SB/O/BF/16 KARAKTERISASI DAN IDENTIFIKASI MOLEKULAR (ARDRA: Amplified Ribosomal DNA Digestion Analysis) ISOLAT BAKTERI Bacillus thuringiensis Berliner ENDOGENIK INDONESIA SEBAGAI AGENSIA PENGENDALI HAYATI HAMA Crocidolomia binotalis Zell. Christina L. Salaki 1 , Langkah Sembiring 2 , Jesmandt Situmorang 3 , dan Niken S.N. Handayani 4 1) Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian Unsrat, Manado 2) Laboratorium Mikrobiologi, Fakultas Biologi UGM, 3) Laboratorium Entomologi, Fakultas Biologi UGM, 4) Laboratorium Genetika, Fakultas Biologi UGM ABSTRAK Isolat bakteri Bacillus thuringiensis endogenik Indonesia yang patogenik terhadap hama kubis (Crocidolomia binotalis Zell.) dikarakterisasi dan diidentifikasi secara molecular dengan menggunakan metode sidik jari DNA (ARDRA : Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis).DNA kromosomal 10 isolat terpilih (SLK2.3, SRNG4.2, TKO1, TK9, YPPA1, UG1A, BLPPN8.2, YWKA1, BAU3.2, LPST1) dan 2 strain acuan (B. thuringiensis serovar kurstaki HD1 dan B. thuringiensis serovar israelensis H14) diisolasi dan dipurifikasi dengan metode standar. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer universal 27f dan 1529r. Produk PCR yang berupa gen 16S rRNA didigesti dengan 4 macam enzim restriksi (EcoR1, HindIII, Pst1 dan HaeIII). Hasil digesti selanjutnya dipisahkan dengan elektroforesis agarose untuk menghasilkan profil ARDRA, Selanjutnya, profil ARDRA digunakan untuk mengidentifikasi isolat secara profile matching dengan menggunakan dua strain acuan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hanya profil ARDRA yang dihasilkan oleh enzim HaeIII yang memberikan makna sehingga profil tersebutlah yang digunakan untuk melakukan identifikasi isolat yang diteliti. Analisis profil ARDRA menunjukkan bahwa strain acuan B. thuringiensis serovar kurstaki HD1 dapat dibedakan secara tegas dan jelas dengan strain acuan B. thuringiensis serovar israelensis H14. Padahal kedua strain ini memang telah dikenal secara luas merupakan dua strain yang berbeda dalam hal spesifitas patogenisitas terhadap kelompok serangga. Bakteri B. thuringiensis serovar kurstaki dikenal patogenik terhadap kelompok serangga anggota ordo Lepidoptera sedangkan B. thuringiensis serovar israelensis dikenal patogenik terhadap kelompok serangga anggota ordo Diptera. Dengan demikian, profil ARDRA yang dihasilkan dalam penelitian ini dapat digunakan sebagai instrumen untuk membedakan antara kelompok serovar kurstaki dan israelensis secara tegas dan jelas. Selanjutnya ke 10 isolat yang diidentifikasi menunjukkan kemiripan yang tinggi dengan strain acuan B. thuringiensis serovar kurstaki HD1. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa profil ARDRA dapat digunakan untuk mengidentifikasi strain B. thuringiensis dan ke 10 isolat yang diteliti diduga kuat merupakan anggota serovar kurstaki. Kata kunci: karakterisasi molekular, identifikasi molekular, ARDRA, B. thuringiensis, endogenik Indonesia, agensia pengendali hayati, Crocidolomia binotalis PENDAHULUAN Karakterisasi molekular merupakan karakterisasi dengan menggunakan data molekular. Salah satu data molekular yang digunakan dalam identifikasi mikrobia adalah asam nukleat. Analisis asam nukleat Seminar Nasional Biologi 2010 Fakultas Biologi UGM, Yogyakarta 24-25 September 2010 585
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
SB/O/BF/16
KARAKTERISASI DAN IDENTIFIKASI MOLEKULAR (ARDRA: Amplified
Ribosomal DNA Digestion Analysis) ISOLAT BAKTERI Bacillus thuringiensis Berliner
ENDOGENIK INDONESIA SEBAGAI AGENSIA PENGENDALI HAYATI HAMA
Crocidolomia binotalis Zell.
Christina L. Salaki1, Langkah Sembiring
2, Jesmandt Situmorang
3, dan
Niken S.N. Handayani4
1)
Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian Unsrat, Manado 2)
Laboratorium
Mikrobiologi, Fakultas Biologi UGM, 3)
Laboratorium Entomologi, Fakultas Biologi UGM, 4)
Laboratorium Genetika, Fakultas Biologi UGM
ABSTRAK
Isolat bakteri Bacillus thuringiensis endogenik Indonesia yang patogenik terhadap
hama kubis (Crocidolomia binotalis Zell.) dikarakterisasi dan diidentifikasi secara molecular
dengan menggunakan metode sidik jari DNA (ARDRA : Amplified Ribosomal DNA
Restriction Analysis).DNA kromosomal 10 isolat terpilih (SLK2.3, SRNG4.2, TKO1, TK9,