Practica5 Bioinformatica

Profesores:    Jose  F.  Sanchez  (Dept.  Gené+ca,  Micro.  y  Estadís+ca)  -­‐-­‐  [email protected]    Josep  Tarragó      (Dept.  Bioq  y  Biomed.  Molecular)                -­‐-­‐  [email protected]  

Bloque  II  

Bloque  II  

Genoteca  DNA  

Genoteca  DNA  

Procariotas  vs.  Eucariotas  

DNA  –  Transcript  –  mRNA  -­‐  CDS  

DNA  –  Transcript  –  mRNA  -­‐  CDS  

NO!!!  

NO!!!   NO!!!  

NO!!!  

Operon  

2.2.2  Iden9ficació  de  bacteris  

•  Dels  resultats  ob+nguts,  quins  són  els  valors  més  rellevants  per  decider  aquesta  similitud?  

•  Quines  són  les  seqüències  que  s'assemblen  més  a  les  de  la  seqüència  del  DNA  16S?  

•  A  quines  espècies  poden  pertànyer  aquestes  seqüències  I  quin  criteri  podríem  seguir  per  decidir-­‐ho?  

•  Quina  funció  tenen  anotada  les  seqüències  homologues  a  la  base  de  dades?  

Seqüència  DNA  16S  del  bacteri  aïllat  del  sòl  (amb  ac+vitat  carbohidratasa)  

2.2.2  Iden9ficació  de  bacteris  

2.2.2  Iden9ficació  de  bacteris  

Mínim  95%  per  considerar  que  dues  seqüències  pertanyen  a  una  mateixa  espècie  

2.2.2  Iden9ficació  de  bacteris  

2.2.3  Predicció  de  gens  en  seqüències  anònimes  

Seqüència  

Gens?  ORF?  CDS?  

Translate  tool  EXPASY  (genèrica)  FgenesB  (genomes  bacterians)  GLIMMER  (procariotes)  MIT  genscan  (eucariotes)  

Diverses  eines:  

•  Quantes  ORFs  trobem  a  cadascuna  de  les  possibles  pautes  de  lectura?  •  Quina  és  la  longitud  de  les  ORFs  més  llargues,  a  quina  pauta  de  lectura  s'han  

localitzat?  •  Quants  CDS  ens  prediuen  els  diferents  programes  de  predicció  de  gens,  

coincideixen  tots  ells  per  detector  anotacions  sobre  les  mateixes  coordenades?  •  Perquè  creieu  que  no  ens  podem  refiar  dels  resultats  ob+nguts  amb  el  genscan?  •  Quantes  i  quines  ORFs  coincideixen  amb  les  CDSs  predates  pels  programes  de  

predicció  de  gens?  

2.2.3  Predicció  de  gens  en  seqüències  anònimes  Translate  tool  EXPASY  

1  forward  

2  forward  

3  forward  

1  reverse  

2  reverse  

3  reverse  

2.1.3  Predicció  de  gens  en  seqüències  anònimes  FgenesB  

Massa  pe+t  

BLAST  

Translate  tool  EXPASY  

Si  cliquem  als  dos  ORFs  llargs  

1  forward   2  forward  

1  forward  

2  forward  

2.2.4  Cerca  de  senyals  involucrats  en  la  regulació  dels  gens  

Procariotas  vs.  Eucariotas  2.2.4  Cerca  de  senyals  involucrats  en  la  regulació  dels  gens  

2.2.4  Cerca  de  senyals  involucrats  en  la  regulació  dels  gens  

2.2.4  Cerca  de  senyals  involucrats  en  la  regulació  dels  gens  

DBGP  Promoter  Predic9on  (procariotes  i  eucariotes)  SoWBerry  BPROM  (específic  per  a  genomes  bacterians)  

DBGP  Promoter  Predic9on  (procariotes  i  eucariotes)  

2.2.4  Cerca  de  senyals  involucrats  en  la  regulació  dels  gens  

Gen  Endogluconasa:  Start  604  –  End  3525  (+1)    Gen  Cel·∙lulosa  1,4-­‐βcel·∙lobiosidasa:  Start  3677  –  End  6952  (+2)  

SoWBerry  BPROM  (específic  per  a  genomes  bacterians)  

2.2.4  Cerca  de  senyals  involucrats  en  la  regulació  dels  gens  

Gen  Endogluconasa:  Start  604  –  End  3525  (+1)    Gen  Cel·∙lulosa  1,4-­‐βcel·∙lobiosidasa:  Start  3677  –  End  6952  (+2)  

2.2.5  Clonació  i  expressió  de  gens  

Vector  de  clonació:  no  de  expressió