Slide 1Recuperació de la informació Modern Information Retrieval (1999) Ricardo-Baeza Yates and Berthier Ribeiro-Neto Flexible Pattern Matching in Strings (2002) Gonzalo…

Slide 1 Slide 2 Suffix Trees ALGGEN: Algorithmics and genetics group Dep. Llenguatges i Sistemes Informàtics Universitat Politècnica de Catalunya Dr. Xavier Messeguer http://www.lsi.upc.es/~alggen…

Comparison of large sequences First part: Alignment of large sequences Dynamic programming What about genomes? Quadratic cost of space and time. Short sequences (up to 10.000…

Bioinformatics PhD. Course 1. Biological introduction Exact Extended Approximate 6. Projects: PROMO, MREPATT, … 5. Sequence assembly 2. Comparison of short sequences (…

Suffix Trees ALGGEN: Algorithmics and genetics group Dep. Llenguatges i Sistemes Informàtics Universitat Politècnica de Catalunya Dr. Xavier Messeguer http://www.lsi.upc.es/~alggen…