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Y 染色体については黒木班員が中心となり、チンパンジー、ゴリラ、オランウータンなど霊長類を含むほ乳類を対象に広範な比較解析研究を進めており、タマーワラビーについてはオーストラリアの有袋類や単孔類のゲノム研究の専門家、性分化と生殖発生学の専門家と連携して解析を進めている。ゲノムの比較解析から明らかになった Y 染色体の機能分子は、有袋類の個体発生過程における機能解析が可能であり、ゲノム構造の変化と表現型の関連性を明らかにすることができると考えている。
ゲノムの概要配列が Nature 誌に論文報告され、研究状況が一変したため、全般的な研究戦略の再検討が必要になった。また、Nature 誌の同号には別個体チンパンジーの Y 染色体解析結果が我々との申し合わせを無視する形で掲載されたため、前述したチンパンジー Y 染色体論文の投稿と修正に専念せざるを得ず、その分、戦略の再検討が遅れたことは否めない。テロメア領域、セントロメア領域についても、構造の複雑さが原因となり、データの再検討に時間を要している。
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哺乳類性染色体の比較ゲノム研究を進める上で、原始哺乳類とも言える有袋類の性染色体のゲノム情報は、祖先型染色体の推測を行う上で有用である。しかし、霊長類と有袋類では進化距離が離れているため、ゲノム構造の相同性が低く、Y 染色体の比較解析を行う上で対応領域の同定に苦労していた。今回、オーストラリアの研究チームと共同でタマーワラビー Y 染色体由来の BACクローンをアンカーポイントに、ゲノムライブラリのスクリーニングを行い、Y 染色体に位置する新規クローンの単離に成功した。それらのクローンのうち、遺伝子を含むクローンについては、クローンの高精度塩基配列決定を行い、ヒト、チンパンジーなど、高精度配列データが報告されている生物種の Y 染色体の配列と比較解析を行うべく、解析を進めている。また、今回解析を行った、タマーワラビー Y 染色体由来のクローンは、Y 染色体特異的反復配列を含むものが多く、さらに fiber-FISH 法によるゲノム構造解析の結果、複数種の Y 染色体特異的反復配列が存在し、それぞれが、数百 kb の領域に渡り、タンデムに反復していることがわかってきた。
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