YOU ARE DOWNLOADING DOCUMENT

Please tick the box to continue:

Transcript
Page 1: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

��������� �� �� �������� �� �� ���������� �� �� ��� �� ����

���� �� �������� ���� �� ���� ��������� ��� ���� ������ !�� ����"���� ����� �#��� ����� $������

�� ��%������

���������� � � ��� ����� � �� ���� ��� ���� �� � ���� �� � ��� �������� �� ����� �� �� � �!" �� #$ �������� �����#��������� � ���� ��� %������ � &���� ��� '�� � �� � ���� �� � ( ��� )�$*+� #,� -�. �� /������ $,,, ( ���� ���� ��

0��� ���1 �2 3��� #,,� � ��������1 �# '���� #,,#

�&������' ���� � ��� ��4� ��� ���� ��� �� � ������������������ 5��� ��� �� 6�� � (��� )56(+ ��� � � �� ��� ���7��� � ������ ���������. 8��� �� ����� �� ��9������ �� ������� ���� � � ����� �, :- ��� � ��� �������� �� � ����. � ������� �� ��9���� ����� � � ���� �� ����� �� ���� ��� � ��9����� ��� ������� � ��� �� ��� ��; �� ��� <�� � ��� �������� �� ��������� �� �� ������� �������. 06"=/0 ����� � ��������� ���� ������ ��� � � ���� ��� ��� � 7���� ��������� ������ ��� �� ��- �� � � ���� ���������� ��"� ������� � �� ����� �� � ���� �������� � �� ���"� �� >� �� ���� �������. 6�� -������ ��9����� � ��� �� �� � �� ����� � ��� � ��� ��� ��������� �� � �����:�-�� �� � ��� � :��� ����� �� -� ������� ����� ������� � ��� � � �� ������� � ���������. 6�� ������ ���� ���� �� ��������� � � ���� ��9����� � ��� �� -����� ���� �� � � ��� -����� ����� ���� ���� ��� ����� -�� � ��� ������ � � �� � ���� ���� ���.6� � ��� � ��� ��� - �� ������� ��� : � ��������� ����" � � ���� � �� �/ ����� ��� /�� ������ �� � ������ � ���������� �������. 6�� � �� �/ �� /�� �"��� ���� ��� ������ ��� � � ��� ��� �� �������� ��. 6�� ������� � �� ��� � ���� ��� ������� ��������� <�� � �� � ������ 56( ��� � �.

� ��������� ��������� 56( )5��� ��� �� 6�� � (���+ ��"���� � ������ ���� � � ��� -�� ��� >�� �� ��� � ���� ��� � � /������ )/��+ #�. 6�� 56( ��� ������ ��"������� � (���� ?� ��;= ���� ������� )@�<�� �� ��.����+� � ? �� ���;(���� ?� �� ������� )3� �� ��. ����+��� ����� � ������� -����� (������;(���� ?� �� ��'� ��� � �� )�� A � �� ��. #,,,+. = � /�� #��. ����������� ����� � �� ���� ������� ������ �� �� ������ ���� ���� �� -������ � ��� ������� � � ������� � ��� ��� ����. ��� ����� ��� ��� "� :� ����� ����� BB)����+ ��� � ��������� ��������� �� ��� ��� >�� �� �����4� ��� ���� ��� �� ��� 56(� -������ � �� ������� ������ ����� �� � 7���� �� )%�� �� ��. ����+. 6��������� ������� � � � ���� ��� -�� �>���� )@�<���� ��. ����+.

���� � C�:�� �� �� �� *� � ��� -� ��� ��� )���+ ��� ����� ������� ����� �� ����� ����� ���� ���� � ��� ��-�� ��, :- ���� /�� ����� ��� ���� /�� )D������ ��. ���#E F��� �� ��. #,,,+. 6���� ����� ���� ���� ����� � ������ ������� ������� �� ���� -�� ����� �������� �� -������ � ��� � ������� ������� ������ ��. 6��&@60 ������ ��� �� ��� � ��� ���� ��� ��� ����� ���� � �� ������� - � �� � ��� "������� � �-�������� ��� )B��'E ����� �� ��. ����+. 6� � &@60 ��� � �7��� ��� �0@� ������ )=��� ��� �� ��. ��� E &�>�� � �� ��. ���2+��� � ��� C����� ��� ������� � ���� ���� ��������� � � )=�9����� �� ��. ���2+. 8������ �� � ������ �� ���7��� � �-��� ���:����� )&�>�� � �� ��. ���2+� ������� � �� ����"���� >� ������� ������� ��� ���� ����� ���������� �� ���� ������ �� . ���� � � ������ ������ �� � � ���� �� ��� � �, ��� ���� )' � �� ��. #,,,+. 6��>��� ���� ��� )����� �GH �� $-+ ��� "�� � ���������� �� �� ��� G� ���� ���"�� B�%# �� �� � � �2,�� �� � ��� ����. !�� �� $� �� �� H ��� �������� -� � �"� �� ������� )=�G=$+� �� �� � �� � �� � � ��� �� � �0@������� ��� ��� � � 7���� ������ ��� -�� ��� ������ � ��� )8���� <� �� ��. ���,+. 6�� � 7���� ����������� � � ����"���� >� �� ���� �� � ���������"���� >� ��"����� � ��� ���.

���� �� � ��� ��������� � ������ � ���� ��� ��� ������� �� ������� ��������� ������� ������� ��� � ��� � � � ������ �"���������. F���"������� � ����� � �� � � ���� � ����� � ��� ��� � � ���"��� � ����� �� � � ��� ����� ������� � ������ ��� ����� ����� ����� � ������ �� �����. %� ��������� ���:� ��"? ����� ������ ���� �� ���� �-�� �"������� �� �" ������� �������� �7��� ���� ���� ��� � � ������ )��� �� ��. ���HE 0� : �� ��.����+.

/� ��� � ��� ������ ������� � ���� �� ��� ���� ������ -����� ���� ����� �� �� �� >��� ���� �������� � ��� �������� -�� � � ��� 56( �7��� ��� ���9���� ��� ��� ���� � ��� ����� ���� � �. ������� � 7����� ��� �� � ��9���� � ���� ��� ��� >�� � ���� ����� � � 7���� 56( �������� ��� ������ �� ����"� )�+ ��� -� ��������� )@�<�� �� ��. ����+. /������ ����9��� � � � ������� �� � ��� �� ���� ���� ���"��� ��9����� ���� ��� ����� �� �� ������� ��� -������ ������ ������� ��� ���. 8��� �� ���� ������� ����9���� ����� � ��� ���� � ��� �� �� ���� �� ���� ����������� ������� ��� ���� /�� �� ��� ��� ��� )F��� �� ��. #,,,E B�� ���� �� ��. #,,,+. B �� � ������ ������ ������� �� ��9���� ����� � � � �� ����� �� ����� ��>� ��� ��� <�� � ����� ����� ���� ��� � � �� � ��� �� ���� �� ��������� ������� ���� ���� -� ����� -���� ��� 56( �7���.

'����� � ���� �*� *22G*�2 )#,,#+.

�FB1 �,.�,, ;�,,**�",,�"*,��"�

6�� ��� � �� ��@� ��9���� ���� ������� �� � ����� ����

-�� ��-� ���� � ����: �� ���� -�� ��� ��� ��� ������

��-��� �I,$$2# G�I,$$2#2 �� �%$HH#�*G�%$HH#��.

&.�. �� '.@. ��� -���� �9����� � �� � ��:

������� ������� �� ���.1 �'0�,H� B@0�;� ���� ��J ( ����� �#* ��.

��-��� 6����� 2 ,H, ( ����� %����.

�������������� ��� (. ������E ����� � (� �.������K-��.��.��

Page 2: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

�������� ��% ����%�

�!��� ��� ��!�� ��"!���� ����� 6�� ���� ��9���� ���� ���� �������� ��� � � � ��- �� � �� ������� � ��9�������� ��-�� ����:E (B�$$, )��� � � �#*$2+ �� �/,,H$,2 )���H�,,� � $#�2�� ������� ����������+. 6�� ���� ��9���� ���� ��� � ��� ��� ��:� ��� ��� ��9���� �/,�#*2#. 6�� ���� ����9���� � ��� �/,,$��H� �� ��� ���� � ��9���� ����=,,*�2# �� �%,$�,��.

#���������� ������$ �� �%� &�� � ����� ��/ �@� ��� ��� >��-� �� � ��� 5B��!@ ����� � � � : � )5B��!@� ������+. 6�� ������ � ��/ �@� ��� � ������ � �� �, � �� � ���B ����� �� �<���. 6�� �������� ���� ��������� -� =%�!. ���� ���� �� �� $&;� �� �H � �� �$�/ � �� ��� ����� � ��� ������ ��� ,.� � #.� ���.%��� � ����������� �� ���� ���� ��� �� � �� ��� � �� -�� ����� ��� �������� ���� � ���� <�� -� ������� � �& � ���. ���B ��"��� �� �������� ���� ��-���� � �@!���* )@�� !���� � "��-�+.

&�� ��"!�����$� �@� ��� ��/ * , ��� ��� >�� -� � ��:�� ���� � ����� ������ -� ����;������� ������� . 6���� � "������ � �@� ��� ���� ���� � ������ -� �, � �� ��!*�B )@��!���� � ��-�+ �� �, � �� * �/. � ������ �@� ��� ��������� �� ������ ����� �� �������� -����� �.� �� #.� :- ���� ��� ����� ��� >�� � �� ��� 5B�!L BB : � )5B��!@� ������+. �-�� �,,� � ��� >�� �@� ��� � ����� � �,, � � &��8� ����� ������/B2 )��������"=������ � � ����� �������� �����+ -� �� � 6$�@� � ���� )@�� !���� � ��-�+ �� ��� ���� � ������� L(�-��� '� �� �� =���� � �@� ��� �������� -� � ��:�� � ��� � ������� ��9����� � �� � ������ '�* ������� �� ������ �� ���� -��� � ��� � � ��� 6��� ��� ��9��� � : � )=��: !���� ���� ��� ������+. ��9����� ���� �� � ��B * ������ � ��9�����)=��: !���� ���� �� � ������+. � M���� ��������� � �� � ���� � ���/ ���� �� �� ��������� � �� � /� ���� ��9����� -� �� � �����6= � � ��� 6��� ��� : � )=��: !���� ���� �� � ������+.

���B ����� �� �������� ��� � ��� � ��� ���� ��"9����� �� � ��� !D116@� 6����� B���� ������ )!� �����6����� ��� '�� �� ?B+. 6����� ������ ����- �� ���"�� � �@� ��� ��9����� �� ����� -�� �-��.

&������������ ��� (���� ��9����� ���� �����-��� -� �� � ���=����;=����;/��� ���:��� )!� � �� ��. ���2E ��� �� ��. ���2+.6�� �����-��� ��9����� ���� ��� ����<�� � �� � ��� ��� � ��"����� ������� �������. ��9���� ����� � � �� ��@� ��9�������� �� � �� �� �� �� �(��6 �� ����1;;���.�- .��. �.��. 0�"��� � �� ������� ���� ���� <�� �� ��� >�� -� 0�����'��:��)�.%.�. �� � N =. ����� ���-� ����E ����1;;���.����.���� �"�.���; ���.����+. B ���� � ������ � � ���� >� ���������� ��"������ ��� ������ � � -���� � ������� ��� ��� � �� ��� ��������� ������� � �� � ������ � � �B@! ��9���� �� ���� � �"���"� >� �������. ��9���� ��� �� ���� ���� -�� �� -� �� � &B�6�)��-���: �� ��. #,,,E '��� �� ��. #,,,+ �� ����1;;���"���.�-�.��.6�� ����� � -����� � � �� ���� ��9����� ��� �� � ��������� )3���-�� �� ���- #,,,+. ������� ���� ��� ������ /��)�. ' �:��� �� 0. ���- � ���-� ����+ �� ������ � ��� ����"��� � /�� �����. �� �������� � /�� ���� � ��>�� �� � �@�������� �� ����� #,, -� �� � �� � �/ ���� O�,� �� � -������"�"�������� ��� � /�� � ����� ��� O,.H )���� ��"����� ��%����� ��2 +. /������ ������� ���� ��� >�� -� �� � ���) ������ �������+ �� �� �� �� �(��6� �� �� � �-��.

#)���# ��� (��� �� ���� ������������ ����� �� ����� � ����������� ���� ���� ����� ��<� � 9� � ���� �� ����� ��� ,�/ � 0@������� )��- + �� � ���� 0@� ��� �������� -��� � 60B<� )�B�/F �0(+ ����� � � ��� �����������P� ���"��. 6�� ������ 0@� ��� �@��� B )��- + �������� �� �� �����-��9����� ��� ����� -� ����G������� ������� . % ���"����� ��@� ������ � ��� �� -� �� � ���� 0@� ������� ��"�� � ��� �����������P� ������ � )�������� =������ � � "����+.

06"=/0 ��� ���� �� �� � �� ��� ���������"�/ ��@� =/0: � )/(F@6!/8+. 6�� ���� � �� ���� ���� ���� � ������ � �������� � ��� ��� ������� )=�G=$+1 =�� ������ �� ��� B�%#!L�%

��"��6���/��/6����6���6��"*� �� � �� ��������� ��� B�%#!L20 ��"6�//��//6�/6����6�����"*� ���4��� -����� �� �� 2E =#� ������ �� ��� B�%#!L$%��"6///6���6/66//��/���/6���/�6"*� �� $ ��������� �� ��� B�%#!L 0 ��"/6/�/6����/��6���/��/�"6��/��"*� �� E =*� ������ �� ��� B�%#!L�% ��"/��//"/�6//6////���/��6/���/"*� �� � �� ������� �� ���B�%#!L 0 ��"���/��6���/��/�6��/��/�/���"*� �� E �� =$ ������ �� ��� B�%#!LH% ��"��/���/6//"/��/66//6//6//6//"*� �� H �� ��� ������� �� ���B�%#!L�0 ��"���/���/6�/66//���6�6/�6��/"*� �� �. 6�� -�� �� =/0 ������� ���� ������ ��� ������ ������ ��9����� � ������ � '�����/!� �,,, ��9��� � ����"������ �� � ��� �I!�� �� !6 ��� ���� ��� ����� ��9��� � : �)�������� =������ � � ����+.

(� ���

#���������� ������$ �� �%� ��$ &�� � ����� 6� ��/ ����)��/ #�* �� * ,+ ��� � ���� ���� ������ ��� � � ���� � � -���� -� �� � ���� �� ���� )3� �� ��. ����+.�@� ��� ����� �� ���� ��� � ������ � �� ��� ����� �� �<��� ���B� �� ��� ������ � ����� �� �������� ������������� -� ���� �� �� ���� �� ������ >��� ��� ������"����� � )=%�!+. ��/ #�* �� * , ��� �� � �� �������B� ����� �� ��������� ������� ����� ��� � � <� ����.# � H* :-. ��� ����� �������� )������ ��� H*":- �������+���� ��-���� �� ��9����� ��� -�� ���. F������"� � � �� ���� ���� ��� ��� �� ��� ��-���� �� ���� ����9��� � � �� ��� ��/ �@� �� ��������. /���� � ���� -�� �� ��9����� �� ��� �� ��9����� � ��� ��-���������� ���- ���� ���� � � ��� ���B ����� �� ����"���� )% �. ��+. 6�� ���� � ��� ��� �� � ���� ��/ * , �� #�* ��� ����-� ���� -� =/0 ���� >��� ����9��� �. 6�� ���� � ���������� ))�+ ��� ��� ��� >����� � ��� ��9��� � ������.

��"!�����$ �� �%� �������� ��� � ��$����� � ����� � "-���� ��� ��������� �� ��/ * , ��� � ��� ����������� . F� ������ ���� ���� ��9����� ��� -�� ����� � � ����� ������ �H,, � ��"9��� �� ��9�����. ����� ��"���-��� ����� ������� �� ���� ���� � >�� ����. 6�� >��� �������� ����� � � ���� �� ��� ���: ��� � ��� ��� ��� -�������� �� ��� � � ����� ���. 6�� ���� ����� =/0���� >��� )� �� ��� ��/ �@� �� ��������+ � � ��� � �"����� -����� �� �� �� ���� ���� -� ������ �� � ��������� � ������� �� ����� � -� �� � ��� ������ ������9����. 6�� �� �� �������� ����� ��-�� � � ��/ ��"��� �� �������� ���� � � ���� ������ -� ��9��� � -��� ��� ���:. 6�� #$":- ���B ������� ��� � � �� ������ ��� �.#"� �.�"� H.�"� �� #$":- ���B �������� ��� � ���� �������� ��� ���� ��-���� �� ��9����� � �������� ���� �. � *#":- �� ���� ��9���� ��� " � ��� ���� >�� ��� � )� �� ��� ������� ��� �� �������� �� � �H":- ��9���� ��� � ��� � ��� ���������� ��. ��� ��� ���B � ��� � ��� ����� �� ��� ������� ��� ��9����� ���� � � ���� �� ���� <�� � ������� ��� ����� �� ��� )% �. �+. 6�� � ������ -�������� ���� ���� ������ �� �� �����1 )���.� :-G���G,. :-G�����22.� :-G��

6�� �/ ���� � ��� �� ��9����� ��� � � � � >"����� � ���� � � ��� ��� ������� � ��� ����)6�-�� �+ �� -�� ���� �� ���� � ���� ��� ��� �����������. � ����� ��-�� � /�� ����� ��� ��� ��� >����� � � � �� ��� � 7����� ��� �/ ����� ��� ��-���� � <�� ��� ������ � � ��� ����. 6� � � ��� ��"���� ��� � ��� � ����� ��� ���� ����� � /�� ����� � �-�� �, � ��� � ���� � � ��� ���� )6�-�� �E% �. �+.

�. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = �� *2�

Page 3: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

6�� ��9����� ���� ������� �� ����� � �� ��9����� -� �� �0�����'��:�� )6�-�� �+. 6�� ���� ��-�� � ������� � � ���� ���� ��� � ��. B ��� � ��� � �� � � 7����� � ����� � ��� ����� � ���������� �������� �� �� � ������ ��� � ��� � ���� ���� ��� � �� ������� �����-�� � � ���� ������� � � � ���. 6�� �������� ��� ���������� <�� -� � ����� � ��� �� ���� � ���������� ��"����� �� � � �� ����� � � ���� ������� -�� ���� ��.6�� �� ���������� ������ ��� ��� � � ���� ��� ��� �'����� � B���������� 0����� )'B0+� �� �� ���� ���������� -����� � � �� ����E 'B0 ������� �������� ������ � ���� ���������� ������� )�B@!+ ��� ��� �������.

���!��!��� �� �%� ��$ ���* ����* ��� � $����� 6�� ��; �� ��� <�� � ��� � � ���� ��� ������� -� �� � ���� ��� � ��9���� � �� ��@� ��9����� ��� � � ���

��� ��-�� )��� �0@� �%,H$���E ���� �0@� L�H,�$ ��06"=/0 ������� ����� -�� -���+ � ��� ���� )�+. ?� ��� >�� �, ���� ��� ��� � �� �� ��� ������� � ����� � ���� ���� ���� ��� >�� -� � ��- �� �������� �0@� ��9����� -�� �� ��� � 7���� � �����)����: '##* #� L,H#��� L,*$#*� I�*H**� L�H�*��L�H�$,� �� L,*�H#+. 6�� � ��� � � ���� ��� >�� -���9���� � � ��� �� � �� ��� ���� �0@� ��9���� )��"��: '*#,�*+. !� �� �� � <��� �� ��9���� ��� � ��-����� ��� ���� �� � � ���� ��� �������� 6�-�� #.���� ��� � 2� �� � ��� �� � �� ����� �� �� �����������. 8������ ��� ���� ���������� ��� ��� ������� ���� �������� � �� ��9���� ��� � �� ��� � ��� $� ���. 6�� ��� ���� ������� ��� ��� ��� �� �� � ����������� ��� ����� �� ��� >��� ��� ��� � ��� � ������� ��� � �� H�� ��� ��� -����� ��� �� ���� ��. 6��

)��' �' �1 ���B ����� �� ��� � �� � � ��/ ���� )#�* �� * ,+ ���� � ��� �������� �� � ��� �. ! �� �1 /������ �� ��9��������� � � ��� � � �� ���� ��9����� �� � �������. /������ ������� ��� ���������� -� �� -��� � :�� -� � � �. ������ �� �� � -������ ������� ������� ��� >�� -� �(��6 �� ��� ���� ����� ������� ����. =� � � � ���� �������� �� /�� ����� ��� � �����.

*�&� �' ��-�� ��9���� ����� � � ��� ���� �� � � �������� �� � ��� �.

�������� �

= � 8���� = � 8���-

(���� )-�+ *#�$H *��H$ �H�$,$ ,� �,� �/ H�., H�.$ H .� H�.H/�� ����� � � �H H6��� ����� � /�� ����� )-�+ 2�H,� $�2# � �H## ���$,6��� ��-�� � /�� � ����� ��� 2#* �,� ��#$H � �B���������� ������� )� � ���� ��9����+ ,.$ �.$� �.HH 2.#�� ���� ������� )� � ���� ��9����+ *.� $.�� �.#� �.#$6��� ������� )� � ���� ��9����+ $.$$ �.�# #.�� �.$�

� 6�� ���� �������� ��9���� � � ��- �� � �� ������� � ��9�����1 (� �$$, )� � �#*$2+ �� �/,,H$,2 )$� ,# � H�,,�� ������� ����������� �����+.- ����: ��9���� �/,$��H )#��H � �H �H� ������� ����������� �����+.

*�, &. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = ��

Page 4: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

��������� � � � �������� -�� ��� ����� � ��9���� ��� �� � ������� ���� ��� � � �� ����� 6�� ����� � ��9���� ��� �� � �� � ��9����� ���� �� ����-�� ��� �� .��� ��� ��� �� ������� �� ���� ���� ��� �� ����������� �� � ) ,�+� ���� ��� #� *� $� �� � )H2� HH� $� �� *�� ������� ����+.

6�� ���� ������ ��9����� �� ���� ����� �� ���� ��� ��-�� ��� !�:���� � =����� ����-��� )����1;;���.���. �-"� -.��;E =�� �� �� ��. #,,,+. ?� ���� ���� �������9����� � ��� �� ��� � � ������� -� ��9���� � � ��� ��������. 6�� �� � � � ��� ������� ��� �������� �� ������� ��� � � �� ��9���� ��� �� � ��� ���� �� )% �. #+.

�%��������+����� �� ���� ����������� ��� �������� !��$� �� ���� ��� ��! � ����!�� 6�� ���� ������ ��� �� ��� ������ ������� � 7���� ����� �� ����� ��� � � ����� �������� -� 06"=/0 ����� � ��� ��� ��� 6�-�� *. =����� � )=�+ �������� ����� ���� �������� ����� � ���� ����� ���� �� ������ ���. B ��� � � ��� ������ �� �������� ��� ���� "���� ������� ���� ��@� ��9���� )L�H,�$,+ ��� �

��� ��* �� G�� �� ��� � =� ������ �� � ���� �� *�� � =� ������ �� ���� � �� #. 6�� =� ����� ����� ���-�� � ����� ������ � ����� � ����������� ���� >� ��"��� � =�. 6�� ���� ���� �� � ��� �� =� ������ ��� ��� ����� � ���� -�� � ����� � ���. =����� # � $ )=#G=$+������ ��� ���� �������� ��� ���� ����� � �����. =# ������������� �� � 7���� ������ ���� �� ��� ������� ��������� ��� ������ �� ���� � �� $- � ���� ���� �-������� ��� ������ �� � ���� �. 6�� ��9��� � ������� � �������� ���� =/0 ������� ��� ����� ������� � ���� ��: ��� ���� �� ���� � �� ��� ������� ���� ����� ���"��� ��� ��� � �� $- ��� ��� ���. 6�� >� � � ����� �� $- � � ������ ���� � �� ��� ������� ��-� ���� -�F���� �� ��. )���$+ �� ������ �� -� ' � �� ��. )#,,,+� ���>���� ��� �� ����� � � �,�� �� � ���� ����.

��������� � ��� (��� �� �%� �!���� � ����,#%�� ��� �%��������������� !����� � ���� ������ �� � � ���� � ���-���.�� ������ )�� :- �������� � �+ ��� ���"� ���� ������� -� B�� ���� �� ��. )���2+ ��� -�� � � �"

*�&� �' /������ �� ��; �� ��� <�� � ��� ���� �� � � ���� ����� �� � ����.

!� ����� )-�+=� �� �� �� �. �����

B�� ����� )-�+=� �� �� �� �. �����

��� !�; �� = � 8��� )�+ = � 8��� )�+

B@�� $* $# H� �H# � � ,# #,* #,$ 2� *�� 2 Q�,* �$, �$H 2�

����� ��# �� 2* $$, 2�## Q�,# ��* ##, 2* �#H, �*�2 H2* #*# #$# $ H�� H*�� HH$ *2� *�, 2 �*H �� $$- �H� �H� �, H$2 H�# H�� ��$2 ��H$ 2� 2�� �$� *H ��� �,, �, �2� �H�2 Q�, �H* �H* 22 ��,� � ,� Q�,2 �$� �$� �� #�2 #�* Q�,� #$, #* 22

�� �*�$ �*#2 H 22 �H Q�,# �#H �*� 2 �� ��* ��2 ��* �$ 2* 2, Q�,$ �#2 �#* 2# 2# 2� �H� ��, H�$ ,

� =� �� �� �� ���� ����� ���� ������ �� -� �� � /������? �� ����1;;���.�- .��.�:E /������? ���� � ������ ������ �� ����� �� ��9���� ��� � �� Q�,�.

)��' �' ��9���� �� ���� � ��� ���� ��� � ������ ��� � �� ��� ���* ����� ��� ����. 6�� ���� ���� ������� ���: ��������� �� �����. 8��� ������ ��9��������� ��� ��� !�:���� � =����� ����"-��� )����1;;���.���. �-"� -.��+. B��� � �� ���� ���� ��9����� ��� � ����� -� ��� ���� ���� ���� ��� � ����� -� ������.

�. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = �� *��

Page 5: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

��� �� � �� !�6� ���� ���� ��-��9����� �>���� -�@����� -�� �� 0�/! �������. B� ��� �������� � �� ����-� B�� ���� �� ��. )���2+ �� ��-��9����� �� #%�� -�F��� �� ��. )#,,,+. 6�� ������� � ������ ��� ��� " ��� ���� "�� �� �� �� ��� �� ��������� �:������������. 6�� ���� ������ �� � � � ��������� <�� -� ��������� �� � �-�� #,, -� ��������� -� � �� � ##*�-� ��� � �������� �� � �� ����� #$ $ -�. 6�� *� �� ��� � ��� ������� ��� � ��� - � � ������ �������"��� � ��� �� � -���� ��� ���� -� � ��� � ���"�����:� �� �� � ���� ���� � ���� �� ��� ��� ������� ���"��� �� ����. B� �� ��������� �� :��� � ������� � ������ � *� �� � ����� ������ ���.

6�� �� �� � ���� �������� � � ����� ��� ��"�� � ������� -����� ����� ����� �� � � ). �*G� 6�-�� $+. 8������ � �� ��� ������ � � ���� !�6)�%*�*,�H+ � �:� � � ������� -� F��� �� ��.)#,,,+� ���� ���� � � � !�6 ���� � � �� � ��� ���� -� ��� >��. 6�� �%*�*,�H !�6 ���� ��� �� �G �� � -����� �� ����� ��������� ������� � ����� ��� �������. B� � ������� �� � ������ ���� ���������� � �� ��� �� � �� � � ������� ��� ����.�(��6 �������� �������� � �� ��� �%*�*,�H !�6 ��������� ���� � � >���� ������� �$$"-� ����� � �� �� �* � � ������� ���� �� �� ��� � -� ������ -�� ��� ��� ���� �� ���������. 6� � ����� �� L'R, *H�* ��� ���� ��� �$ ������ � �-�� #, :- -����� � �� -���.. �� ���� ���� ������� � ��� � �� ��� ������� � ���� ��� � ��9����� � � � ������ �� �� ���� �� ������� ���� ������� � ��G�� -���� �� � �� ���� ������. ?� �������� ������� ���� L'R, *H�* � � �����"�� "� �� ��� ���� �� .

F��� �� ��. )#,,,+ ��� ��� >�� � #2#"-� �� ���� ������ �-�� #� :- �������� � �� 6�� ������� � ��"� � �@� ��9���� ��� ������� � ������ ���� �.,":-������ ��� ��� � �� ���� � ���� �������� �� -�� )����+� -� @����� -�� ����� �. B� ��� �������� � �� �%���6�� ������� � ��9���� �� ������� ������� � ���� ��� ���� � ��� � �. ������ ����� � � ��� ����"��� � ��� � ����� ����� �� � � � � � ��� ���� ���� �� ���� �� ����� ����"��������� ����� �� �� �"������ ���. �%�� �� ��������� �� ����� �� � �����S�� � ����� ���� �� �� ����.

��$% ( ������ �� ���������$ � ������� ��-�� ��9���� ��"� �� ���� � ��� �������� �� �� ��� � -����� � �� ��"��� �� ���� ��� ���� ��� ����� � ��� �� -����� ����

�� � � � � ���� ��� ���� -����� ���� �� ����� � � ��� ���� )% �. *+. 6�� ��� ��� � ���� �������� -�� � �������-�� � �� � �� ����� � ��� � ��� ��� �����:�-������ ������� ��� ��� ����� ���� ��. 6�� ������� ������)3���-�� �� ���- #,,,+ ��� ���� � ������ � ������"� �� ����� � -����� ��� � � �� ���� ��9����� �� � ��� �� ����� �� �� ������� ������� )% �. �+. 6�� ��"9���� � ����� ������� ������ ��� ��� ������� � �� ������� ��9���� -� �� �� �� �(��6 )����1;;���.�- .��." �.��+� � �� ��� ���� � ����������1 ��� � <� E �������� � � ������ ��. 6�� ������� ���� ���� ��� � -� �"������ ��� ���� ��� � ����� 6�-�� $. ������� ������ ���� � ������ ��� � � �� ���� ��9����� �� � ����� � ��� ������� )���� � ���+. ������� ���� ���������������� ������� :� ����� �� ��������� ��� ��� � ���9����� ������� � �� ��� ���� ������� ������� �������� � ���� � -� ������ ��. ������� ���� � ���� ������� ��� )�@� ���: �� ���E 3���-�� �� ��. ����+� �� ����� ��� ��� � ��� �� ����� ������� �� �� "�� ���9����� ���� ��� � M���� � �� �. ?�� ����� � ��� ��"�� �� � � ��9������ �� ��� ���� ��� ������� � ��� ���� ��� ��� � ��� ������� -�� �� � �� ��� �� �� �� �(��6 -��� � �������� ���������� )��� � <� ��� ������ �� � � �"����� �#+.

?� ���� ������ �� ��� �� ��������� ������� ���� ���������� � -� ����� ��� ������� � ���� ������� .6� ������� ������� �������� � ��� ��� ������ ).� �� # 6�-�� $+ ��� ��-�-�� ����� ��� ������� ������� �� . 6���� ��� �� ���� � ������� �# � �&@60 ��9���� �� ������ �-�� �,, -� �������� � ������� ��� ��� )����� �� ��. ����+. 6�� ���� &@60������ � � � �/�����6�6����� �� �� ������� ����� �/"� �� ��� � �� ���� ����� � ��9� � -� �� � ��� / ����� ���. 8������ ��� �� �� �� ����� ��6���� ��� ��� >�� �� ���� � ���� ������� ����� �������� �� ������� � � ��� �� �� )�� ����� /����� 6���6�����6� ������ �� ����/+ ��� ������� � � ���9����� -�� ���� ��� � ��� <�� � ����� ������. 6���� � ����� � ��9� � -� �� ��� � � -������ � ��� ������� �������� ��������� � /�.

� ������� /�� ���� � H�, -� � ��� �-�� * :-�������� � ���� �� $� ���-� � 2 �� , /�� � ����"� ��� � � �� ����� ������� ����. ������� ���� ��9����������� � �� �� � /�� ���� ��� ���� ���� ������� ).# G*� 6�-�� $+. 6� � ��� �������� � � ������������� ������� ����� � 7���� ���� ���������� ��� �)�'0�+ ����� �� �� ���� � � 7���� �� ��������

*�&� +' /�������� <�� � ��� � ���� ������ ��� �� ������ )=�G=$+ ����� ����� �� ����� � ����� -� �� � 06"=/0.�

���� ������ �����

=� =# =* =$

!�� !�� !�� !�� !�� !�� !��6 ����� �� G� ��*� G� �G*� G� $� G� $�$-� G� �� G� H� G�

����� ������ )T+ T UTV T T����� � ��� T T T T UTV T T����� : ��� )T+ )T+ T UTV T T%���� ��� )T+ T T )T+ T T%���� � ��� T T )T+ T T%���� : ��� T )T+ T T%���� ����� T )T+ T T%���� -�� )T+ )T+ T )T+ T T%���� ������� )T+ T )T+ T T%���� ��� T )T+ T T

� 6�� ������� =/0 �� ���� ���� ������ �� ��� 4��� � �� �� 2 �� ��� =� ���� �� �� �� ��� =# �� ��� =* ���� ��� �� �� � �� ��� =$���� �. ?� ������ ���� ��� ������ ��� ��� ��� �� � ��� G�.)T+ W ���� �� � =/0 ������ � ��� ������� � � <� ��� -�� �� -�� � ��9�����.UTV W =/0 ������� ���� ���� ������� �� ��9�����.

*�# &. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = ��

Page 6: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

������� �� ��� ����������� ������ � ���� ���� � �� � � "����� ���� ������� ��������� � ����� )/���� � �� ��.#,,,+. 6�� ������ �� ����� �/%# )�/ - � � �����+ ������������ � ������� ��� ������ �� ������ - � � �������������� ������. '������� ���� ������ - � � � ����������� ��� ������� ������ )!�� �� ��. #,,�+. 8��������� ��� � � ������ � �$�� ���� �:������ ������ � "������� � ��� �'0� �������� � ������� � � ���"���� � ����"���� >� ������� � ��� ��� � � )?�-�� �� ��.#,,�+. 6�� �$"-� ��� ��� � � 7���� ���� ������������� # )�'0#+ ������ ���� �$�� �� H )'�������� ��. #,,�+ � ��� ���� ������� ��� � � ��9���� )2�� ��� ��+.

� ����� /�� ���� � �-�� *.� :- ��� � ��� ��� ��� ���� �� $ � � ���� � �� � � ��� -�� � ���� ����. � ����� ��-�� � ������� ��9����� ). *�G$#

6�-�� $+ ��� ��� �� � ��� �� � ���� � �� ���� �� ��� /�� ����. B��� $ �� � ���-� ������� � ����������� �������� �� �� ��� � :��� � -� ����� ���������� � ������ �� ��� ������� =* �� =$. �������� �������� ��� �=� - � � �� � �����/����/"���� �������� � ��� =* ������ � ��������� ������� ������ �� ��� =*G$ ������ ����� -�� -� 0 ������ �� ��. )��� +.'�� ���� ������� ������� � �� � ����� ���� � ��� � � ��2 -� �� ���� ���� � �� �� �:� ��� ������ ������ ��� �������� ��� )6�-�� $+. 6�� ���� *��60 ���-��� ����� ��-�� � ������� �������. 6���� ����� �������� ���� �������� ������� � �� � ���� � "����� � �� ���"���� ). $�G�� 6�-�� $+.

� ������ ������ � ������� ������� ��� ��� ��"������ � �� � ������� �� � �������� ���� � ��� ������� ��9���� ��� ��� ����� � ��� ��� � � )% �. $+ -�"

*�&� ,' /������ ������� )��� �� ���� ������� �� � ���� �������+ ��� ��� �������� )� � ��+ �� � )H, � � + ��� �. =� � � � ���� ����� ��� ��� ��� � ����� -� �����.

/�������������

=� � � � ��9���� (���� -�

��9����B��� �� � /����

/�������������

=� � � � ��9���� (���� -�

��9����B��� �� � /����

�������� ��$��� $� #��$ G#�� 2 *# �$� *�� G$,�$ �2 �,, ����� �, *,�*�G*,� * *� �## $, ,G$��H $ 2� ����� �� *,�$�G*,�HH ## �,,

��� � * ��*HG��� ## �, �# *��#*G*��H, *2 ������ $ �� $G�H#� $2 2� �* *�#,*G*�##� # �H���� � H�$�G ,HH �## 2 �$ *�***G*�*$� � �,,

H 2,HHG2,�� *$ �$ ����� �� *�* G*�*�$ �2 �$ ���� *� �60 2�*�G2��* #* �� ����� �H *��,2G*��#H �� ��2 2H,,G2H�# �* �$ ����� � *��2$G*�H�� # 22� �HH,G� $� �, 2� 'B0 ������ �2 *� *HG*� 2# $ 2*

�, ��*,*G��*�, $2 2� �� *#�2,G*#$*2 #�� 2��� ��$$�G��$2 *� �$ � ��$����# ��2H�G���,$ *H �� H, #,��G#��� #� �,,�* �#�2�G�##,H ## �� H� ##�2G#*#H H� 2H�$ �###,G�##*H � �,, H# *�� G$, $ 2 ���� �## �G�##�� � �,, H* �***G� �2 H� 2H�H �#���G�#�2$ *, 2 H$ �2�2G�2�* *H �$� �*,*2G�*,H2 *� �, H� �,2$ G�,2 � #� �H�2 �*##�G�** � ��� 2� ����� HH �,�**G��,#� � ��

��# � �� �* �,G�* � H# 2* H �H,��G�H�*� $� 2�#, �*2� G�*� H 2, �, H2 �H#��G�H#$$ *, �,#� �$,*2G�$,�� ## �� � � ��� � ����

�� G���������. ��,*, *$

H� �2$ *G�2��, *2 �,

## �$,2�G�$�*� $* 22 , ��# HG��* � �H 2$ � � ��� �%*�*,���

��* � #* ����$G�H,#* *, �, � #,#HHG#,# , $� 2$#$ �H*�2G�H*�2 $� �� # #,2��G#�,*, �#$ �# � � ��� �%*�*,�,�

#� �HH$,G�HHH #2 2� * #�#*#G#�#�� #$ �H#H � $,HG� �� *,2 2$ ����� $ ##$�HG##$�2 2* 22# �2,H�G�2,�# #$ �� � ##�2�G##H,� #� �##2 �2�$�G�2#H* ��� 2$ H ## ,�G## $$ $$ �*#� �2*#HG�2*$� #, �� /�� ���� #$#2,G#$*�� 2, �,*, �2�#*G�2��* *� � )���� �'0�+� 2 #�$ #G#� �2 #2 2H*� ��� �G���� #* �,, � � � *$###G*$#�# *� �**# #,��HG#�#*� *H 2� 2, $,� HG$,$2 *�# 2H !����� B�

��$ � ** #,*$HG#,* � #H �# 2� $#H�HG$# � ��H 2� !����� BB�

*$ #�� �G#�#,� *� �, ����� 2# $H$�$G$H�#� # 2H /��-��

*� #�22$G#��#* $, 2 2* $ $ HG$ �#2 �* 2 �����

*H ##,$�G##,�* �* �,, /�� ���� 2$ $2##*G$2#�� * ��* ##���G##�*� � �,, ���� �� $ 2� $�#2�G$�*�H *H �

��$- � 2H $�*��G$�*� $ �� /�H-��

��� � *2 #$*H*G#$$#� H 2� 2 $�$��G$��� H* 2$*� #$�,,G#$�$, $� �* 22 �, �2G�, �$ * �#$, #$H��G#$H�� * 2� ���� �� � 2� ��*H2G��*�2 *� � /� -��

$� #$ �HG#$ �* *2 �� �, ��$�HG��$ � H, 2�$# #$�, G#$�*2 *# �# �� �#�$#G�#��H �� ��

��H � $* #�**�G#�* * *� �� �# �#��$G�##� H$ �� /�2-��

$$ #H,��G#H,�, *# �� �* �#$$�G�#�2� �* 2# � � ��� �%*�*,�H�

$� #H�H#G#H�2* ## �� �$ �#H� G�#H*� �� �,,$H #H�*HG#H�22 �* 2� ����� �� �$���G��,#� *� 2 �����

�� � $ #2*,*G#2*H H� 2$ �H ��, ,G����� $H 2 ��2�� � $2 #�22,G#��,� *, �* � �H*$2G�H*2H *� 2

� 8��� ; ���� ������� ������� )F��� �� ��. #,,,+.- /������ ����� �� ������� )B�� ���� �� ��. #,,,+.� 8��� ; ���� ������� ������� )�� � �����+.

�. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = �� *�*

Page 7: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

���� ��.� �� �#.H :- ��� ��� ������ �� ����� � �.6���� �������� ���� ���� ��� >�� ����� ����� �� ���)%����� �� ��. ����E ���� �� %�������� #,,,+� ��� � �#"-������� ��9���� ���� � � - � � � �� �� /6/% )///6/"- � � �����+. 6�� ��9���� ��� �� � ��� ������� -�����

���� �� � � ������ ��� �� ��� �#"-� ������ � �� ����� � �� -� )% �. $+. /6/% � � �����-���� ������� ������-�� � ��� � ����� ��� ��� � �@�G���� �������� "����� � �� �� ���� �� ���� � ��� ��� ��� � ������"� � � ��� �� �� ������ ����� )F���� �� ��. #,,�+.

)��' +' ��9���� ��� �� ���� �� �� �� �� ����� �� � ���� �� ����� �� ���� ����� �� � ��� � ��� �. =;81 � �;����� =;'1 � �;����� 8;'1 ����;���� )��������� ��� ������������ � �� � � �� ����� � �,, -�+. /������ ��9�����

��� ��� ����� �� � ��� � �� � � ��� � � ��9���� )�� <"��� ����+� �� ��� ��������� � ��� � �� )�,�G�,,�+ ��� � ����� ��� ���� ��� ����. 6�� ���� � � ��� ��� ��� �-�� �����>��.

*�$ &. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = ��

Page 8: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

6�� �� ��� � � ��� � � ��� � � ���: ���������" <�� -� ������� ������"���� >� �������� )6�������� �� ��.���2+. /6/% - � � � ��� �� � ��� ��� ��� ���������� ���� �� � � �� ���� �� ���� ��� ��� ��� ���� � � � � ��� ������� )?�� � �� ��. #,,,+ �� ���� ���� ��� -��� � ��� � ������� � � ��-� � ���� -� �������� � ������ -���� �� )���� �� %�������� #,,,EA�7�� �� ��. #,,,+.

������� ������ ������� ���� ���� ��������� <�� ��"�� ��;� ���� )?�--�� �� ��. ���2E B�� ���� �� ��. #,,,+���� ��� �������� �� �������� � �� B ��� � �� ����� ������"���� >� ������� ��� � ������ �� *.� �� �.H :-�������� � ). 2, �� 2� 6�-�� $+. %�� ����������� ��9����� )/�+ ��� >�� -� B�� ���� �� ��. )#,,,+-����� ���� �� ���� ���� ��� ��� ���� ��� � � ). 2#� 2�T2HT2 � 2�T�,� �� ��T�# 6�-�� $� � �" ��� � /��� H� � �� 2� ������� ����+. /��� H� �� ��� - � �� ����"���� >� ������ ��� � ��� �� /�H � ���� ������� "������ � -������ � � �� ��� �� ��� �� �:������ ������)B�� ���� �� ��. #,,,+. ?� ���� ��� ��� ������� ���� ���"���� ���� ���� ���� ���� ��� >�� � -� ������� -��������� �� ����� -�� ��� � ���� � ��� �� �� �:� ). ,� #� �� �*T�$ 6�-�� $+.

-��� �����

?� ������ ���� � ������� �� ��9���� ����� � � �-�� �,:- ��� ��� ��� ��� � ��� �������� �� � ���� � �� ����� �� ����. 6�� � ������� -����� ��� ������ � � � ���� � ��� ����� �� , � �� ������ ������� ��"�� �� � �� � ������ ����� ������ �,, � �� ����� ��)������ �� ��. ���H+. 6�� ��9���� � � ��� �� � � �� ��� ���� -�� ��� ��� �� ����� � ��� �.8������ � � � :��� ���� ��� ��� �� ����� ��� ������� C���� � � � ��� � �� �/ ���� �� ��� ��� /�� ����� �� � ��� . 6�� ��9���� ��� �� ���� �� ��� ������� �� �� ���� �� ����� �� ���� �����:�-�� � � ��� )% �. *+.6�� ������ ���� ��� � � ���� ��9���� � � ��� �� -����� � ��� ���� ��� -����� ����� ���� �� �� ���� �� ����������� ��� �������� � ����� �� �. 6���� ��� ��� ������ �� ������� �� -����� ���� �� ���� ��� ���� ���� -� ���� "���� ������. 6�� ����� � � ����� -����� )� �� ��� ����� ������ ��� ���� )#,, :-E F��� �� ��. #,,,+ ��� � � � � �� ���� )#G* :-+. ���� �� * � ���� �������-����� � � �� ���� ) $�+� -�� � ���� )Q�,�

��� �� ������� � �� ���� � � �� % �. *+. 6�� �� C�: ���� � ���� �� � �� ���� �� ���� � �� � �� � ����������� -����� � � �� ���� )O ��+� -�� � �����)Q�,�+. 6���� ����� ���� � ������ ��-�� ��� ���� � ������ � ����� ������� � � ������� ���� �� ��� ��������� . 6�� ������� ��������� �� � ������� �� ����� � -���� ����� � ��� ���� �� ���� ���� � ��� ��������� ����� ����� .

6�� ������� )��� �� �(��6+ ���� ���� ���� � ��� ��������� ������� -����� ���� �� � � ��� ��� ��� � ��� �� ���� ������� ������� � �� ����� ��� � ��� ����� ��� -� �� ���. 6�� ��� ���� ��� )���� �� ��"�����+ � ������� � -� ��� ��� � �� ��� �(��6 ���������� �� �� ��� ���� ���� )3���-�� �� ��. ����+. B ������� ��� ����� � ���� ������� ������� ��� >�� -� �(��6�� ��� ������� � ��� �� � ��� ���:� � ������� �����9���� ��� �� ����� �� ��� � ���� ��� ������� -�"���� ��� ����� ���� ��. ?� ��� >�� ������� � "-� ����������� ��� �,,� ������� -����� � � �� ���� )6�-�� $+. ?�-�� ��� ���� �� � ������� � ������ � ������ ���� ���������������� � :� ������ �� ����� - � � � ���. � ���������9���� �� � ������� �� � � � :��� � -� ���� ���� ������. F���� ���������� ���� ���� -� F��� �� ��.)#,,,+ ��� ����� � ��� �"'- ��9���� ���� � ��� ������ ���� ��� ��� ��� . 6�� � ��> � � � �������������� ��� O�,, -� � �� O ,� ����� �� ��� ��. ��� ���������� �� ��� >�� ��� O2,�� ��� ��� �� ������� ����� ���� -� ������ �� �� ����� �� � � ��� ��� � �� ����� ������ � � � ��� ��� �� ���������� ��� ��� �� ����.6� � ���� ������ ��� ����� � �� ��� ��9����� )��"� �� ���� �� �������+� �� ���� �. � �� $.H� ����������� �� � ��� �� ������� ����� � � ����� ����� � ���*�.2� ��� ����� �� ��� ����;���� ����� � � ��� ��� -��%� ��� )F��� �� ��. #,,,+. ?�� ��� ����������� �� ���� ���������� ���� ���� � ������ ��� ��"�� � ��� � �� ��� � � �������� ��� � ���������9����� ���� ��� >�� -����� ����� �� �������� ��� �.6� � ���� ���� ��� ��4� �� � ��� ������� ��� � ������� �� � ����� ��� � ���� ��9���� � � ��� � ��.

F�� ��9���� ���� �������� ��� ��; �� ��� <�� ��������� �� ���� ���� �� ��������� ��� � � ��� ��������� �� � ���� � �. 6�� ����� ���� ��� ���� ����������� -����� ���� �� � �. 6�� �� ��� � �������� �� ��� ��� ������� ���� ��� >�� � � -� ��"����� �� ��9��� �. F�� 06"=/0 ����� � �>���� ���� ����� ���� ��� �� ��� ��� ������� ��� ���� ��� � �. B� ����� � � � ���� ��� ��-�� � ���� ��� ����� ���

)��' ,' ��9���� �� ���� � ��� ���� )8� � 8 + �� � � )=� � =*+ ������� �������� � �� ��� � ��� /6/% ����� - � � � ��.B��� � �� � ��� ���� ��9����� ��� � ����� -� ��� �� �� ���� ���� ��� � ����� -� ������.

�. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = �� *��

Page 9: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

�������� �� ����� � -� �� -�� �� -������ � � � ������� �� ��� � � ���� �� )����� $-+ � ��������������� � �� ' � �� ��. )#,,,+.

� ���� � ���/ ���� �� � ������ �� ������� �/�� ����� ��������� <� �� � ��� � ��� -�� ������ � �. 6� � ������ � � � >����� ������ � � ��� ����� �� �� � ��� ������� ��� � -� � ���� ��� ���� )F��� �� ��. #,,,+. 6�� ����� ���� � � � ��� ���9���� ��-� ��� ��� ��-�� � � � � ��� � :� ������� �� �� ���� �/ ���� � � ������ ���� � ��� � � ���� ��"����� � �� ��� ���� ���� � ������� �� � � ���� >� � �� ���� . 8������ � ������� ������� �� ����� � � �*,":- ��� � ��� � � /�� �� �� ���� /�� # )&. �"������� �������� + ���� � � � ��� �/ ���� -������ �� )$�.H� �� $�.$� � � �� ����� ������� ����+. 6��������� �� ������� � /�� ����� ��� � � �� � �"�� ��� ���� � � ���� ����-� ����. ������� ��� � ��� �� ������� ����������� � ������� ���� /�� ����� ��� ��"������ � ����-� �� �� �� �� ��� � � ������� )=����� ����. #,,,E !���� �� ��. #,,,+. 6�� ��� � /�� ����� ���������� � ������ �������� -� ����� � � ��� ��������� ���� � ��� ��� ���� -�� � �����. 6�� ������� � ����� � ��� : � � 7����� ��� /�� ���� ������ ��� � �������� ������ ��� )F:����� �� ��. #,,,+. /�� ����� ��� ��� ���� ���� � �� ��� � � ���� ��� �)B/0+ ���-� � � � 7���� �� ����� � �������� . 6�� ����������� � ����� B/0� ��������� ������� ������������� "��� � �� �@� - � � ������ ���� �� ��� �� "������� )8����� �� ��. #,,�+ � ��������� )!�� �� ��. #,,�+.

����� ��� : � ������� � ��� �� ����� � ���"������� ������� ��� ���� � � �� � ���� ����� �� ������ ������� ��� � � )6�-�� �+. B� � ��� -�� ���� ��� � � ��"� ����� ��� �� ����� - ����� � �� ���������� ������� ��� ������� �� ��� ����� -�� �� � ��� ����� ��� -������ � ��� ����� � 7����� ���������� ������� -����� ��� � ��� ���� � ��� �� �. � �� 2.#�. %���������� �� � � �"������ � ������ �� -� � � � ��� � 7����� �/ �������� ����� -� �- ����. 6� � �����:�-�� �� ����� � ���������� ������� ����� � -� ���� >� � ��� ������������� � � �� *,� � ��� ���� �"'- ��� /�� ����� ������� � ���������� ������� )F��� �� ��. #,,,+� ����� ������� ���9���� �� ��� ���� ���� � �-�� $��)(���� �� ��. #,,�+. 6���� ��� �������� ��� � �� ������ �� ��� � ��� � �� � �� ��� � � ����������������� �� ��� �/0 ��� ��������� �� �� ������� ���� ��� >���� -� � ��� � ��� ��� ������"�� ��� � ��� �������� )(���� �� ��. #,,�+. � �� ���� � ����������������� ��� ��� -������ ��� ��� ��� ��� ��� ���� ��� 1��2 � ��#� ���� ������� � �� � �����:�-������ � ��� -�� � ����� �������� �� �� ������� � -� �"������ -����� ���� �� ���� )!���� �� ��. #,,,+. 6������ ���� ���� ��� ���������� ������� ��� ������ ������������� ��� � � �����. 8������ ��� �������� -� ������� � ��� ���� ����� ������� � ��� ������� �� ��� � � � ����� ����� �� ������ � ��� � ��"9����� ��� � ����- ����� �� ���"��������� ����� ���. B������� ��� ���9���� � � ���� ������� ��� ���,���� ��"� � �� ����� � ���� ��� ��� ���� ������� )�$� �� �*�+. B���� ���� ���� -�� ��������� ���� � ���� ������� ��� ���� ���� ��� ������� � ��� ��� ���� )�� -��� �� ��. ���2+�-�� ����� ����� �� ��� -�� ��������� <�� � ���. �������� �������� � ������ � �������� �� ������ )������� /���������� � �� ������� �+ ��� *��60 � ���� � ������� ����� � �� ����� �� ���� )3� �� ��. ����+.

6�� &@60 �������� � ��� ���� ��� ��� �� �������� � ���� �� ���� -�� � ��� � ��� ��� � � ��9����.8������ ������� �"-� �� �� ������ ��� &@60 � � ������� ���������� ��� ������� � ��� ��� � �. B� �

� ����� �� �� � &@60 �7���� ��� ������� � -�� � ��� C���� ��� ������ ���������� ������ � ��� ������ - � ��� ������ �� ������. B� ���� ��� -� � ������ �� �����"- � � � ��. 6�� ���� ���� �� � &@60 � � ������� -������� 9� �� ������ ������� ���� �� � :� ���� �� � �� �� ����� ���� ��������� ������� ��� ���� ���� �������� ���"����� ���� ��� ���� � �� � ��9���� � ��� � -� � ������������� � �� ����� � �� ���������. &@60� ��� ����� ���������� ��-������ � ��� � ��� ���� ���� )����"��� �� ��. ���2+.

������� ������� ��� ������ ��� �� ��� � �� 6� ���� ��� -�� ��� � ��� � �� ���� � ���: ��"9� ��� �� ��� ��� � � � -�� � �� ���� )6���-����� ��. ����E 6�������� �� ��. ���2+. B� ���� �� � ������)A�7�� �� ��. #,,,+� �� �� ��� � �� � ������� �� ��������-���� ������"-��: � ���� /6/% )���� �� %��"������ #,,,+. 6�� �������� ������ � �� � ��� ����� �-� ��� ��4� ����� �� -� �� �� ��� ������ ��� � �� ��������� )8����� �� ��. #,,�E 0��� �� ��. #,,�+� ��/6/% ���� ���:� ��� �$��,� ������� ��� ������"�"� � "������� ���� )F���� �� ��. #,,�+. 6����� � ��� � � � ���� ��������� � �� - ����� � �����"�������� � �� � ��� ��� ��������� � � �� � ���� ��"� � � �������� ����� )@�:����� �� ��. #,,�+. 8�������-����� �������� � � ������ ���� ���� � �� �-���� ��� � � )/� �� ��. #,,�+. B ��� � �� ����� �� �� � �� �- � � � �� ��� ��� � ������� ������ �������� ������� ������ ��.� � �#.H :- �������� � �� � � ����� ������ ����� ��� ������� � ��� ��� � � � ��� ������������� � �������� "���� � �� ���� ������� �� � "������ ��� ��� ���� )������� �� ��. #,,,1 %�����"�� �� #,,,+. 8������ �� � � � >� �� �� ���� �������� � �� � ��� ��� � �. %���������� � �:������������"���� >� ������ ����� ��� � ��� � � ��� �$��������� ������ ��� ��� >�� ��� ��� � �$���� ���"�� � ��� )� ����� �� ��. #,,,+� -�� �� � � ��9������� � ��������� ���� �� � ��� . ������� � �� � ����"���� >� ���� � �� � ������ � � ���� �� ������ ��������� ���� �� � ��� ����"� :�� 56( ��� � �. 6�� *���� � � ���-�� ������� ������ ������� ���� �7���������� � -�� ���� �� � )?�--�� �� ��. ���2+. ��"� ��� ��� �� ����"��������� <��� ������"���� >� ������������ ����� �� ������ ������� ���� ���� ���� � � ����"���� >� ��� ��� ������ �� � ��� .

6� � ����� �������� � ����� ��-�� � ������� ����������� � ��� ���� � ���� �� ��� ������� � ���� ������"� . ������� ��������� �� � -� ���� � ��� �� ����������� -�� � �� ��� ��������� ��������� 56( �7��� ������� ��������� ��� � �. %�� ��� ��9���� ����"� �������� ����� � ��-�� � ���� � ���:��� �� -��������� �� ���� � ��>� ��������� ���� ���� � ��� 7���� 56( �������. 6� � �������� ���� ���� �� � ������� ��� ���� ��� . � ������ �� ������� ��� ���� ����� �� ��� ������� ���� ��� -� ������� ��� ���������� ������� ��� ��>�� ��� . 8������ ��� ��"����� � ��� ������ ����� ��� ���� �� � � �� �� �� -� � ����"���� � � � ��� ����� ��-�� � ������� ����������� ���� C��� � ���� ���� � �� �� ��� ���������� ��� - � �� ���� ��� 56( ������� ��� -� ��� � �����- �� �7��� � ���� ��� ��-�� ��� �. � ������ �� ��� ������ �������� � ��� � ����� ���� ������� � ���"� ����� �:������ ������. 6�� ��9���� ����� ��� ������� � �� ��� � ���� ����� ���� ��.

��3��4 ��$������ 6� � ��: ��� �������� -� ��� ���� �� 0�������/�� � �� %������ �� ��� �������� ���� �� %���� �� ����"��� � 0�������� ������� ���� ��� �� � ���� ��� ��� ���� � ' " ���� � ��� ������� )��;#G� ���+. 6�� ������ ���: 0. !������

*�H &. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = ��

Page 10: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

�� �. �� �� ��9��� � � ���� � ��� ��/* , �� ��� ����/����� 0��� B�� ���� � 6������� ���:���E @ ���� 3���-�� ��� � ���� � �� �������E !� : �����"0���7 �� - ����� � ��"� �����E �� �X �� ������ �� ������ ��� �����.

(�����

� ����� 3%L� 3� 0'� ���� �/� ���� '� )#,,,+ � �:������������"���� >� ���� �$�� �������� � �� $, :- �������� � ������. ��������� �# � *�#*G*�*,

������� &� ����� �� �� I���� '� �� � %� = � =� �� ��. )���2+����� � � � ��� -�� ��� ����� � �� �� ��� ����� � ������� � ������ ��-������ � � � � � ������ �� ����������.��� �� �#� H#G �

������ (� ���� -��� �� ���-���� '� ���� �� ������� ? �� ��.)���H+ /������ �� ���� ��� <�� � �����-�����. 6�� % ���B����� �� ?�:��� /������ �� ���� F��� <�� .'��� ���� � � G *$

���� �/� %�������� � )#,,,+ '������� � � /6/%"�������-����� ����� ��� ��� ������� � ��� �$�� ���. @�����$,�� $2#G$2�

����� �6� (������ �'� ���� �/� =���� !!� ��� � �! �� ��.)����+ ������� - � �� � ���� ���� � � �-���� �� B��'# � �����"� �� -� ����� ������ ��� �� �� ��� ��� ��� � ������ ������. @�� ���� �� #2$G#�#

��� A?� & ���� �3� � �:��� ?� /����"�� �� 3� /������� � ����. )���H+ B��� � � ����� ��� ���:� ��"? ����� ��"���� ����� � - ����� � ���� ������� ������ � �" ����"��� �������. 8�� '� ���� �� #,# G#,*#

/���� � '� ��� ?� (��� �� '�� 6� A����� � �� ��. )#,,,+����� � � � ����� ������ �$�� ������� ��� � ��� � � ������� �. @�� ���� #H� #,*G#,H

/� 8� @ �� �< !(� 0����� 3�� F��� =� �����-��� �� �� ��.)#,,�+ (�� � ��� � � � ��� "� :� ����� �����"BB ? ���P���� ����� ����� ������� �������� -�� � ����� � �/6/% � �� - � � � ��. /���� 0�� H�� $�$ G$��,

�� A � �3� 0��� : �=� 8��� < �� �� �� ����: 3�� ��������!? �� ��. )#,,,+ ����"� �� ��� �� -�� ���� � � ��������� ������ ��� � ��� � �. =�� @��� ���� �� ��� � � �$ G ��,

������� 0�� ���� 3�� � ����� 3%L� ���� �/� 8 �� A3 �� ��.)#,,,+ ����� � � � ����� ������ � ������ � ��� � � ��"������� � � �@� �������� �� ���� � �� ���. ����������# � *$��G*$#2

��-���: B� ���� '� (�� ��� '��� /� =������ ( �� ��. )#,,,+��� �� ������� � �� � ��9����� �������� -� *"������� �� ����� ��. ���� 0�� �,� �*,G�*H

!�� �� /���� � '� 8��� ���� 6� ��� ?� ������ � �� ��.)#,,�+ � �������� �������� ������ ����� � ��� �$�� ��� �" �. !'�F 3 #,� *��2G*�#�

!���� �� ���X � �:� '� =����� '� %���: F� 0� ����� 0 �� ��.)#,,,+ ��9���� �� ���� �� ����� � ��� ���:� ��"? ����� ��� 1 ��� ��� � �� � ��� ��� � � ����� ��������� ��� � �. 8�� '� ���� �� #H��G# ,H

!� � �� 8 �� �� (� ?��� '� ���� = )���2+ �������� � � ���"����� ��9����� ������ �� � �����. B. �������� ���������.���� 0�� 2� � �G�2�

%�����"�� �� �/ )#,,,+ ���� � ��� � �1 � ��� � ����������� ��� � ���. /��� � � �,� 02 #G02 �

%�� 30� !�� �D� '� ?��� %3 )����+ B�%�� ������ ������ �������� �. � �-���� 0�� *� *G�#

%����� '�� ����-� �3� =������ ��� 0���� �! )����+ '������� ��9��� � ����� � ��>�� ��� ��� � � �� ����� ? �������. 3 � � /��� # $� #�**�G#�*$,

���� ��"����� '� %����� ' )��2 + /�� ����� �����-���������. 3 '� � � ��H� #H�G#2#

��� �� �-�4 � /� ���� = )���2+ /���1 � ����� ��� �� ����9���� > �� �. ���� 0�� 2� ���G#,#

8����� /� A���� /� ���� �� ?��� �� '�:������� 0 �� ��.)#,,�+ /�� �������� ��������� ��� �$��,� ������. /��� � ���� ��#2G��*,

8���� <� =� �� ��� (�� %'� B:�4 � A� I����� '� �����-���3� )���,+ B��� >��� �� � �� ��������� <�� � � ����������� �� �� ������ � ��� ���� B�%"BB ���. � �� �� ���� ���� �,2 � *$�G*$*

B�� ���� A� A�� 0� %����� 8� D�-� � '� ����: 8 )���2+ ��9����� � $#":- ���� ��� ��� � ��� ��� ��� 8�� ����1 ��"� >��� � � ��� ������"���� >� ������ �� � � ��� �- ����� � ������� . '��� ���� �� �G

B�� ���� A� 8��� @� %����� 8� A�� 0� B��: 6 �� ��. )#,,,+/������ �� ��� � ��9��� � ��� >�� ��� � ����"���� >�������� �� ��9���� ������� �� �������� "��� � �� ������ ��� ����� �$��,� ��� � �. ���� 0�� �,� HH$GH �

3���-�� @� ���- 0 )#,,,+ �������Y� ��:-��� �� ������� ����� � ��9���� ����� �. ���� 0�� �,� ��$2G���

3���-�� @� � ��� !� ���- 0 )����+ /������ �� ����� � ��� � ��� � � ������� ���� �� ���� ��� �� ��.���� 0�� �� 2��G2#$

3� 36� /���-�� FX � 6X ���� �� � �7�� !� ������� & �� ��. )����+ ���������� ��������� 56( �7��� � �:������ �� ���� �� ������ ���� � �� ���� � ��� ���� ����. @�� ���� #�� �� G��2

A�7�� /0� �� ������� '� =��: AI� B��� !� 8� �� � �� ��. )#,,,+6����� �� �� ������ �� ��� ��� ��� �,�$�� ����. ������� �$� ��,2G����

(���� !�� ( � ('� � ��� �� @��-��� /� D�� '/ �� ��. )#,,�+B � �� ��9��� � �� ����� � � ��� ���� ����. @����� $,��2H,G�#�

'��� /� ���� '� �������< 30� =� �:� �� 0�- !' �� ��.)#,,,+ &B�6�1 � ���� < � ��-�� �@� ��9���� �� ����� ���- ����� �����. � ����� �� �H� �,$HG�,$

' � 0� % ����� !� ( �� �"3� %�4 ��"I������� I )#,,,+ =���������� �� ��� "� :� ����� �����"BB ������� �� -� ����� -������ �������� �� -������ � ������ �� �>���� � ��,�� ��. � ���� � ���� 0�� /��� #H2� 22HG2�#

'������ �� 8��� �� ���� (� /���� � '� ��� ? �� ��. )#,,�+� ����� � ���������� ��� ��� ��� ��� B��# ��� ���"���� ������ �� . !'�F 0�� #� ��,�G��,H

@�:����� 8� /���� �: 0�� =�����: =� =���� /� @�:����� I �� ��.)#,,�+ (�� � ��� � � � ��� ��� "� :� ����� ����� BB �������� -� - ����� � �������� � ��� ��� � �"���� ����/6/%"- � � � ��� �������� �����. =�� @��� ���� �� ����2� ���G��H

@�<�� /� '���� (� ������� �� /�� ����� ?� ��� ����� 3 �� ��.)����+ � ��� ��� 56( � �� ��4� �7��� ������ ���� �� ������� � ���� � ���� ���� � ��. @�� ���� #�� ���G��H

F���� �'� (���-��� A�� ?� !� )���$+ /�������� <�� � ���� :�� � � ��� �� ��� "� :� ����� �����"BB ����. �@�/��� � � �*� * G*22

F���� 0� 0�:�� �< 0� (-��:� & )#,,�+ /6/% � � � 9���������� �� ������ �� �������� � :�� � �� ���� �� �� � �����.6���� ���� � � �#,G�#

F:����� A� 8�� ����"6�:���� I� ( 6� &� 68� 8 �� ' �� ��. )#,,,+/������ �� ���� ����� � � ��� ���� ��� ��� ��� �������� �� ��� ��� ���� ���� �-���)1 ����� ��� �����"����� -�� � �� ���� ��"���� >� ��� � �. ����0�� �,� �2 2G�22�

F��� =� ' ���� ?� (���<:� 3� (��� /6� � ��� � �� ��. )#,,,+��9���� �� ������� �� ����� � � ��� ���� �"����-��� ��� ������� � ��� ���� ����� ��� ��� ��� . ���� 0���,� �H� G� �,

=�9����� 3� � ��:�: � @� =������:� /� &�>�� � =� ���� /)���2+ 6�� ��� �� ��� �-�� ��-�� � ����� ������� � ���� ����� �� ���� ������� �����. 3 � � /��� # *� �$��2G�$�H$

=����� '� !�"'���� F� !���� �� ���X � �:� '� %���: F �� ��.)#,,,+ ��9���� ������� �� ��� �- � �� � ��� � � ������:� ��"? ����� ������ ��� ������� ���� �� ����.8�� '� ���� �� �2#�G�2$�

=�� �� 0/� =��< &� 3� �� 6� ���� /� ������ = )#,,,+ 6�� ��:"���� � ������ ����-��� )!=�+. @���� � �� �� 0�� #2� *,#G*,*

=��� ��� �� D����� '� %�����< 3� �� D���-��� (3� �������� 03 �� ��.)��� + 6�� ��� ��� � ������ -�� ��� ���� ������ �������� �� ������ ���������� �� ����� � ��� �� �� ��� B@�&@60"B��'#������� - � �� ���� �� ���� �� �-����.@������ ��� #�*G#�

0��� '0� 8��� /%� 0 ��� ��� '� 30 )#,,�+ � ������ ��"�� ��� ������� -� ��� ������ � �� ��� ��� ��� � ���� ������� �� ������� � �������� �� ��������� �$�� ������� ���"�����. ��� �� $� �2HG��H

0� : ?� ��� A?� ���� � 8� (� ��� I� � �:��� ? �� ��. )����+B��� � � ����� � ��� ���:� ��"? ����� ������ ���"������ -� ������� ��� � � ������ ��� B�%#"8�� ��� . 8��'� ���� $� #* �G#*2�

�. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = �� *�

Page 11: Comparative sequence analysis of the INS-IGF2-H19 gene cluster in pigs

0 ������ (!� 8���� <� =!� �����-��� 3� )��� + B��� >��� � �:�� ��������� ������ �� ��� -���� ��� � �� � ��� ���� ��� "� :� ����� ����� BB ��� ������ =*. � ���� 3 *# � H2�GH�

�� -��� 8� I�� I� A�� 0� ���� 6� A�� �� ' �� ��. )���2+ ��������� ��� � ���: ��� ���� ��� ��� ��� ���,����5-� ���� ������ � ��� ������� � �� ��� 6���7���� ���1� ���� �� � �� � ���� ����� ������ �� � ������������������ . ��� �� $�� *,G*

6�������� 3(� ���� A(� ������� '� )���2+ ����� � ���� � 7���� ���� ���������� ��� ������� ��� � ��� ���������� � � �� �$��. ���� ��� �#� *H�*G* ,#

6���-��� A�� ���� 30� B���� 0�� 6 ����� �'� ������� '�)����+ � �������"���� >� �������� ��� � ���:� ��� ������� ���� ���� � ���. @�� ���� �� $, G$�*

&�>�� � =� ����� �6� 6�� 3�� ���-� 0� =������:� / )���2+� ������� -����� ���� � ������ ��� � ���� ������ ��

������ ���:����� �� � B��'#"����� ������� - � �� � ���� �� �-����. 3 /� !��� � '���- 2*� #�**G#�*�

?�--�� �(� B���� 0�� (����� 3'� 6 ����� �' )���2+ (��� � ������� � ����� �� �� ��� ��� � � � � �� �$�� ����.@����� *��� ��G ��

?�-�� '� ' �� �� (� �����-�� (� �� � !� ����� / �� ��. )#,,�+!���� �� � ����"���� >� ��� �� � ����� � �������� ��� �$����� ��� � ���� ����� ���������1 ����� � ������� �� ��� � �. '��� ��� �,�� �**G�$�

?�� � ��� '����� �A� F�� 6/� 3 ���� 0( )#,,,+ @��� ��� ���891,�)9� ��� ���� ������� �$ ��� � �� ������ � � � ���� ��� ����� ����,� ������� . ���� 0���,� � ��G� �2

D���� �� ������� '�� 6 ����� �' )���#+ =��� ��� � :��� � �������� � ��� ��� ����� 8�� �� ��� "� :� ����� ����� #.@�� ���� #� H�GH�

*�2 &. ������� �� ��.1 ����� � � ���������� = ��


Related Documents