Prinsip dasar elektroforesis :

Elektroforesis adalah suau proses migrasi molekul bermuatan di dalam suatu media yang bermuata listrik, dimana kecepatan migrasinya tergantung pada muatan, ukuran dan bentuk setiap molekul yang terlibat

Pada saat arus listrik diberikan, molekul bermigrasi melalui media ( biasanya berupa gel), molekul yang kecil akam bermigrasi lebih cepat daripada yang besar, sehingga akan terjadi pemisahan.

Prinsip kerja elektroforesis

Elektroforesis Kertas: merupakan jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagaifase diam dan partikel bermuatan yang terlarut (terutama ion-ion kompleks) sebagaifase gerak. Pemisahan tersebut terjadi karena adanya gradasi konsentrasi sepanjangsistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang digunakan, konsentrasi elektrolit,kekuatan ion, pH, viskositas, dan daya absopsi zat terlarut (Boyer, 2004). Boyer, R. 2004. Modern Experimental Biochemistry. California : The Benjamin Publishing Company,

Elektroforesis Gel: merupakan elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fasediam untuk memisahkan molekul-molekul seperti DNA dan protein menjadi pita-pitayang masing-masing terdiri atas molekul-molekuldengan panjang yang sama.Elektroforesis gel merupakan teknik memisahkan suatu makromolekul dengan caramemberi gaya pada makromolekul tersebut untuk melewati medium berisi gel yangdibantu dengan tenaga listrik. Elektroforesis gel memisahkan berdasarkan lajuperpindahannya melewati suatu gel di bawah pengaruh medan listrik. Media atau gelyang dapat digunakan yaitu agarose gel (elektroforesis DNA) dan poliakrilamid gel(elektroforesis protein). Laju pergerakan molekul dipengaruhi oleh ukuran molekul,konsentrasi gel, bentuk molekul, densitas muatan, pori-pori gel, voltase, dan larutanbuffer elektroforesis (Martin, 2006).. Martin, R.2006. Gel Electroforesis : Nucleid acids. Oxford : Bros Scientific Publishers Ltd.

Elektroforesis gel kanji : dengan cara menuangkan larutan kanji panas kedalam cetakan plastik, setelah dibiarkan mendingin kanji tersebut akan membentuk gel yang padat namun rapuh. Gel kanji berperan sebagai fasa diam (stationary phase) menggantikan kertas saring Whatman pada teknik terdahulu.