PowerPoint Presentation - srce.unizg.hr · Organska kemija 20% FBF Opéa i anorganska kemija 22% 15% IRB 24% IRB Fizikalno-organska kemija 10/2014 isc1bellC1 Kvantna organska kemija

Workflow

• GaussView crtanje 1 strukture (file.com)

• TextEditor

• scp file.comtannat.srce.hr:~/folder

• ~/only_run.sh file nproc– #!/bin/bash

– #$ -cwd

– dog09 file

qsub –pe mpisingle nprocfile

• GaussView crtanje 5+ struktura (file_*.com)

• scp file_*.comtannat.srce.hr:~/folder

• xyz file_*com– .com > .xyz

• while read file; do echo – # opt freq b3lyp/6-31g(d)...

– cat $file.xyz

– > $file.com

• ~/just_run.sh

Red čekanja

• qstat

• qstat_name

• qstat -u „*”

3683 samo u ovom folderu

preko vikenda 40-70 računa

Korisnički pogled

• Brzo (rutina pokretanja oko 30 s)• Jednostavno • Gotovi Gaussianski paket (g98, g03, g03-64, g09-

A, g09-D)• I za brze i za spore poslove• Katkad mali scratch disk (treba ga posebno

definirati)• Podnošljivo čekanje za 2, 4 i 8 procesora• Od 15 min do 15 dana (neizvedivo na PC-u)• Podrška odlična (Hvala Emir što me trpiš!)