« Emergents et oubliés » :
Mycobactéries non tuberculeuses
Nicolas Veziris
CNR des Mycobactéries, Bactériologie, Pitié-Salpêtrière, APHP
CiMi, INSERM, Université Pierre et Marie Curie
Généralités
• Classe : SCHIZOMYCETES
• Ordre : ACTINOMYCETALES
• Famille : MYCOBACTERIACEAE
• Genre : MYCOBACTERIUM (1 seul)
Espèces : Pathogènes stricts Pathogènes opportunistes
Réservoir Homme ou animal malade Environnement
Pouvoir pathogène STRICT OPPORTUNISTE
Transmission Interhumaine
CONTAGIOSITE
Pas de transmission
interhumaine
Espèces -complexe "tuberculosis"
(M.tuberculosis, M. bovis,
M.africanum)
tuberculose
-M. leprae lèpre
-responsables d'infections
(M. avium …) ="atypiques"
mycobactérioses
Classification de Runyon
• Groupe I photochromogène
– M.kansasii, marinum
• Groupe II scotochromogène– M.gordonae, szulgai, scrofulaceum,
flavescens
• Groupe III non chromogène– M. avium complex, xenopi, ulcerans,
haemophilum
• Groupe IV croissance rapide– M.fortuitum, chelonae, abscessus,
smegmatis, peregrinum
Réservoir hydrique
Mycobactérie Mycobactériose
• Tsukamura Chest 1991
– 299 patients, étude de l’association entre isolation de
MAC et nouvelle cavité pulmonaire
– 114 : 1 seul isolat 2 avaient une nouvelle cavité.
– 185 : ≥ 2 isolats 181 avaient une nouvelle cavité
– 2 expectorations ou plus positives à MAC évocatrices
d’infection
Critères ATS pour retenir le diagnostic d’infection pulmonaire
Principales mycobactéries atypiques responsables d’infections
• ≈ 20 espèces communément isolées au laboratoire
• dont une dizaine responsables d’infections :– pulmonaires :
• M. xenopi
• M. kansasii
• M. avium complex (= M. avium et M. intracellulare)
• M. abscessus
– ganglionnaires : M. avium complex, M. scrofulaceum
– cutanées : M. marinum, groupe 4 (M. chelonae, M. abscessus, M. fortuitum), M.ulcerans
– généralisées : M. avium complex, M. kansasii
• Au total ≈ 200 espèces décrites, en augmentation continue car description de nouvelles espèces
Ces nouvelles espèces ont-elles un intérêt médical?
Atteintes cutanées
Atteintes respiratoires
Nouvelles espèces : y a-t-il un intérêt médical?
• Mycobacterium chelonae
– Atteintes cutanées et respiratoires
• 2004 et 2006, Adekambi– M. abscessus séparé en 3 sous-espèces
– M. massiliense
– M. abscessus sensu stricto
– M. bolletii
• 1992, Kusunoki
– Séparé en 2 espèces
– M. chelonae sensu stricto
– M. abscessusAntibiotype
différent
sensibilité à la clarithromycine
résistance inductible
à la clarithromycine (Nash 2009)
Nouvelles espèces : conclusion
• M. avium complex, M. xenopi, M. kansasii et M.abscessus restent les principaux pathogènesopportunistes respiratoires
• Les nouvelles espèces décrites– Ne changent pas les atteintes classiques
mais
– Permettent une nosologie plus précise
M. avium complex
Espèce Année
Mycobacterium avium 1901
Mycobacterium intracellulare 1949
Mycobacterium chimaera 2004
Mycobacterium colombiense 2006
Mycobacterium vulneris 2009
Mycobacterium marseillense 2009
Mycobacterium timonense 2009
Mycobacterium bouchedurhonense 2009
Mycobacterium yongonense 2013
Mycobacterium paraintracellulare 2016
Infection à M. chimaera après chirurgie cardiaque :
première description
• 2 cas d’infection mortelle à M. chimaera, 18 à 36 mois après chirurgie cardiaque à cœur
ouvert :
– 1 endocardite
– 1 infection disséminée
– Même génotype
Enquête européenne
• ECDC, 18/11/16 :
• Depuis 2011
– 51 cas
• France : 2
• Allemagne : 5
• Irlande : 4
• Pays-Bas : 4
• Espagne : 1
• Royaume-Uni : 25
• Suisse : 10
– 10 décès (20%)
Gravité++
Incidence estimée 0,4-16/10 000 patient-année
<<risque d’ISO (1% la 1ère année)
• Sax, CID 2015– 6 cas d’infection à M. chimaera
– Chirurgies cardiaques avec
CEC 2008 à 2012
– Latences 1,5 à 3,6 ans
– Culture + tissu cardiaque 4
cas, disséminée 2 cas
– 2 décès
• Kohler, EHJ 2015
Facteurs de risque : étude cas-témoin
• Lyman, EID, 2017 : étude cas-contrôle Pennsylvanie
Chirurgie aortique, remplacement valve, durée de la CEC
Enquête environnementale
M. chimaera identifié dans l'air du bloc opératoire
et dans le générateur thermique (heater-cooler)
Sax, CID 2015
Générateur thermique• Chand, CID 2017
• Lyman, EID, 2017
Biofilms dans le réservoir d’eau
Orifices pouvant laisser passer des aérosols
Pas d’aérosols si orifices bouchés
Génotypage par WGS
• Svensson, EID 2017
Souches très proches
dans cas d’infections liés
à générateur thermique 3T dans 3
pays : USA, Royaume-Uni, Danemark
Souches très proches dans 3 pays
Origine unique?
Génotypage par WGS
• Svensson, EID 2017
Différence de souches
entre deux fabricants : Sorin et
Maquet
Souche semble liée au fabricant
Il n’y a pas que M. chimaera
• Haller, Eurosurveillance 2016
– Contamination des générateurs thermiques aussi par P. aeruginosa,
S. maltophilia, L. pneumophila, champignons
• Götting, JHI 2016
Biofilms, eau chaude, aérosols =
bactéries environnementales
Exemple
des tours
aéroréfrigérantes
Où en est-on?
• # 50 cas identifiés en Europe
• # 60 cas aux Etats-Unis
• Pas de nouveau cas déclarés depuis les
modifications de fabrication en septembre 2014
(mais toujours générateurs C+ M. chimaera)
Prévention
• Renforcement protocole désinfection
– Pas forcément suffisant (Schreiber, EID 2016)
• Déplacer le générateur thermique dans une
autre pièce (Walker, JHI 2017)
• Confiner le générateur (Schreiber, EID 2016)
Risque environnemental : conclusion
• Epidémie à M. chimaera semble stoppée
• Vigilance en cas de culture positive de prélèvementsextra-respiratoires à mycobactérie non tuberculeuse
Un dogme remis en cause
• Aitken, AJRCCM 2012
• Seattle, centre de compétence mucoviscidose
• Suite à un déménagement, arrivée d’un patient infecté par M. massiliense, BAAR+,
R-macrolides, R-amikacine
• 8 mois plus tard
– 4 patients C+ avec la même souche de M. massiliense
– Enquête environnementale négative
– Les 4 cas ont des jours de visite communs avec cas index
Transmission interhumaine de M. massiliense?→ Même tableau décrit au Royaume-Uni (Bryant, Lancet 2013)
Transmission au sein d’un centre
• Bryant, Science 2016
• 1080 isolats de 517 patients mucoviscidosiques (Etats-Unis, Royaume-
Uni, Irlande, Danemark, Suède, Pays-Bas, Australie)
En faveur de transmission au sein de centres
Diversité très
réduite entre
patients en
faveur de
transmission
Dans un centre :
Corrélation entre
nombre de patients
infectés et le nombre
de patients avec
mêmes souches
avec <20 SNP≠s
Transmission planétaire?• Bryant, Science 2016 : 1080 isolats de 517 patients mucoviscidosiques (Etats-Unis,
Royaume-Uni, Irlande, Danemark, Suède, Pays-Bas, Australie)
Existence de souches très proches de centre différents
Transmission planétaire?
• Bryant, Science 2016
Existence de souches très
proches de différents pays
Circulation planétaire des
clones les plus virulents?
Transmission interhumaine : conclusion
• M. abscessus : transmission probablement vial’environnement
• Nécessité d’hygiène renforcée dans les Centres deRessources et de Compétences de la Mucoviscidose
• Clones à diffusion internationale?
Conclusion générale
• Connaissances plus précises sur
– Espèces
– Risque environnemental
– Risque de transmission
→ Amélioration de la prévention et des traitements
• Recommandations de bonnes pratiques
– Sensibilisation des personnels soignants.
– Information du patient
– Traçabilité des générateurs thermiques utilisés
– Connecter/déconnecter les tuyaux, tuyaux hors charge, si possible en l’absence du patient
– Placer le générateur thermique le plus loin possible de la table d’opération, diriger le ventilateur
arrière vers la grille d’extraction de l’air de la salle d’opération
– Hygiène des mains
– Respect protocole d’entretien des GT recommandé par l’industriel
– Traçabilité des changements d’eau et de désinfection
– Surveillance prospective des médiastinites et endocardites post-CEC à germes de l’environnement
et germes saprophytes
– Analyses anatomopathologiques et microbiologiques en cas de retrait d’une prothèse valvulaire
entre 6 mois et 5 ans après la pose de la valve, dans un contexte inexpliqué et/ou infectieux