DISTRIBUCIÓN DE LA INFECCIÓN POR Streptococcus iniae EN DIFERENTES ÓRGANOS DE TILAPIA ROJA (Oreochromis sp) Y TILAPIA NILOTICA (Oreochromis niloticus) DIAGNOSTICADO POR PCR EN TIEMPO REAL FRANK BARREIRO SANCHEZ CODIGO: 2005104481 DIRECTOR: HENRY OSTOS ALFONSO, M.D. MSc. Genética UNIVERSIDAD SURCOLOMBIANA FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES PROGRAMA DE TECNOLOGIA EN ACUICULTURA CONTINENTAL NEIVA – HUILA 2012
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DISTRIBUCIÓN DE LA INFECCIÓN POR Streptococcus iniae EN DIFERENTES ÓRGANOS DE TILAPIA ROJA (Oreochromis sp) Y TILAPIA NILOTICA (Oreochromis niloticus) DIAGNOSTICADO POR PCR EN TIEMPO
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DISTRIBUCIÓN DE LA INFECCIÓN POR Streptococcus iniae EN
DIFERENTES ÓRGANOS DE TILAPIA ROJA (Oreochromis sp) Y TILAPIA
NILOTICA (Oreochromis niloticus) DIAGNOSTICADO POR PCR EN
TIEMPO REAL
FRANK BARREIRO SANCHEZ
CODIGO: 2005104481
DIRECTOR:
HENRY OSTOS ALFONSO, M.D. MSc. Genética
UNIVERSIDAD SURCOLOMBIANA
FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES
PROGRAMA DE TECNOLOGIA EN ACUICULTURA CONTINENTAL
NEIVA – HUILA
2012
DISTRIBUCIÓN DE LA INFECCIÓN POR Streptococcus iniae EN
DIFERENTES ÓRGANOS DE TILAPIA ROJA (Oreochromis sp) Y TILAPIA
NILOTICA (Oreochromis niloticus) DIAGNOSTICADO POR PCR EN
TIEMPO REAL
TRABAJO DE GRADO REALIZADO COMO REQUISITO PARA OPTAR POR EL TÍTULO DE TECNÓLOGO EN ACUICULTURA CONTINENTAL
FRANK BARREIRO SANCHEZ CODIGO: 2005104481
DIRECTOR:
HENRY OSTOS ALFONSO, M.D. M.Sc. Genética
UNIVERSIDAD SURCOLOMBIANA
FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES
PROGRAMA DE TECNOLOGIA EN ACUICULTURA CONTINENTAL
NEIVA – HUILA
2012
NOTA DE ACEPTACIÓN
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JURADO
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JURADO
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DIRECTOR
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COORDINADOR
DEDICATORIA
A:
Dios, por darme la oportunidad de vivir y por estar conmigo en cada paso que doy, por fortalecer mi corazón e iluminar mi mente y por haber puesto en mi
camino a aquellas personas que han sido mi soporte y compañía durante todo el periodo de estudio
.
Mi madre María Gladys Sánchez, por darme la vida, quererme mucho, creer en mí y porque siempre me apoyaste. Mamá gracias por darme una carrera
para mi futuro, todo esto te lo debo a ti
.
Mi Padre Farith Barreiro, Por los ejemplos de perseverancia y constancia que lo caracterizan y que me ha infundado siempre, por el valor mostrado para
salir adelante y por su amor
.
Mis hermanos, Farith Alfredo y Albeiro, por estar conmigo y apoyarme siempre, los quiero mucho
.
Mi director de tesis, Henry Ostos Alfonso, por su gran apoyo, motivación y exigencia para la culminación de esta etapa de estudios.
AGRADECIMIENTOS
A la Universidad Surcolombiana por haberme admitido como un hijo más de su alma mater.
Agradecimiento especial:
A James Betancur López, Zootecnista, por sus asesorías, recomendaciones durante el desarrollo del presente trabajo.
A Juan Carlos Quintero, Médico Veterinario y Zootecnista, por sus recomendaciones
A Dolly Lucia Salgado,por su colaboración,apoyo administrativo y por su amistad.
A Andrea Garrido, Auxiliar del Laboratorio de Medicina genómica, por su colaboración y disponibilidad con los materiales del laboratorio.
INDICE DE CONTENIDO
Introducción………………………………………………………..…...….…9
1. Marco Teórico…………………………………………………….….….…..13 1.1. La estreptococosis en peces……………………………………........13 1.2. Características de cultivo de la bacteria.………………………...….16 1.3. Diagnostico……………………………………………………………..18 1.4. Salud pública……………………………………………………….…..19 1.5. Reacción en cadena de la polimerasa
(PCR)………………………………………………………………....….20 1.6. PCR en tiempo real...…………………………………………….…….24
2. Formulación del Problema y Justificación………………………….……25 3. Objetivos……………………………………………………………….……..28
4. Metodología………………………………….…………………………….....29 4.1. Muestras y controles …..………………………………………..……...29 4.2. Extracción de DNA, a partir de tejidos…………………………….......29 4.3. Protocolo de PCR en tiempo real……………………………………...30 4.4. Examen de histopatología……...……………………………………....33 4.5. Análisis estadístico……………………………………………………...33
5. Resultados…………………………………………………………………....34 5.1. Extracción de DNA a partir de muestras congeladas ………….…...34 5.2. Resultados de la PCR en tiempo real…………………………...…....36 5.3. Sensibilidad de la PCR en tiempo real………………….…………....38 5.4. Especificidad de la PCR en tiempo real…………………………...…39 5.5. Histopatología…………………...……………………………………….40
6. Discusión …………………..…………………………………………………42
7. Conclusiones………………………………………………………………....43
INDICE DE TABLAS
Tabla 1. Pruebas de identificación de Streptococcus spp aislados en peces 18
Tabla 2. Primers utilizados para el diagnóstico de Streptococcus iniae por PCR en tiempo real 31
Tabla 3 Reactivos a utilizar y su cantidad de volumen para la PCR en tiempo real 31
Tabla 4. Cantidad de DNA obtenido a partir de la las muestras 34Tabla 5. Órganos positivos para la infección Streptococcus iniae 36Tabla 6. Hallazgos histopatológicos en diferentes órganos de
individuos diagnosticados positivos para Streptococcus iniae por PCR en tiempo real 40
Tabla 8. Cronograma 38
INDICE DE FIGURAS
Numeración Descripción de la figura Pagina Figura 1 Amplificación exponencial a partir de un fragmento
de ADN molde tras una serie de ciclos de PCR (Adaptado de Andy Vierstraete, 2001) 21
Figura 2 Esquema del procedimiento de la PCR 22Figura 3 Esquema de desarrollo PCR en tiempo real
(empleando sistema taqman). Tomado de: AbsoluteQuantificationstarted Guide. AplieddBiosystems. 25
Figura 4 Área de extracción de DNA 32Figura 5 Área de PCR 32Figura 6 NanoDrop 2000 35Figura 7 VortexMixer 36Figura 8 Resultado de la PCR tiempo real para el individuo
130 (izquierda), individuo 628 (derecha) 37Figura 9 Distribución de infección por órgano 37Figura 10 Sensibilidad de la PCR Tiempo Real. 38Figura 11 Especificidad de la PCR Tiempo Real. 39Figura 12 Moderados a severos focos de epicarditis
granulomatosa y leve presencia de bacterias tipo coco en miocardio y endocardio 2X (izquierda). Moderado foco de epicarditis necrótica 10X (derecha). 41
Figura 13 Severa acumulación de bacterias tipo coco focalizada en encéfalo y meningitis extensa multifocal. 40X (izquierda). Moderado a severo foco de meningitis fibrinohemorrágica con leve presencia de bacterias tipo coco en el citoplasma de macrófagos 10X (derecha). 41
Figura 14 Moderado foco de hepatitis con presencia de bacterias tipo coco intracelulares. Moderados focos de activación de CMM en hepatopáncreas 40X (izquierda). Severo foco de necrosis e inflamación en hepatopáncreas con presencia de bacterias tipo coco intra y extracitoplasmáticas en células tipo macrófagos, leve a moderados focos de infiltrado mononuclear perivascular, leve presencia de vacuolas que desplazan el núcleo de los hepatocitos 10X (derecha) 41
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INTRODUCCIÓN
La acuicultura sigue siendo un sector productivo de alimentos ricos en
proteínas creciente, vigoroso e importante, según la información
proporcionada por la FAO, la producción acuícola mundial de pescado
comestible, incluidos los peces de aleta, los crustáceos, los moluscos y otros
animales acuáticos destinados al consumo, alcanzó los 52,5 millones de
toneladas en el año 2008. (FAO 2010). La contribución de la acuicultura a la
producción total de la pesca de captura continuó aumentando y pasó del 34,5
% en 2006 al 36,9 % en 2008. En el período 1970-2008 la producción
acuícola de pescado comestible aumentó a un ritmo anual medio del 8,3 %,
mientras que la población mundial aumentó en promedio un 1,6 % anual.
(FAO 2010). El resultado combinado del desarrollo de la acuicultura en todo
el mundo y la expansión de la población mundial es que el suministro per
cápita medio anual de pescado comestible procedente de la acuicultura para
el consumo se multiplicó por diez y pasó de 0,7 kg en 1970 a 7,8 kg en 2008,
lo que supone un incremento medio del 6,6 % anual. (FAO, 2010)
La producción acuícola se destina principalmente al consumo. En 2008 la
acuicultura generó el 45,7 % de la producción mundial de pescado
comestible destinado al consumo, cifra superior al 42,6 % correspondiente a
2006. (FAO, 2010). En China, el mayor productor acuícola del mundo, el 80,2
% del pescado comestible consumido en 2008 procedió de la acuicultura,
cifra superior al 23,6 % correspondiente a 1970. La producción acuícola
suministró al resto del mundo el 26,7 % de su pescado comestible, cifra
superior al 4,8 % correspondiente a 1970. (FAO, 2010)
10
La acuicultura Colombiana en mayor parte es la piscicultura; lo primero que
hay que resaltar sobre el desarrollo de la piscicultura nacional es que, si bien
es cierto que se trabaja con varias especies nativas, la mayor parte de su
producción está concentrada en dos especies exóticas que son la tilapia y la
trucha, siendo la primera la que muestra una mayor dinámica en producción
y participación en el mercado. La especie nativa con mayor participación es
la cachama, seguida muy de lejos por el bocachico. (FAO – INCODER,
2011).
En primer lugar, a pesar de la gran participación del sistema productivo de
estanques en la superficie total, sólo genera el 65.48 % en el volumen total
de producción, mientras que el sistema de jaulas, con menos del 2 % del
espejo de agua genera el 34.52 % de la producción, en segundo lugar, la
tilapia representa el 73.72 % del total de la producción, mientras que la
cachama, que es el segundo nivel llega al 11.5 %, la trucha el 2.86 % y las
otras especies sólo el 3.4 %. La participación del Huila en el total de la
producción es del 44.47 %, seguido por el Meta con el 15.11 %; todos los
demás departamentos tienen producciones muy inferiores al Huila y Meta.
(FAO – INCODER, 2011).
La estreptococosis es una enfermedad originada por un grupo de cocos
Gram (+) que inducen una signología clínica bastante característica que
involucra muchos órganos del pez. Hasta el momento los cocos Gram (+)
que se han publicado como agentes patógenos para los peces incluyen:
nos infectazón - Hígadbro zón zón zón do zón - Cerebdo - Cerebrdo do - Cerebr
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37
Ningún individuo presento infección en los tres órganos al mismo tiempo, el
40% presento infección en dos órganos, el 30% de la infección se presentó
en corazón, el 20% se presentó en Hígado y cerebro al mismo tiempo, 20%
en hígado, el 10% se presentó en cerebro igualmente en corazón - hígado y
corazón – cerebro
Figura 8. Resultado de la PCR tiempo real para el individuo 1 (izquierda), individuo 8 (derecha)
Figura 9. Distribución de infección por órgano.
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5.3. SEN
Figura 10. Se
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39
5.4. ESPECIFICIDAD DE LA PCR TIEMPO REAL
Figura 11. Especificidad de la PCR Tiempo Real.
La especificidad del ensayo de PCR Tiempo Real se probó utilizando ADN
extraído de las cepas de tres especies de Streptococcus; S. pyogenes, S.
pneumoniae y S. agalactiae, en la figura 10 se muestra la alta especificidad
que tiene la prueba para la familias S. iniae.
40
5.5. HISTOPATOLOGÍA
A nivel microscópico se hallaron diferentes daños o injurias en los tejidos
colectados (corazón, hígado, cerebro), en la Tabla 7 se muestran las
principales lesiones histopatológicas halladas en los diferentes órganos
analizados y que se relacionan con infecciones por streptococcocis.
Tabla 6. Hallazgos histopatológicos en diferentes órganos de individuos diagnosticados positivos para Streptococcus iniae por PCR en tiempo real
Corazón
Epicarditis multifocal con formación de granulomas o granulomatoso con presencia de bacterias tipo cocos.
Moderada miocarditis generalizada. Bacterias tipo coco en miocardio y endocardio. Granuloma en miocardio. Miocarditis generalizada.
Cerebro
Meningitis multifocal Hemorragias e inflamación granulomatosa en meninges. Leve a moderado foco de meningoencefalitis necrótica con presencia de
bacterias tipo cocos Congestión en encéfalo y meninges generalizada Granuloma de meninges Meningitis Fibrinohemorrágica con presencia de bacterias tipo cocos en
el citoplasma de macrófagos
Hígado
Focos de congestión hepática. Hepatopáncreas con presencia de bacterias tipo coco intra y
extracitoplasmaticas en celulas tipo macrófagos. Focos de hepatitis con presencia de bacterias tipo coco intracelulares. Activación de centros melanomacrófagos en hepatopáncreas. Granuloma en hígado. Vacuolización hepática.
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Figura 12.Moderados a severos focos de epicarditis granulomatosa y leve presencia de bacterias tipo coco en miocardio y endocardio 2X (izquierda). Moderado foco de epicarditis necrótica 10X (derecha).
Figura 13.Severa acumulación de bacterias tipo coco focalizada en encéfalo y meningitis extensa multifocal. 40X (izquierda). Moderado a severo foco de meningitis fibrinohemorrágica con leve presencia de bacterias tipo coco en el citoplasma de macrófagos 10X (derecha).
Figura 14. Moderado foco de hepatitis con presencia de bacterias tipo coco intracelulares. Moderados focos de activación de CMM en hepatopáncreas 40X (izquierda). Severo foco de necrosis e inflamación en hepatopáncreas con presencia de bacterias tipo coco intra y extracitoplasmáticas en células tipo macrófagos, leve a moderados focos de infiltrado mononuclear perivascular, leve presencia de vacuolas que desplazan el núcleo de los hepatocitos 10X (derecha) .
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6. DISCUSIÓN
Este trabajo corrobora los estudios previos de nuestro grupo de investigación
respecto que todos los casos positivos obtuvieron por los menos un órgano
infectado, el 40% reporto coinfección. La técnica de PCR Tiempo Real,
como una herramienta de diagnóstico molecular, ha facilitado la detección y
la identificación de un número creciente de bacterias de importancia clínica
en medicina veterinaria y humana. A veces, entre los microorganismos
filogenéticamente relacionadas, es difícil diseñar un conjunto específico de
cebadores para la identificación de especies bacterianas.
El examen histopatológico reveló agudo a subagudo meningoencefalitis que
consiste de un exudado que cubre la superficie del cerebro que contiene
colonias de bacterias y la infiltración multifocal de células de macrófagos en
el hígado y corazón como las lesiones principales, Estos resultados se
pueden correlacionar con los hallazgos clínicos de letargo y pérdida de la
orientación, (Eldar&Ghittino 1999) que pueden ser confundidos con otras
clases de infección.
La infección por Streptococcus iniae se presenta con morbilidades agudas y
crónicas en muchas especies de peces, tanto de pesca extractiva como de
acuicultura, y así, al menos, 27 especies de peces han sido descritas como
sensibles a la infección (Agnew y cols., 2007). Sin embargo, es la primera
vez que se realizan estudios sobre este tipo de patología en Colombia, las
investigaciones se han realizado en el laboratorio de medicina genómica de
la Universidad Surcolombia desde el año 2011.
43
7. CONCLUSIONES
La PCR en tiempo real es un método rápido, sensible y específico
para la detección de Streptococcus iniae en peces comerciales, útil en
investigación, estudios epidemiológicos y diagnóstico.
El Streptococcus iniae causa una infección muy grave y puede
generar graves problemas sobre la actividad acuícola del Huila y sobre
los recursos icticos nativos.
La importancia de seguir con monitoreos continuos, por las
implicaciones que tiene el Streptococcus iniae en la salud de los peces
y como agente zoonótico.
Se necesita más investigación para entender completamente este
patógeno, en particular, su diversidad serológica y epidemiológica,
antes de que los programas de vacunación puedan tener éxito a
escala mundial.
44
8. BIBLIOGRAFIA
Aamri F. 2010. Patogenicidad de streptococcusiniae en acuicultura.
Presentado como requisito parcial para la obtención del Título oficial de
Máster Universitario en Cultivos Marinos otorgado por la Universidad de Las
Palmas de Gran Canaria y del Diploma de Master of Science en Acuicultura
otorgado por el Centro Internacional de Altos Estudios Agronómicos
Mediterráneos (CIHEAM).
Al-Harbi, A.H., 1994.First Isolation of Streptococcus sp. from hybrid tilapia
(Oreochromisniloticus x O. aureus) in Saudi Arabia. Aquaculture 128, 195-
201.
Al-Harbi, Ahmed H., (2010). Molecular characterization of Streptococcus iniae
isolated from hybrid tilapia (Oreochromisniloticus x O. aureus), Aquaculture,
doi: 10.1016/j.aquaculture.2010.12.014
Akhlaghil M y Mahjor AA. (2004). Some histopathological aspects of
streptococcosis in cultured rainbow trout (Oncorhynchusmykiss).Bulletin of
European Association of Fish Pathologists.24: 132.
Baya, A.; Navarro, R., and Kotopoulis, E. 1996. Streptococcal infections of
hybrid striped bass and tilapia. In: Proc. The Successes and Failures in