KOMPARASI SEKUENS DNA PADA VIRUS H5N1 PADA HOST MANUSIA DAN BURUNG MENGGUNAKAN METODE DIAGRAM POHON SITI FAUZIYAH NRP.1209201716 DOSEN PEMBIMBING Prof. Dr. M. Isa Irawan, MT DR. rer. nat. Ir. Maya Shovitri, M.Si PROGRAM MAGISTER JURUSAN MATEMATIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER SURABAYA
33
Embed
KOMPARASI SEKUENS DNA - digilib.its.ac.id · sekuens DNA. Metode diagram pohon ini menerapkan konsep struktur data pada pohon general dengan jenis kunjungannya adalah post-order traversal.
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
KOMPARASI SEKUENS DNA PADA VIRUS H5N1 PADA HOST MANUSIA DAN
BURUNG MENGGUNAKAN METODE DIAGRAM
POHON
SITI FAUZIYAH
NRP.1209201716DOSEN PEMBIMBING
Prof. Dr. M. Isa Irawan, MT
DR. rer. nat. Ir. Maya Shovitri, M.Si
PROGRAM MAGISTER
JURUSAN MATEMATIKA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER
SURABAYA
Latar Belakang
Komparasi
sekuensEvolusi
Identifikasi
sekuens
Pensejajaran
sekuens
Informasi tingkat
similaritas
Lanjutan
Pensejajaran
sekuens
Pairwise
alignment
Multiple
alignment
Global Lokal
Lanjutan
Metode
pensejajaran
Berbasis dynamic
programming
Algoritma NW
Algoritma SWFASTA
BLAST
dll
Berbasis
heuristik
Diagram
pohon
(Qi, 2009)
Sekuens DNA yang disejajarkan adalah DNA virus
H5N1 yang merupakan virus influenza-A, karena virus
ini memiliki tingkat mutasi sangat tinggi (Mahardika,
2009).
Lanjutan
Perumusan masalah
a. Bagaimana hasil pensejajaran global pasangan sekuens
DNA dengan menggunakan metode diagram pohon pada
virus H5N1 host manusia dan burung.
b. Seberapa besar tingkat kemiripan antara virus H5N1
pada host manusia dan burung.
Tujuan Penelitian
a. Menerapkan metode heuristik yaitu metode diagram pohon untuk melakukan pensejajaran global pasangan sekuens DNA virus H5N1 pada host manusia dan burung.
b. Mengetahui tingkat kemiripan antara virus H5N1 pada host manusia dan burung untuk membuktikanbahwa ada evolusi dalam sekuens DNA virus H5N1.
Manfaat Penelitian
a. Dapat memberikan referensi tentang salah satu
metode pensejajaran sekuens yang berbasis metode
heuristik yaitu metode diagram pohon.
b. Sebagai bahan pembanding bagi peneliti selanjutnya
yang tertarik untuk mengembangkan atau
membandingkan dengan metode pensejajaran
sekuens lainnya.
c. Untuk mempelajari proses evolusi dari sekuens
biologi.
Batasan Masalah
a. Sekuens DNA virus H5N1 yang dimaksud dalam
penelitian ini adalah untuk virus host pada manusia
dan burung (avian) untuk kawasan Asia pada tahun
2008-2011 yang diperoleh dari database GenBank.
b. Sekuens yang di analisis adalah sekuens gen protein
Hemaglutinin (HA).
c. Parameter pada persamaan penskoran (yaitu
parameter penalty gap open dan penalty gap
ekstension) diambil dari nilai-nilai yang ada pada