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« Emergents et oubliés » :

Mycobactéries non tuberculeuses

Nicolas Veziris

CNR des Mycobactéries, Bactériologie, Pitié-Salpêtrière, APHP

CiMi, INSERM, Université Pierre et Marie Curie

Généralités

• Classe : SCHIZOMYCETES

• Ordre : ACTINOMYCETALES

• Famille : MYCOBACTERIACEAE

• Genre : MYCOBACTERIUM (1 seul)

Espèces : Pathogènes stricts Pathogènes opportunistes

Réservoir Homme ou animal malade Environnement

Pouvoir pathogène STRICT OPPORTUNISTE

Transmission Interhumaine

CONTAGIOSITE

Pas de transmission

interhumaine

Espèces -complexe "tuberculosis"

(M.tuberculosis, M. bovis,

M.africanum)

tuberculose

-M. leprae lèpre

-responsables d'infections

(M. avium …) ="atypiques"

mycobactérioses

Classification de Runyon

• Groupe I photochromogène

– M.kansasii, marinum

• Groupe II scotochromogène– M.gordonae, szulgai, scrofulaceum,

flavescens

• Groupe III non chromogène– M. avium complex, xenopi, ulcerans,

haemophilum

• Groupe IV croissance rapide– M.fortuitum, chelonae, abscessus,

smegmatis, peregrinum

Réservoir hydrique

Mycobactérie Mycobactériose

• Tsukamura Chest 1991

– 299 patients, étude de l’association entre isolation de

MAC et nouvelle cavité pulmonaire

– 114 : 1 seul isolat 2 avaient une nouvelle cavité.

– 185 : ≥ 2 isolats 181 avaient une nouvelle cavité

– 2 expectorations ou plus positives à MAC évocatrices

d’infection

Critères ATS pour retenir le diagnostic d’infection pulmonaire

Nouvelles espèces

Risque environnemental

Absence de transmission interhumaine?

Nouvelles espèces

Risque environnemental

Absence de transmission interhumaine?

Principales mycobactéries atypiques responsables d’infections

• ≈ 20 espèces communément isolées au laboratoire

• dont une dizaine responsables d’infections :– pulmonaires :

• M. xenopi

• M. kansasii

• M. avium complex (= M. avium et M. intracellulare)

• M. abscessus

– ganglionnaires : M. avium complex, M. scrofulaceum

– cutanées : M. marinum, groupe 4 (M. chelonae, M. abscessus, M. fortuitum), M.ulcerans

– généralisées : M. avium complex, M. kansasii

• Au total ≈ 200 espèces décrites, en augmentation continue car description de nouvelles espèces

Ces nouvelles espèces ont-elles un intérêt médical?

Atteintes cutanées

Atteintes respiratoires

Nouvelles espèces : y a-t-il un intérêt médical?

• Mycobacterium chelonae

– Atteintes cutanées et respiratoires

• 2004 et 2006, Adekambi– M. abscessus séparé en 3 sous-espèces

– M. massiliense

– M. abscessus sensu stricto

– M. bolletii

• 1992, Kusunoki

– Séparé en 2 espèces

– M. chelonae sensu stricto

– M. abscessusAntibiotype

différent

sensibilité à la clarithromycine

résistance inductible

à la clarithromycine (Nash 2009)

Nouvelles espèces : conclusion

• M. avium complex, M. xenopi, M. kansasii et M.abscessus restent les principaux pathogènesopportunistes respiratoires

• Les nouvelles espèces décrites– Ne changent pas les atteintes classiques

mais

– Permettent une nosologie plus précise

Nouvelles espèces

Risque environnemental

Absence de transmission interhumaine?

M. avium complex

Espèce Année

Mycobacterium avium 1901

Mycobacterium intracellulare 1949

Mycobacterium chimaera 2004

Mycobacterium colombiense 2006

Mycobacterium vulneris 2009

Mycobacterium marseillense 2009

Mycobacterium timonense 2009

Mycobacterium bouchedurhonense 2009

Mycobacterium yongonense 2013

Mycobacterium paraintracellulare 2016

Infection à M. chimaera après chirurgie cardiaque :

première description

• 2 cas d’infection mortelle à M. chimaera, 18 à 36 mois après chirurgie cardiaque à cœur

ouvert :

– 1 endocardite

– 1 infection disséminée

– Même génotype

Enquête européenne

• ECDC, 18/11/16 :

• Depuis 2011

– 51 cas

• France : 2

• Allemagne : 5

• Irlande : 4

• Pays-Bas : 4

• Espagne : 1

• Royaume-Uni : 25

• Suisse : 10

– 10 décès (20%)

Gravité++

Incidence estimée 0,4-16/10 000 patient-année

<<risque d’ISO (1% la 1ère année)

• Sax, CID 2015– 6 cas d’infection à M. chimaera

– Chirurgies cardiaques avec

CEC 2008 à 2012

– Latences 1,5 à 3,6 ans

– Culture + tissu cardiaque 4

cas, disséminée 2 cas

– 2 décès

• Kohler, EHJ 2015

Facteurs de risque : étude cas-témoin

• Lyman, EID, 2017 : étude cas-contrôle Pennsylvanie

Chirurgie aortique, remplacement valve, durée de la CEC

Enquête environnementale

M. chimaera identifié dans l'air du bloc opératoire

et dans le générateur thermique (heater-cooler)

Sax, CID 2015

Générateur thermique

• Sommerstein, EID 2016

• Götting, JHI 2016

Génotypage des souches

• Lyman, EID, 2017

Identité des souches des générateurs et des patients

Générateur thermique• Chand, CID 2017

• Lyman, EID, 2017

Biofilms dans le réservoir d’eau

Orifices pouvant laisser passer des aérosols

Pas d’aérosols si orifices bouchés

Diffusion des aérosols : Sommerstein EID 2016

Génotypage par WGS

• Svensson, EID 2017

Souches très proches

dans cas d’infections liés

à générateur thermique 3T dans 3

pays : USA, Royaume-Uni, Danemark

Souches très proches dans 3 pays

Origine unique?

Génotypage par WGS

• Svensson, EID 2017

Différence de souches

entre deux fabricants : Sorin et

Maquet

Souche semble liée au fabricant

M. chimaera retrouvé dans générateurs thermiques neufs 3T de chez Liva-Nova (Ex Sorin)

Il n’y a pas que M. chimaera

• Haller, Eurosurveillance 2016

– Contamination des générateurs thermiques aussi par P. aeruginosa,

S. maltophilia, L. pneumophila, champignons

• Götting, JHI 2016

Biofilms, eau chaude, aérosols =

bactéries environnementales

Exemple

des tours

aéroréfrigérantes

Où en est-on?

• # 50 cas identifiés en Europe

• # 60 cas aux Etats-Unis

• Pas de nouveau cas déclarés depuis les

modifications de fabrication en septembre 2014

(mais toujours générateurs C+ M. chimaera)

Prévention

• Renforcement protocole désinfection

– Pas forcément suffisant (Schreiber, EID 2016)

• Déplacer le générateur thermique dans une

autre pièce (Walker, JHI 2017)

• Confiner le générateur (Schreiber, EID 2016)

Risque environnemental : conclusion

• Epidémie à M. chimaera semble stoppée

• Vigilance en cas de culture positive de prélèvementsextra-respiratoires à mycobactérie non tuberculeuse

Nouvelles espèces

Risque environnemental

Absence de transmission interhumaine?

Un dogme remis en cause

• Aitken, AJRCCM 2012

• Seattle, centre de compétence mucoviscidose

• Suite à un déménagement, arrivée d’un patient infecté par M. massiliense, BAAR+,

R-macrolides, R-amikacine

• 8 mois plus tard

– 4 patients C+ avec la même souche de M. massiliense

– Enquête environnementale négative

– Les 4 cas ont des jours de visite communs avec cas index

Transmission interhumaine de M. massiliense?→ Même tableau décrit au Royaume-Uni (Bryant, Lancet 2013)

Transmission au sein d’un centre

• Bryant, Science 2016

Transmission médiée par l’environnement?

Transmission au sein d’un centre

• Bryant, Science 2016

• 1080 isolats de 517 patients mucoviscidosiques (Etats-Unis, Royaume-

Uni, Irlande, Danemark, Suède, Pays-Bas, Australie)

En faveur de transmission au sein de centres

Diversité très

réduite entre

patients en

faveur de

transmission

Dans un centre :

Corrélation entre

nombre de patients

infectés et le nombre

de patients avec

mêmes souches

avec <20 SNP≠s

Transmission planétaire?• Bryant, Science 2016 : 1080 isolats de 517 patients mucoviscidosiques (Etats-Unis,

Royaume-Uni, Irlande, Danemark, Suède, Pays-Bas, Australie)

Existence de souches très proches de centre différents

Transmission planétaire?

• Bryant, Science 2016

Existence de souches très

proches de différents pays

Circulation planétaire des

clones les plus virulents?

Transmission interhumaine : conclusion

• M. abscessus : transmission probablement vial’environnement

• Nécessité d’hygiène renforcée dans les Centres deRessources et de Compétences de la Mucoviscidose

• Clones à diffusion internationale?

Conclusion générale

• Connaissances plus précises sur

– Espèces

– Risque environnemental

– Risque de transmission

→ Amélioration de la prévention et des traitements

• Recommandations de bonnes pratiques

– Sensibilisation des personnels soignants.

– Information du patient

– Traçabilité des générateurs thermiques utilisés

– Connecter/déconnecter les tuyaux, tuyaux hors charge, si possible en l’absence du patient

– Placer le générateur thermique le plus loin possible de la table d’opération, diriger le ventilateur

arrière vers la grille d’extraction de l’air de la salle d’opération

– Hygiène des mains

– Respect protocole d’entretien des GT recommandé par l’industriel

– Traçabilité des changements d’eau et de désinfection

– Surveillance prospective des médiastinites et endocardites post-CEC à germes de l’environnement

et germes saprophytes

– Analyses anatomopathologiques et microbiologiques en cas de retrait d’une prothèse valvulaire

entre 6 mois et 5 ans après la pose de la valve, dans un contexte inexpliqué et/ou infectieux