Page 1
LAPORAN TERBAIK PRAKTIKUM
PERCOBAAN VI
BIOINFORMATIKA
KELOMPOK I
Ismi Simpang Anggia 24030112120008
Nabila Yaman 24030112140067
Putri Intan Pratiwi 24030112130068
Ratna Indria Sari 24030112130061
Rizka Andianingrum 24030112140060
Salsabila 24030112130063
Septyandini 24030112130062
Setya Nata Mahardika 24030112130050
JURUSAN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2014
Page 2
ABSTRAK
Telah dilakukan percobaan yang berjudul “Bioinformatika (Konstruksi
Pohon Filogeni)” bertujuan untuk Menentukan hubungan kekerabatan antar
organisme (bakteri) melalui konstruksi pohon filogeni.Fungsi filogeni yaitu dapat
menunjukkan hubungan evolusi antar organism (hubungan kekerabatan) yang
mana sampel memiliki sifat yang sama dengan kerabat yang terdekat karena
sejenis. Sampel DNA identik dengan Streptococcus Agalatiae SA20. Program
yang digunakan dalam percobaan ini adalah NCBI, BLAST, seqbooth, exe,
DNAPARS dan consense.exe. Metode yang digunakan adalah metode
higuchifractal. Prinsipnya adalah search engine ( memberi input berupa urutan
nukleotida ) dan menerjemahkannya ke dalam kode-kode genetic sehingga
diketahui susunan asam amino dalam skuensinya. Hasil yang diperoleh adalah
sampel mempunyai kekerabatan dekat dengan Streptococcus Agalatiae SA20.
yaitu merupakan jenis gen 16 S rRNA sehingga dapat disimpulkan bahwa sampel
merupakan jenis bakteri yang mempunyai gen jenis 16 S rRNA.
Kata Kunci : Bioinformatika, pohon filogeni, NCBI, BLAST, 16 S rRNA
Page 3
ABSTRACT
Have performed experiments entitled " Bioinformatics ( Phylogeny Tree
Construction ) " aims to Determine kinship between organisms ( bacteria )
through filogeni.Fungsi phylogeny tree construction is that it can show the
evolutionary relationships between organisms ( kinship ) in which the sample has
the same properties as nearest relatives because similar . DNA sample identical to
the organism Streptococcus Agalatiae SA20. The program used in this experiment
is the NCBI , BLAST , seqbooth , exe , DNAPARS and consense.exe. Method
used are higuchifractal method . The principle is to search engines ( give input in
the form of a sequence of nucleotides ) and translate them into the genetic codes
that are known amino acid composition in skuensinya . The result is a sample has
a close kinship with Streptococcus Agalatiae SA20, which is a type 16 S rRNA
gene so that it can be concluded that the sample is a type of bacteria that have a
type 16 S rRNA gene .
Keywords : Bioinformatics , tree phylogeny , NCBI , BLAST, 16 S rRNA
Page 4
PERCOBAAN VI
BIO INFORMATIKA
(Konstruksi Pohon Filogeni)
I. TUJUAN PRCOBAAN
Menentukan hubungan kekerabatan antar organisme (bakteri) melalui
konstruksi pohon filogeni.
II. DASAR TEORI
2.1.Bioinformatika
Bioinformatika adalah bidang ilmu yang lahir dan
diperlukannya kemampuan computer berdaya tinggi untuk membantu
mengorganisir, menganalisis dan menyimpan informasi biologis
(Susan, 2002)
Tipe-tipe informasi biologis primer yang terlibat dalam bio
informatika adalah data sekuens DNA dan protein. Setelah teknologi
sequencing DNA menjadi mudah dan otomatis, dihasilkan sekuens gen
dalam jumlah yang luar biasa banyaknya. Database public diciptakan
untuk menampung informasi dan mengizinkan semua orang untuk
menggunakannya. Data base yang tetap atau definitive di Amerika
Serikat bagi sekuens-sekuens gen disebut Gen Bank yang ditangani
oleh National Center yor Biotechnology Information (NCBI) (Susan,
2002).
Karena teknologi sequencing DNA telah mengalami kemajuan
dengan amat cepat, para peneliti tidak hanya melakukan sequencing
atas gen-gen tunggal namun juga genom keseluruhan organism,
berkisar dari bakteri dan virus sampai tumbuhan, serangga dan
manusia. Sebagian besar informasi itu juga dimasukkan ke dalam
database public untuk digunakan dan dianalisis oleh para saintis dari
seluruh dunia.Sebagian informasi itu digunakan oleh perusahaan-
perusahaan bioteknologi dan farmasi untuk membantu mereka
Page 5
mengembangkan obat-obatan dan penanganan penyakit lebih
baik.(Susan, 2002)
2.2. DNA
Asam deosiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA, adalah
sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyususn
berat kering setiap organisme. DNA umumnya terdapat di dalam
sel.DNA merupakan suatu polimer , rekombinasi DNA merupakan
suatu proses alamiah denagn unsure-unsur material genetik (pecahan-
pecahan molekul DNA) dipersatukan ke dalam suatu molekul DNA
yang lain. DNA produk dirujuk sebagai suatu DNA rekombinan
(Fessenden, 1986).
DNA merupakan molekul yang amat panjang, terdiri dari
ribuan deoksiribosa nukleotida yang tergabung dalam suatu urutan
yang bersifat khas bagi setiap organisme. Molekul ini biasanya
berbentuk rantai ganda. Kromosom sel kariotik merupakan satu
molekul besar DNA yang berikatan erat menjadi suatu daerah int i
atau nukleotida. Sel eukariotik mengandung sejumlah molekul DNA.
Masing-masing pada umumnya memiliki ukuran jauh lebih besar
daripada sel prokariota.molekul DNA dalam eukariota bergabung
dengan molekul protein dan dikelompokan menjadi serabut kromatin
di dalam nucleus, yang dikelilingi sistem ganda yang kompleks. DNA
berfungsi untuk menyimpan informasi genetik seacra lengkap yang
diperlukan untuk menentukan struktur semua protein dari tiap-tiap
spesies organisme agar biosintesis sel dan jaringan berlangsung secara
teratur, untuk menentukan aktivitas organisme sepanjang siklus
hidupnya dan untuk menentukan kekhususan organisme tertentu. Basa
purin yang terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin sedangkan
basa pirimidin yang terdapat dalam DNA adalah sitosin dan timin.
Antara basa-basa yang terdapat pada rantai asam nukleat ini terikat
dengan suatu ikatan hidrogen. Adenin dapat membentuk dua ikatan
Page 6
hidrogen dengan timin (A=T), sedangkan Guanin dan sitosin dapat
membentuk tiga ikatan hidrogen (G C). Ikatan yang terbentuk antara
basa-basa tersebut dapat dilihat dari struktur berikut:
(William, 2002)
2.3. Filogenetika
Protein-protein dapat berevolusi dengan laju yang berbeda-
beda akibat adanya factor intrinsik (mekanisme perbaikan-perbaikan )
dan faktor ekstrinsik (mutagen dari lingkungan). Protein-protein yang
sangat lestari (conversed) tampaknya hanya mampu monoleransi
sedikit perubahan kecil sedangkan sejumlah protein lainnya mampu
menyerap berbagai mutasi tanpa kehilangan fusngsinya. Mutasi yang
terjadi di luar daerah yang terlibat dalam fungsi normal molekul dapat
ditoleransi sebagai mutasi netral secara selektif.Seiring berjalannya
waktu geologis, mutas-mutasi netral tersebut cenderung terakumulasi
di dalam garis keturunan geneologis. Jika kita asumsikan kalau
mutasi-mutasi netral semacam itu terakumulasi dengan laju konstan
untuk protein yang sangat lestari, maka kita bisa menentukan pola
percabangan dari pohon filogenetik (disebut juga kladogram atau
pohon evolusi).(William,2002)
2.4. Blast
Membandingkan data urutan nukleotida/protein dengan
database nukleotida/protein di seluruh dunia melalui situs dan
beberapa situs lainnya (Susan, 2002).
N
N
O
H3C
OH
HH
HN N
N
N
N
Timin
Adenin
N
N
HN O
H H H
O N
N
N
N
N H
Sitosin
Guanin
Page 7
Selain sekedar menyimpan informasi biologis, database itu bisa
digunakan untuk menganalisis gen-gen, fungsi-fungsinya dan
evolusinya, Sebagai contoh, jika sebuah gen diklona dan di
sequencing, sekuens itu bisa digunakan untuk penelusuran yang
disebut BLAST, terhadap semua sekuens yang diketahui (yang
berjumlah 12 juta dan masih terus bertambah) (Susan, 2002).
Hal tersebut dilakukan untuk menentukan apabila (I) gen itu
sudah penuh diklono dan (2) gen itu baru, kekerabatannya dengan
sekuens-sekuens lain bisa membantu kita untuk menentukan
kemungkinan fungsi biologisnya database protein juga bisa
ditelusuri.( Susan,2002).
2.5.NCBI
Database publik diciptakan untuk menampung informasi dan
mengizinkan semua orang untuk menggunakannya. Database yang
tetap atau definitive di Amerika Serikat bagi sekuens-sekuens gen
disebut gen bank yang ditangani oleh National Center for
Biotechnology Information (NCBI) dan pada juni 2001, telah
memiliki 12.973.766 catatan sekuens dari ribuan spesies mikroba,
tumbuhan dan hewan berbeda.Database tersebut bisa ditemukan
dalam situs NCBI, http:// www.ncbi.nlm.nih.gonav/. Ada database-
database tambahan untuk sekuens DNA di Jepang pada data bank of
japan (DDBJ) dan di Eropa pada European Molecular Biology
Laboratory (GMBL). Semua database itu merupakan sistem-sistem
yang bekerja sama.( Susan, 2002)
Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI), telah didirikan
sejak tahun 1988 sebagai sebuah sumber nasional untuk informasi
biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses
secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk
menganalisis data genom yang menyebabkan informasi biomedik
yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses
Page 8
molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia
(Susan, 2002).
2.6 Gen 16S – RNA
Mekanisme translasi atau sintesis protein secara garis besar
terdiri dari 3 tahapan, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Pada tahap
inisiasi, sebuah molekul rRNA akan terikat pada permukaan ribosom
dansub unitnya telah bergabung. Pengikatan ini terjadi pada 16SrRNA
di bagian sub unitnya 303 pada ribosom prokariot. Karena pada
mRNA prokariot terdapat urutan basa tertentu yang disebut sebagai
tempat pengikatan ribosom (ribosom bending site) atau urutan Shine –
Dolyarna (5+ - AGUmGGU – 3
+). Ribosom ini spesifik dikenali oleh
IGSrRNA, atau dengan kata lain sekuens 16SrRNA berfungsi sebagai
sekuen anti – shine – dalyarna (Witarto, 2003).
Sifat spesifik dari 16SrRNA yang bebas ini dimiliki oleh setiap
spesifik bakteri. Oleh karena itu, gen yang mengkode pembentukan
16SrRNA bias dijadikan alat identifikasi bakteri tertentu. Penggunaan
analisis gen 16SrRNA sebagai acuan identifikasi bakteri secara
molekuler memiliki keunggulan, dimana gen ini relatif konstan dan
tidak berubah dalam jangka waktu yang sangat lama atau dengan kata
lain laju mutasinya sangat kecil.
-8 +3
mRNA 5+ GGC AAG GAG GUA AAA AUG ACC
16S 3+ A UUC CUC CAU AG....
1542 1537 1530
(Witarto, 2003)
Gen – gen yang mengkode pembentukan ribosomat (rRNA)
bervariasi dalam suatu operon yang sama, secara berurutan dari ujung
5+ gen tersebut masing-masing adalah 16SrRNA , 235 rRNA dan 5
GGC AAA AAA
Page 9
rRNA. Jumlah men-operon bervariasi mulai dari satu sampai 15
operon per total genom bakteri (terminus) S‟ 16S rRNA berada pada
ujung daerah dan mengkode pembentukan RNA ribosomat pada sub
unit kecil ribosom. Ketiga gen tersebut dipisahkan oleh daerah spacer
yang dinamakan ISR (Inter Spacer Region). Lestari (conserved area)
selanjutnya akan membentuk RNA konster (lRNA) yang berperan
pada proses sintesis protein (Witarto, 2003).
5+ - - Spacer - - - - 3
+
1540 b 280 b 100 b
Gen 16S rRNA berurutan panjang antara 1500 – 1550 ph dan
kaya basa nitrogen guanin dan sitosin. Pada gen 16S rRNA terdapat
suatu daerah yang dinamakan daerah variabel dan daerah lestari
(conserved area) , sebagian atau seluruh urutan basa pada daerah inilah
yang akan menjadi urutan basa yang akan disebut oleh primer gen 16S.
Daerah Lestari (conserved area) pada gen 16S rRNA umumnya
memiliki ukuran sekitar 540 ph. Teknik identifikasi bakteri
menggunakan analisis sekuen gen 16S rRNA sudah dimulai sejak
tahun 1580-an, sehingga database nukleotida gen 16S pada bakteri
sudah cukup tersedia untuk menjadi acuan identifikasi isolasi bakteri
dan studi filogenik.(Witarto, 2003)
2.7 Pohon Filogenik
Pohon filogenetika atau pohon evolusi adalah diagram
percabangan atau "pohon" yang menunjukkan hubungan evolusi antara
berbagai spesies makhluk hidup berdasarkan kemiripan dan perbedaan
karakteristik fisik dan/atau genetik mereka. Takson yang terhubung
pada pohon tersebut berarti diturunkan dari satu nenek moyang
bersama. Penggambaran pertama pohon ini antara lain ditemukan pada
bukuElementary Geology dari Edward Hitchcock (1840) dan The
Origin of Species dari Charles Darwin (1859). Pohon filogenetika ini
Gen IGS Gen 235 Gen 53 Gen rRNA
Page 10
dapat diaplikasikan untuk membuat sistematika biologi, seperti pohon
kehidupan. Selain itu pohon ini dapat digunakan untuk mencari fungsi
dari suatu gen atau protein, riset medis dan epidemiologi seperti HIV,
dan studi evolusi.Menurut jurnal internasional (Saitou,1987), pohon
filogeni dibentuk dengan menggunakan PHYLOWIN. Dasar untuk
menentukan urutan gen 16 S rRNA pada Cytophaga fermentants
sebagai hasil atau luasan. Jarak pohon terbentuk dari alogaritma
Neighbour_Joining dengan dua parameter koreksi.(Saitou,1987).
2.8 Higuchifractal
Metode higuchifractal merupakan metode yang cocok untuk
mempelajari fluktuasi signal dan telah diaplikasikan pada urutan
nukleotida. Dalam hal ini, basa ATCG dikonversikan menjadi
penomoran sekuens berdasarkan nomor atom, total dari proton.
(Berryman,2004)
2.9 RNA
2.9.1 Pengertian RNA
Asam ribonukleat (RNA) adalah rantai nukleotida hadir dalam
sel-sel dari semua kehidupan. Rantai ini memiliki sejumlah fungsi
penting bagi organisme hidup, mulai dari regulasi ekspresi gen untuk
bantuan dengan menyalin gen. Severo Ochoa, Robert Holley, dan Carl
Woese semua memainkan peran penting dalam menemukan RNA dan
memahami cara kerjanya, dan penelitian lebih lanjut terus-menerus
dilakukan.
Page 11
(Berryman,2004)
RNA terdiri dari serangkaian nukleotida, yang pada gilirannya terdiri dari
gula ribosa, basa dan fosfat. Banyak orang yang akrab dengan asam
deoksiribonukleat (DNA), asam nukleat yang sering disebut sebagai “blok
bangunan kehidupan” karena mengandung materi genetik bagi orangtua
organisme tersebut. RNA sama pentingnya, bahkan jika itu adalah kurang
dikenal, karena memainkan peran penting dalam membantu DNA untuk
menyalin dan mengekspresikan gen, dan untuk mengangkut bahan genetik
di dalam sel. RNA juga memiliki sejumlah fungsi independen yang tidak
kalah penting (Berryman,2004).
RNA untai memiliki tulang punggung yang terbuat dari kelompok
fosfat dan ribosa, yang empat basa dapat menempel. Keempat basa adalah
adenin, sitosin, guanin, dan urasil. Tidak seperti DNA, RNA terdiri dari
untai tunggal, dengan helai lipat untuk kompak diri ke dalam ruang yang
ketat dari sel. Banyak virus bergantung pada RNA untuk membawa materi
genetik mereka, menggunakannya untuk membajak DNA dari sel yang
terinfeksi untuk memaksa sel-sel untuk melakukan apa yang diinginkan
virus mereka lakukan (Berryman,2004).
Asam nukleat berperan dalam sintesis protein, duplikasi materi
genetik, ekspresi gen, dan regulasi gen, antara lain. Ada beberapa jenis
yang berbeda, termasuk ribosom RNA (rRNA), RNA transfer (tRNA), dan
Page 12
RNA (mRNA), yang semuanya memiliki fungsi yang sedikit berbeda.
Studi pada jenis yang berbeda kadang-kadang mengungkapkan informasi
menarik. rRNA, misalnya, mengalami sedikit perubahan selama ribuan
tahun, sehingga dapat digunakan untuk melacak hubungan antara
organisme yang berbeda, mencari nenek moyang yang sama atau
berbeda.(Griffiths,2000)
2.9.2 Struktur RNA
RNA tersusun atas molekul-molekul berikut :
1. Gula D-ribosa
2. Fosfat
3. Basa nitrogen
RNA terdiri atas rantai poliribonukleotida yang basa-basanya
biasanya adalah adenin, guanin, urasil, dan citosin. RNA terdapat dalam
nukleus maupun sitoplasma sel. Variasi bentuk RNA lebih banyak
daripada DNA. RNA memiliki berat molekul antara 25.000 sampai
beberapa juta. Kebanyakan RNA berisi rantai polinukleotida tunggal ,
tetapi rantai ini bisa terlipat sedemikian rupa membentuk daerah heliks
ganda yang mengandung pasangan pasangan basa A:U dan G:C.
(Griffiths,2000)
Molekul RNA mempunyai bentuk yang berbeda dengan DNA.
RNA memiliki bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Tiap pita RNA
merupakan polinukleotida yang tersusun atas banyak ribonukleotida.
Tiap ribonukleotida tersusun atas gula ribosa, basa nitrogen, dan asam
fosfat. Basa nitrogen RNA juga dibedakan menjadi basa purin dan basa
pirimidin. Basa purinnya sama dengan DNA tersusun atas adenin (A) dan
guanin (G), sedangkan basa pirimidinnya berbeda dengan DNA yaitu
tersusun atas sitosin (C) dan urasil (U). (Griffiths,2000)
2.9.3 Jenis-Jenis RNA
Terdapat tiga tipe utama RNA, yakni :
Page 13
1. Transfer RNA(tRNA)
RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di
dalam sitoplasma. tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai
penerjemah kodon dari mRNA. tRNA memiliki proporsi nukleosida yang
lebih relatif tinggi.Transfer RNA (transfer-Ribonucleic acid) atau asam
ribonukleat transfer adalah molekul yang menginterpretasikan pesan
genetik berupa serangkaian kodon di sepanjang molekul mRNA dengan
cara mentransfer asam-asam amino ke ribosom dalam proses translasi.
Tiap tRNA mengandung suatu sekuen dengan tiga rangkaian basa
pendek (antikodon). Semua ujung 3‟ tRNA mengandung sekuen SSA yang
terletak berseberangan dengan sekuen antikodon . Suatu asam amino
tertentu akan melekat pada ujung 3 tRNA. Pelekatan ini merupakan cara
berfungsinya tRNA, yaitu membawa asam amino spesifik yang nantinya
berguna dalam sintesis protein, yaitu pengurutan asam amino sesuai urutan
kodon pada mRNA.
2. Ribosomal RNA(rRNA)
rRNA terdapat dalam ribosom,yang mengandung protein yang
massanya kurang lebih sama. Molekulnya berupa pita tunggal, tak
bercabang, dan fleksibel. rRNA meliputi sekitar 80 persen total RNA
dalam sel danpada sel-sel yang tidak mempunyai inti sejati terdiri atas
beberapa tipe rRNA yaitu 23S rRNA, 16S rRNA, dan 5S rRNA.
3. Messenger RNA(mRNA)
RNA jenis ini merupakan polinukleotida berbentuk pita tunggal
linier dan disintesis oleh DNA di dalam nukleus. mRNA berupa rantai
tunggal yang relatif panjang . Panjang pendeknya mRNA berhubungan
dengan panjang pendeknya rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan
asam amino yang menyusun rantai polipeptida itu sesuai dengan urutan
kodon yang terdapat di dalam molekul mRNA yang bersangkutan. mRNA
bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida. Setiap molekul
membawa salinan urutan DNA, yang ditranslasikan dalam sitoplasma
menjadi satu rantai polipeptida atau lebih.
Page 14
Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik
dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma. mRNA ini dibentuk
bila diperlukan dan jika tugasnya selesai, maka akan dihancurkan dalam
plasma. (Griffiths,2000)
2.9.4 Fungsi RNA
Pada sekelompok virus (misalnya bakteriofag), RNA merupakan
bahan genetik. Ia berfungsi sebagai penyimpan informasi genetik,
sebagaimana DNA pada organisme hidup lain. Ketika virus ini menyerang
sel hidup, RNA yang dibawanya masuk ke sitoplasma sel korban, yang
kemudian di translasi oleh sel inang untuk menghasilkan virus-virus baru
(Griffiths,2000).
Namun demikian, peran penting RNA terletak pada fungsinya
sebagai perantara antara DNA dan proteindalam proses ekspresi
genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran ini,
RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam
proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet',
tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon setiap kodon berelasi
dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer yang
menyusun protein.(Griffiths,2000)
Struktur RNA dan DNA
.(Griffiths,2000)
Page 15
2.10 Gen Bank
GenBank adalah akses terbuka, yang berisis koleksi beranotasi dari
semua urutan nukleotida serta terjemahan proteinnya yang tersedia untuk umum.
Database ini diproduksi dan dikelola oleh National Center for Biotechnology
Information (NCBI) sebagai bagian dari International Nukleotida Sequence
Database Colaboration (INSDC). Pusat Nasional untuk informasi bioteknologi
merupakan bagian dari National Institutes of Health di Amerika Serikat. GenBank
dan kolaborator menerima urutan DNA yang diproduksi di laboratorium di
seluruh dunia dari lebih dari 100.000 organisme yang berbeda. Dalam lebih dari
30 tahun sejak berdirinya, GenBank telah menjadi database yang paling penting
dan paling berpengaruh untuk penelitian di hampir semua bidang biologi, yang
datanya diakses dan dikutip oleh jutaan peneliti di seluruh dunia. GenBank terus
tumbuh pada tingkat yang eksponensial, dua kali lipat setiap 18 bulan (Da,
Benson, et al, 2010)
Page 16
III. METODE PRAKTIKUM
Masuk NCBI
(www.ncbi.nlm.gov)
BLAST-n
Pilih menu nukleotida
File (blast.txt) dimasukkan Muncul blast kosong
Klik Blast
Pilih Sterptococcus Agalatiae SA20 Copy subject
Data pembanding Paste subject yg telah dicopy dan simpan
dalam format txt
blast1.txt
Masuk program clustalW2.exe
Ketik 1 dan Enter
Input file dengan mengetik nama file “blast1.txt” dan Enter
Ketik 2 dan Enter
Ketik 9 dan Enter
Ketik 4 dan Enter
Enter
Ketik 1 dan Enter
Ketik nama file “blast1.aln” dan Enter
Ketik nama file “blast1.dnd” dan Enter
Ketik nama file “blast1.phy” dan Enter
Page 17
Masuk program seqboot.exe
Ketik nama file “blast1.phy”
Pilih “Y”dan Enter
Muncul pertanyaan:”Random number seed?” ketik 111, lalu Enter untul keluar
Outfile
Rename menjadi “boot_blast1”
boot_blast1
Masuk program DNApars.exe
Ketik nama file “boot_blast1” dan Enter
Ketik Y dan Enter
Outfile Outtree
Rename “tree_blast1”
Pilih program “consense.exe”
Ketik nama file “tree_blast1” dan Enter
Ketik F dan Enter
Ketik “con_blast1” dan Enter
Ketik Y dan Enter
Outree
Rename menjadi “tree_blast1.txt”
tree_blast1.txt
Page 18
Masuk website www.google.com Ketik Phylodendron
Muncul beberapa pilihan
pilih phenogram
Input file “tree_blast1.txt dan Submit
Pohon Filogeni
IV.DATA PENGAMATAN
NO PERLAKUAN HASIL
1 NCBI dan BLAST
-Pemasukan data pada NCBI
-Masuk ke Blast
-Pada saat muncul ke data pembanding maka
delete query dan sisakan subjek lalu copy
subjek, di simpan dalam format txt
-Masuk dalam program clustalw
-terdapat 3 data nama blast.aln, blast.dnd,
blast.phy
Nama file: blast1.aln ;
blast1.dnd ; blast1.phy
2 Phylips 3.69
-Pilih program seqboot.exe
-mengikuti pertanyaan sampai ke outfile
-pilih program DNA pars
-Terdapat 2 data outfile dan infile
Hasilnya terbentuk
pohon filogeni dari
bakteri 16 RNA
(Bentuk pohon terlampir
dalam lampiran )
Dari pohon filogeni
terlihat ada 3 spesies
yang dekat dengan
sampel data
3 Consense.exe
-Pilih program consense.exe
-Mengikuti alur kerja
Page 19
-Masuk website www.google.com
-Ketik philodendron free printer
-Masukkan file tree name blast
-Sesuaikan format (pdf)
-Submit
4 Notepad
-Copy soal praktikum dan 2 spesies yang
sama
-simpan file dengan namablast.txt
-Membuka clustawl
-Ketik 1,namablast.txt, 2, 9,4,enter
-nama blast.aln,blast.dnd,blast.phy
Dari data terakhir maka
akan muncul multiple
sequence alignment
(Bentuk file terlampir di
lampiran)
Dari data ini kita tahu
letak perbedaan
sequencenya dimana
V. HIPOTESIS
Percobaan ini berjudul “Bioinformatika (Kostruksi Pohon Filogeni)”
bertujuan untuk mengetahui fungsi dari filogeni, yaitu dapat menunjukkan
hubungan evolusi antar organisme (hubungan kekerabatan), dimana sampel
memiliki sifat yang mirip dengan kerabat terdekat karena sejenis. Prinsip dari
percobaan ini adalah memberikan input berupa yang urutan nukleotida dan
penerjemahan kode-kode genetik, yang berfungsi untuk mengetahui susunan
asam-asam amino dalam sekuen. Metode yang digunakan adalah metode
higuchifractal yaitu metode yang cocok untuk mempelajari fluktuasi signal dan
telah diaplikasikan pada urutan nukleotida.. Kemungkinan yang akan didapat
terdapat beberapa kemiripan terhadap kekerabatan masing-masing
bakteri/organisme, karena dalam pohon filogeni yang telah dibuat pasti terdapat
satu atau dua pecabangan yang memiliki sifat yang mirip.
Page 20
VI. PEMBAHASAN
Percobaan ini berjudul “Bioinformatika (Kostruksi Pohon Filogeni)”
bertujuan untuk mengetahui fungsi dari filogeni, yaitu dapat menunjukkan
hubungan evolusi antar organisme (hubungan kekerabatan), dimana sampel
memiliki sifat yang mirip dengan kerabat terdekat karena sejenis. Prinsip dari
percobaanini adalah memberikan input berupa yang urutan nukleotida dan
penerjemahan kode-kode genetik, yang berfungsi untuk mengetahui susunan
asam-asam amino dalam sekuen. Metode yang digunakan adalah metode
higuchifractal yang merupakan metode untuk mempelajari fluktuasi signal dan
telah diaplikasikan pada urutan nukleotida (Fatchiah, 2009). Program-program
yang digunakan dalam percobaan ini adalah NCBI, Blast, seqbooth.exe, dnapars
dan consense.exe. Fungsi penelusuran blast pada data sekuens adalah mencari
sekuens yang baik dari asam nukleat, DNA maupun protein yang mirip dengan
sekuens tertentu yang ada pada sampel. Hal ini berguna untuk memeriksa
keabsahan hasil sekuens atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuennya.
Algoritma yang mendasari blast adalah penyejajaran sekuens (Kuncoro, 2011).
Penyejajaran sekuen (Sequence Alignment) adalah proses penyusunan atau
pengaturan dua atau lebih sekuens, sehingga proses persamaan sekuen-sekuen
tersebut tampak nyata (Krane,V.E, 2009). Sedangkan sekuen itu sendiri adalah
sederatan pernyataan-pernyataan yang uruta dan pelaksanaan eksekusinya runtut,
yang lebih dahulu ditemukan (dibaca) akan dikerjakan (dieksekusi) terlebih
dahulu, dan apabila urutan tersebut pernyataannya dibalik, maka maknanya akan
berbeda (Kuncoro, 2011).
Bioinformatika didefinisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan
analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi dalam
program software dan didukung dengan kesediaan internet. (Utama, 2002). Dari
program-program yang dipakai akan dihasilkan pohon filogeni. Filogeni
merupakan sejarah evolusi dari kelompok spesies. Untuk menyusun filogeni, para
ahli Biologis menggunakan sistematika yaitu disiplin ilmu yang terfokus pada
klaifikasi organisme dan hubugan evolusinya. Data yang digunakan dalam
sistematika untuk menyusun filogeni dapat berupa data fosil, molekul, maupun
Page 21
data gen untuk membangun hubungan evolusi antar organisme (hubungan
kekerabatan). (Campbell,et all, 2009).
Hubungan antar spesies ini bisa dilihat dari jenis gen, urutan, panjang bp,
jarak maksimal dan jarak individu. (Vardivalagan, 2012). Bioinformatika
memiliki banyak fungsi, salah satunya adalah ketika kita mendapatkan satu
sekuen DNA yang belum diketahui fungsinya, maka dengan membandingkannya
dengan data yang ada dalam database, dapat diperkirakan fungsinya, sehingga
dapat diketahui kualitas maupun kuantitas transkripsi suatu gen yang dapat
menunjukkan gen-gen apa saja yang aktif terhadap perlakuan tertentu. (LIPI,
2009)
Program awal yang digunakan dalam percobaan ini adalah notepad, yang
berfungsi untuk memindahkan data urutan DNA hasil sekuenting dengan cara
mengcopy paste, kemudian data tersebut diatur dalam format fast A sebagai
berikut:
File tersebut diberi nama, contohnya “kelompok1.txt”. Selanjutnya
membuka gen bank yang dioperasikan oleh NCBI (National Center for
Biotechnology Information) yang berisi informasi dari sekuen DNA yang sama
dengan sekuen DNA dalam EMBL (European Molecular Biology Laboratory) dan
DOB (DNA Bank of Japan). NCBI ini merupakan situs informasi database DNA,
RNA dan protein. (Fachriah, 2003).
Urutan DNA tersebut pertama kali akan diproses menggunakan program
online Blast untuk mengetahui seberapa banyak jenis organisme yang memiliki
kemiripan urutan DNA nya, serta mengetahui jenis organisme apa yang ada pada
sampel.
Pencocokan sekuens dilakukan secara online dengan urutan sebagai berikut:
1. Buka Google Chrome dan ketik situs www.ncbi.nlm.nih.govdan search
2. Pilih „BLAST‟ pada popular resources yang berada pada sebelah kanan
3. Pilih menu „nucleotide‟
>nama urutan DNA
ATGL ............... dan seterusnya (urutan hasil sekuenting DNA)
Page 22
4. Masukkan urutan nama DNA sampel yang sebelumnya telah disimpan
dalam notepad dalam bentuk txt (nama file: blast1.txt)
5. Pilih „other, (n.R. etc) pada choose search set
6. Pilih „BLAST‟ pada program seletion
7. Muncul diagram alignment (pembanding) → 100 data
Data yang telah didapat dihapus query nya dan diambil subject nya saja,
kemudian di copy lalu paste di dalam notepad dan diberi nama dengan maksimal
10 karakter (blast.txt). Data-data tersebut diberi nama yang berbeda satu sama lain
agar tidak terjadi kekeliruan dalam penerjemahan kode genetik.
Banyaknya cabang yang memiliki kemiripan nama dalam pohon filogeni,
menunjukkan kemiripan DNA pada suatu organism. Data tersebut diperoleh dari
NCBI. Persentase dalam percobaan ini adalad sebesar 100%. Semakin besar
presentase yang dihasilkan, maka semakin tinggi kemiripan urutan DNA terhadap
urutan DNA organisme yang telah ada (alignment). Menurut (Vardivalagan,
2012), kemiripan suatu sampel DNA berkisar antara 100% - 97%. Sedangkan
presentase dibawah 97% biasanya adalah DNA organisme baru. Dari hasil
percobaan ini didapatkan presentase kemiripan DNA sampel adalah 100%.
Data yang telah didapat kemudian diubah ke bahasa pemrograman, dalam
bentuk (.phy) agar dapat diproses membentuk pohon filogeni yang menunjukkan
kekerabatan dar sampel dengan organisme lainnya. Tahapan yang dilakukan
adalah sebagai berikut:
1. Masuk program clustalw 2
2. Ketik 1, <enter> (sequence input from dist)
3. Setelah muncul tulisan „enter the name of the sequence file‟, masukkan nama
file (blast1.txt)
4. Pilih 2, <enter> (multiple alignment)
5. Pilih 9, <enter> (output format option)
6. Pilih 4, <enter> (toogle phylip format output = off → on)
7. Pilih 1, <enter> (do complete multiple alignment now show / accurate)
8. Ketik blast.aln, blast1.phy, blast1.dnd, <enter>
9. Exit
Page 23
Setelah didapat format tersebut, lalu di copy dan paste ke dalam program
phylip.exe agar program tersebut dapat mendeteki file yang akan di proses. Hasil
data dengan format (.phy) akan diproses melalui program offline phylps 3.69
untuk mendapatkan konstruksi pohon fiogeni dari sampel dan data yang memiliki
kemiripan dengan sampel DNA yang ada. Program phylip 3,69 berfungsi sebagai
data pada phylodendron. Berikut tahapan proses dalam program phylip 3,69 untuk
memperoleh outtree filogeni:
1. Pilih seqboot.exe pada phylip 3,69
2. Masukkan nama file dengan format (.phy) → blast1.phy
3. Keik R, lalu <enter>
4. Ketik 1000, <enter>
5. Ketik Y, <enter>
6. Ketik 111, <enter>
7. Rename (boot_blast1), <enter>
8. Ketik Y, <enter>
9. Klik <enter> lagi untuk keluar
10. Didapat file untuk pohon filogeni dengan nama outtree, yang kemudian di
rename menjadi tree_blast1
11. Pilih consence.exe untuk mendapatkan konstruksi pohon filogeni
12. Ketik F, <enter>
13. Ketik nama baru con_blast1, <enter>
14. <enter> untuk keluar
Setelah didapat outtree sebagai konstruksi, kemudian rename menjadi
tree_blast.txt untuk selanjutnya dimasukkan dalamsitus online phylodendron
untuk mendapatkan pohon filogeni dari data tersebut. Tahapan yang dilakukan:
1. Masuk ke situs google (www.google.com)
2. Ketik phylodendron dan search
3. Pilih pilih phylogenetik → tree printer
4. Masuk website phylodendron
5. Klik browse, masukkan file tree_blast1.txt
6. Submit
Page 24
7. Didapat hasil konstruksi pohon filogeni
Dari bagan pohon filogeni, didapatkan 1 kekerabatan paling dekat dengan
sampel yaitu StrepSA20 (Streptococcus Agalatiae SA20). Sehingga dapat
disimpulkan bahwa sampel mempunyai kedekatan karena kelompok organism
yang memiliki nenek moyang yang mirip secara langsung dan membuat taksa
tersebut menjadi kerabat terdekat. Sampel yang kita dapatkan serta Strep 2-22
yang merupakan Streptococcus Agalatiae 2-22 sebagai kerabat terdekatnya
membentuk suatu group yang dinamakan monophyletic group yakni kelompok
yang tersusun atas takso yang memiliki nenek moyang yang sama. (Campbell et
al, 2009)
Page 25
VII. PENUTUP
7.1 Kesimpulan
Dari sampel data dihasilkan pohon filogeni. Pohon ini menunjukkan
hubungan evolusi antar organism ( hubungan kekerabatan ), dalam
hubungan kekerabatan yang paling dekat dengan sampel DNA adalah
kelompok Streptococcus Agalatiae SA20.
7.2 Saran
- Sampel yang digunakan lebih baik adalah sampel DNA suatu organism baru
agar dapat diketahui kemiripan serta hubungan kekerabatannya dengan
organism yang sudah ada.
Page 26
DAFTAR PUSTAKA
Aprijossi,D.Adan Elpaizi,M.A, 2004, Bioinformatika : Perkembangan Disiplin
Ilmu dan Perkembangannya di Indonesia
Beaulieu, M. Jeremy et al, 2012, Synthesizing phylogenetic knowledge for
ecological research, Ecological Society of America, Vol. 93: S4-S13
Campbell, 2009, Sejarah Kehidupan di Bumi, dalam Mekanisme Teori Evolusi II
Da, Benson, I. Karsch-Mizrachi, D. J. Lipman, J. Ostell, and E. W. Sayers. 2010,
GenBank. Nucleic acids research 38 : 46-51.
Esmaelizad, M et al, 2011, Phylogenetic analysis of Peste des Petits Virus
(PPRV) isolated in Iran based on partial sequence data from the fusion (F)
protein gene, Karaj, Iran, Vol. 35: 45-50
Karunasekera, Hasanthi., 2013, Molecular identification and phylogenic analysis
by sequencing the rDNA of copper-tolerant soft-rot Phialophora spp.,
International Biodeterioration & Biodegradation, Vol. 82: 45-52
Nusantara, 2009, Internet untuk Biologi Molekuler, Waria Biotek Vol.14 No.2
Juni
Pearman, B, Petter et al, 2014, Phylogenetic patterns of climatic, habitat and
trophic niches in a European avian assemblage, Global Ecology and
Biogeography, Vol. 23: 414-424
Razia, M, 2011, 16-S rDNA Based Phylogeny of Non-Symbiotit Bacteria of
Entomopanthogenic Nematodes from Infected Insect Cadavers, Genomic
Proteomic & Bioinformatics 9(3) : 104-112
Reddy, K. Sumitha et al,2013, Phylogenetic analysis and substrate specificity of
GH2 β-mannosidases from Aspergillus species, FEBS Letters, Vol. 587:
3444-3449
Roukaerts, D.M Inge et al, 2014, Phylogenetic analysis of feline
immunodeficiency virus strains from naturally infected cats in Belgium and
The Netherlands, Virus Research, Vol. 196: 30-36
Smithson, Chad, 2014, Incongruencies in Vaccinia Virus Phylogenetic Tress,
Computation, Vol 2: 182-198
Page 27
Utama,A,2003, Peran Bionformatika dalam Dunia Kedokteran, Artikel Populer
Ilmu Komputer di akses melalui hhtp://www.ilmukomputer.com pada 19
november 2012
Zhai, S.L et al ,2014, Complete genome characterization and phylogenetic
analysis of three distinct buffalo-origin PCV2 isolates from China, Infection,
Genetics and Evolution, China.
Page 28
LAMPIRAN
Multiple Sequence Aligment DNA sampel dan Streptococcus Agalatiae SA20
Page 29
Pohon Filogeni yang menunjukkan hubungan kekerabatan sampel dengan
Streptococcus Agalatiae SA20
Page 30
RESUME JURNAL INTERNASIONAL
Karakterisasi Genom Lengkap Dan Analisis Filogenetik
Tiga Kerbau Yang Berbeda Asal PCV2 Isolat Dari China
Porcine circoviruses(PCVs) adalah DNA dengan ambisense sirkular
anggota genus circovirus dari family circovirus. Ukuran genome bervariasi dari
1759 bp sampai 1768 bp. Tujuan dari percobaan ini adalah untuk mengetahui
karakter lengkap genome dan analisa filogenetik dari kerbau dengan ukuran
genome PCV2 strain (kerbau 1, kerbau 2 dan kerbau 3) yaitu 1767 bp, 1767 bp,
dan 1768 bp. Metode yang digunakan adalah analisa menggunakan PCR,
DNAstar dan MEGA. Prinsipnya adalah identifikasi genome lengkap pada tingkat
nukleotida, tingkat asam amino, analisa blast online, dan pohon filogenetik. Hasil
yang diperoleh adalah pada tingkat nukleotida, genome lengkap dari 95% hingga
96% , 97% hingga 97.8% untuk ORF1, dan dari 90.6% hingga 94.4% untuk
ORF2. Pada tingkat asam amino, teridentifikasi dari 98,7%-99% (ORF1) dan
88%-94,9% (ORF2). Analisa blast online menunjukkan kerbau 1,2 dan 3 memiliki
nukleotida tinggi 999,77%-99,83%) dengan PCV2 strain. Pohon filogenetik,
dibagi menjadi 3 clusters dan termasuk pada genotype PCV2b, PCV2c dan
PCV2a.
Kata kunci : PCV2, karakteristik genome, analisa foilogenetik.
Referensi: Zhai, S.L et al ,2014, Complete genome characterization and
phylogenetic analysis of three distinct buffalo-origin PCV2 isolates
from China, Infection, Genetics and Evolution, China.
ISMI SIMPANG ANGGIA
24030112120008
Page 31
Analisis filogenetik dari strain kucing immunodeficiency virus dari
kucing alami terinfeksi di Belgia dan Belanda
Berdasarkan keragaman genetik dari wilayah V3-V4 strain gen env virus
yang beredar di kucing domestik dibagi lagi menjadi filogenetik yang berbeda
clades (A-E). Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis filogenetik dari
strain kucing immunodeficiency virus dari kucing alami terinfeksi di Belgia dan
Belanda. Metode yang digunakan adalah pengumpulan sampel dari berbagai
lokasi geografis dan analisis filogenetik. Prinsip yang mendasari adalah perbedaan
genom untuk klasifikasi strain FIV yang berbeda sehingga dapat meningkatkan
korelasi antara virus subtype dan virus virulensi, perkembangan penyakit dan
proteksi silang setelah fraksinasi.
Hasil yang diperoleh adalah sebagian besar sampel yang terinfeksi FIV
berasal dari kucing jantan karena menurut teritorial perilaku kucing jantan
mengarah pada insiden pertempuran yang lebih tinggi yang menyebabkan adanya
peningkatan resiko infeksi FIV. Peningkatan ini mungkin berhubungan dengan
faktor humoral dan / atau dengan menginduksi sel-sel memori yang cepat
diaktifkan pada infeksi FIV, pengaktifan limfosit merupakan target ideal untuk
FIV.
Kata kunci: Kucing domestik, FIV, Analisis filogenetik, Eropa, Subtipe
Referensi : Roukaerts, D.M Inge et al, 2014, Phylogenetic analysis of feline
immunodeficiency virus strains from naturally infected cats in Belgium
and The Netherlands, Virus Research, Vol. 196: 30-36
NABILA YAMAN
24030112140067
Page 32
Analisis Filogenetik dan Spesifisitas Substrat GH2 β-mannosidases dari
Spesies Aspergillus
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis filogenik dan
spesitisitas GH2 β-mannosidases dari spesies Aspergillus. Prinsip dari penelitian
ini adalah penerjemahan kode-kode genetic yang berfungsi untuk mengetahui
susunan asam amino dari sekuen. Metode yang digunakan adalah analisis
bioinformatika dengan metode BLASTP, selain itu juga menggunakan analisis
spesifisitas substrat. Hasil yang didapatkan dari penelitian ini adalah homolog
GH2 β-mannosidasesdi Aspergillus telah berevolusi melalui dua jalur yang
berbeda, menghasilkan clades A dan B dimana enzim milik clade A telah
berevolusi menjadi ekstraseluler mengambil bagian dalam hidrolisis polimer
mannan tumbuhan dan bertindak atas manno-oligosakarida, disisi lain enzim clade
B mungkin telah berevolusi menjadi intraseluler dan khusus untuk menghidrolisis
GH2 β-mannosidases tak tersubstitusi yang lebih kecil seperti mannobiose.
Keyword : Keluarga hidrolase glikosida 2, intraseluler dan ekstraseluler, GH2 β-
mannosidases
Referensi : Reddy, K. Sumitha et al,2013, Phylogenetic analysis and substrate
specificity of GH2 β-mannosidases from Aspergillus species, FEBS
Letters, Vol. 587: 3444-3449
RATNA INDRIA SARI
24030112130061
Page 33
Pola Filogenetik dari Iklim, Habitat, dan Ceruk Tropis dalam Kumpulan
Burung Eropa
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengurain pola evolusi relung
ekologi dalam populasi burung Eropa dan untuk membandingkan pola filogenetik
dalam trofik, habitat, dan komponen iklim. Metode yang digunakan adalah dengan
melengkapi lamda dan kappa pada statistic Padel serta melakukan analisis
kesenjangan melalui waktu. Prinsipnya adalah penerapan analisis komparatif
filogenetik. Hasil yang didapatkan dari penelitian ini adlah spesies yang terkait
mirip satu sama lain lebih rendah dalam hal relung iklim dan habitatnya
dibandingkan yang dilakukan di relung trofik.
Keyword: sinyal filogenik, metode komparatif, diversifikasi ekologi
Referensi : Pearman, B, Petter et al, 2014, Phylogenetic patterns of climatic,
habitat and trophic niches in a European avian assemblage, Global
Ecology and Biogeography, Vol. 23: 414-424
PUTRI INTAN PRATIWI
24030112130068
Page 34
Pengumpulan Pengetahuan Filogenetik dari Penelitian Ekologi
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menerapkan ilmu filogenetik pada
penelitian ekologi. Prinsip yang digunakan yaitu filogenetik dengan pengambilan
dari rangkaian DNA. Metode yang digunakan yaitu Supertree dengan
mengumpulkan pohon terbesar dari kumpulan kecil, mendekomposisi ke dalam
representasi matrix yang terkombinasi, dan analisis menggunakan pohon heuristic.
Hasil yang didapat yaitu bahwa estimasi komunitas fillogenik dari DNA menjadi
terkenal dengan urutan teknologi dan komputasi.
Keyword: komunitas filogenik, filografer, filomatik
Referensi : Beaulieu, M. Jeremy et al, 2012, Synthesizing phylogenetic knowledge
for ecological research, Ecological Society of America, Vol. 93: S4-
S13
SEPTYANDINI W
24030112130062
Page 35
Molecular Identification and Phylogenic Analysis by Sequencing the Rdna
OF Copper-tolerant soft-rot Phialophora SPP
Tujuan dari penelitian ini adalh untuk mendapatkan analisis filogenik dari
spesies phialophora yang berbeda. Prinsip yang ditetapkan adalah perbedaan
kondisi dari masing-masing spesies terhadap CuSO4. Metode yanf digunakan
adalah isolasi dan in vitro. Hasil yang didapatkan adalah P. malosum 211-C-15-1
menunjukkan toleransi tertinggi pada CuSO4 kemudian diikuti P.malosum 1
mutablus dan Phialophora Sp. A
Keyword: Phylogeny, soft-rot, Copper tolerance
Referensi : Karunasekera, Hasanthi., 2013, Molecular identification and
phylogenic analysis by sequencing the rDNA of copper-tolerant soft-
rot Phialophora spp., International Biodeterioration & Biodegradation,
Vol. 82: 45-52
SALSABILA
24030112130063
Page 36
Incongruencies in Vacinia Virus Phylogenetic Tree
Selama bertahun-tahun genom poxivirus telah diurutkan secara lengkap
dan studi filogera virus menjadi lebih umum digunakan. Namun beberapa
mengalami inkonsistensi dalam menunjukkan hubungan yang sama antar spesies
proxvirus. Percobaan ini berjudul Ketidaksesuaian dalam Pohon Filogeni Virus
Vaccinia dengan tujuan untuk mengetahui ketidaksesuaian dalam phon filogeni
Virus Vaccinia. Prinsip dasar yang digunkana adalah memberi input urutan basa
nukleotida dan penerjemahan kode genetic asam amino. Metode percobaan adalah
BLAST yaitu salah satu metode aligment dalam penelusuran basis data sekuens
untuk identifikasi spesies berdasarkan urutan homolog. Hasil yang didapat adalah
dalam spesies proxivirus ditemukan posisi unik di setiap VACU-Pryvax genom.
Genom Vacu ditemukan mengandung urutan DNA blok pendek
Keyword: Proxvirus, Phylogenetic tree, Vaccinia Virus
Referensi : Smithson, Chad, 2014, Incongruencies in Vaccinia Virus Phylogenetic
Tress, Computation, Vol 2: 182-198
SETYA NATA MAHARDIKA
24030112130050
Page 37
Analisis Filogenetik dari Peste des Petits Ruminants Virus (Virus PPRV)
yang Diisolasi di Iran Berdasarkan Data Sekuens Parsial dari Fusi (F) Gen
Protein
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan beberapa
pengetahuan mengenai asal usul PPRV yang diisolasi dari Iran dengan sampel
yang digunakan adalah domba dan selanjutnya dilakukan analisis filogenetik.
Prinsip yang digunakan dalam percobaaan ini adalah berdasarkan sekuens parsial
dan fusi (F) gen protein dan analisis keseluruhan dari asam amino dan nukleotida
tersubstitusi. Sedangkan metode yang digunakan adalah ekstraksi RNA, sintesis
Cdna, dan reaksi polimerisasi strain. PPRV telah homologdi Negara-negara Asia,
dimana isolate Iran memiliki tingkat tertinggi homologi dengan mayoritas strain.
Selain itu, urutan nukleotida protein F parsial isolat Iran akan membantu
memperjelas asal suatu penyakit.
Keywords: PPRV, filogenetik, isolat, sekuens
Referensi : Esmaelizad, M et al, 2011, Phylogenetic analysis of Peste des Petits
Virus (PPRV) isolated in Iran based on partial sequence data from the
fusion (F) protein gene, Karaj, Iran, Vol. 35: 45-50
RIZKA ANDIANINGRUM
24030112140060
Page 38
LEMBAR PENGESAHAN
Semarang, 1 Desember 2014
Praktikan,
Ismi Simpang Anggia Putri Intan Pratiwi
24030112120005 24030112130068
Septyandini Widowati Setya Nata Mahardika
24030112130062 24030112130050
Nabila Yaman Ratna Indria Sari
24030112140067 24030112130061
Rizka Andianingrum Salsabila
24030112113060 24030112130063
Mengetahui,
Asisten,
Rosihan Azwar
24030111130048