Zotero
Gérer ses références bibliographiques
François MAGNAN -‐ [email protected]
Urfist de Toulouse
Stage du 22/01/2015
hIp://www.francoismagnan.info
Plan
• 1/ PrésentaMon de l'ouMl • 2/ Les entrées : intégrer les références et les documents
• 3/ Gérer la bibliothèque Zotero • 4/ Les sorMes d’informaMons
• 5/ Zotero en ligne, Zotero collaboraMf
PrésentaMon rapide • Logiciel de gesMon de références gratuit, libre. • IniMaMve du Center For history and New Media de l'université George Mason
• S'inscrit dans la philosophie du Web 2 (groupes de travail, bibliothèque en ligne)
• Permet de gérer des données bibliographiques et des documents de recherche
• IntégraMon au navigateur web • Possibilité de synchronisaMon des données depuis plusieurs ordinateurs
• GénéraMon de citaMons (notes et bibliographies) dans un texte rédigé sur le traitement de texte
Version : Firefox ou Standalone
• Version extension Firefox – Permet de voir le site ressource et faire la capture en simultané
• Version : zotero standalone – Permet d'uMliser Zotero indépendamment du navigateur, se meIra en lien avec Chrome, Safari grâce à des plugins, compaMble Firefox
Faire apparaître/disparaître Zotero :
• soit raccourci clavier ctrl + alt + Z (windows) • Soit clic sur icône "zotero" en bas à droite.. • Soit par menu ouMls zotero
Interface : 3 panneaux
• 1/ La bibliothèque et ses "collecMons » (dossiers) • 2/ Liste des références du dossier sélecMonné • 3/ Pour la référence sélecMonnée, champs qui conMennent les informaMons bibliographiques
Comment Zotero reconnaît les références bibliographiques
• références incorporées dans les pages web : liste des standards et formats compaMbles
liste des standards : hIp://Mnyurl.com/7jjcz8t ou www.zotero.org/support/fr/compaMble_standards_and_sojware
• Des explicaMons sur ceIe compaMbilité explicaMons : hIp://Mnyurl.com/7hfun2z ou hIp://www.zotero.org/support/fr/make_your_site_zotero_ready
(comment rendre le site compaMble avec Zotero…)
Récupérer des références
• Il est préférable de sélecMonner la collecMon cible avant la récupéraMon, ainsi les références seront bien classées
• Si aucune collecMon n'est sélecMonnée, les références – non classées -‐ iront dans "ma bibliothèque"
Récupérer la liste enMère des références sur une page
une icône jaune apparaît
Clic dessus pour récupérer les références de la liste de résultat affichée par le navigateur (contenues dans la page web affichée)
• Après le clic sur l’icône jaune, sélecMonnez dans la liste qui apparaît les références à récupérer
• Lorsque votre navigateur affiche la page de descripMon d’un et un seul document l'icône propre au type précis (arMcle, livre, film) de l'œuvre apparaît Un clic sur ceIe icône, et les références du document seront enregistrées
Créer un nouvel élément à parMr de la page
• UMle lorsque le site n'est pas compaMble • Possible de créer une référence à parMr des métadonnées de la page affichée (p.ex. Mtre de la page) Lorsque le document (pdf, ppt, html, etc.) s’affiche dans le navigateur, clic sur l’icône bleue « créer un nouvel élément à parMr de la page »
• Capturer les références d’une page web sur un site non compaMble avec la foncMon « créer un nouvel élément à parMr de la page »
• Exercez vous sur des pages non reconnues par Zotero
ApplicaMon : créer un nouvel élément à parMr de la page
Précision sur « créer un nouvel élément à parMr de la page »
• Si dans les préférences (générales) de Zotero, "faire une capture automaMque de la page lors de la créaMon d'éléments à parMr de pages Web" est sélecMonné, le fichier ouvert (html, pdf, etc.) sera récupéré en même temps et aIachée à la référence qui aura alors le statut "page web »
Récupérer une référence par ISBN
• Insérer une référence par ISBN (InternaMonal Standard Book Numbers), DOI (Digital Object IdenMfiers) or PMID (PubMed IdenMfiers)
Capture de documents • Zotero capture des documents web (thèse, arMcle, page html, image, etc.)
• le document est aIaché à sa référence
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Capture de la page qui s’affiche dans la navigateur
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Lorsque le document s’affiche dans le navigateur, clic sur l’icône bleue « créer un nouvel élément à partir de la page ». Une référence (statut "page web") est alors créée.
Si dans les préférences de Zotero, "faire une capture automatique de la page lors de la création d'éléments à partir de pages Web" est sélectionné, le fichier ouvert sera récupéré en même temps que la référence
Autre méthode • SélecMonner une référence de la bibliothèque. Clic sur l’icône
trombone, sélecMonner « Joindre une capture »
• Autres choix : – Joindre le lien : établit un lien hypertexte entre la référence et la page en ligne. -‐ Joindre le lien vers l’URL : pour rentrer manuellement une URL. Joindre une copie enregistrée du fichier : capture d’un document disponible en local. Joindre un lien vers le fichier: lien entre référence et document local
• Le plus simple : réduire le navigateur, faire glisser des fichiers depuis l’ordinateur dans la bibliothèque Zotero 22
Capture des PDF Récupérer les métadonnées du pdf
• Capture d’un document pdf : Clic-‐droit sur le PDF capturé, choisir : récupérer les métadonnées du pdf pour que Zotero créer une référence d’après les métadonnées du pdf. Ne marche pas toujours…
• Sur certaines base de données d´arMcles scienMfiques en texte intégral (Science Direct) la capture des pdf est automaMque lors de la capture d’une simple référence, si dans les opMons de Zotero « joindre automa4quement les pdf » est coché
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Récupérer les métadonnées PDF • La méthode la plus directe que Zotero emploie est se servir
du DOI (Digital Object IdenMfier ou idenMfiant d'objet numérique) inclus dans le document PDF, mais ce n'est pas la seule.
• Si Zotero idenMfie le document PDF dans Google Scholar, il crée un nouvel item dans la bibliothèque, télécharge les métadonnées bibliographiques, et relie le document PDF à ce nouvel item.
• Extraits de hIp://www.zotero.org/support/fr/retrieve_pdf_metadata ou hIp://Mnyurl.com/bf5oql5
Zoyile étend les possibilités de gesMon des pdf de Zotero
• CF le blog francophone Zotero : • hIp://zotero.hypotheses.org/467 • Permet – de renommer (la manière de le faire est configurable) et de gérer les aIachements Zotero,
– de synchroniser des PDFs entre votre ordinateur et votre tableIe
– d’extraire les annotaMons faites dans le ficher PDF sur votre tableIe (ou ailleurs) pour les transformer en notes raIachées à votre item zotero
OrganisaMon des collecMons • Classer les références dans les collecMons facilite le travail • Le dossier nommé « ma bibliothèque » conMent l’ensemble
des références réparMes dans les collecMons, et les références non classées….
• Dossier spécial pour les éléments non classés : clic droit et créaMon d’un dossier « Unfiled Tems/Documents sans collecMon »
OrganisaMon des collecMons • Faire glisser une référence d'une collecMon à une autre : elle
est copiée (reste dans le dossier d'origine, une copie est faite dans le dossier cible)
ReMrer un élément d’une collecMon ou le supprimer
• Dans une collecMon, clic droit sur une référence
• ReMrer le document sélecMonné de la collecMon => la référence sera dans la bibliothèque, non classée, hors collecMon
• Supprimer le document sélecMonné de la bibliothèque => dans la corbeille
Supprimer une collecMon
• Seul le dossier de collecMon est supprimé, les éléments contenus restent dans la bibliothèque.
Modifier les références (1)
• Le 3ème panneau à droite indique le type du document (livre, film, arMcle de journal, page web etc.)
• Pour modifier le type, clic dessus
Modifier les références (2)
• Pour modifier rapidement le contenu des champs : raccourcis claviers :
• tab (tabulaMon) = vers le bas • Shij (maj.) et tab en simultané = vers le bas
Tri (1)
• Dans le deuxième panneau, il est possible de trier les références par Mtre, créateurs, etc.. PosiMonner la souris sur l’inMtulé du champs et clic pour trier
Recherche (1)
• Pour une recherche de référence rapide dans tous les champs, écrire un mot dans le champ recherche
Recherche (3)
• Il est alors possible d’enregistrer la recherche sous la forme d'un dossier qui se meIra automaMquement à jour avec les nouveaux éléments de Zotero s'ils correspondent aux condiMons de la recherche
Créer des notes
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Zotero peut aussi gérer vos notes indépendantes ou liées aux références
Clic sur cette icône pour créer une note
Note parente, ou dépendante d’une référence
Dans le 3ème volet, remarquer l’éditeur de notes
Créer une note « à la volée »
• Il est possible, en lisant un arMcle sur le Web, de sélecMonner du texte que voulez capturer, puis clic-‐droit : choisir Zotero, créer une note Zotero à par4r de la sélec4on Une référence est créée, une note l'accompagne contenant le texte sélecMonné (et la page web est capturée si l'opMon "capture automa4que" est cochée dans les préférences)
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Exercices : notes
• Créer note indépendante et aIachée. • Créer une note à parMr d'un texte sélecMonné
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Les marqueurs (1)
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• Cette fonction permet d’ajouter/gérer des « tags » ou mots-clefs à une référence
• Clic sur une flèche en bas du premier panneau pour les faire apparaître/disparaître
Les marqueurs (2)
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Le sélecteur de marqueur peut faire apparaître tous les marqueurs utilisés dans la bibliothèque, Si clic sur un ou plusieurs marqueurs, seules les références contenant ces marqueurs apparaîtront
Les marqueurs (3)
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Dans le troisième panneau, choisir l’onglet « marqueurs »
• Vous pouvez alors ajouter les marqueurs (mots-clefs) un par un
Les marqueurs (4)
• Pour ajouter un marqueur à plusieurs références en même temps :
– SélecMonner plusieurs marqueurs dans le deuxième panneau
– Les faire glisser vers un marqueur
Les marqueurs (5)
• En faisant un clic droit sur un marqueur, on peut effacer un marqueur, le renommer, ou lui aIribuer une couleur disMncMve, qui permeIra de disMnguer ces marqueurs des autres.
Les marqueurs (6)
• Les couleurs servent à disMnguer les marqueurs et apparaissent aussi dans la bibliothèque (deuxième panneau) à coté de l’icône de la référence. Des raccourcis claviers permeIent d’aIribuer rapidement ces marqueurs colorés.
Export de la bibliothèque (1)
Usages : • Sert à transférer des références d’un logiciel à un autre (p. ex. Zotero vers Endnote)
• Vers la bibliothèque d’une Merce personne, aussi pour faire une sauvegarde de votre bibliothèque (choisir format Zotero RDF)
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Export de la bibliothèque (2)
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Clic droit sur « ma bibliothèque ». Choisir le format d’exportation
Seul le format Zotero RDF permet une
sauvegarde complète, avec les fichiers attachés.
Rapport
• Clic droit sur la sélecMon, choisir l'opMon générer un rapport
• Tous les champs non vides figurent sur le rapport, un fichier html s’ouvre dans le navigateur
sorMe d'informaMons bibliographiques depuis la bibliothèque (1)
• Sans liaison automaAque avec le traitement de texte • Choisir style bibliographique par défaut : préférences de Zotero, puis exportaMon
• SélecMonner une collecMon ou des références. Clic droit sur la sélecMon, puis choisir l'opMon « créer une bibliographie »
sorMe d'informaMons bibliographiques depuis la bibliothèque (2)
• Choisir le format de sorMe : ry, html, copier dans presse-‐papier, impression directe
Styles bibliographiques et Zotero
Zotero : ouMl créé pour répondre aux besoins des chercheurs : Styles bibliographiques de Zotero = styles de revues scienMfiques (très majoritairement) standardisés grâce au langage CSL
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Répertoire de styles Zotero www.zotero.org/styles
Aperçu du style InAtulé du style
Rechercher un style Styles par domaines ou formats
Installer un style
Aperçu des styles
• Pour un aperçu des styles proposés par Zotero, taper dans la barre d’adresse : chrome://zotero/content/tools/cslpreview.xul
• Ou Préférences/avancées/CSL Preview Cet ouMl crée des citaMons pour les documents sélecMonnés dans votre copie de Zotero pour tous les styles CSL installé.
Types de style Author-‐date et author : un appel de citaMon dans le texte renvoie à une entrée dans la bibliographie classée par ordre alphabéMque
Ex : Yeast cells were grown at 25°C in batch cultures on 0.5% methanol for 36 hours (van
der Klei et al. 1991; Zwart et al. 1983) Yeast cells were grown at 25°C in batch cultures on 0.5% methanol for 36 hours (van der
Klei et al.; Zwart et al.)
Bibliography van der Klei IJ, Harder W, Veenhuis M (1991) Methanol metabolism in a peroxisome-‐deficient
mutant of Hansenula polymorpha: a physiological study. Arch Microbiol 156: 15-‐23. Zwart KB, Veenhuis M, Harder W (1983) Significance of yeast peroxisomes in the metabolism of
choline and ethanolamine. Antonie Van Leeuwenhoek 49: 369-‐385.
Types de style Numeric : un appel de citaMon dans le texte renvoie à une
entrée de la bibliographie
Ex : Yeast cells were grown at 25°C in batch cultures on 0.5% methanol for 36 hours [21, 22]
Bibliography 21. Zwart KB, Veenhuis M, Harder W (1983) Significance of yeast peroxisomes in the metabolism
of choline and ethanolamine. Antonie Van Leeuwenhoek 49: 369-‐385. 22. van der Klei IJ, Harder W, Veenhuis M (1991) Methanol metabolism in a peroxisome-‐deficient
mutant of Hansenula polymorpha: a physiological study. Arch Microbiol 156: 15-‐23.
Types de style
§ Styles note : un marqueur (symbole, nombre, etc.) pointe vers une note de bas de page ou de fin, qui permet d’idenMfier le document cité. Certains styles note incluent une bibliographie de tous les documents cités.
Ex : "In the Island of St. Kilda, according to Martin, [1] the men do not acquire beards unMl the age of thirty or upwards, and even then the beards are very thin. “
[1]'Voyage to St. Kilda' (3rd edit. 1753), p. 37. Bibliography
Plugin de liaison avec le traitement de texte
Version standalone le plugin est intégré à l’ouMl Zotero sur Firefox : sur le site de Zotero, www.zotero.org, clic sur Download puis word processor plugins
Dans la page qui apparaît, clic sur « install… plugin » qui correspond à votre système d’exploitaMon et à votre logiciel (Open Office, Word)
La barre d'ouMl Zotero apparaît dans le ruban compléments 1ère icône : insère la citaAon : choix du style (lors de la première
inserMon,) choix de la référence et inserMon de la citaMon 2ème : modifier une citaAon déjà insérée (le curseur doit être à
l’intérieur de la note de bas de page ou de fin de secMon) 3ème : pour insérer une bibliographie (récapitulaMve des citaMons) 4ème modifier la bibliographie (si le curseur est à l’intérieur d'une
biblio.) 5ème : me\re à jour vos inserAons par rapport à la base Zotero (si un
nom d’auteur modifié dans Zotero, le document se meIra à jour et incorporera la modif.)
6ème : changer le style biblio. Affecte tout le document, mieux vaut le sauvegarder avant.
7ème : « remove code » (aIenMon, les inserMons ne pourront plus être mises à jour)
• Dans le document que vous rédigez, placez le curseur là où vous souhaitez insérer l'appel
• Cliquez sur le bouton d'inserMon d'une citaMon (première icône)
• Première inserMon dans un document : choisir le style à
InserMon d’une citaMon
• Pour insérer, Zotero propose une recherche de références par mots-‐clefs.
• Préférer la vue classique, qui permet de faire apparaître la bibliothèque sur le traitement de texte
Editeur de citaMons Insérer la bibliographie
• Editer une citaMon : il faut pour cela que le curseur soit posiMonné dans la citaMon à éditer
• Pour insérer la bibliographie, se posiMonner à l'endroit où elle devra apparaître, et clic sur la 3ème icône.
Editer la bibliographie : pour cela, il faut posiMonner le curseur dans une bibliographie insérée. Possibilité d'ajouter des éléments ou d'en reMrer.
Ouvrir un compte sur le site Zotero
• hIp://www.zotero.org/
• Clic sur "register" pour ouvrir un compte ou sur "login" pour accéder à un compte existant
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SynchronisaMon • puis Préférences • Icône puis onglet "Se�ngs" pour s'idenMfier : login et mot de passe du compte Zotero
• Fusion : clic sur l’icône verte de synchronisaMon (ou laissez coché : synchro. AutomaMque dans les préférences)
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Le compte en ligne
• Onglet My Library pour afficher la bibliothèque
• Seul le Mtulaire du compte peut voir la librairie en ligne, sauf modificaMon des paramètres
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Notez l'adresse : http://www.zotero.org/login
Rendre visible la bibliothèque en ligne
• SélecMonner "Se�ngs" puis onglet "Privacy"
– Vous pouvez spécifier que vos notes seront elles aussi visibles
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Créer des Groupes de travail
• Vous pouvez cliquer sur l'icône Nouveau Groupe située à coté de l'icône Nouvelle CollecMon dans le coin supérieur gauche de Zotero.
• Vous pouvez aussi cliquer sur le bouton Nouveau Groupe sur la page des groupes sur le site Zotero
Type de groupe : privé
• Seuls les membres du groupe et les uMlisateurs invités à rejoindre le groupe peuvent voir les pages du groupe
Type de groupe : Public, ParMcipaMon Restreinte
• Tout le monde peut voir la page du groupe, mais les seuls moyens de devenir membre passent par une invitaMon ou par une demande d'invitaMon.
Type de groupe : Public, Par4cipa4on Ouverte
• Les pages de groupes sont publiques, et tout le monde peut devenir membre instantanément.
Réglage des groupes : l’appartenance
• Les membres parMcipent • Les administrateurs peuvent modifier le statut public/privé du groupe, les rôles des membres et les réglages de la bibliothèque du groupe.
• Les propriétaires de groupe : mêmes privilèges que les administrateurs, mais peuvent aussi supprimer le groupe ou transférer sa propriété à un autre membre.
Réglage des groupes : bibliothèque
• Lecture de la bibliothèque (Qui peut voir les éléments de la bibliothèque de ce groupe?)
• Tout le monde sur internet • Tous les membres • Seulement les administrateurs du groupe
Réglage des groupes : bibliothèque
• ÉdiMon de la Bibliothèque (Qui peut ajouter, éditer, et supprimer des éléments de la bibliothèque de ce groupe?)
• Tous les membres • Seulement les administrateurs du groupe
Interagir avec des Groupes avec le logiciel Zotero
• La bibliothèque de groupe apparaîtra dans la colonne de gauche.
• La bibliothèque de groupe est disMncte de la bibliothèque Zotero
• Les éléments peuvent être glissés/déposés à parMr de « ma bibliothèque » (ils sont copiés dans la bibliothèque de groupe)
• Possibilité de créer des sous-‐collecMons dans la bibliothèque de groupe