LAMPIRAN
LAMPIRAN
80
Lampiran 1. Tahap Melakukan Desain Primer3 Bakteri B.subtilis
1. Diinput 3 sekuen gen endoglukonase dari bakteri Bacillus subtilis
a. Dibuka program NCBI “http://www.ncbi.nlm.nih.gov/”, pada database dipilih
“Protein”
b. Diinput sekuen “Endoglucanase (Bacillus subtilis)” pada kolom “search”, lalu klik
“search”
81
c. Dipilih 3 strain berbeda pada sekuen bakteri Bacillus subtilis dengan ukuran asam
amino yang sama
d. Klik sekuen tersebut, lalu pada kolom GenPept dipilih “FASTA (text)”, klik “Apply”
e. Setelah itu, dicopy sekuen tersebut ke dalam aplikasi Notepad, klik “File” lalu klik
“Save as”. Beri nama file tersebut, ex: “Endoglucanase_Bacillus subtilis 1”
f. Lakukan hal yang sama pada poin c-e pada 2 sekuen bakteri lainnya.
82
2. Dilakukan alignment pada 3 sekuen endoglukonase menggunakan software BioEdit
a. Dipilih 3 susunan basa protein endoglukonase (Bacillus subtilis) dengan strain
berbeda. Klik “File”, lalu “Open”. Setelah itu, cara untuk membuka 2 sekuen bakteri
lainnya yaitu klik “File” lalu dipilih “Import”. Kemudian klik “Sequence Alignment”
pilih “Open”
b. Tampilan 3 sekuen basa protein pada software BioEdit
c. Setelah itu, klik menu “Accessory Aplication”, dipilih “ClustalW Multiple
Alignment”, klik “Run ClustalW”, klik “OK”.
83
d. Klik “Alignment” pada menu bar, lalu klik “Create Consensus Sequence”
untuk membuat consensus
e. Setelah consensus didapatkan, maka kemudian ubah mode dengan cara pilih
“Edit”, lalu isi susunan basa protein yang kosong dengan cara diinput kode
basa.
f. Kode basa yang diinput, dipilih berdasarkan kesamaan kode basa dari 1
pasangan basa protein.
g. Diisi basa protein yang kosong hingga penuh, kemudian simpan ke “Notepad”.
84
h. Klik “Select/Slide” pada kolom “Mode”. Lalu klik basa yang paling pertama. Dipilih
“Edit” pada menu bar, lalu klik “Select to End”
i. Dicopy consensus dengan cara klik “Ctrl+A”, paste di Notepad. Save consensus
tersebut. Beri nama file tersebut “Consensus”
3. Ditranslate consensus Bakteri Bacillus subtilis
a. Dibuka program EBI (Emboss) “www.ebi.ac.uk/Tools/st/”
b. Dipilih “Launch Backtranseq”
85
c. Diinput sequence dengan cara pilih “Choose File”, klik data “consensus”, lalu klik
“Open”
d. Select Parameters dengan cara ubah codon usage dengan parameter “Bacillus subtilis”,
klik “Submit”
e. Disave hasil translate ke dalam aplikasi Notepad dan beri nama file tersebut
“Translation”
3. Didapatkan Primer yang dibutuhkan dengan membuka program NCBI.
a. Dibuka program BLAST “ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/”, pada kolom PCR
Templates klik “Choose File’, dipilih data “translation” lalu klik “Open”
b. Disetting PCR product size (Min = 900, Max = 1497)
86
c. Diubah Database menjadi “nr”
d. Diubah Organism menjadi “bacteria (taxid:2)
e. Klik “Get Primers”, software akan membaca primer yang dibutuhkan
f. Setelah itu, muncul beberapa primer yang mungkin dapat digunakan.
g. Dilakukan rekap data terlebih dahulu dengan cara dicopy seluruh “Primer Pair” ke
dalam Aplikasi Microsoft Words.
4. Primer yang telah direkap lalu dihitung Temperature Melting (Tm).
a. Dibuka link http://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp
b. Diinput “Primer Pair” ke dalam situs tersebut dengan cara : diinput Forward ke dalam
kolom Sequence No. 1 dan diinput Reverse ke dalam kolom Sequence No. 2.
87
c. Klik “Calculate”
88
d. Hasil Primer setelah di calculate menunjukkan bahwa pada Forward (Sec. Str. : None,
Primer Dimer : No) dan Reverse (Sec. Str. : None, Primer Dimer : No), artinya primer
ini dapat digunakan untuk pengaplikasian PCR
89
Lampiran 2. Tahap Melakukan Desain Primer Degenerate Bakteri B.thuringiensis
1. Diinput 3 sekuen gen endoglukonase dari bakteri Bacillus thuringiensis
a. Dibuka link “http://www.ncbi.nlm.nih.gov/”, pada database dipilih “Protein”
b. Diinput sekuen “Endoglucanase (Bacillus thuringiensis)” pada kolom “search”, lalu
klik “search”.
c. Dipilih 3 strain berbeda pada sekuen bakteri Bacillus thuringiensis dengan ukuran
asam amino yang sama.
d. Klik sekuen tersebut, lalu pada kolom GenPept dipilih “FASTA (text)”, klik “Apply”
90
e. Setelah itu, copy sekuen tersebut ke dalam aplikasi Notepad, klik “File” lalu klik
“Save as”. Beri nama file tersebut, ex: “Endoglucanase_Bacillus thuringiensis 1”
f. Dilakukan hal yang sama pada poin c-e pada 2 sekuen bakteri lainnya.
91
2. Dilakukan alignment pada 3 sekuen endoglukonase menggunakan software ClustalX
a. Dibuka program ClustalX, klik “File” lalu dipilih “Load Sequence”
b. Dipilih 3 sekuen bakteri yang telah diinput lalu pilih “Open”
c. Dipilih “Alignment” lalu dipilih “Do Complete Alignment”
Daerah Conserved :
92
d. Save hasil alignment sequence pada dengan cara dipilih ‘File” lalu pilih “Save
Sequence as”.
e. Save dalam 3 format diantaranya “CLUSTAL”, “FASTA”, dan “NEXUS”. Lalu klik
‘Ok”.
f. Setelah itu, dilakukan desain primer degenerate pada program CODEHOP
“http://blocks.fhcrc.org/blocks/process_blocks.html”.
g. Dipilih “Choose File”, “Open Sequence FASTA”, lalu dipilih “Submit”.
93
h. Setelah itu, dipilih “Primers” dan klik “CODEHOP”
i. Diganti codon usage tabel menjadi “Bacillus thuringiensis” lalu dipilih “Look for
primers”
94
j. Dipilih “Block” yang paling atas untuk mendapatkan primer forward dan dipilih
“Complement of Block” yang paling bawah untuk mendapatkan primer reverse.
95
k. Dilakukan rekap data dari primer yang telah didapatkan.
Kode AA Penempelan Sequen Primer Lokasi Tm
Forward IGLASFSNSSFAA 5'-
GAATTGGATTAGCATCTTTTTCTAATTCTwsnttygcngc-
3'
Block
x24798xblA
60.8
Reverse WWKPIPDDKKTQ
5'-TGAGTTTTCTTATCATCTGGAACTggyttccacca-3' Complement
of Block
x24798xblH
61.9
l. Dibuka hasil multiple alignment format “NEXUS”, dicari daerah penempelan primer
untuk forward dan reverse lalu ditandai.
Hasil Multiple Sequence Alignment (MSA) Menggunakan Clustal X (tampilan didalam
format.NXS) :
96
m. Setelah itu, dibuka program “GENEIOUS” untuk melihat ilustrasi penempelan primer.
n. Dibuat file baru pada folder “local” dengan cara klik kanan pada forlder tersebut lalu
dipilih “New Folder”.
o. Diberi nama file tersebut dengan format “Endoglukonase (Bacillus thuringiensis)”
p. Diinput “translation” dengan cara dipilih “File”, “Import”, “From File”. Dipilih
“translation” lalu dipilih “Import”.
97
q. Setelah itu, diinput primer dengan cara dipilih “Sequence”, “New Sequence”, “Copy
Forward” (Type : primer) lalu klik “Ok”.
r. Dibuka program BioEdit untuk reverse complement (menyamakan arah baca dengan
sekuen forward).
s. Klik “File” lalu “Open”, dipilih sekuen “reverse primer” lalu klik “Open”.
t. Dipilih “Sequence pada menu bar lalu dipilih “Nucleid Acid”. Setelah itu, dipilih
“Reverse Complement”.
98
u. Klik 1 basa paling awal, dipilih “Edit” lalu dipilih “Select to End”.
v. Dicopy sekuen reverse tersebut ke dalam “Notepad”. Diberi nama dengan format
“Reverse Primer Complement”
w. Dilakukan hal yang sama pada poin q tetapi dilakukan untuk sekuen reverse.
x. Setelah itu, klik “ctrl” pada “translation”, “forward, “reverse” lalu klik “Alignment”,
‘Ok”
y. Dibuka “Alignment View” dan ‘Text View” untuk melihat penempelan primer
degenerate.
99
Visualisasi Penempelan Primer pada “Alignment View” Menggunakan Program Geneious :
Berdasarkan analisis geneious, maka estimasi produk PCR yang akan didapatkan sebesar
±1250 bp
Penempelan Primer pada “View Text” Menggunakan Program Geneious :
1 10 20 30 40 50 60
| | | | | | |
EMBOSS_001 ATGAATGGCAAAAGAAAAATTTTTACATGCATTTCAATTGTTGGCATTGGCCTGGCATCA
Forward -------------------------------------------GAATTGGATTAGCATCT
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 TTTTCAAATTCATCATTTGCAGCATCAGTTACAGATAATTCAATTCAAAATTCAATTCCG
Forward TTTTCTAATTCTWSNTTYGCNGC-------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 ATTGTTAATCAACAAGTTGCAGCAGCAAAAGAAATGAAACCGTTTCCGCAACAAGTTAAT
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 TATGCAGGCGTTATTAAACCGAATCATGTTACACAAGAATCACTGAATGCATCAGTTAGA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 TCATATTATGATAATTGGAAAAAAAAATATCTGAAAAATGATCTGTCATCACTGCCGGGC
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 GGCTATTATGTTAAAGGCGAAATTACAGGCGATGCAGATGGCTTTAAACCGCTGGGCACA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 TCAGAAGGCCAAGGCTATGGCATGATTATTACAGTTCTGATGGCAGGCTATGATTCAAAT
100
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 GCACAAAAAATTTATGATGGCCTGTTTAAAACAGCAAGAACATTTAAATCATCACAAAAT
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 CCGAATCTGATGGGCTGGGTTGTTGCAGATTCAAAAAAAGCACAAGGCCATTTTGATTCA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 GCAACAGATGGCGATCTGGATATTGCATATTCACTGCTGCTGGCACATAAACAATGGGGC
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 TCAAATGGCACAGTTAATTATCTGAAAGAAGCACAAGATATGATTACAAAAGGCATTAAA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 GCATCAAATGTTACAAATAATAATAGACTGAATCTGGGCGATTGGGATTCAAAATCATCA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 CTGGATACAAGACCGTCAGATTGGATGATGTCACATCTGAGAGCATTTTATGAATTTACA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 GGCGATAAAACATGGCTGACAGTTATTAATAATCTGTATGATGTTTATACACAATTTTCA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 AATAAATATTCACCGAATACAGGCCTGATTTCAGATTTTGTTGTTAAAAATCCGCCGCAA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 CCGGCACCGAAAGATTTTCTGGATGAATCAGAATATACAAATGCATATTATTATAATGCA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 TCAAGAGTTCCGCTGAGAATTGTTATGGATTATGCAATGTATGGCGAAAAAAGATCAAAA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 GTTATTTCAGATAAAGTTTCATCATGGATTCAAAATAAAACAAATGGCAATCCGTCAAAA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 ATTGTTGATGGCTATCAACTGAATGGCTCAAATATTGGCTCATATCCGACAGCAGTTTTT
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 GTTTCACCGTTTATTGCAGCATCAATTACATCATCAAATAATCAAAAATGGGTTAATTCA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 GGCTGGGATTGGATGAAAAATAAAAGAGAATCATATTTTTCAGATTCATATAATCTGCTG
101
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------------------------------------------
EMBOSS_001 ACAATGCTGTTTATTACAGGCAATTGGTGGAAACCGGCACCGGATGATAAAAAAACACAA
Forward ------------------------------------------------------------
Reverse ------------------------TGGTGGAARCCAGTTCCAGATGATAAGAAAACTCA-
EMBOSS_001 AATCAAATTAATGATGCAATTTATGAAGGCTATGATAAT
Forward ---------------------------------------
Reverse ---------------------------------------
102
Lampiran 3. Datasheet Oligonukleotida Primer Gen Endoglukanase Bakteri B.subtilis
dan B.thuringiensis
SynthID Oligo
Name Sequence Len Scale
Tm
(0C)
GC
(%) µg pmol
To make
100 µM
1303796 F_BS 5’-TCA GCA GCA
GGC ACA AAA
AC-3’
20 50
nmole
65.2 50.0 169.
5
27720 add 277
µl of
dH2O
1303797 R_BS 5’-TTC GGT TCT
GTG CCC CAA
AT-3’
20 50
nmole
66.2 50.0 199.
8
32981 add 330
µl of
dH2O
1303798 F_BT 5'-GAA TTG GAT
TAG CAT CTT
TTT CTA ATT
CTW SNT TYG
CNG C-3'
40 50
nmole
65.5 36.3 343.
7
28080 add 281
µl of
dH2O
1303799 R_BT 5'-TGA GTT TTC
TTA TCA TCT
GGA ACT GGY
TTC CAC CA-3'
35 50
nmole
67.6 41.4 323.
4
30282 add 303
µl of
dH2O
103
Lampiran 4. Alat-alat Peremajaan Biakan dan Kultur Padat
Jarum Ose Analytical Balance Autoclave
Bunsen Inkubator
Cawan Petri
Hot Plate
Spatula
Labu Erlenmeyer 250 mL
Magnetic Stirrer
Rak Tabung Reaksi
Gelas Ukur 25 mL
Tabung Reaksi
Corong
104
Lampiran 5. Alat-alat Uji Aktivitas Selulolitik
Autoclave
Analytical Balance Jarum Ose
Bunsen Inkubator
Cawan Petri
Hot Plate
Spatula
Labu Erlenmeyer 250 mL
Magnetic Stirrer
Jangka Sorong
Gelas Ukur 25 mL
105
Lampiran 6. Alat-alat Kultur Cair dan Isolasi DNA Genom
Rak Microtube
Microtube Eppendorf 1,5 mL Sentrifuge
Deep Freezer Waterbath Vortex
Mikropipet Mikrotips Timer
Tabung Reaksi
Rak Tabung Reaksi Jarum Ose
Incubator Shaker
Bunsen
Beaker Glass 250 mL
106
Lampiran 7. Alat-alat Amplifikasi
Rak Microtube Microsentrifuge Deep Freezer
Microtube PCR Mikropipet
Mikrotips Putih
Thermal Cycler
107
Lampiran 8. Alat-alat Elektroforesis
Bejana Elektroforesis yang
dilengkapi dengan power supply
dan tangki penutup
Analytical balance Botol schott 100 mL
Hot Plate dan Magnetic
Stirrer Ultraviolet Transilluminator
Waterpass
Mikropipet Mikrotipst Putih Rak Microtube
Gelas Ukur 100 mL Sendok Pipih Digital Camera
108
Lampiran 9. Bahan-bahan Peremajaan Biakan dan Kultur Padat
Nutrient Agar
Air Laut Steril
Isolat Bakteri Bacillus subtilis
Parafilm
Alkohol 70%
Isolat Bakteri Bacillus thuringiensis
Kain Kasa
Plastik
Kapas
Alumunium Foil
Kertas Label
109
Lampiran 10. Bahan-bahan Uji Aktivitas Selulolitik
Nutrient Agar
CMC (Carboxy Methyl
Celullose)
Red congo 0,1%
Deionized water
NaCl 1M
Kertas Label
Kain Kasa
Plastik
Kapas
Alumunium Foil
110
Lampiran 11. Bahan-bahan Isolasi DNA Genom dan Kultur Cair
Nuclei Lysis Solution
0,5M EDTA pH 8,0
Protein Precipitation Solution
Isopropanol
Ethanol 70%
DNA Rehydration Solution
RNase Solution Nutrient Broth
Air Laut Steril
111
Lampiran 12. Bahan-bahan Amplifikasi
PCR Bakteri Bacillus subtilis
Ket : (a) 2x KAPA2G Fast Ready Mix
(b) Nuclease Free Water (NFW)
(c) Primer F_BS dan Primer R_BS
PCR Bakteri Bacillus thuringiensis
Ket : (a) 2x KAPA2G Fast Ready Mix
(b) Nuclease Free Water (NFW)
(c) Primer F_BT dan Primer R_BT
a b c
a b c
112
Lampiran 13. Bahan-bahan Elektroforesis
Bubuk Agarose TBE Buffer 10X
NFW Ethidium Bromide
Loading Dye DNA Ladder 1 kb
113
Lampiran 14. Proses Peremajaan Biakan dan Kultur Padat
Penimbangan NA
Pada Analytical
Balance
Pencampuran NA
Pada Erlenmeyer
yang Berisi Air Laut
Steril
Medium NA + Air
Laut Steril
Dididihkan Pada Hot
Plate
Proses Penuangan
Medium NA + Air
Laut Steril Pada
Cawan Petri
Proses Streak Isolat
Bakteri Pada Cawan
Petri
Kultur Padat
Disimpan Pada
Inkubator
114
Lampiran 15. Hasil Peremajaan Biakan dan Kultur Padat
a. Agar Miring
b. Agar Cawan
Isolat Bakteri Bacillus subtillis Isolat Bakteri Bacillus thuringiensis
Hasil Streak I Bacillus
subtillis
Hasil Streak II Bacillus
subtillis
Hasil Streak III Bacillus
subtillis
Hasil Streak I Bacillus
thuringiensis
Hasil Streak II Bacillus
thuringiensis
Hasil Streak III Bacillus
thuringiensis
115
Lampiran 16. Hasil Pewarnaan Gram Bakteri
a. Bakteri B.subtilis
b. Bakteri B.thuringiensis
116
Lampiran 17. Proses Uji Aktivitas Selulolitik
Penimbangan NA dan
CMC Pada Analytical
Balance
Pencampuran NA dan
CMC Pada Erlenmeyer
yang telah terisi Air Laut
Steril
Proses Pendidihan Media
NA + CMC + Air Laut
Steril
Congo Red Dimasukkan Ke
Dalam Gelas Ukur
Proses Inkubasi Media NA
+ CMC + Air Laut Steril
Proses Streak Isolat Bakteri
Pada Media NA + CMC + Air
Laut Steril
Pencampuran Congo Red
dan Aquades
Congo Red + Aquades Pada
Dimasukkan Ke Dalam
Botol Film
Congo Red + Aquades Direndam
Pada Medium CMC
NaCl 1 M Dimasukkan Ke
Dalam Medium CMC
NaCl Hasil Perendaman
dibuang
Pengukuran Indeks
Selulolitik
117
Lampiran 18. Bagan Alir Kultur Cair dan Isolasi DNA Genom
a. Kultur Cair
Penimbangan NB Pada
Analytical Balance
Pencampuran NB dan
Air Laut Steril
Proses Pendidihan Media
NB + Air Laut Steril
Pengambilan Koloni
Tunggal Isolat Bakteri
Penuangan Medium
NB + Air Laut Steril
Pada Tabung Reaksi
Sterilisasi Medium NB
+ Air Laut Steril
Balance
Inkubasi Pada
Incubator Shaker
Sentrifugasi Isolat Bakteri
Dihomogenkan Pada
Medium NB + Air Laut
Steril
118
b. Isolasi DNA Genom
Tambahkan Lysozyme 60µl
dan lakukan pipet mix
Inkubasi sampel pada suhu
37OC selama 45 menit
Sentrifugasi selama 2 menit
pada 13.000 rpm
Tambah 300µl Nuclei Lysis
Solution hingga tersuspensi lalu
vortex
Sentrifugasi 13.000 rpm selama 3 menit
Transfer
supernatan ke
tube baru
Tambah 300µl Isopropanol,
sentrifugasi 13.000 rpm selama 2
menit
Buang supernatan, tambahkan 300
µl Ethanol 70%, bolak-balik tube
Sentrifugasi 13.000 rpm selama 2
menit
Inkubasi sampel pada suhu
80OC selama 5 menit, tabung
dibolak-balik 2-5 kali, lalu
dinginkan pada suhu ruang
Buang supernatan dengan hati-hati,
keringkan diatas tissue selama 15 menit
Tambah 50µl DNA Rehydration
Solution untuk mencuci pellet
Simpan pellet pada suhu 4oC selama
satu malam, kemudian DNA hasil
isolasi siap digunakan untuk tahap
berikutnya
Hasil kultur cair disentrifugasi pada 13.000
rpm selama 2 menit, buang supernatan
Tambah 1,5µl RNase Solution, tabung
dibolak-balik hingga tercampur.
Inkubasi sampel pada suhu 37OC
selama 30 menit, dinginkan pada suhu
ruang
Tambah 100µl Protein
Precipitation Solution, vortex 20
detik. Inkubasi on ice selama 5
menit
Inkubasi pada suhu 65OC
selama 60 menit
119
Lampiran 19. Penapisan Gen Endoglukanase
Distribusi Mix PCR
Pembuatan Mix PCR
Memasukan Template DNA Penapisan Gen
Endoglukanase
Persiapan PCR dan PCR Master Mix
120
Lampiran 20. Bagan Alir Elektroforesis
a. Pembuatan Gel Agarose
Penimbangan 0,4 gr
agarose
Pemasukan agarose
ke dalam botol
schott
Pencampuran 50 mL
TBE 50X dan
agarose didalam
botol schott
Pengukuran 50 mL
TBE 50X
Pemanasan agar
hingga larut dengan
Hot Plate
Pendinginan agar
sampai hangat pada
suhu ruang
Penuangan agar ke
dalam cetakan yang
telah dipasangi sisir
Agar dibiarkan
hingga mengeras
Setelah gel
mengeras, sisir
dicabut dari gel, dan
meletakkan gel
sesuai dengan
prosedur penggunaan
bak elektroforesis
Perendaman gel
dengan TBE 50X
121
b. Loading Hasil Amplifikasi
c. Dokumentasi Gel dengan UV trans-illuminator
Penempatan dan
pengurutan hasil
amplifikasi pada cooler
block dimulai dari marker
dan sampel
Pengambilan dan
pemasukkan 4 µl dari
masing-masing tube
produk hasil PCR ke
dalam setiap sumur
Pengambilan dan
pemasukkan 2 µl marker
ke dalam sumur yang
lainnya
Penutupan tangki dan
kabel dihubungkan pada
power supply
Pengaturan tegangan
listrik antara 75 volt Elektroforesis dijalankan
sekitar 60 menit sampai
migrasi DNA mencapai 3/4 bagian sel
Setelah proses running selesai,
power supply dimatikan dan
dicabut kabelnya
Tutup tangki dibuka, dan
pengangkatan cetakan gel
Pemasukkan gel
kedalam UV
trans-illuminator
Pengamatan gel
diatas UV trans-
illuminator
Pendokumentasian gel
122
Lampiran 21. Analisis Hasil Sekuensing Gen Endoglukanase
1. Buka program BioEdit, kemudian buka file/ data yang akan diolah menggunakan
perangkat BioEdit
2. Sorot (reverse) dilanjutkan dengan klik sekuen → Nucleic acid → Reverse
complement
123
3. Sorot (forward dan reverse) → Sequence → Pairwise Alignment → Align two
sequence (allow end to slide)
4. Tampilan setelah dilakukan Pairwise Alignment
124
5. Sorot (forward dan reverse) → Alignment → Create concensus Sequence
6. Tampilan setelah dilakukan consensus
125
7. Klik basa pertama pada concensus → Edit → Select to end
8. Tampilan setelah consensus dilakukan select to end
126
9. Consensus di copy ke dalam notepad
10. Buka website http//ncbi.nlm.nih.gov → pilih BLAST → Nucleotide blast → blastx →
Masukan urutan sekuen → Pada database pilih non-redundant protein sequences (nr)
→ Klik BLAST
127
Lampiran 22. Hasil Sekuensing Sampel B.1.2
Kromatogram Gen Endoglukanase Forward
Kromatogram Gen Endoglukanase Reverse
128
Lampiran 23. Hasil BLAST Sampel B.1.2
129
Lampiran 24. Hasil Sekuensing Sampel C2
Kromatogram Gen Endoglukanase Forward
Kromatogram Gen Endoglukanase Reverse
130
Lampiran 25. Hasil BLAST Sampel C2