LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI 1 ISOLASI DNA Disusun Oleh : KELOMPOK 3 (A) 1. Nur’azmi Ayuningtyas (I11111009) 2. Prisa Dwicahmi (I11111010) 3. Heriyanto Andreas (I11111019) 4. Leo Rinaldi (I11111023) 5. Isma Resti Pratiwi (I11111029) 6. Agnes Widyaningsih (I11111008) 7. Syarifi (I11111072) 8. Maria Enjelina (I11111077) PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN UNIVERSITAS TANJUNGPURA
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
LAPORAN PRAKTIKUM
BIOLOGI 1
ISOLASI DNA
Disusun Oleh :
KELOMPOK 3 (A)
1. Nur’azmi Ayuningtyas (I11111009)
2. Prisa Dwicahmi (I11111010)
3. Heriyanto Andreas (I11111019)
4. Leo Rinaldi (I11111023)
5. Isma Resti Pratiwi (I11111029)
6. Agnes Widyaningsih (I11111008)
7. Syarifi (I11111072)
8. Maria Enjelina (I11111077)
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER
FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN
UNIVERSITAS TANJUNGPURA
ii
2011/2012
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena atas limpahan
berkat, rahmat, dan hidayah-Nya lah, laporan modul Biologi Molekuler ini dapat
diselesaikan tepat pada waktunya.
Pembuatan laporan ini berguna untuk memenuhi tugas terstruktur
modul Modul Biologi Molekuler dalam semester Genap pada program studi
Pendidikan Kedokteran Universitas Tanjungpura.
Pada proses penulisan laporan ini sampai dengan selesainya, penulis
banyak mendapatkan bantuan berupa dorongan dari semua pihak, maka pada
kesempatan ini tak lupa penulis menyampaikan ucapan terima kasih kepada:
1. dr. Delima Fajar Liana, selaku koordinator penanggung jawab modul.
2. dr. Virhan Novianry, selaku narasumber dalam modul ini.
3. Kak Lala, selaku asisten laboratorium.
4. Orang tua penulis yang selalu memberi semangat dari jauh dan do’a.
5. Teman-teman penulis yang telah memberi banyak saran dan dorongan
bagi penulis.
6. Semua pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu persatu.
Penulis menyadari sebagai manusia biasa, tentu tak luput dari
kesalahan dan kekurangan dalam penulisan laporan ini. Maka dari itu penulis
sangat mengharapkan kritik dan saran demi perbaikan penulisan laporan ini.
Akhirnya penulis berharap semoga laporan ini dapat memberikan
manfaat bagi kita semua. Amin.
Pontianak, Mei 2012
iii
Penulis
DAFTAR ISI
COVER i
KATA PENGANTAR ii
DAFTAR ISI iii
BAB I PENDAHULUAN 1
LATAR BELAKANG 1
TUJUAN 1
MANFAAT 2
BAB II DASAR TEORI 3
SALIVA 3
DNA 5
BAB III METODOLOGI PRAKTIKUM 7
ALAT DAN BAHAN 7
CARA KERJA 7
BAB IV HASIL PRAKTIKUM 10
BAB V PEMBAHASAN 11
BAB VI KESIMPULAN 16
DAFTAR PUSTAKA 17
iv
1
BAB I
PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Sampai awal tahun 70an, DNA merupakan molekul seluler yang paling
sulit dianalisis, karena strukturnya yang panjang dan secara kimiawi monoton.
Sebagai materi genetik suatu organisme, nukleotida hanya dapat dianalisis secara
tidak langsung melalui analisis urutan protein dan RNA melalui analsis genetik.
Kini menjadi hal yang mungkin untuk mengisolasi suatu region spesifik dari suatu
genome, yaitu total informasi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme; dan
untuk memproduksi jumlah kopi yang tidak terbatas dari region tersebut, atau
untuk mendeterminasi urutan nukleotida dari region tersebut hanya dalam
semalam, dengan kecepatan pembacaan 1000 nukleotida per detik.
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan
komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan
pasangan basa. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan
bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap dari
materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi
kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun tumbuhan. DNA
manusia dapat diisolasi melalui saliva..
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.
Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan
teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya.
Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah
tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung.
Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk. 2002:
115). Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu
komponen dari campuran. Pada praktikum kali ini, kami akan mencoba untuk
mengisolasi DNA pada saliva.
1.2. Tujuan
2
Praktikum ini bertujuan untuk mengisolasi DNA dari saliva dengan
menggunakan kit Wizard® Genomic DNA Purification.
1.3. Manfaat
Memberikan kesempatan kepada Mahasiswa Untan untuk menerapkan
pengetahuan mereka dalam isolasi DNA.
3
BAB II
DASAR TEORI
2.1. SALIVA
Saliva merupakan salah satu dari cairan di rongga mulut yang diproduksi
dan diekskresikan oleh kelenjar saliva dan dialirkan ke dalam rongga mulut
melalui suatu saluran. Saliva terdiri dari 98% air dan selebihnya adalah elektrolit,
mukus dan enzim-enzim. Saliva diekskresi hingga 0.5 – 1.5 liter oleh tiga kelenjar
liur mayor dan minor yang berada di sekitar mulut dan tenggorokan untuk
memastikan kestabilan di sekitar rongga mulut.
KELENJAR SALIVA
Kelenjar-kelenjar saliva mayor terletak agak jauh dari rongga mulut dan
sekretnya disalurkan melalui duktusnya kedalam rongga mulut. Kelenjar saliva
mayor terdiri dari kelenjar parotis yang terletak dibagian bawah telinga
dibelakang ramus mandibula, kelenjar submandibularis yang terletak dibagian
bawah korpus mandibula dan kelenjar sublingualis yang terletak dibawah lidah.
Selain itu terdapat juga kelenjar saliva minor yang terdiri dari kelenjar labial,
kelenjar bukal, kelenjar Bladin-Nuhn, kelenjar Von Ebner dan kelenjar
Weber. 3,15,19.
KOMPOSISI SALIVA
Komponen-komponen saliva, yang dalam keadaan larut disekresi oleh
kelenjar saliva, dapat dibedakan atas komponen organik dan anorganik. Namun
demikian, kadar tersebut masih terhitung rendah dibandingkan dengan serum
karena pada saliva bahan utamanya adalah air yaitu sekitar 99.5%. Komponen
anorganik saliva antara lain : Sodium, Kalsium, Kalium, Magnesium, Bikarbonat,
Khlorida, Rodanida dan Thiocynate (CNS), Fosfat, Potassium dan Nitrat.
Sedangkan komponen organik pada saliva meliputi protein yang berupa enzim
amilase, maltase, serum albumin, asam urat, kretinin, musin, vitamin C, beberapa
4
asam amino, lisosim, laktat, dan beberapa hormon seperti testosteron dan
kortisol.
FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI SEKRESI SALIVA
Kelenjar saliva memproduksi saliva hampir setengah liter setiap hari.
Beberapa faktor mempengaruhi sekresi saliva dengan merangsang kelenjar saliva
melalui cara-cara berikut:
1. Faktor mekanis yaitu dengan mengunyah makan yang keras atau permen
karet.
2. Faktor kimiawi yaitu melalui rangsangan seperti asam, manis, asin, pahit
dan pedas.
3. Faktor neuronal yaitu melalui sistem syaraf autonom baik simpatis maupun
parasimpatis.
4. Faktor Psikis yaitu stress yang menghambat sekresi saliva.
5. Rangsangan rasa sakit, misalnya oleh radang, gingivitis, dan pemakaian protesa
yang dapat menstimulasi sekresi saliva.
FUNGSI FISIOLOGI
Saliva mempunyai fungsi yang sangat penting untuk kesehatan rongga
mulut karena mempunyai hubungan dengan proses biologis yang terjadi dalam
rongga mulut. Secara umumnya saliva berperan dalam proses perlindungan pada
permukaan mulut, pengaturan kandungan air, pengeluaran virus-virus dan produk
metabolisme organisme sendiri dan mikro-organisme, pencernaan makanan dan
pengecapan serta diferensiasi dan pertumbuhan sel-sel kulit, epitel dan saraf.
FUNGSI NON FISIOLOGI
Saliva dapat berperan sebagai anti-kabut (anti-fog). Penyelam skuba selalu
melapisi kaca mata menyelam mereka dengan selapis tipis saliva untuk
menghidari kabut. Selain itu saliva juga berperan efektif sebagai agen pembersih
untuk memelihara lukisan. Cotton swab yang dilapisi saliva disapukan pada
lukisan untuk membuang kotoran yang melekat pada lukisan tersebut.
2.2. DNA
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan
berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan
secara seluler. DNA terdapat pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas.
Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi
sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas
berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Selain itu DNA
mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat
yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan
sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak
memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot
berbentuk linier dan memiliki protein histon.
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan
komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan
pasangan basa. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan
bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap dari
materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi
kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun tumbuhan.
DNA manusia dapat diisolasi melalui darah. Komponen darah yang diisolasi yaitu
sel darah putih, karena memiliki nukleus dimana terdapat DNA didalamnya.
DNA terdapat pada seluruh jaringan dan cairan tubuh. Oleh karena itu
DNA genom dapat diisolasi dari semua bahan biologis yang mengandung sel
berinti, seperti darah, semen, rambut, tulang, liur dan lain-lain. Bahan yang paling
sering digunakan untuk tujuan isolasi DNA adalah darah dan rambut beserta
akarnya, karena kedua bahan tersebut relatif mudah diperoleh.
Darah (whole blood) dan sumsum tulang mamalia mengandung baik sel-
sel berinti (sel darah putih) maupun sel-sel tidak berinti (sel darah merah). Untuk
mengisolasi DNA dari darah dan sumsum tulang, sel darah merah yang tidak
mengandung DNA genom harus dilisiskan dahulu agar dapat dipisahkan dari sel
darah putih. Sel-sel darah putih yang sudah dipisahkan kemudian dilisiskan
dengan bantuan bahan pengawet DNA yaitu, deterjen anionik yang dapat
melarutka komponen seluler. Bahan pengawet DNA juga dapat mengurangi
6
aktivitas Dnase yang terdapat di dalam sel. Bila perlu dapat ditambahkan Rnase