PSI en VBM
Qu es la comisura anterior del cerebro?Siguiendo a Snell (2007),
las fibras comisulares conectan regiones correspondientes de los
dos hemisferios cerebrales y la comisura anterior: es un pequeo haz
de fibras nerviosas que cruza la lnea media en la lmina terminal.
Por su trayectoria lateral un haz ms pequeo o anterior se curva
hacia adelante a cada lado hacia la sustancia perforada anterior y
el tracto olfatorio. Un haz ms grande se curva hacia atrs a cada
lado y surca la cara inferior del ncleo lenticular para alcanzar
los lbulos temporales. (p. 282) No utilices los tres puntos
suspensivos No es necesario que cites la pgina; en caso de que sea
una cita textual utiliz comillas
Qu significa reorientar una imagen?Las imgenes estructurales del
cerebro, formato tipo Niftii, con las que se opera en VBM, estn
representando un volumen, por eso, contamos para cada una de ella
con tres ejes: x, y, z, donde podremos ubicar un punto cualquiera
(El Mapeo Estadstico Paramtrico del Cerebro, n.d.). Para aplicar
anlisis estadsticos sobre un grupo de imgenes estructurales es
necesario que las mismas estn normalizadas a una plantilla. As ser
factible realizar la comparacin entre un punto cualquiera (x, y, z)
de una imagen y otro de iguales coordenadas, pero de una imagen
distinta. El primer paso de dicha normalizacin es el realineamiento
de la imagen estructural sobre la imagen canonical (Marino, 2011).
Reorientar una imagen significa modificar su punto de origen,
coordenadas 0 0 0, de modo tal que todas las imgenes a procesar, se
aproximen lo mximo posible al mismo. Para ello se asimila el punto
de origen de una imagen estructural al punto de origen de la imagen
canonical. Este punto se encuentra en la comisura anterior. A travs
de SPM y con el uso de las herramientas Check Reg y Display
podremos lograr la reorientacin deseada (PIPELINE BARILOCHE VBM,
n.d.)
No ests usando bien Mendeley, n.d. te est informando que no
tiene datos eso no debe ocurrir seguir el pipeline Andaluca La
imagen se denomina cannica, si utilizs el anglicismo hazlo en
cursiva
Cuntas imgenes cannicas hay en el mundo? La imagen cannica es
aquella en la que se basa la plantilla normalizadora que se mencion
con anterioridad. La ms utilizada es la creada Montreal
Neurological Institute- MNI (E. a Hirshorn & Thompson-Schill,
2006; Poldrack, 2006 citados en Marino, 2011). Esta imagen de
referencia trata de parecerse a la cannica de Talairach y Tournoux,
de los aos ochenta (El Mapeo Estadstico Paramtrico del Cerebro,
n.d.). En el mundo, existen otras imgenes cannicas que son creadas
en funcin de las necesidades de los grupos poblacionales. (Marino,
2011)
Ver como citar en Mendeley, n.d. no debe aparecer Investigar
cules son las imgenes cannicas ms utilizadas en el mundo aparte de
MNI
Mediante qu paso uno se asegura que los cambios que ha hecho han
quedado definitivamente guardados en el cerebro nativo? Qu botones
hay que presionar?Para asegurarnos que los cambios hayan quedado
guardados debemos hacer el control a travs del botn DISPLAY de la
ventana de herramientas del SPM
Luego de clickear en l, elegimos el archivo a controlar en el
directorio, y seleccionamos DONE.Como resultado se abre la
siguiente ventana:
En el lugar indicado en el grfico anterior, debemos escribir las
coordenadas 0 0 0, para verificar que crosshair quede situado en el
punto que habamos elegido.De esta manera chequeamos haber procedido
correctamente al momento de guardar los cambios sobre el cerebro
nativo, al momento de haber reorientado su punto de origen.
PASO 1: Reorientar Imgenes1-Agregar SPM a MATLABEn la ventana
Current folder Buscar el directorio que corresponde a la carpeta
SPM8:
Ej: D:\soledad\documents\SPM8 Click derecho sobre la carpeta
SPM8 Click sobre add to pad select folders and subfolders
2-Iniciar SPMEn la ventana Command Window tipear: >> spm
fmri
3-Pasar los archivos DICOM a NIFTII DICOM import160 cortes en
formato DICOM sern transformados en un archivo NIFTII En el Men del
SPM8 ir a: DICOM Import: 1 click, se abre la ventana dicom
files
En DICOM Files, buscamos los 160 archivos con los que vamos a
trabajar, para eso: En DRIVE seleccionar el disco donde estn los
casos (Ej. D)
Buscar el directorio abajo a la izquierda (Ej.
D:\soledad\documents\CASOS SPM8) ah estn los casosSeleccionar una
carpeta ej. AGUILERA LORENA: 1 clickCLICK EN SER00501: en el cuadro
de la derecha aparecen los 160 archivos En el cuadro de la derecha
SELECCIONAR TODO CON SHIFT: en el cuadro de abajo aparecen los 160
archivos CLICK EN DONE Aparece la ventana output director para
guardar el NIFTII que vamos a crear, elegir nuevamente la carpeta
de AGUILERA LORENA, o en PREV, nos sale el ltimo directorio
utilizado.
Ej PREV: click en AGUILERA LORENA\SER00501CLICK EN SER00501: se
va a la ventana derechaCLICK EN SER00501: se va a la ventana de
abajo DONEUsando DISPLAY podemos ver la imagen Cerebral del NIFTII
que creamos - DISPLAYVolvemos a la primera ventana del paso 3
DISPLAYPREV: click en AGUILERA LORENA\SER00501
A la derecha aparece ese archivo largo que volvemos a
seleccionar abajo y le damos DONE de la misma forma en que lo
venimos haciendo mm: 0 0 0 y podemos ver el punto cero de esta
imagen
4- Comparar el punto 0 0 0 de la imagen cannica con el de la
imagen estructural a reorientar CHECK REGLa distancia entre los
puntos 0 0 0 debe ser menor a 5 cm entre ambas imgenes (PIPELINE
BARILOCHE VBM, n.d.)Volvemos a la primera ventana del paso 3Abrir
los dos archivos juntos: Imagen CANONICAL y nuestro caso (Imagen
estructural): DRIVE (Ej.
D:\soledad\documents\SPM8\spm8\spm8\canonical*) Aadirla a la
ventana de abajo con un clickPREV: click en AGUILERA
LORENA\SER00501Aadirla a la ventana de abajo con un click DONE*La
imagen CANONICAL tiene el siguiente formato:Avg: significa
promedio152: significa cantidad de personas que participaronT1: se
refiere al tipo de tejidoTrabajamos siempre con esta Se centra
crosshair (que es el cruce entre las lneas azules) en COMISURA
ANTEIOR anterior de la imagen cannica y se observa el ajuste de las
T1 a procesar.
CORTE AXIALAL CORTE CORONALALCORTE SAGITAL SAGITAL
5- Modificar el punto cero de la imagen estructural
posicionndolo en la COMISURA ANTERIOR DISPLAYPrimero rotamos la
imagen si es necesario para ajustarla a la posicin de la CANONICAL
Es una medida en radianes (mucho ms sensible que el mm, voy
probando con 0.01) PITCH (observamos una rotacin en el plano
sagital) ROLL (observamos una rotacin en el plano coronal) YAW
(observamos una rotacin en el plano axial)Luego posicionamos
crosshair en la comisura anterior
As obtenemos un resultado en las coordenadas del crosshair, por
ej: -1.1 / 43.7 / 76.6Para llevar el cero a ese punto, tenemos que
colocar los valores indicados pero en signo invertido, por ej:
RIGHT = 1.1 FORWARD = -43.7 UP = -76.6Y luego hacer click en la
barra indicada en el grfico anterior colocar 0 0 0 en mmPodemos
seguir haciendo todos los ajustes que sean necesarios para que el
punto cero quede lo ms cerca posible de la comisura anterior Ej.
Pruebo, -3. Luego si falta un punto ms, pongo -4 (porque no es que
a tres le sumo uno, sino que vuelvo al origen, de -3 y luego -4,
significa que qued en -4 NO en -7, no se suman los nmeros)Cuando
estemos en el lugar deseado reorientamos el cero Reorient Images
(indicado en la imagen anterior)PREV: seleccionar el NIFTII del
casoDONE
6- Controlar el resultado de la reorientacin CHECK REGHaciendo
nuevamente CHECK REG (Paso 4) al posicionar crosshair en la
comisura anterior de la imagen canonical debera coincidir con el
mismo punto en la imagen estructural de abajo.
Si hubiera diferencias pueden hacerse nuevos reajustes
repitiendo el paso 5
PASO 2: Estimate and Write
En el men SPM seleccionamos la opcin BATCH
Y seleccionamos VBM8: Estimate & Write como indica el grfico
de abajo
En current modules, seleccionamos la opcin Volumes y agregamos
los volmenes que necesitamos procesar (los que ya fueron alineados
a la imagen cannica). Respecto a la cantidad de volmenes que
seleccionemos para procesar, debemos tener en cuenta la capacidad
del ordenador que utilicemos, ya que es un proceso que insume
muchos recursos.
En este paso se ingresan las imgenes estructurales, tienen que
pertenecer a una misma secuencia (por ej. T1). No se pueden incluir
imgenes T1 y T2 mezcladas. Se calculan los mapas de los tres
tejidos principales: p1 (sustancia gris), p2 (sustancia blanca) y
p3 (lquido cefalorraqudeo) (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.)Antes de
pasar al procesamiento podemos guardar los parmetros del Batch en
caso de que hubiramos hecho modificaciones del mismo (Kurth,
Luders, & Gaser, n.d.), para eso: FILE Save Batch (aqu
guardamos el modelo que luego vamos a correr)Luego procedemos a
correr el Batch Run Batch
Cuando se termina de procesar cada imagen estructural obtenemos
el siguiente resultado:
En cada grupo de tres cuadros, correspondiente a los cortes
sagital, coronal y axial, puede visualizarse los mapas de los
tejidos procesados, sustancia blanca, gris y lquido cfalo
raqudeo.En la carpeta de cada caso procesado quedarn guardados los
archivos que se generaron (Kurth et al., n.d.)
Siguiendo el trabajo Pipeline Bariloche (n.d.):La herramienta
new segment de SPM8 obtiene 3 tejidos ms: crneo, tejidos blandos y
aire. En este paso, que suele demorar horas, se utiliza la
normalizacin de alta dimensionalidad DARTEL, que es un algoritmo
creado por John Ashburne para deformar sobre una plantilla La
normalizacin se realiza de dos formas, excluyentes: o se hace una
normalizacin SPM default, de baja dimensionalidad, o una
normalizacin DARTEL, que cuenta con las probabilidades a priori de
los seis tejidos mencionados.
Paso 3: Display one slice for all imagesEn este paso podemos
hacer un control de calidad (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.) de las
segmentaciones que hicimos en el apartado anteriorPara ello
volvemos a acceder a la misma ventana que en el paso 2:
Accedemos a la herramienta display one slice for all imagesEn
nuestro caso, al utilizar secuencias T1 se debe seleccionar yes en
proportional scaling:
Run BatchY obtendremos la imagen para hacer el control
correspondiente
Siguiendo nuevamente nuestro artculo de referencia (PIPELINE
BARILOCHE VBM, n.d.):Los archivos se van generando con los
siguientes cdigos:m0: significa que se realiz una deformacin no
lineal, modulada (DARTEL)wr: que ha sido normalizadapX: codifica el
tejido correspondiente (X es el nmero- cdigo del tejido)
ReferenciasEl Mapeo Estadstico Paramtrico del Cerebro.
(n.d.).Kurth, F., Luders, E., & Gaser, C. (n.d.). VBM8-Toolbox
Manual.Marino, J. (2011). Cuantificacin de Imgenes Cerebrales
obtenidas por Resonancia Magntica Estructural (T1): Morfometra
Basada en Voxels para predecir el rendimiento en la prueba
neuropsicolgica de Fluidez de Acciones.PIPELINE BARILOCHE VBM.
(n.d.).Snell, R. S. (2007). NEUROANATOMA CLNICA. (Panamericana,
Ed.) (6o ed., p. 612). Retrieved from
http://es.slideshare.net/JazzmineArandaCalipuy/snell-neuroanatomia-clinica-6-edicion