jakad.id · iii PRAKATA Sebuah pasangan mengalami infertilitas jika perempuan tidak dapat hamil setelah melakukan hubungan seks dengan pasangannya beberapa kali sebulan dalam satu

MENGUNGKAP POTENSI AFRODIASIAKA ALAMI DENGAN

TEKNIK REVERSE DOCKING PADA MATA KULIAH

BIOINFORMATIKA

Dr. Sulfahri, S.Si., M.Si

Riuh Wardhani

Fahrani Anggraeni Makatita

2019

ii

PERPUSTAKAAN NASIONAL REPUBLIK INDONESIA KATALOG DALAM

TERBITAN (KDT)

MENGUNGKAP POTENSI AFRODIASIAKA ALAMI DENGAN TEKNIK

REVERSE DOCKING PADA MATA KULIAH BIOINFORMATIKA

Penulis Sulfahri

Riuh Wardhani

Fahrani Anggraeni Makatita

Desain Cover

Bichiz Daz

Layout Fitri Ani Rahmawati, A.Md

Copyright © 2019 Jakad Publishing

Surabaya

Diterbitkan & Dicetak Oleh CV. Jakad Publishing Surabaya 2019

Jl. Gayung Kebon Sari I No. 1 Surabaya Telp. : 081234408577

E-mail : [email protected]

ISBN: 978-623-7033-24-0

Hak cipta dilindungi oleh Undang-undang Ketentuan Pidana Pasal 112 - 119

Undang-undang Nomor 28 Tahun 2014 Tentang Hak Cipta.

Dilarang keras menerjemahkan, memfotokopi, atau memperbanyak sebagian atau seluruh isi buku ini

tanpa izin tertulis dari penerbit

iii

PRAKATA

Sebuah pasangan mengalami infertilitas jika perempuan tidak

dapat hamil setelah melakukan hubungan seks dengan pasangannya

beberapa kali sebulan dalam satu tahun, tanpa menggunakan metode

kontrasepsi. Sebuah pasangan dapat dikatakan memiliki masalah in-

fertilitas apabila perempuan mengalami keguguran sebanyak 3 kali

atau lebih secara berurutan. Gaya hidup yang kurang baik seperti

minum alkohol, merokok, atau mengunyah tembakau, dan meng-

gunakan obat-obatan terlarang (Narkoba) dapat mempengaruhi ferti-

litas (kesuburan). Infertilitas tidak selalu disebabkan oleh perempuan,

namun juga berkaitan dengan laki-laki. Salah satu penyebab utama

infertilitas pada laki-laki adalah masalah pada saat berhubungan seks

seperti penisnya tidak dapat mengeras/ereksi atau ereksinya tidak

dapat bertahan saat berhubungan seks.

Disfungsi ereksi (DE) adalah ketidakmampuan organ reproduksi

pria untuk melakukan hubungan seksual akibat tidak terjadinya

ereksi pada penis. Gangguan fungsi seksual yang umum terjadi pada

pria dari segala rentang usia, etnis dan latar belakang budaya. Lebih

dari 157 juta pria di seluruh dunia mengalami disfungsi ereksi pada

tahun 1995, dan jumlah ini akan meningkat sebesar 170 juta, dan

menjadi sekitar 322 juta pada tahun 2025. Gangguan seksual tidak

hanya berdampak pada laki-laki, tetapi juga berdampak terhadap

pasangannya sehingga sehingga dapat menyebabkan gangguan psikis

yang berat (Sumampouw dan Wantouw, 2015). Obat-obat oral untuk

penanganan Disfungsi Ereksi yang sudah tersedia di pasaran maupun

yang masih dalam penelitian adalah inhibitor enzim phospho-

diesterase (PDE) 5/sildenafil, apomorfin SL (sublingual), dan phen-

tolamine. Sildenafil diakui oleh Food and Drug dengan keberhasilan

sekitar 60 – 70% tergantung pada penyebab DE. Biasanya sildenafil

iv

mulai bekerja satu jam setelah dikonsumsi dan ereksi akan terjadi

sebagai respon bila terdapat stimulasi seksual. Akan tetapi, sildenafil

memiliki efek samping mulai dari sakit kepala, hipotensi, gangguan

penglihatan, hingga gangguan otot seperti mialgia (Susanto, 2011).

Oleh karena itu, perlu dieksplorasi sumber daya alam yang dapat

berperan sebagai obat afrodisiaka alami.

Banyak cara yang dilakukan dalam mengatasi keluhan DE, salah

satunya adalah dengan obat-obatan. Namun, obat-obatan ditakutkan

memiliki efek samping dalam metabolisme tubuh, oleh karena itu,

kebanyakan orang lebih memilih mengkomsumsi tumbuhan tertentu

untuk mengatasi masalah disfungsi ereksi. Secara tradisional, diketa-

hui banyak tumbuhan yang berpotensi sebagai obat tradisional, khu-

susnya tumbuhan yang meningkatkan gairah seksual. Obat tradisio-

nal adalah bahan atau ramuan bahan yang berupa bahan tum-

buhan, bahan hewan, bahan mineral, sediaan sarian (galenik) atau

campuran dari bahan tersebut yang secara turun temurun telah

digunakan untuk pengobatan, dan dapat diterapkan sesuai dengan

norma yang berlaku di masyarakat.

Indonesia merupakan negara kepulauan yang terletak di kawasan

tropis antara dua benua (Asia dan Australia) dan dua Samudera

(Samudera Hindia dan Samudera Pasifik) yang terdiri atas sekitar

17.500 pulau dengan panjang garis pantai sekitar 95.181 km. Wilayah

Indonesia luasnya sekitar 9 juta km2 (2 juta km2 daratan, dan 7 juta

km2 lautan). Luas wilayah Indonesia ini hanya sekitar 1,3% dari luas

bumi, namun mempunyai tingkat keberagaman kehidupan yang

sangat tinggi. Untuk tumbuhan, Indonesia diperkirakan memiliki 25%

dari spesies tumbuhan berbunga yang ada di dunia atau merupakan

urutan negara terbesar ketujuh dengan jumlah spesies mencapai

20.000 spesies, 40% merupakan tumbuhan endemik atau asli Indo-

nesia. Indonesia dengan keanekaragaman hayati yang ada tentunya

v

memiliki potensi obat tradisional yang tinggi, akan tetapi jumlah jenis

tumbuhan berkhasiat obat yang ada di Indonesia sampai saat ini

belum diketahui secara pasti, sehingga diperlukan penelitian dalam

mengungkap potensi obat pada berbagai tanaman.

Penggunaan tumbuhan obat sebagai bahan baku obat sudah di-

lakukan oleh masyarakat Indonesia sejak dikenalnya proses meramu

dan masih berlangsung hingga kini. Tumbuhan obat digunakan oleh

banyak orang karena relatif memiliki efek samping yang kecil dan

lebih murah dibandingkan dengan obat-obatan kimia. Di sulawesi

sendiri berbagai jenis tumbuhan obat digunakan oleh masyarakat

secara umum seperti untuk mengobati diabetes, asam urat, hipertensi

dan penyakit lainnya. Salah satu tumbuhan yang berpotensi sebagai

Afrodisiak adalah Lunasia amara Blanco atau dikenal dengan nama

lokal Sanrego di Sulawesi Selatan. Sejarah ditemukannya potensi obat

ini cukup unik, yakni diperoleh dari pengamatan terhadap seekor

kuda yang memakan tumbuhan tersebut.

Bab I dari buku ini menjelaskan mengenai tumbuhan Sanrego

Lunasia amara meliputi ciri tanaman Sanrego, penyebaran, sejarah

digunakannya sebagai afrodisiaka hingga kandungan kimia yang

dikandung oleh tumbuhan sanrego. Dengan bantuan soal maka dosen

dapat membantu mahasiswa dalam mengenal lebih dalam tumbuhan

Sanrego Lunasia amara yang merupakan tumbuhan lokal Indonesia

sehingga mahasiswa mampu mengembangkan potensi tumbuhan

tersebut bukan hanya sebagai afrodisiaka, melainkan untuk keperlu-

an medis lainnya.

Bab II dari buku ini menjelaskan mengenai afrodisiaka. Adapun

cakupan pembahasan termasuk defenisi senyawa afrodisiaka, zat

yang meningkatkan libido, zat yang dapat meningkatkan potensi, dan

zat yang dapat meningkatkan pengalaman sensorik selama koitus.

Selain itu dilengkapi juga dengan mekanisme terjadinya ereksi serta

vi

beberapa senyawa alam yang dapat djadikan afrodisiaka. Pemahaman

mengenai mekanisme terjadinya ereksi kemudian menjadi dasar

untuk melakukan teknik bioinformatika pada bab III.

Bab III membahas mengenai teknik analisis potensi senyawa

Sanrego Lunasia amara sebagai afrodisiaka. Dosen dapat membim-

bing mahasiswa secara langsung untuk melakukan reverse docking

yang meliputi koleksi struktur 3D senyawa, prediksi protein target,

pengolahan senyawa protein hingga validasi dan visualisasi interaksi

senyawa alami yang dipilih dengan protein target dalam bentuk 3D

dengan memperhatikan tutorial yang telah disajikan pada buku ajar.

Mekanisme pengungkapan senyawa afrodisiaka alami dari bahan-

bahan alam dilakukan melalui salah satu teknik in silico yaitu reverse

docking.

Keberhasilan penyusunan buku ini tentunya bukan hasil usaha

penulis semata, banyak pihak didalamnya yang telah menyum-

bangkan pikiran, tenaga maupun materil sehingga buku ini dapat

tersusun dengan baik. Ucapan terima kasih penulis ucapkan kepada

keluarga, sahabat, rekan-rekan, dan pihak-pihak lainnya yang telah

berkontribusi dalam penyususnan buku ini. Semoga buku ini mem-

bantu menambah pengetahuan, wawasan dan minat bagi para

pembaca. Buku ini penulis akui masih memiliki banyak kekurangan,

oleh kerena itu penulis sangat mengharapkan kepada para pembaca

untuk memberikan saran-saran yang bersifat membangun untuk

buku ini supaya kedepannya menjadi lebih baik lagi. Harapan penulis,

buku ini dapat menginspirasi sekaligus meningkatkan minat pelajar/

mahasiswa Indonesia dibidang Bioinformatika, penulis melihat bah-

wa mata kuliah ini merupakan mata kuliah milenial yang memung-

kinkan pelajar dapat melakukan riset dalam lingkup digital. Hal ini

tentunya didukung oleh sumber daya alam yang tinggi di negara kita,

sehingga potensi-potensi obat yang terdapat di Indonesia dapat

vii

segera di petakan sehingga secara langsung mendukung sumber daya

manusia yang sehat.

Makassar, Februari 2019

PENULIS

viii

ix

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL ......................................................................... i

PRAKATA ....................................................................................... iii

DAFTAR ISI .................................................................................... vii

DAFTAR GAMBAR ....................................................................... ix

DAFTAR TABEL ............................................................................ xxi

BAB I LUNASIA AMARA ............................................................... 1

A. Ciri/Karakteristik Lunasia amara ............................... 1

B. Penyebaran Lunasia amara .......................................... 3

C. Sejarah Penggunaan Lunasia amara sebagai

Afrodisiaka .......................................................................... 4

D. Kandungan Kimia Lunasia amara .............................. 5

E. Pemanfaatan Lunasia amara ........................................ 8

F. Latihan Soal I ...................................................................... 9

Lampiran Latihan Soal I ....................................................... 9

BAB II AFRODISIAKA ................................................................. 11

A. Pengertian/Defenisi Afrodisiaka ................................ 11

B. Jenis-jenis Afrodisiaka .................................................... 12

C. Latihan Soal II .................................................................... 20

Lampiran Latihan Soal II ..................................................... 20

x

BAB III ANALISIS POTENSI AFRODISIAKA SECARA

IN-SILICO LUNASIA AMARA ....................................... 23

A. Penentuan senyawa target ......................................... 23

B. Penentuan protein target dengan database

senyawa ............................................................................. 23

C. Penentuan Senyawa Protein ...................................... 61

D. Pemotongan Senyawa Protein .................................. 66

E. Analisis Senyawa Afrodisiak Lunasia amara

dengan Teknik Reverse Docking secara

In Silico ............................................................................... 71

F. Klarifikasi Potensi Senyawa Alami Berdasarkan

Mode Of Action Dengan Software PyRx .................. 72

G. Visualisasi Interaksi Antara Senyawa Lunasia

amara Dengan Protein Target ................................... 72

H. Uji Drug-likeness Senyawa Lunasia amara ......... 132

I. Uji ADME/TOX Senyawa Lunasia Amara ........... 135

J. Kesimpulan .................................................................... 155

K. Latihan Soal III ............................................................. 156

DAFTAR PUSTAKA ..................................................................... 158

TENTANG PENULIS ..................................................................... 161

Acer

Highlight

Acer

Sticky Note

Penyiapan Senyawa Target

xi

Daftar Gambar

Gambar 1.1 Morfologi Lunasia Amara............................................ 2

Gambar 1.2 Produk Madu Sanrego................................................ 9

Gambar 2.1 Obat Viagra (Sildenafil) ............................................. 19

Gambar 2.2 Ginseng ............................................................................ 19

Gambar 3.1 Laman awal PubChem................................................ 23

Gambar 3.2 Pencarian senyawa Lunacrine ................................ 24

Gambar 3.3 Database senyawa Lunacrine pada website

PubChem ........................................................................ 24

Gambar 3.4 Pengunduhan bentuk 3d senyawa

Lunacrine ...................................................................... 25

Gambar 3.5 Visualisasi bentuk senyawa Lunacrine dengan

aplikasi Avogadro ....................................................... 26

Gambar 3.6 Penyimpanan senyawa Lunacrine dalam

bentuk PDB .................................................................... 26

Gambar 3.7 Pencarian senyawa Lunacridine di website

PubChem ........................................................................ 27

Gambar 3.8 Database senyawa PubChem .................................. 27

Gambar 3.9 Pengunduhan senyawa Lunacridine dalam

bentuk sdf ...................................................................... 28

Gambar 3.10 Visualisasi 3d senyawa Lunacridine .................. 29

Gambar 3.11 Penyimpanan format Lunacridine dalam

bentuk pdb .................................................................. 29

Gambar 3.12 Pencarian senyawa Hydroxylunacrine di

website PubChem .................................................... 30

Gambar 3.13 Database senyawa Hydroxylunacrine ............ 30

Gambar 3.14 Pengunduhan senyawa Hydroxylunacrine

dalam bentuk sdf ...................................................... 31

Gambar 3.15 Visualisasi 3d senyawa Hydroxylunacrine .. 32

xii

Gambar 3.16 Penyimpanan format Hydroxylunacrine

dalam bentuk pdb..................................................... 32

Gambar 3.17 Pencarian senyawa Kokusagine........................... 33

Gambar 3.18 Database senyawa Kokusagine pada website

PubChem ...................................................................... 33


Kokusagine .................................................................. 34

Gambar 3.20 Visualisasi bentuk senyawa Kokusagine

dengan aplikasi Avogadro ..................................... 35

Gambar 3.21 Penyimpanan senyawa Kokusagine dalam

bentuk PDB ................................................................. 35

Gambar 3.22 Pencarian senyawa Skimmianine ...................... 36

Gambar 3.23 Database senyawa Skimmianine pada

website PubChem ..................................................... 36


Skimmianine ............................................................... 37

Gambar 3.25 Visualisasi bentuk senyawa Skimmianine


Gambar 3.26 Penyimpanan senyawa Skimmianine dalam

bentuk PDB ................................................................. 38

Gambar 3.27 Pencarian senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline ........................................................ 39

Gambar 3.28 Database senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline pada website PubChem........ 39


4-methoxy-2-phenylquinoline ............................ 40

Gambar 3.30 Visualisasi bentuk senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline dengan aplikasi Avogadro... 41

Gambar 3.31 Penyimpanan senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline dalam bentuk PDB ................. 41

xiii

Gambar 3.32 Pencarian senyawa Eduleine ............................... 42

Gambar 3.33 Database senyawa Eduleine pada website

PubChem ..................................................................... 42


Eduleine ....................................................................... 43

Gambar 3.35 Visualisasi bentuk senyawa Eduleine dengan

aplikasi Avogadro .................................................... 43

Gambar 3.36 Penyimpanan senyawa Eduleine dalam

bentuk PDB ................................................................. 44

Gambar 3.37 Pencarian senyawa Lunamarine ........................ 44

Gambar 3.38 Database senyawa Lunamarine pada website

PubChem ..................................................................... 45


Lunamarine ................................................................ 46

Gambar 3.40 Visualisasi bentuk senyawa Lunamarine

dengan aplikasi Avogadro .................................... 46

Gambar 3.41 Penyimpanan senyawa Lunamarine dalam

bentuk PDB ................................................................. 47

Gambar 3.42 Pencarian senyawa β-elemene ........................... 47

Gambar 3.43 Database senyawa β-elemene pada website

PubChem ..................................................................... 48


β-elemene ................................................................... 48

Gambar 3.45 Visualisasi bentuk senyawa β-elemene


Gambar 3.46 Penyimpanan senyawa β-elemene dalam

bentuk PDB ................................................................. 49

Gambar 3.47 Pencarian senyawa Germacrene ........................ 50

Gambar 3.48 Database senyawa Germacrene pada website

PubChem ..................................................................... 50

xiv


Germacrene................................................................. 51

Gambar 3.50 Visualisasi bentuk senyawa Germacrene


Gambar 3.51 Penyimpanan senyawa Germacrene dalam

bentuk PDB ................................................................. 52

Gambar 3.52 Pencarian senyawa Bicyclogermacrene .......... 53

Gambar 3.53 Database senyawa Bicyclogermacrene pada

Website PubChem .................................................... 53


Bicyclogermacrene .................................................. 54

Gambar 3.55 Visualisasi bentuk senyawa

Bicyclogermacrene dengan aplikasi

Avogadro ...................................................................... 55

Gambar 3.56 Penyimpanan senyawa Bicyclogermacrene

dalam bentuk PDB .................................................... 55

Gambar 3.57 Pencarian senyawa α-farnese .............................. 56

Gambar 3.58 Database senyawa α-farnese pada website

PubChem ...................................................................... 56


α-farnese ...................................................................... 57

Gambar 3.60 Visualisasi bentuk senyawa α-farnese dengan

Aplikasi Avogadro .................................................... 58

Gambar 3.61 Penyimpanan senyawa α-farnese dalam

bentuk PDB ................................................................. 58

Gambar 3.62 Pencarian senyawa Bicycloelemene. ................ 59

Gambar 3.63 Database senyawa Bicycloelemene. pada

website PubChem ..................................................... 59


Bicycloelemene.......................................................... 60

xv

Gambar 3.65 Visualisasi bentuk senyawa Bicycloelemene.


Gambar 3.66 Penyimpanan senyawa Bicycloelemene.

dalam bentuk PDB ................................................... 61

Gambar 3.67 Halaman Awal UniProt........................................... 62

Gambar 3.68 Pencarian nitric oxide synthase pada kotak

pencarian ..................................................................... 62

Gambar 3.69 Pemilihan database senyawwa nitric oxide

synthase ....................................................................... 63

Gambar 3.70 Database senyawa nitric oxide synthase pada

manusia ........................................................................ 63

Gambar 3.71 Tampilan awal situs Protein Data Bank .......... 64

Gambar 3.72 Pemilihan kode PDB senyawa nitric oxide

synthase ....................................................................... 65

Gambar 3.73 Pencarian kode senyawa nitric oxide

synthase ....................................................................... 65

Gambar 3.74 Pengunduhan bentuk 3d senyawa nitric

oxide synthase ........................................................... 66

Gambar 3.75 Tampilan awal aplikasi PyMol ............................ 67

Gambar 3.76 Struktur 3d senyawa nitric oxide synthase ... 67

Gambar 3.77 Pemilihan ikatan protein ..................................... 68

Gambar 3.78 Duplikasi senyawa protein ................................... 69

Gambar 3.79 Penggantian nama senyawa protein yang

telah dihilangkan ikatan selain protein ........... 69

Gambar 3.80 Tampilan senyawa nitric oxide synthase

setelah dibersihkan ................................................. 70

Gambar 3.81 nitric oxide synthase bersih ................................. 70

Gambar 3.82 Penyimpanan senyawa protein yang sudah

dibersihkan ................................................................. 71

Gambar 3.83 Tampilan awal PyRx 0.8 ........................................ 73

xvi

Gambar 3.84 Pemasukan file yang akan di docking ................ 74

Gambar 3.85 Persiapan file untuk di docking ............................ 74

Gambar 3.86 Pemilihan file docking ............................................... 75

Gambar 3.87 Proses docking .............................................................. 75

Gambar 3.88 Hasil docking ................................................................. 76

Gambar 3.89 Visualisasi senyawa lunacrine (merah)

dengan nitric oxide synthase (hijau) ................ 76

Gambar 3.90 Visualisasi senyawa lunacrine (merah)


Gambar 3.91 Visualisasi senyawa lunacrine (merah),

senyawa kontrol sildenafil (kuning) dan

nitric oxide synthase (hijau) ................................ 77

Gambar 3.92 Visualisasi senyawa lunacrine (merah),


nitric oxide synthase (hijau) ................................ 78

Gambar 3.93 Pemasukan file yang akan di docking ................. 79

Gambar 3.94 Persiapan file untuk di docking ............................. 79

Gambar 3.95 Pemilihan file docking ................................................ 80

Gambar 3.96 Proses docking ............................................................... 80

Gambar 3.97 Hasil docking ................................................................. 81

Gambar 3.98 Visualisasi senyawa lunacridine (ungu)


Gambar 3.99 Visualisasi senyawa lunacridine (ungu)


Gambar 3.100 Visualisasi senyawa lunacridine (ungu),


nitric oxide synthase (hijau) ............................. 82

Gambar 3.101 Visualisasi senyawa lunacridine (ungu),



xvii

Gambar 3.103 Pemasukan file yang akan di docking .............. 83

Gambar 3.104 Persiapan file untuk di docking .......................... 84

Gambar 3.105 Pemilihan file docking ............................................. 84

Gambar 3.106 Proses docking ............................................................ 85

Gambar 3.107 Hasil docking ............................................................... 85

Gambar 3.108 Visualisasi senyawa hydroxylunacrine

(biru) dengan nitric oxide synthase (hijau).. 86


(biru) dengan nitric oxide synthase (hijau) ... 86


(biru), senyawa kontrol sildenafil (kuning)

dan nitric oxide synthase (hijau) .................... 86


(biru), senyawa kontrol sildenafil (kuning)

dan nitric oxide synthase (hijau) .................... 87






Gambar 3.117 Visualisasi senyawa kokusagine (hitam)

dengan nitric oxide synthase (hijau) ............... 90



Gambar 3.119 Visualisasi senyawa kokusagine (hitam),


nitric oxide synthase (hijau) ............................... 91




xviii





Gambar 3.125 Hasil docking ................................................................ 94

Gambar 3.126 Visualisasi senyawa skimmiamine

(biru-merah) dengan nitric oxide synthase

(hijau) ......................................................................... 94


(biru-merah) dengan nitric oxide synthase

(hijau) ......................................................................... 94


(biru-merah), senyawa kontrol sildenafil

(kuning) dan nitric oxide synthase (hijau) ..... 95


(biru-merah), senyawa kontrol sildenafil

(kuning) dan nitric oxide synthase (hijau) ..... 95






Gambar 3.135 Visualisasi senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline (coklat) dengan nitric

oxide synthase (hijau).......................................... 98


phenylquinoline (coklat) dengan nitric


xix


phenylquinoline (coklat), senyawa kontrol

sildenafil (kuning) dan nitric oxide synthase

(hijau) ........................................................................ 99


phenylquinoline (coklat), senyawa kontrol

sildenafil (kuning) dan nitric oxide synthase

(hijau) ........................................................................ 99






Gambar 3.144 Visualisasi senyawa eduleine (merah muda)

dengan nitric oxide synthase (hijau) ............. 103


dengan nitric oxide synthase (hijau) ............ 103

Gambar 3.146 Visualisasi senyawa eduleine (merah muda),








Gambar 3.150 Pemilihan file docking ............................................ 106

Gambar 3.151 Proses docking ........................................................... 106

Gambar 3.152 Hasil docking .............................................................. 107

xx

Gambar 3.153 Visualisasi senyawa lunamarime

(merah muda-biru-merah) dengan nitric



(merah muda-biru-merah) dengan nitric



(merah muda-biru-merah), senyawa

kontrol sildenafil (kuning) dan nitric



(merah muda-biru-merah), senyawa

kontrol sildenafil (kuning) dan nitric







Gambar 3.162 Visualisasi senyawa β-elemene (abu-abu)


Gambar 3.163 Visualisasi senyawa β-elemene (abu-abu)


Gambar 3.164 Visualisasi senyawa β-elemene (abu-abu),







xxi





Gambar 3.171 Visualisasi senyawa germacrene (violet)


Gambar 3.172 Visualisasi senyawa germacrene (violet)


Gambar 3.173 Visualisasi senyawa germacrene (violet),



Gambar 3.174 Visualisasi senyawa germacrene (violet),








Gambar 3.180 Visualisasi senyawa bicyclogermacrene

(jingga) dengan nitric oxide synthase

(hijau) ........................................................................... 121


(jingga) dengan nitric oxide synthase

(hijau) ........................................................................... 121


(jingga), senyawa kontrol sildenafil (kuning)

dan nitric oxide synthase (hijau) ............................... 121

xxii


(jingga), senyawa kontrol sildenafil (kuning)

dan nitric oxide synthase (hijau) ........................ 122






Gambar 3.189 Visualisasi senyawa α-farnese (biru tua)


Gambar 3.190 Visualisasi senyawa α-farnese (biru tua)


Gambar 3.191 Visualisasi senyawa α-farnese (biru tua),

senyawa kontrol sildenafil (Kuning) nitric


Gambar 3.192 Visualisasi senyawa α-farnese (biru tua),

senyawa kontrol sildenafil (Kuning) nitric







Gambar 3.198 Visualisasi senyawa bicycloelemene (zaitun)




Gambar 3.200 Visualisasi senyawa bicycloelemene (zaitun),



xxiii




Gambar 3.202 Tampilan awal SwissADME ................................ 133

Gambar 3.203 Halaman Awal AdmetSAR ................................... 136

Gambar 3.204 Halaman Uji ADME/TOX pada AdmetSar ..... 136

xxiv

xxv

Daftar Tabel

Tabel 3.1 Nilai binding affinity senyawa Lunasia amara ....... 131

Tabel 3.2 Hasil uji Aturan Lipinski’s Senyawa Lunasia

amara .................................................................................... 134

Tabel 3.3 Hasil Uji ADME/TOX Lunacrine dan

Lunacridine ......................................................................... 137

Tabel 3.4 Hasil Uji ADME/TOX Hydroxylunacrine dan

Kokusagine .......................................................................... 138

Tabel 3.5 Hasil Uji ADME/TOX Skimmiamine dan 4-

Methoxy-2- Phenylquinoline ....................................... 140

Tabel 3.6 Hasil Uji ADME/TOX Eduleine dan Lunamarine .. 142

Tabel 3.7 Hasil Uji ADME/TOX β-elemene dan

Germacrene ........................................................................ 144

Tabel 3.8 Hasil Uji ADME/TOX Bicyclogermacrene dan

α-farnase .............................................................................. 145

Tabel 3.9 Hasil Uji ADME/TOX Bicycloelemene ....................... 147

xxvi

1

BAB I

LUNASIA AMARA

A. Ciri/Karakteristik Lunasia amara

Lunasia amara mempunyai beberapa nama daerah, yaitu

kemaitan, maitan (Jawa) mamaitan (Madura), makelum halahuna,

aifafa, Pintan (Minahasa), bungkus susu (Maluku) dan sanrego

(Bone) (Heyne, 1987; EISAI, 1995; Trubus, 1999). Menurut Heyne

(1987), kemaitan mempunyai ciri morfologi berbentuk pohon

rendah (perdu) dengan tinggi mencapai 12 m, dan gemang (besar)

12 cm. Maitan merupakan perdu dengan kulit batang yang pahit

dan beracun, daun tersusun spiral, dengan bunga berwarna

kuning pucat berukuran kecil (EISAI, 1995). Sedangkan dalam

Trubus (1999), diterangkan bahwa kemaitan merupakan pohon

tegak tidak bercabang (monopodial) mencapai tinggi 12 m, keras

dan licin. Berdaun lebat di mana daun mudanya ditutupi bulu-bulu

putih dan coklat. Bagian kelopak bunganya ditutupi bulu coklat

berukuran 1,5 mm dan mengeluarkan bau yang harum. Menurut

Rahardjo (1999) tumbuhan sanrego diklasifikasikan sebagai

berikut:

Kingdom : Plantae

Divisio : Spermatophyta

Classis : Angiospermae

Subclassis : Dicotyledonae

Ordo : Sapindales

Familia : Rutaceae

Genus : Lunasia

Species : Lunasia amara Blanco

2

Gambar 1.1 Morfologi Lunasia Amara

(Sumber : Dokumentasi Pribadi)

Kemaitan merupakan tumbuhan berupa

perdu tegak, kebanyakan mempunyai tinggi 3

meter. Rantingnya licin dengan bagian ujung

mudanya berwarna seperti buah zaitun.

Daunnya tersusun secara sasak altemate,

berbentuk oblong-obovate, dengan ukuran

panjang 20-40 cm dan lebar 7-12 cm. Bunga

jantan dan betina tertutup dengan sisik

lepidote, berukuran kecil, berwarna kuning,

kebanyakan axillary inflorescence, yang mana

lebih pendek dari tangkai daunnya, masing

masing mempunyai panjang sekitar 1 cm atau

lebih. Buahnya terdiri dari 3 kapsul

kekuningan, licin dan memiliki bagian seperti

urat, membuka sepanjang uratnya dengan bagian atasnya seperti

jahitan luka (Quisumbing, 1951).

Tahukah

Anda ?

Potensi

Lunasia

amara

sebagai

afrodisiaka

mulanya

diamati pada

seekor kuda

jantan yang

dinamai La

Bolong.

Coba

perhatikan

Gambar 1.

Di daerah

kalian,

tumbuhan

ini

namanya

apa yah ?

3

B. Penyebaran Lunasia amara

Dikutip dalam Odum (1971), mengatakan bahwa penyebaran

tumbuhan dalam suatu habitat umumnya dipengaruhi oleh

tuntutan tumbuhan tersebut untuk memperoleh ruang tumbuh,

cahaya matahari, dan zat makanan yang lebih baik untuk

pertumbuhan dan perkembangannya. Selanjutnya dalam Weaver

(1938) dijelaskan bahwa kondisi lingkungan seperti tanah,

topografi, curah hujan. dan suhu juga akan mempenganuhi pola

penyebaran suatu jenis tumbuhan.

Beberapa pustaka mengungkapkan lokasi penyebaran

kemaitan agak berbeda. EISAI (1995), menyebutkan bahwa

penyebaran kemaitan di Nusantara mencakup beberapa wilayah

yang tersebar di Jawa Tengah Jawa Timur, Nusa Barung, Madura.

Sulawesi, dan Indonesia Bagian Timur. Potensi terbesar kemaitan

ada di Sulawesi dan daerah Irian Jaya (Heyne, 1987; EISAI, 1995;

Trubus, 1999.

Berdasarkan data yang dihimpun dari penelusuran koleksi

herbarium kemaitan di Herbarium Bogoriense, ditemukan bahwa

penyebaran kemaitan yang diketahui hingga saat ini mencakup

wilayah Jawa, Madura, Bali, Flores, Tanimbar, Sumbawa.

Kalimantan, Sulawesi, Irian (Papua), dan Filipina. Hal tersebut

menandakan habitat kemaitan berbeda-beda di tiap-tiap lokasi.

Adapun tipe habitat yang diketahui merupakan daeah penyebaran

kemaitan meliputi hutan pegunungan, hutan primer, hutan

sekunder muda, bukit dengan tanah kapur, dataran rendah ultra

basic, daerah dekat lembah sungai serta hutan hujan tropis.

Habitat Kemaitan kebanyakan ditemukan di daerah dekat

pantai, hutan kering dan daerah bersemak dengan ketinggian 1-

400 Mdpl (Backer & Bakhuizen 1965). Heyne (1987)

mengemukakan bahwa kemaitan tumbuh pada ketinggian

dibawah 400 Mdpl. Tumbuh di perbukitan yang gundul dan

4

berbatu, terkadang pada karang batu yang gundul di dekat pantai.

Trubus (1999) menambahkan bahwa kemaitan tumbuh di antara

semak belukar pada daerah panas hingga sejuk yang memiliki

ketinggian dibawah 400 Mdpl.

C. Sejarah Penggunaan Lunasia amara sebagai Afrodisiaka

Penggunaan Lunasia amara sebagai obat afrodisiaka terjadi

secara tidak sengaja. Dilansir dari artikel yang ditulis oleh Hafid

pada Beritatagar.id alkisah di Sulawesi Selatan, saat La Tenri Rawe

Bongkange yang bestari menjadi Raja Bone ke-7 (1568-1584), ada

seekor kuda jantan bernama La Bolong (si hitam) milik Arung

Sanrego. Sang kuda tak sengaja menemukan satu tanaman di

hutan berbukit. Setiap kali La Bolong melahap tumbuhan itu,

kontan berahinya memuncak. Sejurus kemudian langsung

mencari kuda betina. Dalam sehari itu La Bolong mampu

melampiaskan birahinya kepada 40 ekor kuda betina.

Keperkasaan La Bolong telah menjadi legenda turun-temurun

dalam keluarganya. Melihat hal tersebut, Arung Sanrego

keheranan. Ia tertarik dengan kayu yang selalu dielus sang kuda.

Lalu melakukan uji coba kepada beberapa hewan peliharaan lain,

seperti kucing, anjing, dan ayam. Caranya dengan memberi air

rebusan kayu tersebut. Ternyata reaksi yang sama terjadi. Semua

hewan birahi tak terkira berkat kayu ajaib tersebut. Setelah

merasa cukup yakin, Arung Sanrego menguji khasiat kayu tadi

kepada putranya, Bangkung Pettareng. Sesuatu yang tak biasa pun

terjadi. Vitalitas Bangkung meningkat luar biasa. Alhasil 41

istrinya, kecuali yang pertama, semuanya hamil. Bangkung lalu

bersumpah akan membuat istri pertamanya juga bunting. Sumpah

itu kemudian bisa terpenuhi tapi dengan cara yang unik sekaligus

membuktikan khasiat bolong sanrego. Konon saat meninggal dan

jasadnya dimandikan, istri pertama keheranan melihat lase (penis

5

dalam bahasa Bugis) Bangkung masih "hidup". Dipersilakanlah

permaisuri memasuki bilik dan menuntaskan hajat suaminya.

Sembilan bulan kemudian, istri pertama melahirkan anak yang

diberi nama I Ladica Puang Makuasa. Sejak peristiwa itu, kisah soal

kayu ajaib ini terkenal hingga ke seantero negeri bone. Mereka pun

menyebutnya kayu bolong sanrego sebagai penghormatan kepada

kuda milik Arung Sanrego. Tempat ditemukannya kayu tersebut

hingga kini diberi nama Desa Sanrego

D. Kandungan Kimia Lunasia amara

Dalam beberapa studi fitokimia yang dilakukan pada Lunasia

amara, telah diidentifikasi empat kelompok utama alkaloid

quinoline pada tanaman ini (Macabeo and Aguinaldo, 2008), yaitu:

1. Dimethylallyl-2-Quinolones.

Kelompok alkaloid ini adalah yang paling luas dan telah

diteliti dengan baik. Senyawa ini secara biologis diproduksi

melalui pra-kondensasi asam antranilat dan asetat untuk

menghasilkan kuinolon, turunan kuinolin yang sangat

teroksidasi. Transformasi biosintesis lebih lanjut seperti

penambahan nukleofilik dari 3,3 dimethylallyl (dari asam

mevalonic) membentuk metabolit 3-(3 ', 3dimethylallyl)-4-O-

alkyl-2-quinolone. Beberapa senyawa pada Lunasia amara

termasuk yang termasuk dalam kelompok ini yaitu

lunacridine dan turunan hidroksinya, lunidine dan turunan

hidroksinya serta lunidonine. Alkaloid lain yang tidak dikenal

jauh adalah lunolone.

2. Furoquinolines

Jenis metabolit nitrogen ini dianggap sederhana secara

kimia. Sebagian besar memiliki gugus aril dan biasanya

divariasikan berdasarkan cara substitusi cincin dalam

struktur benzenoid dan adanya gugus metoksi pada C4. Dua

6

alkaloid kuinolin yang diidentifikasi dari Lunasia amara dari

kelompok ini adalah kokusagine (7,8methylenedioxy-

dictamnine) dan skimmianine.

3. Furoquinolones

Kelompok senyawa dasar ini secara

klasik dikenal sebagai konstituen alami

artefaktual hingga mereka telah ditemu-

kan secara alami di beberapa genera,

berdasarkan struktur cincin dasarnya,

baik sebagai furoquinoline sederhana

atau sebagai 2-isopropyl-2,3-ihydrofuro-

quinoline. Genus Lunasia dianggap

sebagai salah satu sumber utama

senyawa ini bersama dengan genera

Ptelea dan Balfourodendron. Informasi

kemotak-sonomi ini menempatkan

Lunasia pada beberapa literatur ke

Toddalioideae (sub-familia Pteleinae).

Metabolit alkaloid isopropil utama yang

diisolasi dari Lunasia amara adalah

lunacrine bersama dengan sejumlah kecil lunin. Dua alkaloid

minor tambahan, yang memiliki gugus hidroksil dalam gugus

isopropilnya juga diidentifikasi, senyawa ini adalah

hydroxylunacrine dan hydro-xylunine. Hydroxylunacrine

memiliki gugus metoksi pada cincin benzenoidnya sedangkan

hydroxylunine memiliki gugus metilenoksi. Selain itu, alkaloid

yang tidak teridentifikasi, lunacrinol, juga diisolasi dalam

jumlah yang sangat kecil. Senyawa kelima dari kelompok ini

yang diidentifikasi pada Lunasia amara adalah lunasine,

alkaloid furoquinoline kuaterner. Alkaloid yang larut dalam

Tahukah

Anda?

Selain sebagai

Afrodiasiaka,

menurut

Atkinson

(1956) dan

Collins

(1990)

senyawa yang

terkandung

pada Lunasia

amara juga

bersifat

Antibakteri

7

air ini digunakan sebagai referensi dalam hipotesis

biosintesis.

4. 2-Arylquinolines dan 4-kuinolon

Kelompok alkaloid ini diturunkan secara biogenetis

melalui kondensasi asam antranilat dan asam aromatik

lainnya seperti fenilalanin dan tirosin. Bersamaan dengan

genera Balfourodendron dan Orixa, genus Lunasia dilaporkan

mengandung kelompok alkaloid tersebut. Informasi ini

selanjutnya memberikan bukti mengenai hubungan biokimia

yang kuat antara ketiga genera Rutaceae. 2-arylquinolin yang

diidentifikasi dari Lunasia amara adalah 4-methoxy2-

phenylquinoline dan 4-methoxy-2-(3',4'methylenedioxy-

phenyl) quinoline (graveolinine) sementara dua 4-kuinolon

yang dikenal dari tanaman ini adalah 2-phenyl-4quinolone

dan lunamarine.

Selain itu, juga ditemukan adanya kandungan senyawa

sesquiterpen pada Lunasia amara. Sesquiterpen adalah

kelompok isoprenoid C15 yang ditemukan di tanaman tingkat

tinggi dan rendah, mikroba dan beberapa organisme laut.

Banyak yang memiliki aktivitas biologis, termasuk sifat

antimikroba, antitumor, dan sitotoksik. Pada tanaman,

mereka memainkan peran ekologis penting dalam interaksi

dengan serangga dan mikroba dan bertindak sebagai atraktan,

penangkal, antifidan, dan phytoalexin. Sesquiterpen adalah

komponen kunci dari banyak minyak atsiri. Ketika disuling

dari materi tanaman, senyawa ini merangsang kelenjar dan

hati, serta memiliki sifat anti-alergen, antispasmodik, dan anti-

inflamasi. Daun L. amara menghasilkan minyak esensial yang

terutama terdiri dari β-elemene, germacrene, bicycloger-

macrene, bicycloelemene, γ-elemene dan farnesene (Macabeo

and Aguinaldo, 2008).

8

E. Pemanfaatan Lunasia amara

Sampai saat ini bagian yang dimanfaatkan dari kemaitan

adalah bagian kulit batang dan daun yang telah dikeringkan (C.

Jerasi. 1992 dalam Sidik. 1999). Adapun manfaat dari kemaitan

menurutnya adalah sebagai obat gosok bagian tubuh yang

bengkak, obat koskado dan obat penambah nafsu birahi

(aphrodisiac). Daru dkk (1999) dalam Muhtadi (1999),

mengungkapkan bahwa pemberian infus daun kemaitan terhadap

anak ayam jantan White Leghorn berumur 3 hari menyebabkan

pertambahan berat dan bentuk jengger, berat testis dan berat

bursa fabrisius. Hal ini menunjukkan bahwa daun kemaitan

memilik aktivitas androgenik. Kulit batang kemaitan bermanfaat

sebagai obat nyeri perut, penawar racun ular dan serangga,

sedangkan daunnya bermanfaat sebagai obat bengkak dan

penyubur rambut (EISAL, 1995).

Dalam Trubus (1999), disebutkan bahwa kemaitan

bermanfaat sebagai pelancar saluran urin, memacu gairah seksual,

kosmetik, penghambat pertumbuhan bakteri (Eschericia coli,

Shygella bodyi dan Staphylococcus aureus), obat diare, penawar

racun makanan dan bisa ular serta mengatasi kelainan kulit.

Bangsa Philipina memanfaatkan kulit batang, biji, serta daun

Lunasia amara untuk digunakan dalam dunia pengobatan.

Penyakit yang sering diatasi dengan bahan ini adalah luka akibat

gigitan lar dan gangguan pada organ-organ pencemaan

(Quisumbing, 1951).

9

Gambar 1.2 Produk Madu Sanrego

(Sumber : Dokumentasi Pribadi)

F. Latihan Soal I

1. Apa senyawa dalam Sanrego Lunasia amara yang berpotensi

sebagai afrodisiaka?

2. Bagaimana pemanfaatan Sanrego Lunasia amara di

masyarakat?

Lampiran Latihan Soal I

Jawaban:

1. Senyawa pada Sanrego Lunasia amara yang berpotensi

sebagai afrodisiaka yaitu dari golongan alkaloid quinoline

yaitu lunacridine, kokusagine, skimmiamine, lunacrine,

hydroxylunacrine, 2-phenyl-4quinolone, lunamarine serta

beberapa senyawa sesquiterpene seperti β-elemene,

germacrene, bicyclogermacrene, bicycloelemene, γ-elemene

dan farnesene (Macabeo and Aguinaldo, 2008).

2. Di masyarakat sendiri, khususnya masyarakat Bone Sulawesi

Selatan Sanrego Lunasia amara telah lama digunakan sebagai

afrodisiaka. Selain itu Sanrego Lunasia amara dapat

digunakan untuk pelancar saluran urin, memacu gairah

seksual, kosmetik, penghambat pertumbuhan bakteri

10

(Eschericia coli, Shygella bodyi dan Staphylococcus aureus),

obat diare, penawar racun makanan dan bisa ular serta

mengatasi kelainan kulit (Trubus, 1999).

11

BAB II

AFRODIASIAKA

A. Pengertian/Defenisi Afrodisiaka

Istilah impotensi dulunya digunakan untuk menggambarkan

kondisi ketidakmampuan laki-laki untuk

mencapai dan mempertahankan ereksi yang

memadai dalam hubungan seksual. Walaupun

istilah ini telah digunakan selama berabad-

abad, namun menyebabkan banyak ke-

bingungan dan telah digantikan dengan istilah

'disfungsi ereksi' sejak 1992 (Shah, 2002).

Pencarian obat atau resep yang dapat

meningkatkan fungsi seksual atau mengobati disfungsi ereksi pria

(DE) telah menjadi obsesi sepanjang sejarah yang diketahui,

apakah itu peradaban Timur maupun Barat, religius ataupun ateis,

aspirasi manusia untuk "kejantanan" yang lebih baik telah menjadi

tujuan sejarah. Dalam ulasan Shah (2002), berbagai pemikiran dan

reaksi peradaban yang berbeda mengenai tujuan ini dengan fasih

dibahas. Contohnya, puisi dari peradaban Hindu yang berasal dari

3.000 hingga 4.000 tahun menggambarkan penelitian terbaru

tentang pencarian bahan-bahan yang dapat meningkatkan

seksualitas. Salah satu dari resep ini menggambarkan secara alami

nilai nutrisi makanan, parfum dan bahkan rempah-rempah yang

dapat meningkatkan kemampuan seksual pria. Dalam sebuah teks

Cina kuno (2697 hingga 2595 SM), obat yang terdiri dari 22

ramuan diceritakan diminum oleh kaisar dan mampu

meningkatkan mortalitas 1.200 wanita. Dalam sejarah lain, bangsa

Mesir kuno menjelaskan banyak obat yang digunakan dalam

mengobati difungsi ereksi termasuk konsumsi pinus, garam, dan

semangka (Shamloul, 2010).

Coba Cari

Tahu !

Bagaimana

ereksi

terjadi

secara alami

pada tubuh

?

12

Afrodisiak didefinisikan sebagai

makanan atau obat apa pun yang mem-

bangkitkan naluri seksual, menginduksi

hasrat pemujaan dan meningkatkan ke-

senangan serta kinerja seksual. Kata ini

berasal dari 'Astrodite' Dewi Cinta dan

keindahan Yunani. Zat-zat ini berasal dari

tumbuh-tumbuhan, hewan atau mineral

dan sejak dahulu kala mereka telah

meningkatkan gairah manusia. Banyak

zat alami secara historis dikenal sebagai

afrodisiak di Afrika dan Eropa, seperti

yohimbine dan tanaman mandrake, serta

cula badak tanah dalam budaya Tiongkok

dan "lalat Spanyol" yang sebenarnya

beracun. Bahkan di budaya saat ini, ada

makanan tertentu yang digunakan

sebagai afrodisiak, termasuk stroberi dan

tiram mentah. Cokelat, kopi, dan madu

juga dipercaya memiliki potensi afrodisiak. Meskipun bahan alami

ini diklaim sebagai afrodisiak, tidak ada atau sedikit informasi

ilmiah yang mendukung pernyataan tersebut (Kotta et al., 2013).

B. Jenis-jenis Afrodisiaka

Obat Viagra (sildenafil) telah menarik perhatian publik untuk

afrodisiak. Pencarian untuk zat-zat tersebut berawal dari ribuan

tahun lalu. Afrodisiak dapat diklasifikasikan berdasarkan cara

kerjanya menjadi 3 jenis, yaitu jenis yang meningkatkan (1) libido,

(2) potensi, dan (3) kenikmatan seksual. Berbagai zat hewan dan

tumbuhan telah digunakan dalam obat-obatan tradisional dari

Dikutip dari

Campbell et al.

(2010), Selama

peningkatan

gairah seksual,

neuron-neuron

tertentu

melepaskan NO

(Nitrit Oxide)

kedalam jaringan

erektil peni

sehingga sel-sel

otot polos

berelaksasi dan

pembuluh darah

sekitarnya

melebar dan

mengisi jaringan

erektil.

13

berbagai budaya, beberapa telah

diidentifikasi secara farmakologis, me-

mungkinkan untuk memahami mekanisme

aksi mereka. Contohnya ambrein,

konstituen utama Amra grisea yang

digunakan di negara-negara Arab. Untuk

meningkatkan libido Alkohol triterpen

trisiklik ini meningkatkan konsentrasi

beberapa hormon hipofisis anterior dan

testosteron serum. Kulit dan kelenjar kodok

Bufo mengandung bufotenine (dan bufa-

dienolides lainnya), suatu congener

halusinogenik diduga dari serotonin. Untuk

meningkatkan potensi, Panax ginsen

digunakan dalam pengobatan tradisional Tiongkok.

1. Zat Yang meningkatkan Libido

Afrodisiak ini bekerja pada level sistem saraf pusat

dengan mengubah neurotransmitter spesifik atau konsentrasi

hormon seks tertentu. Beberapa golongan senyawa ini dapat

menjadi efektif pada kedua jenis kelamin, meskipun sebagian

besar bekerja melalui peningkatan konsentrasi testosterone

sehingga dapat dikatakan bekerja lebih efektif pada pria.

Berikut beberapa contoh senyawa atau tumbuhan yang

bersifat afrodisiak dengan meningkatkan libido:

a. Ambrein

Zat penyusun utama pada Ambra grisea, digunakan di

negara-negara Arab. Ditemukan dalam usus paus sperma,

dan penggunaannya dalam pengobatan tradisional sangat

luas, mulai dari pengobatan sakit kepala dan rematik (dan

memang sifatnya yang anti-inflamasi dan antinosiseptif

telah diperlihatkan) hingga pembuatan parfum serta

Tahukah

Anda?

Afrodisiak

diklasifikasika

n berdasarkan

cara kerjanya

menjadi 3

jenis, yaitu

jenis yang

meningkatkan

(1) libido, (2)

potensi, dan

(3) kenik-

matan seksual.

14

untuk peningkatan kinerja seksual. Penelitian pada

hewan telah menunjukkan bahwa alkohol triterpen

trisiklik ini meningkatkan konsentrasi beberapa hormon

hipofisis anterior dan testosteron serum, yang pada

gilirannya merangsang sintesis reseptor dopamin dan

perilaku seksual. Ambrein juga meningkatkan aliran nor

adrenergik, yang kemudian merangsang gairah seksual,

dan itu dapat bekerja antagonis dengan kontraktil dari

berbagai agen (asetilkolin, noradrenalin, prostaglandin,

oksitosin) pada otot polos.

b. Salvia hematematik

Telah dilaporkan memiliki efek ansiolitik (meng-

hambat kecemasan), mengurangi sintesis serotonin otak,

dan mengandung flavonoid yang memiliki sifat anti-

oksidan. Senyawa antioksidan dapat mengubah tingkat

androgen.

c. Lithospermum arvense (bird millet)

adalah tanaman yang daun dan bijinya memiliki sifat

androgenik, gonadotropik, dan estrogenik, karenanya

memiliki efek afrodisiak. Tidak diketahui adanya

toksisitas.

Di negara-negara Arab, Brassica rapa, Prunus

amygdalus, dan Zingiber officinale digunakan sebagai

bahan yang memiliki efek afrodisiak dan berbagai sifat

medis lainnya. Penelitian pada hewan telah menunjukkan

aktivitas androgeniknya, dengan toksisitas terbatas pada

efek androgen (penambahan berat badan, alopesia) dan

anemia ringan.

d. Bufotenin

Kulit kodok dan kelenjar bufo mengandung bufotenin

dan turunannya yang dimetilasi-O, 5-MeO-DMT (5-

15

metoksi-N, N-dimetiltiltriptamin), suatu senyawa yang

yang bersifat halusinogenik serotonin. Ini adalah bahan

aktif dalam batu cinta India Barat dan obat Cina chan su.

Penggunaannya berasal dari zaman prasejarah,

menyebar pada banyak budaya dan benua. Karena

sifatnya, bahan ini direkomendasikan sebagai obat

jantung dan diuretik serta untuk menghentikan diatesis

pendarahan. Sifat afrodisiak kemungkinan berasal dari

saraf pusat, seperti juga efek (psikoaktif) obat lainnya,

karenanya, ia terdaftar sebagai halogenogen. Kodok

memiliki posisi yang menonjol dalam mitologi, agama,

ritual okultisme dan sihir, serta dongeng. Bagaimana

popularitas itu berhubungan dengan racunnya adalah

sebuah misteri.

Peningkatan perilaku seksual yang tidak spesifik

terjadi dengan asupan stimulan sistem saraf pusat, seperti

amfetamin, kokain, agen dopaminergik, kafein, obat

antiserotonin dan ganja. Berbagai stimulan yang terdapat

pada minuman dan turunan kunyah dari kacang kola,

guarana, dan pinang, penggunaannya sebagai obat

rekreasional dan afrodisiak tersebar luas di Afrika, Asia,

dan Amerika Latin. Kacang-kacangan juga mengandung

tanin, yang sifatnya karsinogenik dan antinutrisi terkenal.

Efek etanol kemungkinan melalui disinhibisi, tetapi

menurunkan potensi.

2. Zat Yang meningkatkan Potensi (memungkinkan atau

mempertahankan ereksi)

Cara kerja senyawa ini umumnya melalui induksi

vaskodilatasi, untuk memungkinkan ereksi terjadi. Obat

semacam ini digunakan hampir secara eksklusif oleh pria,

meskipun pada tingkat yang lebih rendah mereka bisa efektif

16

pada wanita. Sildenafil (dengan nama

merek Viagra) merupakan obat oral

untuk pria dengan disfungsi ereksi,

menghasilkan ereksi yang memuaskan

dan meningkatkan kepuasan seksual

tanpa mempengaruhi hasrat seksual.

Sildenafil juga dapat berguna untuk

mengobati disfungsi seksual wanita.

Sildenafil merupakan inhibitor

fosfodiesterase oral yang meningkatkan

fungsi ereksi melalui jalur umum yang

terjadi secara alami pada tubuh. Sildenafil membutuhkan

stimulasi seksual agar bisa berfungsi. Stimulasi seksual

menghasilkan pelepasan oksida nitrat dari saraf dan sel

endotel di corpus cavernosum penis. Nitric oxide (NO)

merangsang guanylate cyclase dengan

pembentukan cyclic guanosine mono-

phosphate (cGMP). Cyclic guanosine

monophosphate adalah zat yang

mengarah pada relaksasi sel otot polos di

dalam arteri, arteriol, dan sinusoid dari

corpus cavernosum yang memungkinkan

jaringan ereksi ini terisi dengan darah dan

menyebabkan ereksi. Pria dengan dis-

fungsi ereksi (DE) mungkin tidak dapat

menghasilkan jumlah cyclic guanosin

monofosfat yang memadai. Cyclic

guanosine monophosphate biasanya dipecah oleh phospho-

diesterase. Ada banyak fosfodiesterase di seluruh tubuh,

tetapi isoform tipe 5 (PDE5) ditemukan dalam kadar tinggi di

genitalia. Sildenafil menghambat PDE5 memungkinkan

Coba Cari

Tahu !

Selain dari

kelompok

Alkaloid, apa

saja senyawa

yang

terkandung

dalam

Lunasia

amara ?

Tahukah

Anda ?

Obat kuat

Viagra be-

kerja dengan

cara me-

ningkatkan

potensi/memp

ertahankan

ereksi.

17

peningkatan cyclic guanosin mono-

fosfat dan vasodilatasi. PDE5

ditemukan di jaringan lain selain

genitalia, termasuk otot polos

pembuluh darah dan visceral,

trombosit, dan otot rangka. Sildenafil

sangat spesifik untuk PDE5 di-

bandingkan dengan isoform PDE

lainnya. Potensi afrodisiak meng-

hambat tindakan hidrolisis PDE-5

dengan hasil itu cGMP aktif dapat

terakumulasi. ‘Tidak Terganggu’ dan

memperpanjang ereksi melalui

peningkatan darah mengalir (Kloner,

2000).

Karena efek vasodilatasi aditif

dan potensi penurunan tekanan

darah yang berbahaya, sildenafil

tidak boleh dikonsumsi bersamaan

dengan terapi nitrat, dan tidak boleh

digunakan dalam waktu 24 jam.

Pasien dengan disfungsi otonom

adrenergik yang tidak dapat meng-

imbangi gangguan hemodinamik,

sangat berisiko terhadap efek

hipotensi sildenafil. Sayangnya,

orang-orang seperti itu kemung-

kinan merupakan pasien yang

mungkin memerlukan sildenafil.

Sildenafil dapat menghasilkan

efek kardiovaskular yang berpotensi

Coba Cari Tahu

!

Dari beberapa

klasifikasi

Afrodisiak

berdasarkan

cara kerjanya,

bagaimana

senyawa

Lunasia amara

mempengaruhi

gairah seksual ?

Dikutip dari

Macabeo dan

Aguinaldo

(2008),

Lunacrine dan

lunasine pada

Lunasia amara

bekerja dengan

cara meningkat-

kan dan

mempertahankan

aktivitas otot

secara terus

menerus, mirip

seperti cara kerja

sildenafil pada

obat Viagra.

18

berbahaya untuk pasien tertentu, seperti orang dengan

iskemia koroner atau gagal jantung kongestif, atau pasien

yang menggunakan rejimen anti hipertensi serta obat-obatan

yang mungkin memperpanjang masa paruh sildenafil. Pasien

dalam uji eskalasi dosis telah dilaporkan mengalami gangguan

penglihatan seperti melihat kabut biru dan peningkatan

kecerahan sementara ketika mengkomsumsi sildenafil dalam

dosis lebih dari 200 mg. Penglihatan abnormal sementara

terjadi pada 3% pasien dalam uji dosis fleksibel dan 11%

pasien dalam studi dosis tetap dan lebih umum pada dosis 100

mg daripada pada dosis rendah. Fenomena seperti ini

disebabkan oleh efek obat pada fosfodiesterase retina, dan

oleh karena itu penggunaan sildenafil berbahaya pada pasien

dengan retinitis pigmen-tosa atau kelainan retina lainnya.

Sakit kepala terjadi pada 11% hingga 16% pasien dalam

penelitian besar, dan itu bisa parah.

Panax (panacea) ginseng memiliki akar yang digunakan

dalam peng-obatan Cina tradisional. Ia bekerja sebagai

antioksidan dengan me-ningkatkan sintesis oksida nitrat (NO)

dalam endotelium banyak organ, termasuk korpora

cavernosa. Ginse-nosides juga meningkatkan relaksasi

asetilkolin yang diinduksi dan stimulasi saraf transmural yang

terkait dengan peningkatan siklik jaringan guanosin

monofosfat, mirip dengan sildenafil, karenanya memiliki sifat

afrodisiak. Efek sentral Ginseng (peningkatan dopamin batang

otak, norepinefrin, serotonin kortikal, atenuasi aktivitas

oksidase monoamina) dapat menjelaskan peningkatan

ingatannya dan sifat-sifat anti kecemasan dan berkontribusi

terhadap efek afrodisiaknya.

19

Gambar 2.1 Obat Viagra (Sildenafil)

(Sumber: www. Statepharmacy.com)

Gambar 2.2 Ginseng

(Sumber: www.naturalfoodseries.com)

3. Zat yang meningkatkan pengalaman sensorik selama

koitus

Efek zat-zat ini umumnya melalui iritasi pada mukosa

genital, sehingga meningkatkan sensasi. Zat-zat ini dijual di

toko-toko seks dan digunakan baik oleh laki-laki maupun

perempuan. Cantharidin adalah bahan kimia dengan sifat

vesikan/iritan yang berasal dari kumbang blister yang telah

digunakan selama ribuan tahun sebagai stimulan seksual oleh

kedua jenis kelamin. Cara kerjanya adalah dengan meng-

20

hambat aktivitas fosfodiesterase dan protein fosfatase dan

stimulasi 13 reseptor, yang menyebabkan kemacetan dan

peradangan pembuluh darah. Dapat menyebabkan toksisitas

pada saluran gastrointestinal, yang mengakibatkan pen-

darahan fatal. Toksisitas ginjal adalah hasil dari ekskresi

ginjalnya, yang dapat menyebabkan nekrosis tubular akut.

Efek jantung kemungkinan besar disebabkan oleh syok

hemoragik, tetapi juga bisa disebabkan oleh degenerasi

miofibril dan perdarahan perikardial serta subendokardial.

C. Latihan Soal II

1. Apa itu afrodisiaka?

2. Mengapa stimulasi seksual dapat menyebabkan terjadinya

ereksi?

3. Bagaimana peranan Nitrogen Oksida terhadap tubuh

manusia?

Lampiran Latihan Soal II

Jawaban:

1. Afrodisiaka adalah makanan atau obat apa pun yang mem-

bangkitkan naluri seksual, menginduksi hasrat pemujaan dan

meningkatkan kesenangan serta kinerja seksual. Kata ini

berasal dari 'Astrodite' Dewi Cinta dan keindahan Yunani. Zat-

zat ini berasal dari tumbuh-tumbuhan, hewan atau mineral

dan sejak dahulu kala mereka telah meningkatkan gairah

manusia (Kotta et al., 2013).

2. Stimulasi seksual menghasilkan pelepasan oksida nitrat dari

saraf dan sel endotel di corpus cavernosum penis. Nitric oxide

(NO) akan merangsang guanylate cyclase dengan pem-

bentukan cyclic guanosine monophosphate (cGMP). Cyclic

guanosine monophosphate adalah zat yang mengarah pada

21

relaksasi sel otot polos di dalam arteri, arteriol, dan sinusoid

dari corpus cavernosum yang memungkinkan jaringan ereksi

ini terisi dengan darah dan menyebabkan ereksi (Kloner,

2000).

3. Nitrogen oksida menyebabkan relaksasi otot polos, meng-

hambat agregasi dan adhesi trombosit, serta menghambat

proliferasi sel. NO juga berperan dalam proses imunologis, di

antaranya dihasilkan oleh sel makrofag jaringan, akibat

aktifasi berbagai sitokin dan endotoksin bakteri patogen yang

mampu merusak sel target atau sel bakteri melalui perannya

sebagai bahan sitotoksik (Gunawijaya dan Arhana, 2000).

22

23

BAB III

ANALISIS POTENSI AFRODISIAKA SECARA IN-SILICO LUNASIA

AMARA

Tahapan analisis data secara in silico yaitu:

A. Penentuan senyawa target

Penentuan senyawa target dapat dilakukan melalui studi literatur

baik dari jurnal, buku, ataupun sumber lainnya. Berdasarkan hasil

studi literatur, senyawa pada Lunasia amara yang akan diuji yaitu

Lunacrine, lunadicrine, hydroxylunacrine, kokusagine, skimmi-

anine, 4-methoxy-2-phenylquinoline, eduleine, lunamarine, b-

elemene germacrene, bicyclogermacrene, a-farnase, dan

bicycloelemene.

B. Penentuan protein target dengan database senyawa

Setelah ditentukan senyawa yang akan diuji, maka senyawa

tersebut dianalisis lebih detail dengan menggunakan “PubChem”

yang dapat diakses di https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/.

Gambar 3.1 Laman awal PubChem

Sumber: (Dokumentasi pribadi)

Adapun analisis senyawa uji sebagai berikut:

Tahukah

Anda?

Senyawa

yang akan

diuji dapat

diunduh di

website

PubChem

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/


Acer

Highlight

Acer

Sticky Note

Penyiapan Senyawa Target

24

1. Lunacrine

Pada laman akan terlihat seperti pada gambar diatas,

selanjutnya pada tampilan PubChem akan terdapat beberapa

icon yaitu BioAssay, Coompund to, dan Substance. Untuk

mengetahui jenis-jenis protein apa saja yang menyusun

senyawa Alpha-santalol, maka pada ketiga option diatas kita

akan memilih “Coumpound to”, lalu ketik jenis senyawanya

yaitu Lunacrine

Gambar 3.2 Pencarian senyawa Lunacrine


Gambar 3.3 Database senyawa Lunacrine pada website PubChem

Sumber: (Dokumentasi pribadi

Acer

Sticky Note

tutup kurung

25

Setelah itu dicatat Pubchem ID dan canonical smile dari

senyawa Lunacrine. Pubchem ID merupakan nomor ID dari

senyawa target di PubChem, sehingga lebih memudahkan kita

dalam menemukan senyawa target ini kembali di PubChem.

Dan Smile adalah kode spesifik dari senyawa target yang

digunakan pada program penentuan senyawa target.

Pubchem ID: 442921

Canonical Smile:

CC(C)C1CC2=C(O1)N(C3=C(C2=O)C=CC=C3OC)C

Setelah dicatat, maka langkah selanjutnya yaitu mengunduh

bentuk 3d dari senyawa Lunacrine. Klik download kemudian

pilih format sdf untuk proses unduh. Setelah diunduh, wajib

untuk mengubah nama file unduh menjadi nama senyawa. Hal

ini bertujuan untuk memudahkan proses docking yang akan

dilakukan.

Gambar 3.4 Pengunduhan bentuk 3d senyawa Lunacrine


Karena senyawa yang diunduh dalah bentuk sdf, maka perlu

untuk diubah formatnya menjadi PDB. Hal yang perlu

26

dilakukan pertama yaitu membuka aplikasi “Avogadro”.

Setelah itu, pilih menu “File” kemudian pilih senyawa yang

sebelumnya diunduh lalu klik “open”.

Gambar 3.5 Visualisasi bentuk senyawa Lunacrine dengan

aplikasi Avogadro


Setelah terlihat visualisasi senyawa Lunacrine dalam bentuk

3d, pilih File, lalu Save As, dan ubah jenis format penyimpanan

ke Protein Data Bank Files (pdb).

Gambar 3.6 Penyimpanan senyawa Lunacrine dalam bentuk PDB


27

2. Lunacridine

Pertama, dilakukan analisis senyawa Lunacridine melalui

website “Pubchem” yang dapat diakses di

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/.

Gambar 3.7 Pencarian senyawa Lunacridine di website PubChem


Gambar 3.8 Database senyawa PubChem




28

Setelah itu, di kotak pencarian, ketik senyawa yang akan dicari

dalam hal ini Lunacridine untuk mendapatkan database

senyawa tersebut. Setelah itu, dicatat nomor PubChem ID dan

Canonical Smiles dari Lunacridine.

PubChem ID : 442920

Canonical Smiles :

CC(C)C(CC1=C(C2=C(C(=CC=C2)OC)N(C1=O)C)OC)O

Untuk analisis lebih lanjut, perlu diunduh bentuk 3d senyawa

Lunacridine dengan cara di bagian 3d comformer, klik

donwload, pilih format sdf kemudian save. Jangan lupa untuk

mengganti nama unduhan dengan nama senyawa tersebut.

Gambar 3.9 Pengunduhan senyawa Lunacridine dalam bentuk sdf


Karena file dalam bentuk sdf, maka perlu diubah dalam format

pdb dengan menggunakan program avogadro. Buka program

avogadro kemudian ke menu file lalu open kemudian pilih

senyawa yang akan divisualisasikan bentuk 3dnya.

29

Gambar 3.10 Visualisasi 3d senyawa Lunacridine


Kemudian disimpan dalam format pdb dengan cara pilih

menu file, kemudian save as dengan format pdb.

Gambar 3.11 Penyimpanan format Lunacridine dalam bentuk

pdb


3. Hydroxylunacrine

Pertama, dilakukan analisis senyawa Hydroxylunacrine

melalui website “Pubchem” yang dapat diakses di

30

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/. Setelah itu, di kotak

pencarian, ketik senyawa yang akan dicari dalam hal ini

Hydroxylunacrine untuk mendapatkan database senyawa

tersebut.

Gambar 3.12 Pencarian senyawa Hydroxylunacrine di website

PubChem


Gambar 3.13 Database senyawa Hydroxylunacrine




31

Setelah itu, dicatat nomor PubChem ID dan Canonical Smiles

dari Hydroxylunacrine.

PubChem ID: 101289744

Canonical Smiles:

CC(C)(C1CC2=C(O1)N(C3=C(C2=O)C=CC=C3OC)C)O


Hydroxylunacrine dengan cara di bagian 3d comformer, klik



Gambar 3.14 Pengunduhan senyawa Hydroxylunacrine dalam

bentuk sdf





senyawa yang akan divisualisasikan bentuk 3dnya

32

Gambar 3.15 Visualisasi 3d senyawa Hydroxylunacrine




Gambar 3.16 Penyimpanan format Hydroxylunacrine dalam

bentuk pdb


33

4. Kokusagine

Pertama, dilakukan analisis senyawa Kokusagine melalui




Kokusagine untuk mendapatkan database senyawa tersebut.

Gambar 3.17 Pencarian senyawa Kokusagine


Gambar 3.18 Database senyawa Kokusagine pada website

PubChem




34


dari Kokusagine.

PubChem ID: 5318829

Canonical Smiles: COC1=C2C=COC2=NC3=C1C=CC4=C3OCO4


Kokusagine dengan cara di bagian 3d comformer, klik



Gambar 3.19 Pengunduhan bentuk 3d senyawa Kokusagine






35

Gambar 3.20 Visualisasi bentuk senyawa Kokusagine dengan

aplikasi Avogadro




Gambar 3.21 Penyimpanan senyawa Kokusagine dalam bentuk

PDB


5. Skimmianine

Pertama, dilakukan analisis senyawa Skimmianine melalui


36



Skimmianine untuk mendapatkan database senyawa

tersebut.

Gambar 3.22 Pencarian senyawa Skimmianine


Gambar 3.23 Database senyawa Skimmianine pada website

PubChem



dari Skimmianine.



37

PubChem ID: 6760

Canonical Smiles:

COC1=C(C2=C(C=C1)C(=C3C=COC3=N2)OC)OC


Skimmianine dengan cara di bagian 3d comformer, klik



Gambar 3.24 Pengunduhan bentuk 3d senyawa Skimmianine






38

Gambar 3.25 Visualisasi bentuk senyawa Skimmianine dengan

aplikasi Avogadro




Gambar 3.26 Penyimpanan senyawa Skimmianine dalam bentuk

PDB


6. 4-methoxy-2-phenylquinoline

Pertama, dilakukan analisis senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline melalui website “Pubchem” yang dapat

39

diakses di https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/. Setelah itu, di

kotak pencarian, ketik senyawa yang akan dicari dalam hal ini

4-methoxy-2-phenylquinoline untuk mendapatkan database

senyawa tersebut.

Gambar 3.27 Pencarian senyawa 4-methoxy-2-phenylquinoline


Gambar 3.28 Database senyawa 4-methoxy-2-phenylquinoline

pada website PubChem



dari 4-methoxy-2-phenylquinoline.



40

PubChem ID: 826247

Canonical Smiles: COC1=CC(=NC2=CC=CC=C21)C3=CC=CC=C3


4-methoxy-2-phenylquinoline dengan cara di bagian 3d

comformer, klik donwload, pilih format sdf kemudian save.

Jangan lupa untuk mengganti nama unduhan dengan nama

senyawa tersebut

Gambar 3.29 Pengunduhan bentuk 3d senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline






41

Gambar 3.30 Visualisasi bentuk senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline dengan aplikasi Avogadro




Gambar 3.31 Penyimpanan senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline dalam bentuk PDB


7. Eduleine

Pertama, dilakukan analisis senyawa Eduleine melalui





42


Eduleine untuk mendapatkan database senyawa tersebut.

Gambar 3.32 Pencarian senyawa Eduleine


Gambar 3.33 Database senyawa Eduleine pada website PubChem



dari Eduleine.

PubChem ID: 253834

Canonical Smiles:

CN1C(=CC(=O)C2=C1C=C(C=C2)OC)C3=CC=CC=Cs

43

Untuk analisis lebih lanjut, perlu diunduh bentuk 3d Eduleine

dengan cara di bagian 3d comformer, klik donwload, pilih

format sdf kemudian save. Jangan lupa untuk mengganti nama

unduhan dengan nama senyawa tersebut.

Gambar 3.34 Pengunduhan bentuk 3d senyawa Eduleine






Gambar 3.35 Visualisasi bentuk senyawa Eduleine dengan

aplikasi Avogadro


44



Gambar 3.36 Penyimpanan senyawa Eduleine dalam bentuk PDB


8. Lunamarine

Pertama, dilakukan analisis senyawa Lunamarine melalui




Lunamarine untuk mendapatkan database senyawa tersebut.

Gambar 3.37 Pencarian senyawa Lunamarine




45

Gambar 3.38 Database senyawa Lunamarine pada website

PubChem



dari Lunamarine.

PubChem ID: 442922

Canonical Smiles:

CN1C(=CC(=O)C2=C1C=C(C=C2)OC)C3=CC4=C(C=C3)OCO4

Untuk analisis lebih lanjut, perlu diunduh bentuk 3d

Lunamarine dengan cara di bagian 3d comformer, klik



46

Gambar 3.39 Pengunduhan bentuk 3d senyawa Lunamarine






Gambar 3.40 Visualisasi bentuk senyawa Lunamarine dengan

aplikasi Avogadro


Kemudian disimpan dalam format pdb dengan cara pilih menu file,

kemudian save as dengan format pdb.

47

Gambar 3.41 Penyimpanan senyawa Lunamarine dalam bentuk

PDB


9. β-elemene

Pertama, dilakukan analisis senyawa β-elemene melalui



pencarian, ketik senyawa yang akan dicari dalam hal ini β-

elemene untuk mendapatkan database senyawa tersebut.

Gambar 3.42 Pencarian senyawa β-elemene




48

Gambar 3.43 Database senyawa β-elemene pada website

PubChem



dari β-elemene.

PubChem ID: 253834

Canonical Smiles: CC(=C)C1CCC(C(C1)C(=C)C)(C)C=C

Untuk analisis lebih lanjut, perlu diunduh bentuk 3d β-

elemene dengan cara di bagian 3d comformer, klik donwload,

pilih format sdf kemudian save. Jangan lupa untuk mengganti

nama unduhan dengan nama senyawa tersebut.

Gambar 3.44 Pengunduhan bentuk 3d senyawa β-elemene


49





Gambar 3.45 Visualisasi bentuk senyawa β-elemene dengan

aplikasi Avogadro




Gambar 3.46 Penyimpanan senyawa β-elemene dalam bentuk

PDB


50

10. Germacrene

Pertama, dilakukan analisis senyawa Germacrene melalui




Germacrene untuk mendapatkan database senyawa tersebut.

Gambar 3.47 Pencarian senyawa Germacrene


Gambar 3.48 Database senyawa Germacrene pada website

PubChem




51


dari Germacrene.

PubChem ID: 5315347

Canonical Smiles: CC1=CCCC(=CC2C(C2(C)C)CC1)C


Germacrene dengan cara di bagian 3d comformer, klik



Gambar 3.49 Pengunduhan bentuk 3d senyawa Germacrene






52

Gambar 3.50 Visualisasi bentuk senyawa Germacrene dengan

aplikasi Avogadro




Gambar 3.51 Penyimpanan senyawa Germacrene dalam bentuk

PDB


53

11. Bicyclogermacrene

Pertama, dilakukan analisis senyawa Bicyclogermacrene

melalui website “Pubchem” yang dapat diakses di



Bicyclogermacrene untuk mendapatkan database senyawa

tersebut.

Gambar 3.52 Pencarian senyawa Bicyclogermacrene


Gambar 3.53 Database senyawa Bicyclogermacrene pada website

PubChem




54


dari Bicyclogermacrene.

PubChem ID: 5315347

Canonical Smiles: CC1=CCCC(=CC2C(C2(C)C)CC1)C


Bicyclogermacrene dengan cara di bagian 3d comformer, klik




Bicyclogermacrene






55

Gambar 3.55 Visualisasi bentuk senyawa Bicyclogermacrene

dengan aplikasi Avogadro




Gambar 3.56 Penyimpanan senyawa Bicyclogermacrene dalam

bentuk PDB


56

12. α-farnese

Pertama, dilakukan analisis senyawa α-farnese melalui



pencarian, ketik senyawa yang akan dicari dalam hal ini α-

farnese untuk mendapatkan database senyawa tersebut.

Gambar 3.57 Pencarian senyawa α-farnese


Gambar 3.58 Database senyawa α-farnese pada website

PubChem




57


dari α-farnese.

.

PubChem ID: 5281516

Canonical Smiles: CC(=CCCC(=CCC=C(C)C=C)C)C

Untuk analisis lebih lanjut, perlu diunduh bentuk 3d α-farnese

dengan cara di bagian 3d comformer, klik donwload, pilih

format sdf kemudian save. Jangan lupa untuk mengganti nama

unduhan dengan nama senyawa tersebut.

Gambar 3.59 Pengunduhan bentuk 3d senyawa α-farnese






58

Gambar 3.60 Visualisasi bentuk senyawa α-farnese dengan

aplikasi Avogadro




Gambar 3.61 Penyimpanan senyawa α-farnese dalam bentuk PDB


13. Bicycloelemene.

Pertama, dilakukan analisis senyawa bicycloelemene melalui






59

bicycloelemene untuk mendapatkan database senyawa

tersebut.

Gambar 3.62 Pencarian senyawa Bicycloelemene.


Gambar 3.63 Database senyawa Bicycloelemene. pada website

PubChem



dari bicycloelemene.

PubChem ID: 56842786

Canonical Smiles: CC(=C)C1C2C(C2(C)C)CCC1(C)C=C

60


bicycloelemene dengan cara di bagian 3d comformer, klik


mengganti nama unduhan dengan nama senyawa tersebut

Gambar 3.64 Pengunduhan bentuk 3d senyawa Bicycloelemene.






Gambar 3.65 Visualisasi bentuk senyawa Bicycloelemene. dengan

aplikasi Avogadro


61



Gambar 3.66 Penyimpanan senyawa Bicycloelemene. dalam

bentuk PDB Sumber: (Dokumentasi pribadi)

C. Penentuan Senyawa Protein

Selanjutnya adalah mengidentifikasi

senyawa protein yang akan direaksikan

dengan menggunakan UniProt yang dapat

diakses di https://www.uniprot.org/. Di

dalam UniProt akan terlampir semua

karakteristik dari senyawa yang dicari baik

dari binding sites, sifat katalisis, struktur

senyawa, hingga jurnal-jurnal yang terkait

dengan penelitian senyawa tersebut. Perlu

diperhatikan dalam pencarian mengg-

unakan Uniprot untuk selalu mencatat

kode senyawa, karena pada server UniProt

terdapat banyak data dari satu senyawa

akan tetapi memilki berbeda asal misalnya ada yang terdapat di

Tahukah Anda?

Penentuan

senyawa protein

target selain dari

studi literatur juga

bisa menggunakan

situs Superpred

(http://prediction.

charite.de/)

Ataupun Swiss

Target Prediction

(http://swisstarge

tprediction.ch/)

https://www.uniprot.org/



http://prediction.charite.de/




http://swisstargetprediction.ch/




62

bakteri, jamur, hewan, maupun manusia. Dalam hal ini, senyawa

protein yang akan direaksikan adalah nitric oxide synthase.

Gambar 3.67 Halaman Awal UniProt


Langkah pertama yaitu mencari data mengenai nitric oxide

synthase di kotak pencarian laman Uniprot. Akan muncul

beberapa hasil yang dengan kode yang serta asal organisme yang

memiliki nitric oxide synthase. Karena ingin dilihat potensi

senyawa ligand pada manusia, maka dipilih nitric oxide synthase

pada manusia.

Gambar 3.68 Pencarian nitric oxide synthase pada kotak

pencarian


63

Gambar 3.69 pemilihan database senyawwa nitric oxide synthase


Gambar 3.70 Database senyawa nitric oxide synthase pada

manusia


Setelah muncul database senyawa yang diinginkan, maka

selanjutnya perlu dicari yaitu struktur 3d dari senyawa protein

yang akan diuji bersama dengan ligan. Struktur 3d senyawa

protein dapat diunduh di Protein Data Bank yang dapat diakses di

https://www.rcsb.org/.

https://www.rcsb.org/

https://www.rcsb.org/

64

Gambar 3.71 Tampilan awal situs Protein Data Bank


Sebelum ke situs Protein Data Bank,

perlu diketahui kode PDB senyawa

yang akan diambil strukturnya. Kode

PDB dapat dilihat di UniProt. Caranya

cukup scroll ke bawah hingga

menemukan daftar struktur 3d dari

senyawa pilihan dalam hal ini nitric

oxide synthase. Kemudian pilih kode

yang memiliki resolusi terkecil. Untuk

nitric oxide synthase terdapat 10 kode

PDB yang disediakan dengan kode

5XN3 yang memiliki resolusi terkecil.

Tahukah Anda?

Setelah

ditemukan kode

PDB di Uniprot,

struktur

senyawa protein

dapat diunduh

di situs Protein

Data Bank

65

Gambar 3.72 Pemilihan kode PDB senyawa nitric oxide synthase

Setelah didapatkan kode PDB, maka selanjutnya yaitu mencari

kode tersebut di kotak pencarian pada halaman awal situs Protein

Data Bank

Gambar 3.73 Pencarian kode senyawa nitric oxide synthase


Setelah itu, akan muncul database dari kode yang dimasukkan.

Untuk mengunduh format 3d senyawa nitric oxide synthase, maka

klik pada opsi download files, kemudian pilih “PDB format” .

66

Gambar 3.74 Pengunduhan bentuk 3d senyawa nitric oxide

synthase


D. Pemotongan Senyawa Protein

Tahap berikutnya adalah tahap pemotongan protein yang telah

diunduh dari server PDB sebelumnya. Pemotongan senyawa nitric

oxide synthase perlu dilakukan untuk memisahkan setiap ikatan

protein yang menyusun senyawa ligand tersebut. Selain

memisahkan setiap ikatan protein, pemotongan ini juga bertujuan

untuk menghilangkan unsur lain selain pikatan protein, misalnya

ikatan air. Hal ini dilakukan karena selain ikatan protein, ikatan

unsur lain akan mempengaruhi proses perlekatan antara senyawa

dan ligand pada tahap ‘docking’ nanti. Pemotongan senyawa

protein dilakukan dengan aplikasi PyMol.

67

Gambar 3.75 Tampilan awal aplikasi PyMol


Setelah dibuka aplikasi Pymol, klik file kemudian open lalu pilih

senyawa nitric oxide synthase yang sebelumnya telah diunduh

dari server PDB.

Gambar 3.76 Struktur 3d senyawa nitric oxide synthase


Tahukah

Anda?

Senyawa

protein yang

telah diunduh

perlu dihilang-

kan molekul

selain protein

dengan meng-

gunakan

aplikasi PyMol.

68

Struktur yang diunduh masih memiliki ikatan selain protein, hal ini

akan mempengaruhi hasil ”docking nanti”. Oleh karena itu perlu

dipotong ikatan selain protein dengan ikatan protein dari nitric

oxide synthase. Caranya yang pertama dengan klik menu “S” yang

berada di pojok kanan bawah aplikasi PyMol. Dengan mengklik

menu “S” maka akan muncul kode ikatan protein pada bagian atas

senyawa nitric oxide synthase. Selanjutnya, klik pada huruf

pertama ikatan protein yang berwarna hijau dan tekan ‘Shift’ pada

keyboard lalu tarik kursor hingga ke ujung huruf hijau lagi.Perlu

diperhatikan bahwa ikatan protein yang dimaksud adalah deretan

huruf tanpa spasi dan berwarna hijau, karena terdapat beberapa

huruf yang berwarna hijau tetapi memiliki spasi merupakan

susunan ligand lain dan bukan protein. Serta juga terdapat

susunan angka ‘0’ tanpa spasi, akan tetapi berwarna merah

merupakan struktur molekul air dan bukan bagian dari ikatan

protein.

Gambar 3.77 Pemilihan ikatan protein


69

Kemudian pada kotak “sele” klik menu “A” lalu pilih opsi “copy to

object” untuk menduplikasi senyawa yang dipotong

Gambar 3.78 Duplikasi senyawa protein


Setelah diduplikasi, maka pada kotak “obj01” klik menu “A” lalu

pilih opsi “Rename object” untuk mengganti nama senyawa yang

sudah dipisahkan dari ikatan selain protein.

Gambar 3.79 Penggantian nama senyawa protein yang telah

dihilangkan ikatan selain protein


70

Langkah selanjutnya klik kotak nama senyawa yang diunduh dan

kotak sele sehingga akan muncul bentuk nitric oxide synthase yang

telah bersih dari ikatan selain protein.

Gambar 3.80 Tampilan senyawa nitric oxide synthase setelah

dibersihkan


Gambar 3.81 nitric oxide synthase bersih

Setelah didapat senyawa protein bersih maka disimpan dengan

cara klik menu “File” lalu pilih export molecule lalu klik save.

Setelah mengklik save, maka akan muncul tampilan lebih rinci

71

mengenai penyimpanannya. Simpan dengan format PDB dengan

nama yang diinginkan.

Gambar 3.82 Penyimpanan senyawa protein yang sudah

dibersihkan


E. Analisis Senyawa Afrodisiak Lunasia amara dengan Teknik

Reverse Docking secara In Silico

Penelitian berbasis In Silico dengan

teknik reverse docking memiliki tujuan yaitu

mereaksikan senyawa terhadap protein

target untuk mengetahui aktivitas biologis-

nya melalui pengikatan site dari struktur 3

dimensi. Syarat untuk mendapatkan hasil

analisis dari penelitian in silico ini, yaitu

koleksi 3D senyawa (ligand), koleksi 3D

protein target, reverse docking mengguna-

kan PyRx dan analisis reverse docking

menggunakan PyMol.

Tahukah Anda?

Teknik reverse

docking ber-

tujuan untuk

mereaksikan

senyawa yang

akan diuji

dengan protein

target.

72

Struktur-struktur 3 dimensi ini yang akan dianalisis kekuatan

afinitas pengikatannya bersama protein target dari. Binding

affinity atau afinitas pengikatan adalah energi yang dibutuhkan

senyawa untuk berikatan dengan protein target. Semakin rendah

nilai afinitas pengikatan maka semakin besar pengikatan antara

senyawa alami dengan senyawa target.

F. Klarifikasi Potensi Senyawa Alami Berdasarkan Mode Of

Action Dengan Software PyRx

Pada tahapan ini, reverse docking menggunakan fitur Vina

Wizard yang terintegrasi di dalam PyRx 0,8 software. Senyawa

alami Alpha-santalol digunakan sebagai ligan dalam tahapan ini.

G. Visualisasi Interaksi Antara Senyawa Lunasia amara Dengan

Protein Target

Struktur 3 dimensi senyawa dan

protein target, selanjutnya di-docking

dengan menggunakan software PyRx

0,8 untuk memperoleh model

pengikatan terbaik dengan binding

afinity paling rendah. Hasil dari reaksi

tersebut, selanjutnya divisualisaskani

secara 3 dimensi menggunakan PyMol.

Pada penelitian ini, teknik reverse

docking bertujuan untuk mengetahui

potensi antiaging pada suatu senyawa

alami dan inter-aksinya dengan senyawa lain melalui site

pengikatan pada protein target yang dibandingkan dengan

senyawa kontrol (ligan).

Tahukah Anda?

Program PyRx

digunakan untuk

melakukan

docking senyawa

dengan protein

target dan untuk

visualisasi

bentuk 3d

digunakan Pymol

73

Gambar 3.83 Tampilan awal PyRx 0.8


1. Visualisasi Interaksi senyawa Lunacrine dengan nitrit

oxide synthase

Langkah pertama yang dilakukan yaitu memasukkan file

senyawa luncarine yang telah dikonversi dalam format pdb

dan file senyawa nitric oxide bersih bersih ke dalam program

PyRx. Caranya dengan mengklik ikon Load Molecule

kemudian pilih file yang akan dimasukkan. Setelah itu, pada

kedua file tersebut, klik kanan lalu pilih autodock. Akan

muncul pilihan “make ligand” dan “make macromolecule”.

Pada lunacrine pilih “make ligand” sedangkan untuk nitric

oxide synthase pilih “make macromolecule”. Setelah itu, pada

bagian bawah halaman Pyrx klik start kemudian pilih ligand

dan makromolekul yang akan di docking kemudian klik

forward. Kemudian pklik maximize dan tekan forward

kembali dan tunggu hingga hasilnya muncul. Hasilnya akan

muncul data hasil docking antara ligand dan makromolekul

tadi. Pilih data dengan nilai binding affinity tertinggi

Acer

Highlight

Acer

Sticky Note

binding affinity terendah

Acer

Highlight

74

kemudian simpan. Setelah itu, data dapat divisualisasikan

dengan program Pymol untuk melihat interaksi senyawa

Lunacrine dengan nitrit oxide synthase.

Gambar 3.84 Pemasukan file yang akan di docking


Gambar 3.85 Persiapan file untuk di docking


75

Gambar 3.86 Pemilihan file docking


Gambar 3.87 Proses docking


76

Gambar 3.88 Hasil docking


Gambar 3.89 Visualisasi senyawa lunacrine (merah) dengan nitric

oxide synthase (hijau)


77

Gambar 3.90 Visualisasi senyawa lunacrine (merah) dengan nitric

oxide synthase (hijau)


Gambar 3.91 Visualisasi senyawa lunacrine (merah), senyawa

kontrol sildenafil (kuning) dan nitric oxide synthase (hijau)


78

Gambar 3.92 Visualisasi senyawa lunacrine (merah), senyawa



2. Visualisasi interaksi senyawa lunacridine dengan nitrit

oxide synthase


senyawa lunacridine yang telah dikonversi dalam format

pdb dan file senyawa nitric oxide bersih ke dalam program





Pada lunacridine pilih “make ligand” sedangkan untuk nitric









Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

79


lunacridine dengan nitrit oxide synthase.





80





81



Gambar 3.98 Visualisasi senyawa lunacridine (ungu) dengan

nitric oxide synthase (hijau)


Gambar 3.99 Visualisasi senyawa lunacridine (ungu) dengan



82

Gambar 3.100 Visualisasi senyawa lunacridine (ungu), senyawa



Gambar 3.101 Visualisasi senyawa lunacridine (ungu), senyawa



3. Visualisasi interaksi senyawa hydroxylunacrine dengan

nitrit oxide synthase


senyawa Hydroxylunacarine yang telah dikonversi dalam

format pdb dan file senyawa nitric oxide bersih ke dalam

program PyRx. Caranya dengan mengklik ikon Load

Molecule kemudian pilih file yang akan dimasukkan. Setelah

itu, pada kedua file tersebut, klik kanan lalu pilih autodock.

Akan muncul pilihan “make ligand” dan “make

83

macromolecule”. Pada Hydroxylunacarine pilih “make

ligand” sedangkan untuk nitric oxide synthase pilih “make

macromolecule”. Setelah itu, pada bagian bawah halaman

Pyrx klik start kemudian pilih ligand dan makromolekul

yang akan di docking kemudian klik forward. Kemudian klik

maximize dan tekan forward kembali dan tunggu hingga

hasilnya muncul. Hasilnya akan muncul data hasil docking

antara ligand dan makromolekul tadi. Pilih data dengan nilai

binding affinity tertinggi kemudian simpan. Setelah itu, data

dapat divisualisasikan dengan program Pymol untuk melihat

interaksi senyawa Hydroxylunacarine dengan nitrit oxide

synthase.



Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


84





85





86

Gambar 3.108 Visualisasi senyawa hydroxylunacrine (biru)

dengan nitric oxide synthase (hijau)


Gambar 3.109 Visualisasi senyawa hydroxylunacrine (biru)



Gambar 3.110 Visualisasi senyawa hydroxylunacrine (biru),

senyawa kontrol sildenafil (kuning) dan nitric oxide synthase

(hijau)hijau)


87

Gambar 3.111 Visualisasi senyawa hydroxylunacrine (biru),


(hijau)

4. Visualisasi interaksi senyawa kokusagine dengan nitrit

oxide synthase


senyawa kokusagine yang telah dikonversi dalam format






Pada kokusagine pilih “make ligand” sedangkan untuk nitric









Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

88


kokusagine dengan nitrit oxide synthase.





89





90



Gambar 3.117 Visualisasi senyawa kokusagine (hitam) dengan



91






(hijau)




(hijau)

92

5. Visualisasi interaksi senyawa skimmiamine dengan



senyawa skimmiamine yang telah dikonversi dalam format






Pada skimmiamine pilih “make ligand” sedangkan untuk

nitric oxide synthase pilih “make macromolecule”. Setelah itu,

pada bagian bawah halaman Pyrx klik start kemudian pilih

ligand dan makromolekul yang akan di docking kemudian

klik forward. Kemudian pklik maximize dan tekan forward






skimmiamine dengan nitrit oxide synthase.



Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

93







94



Gambar 3.126 Visualisasi senyawa skimmiamine (biru-merah)



Gambar 3.127 Visualisasi senyawa skimmiamine (biru-merah)



95

Gambar 3.128 Visualisasi senyawa skimmiamine (biru-

merah)senyawa kontrol sildenafil (kuning) dan nitric oxide

synthase (hijau)


Gambar 3.129 Visualisasi senyawa skimmiamine (biru-

merah), senyawa kontrol sildenafil (kuning) dan nitric oxide

synthase (hijau)


6. Visualisasi interaksi senyawa senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline dengan nitrit oxide synthase


senyawa 4-methoxy-2-phenylquinoline yang telah di-

konversi dalam format pdb dan file senyawa nitric oxide

bersih ke dalam program PyRx. Caranya dengan mengklik

96

ikon Load Molecule kemudian pilih file yang akan dimasuk-

kan. Setelah itu, pada kedua file tersebut, klik kanan lalu pilih

autodock. Akan muncul pilihan “make ligand” dan “make

macromolecule”. Pada 4-methoxy-2-phenylquinoline pilih

“make ligand” sedangkan untuk nitric oxide synthase pilih

“make macromolecule”. Setelah itu, pada bagian bawah

halaman Pyrx klik start kemudian pilih ligand dan

makromolekul yang akan di docking kemudian klik forward.

Kemudian pklik maximize dan tekan forward kembali dan

tunggu hingga hasilnya muncul. Hasilnya akan muncul data

hasil docking antara ligand dan makromolekul tadi. Pilih data

dengan nilai binding affinity tertinggi kemudian simpan.

Setelah itu, data dapat divisualisasikan dengan program

Pymol untuk melihat interaksi senyawa 4-methoxy-2-

phenylquinoline dengan nitrit oxide synthase.



Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

Acer

Sticky Note

klik

Acer

Highlight

97





98





Gambar 3.135 Visualisasi senyawa 4-methoxy-2-phenylquinoline

(coklat) dengan nitric oxide synthase (hijau)


99


(coklat) dengan nitric oxide synthase (hijau)



(coklat), senyawa kontrol sildenafil (kuning) dan nitric oxide

synthase (hijau)



(coklat), senyawa kontrol sildenafil (kuning) dan nitric oxide

synthase (hijau)


100

7. Visualisasi interaksi senyawa senyawa eduleine dengan



senyawa eduleine yang telah dikonversi dalam format pdb

dan file senyawa nitric oxide bersih ke dalam program PyRx.

Caranya dengan mengklik ikon Load Molecule kemudian

pilih file yang akan dimasukkan. Setelah itu, pada kedua file

tersebut, klik kanan lalu pilih autodock. Akan muncul pilihan

“make ligand” dan “make macromolecule”. Pada eduleine

pilih “make ligand” sedangkan untuk nitric oxide synthase

pilih “make macromolecule”. Setelah itu, pada bagian bawah








Pymol untuk melihat interaksi senyawa eduleine dengan

nitrit oxide synthase.



Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

101





102





103









(hijau)


104



(hijau)


8. Visualisasi interaksi senyawa senyawa lunamarine

dengan nitrit oxide synthase


senyawa lunamarine yang telah dikonversi dalam format






Pada lunamarine pilih “make ligand” sedangkan untuk nitric









Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

105


lunamarine dengan nitrit oxide synthase.





106





107



Gambar 3.153 Visualisasi senyawa lunamarime (merah muda-

biru-merah) dengan nitric oxide synthase (hijau)



biru-merah) dengan nitric oxide synthase (hijau)


108


biru-merah), senyawa kontrol sildenafil (kuning) dan nitric oxide

synthase (hijau)



biru-merah), senyawa kontrol sildenafil (kuning) dan nitric oxide

synthase (hijau)


9. Visualisasi interaksi senyawa β-elemene dengan nitrit

oxide synthase


senyawa β-elemene yang telah dikonversi dalam format pdb





109

“make ligand” dan “make macromolecule”. Pada β-elemene










Pymol untuk melihat interaksi senyawa β-elemene dengan




Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

110





111





112

Gambar 3.162 Visualisasi senyawa β-elemene (abu-abu) dengan



Gambar 3.163 Visualisasi senyawa β-elemene (abu-abu) dengan





(hijau)


113



(hijau)


10. Visualisasi interaksi senyawa senyawa germacrene



senyawa germacrene yang telah dikonversi dalam format






Pada germacrene pilih “make ligand” sedangkan untuk nitric









Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

114


germacrene dengan nitrit oxide synthase.





115





116



Gambar 3.171 Visualisasi senyawa germacrene (violet) dengan



Gambar 3.172 Visualisasi senyawa germacrene (violet) dengan



117

Gambar 3.173 Visualisasi senyawa germacrene (violet), senyawa



Gambar 3.174 Visualisasi senyawa germacrene (violet), senyawa



11. Visualisasi interaksi senyawa senyawa

bicyclogermacrene dengan nitrit oxide synthase


senyawa bicyclogermacrene yang telah dikonversi dalam






118

macromolecule”. Pada bicyclogermacrene pilih “make

ligand” sedangkan untuk nitric oxide synthase pilih “make



yang akan di docking kemudian klik forward. Kemudian

pklik maximize dan tekan forward kembali dan tunggu

hingga hasilnya muncul. Hasilnya akan muncul data hasil

docking antara ligand dan makromolekul tadi. Pilih data



Pymol untuk melihat interaksi senyawa bicyclogermacrene

dengan nitrit oxide synthase.



Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

119





120





121

Gambar 3.180 Visualisasi senyawa bicyclogermacrene (jingga)



Gambar 3.181 Visualisasi senyawa bicyclogermacrene (jingga)



Gambar 3.182 Visualisasi senyawa bicyclogermacrene (jingga),


(hijau)


122

Gambar 3.183 Visualisasi senyawa bicyclogermacrene (jingga),


(hijau)


12. Visualisasi interaksi senyawa senyawa α-farnese



senyawa α-farnese yang telah dikonversi dalam format pdb





“make ligand” dan “make macromolecule”. Pada α-farnese










Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

123

Pymol untuk melihat interaksi senyawa α-farnese dengan






124





125



Gambar 3.189 Visualisasi senyawa α-farnese (biru tua) dengan



Gambar 3.190 Visualisasi senyawa α-farnese (biru tua) dengan



126

Gambar 3.191 Visualisasi senyawa α-farnese (biru tua), senyawa

kontrol sildenafil (Kuning) nitric oxide synthase (hijau)


Gambar 3.192 Visualisasi senyawa α-farnese (biru tua), senyawa

kontrol sildenafil (Kuning) nitric oxide synthase (hijau)


13. Visualisasi interaksi senyawa senyawa bicycloelemene



senyawa bicycloelemene yang telah dikonversi dalam






macromolecule”. Pada bicycloelemene pilih “make ligand”

127

sedangkan untuk nitric oxide synthase pilih “make



yang akan di docking kemudian klik forward. Kemudian

pklik maximize dan tekan forward kembali dan tunggu

hingga hasilnya muncul. Hasilnya akan muncul data hasil

docking antara ligand dan makromolekul tadi. Pilih data



Pymol untuk melihat interaksi senyawa bicycloelemene

dengan nitrit oxide synthase.



Acer

Highlight

Acer

Sticky Note


Acer

Highlight

128





129





130









(hijau)


131



(hijau)


Setelah semua senyawa pada Lunasia amara di docking

dengan protein target dalam hal ini nitric oxide synthase,

maka tabulasikan nilai binding affinity yang didapatkan dan

dibandingkan dengan senyawa kontrol. Senyawa kontrol

yang digunakan yaitu sildenafil. Sildenafil di masyarakat

lebih dikenal dengan nama dagang Viagra, yaitu sejenis

afrodisiak yang banyak diperjualbelikan. Tujuan dari

tabulasi nilai binding affinity yaitu untuk melihat potensi

yang dimiliki suatu senyawa dibandingkan senyawa kontrol.

Tabel 3.1 Nilai binding affinity senyawa Lunasia amara

Senyawa Binding Affinity

Sildenafil (senyawa kontrol) -9.6

Lunacrine -8.6

Lunacridine -7.9

Hydroxylunacrine -8.4

Kokusagine -7.7

Skimmianine -7.6

4-methoxy-2-phenylquinoline -10.3

132

Eduleine -9.7

Lunamarine -8.9

b-elemene -7.2

Germacrene -7.2

Bicyclogermacrene -6.8

a-farnase -7.9

Bicycloelemene -6.2

Berdasarkan nilai binding affinity yang dimiliki oleh

senyawa pada tumbuhan Lunasia amara dan dibandingkan

dengan senyawa kontrol, maka dapat disimpulkan bahwa

Lunasia amara memiliki potensi untuk menjadi bahan

pembuatan afrodisiak. Hal ini karena nilai binding affinity

yang dimiliki cukup rendah, bahkan ada yang lebih rendah

dibandingakn senyawa kontrol yaitu sildenafil. Semakin

rendah nilai afinitas suatu senyawa maka semakin sedkit

untuk melakukan pengikatan, dengan kata lain energi yang

dibutuhkan semakin sedikit sehingga mempermudah

perlekatan antara senyawa (ligand) dengan protein target.

Hal ini tentu akan mempengaruh posisi dari perlekatan,

yaitu surface (permukaan) atau tengah. Semakin mudah

senyawa berikatan dengan protein target, maka akan

semakin kedalam tempat perlekatannya dan interaksi yang

terjadi akan semakin kuat.

H. Uji Drug-likeness Senyawa Lunasia amara

Saat kita mendesain suatu senyawa untuk dijadikan kandidat

obat, maka ada yang disebut dengan tes Drug-likeness. Drug-

likeness adalah istilah yang digunakan untuk menjelaskan

bagaimana sifat fisiokimia senyawa mempengaruhi sifat

molekuler secara in vivo. Kebanyakan aturan untuk menguji drug

133

likeness menggunakan sifat fisiokimia

yang didapatkan dari struktur molekuler

dan mecocokkan sifat tersebut dengan

obat-obatan yang telah terdaftar. Salah

satu aturan yang banyak digunakan yaitu

aturan Lipinski, dimana suatu molekul

harus memiliki berat ≤500 kDa, nilai LogP

≤5, jumlah grup donor proton hidrogen ≤5

dan grup aseptor proton ≤10. Kriteria

tersebut mirip dengan kriteria senyawa

dengan bioaviabilitas oral yang bagus

(Zuegg dan Cooper, 2012).

Tes Drug-likeness dari suatu senyawa

dapat dilakukan di SwissADME yang dapat

diakses di http://www.swissadme.ch. Ada dua cara untuk

mendapatkan informasi drug-likeness dari senyawa yang diuji,

yaitu dengan menggambar bentuk 2D molekul atau dengan

menggunakan canonical SMILES dari senyawa tersebut. Setelah

dimasukkan data baik bentuk 2D molekul atau Canonical SMILES

dari senyawa klik “Run” untuk melihat hasilnya.

Gambar 3.202 Tampilan awal SwissADME


Tahukah Anda?

. Drug-likeness

adalah istilah

yang digunakan

untuk

menjelaskan

bagaimana sifat

fisiokimia

senyawa

mempe-

ngaruhi sifat

molekuler

secara in vivo.

http://www.swissadme.ch/

http://www.swissadme.ch/

134

Tabel 3.2 Hasil uji Aturan Lipinski’s Senyawa Lunasia amara

Senyawa Berat molekul Donor

proton

ikatan

hidrogen

Aseptor

proton

ikatan

hidrogen

logaritma

koefisien

partisi

dalam

air dan 1-

oktanol

(LogP)

Keterangan

Lunacrine 273.33 g/mol 0 3 1,97 Memenuhi

aturan

Lunacridine 305.37 g/mol

1 4 1,78 +

Hydroxylunacrine 289.33 g/mol 1 4 1,14 +

Kokusagine 243.21 g/mol 0 5 1,50 +

Skimmiamine 259.26 g/mol 0 5 1,09 +

4-methoxy-2-

phenylquinoline

235.28 g/mol 0 2 2,87 +

Eduleine 265.31 g/mol 0 2 2,16 +

Lunamarine 309.32 g/mol 0 4 1,65 +

B-Elemene 218.38 g/mol

0 0 4,78 +

Germacrene 204.35 g/mol 0 0 4,53 +

Bicyclogermacrene 204.35

g/mol

0 0 4,63 +

a-farnase 204.35 g/mol 0 0 4,84 +

bicycloelemene 204.35 g/mol 0 0 4,63 +

Menurut Syahputra dkk. (2014), Aturan Lipinski dapat

menentukan sifat fisikokimia ligan untuk menentukan karakter

hidrofobik/hidrofilik suatu senyawa untuk melalui membran sel

oleh difusi pasif. Nilai log P menyatakan koefisien kelarutan dalam

lemak/air yang memiliki rentang -0,4 – 5. Berat molekul yang lebih

dari 500 Da tidak dapat berdifusi menembus membrane sel.

Semakin besar nilai log P, maka semakin hidrofobik molekul

tersebut. Molekul yang memiliki sifat terlalu hidrofobik cenderung

135

memiliki tingkat toksisitas yang tinggi karena akan tertahan lebih

lama pada lipid bilayer dan terdistribusi lebih luas di dalam tubuh

sehingga selektifitas ikatan terhadap enzim target menjadi

berkurang. Nilai log P yang terlalu negatif juga tidak baik karena

jika molekul tersebut tidak dapat melewati membran lipid bilayer.

Jumlah donor dan akseptor ikatan hidrogen mendeskripsikan

semakin tinggi kapasitas ikatan hidrogen, maka semakin tinggi

energi yang dibutuhkan agar proses absorpsi dapat terjadi. Secara

umum aturan Lipinski menggambarkan solubilitas senyawa

tertentu untuk menembus membran sel oleh difusi pasif. Dari data

hasil uji senyawa yang terkandung di Lunasia amara, semuanya

memenuhi aturan Lipinski. Jadi, dapat disimpulkan bahwa seluruh

senyawa dalam Lunasia amara mampu diserap tubuh dengan baik.

I. Uji ADME/TOX Senyawa Lunasia Amara

ADME/TOX merupakan singkatan dari

Absorption, Distribution, Metabolism,

Eliminination, dan Toxicity. Uji ADME/TOX

sangat penting untuk dilakukan agar suatu

senyawa dapat dijadikan kandidat obat. Telah

diperkirakan hampir 50% obat-obatan tidak

efektif digunakan akibat kurangnya bio-

aviabilitas karena tdak mampu diserap usus

dan terjadi gangguan metabolisme yang tidak

diinginkan akibat adanya senyawa tersebut.

40% kandidat obat juga gagal dijadikan obat

karena tidak aman. Oleh karena itu, Uji

ADME/Tox sangat penting dalam mencari kandidat obat yang

efektif untuk pengobatan (Li, 2001).

Uji ADME/Tox dapat dilakukan dengan mengakses situs

AdmetSAR di http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1. Setelah

Tahukah

Anda?

ADME/Tox

merupakan

singkatan

dari

Absorption,

Distribution,

Metabolism,

Elimination,

dan Toxicity

http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1

http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1

136

muncul halaman awal, pilih menu predict. Kemudian, masukkan

canonical smiles senyawa dan klik predict untuk melihat hasilnya.

Gambar 3.203 Halaman Awal AdmetSAR


Gambar 3.204 Halaman Uji ADME/TOX pada AdmetSar


Adapun data hasil uji ADME/Tox dari senyawa Lunasia Amara

adalah sebagai berikut:

137

Tabel 3.3 Hasil Uji ADME/TOX Lunacrine dan Lunacridine

Model Lunacrine Lunacridine

Hasil Probabilitas Hasil Probabilitas

Absorpsi

Blood-Brain

Barrier BBB+ 0.9776 BBB+ 0.8205

Human Intestinal

Absorption HIA+ 1.0000 HIA+ 0.9573

Caco-2

Permeability Caco2+ 0.6536 Caco2+ 0.6432

P-glycoprotein

Substrate Non-substrate 0.6718 Non-substrate 0.5230

P-glycoprotein

Inhibitor Inhibitor 0.5235 Inhibitor 0.5059

Non-inhibitor 0.5275 Inhibitor 0.8095

Renal Organic

Cation Transporter Non-inhibitor 0.7794 Non-inhibitor 0.8564

Distribusi

Lokasi subseluler Mitokondria 0.5473 Mitokondria 0.5773

Metabolisme

CYP450 2C9


CYP450 2D6


CYP450 3A4

Substrate Substrate 0.7144 Substrate 0.7026

CYP450 1A2


CYP450 2C9

Inhibitor Non-inhibitor 0.8333 Non-inhibitor 0.8555

CYP450 2D6


CYP450 2C19

Inhibitor Inhibitor 0.5888 Non-inhibitor 0.6081

CYP450 3A4


http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CC%28C%29C1CC2%3DC%28O1%29N%28C3%3DC%28C2%3DO%29C%3DCC%3DC3OC%29C&action=A

http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CC%28C%29C%28CC1%3DC%28C2%3DC%28C%28%3DCC%3DC2%29OC%29N%28C1%3DO%29C%29OC%29O&action=A

























































138

CYP Inhibitory

Promiscuity

Low CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.5756

Low CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.6034

Toksisitas

Human Ether-a-go-

go-Related Gene

Inhibition

Weak

inhibitor

0.9847 Weak inhibitor 0.9832

Non-inhibitor 0.8241 Non-inhibitor 0.7479

AMES Toxicity AMES toxic 0.5107 Non AMES toxic 0.7587

Carcinogens Non-

carcinogens

0.9074 Non-

carcinogens

0.9105

Fish Toxicity High FHMT 0.6979 High FHMT 0.7143

Tetrahymena

Pyriformis Toxicity High TPT 0.7589 High TPT 0.9526

Honey Bee Toxicity Low HBT 0.5000 Low HBT 0.5728

Biodegradation Not ready

biodegradable

0.7973 Not ready

biodegradable

0.9260

Acute Oral Toxicity III 0.6731 III 0.7018

Carcinogenicity

(Three-class) Non-required 0.4889 Non-required 0.5853

nilai unit nilai unit

Rat Acute Toxicity 2.5568 LD50, mol/kg 2.7777 LD50, mol/kg

Fish Toxicity 0.5789 pLC50, mg/L 0.6452 pLC50, mg/L

Tetrahymena

Pyriformis Toxicity 0.5106 pIGC50, ug/L 0.6592 pIGC50, ug/L

Tabel 3.4 Hasil Uji ADME/TOX Hydroxylunacrine dan

Kokusagine

Model Hydroxylunacrine Kokusagine


Absorpsi

Blood-Brain































































http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CC%28C%29%28C1CC2%3DC%28O1%29N%28C3%3DC%28C2%3DO%29C%3DCC%3DC3OC%29C%29O&action=A


http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=COC1%3DC2C%3DCOC2%3DNC3%3DC1C%3DCC4%3DC3OCO4&action=A


139

Human Intestinal


Caco-2


P-glycoprotein


P-glycoprotein



Renal Organic

Cation

Transporter


Distribusi


Metabolisme

CYP450 2C9


CYP450 2D6


CYP450 3A4


CYP450 1A2


CYP450 2C9

Inhibitor Non-inhibitor 0.8251 Inhibitor 0.5196

CYP450 2D6


CYP450 2C19


CYP450 3A4


CYP Inhibitory

Promiscuity

Low CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.7394

High CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.8611

Toksisitas

Human Ether-a-

go-go-Related

Gene Inhibition

Weak

inhibitor

0.9978 Weak

inhibitor

0.9901








































































140

AMES Toxicity Non AMES

toxic

0.5099 AMES toxic 0.9246

Carcinogens Non-

carcinogens

0.9174 Non-

carcinogens

0.9654

Fish Toxicity High FHMT 0.5435 Low FHMT 0.7641

Tetrahymena

Pyriformis

Toxicity

High TPT 0.9293 High TPT 0.7383

Honey Bee

Toxicity Low HBT 0.5175 High HBT 0.5428


biodegradable

0.9501 Ready

biodegradable

0.7572

Acute Oral

Toxicity III 0.6272 III 0.7536

Carcinogenicity



Rat Acute

Toxicity 2.7557 LD50, mol/kg 2.3104 LD50, mol/kg


Tetrahymena

Pyriformis

Toxicity

0.6486 pIGC50, ug/L 0.3137 pIGC50, ug/L

Tabel 3.5 Hasil Uji ADME/TOX Skimmiamine dan 4-

Methoxy-2-Phenylquinoline

Model Skimmiamine 4-methoxy-2-phenylquinoline


Absorpsi

Blood-Brain


Human Intestinal


Caco-2


P-glycoprotein











































http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=COC1%3DC%28C2%3DC%28C%3DC1%29C%28%3DC3C%3DCOC3%3DN2%29OC%29OC&action=A


http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=COC1%3DCC%28%3DNC2%3DCC%3DCC%3DC21%29C3%3DCC%3DCC%3DC3&action=A














141

P-glycoprotein



Renal Organic

Cation

Transporter


Distribusi


Metabolisme

CYP450 2C9


CYP450 2D6


CYP450 3A4

Substrate Substrate 0.6156 Non-substrate 0.5425

CYP450 1A2


CYP450 2C9


CYP450 2D6


CYP450 2C19


CYP450 3A4


CYP Inhibitory

Promiscuity

High CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.7298

High CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.5814

Toksisitas

Human Ether-a-

go-go-Related

Gene Inhibition

Weak inhibitor 0.9817 Weak

inhibitor

0.8904


AMES Toxicity AMES toxic 0.9163 AMES toxic 0.6003

Carcinogens Non-

carcinogens

0.9537 Non-

carcinogens

0.9581














































































142

Tetrahymena

Pyriformis

Toxicity

High TPT 0.6645 High TPT 0.8745

Honey Bee

Toxicity High HBT 0.6088 High HBT 0.6929


biodegradable

0.8906 Not ready

biodegradable

0.9197

Acute Oral

Toxicity III 0.5276 III 0.7272

Carcinogenicity



Rat Acute

Toxicity Weak inhibitor 0.9817 1.7305 LD50, mol/kg

Fish Toxicity Non-inhibitor 0.8834 1.5910 pLC50, mg/L

Tetrahymena

Pyriformis

Toxicity

AMES toxic 0.9163 0.6646 pIGC50, ug/L

Tabel 3.6 Hasil Uji ADME/TOX Eduleine dan Lunamarine

Model Eduleine Lunamarine


Absorpsi

Blood-Brain Barrier BBB+ 0.9864 BBB+ 0.9389

Human Intestinal


Caco-2 Permeability Caco2+ 0.8613 Caco2+ 0.7720

P-glycoprotein


P-glycoprotein


Inhibitor 0.6141 Inhibitor 0.5371

Renal Organic


Distribusi



























http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CN1C%28%3DCC%28%3DO%29C2%3DC1C%3DC%28C%3DC2%29OC%29C3%3DCC%3DCC%3DC3&action=A


http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CN1C%28%3DCC%28%3DO%29C2%3DC1C%3DC%28C%3DC2%29OC%29C3%3DCC4%3DC%28C%3DC3%29OCO4&action=A


























143


Metabolisme

CYP450 2C9


CYP450 2D6


CYP450 3A4


CYP450 1A2


CYP450 2C9


CYP450 2D6


CYP450 2C19


CYP450 3A4


CYP Inhibitory

Promiscuity

High CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.7621

High CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.9391

Toksisitas

Human Ether-a-go-

go-Related Gene

Inhibition

Weak

inhibitor

0.9341 Weak

inhibitor

0.9839

Inhibitor 0.5088 Non-inhibitor 0.8774


toxic

0.5887 AMES toxic 0.7064

Carcinogens Non-

carcinogens

0.9443 Non-

carcinogens

0.9405


Tetrahymena


Honey Bee Toxicity Low HBT 0.5347 Low HBT 0.5342


biodegradable

0.8471 Not ready

biodegradable

0.6419


Carcinogenicity

(Three-class) Warning 0.3968 Non-required 0.3946





























































































144




Tetrahymena


Tabel 3.7 Hasil Uji ADME/TOX β-elemene dan Germacrene

Model β-elemene Germacrene


Absorpsi


Human Intestinal



P-glycoprotein


P-glycoprotein


Non-inhibitor 0.6442 Inhibitor 0.5144

Renal Organic


Distribusi

Lokasi subseluler Lisosom 0.7164 Lisosom 0.4651

Metabolisme

CYP450 2C9


CYP450 2D6


CYP450 3A4


CYP450 1A2


CYP450 2C9


CYP450 2D6








http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CC%28%3DC%29C1CCC%28C%28C1%29C%28%3DC%29C%29%28C%29C%3DC&action=A


http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CC1%3DCCCC%28%3DC%29C%3DCC%28CC1%29C%28C%29C&action=A


















































145

CYP450 2C19


CYP450 3A4


CYP Inhibitory

Promiscuity

Low CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.7368

Low CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.7758

Toksisitas

Human Ether-a-go-

go-Related Gene

Inhibition

Weak

inhibitor

0.8370 Weak

inhibitor

0.8372



toxic

0.8650 Non AMES

toxic

0.8949

Carcinogens Non-

carcinogens

0.6821 Non-

carcinogens

0.6288


Tetrahymena


Honey Bee Toxicity High HBT 0.8169 High HBT 0.8349


biodegradable

0.8281 Not ready

biodegradable

0.6613


Carcinogenicity

(Three-class) Warning 0.5176 Warning 0.5024



Fish Toxicity -0.6358 pLC50, mg/L -0.6531 pLC50, mg/L

Tetrahymena


Tabel 3.8 Hasil Uji ADME/TOX Bicyclogermacrene dan α-

farnase Model bicyclogermacrene α-farnase


Absorpsi
















































































http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CC1%3DCCCC(%3DCC2C(C2(C)C)CC1)C&action=A


http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CC%28%3DCCCC%28%3DCCC%3DC%28C%29C%3DC%29C%29C&action=A


146

Human Intestinal



P-glycoprotein


P-glycoprotein


Inhibitor 0.6171 Inhibitor 0.5993

Renal Organic


Distribusi

Lokasi subseluler Lisosom 0.6555 Nukleus 0.6326

Metabolisme

CYP450 2C9


CYP450 2D6


CYP450 3A4


CYP450 1A2


CYP450 2C9


CYP450 2D6


CYP450 2C19


CYP450 3A4


CYP Inhibitory

Promiscuity

Low CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.7842

Low CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.7252

Toksisitas

Human Ether-a-go-

go-Related Gene

Inhibition

Weak inhibitor 0.9326 Weak

inhibitor

0.7690


AMES Toxicity Non AMES toxic 0.8639 Non AMES

toxic

0.9494











































































147

Carcinogens Non-

carcinogens

0.7061 Carcinogens 0.5698


Tetrahymena


Honey Bee Toxicity High HBT 0.8582 High HBT 0.8387


biodegradable

0.7208 Ready

biodegradable

0.7175


Carcinogenicity

(Three-class) Warning 0.4661 Warning 0.4862



Fish Toxicity -0.3160 pLC50, mg/L -0.8334 pLC50, mg/L

Tetrahymena


Tabel 3.9 Hasil Uji ADME/TOX Bicycloelemene Model bicycloelemene

Hasil Probabilitas

Absorpsi

Blood-Brain Barrier BBB+ 0.9504

Human Intestinal

Absorption HIA+ 0.9772

Caco-2 Permeability Caco2+ 0.6671

P-glycoprotein

Substrate Substrate 0.5132

P-glycoprotein

Inhibitor Non-inhibitor 0.5155

Non-inhibitor 0.8219

Renal Organic Cation

Transporter Non-inhibitor 0.8041

Distribusi

Lokasi subseluler Lisosom 0.7390

Metabolisme

CYP450 2C9

Substrate Non-substrate 0.8374
































http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/predict/?smiles=CC%28%3DC%29C1C2C%28C2%28C%29C%29CCC1%28C%29C%3DC&action=A
















148

CYP450 2D6

Substrate Non-substrate 0.8177

CYP450 3A4

Substrate Substrate 0.6356

CYP450 1A2 Inhibitor Non-inhibitor 0.7340

CYP450 2C9 Inhibitor Non-inhibitor 0.8281

CYP450 2D6 Inhibitor Non-inhibitor 0.9157

CYP450 2C19

Inhibitor Non-inhibitor 0.7376

CYP450 3A4 Inhibitor Non-inhibitor 0.8637

CYP Inhibitory

Promiscuity

Low CYP

Inhibitory

Promiscuity

0.7344

Toksisitas

Human Ether-a-go-

go-Related Gene

Inhibition

Weak inhibitor 0.9676

Non-inhibitor 0.9034

AMES Toxicity Non AMES toxic 0.6674

Carcinogens Non-carcinogens 0.7252

Fish Toxicity High FHMT 0.9691

Tetrahymena

Pyriformis Toxicity High TPT 0.6955

Honey Bee Toxicity High HBT 0.8456


biodegradable

0.6701

Acute Oral Toxicity III 0.8709

Carcinogenicity

(Three-class) Non-required 0.4773

Nilai unit

Rat Acute Toxicity 1.6198 LD50, mol/kg

Fish Toxicity 0.1457 pLC50, mg/L

Tetrahymena

Pyriformis Toxicity 0.3645 pIGC50, ug/L










































149

1. Absorpsi

Jalur utama suatu obat dapat diserap

tubuh yaitu melalui sistem gastroinstestinal

dan kulit. Penyerapan obat dapat terjadi di

tempat lain tergantung dari mana obat

tersebut diberi pada manusia. Molekul obat

yang ideal harus mampu diserap dengan

cepat sesuai dosis yang diberikan dengan efek

yang mminimal. Suatu obat harus mampu

melewati membran sel usus melalui difusi pasif, difusi

terfasilitasi, atau transpor aktif agar dapat menuju sistem

sistem sirkulasi. Sel Caco-2 merupakan sel yang berasal dari

kanker kolon manusia dan banyak diunakan sebagai model

eksperimen in vitro untuk memahami mekanisme penyerapan

usus manusia. Sel Caco-2 mampu mengekspresikan transporter

untuk senyawa gula, protein dan sistem transport obat-obatan

pada usus manusia (Lin dkk., 2003). Berdasarkan hasil uji,

semua senyawa pada Lunasia amara positif dalam uji Human

Intestinal Absorption dan Caco2 permeability. Hal ini

menunjukkan bahwa senyawa yang terkandung dalam Lunasia

amara mampu diserap oleh tubuh.

Menurut Lin dkk. (2003), penetrasi senyawa obat pada

otak berbeda dari organ lain. Di otak, terdapat dinding pemisah

antara otak dan darah yang disebut dengan Blood-Brain Barrier

(BBB). Suatu senyawa harus mampu melewati dinding pemisah

tersebut melalui difusi. Oleh karena itu, kemampu-an obat

untuk masuk melewati BBB penting dalam desain kandidat

obat. Diperlukan kemampuan penetrasi yang besar untuk obat-

obatan yang aktif di sistem saraf pusat manusia. Obat-obatan

seperti sildenafil memiliki efek pada sistem saraf pusat

sehingga membantu terjadinya ereksi pada penis. Seluruh

Ayo Cari

Tahu!

Apa yang

dimaksud

dengan

sel Caco-

2?

.

150

senyawa yang yang terkandung dalam Lunasia amara positif

dalam tes Blood-Brain Barrier, artinya mampu untuk

berpenetrasi masuk ke dalam sistem saraf pusat manusia.

Ginjal merupaka organ utaman pembuangan obat-obatan

dan hasil metabolitnya dari tubuh

manusia. Renal drug transporter, yang

ditemukan di tubulus proksimal ber-

peran penting dalam sekresi dan re-

absorpsi senyawa obat di ginjal. Senyawa

yang bersifat inhibitor terhadap renal

drug transporter akan menghambat

sekresi obat di tubulus. Hal ini akan

meningkatkan konsentrasi obat dalam

plasma darah sehingga mengubah

respon farmakologis dan toksikologi

tubuh. Selain itu, senyawa-senyawa

tersebut akan mengakibatkan terjadinya

akumulasi senyawa obat di ginjal yang

dapat berakibat kerusakan pada ginjal

tersebut (Yin dan Wang, 2016). Data

menunjukkan bahwa semua senyawa

pada Lunasia amara bersifat non-

inhibitor terhadap Renal Organic Cation

Transporter, sehingga tidak meng-

hambat proses sekresi dari Renal

Organic Transporter ginjal.

P-glycoprotein (PGP) merupakan

salah satu superfamili dari ATA-Bindig

casette transporter, dikenal karena di-

temukan dalam resistensi multidrug pada kemoterapi.

Transporter ini mencegah akumulasi dan efek sitotoksik dari

Sel Caco-2

merupakan sel

yang berasal

dari kanker

kolon manusia

dan banyak

diunakan

sebagai model

eksperimen in

vitro untuk

memahami

mekanisme

penyerapan

usus manusia.

Sel Caco-2

mampu meng-

ekspresikan

transporter

untuk senyawa

gula, protein

dan sistem

transport obat-

obatan pada

usus manusia

(Lin dkk.,

2003).

151

obat kanker dengan mengeluarkannya dari membran sel

sebelum obat tersebut masuk ke dalam intra-seluler. PGP

banyak ditemukan dalam jaringan manusia. Karena sifatnya

yang tersebar luas, maka fungsinya juga berbeda di tiap

jaringan. PGP memegang peranan penting dalam bagaimana

suatu obat diserap, didistribusikan, dan dikeluarkan dari dalam

tubuh. Contohnya, jika suatu obat merupakan substrat PGP dii

saluran gastrointestinal, maka penyerapan obat akan

terganggu, sebaliknya, jika suatu obat merupakan substrat pada

tubulus ginjal, maka akan membantu dalam sekresi obat pada

urin (Yu, 1999). Berdasarkan hasil uji ADME/TOX, ada

beberapa senyawa yang dapat berperan sebagai substrat p-

glycoprotein yaitu bicyclogermacrene dan bicycloelemene dan

ada beberapa senyawa yang menjadi inhibitor p-glycoprotein

yaitu lunacridine dan eduleine. Selebihnya tidak berperan

sebagai substrat ataupun inhibitor dari p-glycoprotein. Namun

karena belum diketahui dimana lokasi senyawa tersebut

menjadi substrat ataupun inhibitor, maka belum diketahui

dengan jelas efeknya pada tubuh.

2. Distribusi

Setelah diserap tubuh, molekul obat akan menuju sel dan

masuk ke lokasi intraseluler yang menjadi targetnya., Ada yang

masuk ke dalam mitokondria, lisosom, retikulum endoplasma,

dan lain-lain. Berdasarkan hasil uji, senyawa yang terkandung

dalam Lunasia amara memiliki lokasi intraseluler yang

berbeda-beda. Terdapat 8 senyawa yang terdapat di

mitokondria, yaitu Lunacrine, Lunacridine, Hydroxylunacrine,

Kokusagine, Skimmiamine, 4-methoxy-2-phenylquinoline,

Eduleine, dan Lunamarine. Terdapat 4 senyawa yang terdapat

di lisosom yaitu β-elemene, germacrene, bicyclogermacrene

152

dan bicycloelemene. Hanya terdapat 1 senyawa yang terdapat

di nukleus, yaitu α-farnase.

3. Metabolisme

Eliminasi senyawa obat dari dalam tubuh merupakan

proses irreversible. Ada dua jalur eliminasi senyawa obat dari

dalam tubuh yaitu dari eksresi yang dilakukan oleh ginjal dan

melalui metabolisme (biotransformasi). Metabolisme melibat-

kan enzim untuk mengubah obat, dan proses kimiawi yang

mengubah senyawa obat tersebut menjadi suatu metabolit.

Senyawa xenobiotik yang terlalu lipophilic tidak bisa langsung

dieksresikan oleh ginjal sehingga diperlukan metabolisme

untuk mengubah senyawa obat tersebut menjadi lebih

hidrofilik sehingga dapat dikeluarkan melalui ginjal atau

direabsorpsi kembali menuji sistem sirkulasi (Lin dkk., 2003).

Sitokrom P450s (CYPS) merupakan

anggota enzim monooxygenase yang

mengkatalisis metabolisme senyawa

dari luar maupun dalam tubuh, ter-

masuk xenobiotik, obat-obatan, steroid,

dan asam lemak. Beberapa jenis

isoenzim CYPs yang banyak terlibat

dalam tubuh manusia yaitu CYP1A2,

CYP2B6, CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6

DAN CYP3A4. CYP3A4 banyak terdapat

di hati dan usus dan memproses lebih

dari 50% jenis obat-obatan yang

beredar (Zhou, 2008).

Interaksi obat-obatan yang melibat-

kan enzim CYP berasal dari penggunaan

obat-obatan secara bersamaan, dimana

salah satu obat berperan sebagai

. Tahukan

Anda?

Sitokrom P450s

(CYPS)

merupakan

anggota enzim

monooxygenas

e yang

mengkatalisis

metabolisme

senyawa dari

luar maupun

dalam tubuh,

termasuk

xenobiotik,

obat-obatan,

steroid, dan

asam lemak.

153

substrat isoenzim dan obat lainnya yang memiliki jalur

metabolisme yang sama tetapi berperan sebagai inducer antau

inhibitor isoenzim yang bekerja. Beberapa obat-obatan

merupakan substrat bagi suatu isoenzim dan inhibitor untuk

enzim lainnya, yang membuat interaksi antar obat-obatan

semakin kompleks. Obat-obatan yang tergolong sebagai

inducer enzim CYP merupakan obat-obatan yang dapat

meningkatkan sintesis enzim dan aktivitasnya sedangkan obat-

obatan yang tergolong inhibitor enzim CYP merupakan obat-

obatan yang dapat menghambat metabolisme obat yang

menjadi substrat sehingga meningkatkan resiko toksisitas

(Cayot dkk., 2014).

Dari hasil uji ADME/TOX, aada beberapa senyawa yang

memiliki potensi interaksi obat-obatan pada enzim CYP, yaitu:

a. Kokusagine, merupakan inhibitor untuk isoenzim 1A2,

2C19, dan 3A4

b. Skimmiamine, merupakan inhibitor isoenzim 1A2 dan 3A4

c. 4-methoxy-2-phenylquinoline, merupakan inhibitor

isoenzim 1A2, 2C9, dan 2C19

d. Eduleine, merupakan inhibitor untuk isoenzim 1A2, 2C19,

dan 3A4

e. Lunamarine, merupakan inhibitor untuk isoenzim 1A2,

2D6, 2C19 dan 3A4.

Adanya inhibitor untuk beberapa isoenzim CYP, terutama

isoenzim 3A4 akan menghambat metabolisme senyawa yang

menjadi substrat isoenzim tersebut, seperti Lunacrine,

Lunacridine, ataupun hydroxylunacrine.

4. Toksisitas

The human Ether-a-go-go Related Gene (hERG, KCNH2)

merupakan gen yang mengkode pembentukan sub-unit a dari

154

porin kanal potasium Kv11.1. tiap kanal memiliki 4 a sub-unit,

masing-masing dengan enam domain transmembran. Pada

manusia, penghambatan hERG oleh obat-obatan dapat men-

yebabkan arrhytmia (detak jantung yang tidak beraturan)

(Huang dkk., 2010). Dari hasil uji yang dilakukan, senyawa yang

terdapat pada Lunasia amara bersifat inhibitor lemah terhadap

hERG. Hal ini berarti bahwa potensi Lunasia amara dalam

menghambat kinerja hERG lemah sehingga masih aman

digunakan.

Zat karsinogen, atau zat yang dapat

menyebabkan kanker, dapat dibagin

menjadi dua yaotu zat karsinogen

mutagenik dan non-mutagenik. Zat

karsinogen yang bersifat mutagenik

merupakan zat yang berpotensi men-

yebabkan mutasi pada DNA. Salah satu

tujuan utama pencarian kandidat obat

yaitu mengidentifikasi zat yang ber-

potensi menjadi zat karsinogen

mutagenik dan non-mutagenik. Untuk uji

zat karsinogen yang bersifat mutagen,

digunakan uji AMES toxicity (Lin dkk.,

2003). Berdasarkan uji ADME/TOX, ada

beberapa senyawa yang bersifat

karsinogen mutagen, yaitu Lunacrine,

Kokusagine, Skimmiamine, 4-Methoxy-2-Phenylquinoline, dan

Lunamarine. Selebihnya bersifat non-AMES Toxic atau tidak

menyebabkan mutasi DNA. Selain itu, seluruh zat yang terdapat

pada Lunasia amara tidak bersifat karsinogen sehingga tidak

memicu kanker.

. Tahukan

Anda?

The human

Ether-a-go-go

Related Gene

(hERG,

KCNH2)

merupakan

gen yang

mengkode

pembentukan

sub-unit a dari

porin kanal

potasium

Kv11.1

155

Acute oral toxiciy adalah istilah untuk menjelaskan efek obat

setelah pemberian selam 24 jam. Untuk uji secara akurat,

diperluka uji secara in vivo. akan tetapi, metode in vivo sangat

rumit, mahal dan memakan waktu. Oleh karena itu, di-

kembangkan metode in silico sebagai alternatif . Untuk kriteria

Acute Oral Toxicity, lembaga EPA (Environmental Protection

Agency) Amerika Serikat mengkategorikannya dalam empat

kategori berdasarkan median lethal dose (LD50) atau median

lethal concentration (LC50) (Li dkk., 2014).

Kategori Toksisitas Berdasarkan EPA Amerika Serikat

Berdasarkan hasil uji ADME/Tox, senyawa pada Lunasia amara

termasuk dalam kategori III, yaitu sedikit beracun. Dengan

demikian, maka Lunasia amara masih cukup aman untuk

digunakan asalkan diperhatikan dosisnya.

J. Kesimpulan

Lunasia amara Blanco atau di sulawesi dikenal dengan nama

Sanrego merupakan tanaman perdu tegak yang tingginya dapat

mencapai 5 meter, untuk mendapatkan tanaman ini bukanlah hal

yang mudah, tanaman ini biasanya ditemukan di pedalaman hutan

di sulawesi. Tanaman ini oleh masyarakat sekitar dijadikan

sebagai ramuan untuk meningkatkan gairah dan sebagai obat kuat

ketika hendak melakukan pekerjaan berat. Dalam beberapa studi

fitokimia yang dilakukan pada Lunasia amara, telah diidentifikasi

Acute

toxicity

Kategori

I (sangat

beracun)

II (Beracun) III (sedikit

beracun)

IV (tidak

beracun)

Oral (mg/kg) ≤50 >50

≤500

>500

≤5000

>5000

Kulit

(mg/kg)

≤200 >200

≤2000

>2000

≤5000

>5000

156

empat kelompok utama alkaloid quinoline yaitu Dimethylallyl-2-

Quinolones, Furoquinolines, Furoquinolones serta 2-Arylquino-

lines dan 4-kuinolon, keempat kelompok utama alkaloid quinoline

ini terdiri atas senyawa-senyawa yang berpotensi sebagai

afrodisiaka yaitu Lunacrine, Lunacridine, Hydroxylunacrine,

Kokusagine, Skimmiamine, 4-methoxy-2-phenylquinoline, Edu-

leine, Lunamarine, B-Elemene, Germacrene, Bicyclogermacrene, a-

farnase dan bicycloelemene. Berdasarkan hasil docking moleculer,

nilai binding affinity yang dimiliki berpotensi sebagai bahan

pembuatan afrodisiak. Hal ini karena nilai binding affinity yang

dimiliki cukup rendah, bahkan ada yang lebih rendah

dibandingakn senyawa kontrol yaitu sildenafil. Kemudian

dilakukan tes Drug-likeness. Drug-likeness adalah tes yang

digunakan untuk mengetahui sifat fisiokimia senyawa

mempengaruhi sifat molekuler secara in vivo. Dari data hasil uji

senyawa yang terkandung di Lunasia amara, semuanya memenuhi

aturan Lipinski. Jadi, dapat disimpulkan bahwa seluruh senyawa

dalam Lunasia amara mampu diserap tubuh dengan baik. Salah

satu uji yang juga dilakukan adalah Uji ADME/TOX, uji ini sangat

penting untuk dilakukan agar suatu senyawa dapat dijadikan

kandidat obat. Berdasarkan hasil uji ADME/Tox, senyawa pada

Lunasia amara termasuk dalam kategori III, yaitu sedikit beracu

namun masih cukup aman untuk digunakan asalkan diperhatikan

dosisnya.Dengan demikian dari rangkaian studi potensi Lunasia

amara, maka dapat disimpulkan bahwa Lunasia amara berpotensi

sebagai bahan pembuatan Afrodisiaka.

K. Latihan Soal III

1. Berdasarkan studi literatur, carilah tumbuhan lokal Indonesia

yang memiliki potensi sebagai afrodisiaka. Setelah itu,

gunakan teknik molecular docking untuk membuktikan

157

potensi tersebut. Susunlah hasil penelitian tersebut dalam

bentuk artikel sedehana dengan format:

a. Pendahuluan

b. Tujuan

c. Metode Penelitian

d. Hasil dan Pembahasan

e. Kesimpulan

f. Daftar Pustaka

158

DAFTAR PUSTAKA

Backer, C.A. & Bakhuizen Van Den Brink. 1965. Flora of Java II

(Spermatophytes only). N.V.P. Noordhoff-Netherlands.

Cayot, A., Laroche, D., Disson-Dautriche, A., Arbault, A. Maillefert, J. F.,

Ornetti, P. 2014. Cytochorome P450 Inteactions and Clinical

Implication in Rheumatology. Clinical Rheumatology.

33(5):1231-1238

Campbell, N.A., Reece, J.B., Urry, L.A., Cain, M.L., Wasserman, S.A.,

Jackson. 2008. Biologi Edisi kedelapan jilid 3. Erlangga; Jakarta

EISAI. 1995. Medicinal Herb Index in Indonesia. The Second Edition. PT

Eisai, Indonesia.

Gunawijaya, E. dan Arhana, BNP, 2000. Peran Nitrogen Oksida pada

Infeksi. Sari Pediatri. 2(2):113-119

Hafid, Hariandi. Legenda kayu perkasa Bolong Sanrego. 15 Januari

2018.

https://beritagar.id/artikel/laporan-khas/legenda-kayu-perkasa-

bolong-sanrego

Heyne, K. 1987. Tumbuhan Berguna Indonesia. Jilid III. Badan Litbang

Departemen Kehutanan Jakarta.

Kloner, Robert A. 2000. Cardiovascular Risk and Sildenafil. The

American Journal of Cardiology. 86: 58F-61F.

Kotta, S., Ansari, S.H., Ali, Javed. 2013. Exploring scientifically proven

herbal aphrodisiacs. Pharmacognosy Reviews. 7: 1-10.

Li, A. P., 2001. Screening for Human ADME/TOX Drug Properties in Drug

Discovery. DDT. 6(7):357-366

Li, X., Chen, L., Cheng, F., Wu, Z., Bian, H., Xu, C., Li, W., Liu, G., Tang, Y.,

2014. In Silico Prediction of Chemical Acute Oral Toxicity Using

https://beritagar.id/artikel/laporan-khas/legenda-kayu-perkasa-bolong-sanrego




159

Multi-Classification Method. Journal of Chemical Information and

Modelling. 54:1061-1069

Lin, J., Sahakian, D. C., Morais, S. M. F., Xu, J.J Polzer, R. J., Winter, S. M.,

2003. The Role of Absorption, Distribution, Metabolism,

Excretion, and Toxicity in Drug Discovery. Current Topics in

Medicinal Chemistry. 3:1125-1154

Macabeo, A.P.G. and Aguinaldo, A.M. 2008. xChemical and

Phytomedicinal Investigations in Lunasia amara.

Pharmacognosy Reviews. 2(4); 317-325.

Odum, E.P. 1971. Fundamental Ecology. 3rd Edition. W.B. Saunders

Company. Philadelphia & London.

Quisumbing, Eduardo. 1951. Medicinal Plants Of Philippines. Bureau of

Printing, Manila.

Rahardjo A. 1999.Tanaman Sang “Dewi Cinta”. Majalah Trubus.

Edisi November No.356. ( halaman 76 - 77).

Sandroni, Paola. 2001. Aphrodisiacs past and present: a historical

review. Clinical Autonomic Research. 11(5); 303-307.

Shah, J. 2002. Erectile dysfunction through the ages. BJU International.

90: 433–441.

Shamloul, Rany. 2010. Natural Aphrodisiacs. International Society for

Sexual Medicine. 7: 39-49.

Syahputra, G., Ambarsari, L., Sumaryada, T., 2014. Simulasi Docking

Kurkumin Enol, Bisdemetoksikurkumin dan Analognya Sebagai

Inhibitor Enzim 12-Lipoksigenase. Jurnal Biofisika. 10(1):55-67

Trubus. 1999. Edisi November No.360 Th. XXX 1999 (halaman 76-77).

Wenver, J.E. dan Clements, F.E. 1928. Plant Ecology. 2nd Edition. Mc

Graw-Hill Book Company. New York.

Yin, J. & Wang, J., 2016. Review:Renal Drug Transporters and Their

Significance in Drug-Drug Interactions. Acta Pharmaceutica

Sinica B. 6(5):363-373

160

Yu, D. K., 1999. Special Review: The Contribution of P-glycoprotein to

Pharmacokinetic Drug-Drug Interaction. J Clin Pharmacol. 39:

1203-1211

Zhou, S. F., 2008. Drugs Behave as Substrates, Inhibitors, and Inducers of

Human Cytochrome P450 3A4. Current Drug Metabolism. 9:310-

322

161

TENTANG PENULIS

Dr. Sulfahri, S.Si., M.Si. Lahir di Tanete-

Bulukumba, Sulawesi-Selatan pada Tanggal

26 Januari 1989. Pendidikan yang pernah

ditempuh penulis diantaranya adalah : S1

Biologi bidang Mikrobiologi di Jurusan

Biologi ITS Surabaya, S2 Biologi bidang

Mikrobiologi di Departemen Biologi

Universitas Airlangga Surabaya, S3 di

Jurusan Doktoral Pendidikan Biologi

Universitas Negeri Malang. Prestasi yang

pernah diraih penulis diantaranya adalah : (1) Peraih Outstanding

Inventors pada International Exhibition for Young Inventors yang

diadakan oleh Japan Institute of Invention and Innovation di New Delhi,

India, (2) Lulusan terbaik Universitas Airlangga, (3) Peraih

penghargaan dari Menteri Pendidikan dan Kebudayaan kategori

penerima Beasiswa Unggulan dengan output penelitian terbaik karena

lulus S2 hanya dalam waktu 10 bulan dengan kategori cum laude dan

hasil penelitian dipublikasikan pada jurnal internasional bereputasi di

Amerika Serikat. Pada tahun 2018, tempo institute menganugerahi

penulis sebagai 10 tokoh muda berprestasi Indonesia yang diprediksi

akan memberikan perubahan untuk Indonesia tahun 2045. Pekerjaan

penulis adalah sebagai staf pengajar pada Jurusan Biologi, FMIPA,

Universitas Hasanuddin. Berbagai tulisan penulis telah diterbitkan

pada buku, jurnal nasional dan internasional. Sejak tahun 2016, penulis

tergabung sebagai tim edior dan reviewer pada berbagai jurnal

internasional, salah satunya adalah jurnal Internasional Biofuels yang

terindeks scopus dari publisher Taylor & Francis dari negara Inggris.

162

Riuh Wardhani lahir di Amparita Sidenreng

Rappang pada hari Selasa, tanggal 02

Desember 1997, riwayat pendidikan tinggi

pada Program Studi Biologi, Universitas

Hasanuddin (2016-sekarang), Makassar.

Semasa Sekolah dasar, pernah menjuarai

Olympiade pada bidang Ilmu Pengetahuan

Alam tingkat kecamatan tellu limpoe. Di

bangku SMP berhasil memperoleh juara 1

debat dan juara 1 menulis yang diadakan di

kampus STKIP Rappang se-kabupaten

sidenreng rappang. Di tingkat SMA meng-

ikuti Olympiade pada Konsentrasi Geografi, memperoleh juara 1 lomba

puisi keagamaan Pasraman Hindu tingkat provinsi sulawesi selatan,

lalu sebagai finalis lomba karya tulis ilmiah sekabupaten sidenreng

rappang. Memasuki Bangku perguruan tinggi aktif mengikuti lomba

karya tulis ilmiah dan meraih juara III lomba karya tulis mahasiswa

(LKTM) kemaritiman dan festival inovasi kemaritiman Nasional

Universitas Hasanuddin 2018 selain itu terpilih sebagai 15 penulis

terbaik dalam YOULEC Essay Competition 2019. Salah satu mata kuliah

disenangi adalah Bioinformatika, ketertarikan saya disebabkan karena

mata kuliah ini adalah mata kuliah masa depan dimana digitalisasi

semakin pesat di era revolusi industri 4.0 ini, termasuk didunia

pendidikan. Motivasi pembuatan buku ini adalah untuk menginspirasi

generasi muda melalui bidang bioinformatika untuk mengoptimalkan

potensi sumber daya alam tumbuhan disekitar kita, apalagi melihat

fakta bahwa indonesia adalah salah satu negara yang tinggi akan

keanekaragaman hayatinya, artinya masih banyak potensi sumber

daya yang harus kita gali, salah satu metodenya melalui

Bioinformatika.

163

Fahrani Anggraeni Makatita lahir di Gorontalo

pada hari Sabtu, 24 April 1999 dengan riwayat

pendidikan SD Al-Fatah 2 Ambon (2004-2010),

SMP Negeri 14 Ambon (2010-2013), SMA

Negeri 11 Ambon (2013-2016). Semasa di

bangku SMP, penulis pernah mengikuti lomba

olimpiade biologi tingkat kota Ambon dan

berhasil menjadi finalis. Saat ini penulis tengah

menempuh pendidikan di Program studi

Biologi, Universitas Hasanuddin (2016-2018). Penulis aktif

berorganisasi dan saat ini menjabat dalam divisi akademik Himbio

FMIPA Unhas (2018-sekarang). Tak hanya aktif di organisasi, penulis

juga aktif mengikuti lomba karya tulis ilmiah serta Program Kreativitas

Mahasiswa. Penulis menaruh minat besar pada pemanfaatan senyawa-

senyawa bioaktif pada makhluk hidup, khususnya tumbuhan.

Indonesia memiliki banyak sekali tumbuhan yang belum terekspos

potensinya. Oleh karena itu, penulis tertarik pada bidang

bioinformatika karena mampu menunjang riset yang berkaitan.

Dengan penyusunan buku ini, penulis ingin membagi pengetahuan

kepada masyarakat khususnya mahasiswa untuk mengenal bagaimana

pemanfaatan ilmu bioinformatika di dalam mengungkap potensi

sumber daya alam sekitar untuk kesehatan tubuh. Dengan mengenal

ilmu bioinformatika, semoga para generasi muda mampu untuk

melihat potensi alam sekitar dan memanfaatkannya untuk

kepentingan masyarakat.

164

jakad.id · iii PRAKATA Sebuah pasangan mengalami infertilitas jika perempuan tidak dapat hamil setelah melakukan hubungan seks dengan pasangannya beberapa kali sebulan dalam satu

Documents