verma, S.; Rohm, K. H.; Gursky, O. (2006). Monitoring protein aggregation during thermal unfolding in circular dichroism experiments. Protein Sci, 15, 635-639.
Boos, J.; Werber, G.; Ahlke, E.; Schulze-Westhoff, P.; Nowak-Gottl, U.; Wurthwein, G.; Verspohl, E. J.; Ritter, J.; Jurgens, H. (1996). Monitoring of asparaginase activity and asparagine levels in children on different asparaginase preparations. Eur J Cancer, 32A, 1544-1550.
Bruylants, G.; Wouters, J.; Michaux, C. (2005). Differential scanning calorimetry in life science: thermodynamics, stability, molecular recognition and application in drug design. Curr Med Chem, 12, 2011-2020.
Cammack, K. A.; Marlborough, D. I.; Miller, D. S. (1972). Physical properties and subunit structure of L-asparaginase isolated from Erwinia carotovora. Biochem J, 126, 361-379.
Demuthkaya, L. N.; Kalinichenko, I. E. (2006). Interaction of aliphatic polyamines with Nessler reagent. Journal of Analytical Chemistry, 61, 1063-1066.
Drainas, D.; Drainas, C. (1985). A conductimetric method for assaying asparaginase activity in Aspergillus nidulans. Eur J Biochem, 151, 591-593.
51
Edman, P. (1949). A method for the determination of amino acid sequence in peptides. Arch Biochem, 22, 475.
Franklin Township Municipal Sanitary Authority. (2006). Laboratory standard operating procedures.
Frear, D. S.; Burrell, R. C. (1955). Spectrophotometric Method for Determining Hydroxylamine Reductase Activity in Higher Plants. Analytical Chemistry, 27, 1664-1665.
Gupta, M. K.; Subramanian, V.; Yadav, J. S. (2009). Immunoproteomic identification of secretory and subcellular protein antigens and functional evaluation of the secretome fraction of Mycobacterium immunogenum, a newly recognized species of the Mycobacterium chelonae-Mycobacterium abscessus group. J Proteome Res, 8, 2319-2330.
Han, J.; Sheng, L. S.; Yang, Z. Y.; Xiang, B. R.; An, D. K. (2001). [High performance liquid chromatography/electrospray ionization mass spectrometric characterization of recombinant L-asparaginase II]. Yao Xue Xue Bao, 36, 46-50.
Khushoo, A.; Pal, Y.; Singh, B. N.; Mukherjee, K. J. (2004). Extracellular expression and single step purification of recombinant Escherichia coli L-asparaginase II. Protein Expr Purif, 38, 29-36.
Kravchenko, O. V.; Kislitsin, Y. A.; Popov, A. N.; Nikonov, S. V.; Kuranova, I. P. (2008). Three-dimensional structures of L-asparaginase from Erwinia carotovora complexed with aspartate and glutamate. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, 64, 248-256.
52
Lanvers, C.; Vieira Pinheiro, J. P.; Hempel, G.; Wuerthwein, G.; Boos, J. (2002). Analytical validation of a microplate reader-based method for the therapeutic drug monitoring of L-asparaginase in human serum. Anal Biochem, 309, 117-126.
Lau, K. T.; Edwards, S.; Diamond, D. (2004). Solid-state ammonia sensor based on Berthelot's reaction. Sensors and Actuators B-Chemical, 98, 12-17.
Leonard (1963). Quantitative Range of Nessler's Reaction with Ammonia. Clinical Chemistry, 9, 417-422.
Lorenzi, P. L.; Llamas, J.; Gunsior, M.; Ozbun, L.; Reinhold, W. C.; Varma, S.; Ji, H.; Kim, H.; Hutchinson, A. A.; Kohn, E. C.; Goldsmith, P. K.; Birrer, M. J.; Weinstein, J. N. (2008). Asparagine synthetase is a predictive biomarker of L-asparaginase activity in ovarian cancer cell lines. Mol Cancer Ther, 7, 3123-3128.
Lubkowski, J.; Dauter, M.; Aghaiypour, K.; Wlodawer, A.; Dauter, Z. (2003). Atomic resolution structure of Erwinia chrysanthemi L-asparaginase. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, 59, 84-92.
Lubkowski, J.; Palm, G. J.; Gilliland, G. L.; Derst, C.; Rohm, K. H.; Wlodawer, A. (1996). Crystal structure and amino acid sequence of Wolinella succinogenes L-asparaginase. Eur J Biochem, 241, 201-207.
Maita, T.; Morokuma, K.; Matsuda, G. (1979). Amino acid sequences of the tryptic peptides from carboxymethylated L-asparaginase from Escherichia coli. Hoppe Seylers Z Physiol Chem, 360, 1483-1495.
Moliner-Martinez, Y.; Herraez-Hernandez, R.; Campins-Falco, P. (2005). Improved detection limit for ammonium/ammonia achieved by Berthelot's reaction by use of solid-phase extraction coupled to diffuse reflectance spectroscopy. Analytica Chimica Acta, 534, 327-334.
Moorthy, V.; Ramalingam, A.; Sumantha, A.; Shankaranaya, R. T. (2010). Production, purification and characterisation of extracellular L-asparaginase from a soil isolate of Bacillus sp. African Journal of Microbiology Research, 4, 1862-1867.
Nath, C. E.; Dallapozza, L.; Eslick, A. E.; Misra, A.; Carr, D.; Earl, J. W. (2009). An isocratic fluorescence HPLC assay for the monitoring of l-asparaginase activity and l-asparagine depletion in children receiving E. colil-asparaginase for the treatment of acute lymphoblastic leukaemia. Biomed Chromatogr, 23, 152-159.
53
Papageorgiou, A. C.; Posypanova, G. A.; Andersson, C. S.; Sokolov, N. N.; Krasotkina, J. (2008). Structural and functional insights into Erwinia carotovora L-asparaginase. FEBS J, 275, 4306-4316.
Pieters, R.; Hunger, S. P.; Boos, J.; Rizzari, C.; Silverman, L.; Baruchel, A.; Goekbuget, N.; Schrappe, M.; Pui, C. H. (2011). L-asparaginase treatment in acute lymphoblastic leukemia: a focus on Erwinia asparaginase. Cancer, 117, 238-249.
Pritsa, A. A.; Kyriakidis, D. A. (2001). L-asparaginase of Thermus thermophilus: purification, properties and identification of essential amino acids for its catalytic activity. Mol Cell Biochem, 216, 93-101.
Randolph, T. R. (2004). Advances in acute lymphoblastic leukemia. Clin Lab Sci, 17, 235-245.
Sapan, C. V.; Lundblad, R. L.; Price, N. C. (1999). Colorimetric protein assay techniques. Biotechnol Appl Biochem, 29 ( Pt 2), 99-108.
Scotti, C.; Sommi, P.; Pasquetto, M. V.; Cappelletti, D.; Stivala, S.; Mignosi, P.; Savio, M.; Chiarelli, L. R.; Valentini, G.; Bolanos-Garcia, V. M.; Merrell, D. S.; Franchini, S.; Verona, M. L.; Bolis, C.; Solcia, E.; Manca, R.; Franciotta, D.; Casasco, A.; Filipazzi, P.; Zardini, E.; Vannini, V. (2010). Cell-cycle inhibition by Helicobacter pylori L-asparaginase. PLoS One, 5, e13892.
Searcy, R. L.; Simms, N. M.; Foreman, J. A.; Bergquist, L. M. (1965). A study of the specificity of the Berthelot colour reaction. Clin Chim Acta, 12, 170-175.
Shifrin, S.; Grochowski, B. J. (1972). L-Asparaginase from escherichia coli B. Succinylation and subunit interactions. J Biol Chem, 247, 1048-1054.
Stecher, A. L.; de Deus, P. M.; Polikarpov, I.; Abrahao-Neto, J. (1999). Stability of L-asparaginase: an enzyme used in leukemia treatment. Pharm Acta Helv, 74, 1-9.
Swain, A. L.; Jaskolski, M.; Housset, D.; Rao, J. K.; Wlodawer, A. (1993). Crystal structure of Escherichia coli L-asparaginase, an enzyme used in cancer therapy. Proc Natl Acad Sci U S A, 90, 1474-1478.
Tuncel, N. B.; Yilmaz, N.; Sener, E. (2010). The effect of pea (Pisum sativum L.)-originated asparaginase on acrylamide formation in certain bread types. International Journal of Food Science and Technology, 45, 2470-2476.
Verma, N.; Kumar, K.; Kaur, G.; Anand, S. (2007). L-asparaginase: a promising chemotherapeutic agent. Crit Rev Biotechnol, 27, 45-62.
54
Vrooman, L. M.; Supko, J. G.; Neuberg, D. S.; Asselin, B. L.; Athale, U. H.; Clavell, L.; Kelly, K. M.; Laverdiere, C.; Michon, B.; Schorin, M.; Cohen, H. J.; Sallan, S. E.; Silverman, L. B. (2010). Erwinia asparaginase after allergy to E. coli asparaginase in children with acute lymphoblastic leukemia. Pediatr Blood Cancer, 54, 199-205.
Wehner, A.; Harms, E.; Jennings, M. P.; Beacham, I. R.; Derst, C.; Bast, P.; Rohm, K. H. (1992). Site-specific mutagenesis of Escherichia coli asparaginase II. None of the three histidine residues is required for catalysis. Eur J Biochem, 208, 475-480.
Wilkinson, J. H.; Baron, D. N.; Moss, D. W.; Walker, P. G. (1972). Standardization of clinical enzyme assays: a reference method for aspartate and alanine transaminases. J Clin Pathol, 25, 940-944.
Wriston, J. C., Jr. (1985). Asparaginase. Methods Enzymol, 113, 608-618.
Yao, M.; Yasutake, Y.; Morita, H.; Tanaka, I. (2005). Structure of the type I L-asparaginase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii at 2.16 angstroms resolution. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, 61, 294-301.
BIJLAGE 1
Species Δ Type KM Specifieke activiteit Optimale temperatuur
(°C) Optimale pH
Moleculair gewicht Referentie
(mM) (µmol/min/mg) (dalton)
BACTERIE
Proteobacteriën
Enterobacter cloacae Verma et al., 2007
Erwinia aroidae II Lubkowski et al., 1996
Erwinia carotovora II Lubkowski et al., 1996
Erwinia chrisanthemi II Lanvers et al., 2002
Escherichia coli II Lanvers et al., 2002
Helicobacter pylori 0,29 7 140000 Scotti et al., 2010
Photobacterium leiognathi
Verma et al., 2007
Photobacterium phosphoreum
Verma et al., 2007
Proteus Vulgaris 0,026 300 57 7 Wriston et al., 1985
Pseudomonas fluorescens
II Lubkowski et al., 1996
Pseudomonas ovalis II Lubkowski et al., 1996
Pseudomonas Stutzeri II 0,145 132,3 37 9 132000 Lubkowski et al., 1996
Salmonella enterica Verma et al., 2007
Serratia marcenscens 0,1 226 8,5 147000 Verma et al., 2007
Vibrio fisheri Verma et al., 2007
Vibrio harveyi Verma et al., 2007
Vibrio succinogenes Moorthy et al., 2010
Wolinella succinogenes II 0,0478 202 7,3 146000 Lubkowski et al., 1996
Firmicutes
Bacillus mesentericus Verma et al., 2007
Brevibacillus brevis Verma et al., 2007
Staphylococcus sp.-6A 8,6 Verma et al., 2007
Deinococcus-thermus
Thermus aquaticus Verma et al., 2007
Thermus thermophilus 2,8 840 9,2 200000 Pritsa et al., 2001
Ciliophora
Tetrahymena pyriformis
Pritsa et al., 2001
Actinobacteriën
Mycobacterium phlei 0,7 Verma et al., 2007
Nocardia asterodies Verma et al., 2007
Streptomyces karnatakensis Moorthy et al., 2010
Streptomyces longsporusflavus Verma et al., 2007
Streptomyces venezualae Moorthy et al., 2010
SCHIMMEL
Ascomycota
Candida utilis Verma et al., 2007
Aspergillus nidulans Verma et al., 2007
Aspergillus niger Tuncel et al., 2010
Aspergillus oryzae Tuncel et al., 2010
Aspergillus tamari Moorthy et al., 2010
Aspergillus terreus Verma et al., 2007
Saccharomyces cerevisiae I 0,74 6,5
Verma et al., 2007
II 0,35 6,8 Verma et al., 2007
Basidiomycota
Rhodosporidium toruloides Verma et al., 2007
Rhodotorula rubra Verma et al., 2007
PLANT
Angiosperm
Arabidopsis thaliana Verma et al., 2007
Lupinus angustifolius 8,5 150000 Verma et al., 2007
Lupinus angustiplius Verma et al., 2007
Lupinus araboreus 6,6 150000 Verma et al., 2007
Lupinus arborens Verma et al., 2007
Lupinus luteus Verma et al., 2007
Lupinus polyphylus 12,2 1,65 144000 Verma et al., 2007