Name : Dr. Tjan Sian Hwa MSc, SpPK Email : [email protected]Education : • Medical Doctor from Faculty of Medicine – University of Indonesia, Jakarta, Indonesia • Master of Science in Clinical Tropical Disease from Mahidol University –Bangkok, Thailand • Clinical Pathologist from Faculty of Medicine-University of Indonesia, Jakarta, Indonesia AFFILIATION : Indonesian Association of Clinical Chemistry Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik International Society of Laboratory Haematology CURRENT POSITIONS AND ACTIVITIES : • Head of Clinical Laboratory Department Premier Jatinegara Hospital, Jakarta, Indonesia • Clinical Pathologist at Westerindo Private Medical Laboratory, Jakarta, Indonesia • Member of Indonesian Association of Clinical Pathologist External Quality Control Scheme Committee • Lead Asessor for ISO 15189 - Indonesian Accreditation Committee
32
Embed
Name : Dr. Tjan Sian Hwa MSc, SpPK Education : Medical .... Materi dr... · Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik International Society of Laboratory Haematology CURRENT POSITIONS
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Name : Dr. Tjan Sian Hwa MSc, SpPKEmail : [email protected] : • Medical Doctor from Faculty of Medicine – University of Indonesia, Jakarta, Indonesia • Master of Science in Clinical Tropical Disease from Mahidol University –Bangkok, Thailand• Clinical Pathologist from Faculty of Medicine-University of Indonesia, Jakarta, Indonesia AFFILIATION : Indonesian Association of Clinical Chemistry Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik International Society of Laboratory Haematology
CURRENT POSITIONS AND ACTIVITIES :• Head of Clinical Laboratory Department Premier Jatinegara Hospital, Jakarta, Indonesia • Clinical Pathologist at Westerindo Private Medical Laboratory, Jakarta, Indonesia• Member of Indonesian Association of Clinical Pathologist External Quality Control Scheme Committee• Lead Asessor for ISO 15189 - Indonesian Accreditation Committee
PROUD TO BE ATLM
IACC PERSPECTIVE : Standardization and test variability related covid-19
31 Des 2019
Wuhan
31 Jan 2019 COVID 19
International Emergency
Cases :2,846,576Deaths:197,859
Recovered:811,783
COVID 19 GLOBAL PANDEMIINDONESIA Cases :8607
Deaths:720
25/04/2020, 19.00
• PERAN LABORATORIUM• Stop transmission: SCREENING, SURVEILANCE, MONITORING• Correct management of patient: DIAGNOSIS, DISCHARGE
WHO GUIDANCE• Laboratory testing strategy recommendation for COVID -19• Laboratory testing for coronavirus disease ( COVID-!9) in suspected human cases• Laboratory biosafety guidance related to coronavirus disease 2019 (COVID-19)• Rational use of personal protective equipment for coronavirus disease 2019 ( COVID-19)• Laboratory Biosafety Manual. Third Edition ,WHO 2004• CLSI MM-19A. Establishing Molecular Testing in Clinical Laboratory Environment; Approved Guideline
COVID-19• Etiologi SAR-CoV-2
• 30kB enveloped ssRNA • Beta Coronavirus• SARS-CoV. MERS-CoV, HCoV-HKU1,-OC43, -NL63 , -229E) • mempunyai homologi ∞ 80% dengan SARS-CoV
• Transmisi melalui droplet, aerosol ? • Animal-Human, Human-Human• Masuk ke tubuh melalui interaksi Spike (S) Glycoprotein dengan ACE2 cell
receptor• Target of specific Neutralizing antibody
• Masa Inkubasi 2-14 hari ( 5 hari)• Klinis asimptomatik – ringan- berat
PERAN LABORATORIUM
Patient management
• RT-PCR• ANTIGEN• ANTIBODY• LAB MARKERS
Hasil laboratorium harus diinterpretasikan bersama riwayat penyakit, pemeriksaan fisik dan penunjang lainnya
SARS-CoV2
WHO : IN AREA WITH NO KNOWN COVID -19 VIRUS CIRCULATION• Hasil PCR positive untuk minimal 2 target gen yang berbeda , dimana salah satu spesifik untuk COVID 19 atau
• Hasil PCR positive untuk adanya beta corona virus yang kemudian diidentifikasi dengan sequencing
IN AREA WITH ESTABLISHED COVID-19 VIRUS CIRCULATION • Screening of a single discriminatory target is considered sufficient
JENIS PEM PCR :• REALTIME RT-PCR• TEST CEPAT MOLEKULAR: Biofire Film Array, Abbott ID NOW, GeneExpert, Cobas Liat
SPECIMEN COLLECTIONPEMERIKSA
ANSPESIMEN ALAT STABILITAS
PCR/ NAAT Saluran Nafas Atas :• Usap Nasofaring & Oropharyng swab dan /atau
Dacron / Polyester flocked swab dalam Viral Transport Media*Sterile Saline, Liquid Amies
2-80C < 5 hari
Saluran Nafas Bawah: * Sputum, Aspirat, Lavage
Wadah Steril 2-80C < 2 hari
Faeses, Darah,
Wadah steril 2-80C < 5 hari
Antibodi ( IgG-IgM )
Paired whole blood/ plasma/ serum dengan jarak 2-4 minggu
Antigen Swab nasopharyng/ Oropharyng
WHO• Transported as UN3373, Biological Substance Category B
PENGAMBILAN SPESIMEN• Tempat pengambilan :
• WHO: nasopharyngeal, oropharygeal• CDC : oropharyng, mid turbinate , nasal• Endotracheal aspirate• Darah , Faeses, Urine• Early morning oropharyngeal saliva ( To etal)
• Flocked swab • Dacron
• hindari cotton, calcium algontae
• Aluminium atau plastic shaft• Hindari kayu
• APD : BSL3
• Collect more epithel • Cellular material elutes rapidly
into transport medium
KINETIKA VIRUS
Wolfel etal :Viral load sputum > swab nasofaring
KINETIK DARI VIRAL LOAD
VIRAL LOAD * Mulai H-5 menurun detection rate 40 % * Turun dengan timbulnya antibodi
INTERPRETASI HASIL PCRNEGATIF:Hasil negatif tidak menyingkirkan kemungkinan infeksi virus COVID 19Hasil negatif pada individu yang terinfeksi dapat terjadi :• Pengambilan, Transportasi dan Penyimapan spesimen yang tidak adekuat• Waktu pengambilan : pada masa inkubasi atau terlalu lambat/ masa konvalesen• Jenis Spesimen yang diambil• Masalah tehnis pada pemeriksaan
POSITIF:• Pemeriksaan ulang• 2 X hasil negatif selang > 24 jam rawat jalan isolasi mandiri 14 hari • False positive kontaminasi
Rekomendasi WHO konfirmasi 5 sampel positif dan 10 sampel negatif ke lab rujukan
PCR VS CULTURE
• Masih dapat ditemukan sampai lebih dari minggu 3• Tidak mendapatkan kultur pos setelah hari ke 8• Pada penelitian lain masih didapatkan adanya penularan dari pasien pasca
infeksi dari Isolasi mandiri tetap harus dilakukan
PITFALLS DARI PCR
• Memerlukan fasilitas, alat dan ketrampilan• Hasil lebih lama • Mahal• Dapat positif walaupun virus sudah mati/viable• Tidak dapat mendeteksi riwayat infeksi • Hasil indeterminate/ inconclusive/presumptive• Target dan Sensitivitas alat Variabilitas hasil
ANTIBODI
• Mendeteksi antibodi ( Total, IgG, IgM ) terhadap Nucleocapsid protein(NP7) dan Spike protein (receptor binding domain, S1)
• Tidak spesifik untuk SARSCoV2 dapat positif pada virus corona lainnya• Umumnya serokonversi terjadi 7-14 hari setelah gejala timbul• Methode : Elisa, CLIA, Rapid lateral flow Immunoassay• Bahan : Darah , serum , plasma• Positif bila terjadi serokonversi atau peningkatan titer 4x• Tidak dapat memastikan apakah pasien masih infeksius atau tidak
1. Diagnosa pasien setelah hari 7, dimana PCR negative2. Contact tracing3. Memantau adanya imunitas
• Terapi ( Plasma Konvalesen)• Memantau imunitas populasi (Herd Immunity), • Strategi Population lockdown • Risk assessment petugas kesehatan
4. Epidemiologi penyebaran penyakit5. OTG
INDIKASI ANTIBODI
• POSITIF: • Infeksi COVID 19• Riwayat Infeksi (lampau) COVID19 • Infeksi atau riwayat infeksi oleh virus corona lainnya
• NEGATIF :• Belum dapat memastikan apakah pasien tidak menderita COVID 19• Masa inkubasi atau masa awal ( < 7 hari)• Pasien COVID 19 dengan gangguan imunitas
INTERPRETASI ANTIBODI
ANTIBODI KINETIK
Li Guo dkk pada 208 sampel darah dari 146 kasus confirmed and probable COVID 19
ANTIBODY VS DISEASE SEVERITY
• Korelasi positif antara keparahan penyakit dengan titer antibody
• Deteksi protein Spike dan nukleokapsid• Menggunakan bahan swab nasofaring/
orofaring• Deteksi virus pada awal timbul gejala • Simple, mudah dikerjakan• Dikerjakan di BSC2
LABORATORY MARKERS
LAB MARKERS FOR MONITORING DISEASE PROGRESSION
COVID 19 SCORE CHARTHS score untuk Cytokine storm
TAKE HOME MESSAGE
* Pemilihan marker laboratorium yang tepat penting untuk memutuskan tranmisi dan penanganan pasien* Kombinasi dari berbagai pemeriksaanakan meningkatkan sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan * Hasil laboratorium harus diinterpretasi bersama dengan riwayat penyakit, klinis dan pemeriksaan penunjang lainnya