LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI “ISOLASI DNA” Disusun Oleh : Disusun Oleh : Nama : Frelyta A. Z. NIM : 115040213111290 Kelompok : Selasa, (06.00 WIB) Asisten : Dita Pahlevi PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2012
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI
“ISOLASI DNA”
Disusun Oleh :
Disusun Oleh :
Nama : Frelyta A. Z.
NIM : 115040213111290
Kelompok : Selasa, (06.00 WIB)
Asisten : Dita Pahlevi
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2012
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
DNA merupakan suatu materi genetik yang terbentuk dari dua
kelompok basa yang berbeda yang mengandung nitrogen, yaitu purin
dan pirimdin. Dua purin yang paling banyak terdapat dalam DNA
adalah adenin dan guanin, dan pirimidin yang umum adalah sitosin
dan timin. Purin dan pirimidin berisi beberapa ikatan ganda yang
berhubungan. Molekul molekul yang berisi ikatan demikian itu
mempunyai potensi untuk hadir dalam sejumlah struktur kimia yang
berbeda, karena atom hidrogennya mempunyai kebebasan tertentu.
Misalnya saja satu atom hidrogen dapat berpindah dari suatu
gugusan asam amino ( -NH2 ), dengan meninggalkan gugusan asam
amino ( -NH ) dan muatan negatif netto yang diserap oleh sistem
cincin molekul yang berkonjugasi. Fluktuasi kimia semacam itu
disebut pergeseran tautomer, dan struktur struktur molekul berbeda
yang dihasilkannya disebut tautomer
DNA adalah polimer bukleotida biasa bila dua nukleotida
digabungkan,molekul resultannya disebut dinukleotida bila tiga
menjadi trinukleotida bila beberapa membentuk polinukleotida.
Hanya satu gugusan fosfat dari setiap trifosfat pelopor termasuk
dalam polimer. Gugusan fosfat ini, yang terikat pada 5’- karbon gula
pentosa pada satu nukleotida, juga terikata secara kimiawi pada 3’-
karbon gula nukleotida kedua, sehingga suatu deret 5’-3’ pautan
fosfat mengikat nukleotida nukleotida itu menjadi satu sejauh
panjangnya polimer. Ikatan ikatan fosfat itu sangat kuat dan dikenal
sebagai ikatan ikatan ester kovalen, atau ikatan fosfodiester.
1.2 Tujuan
Untuk Mengetahui pengertian isolasi DNA dan PCR
Untuk Mengetahui Uji Kualitas DNA
Untuk Mengetahui Komponen serta Tahapan-tahapan
Isolasi DNA
Untuk Mengetahui Manfaat dari Isolasi DNA dan PCR
Untuk Memahami Tata Cara Pembuatan Isolasi DNA
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Pengertian Isolasi DNA dan PCR
Isolasi DNA merupakan proses untuk mendapatkan DNA
murni dari makhluk hidup untukkeperluan bioteknologi. Secara
spesifik untuk mengisolasi DNA yang mencangkup gen tertentu
dapat dilakukan dengan beberapa teknik, yaitu:
Isolasi DNA genom dan dilanjutkan pemotongan DNA genom
menggunakan enzim endonuklease retriksi.
Mengisolasi mRNA yang merupakan hasil transkripsi gen
yang dimaksud kemudian dilanjut dengan membuat turunan
(Complementery DNA/cDNA),
Menyintesis nukleotida yang menyusun gen tersebut
(membuat gen sintetik) dengan teknik sintesis kimiawi.
Melakukan implifikasi DNA dengan teknik (Polimerase Chain
Reaction). (Yuwono, 2008)
Isolasi Dna merupakan suatu proses untuk mendapatkan
DNA murni yang dapat digunakan untuk keperluan pemeriksaan
atau diagnose (Chawla,2000)
Isolasi Dna merupakan suatu proses untuk mendapatkan
DNA murni yang dapat digunakan untuk keperluan pemeriksaan
atau diagnosa. DNa dapat di isolasi dari bergabai sal yang
memiliki inti sel, karena DNA terletak di dalam inti sel. beberapa
sumber DNA yang dapat dipergunakan dalam isolasi DNA adalah
urine, darah, biopsi,rambut, gigi kuku dan lainya.
(Adityawarman, 2010)
Polymerase Chain Reaction (PCR) atau reaksi berantai
polimerase adalah metode enzimatis untuk melipatgandakan
(amplification) secara eksponensial suatu sekuen nukleotida
tertentu secara in vitro (Anonymous,a,2012)
PCR (Polymeracse Chain Reaction) merupakan teknik untuk
meniru urutan nukleotida suatu gen dengan cara melakukan
amplifikasi DNA. Amplifikasi DNA dilakukan secara in vitro (di
dalam tabung) dengan menggunakan:
Enzim DNA polymerase
dNTP (dinukleotida triphospat)
oligonukeotida primer
molekul DNA cetakan (DNA template) (Yuwono, 2008)
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode untuk
amplifikasi (perbanyakan) primer oligonukleotida diarahkan secara
enzimatik urutan DNA spesifik. Teknik ini mampu memperbanyak
sebuah urutan 105-106-kali lipat dari jumlah nanogram DNA
template dalam latar belakang besar pada sequence yang tidak
relevan (misalnya dari total DNA genomik). (Mahmuddin, 2010)
2.2 Uji Kualitas DNA
Uji kuantitatif DNA dapat dilakukan dengan beberapa cara antara
lain :
1. Spektrofotometri Vis (Visible)
Pada spektrofotometri ini yang digunakan sebagai sumber
sinar/energi adalah cahaya tampak (visible). Cahaya visible
termasuk spektrum elektromagnetik yang dapat ditangkap oleh
mata manusia. Panjang gelombang cahaya tampak adalah 380
sampai 750 nm. Sehingga semua cahaya yang dapat dilihat oleh
kita, entah itu putih, merah, biru, hijau, atau warna apapun selama
ia dapat dilihat oleh mata, maka cahaya tersebut termasuk ke
dalam cahaya tampak (visible).
Sumber cahaya tampak yang umumnya dipakai pada spektro
visible adalah lampu Tungsten. Tungsten yang dikenal juga
dengan nama Wolfram merupakan unsur kimia dengan simbol W
dan no atom 74. Tungsten mempunyai titik didih yang tertinggi
(3422 ºC) dibanding logam lainnya. karena sifat inilah maka ia
digunakan sebagai sumber lampu. (Fatimah)
2. Spektrofotometri UV- Vis (Ultraviolet Visible)
Spektrofotometri ini merupakan gabungan antara
spektrofotometri UV dan Visible. Sinar UV memiliki panjang
gelombang 190-380 nm. Karena sinar UV tidak dapat dideteksi
oleh mata kita, maka senyawa yang dapat menyerap sinar ini
terkadang merupakan senyawa yang tidak memiliki warna.
Bening dan transparan.
Oleh karena itu, sample tidak berwarna tidak perlu dibuat
berwarna dengan penambahan reagent tertentu. Bahkan sample
dapat langsung dianalisa meskipun tanpa preparasi. Namun perlu
diingat, sampel keruh tetap harus dibuat jernih dengan filtrasi atau
centrifugasi. Prinsip dasar pada spektrofotometri adalah sampel
harus jernih dan larut sempurna. Tidak ada partikel koloid apalagi
suspensi. (Fatimah)
3. Elektroforesis
Metode elektroforesis merupakan teknik yang dapat
digunakan untuk menggambarkan pergerakan molekul-molekul
bermuatan dalam medan listrik ke arah elektroda dengan muatan
berlawanan atau teknik yang didasarkan pada pergerakan molekul
bermuatan dalam media penyangga di bawah pengaruh medan
listrik. Media yang umum digunakan dalam elektroforesis
adalah gel agarosa, suatu polisakarida yang diekstraksi dari
berbagai jenis ganggang merah, atau poliakrilamid yang mampu
melakukan separasi DNA dengan kisaran ukuran yang luas.
Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen
DNA yang berukuran lebih besar dari 100 basepairs dan
dijalankan secara horizontal, sedangkan
elektroforesispoliakrilamid dapat memisahkan 1 basepairs dan
dijalankan secara vertikal. Elektroforesis poliakrilamid biasanya
digunakan untuk menentukan urutan 2 DNA (sekuensing).
(Windiyastika)
Kuantifikasi dan analisa kualitas DNA/RNA diperlukan
untuk mengetahui kemurnian dan jumlah konsentrasi
DNA/RNA yang diisolasi. Kualitas DNA/RNA terbaik
menunjukkan keadaan DNA/RNA bebas dari kontaminasi
seperti kontaminasi protein dan garam yang terdapat pada
DNA/RNA yang diisolasi. Kuantitas DNA/RNA menunjukkan
konsentrasi DNA/RNA. Uji kualitas DNA dapat dilakukan
dengan cara :
1. Elektroforesis
Elektoforesis adalah teknik pemisahan komponen
atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat
migrasinya dalam sebuah medan listrik . Medan listrik
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel
yang akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan
dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada
makromolekul, misalnya DNA yang bermuatan negatif.
Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui
suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu
kutub ke kutub yang berlawanan muatannya maka
molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke
kutub positif. Kecepatan gerak molekul tersebut
tergantung pada nisbah muatan terhadap massanya serta
tergantung pula pada bentuk molekulnya. Pergerakan ini
dapat dijelaskan dengan gaya Lorentz, yang terkait
dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati dan