1 Ignez Caracelli Ignez Caracelli BioMat – DF – UNESP/Bauru Bauru, 15 de setembro de 2008. Aula 6 Aula 6 Estruturas Estruturas Secundária,Terciária e Secundária,Terciária e Quaternária de Quaternária de Proteínas Proteínas Introdução a Bioquímica: Introdução a Bioquímica: Biomoléculas Biomoléculas Julio Zukerman Schpector Julio Zukerman Schpector LaCrEMM – DQ LaCrEMM – DQ – – UFSCar UFSCar
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1 Ignez Caracelli BioMat – DF – UNESP/Bauru Bauru, 15 de setembro de 2008. Aula 6 Estruturas Secundária,Terciária e Quaternária de Proteínas Introdução.
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Ignez CaracelliIgnez Caracelli
BioMat – DF – UNESP/Bauru
Bauru, 15 de setembro de 2008.
Aula 6Aula 6Estruturas Secundária,Terciária e Estruturas Secundária,Terciária e
Quaternária de Proteínas Quaternária de Proteínas
Introdução a Bioquímica: Introdução a Bioquímica: BiomoléculasBiomoléculas
Julio Zukerman SchpectorJulio Zukerman Schpector
LaCrEMM – DQ LaCrEMM – DQ –– UFSCar UFSCar
Estrutura Primaria até Quaternária Estrutura Primaria até Quaternária
primária primária
secundáriasecundária
folha folha
hélice hélice
terciáriaterciária
Interações e Estrutura Terciária Interações e Estrutura Terciária
Entre as interações a serem consideradas temos
as estruturas específicas que resultam de interações de longo alcanceinterações de longo alcance:
interações eletrostáticas ligações de hidrogênio (OH, N H, S H)interações hidrofóbicas
Caracelli &Zukerman-Schpector,. Introdução à Biofísica Estrutural -EdUfSCar, 2006.
Interações e Estrutura Terciária Interações e Estrutura Terciária
Caracelli &Zukerman-Schpector,. Introdução à Biofísica Estrutural -EdUfSCar, 2006.
ligação iônica
ligação de hidrogênio
interações de van der Waals entre átomos em contacto (em preto)
I. Interações iônicas (exterior)I. Interações iônicas (exterior)
Caracelli &Zukerman-Schpector,. Introdução à Biofísica Estrutural -EdUfSCar, 2006.
Formadas entre duas cadeias laterais de aminoácidos carregados: negativosnegativos (Glu, Asp); positivospositivos (Lys, Arg, His).
•São interações dependentes de pH (pKa). •Lembrar que os pKs no interior de uma proteína podem ser diferentes daqueles do aminoácido livre.
II. Ligações de hidrogênio (interior e exterior)II. Ligações de hidrogênio (interior e exterior)
Caracelli &Zukerman-Schpector,. Introdução à Biofísica Estrutural -EdUfSCar, 2006.
Aparecem entre as cadeias laterais, backbone, água;
Aparecem com cadeias laterais dos aminoácidos aminoácidos carregadoscarregados: Glu, Asp, His, Lys, Arg;
Aparecem com cadeias laterais dos aminoácidos polaresaminoácidos polares: Ser, Thr, Cys, Asn, Gln, [Tyr,Trp]
II. Ligações de hidrogênio (interior e exterior)II. Ligações de hidrogênio (interior e exterior)
Caracelli &Zukerman-Schpector,. Introdução à Biofísica Estrutural -EdUfSCar, 2006.
Ligações de hidrogênio em estrutura terciária
SCH2
R
H
H
HN N
CH2
H
C
O
R
H
H
C,M
E,G,N,Q
HO CH2
HO CH
R
HN
HCH2
HN
HC
O
NH
H C
NH2+
NH
Y
S,T
K
R
N,Q
III. III. Interações hidrofóbicas (interior)Interações hidrofóbicas (interior)
Caracelli &Zukerman-Schpector,. Introdução à Biofísica Estrutural -EdUfSCar, 2006.
Formam-se entre cadeias laterais de resíduos não-polaresnão-polares:
Alifáticos: Ala, Val, Leu, Ile, Pro, Met
Aromáticos: Phe,Trp, Tyr
Formam-se clusters de cadeias laterais, mas não há o
requerimento para uma orientação especifica como ocorre
com a ligação de hidrogênio;
O interior da proteína fica distante da água;
São não-dependentes do pH.
IV. Ligações dissulfeto (IV. Ligações dissulfeto (intraintracadeias e cadeias e interintercadeias)cadeias)
Caracelli &Zukerman-Schpector,. Introdução à Biofísica Estrutural -EdUfSCar, 2006.
São formadas entre os resíduos de cisteínas:
CysSSH + HSSCys CysSSSSCys
São catalisadas por enzimas especificas, e agente oxidantes;
Restringem a flexibilidade da proteína.
presença ou não de um grupo prostético proteínas simples e proteínas conjugadas holoproteína = apoproteína + grupo prostético (grupo prostético ex: FAD, Fe, Grupo heme, etc)
presença ou não de subunidades proteínas monoméricas e proteínas oligoméricas
Interconversion between two unrelated protein folds in the lymphotactin native stateTuinstra, Peterson, Kutlesa, Elgin, Kron & Volkman (2008)www.pnas.orgcgidoi10.1073pnas.0709518105
Estrutura Terciária das ProteínasEstrutura Terciária das Proteínas