Enzim restriksi SMA

Enzim restriksi• Enzim Restriksi adalah suatu enzim yang bisa

memotong untaian DNA secara spesifik sesuai dengan urutan yang dikenalinya. Setiap enzim mempunyai sekuens pengenalan yang unik pada utas DNA, biasanya sepanjang 4-6pasang basa.

• Urutan nukleotida yang dikenali tersebut bersifat palindromik, yaitu suatu urutan DNA yang sama jika dibaca dengan arah berlawanan pada setiap untaiannya. Contohnya adalah HindIII dengan situs pengenalan 5’-AAGCTT-3’ (utas atas)/3’-TTCGAA-5’ (utas bawah).

• Sekuen pengenalan atau sering disebut juga situs pengenalan merupakan sekuen DNA yang menjadi tempat menempelnya enzim restriksi dan melakukan pemotongan pada sekuen tersebut.

• Enzim restriksi yang berbeda, dapat mempunyai situs pengenalan yang sama, contohnya: SacI dan SstI. Enzim yang mempunyai situs pengenalan yang sama disebut dengan istilah isoschizomers. Dalam beberapa kasus, isoschizomers juga memotong DNA pada tempat yang sama, namun beberapa tidak demikian.

• Enzim restriksi yang mempunyai sekuen pengenalan yang pendek akan menghasilkan banyak potongan DNA; sedangkan jika mempunyai sekuen pengenalan yang panjang, akan dihasilkan potongan DNA yang lebih sedikit.

Jenis-Jenis Enzim Retriksi

• Secara umum, enzim restriksi dapat dibedakan ke dalam 3 tipe, berdasarkan pada komposisi sub unit, posisi pemotongan, spesifisitas sekuen DNA, dan perlu tidaknya kofaktor.

1. Enzim tipe I merupakan enzim yang kompleks, multisubunit, kombinasi antara restriksi dan pemodifikasi yang memotong DNA pada area random yang jauh dari sisi pengenalan. Enzim ini secara biokimia mungkin banyak berfungsi di dalam sel, tetapi kurang menguntungkan untuk digunakan dalam percobaan di laboratorium.

2. Enzim tipe II memotong DNA pada posisi tertentu yang dekat atau berada di antara sekuen yang dikenalnya. Enzim ini menghasilkan fragmen-fragmen tertentu dengan pola pita-pita yang spesifik pada gel agarosa. Enzim tipe inilah yang dipakai untuk berbagai percobaan dalam analisis DNA dan kloning gen.

3. Enzim tipe III juga merupakan kombinasi restriksi dan enzim pemodifikasi. Enzim ini memotong DNA di luar sekuen yang dikenal dan memerlukan 2 sekuen yang sama pada orientasi yang berlawanan pada untai DNA yang sama untuk dapat memotong. Enzim-enzim ini jarang menghasilkan potongan yang sempurna.

Enzim Restriksi yang umum digunakan berasal dari tipe II

• Mekanisme Kerja Enzim Restriksi

Enzim restriksi memotong DNA dalam dua cara dan hasil yang berbeda, yaitu:

1. Hasil pemotongan berujung tumpul (blunt atau flush end), Enzim ini memotong secara simetris antara kedua utas DNA sehingga menghasilkan ujung tumpul. Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini adalah SmaI

2. Hasil pemotongan berujung lancip atau lengket (sticky atau cohesive ends), Pola seperti ini lebih mudah menempel (annealing) dengan pasangan DNA nya karena adanya ikatan basa antara ujung-ujung yang menggantung.

a. Ujung menggantung 5’, Enzim ini memotong secara asimetris pada situs pemotongan, menghasilkan hasil pemotongan memanjang pada ujung 5’. Contoh enzim yang menghasilkan ujung menggantung 5’ adalah BamHI

b. Ujung menggantung 3’, Enzim ini juga memotong secara asimetris pada situs pengenalan, namun menghasilkan hasil pemotongan memanjang pada ujung 3’. Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini adalah KpnI

• Penamaan Enzim RestriksiPada dasarnya, penamaan enzim restriksi diambil dari nama bakteri yang menghasilkan enzim tersebut. Seperti contohnya enzim EcoRI yang memiliki pola:

Berikut adalah contoh daftar mikroba penghasil enzim retriksi beserta sekuen pengenalnya.