Применение молекулярно-генетических методов Применение молекулярно-генетических методов в изучении зоопланктона в Южном океане в изучении зоопланктона в Южном океане Лаб. структуры и динамики планктонных Лаб. структуры и динамики планктонных сообществ сообществ А.Н. А.Н. Ступникова Ступникова Д.Н. Кулагин Д.Н. Кулагин Т.В. Т.В. Неретина Неретина Н.С. Мюге Н.С. Мюге
18
Embed
Применение молекулярно-генетических методов в изучении зоопланктона в Южном океане
Применение молекулярно-генетических методов в изучении зоопланктона в Южном океане. Лаб. структуры и динамики планктонных сообществ. А.Н. Ступникова. Д.Н. Кулагин Т.В. Неретина Н.С. Мюге. Применение молекулярно-генетических методов в вопросах изучения планктонных сообществ. - PowerPoint PPT Presentation
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Применение молекулярно-генетических методов Применение молекулярно-генетических методов в изучении зоопланктона в Южном океанев изучении зоопланктона в Южном океане
Лаб. структуры и динамики планктонных сообществЛаб. структуры и динамики планктонных сообществ
5. Стыковка и множественноевыравнивание последовательностей
6. Построениекладограммы
Схема изучения нуклеотидных последовательностей
2
Выбор изучаемого фрагмента ДНК
1. Анализ ядерных генов - позволяет делать межвидовые и более высокого ранга филогенетические построения.
Метод слабо применим для внутривидовых филогенетических построений, требует предварительной модификации для работы с новым организмом.
2. Анализ митохондриальных генов - позволяет делать внутривидовые филогенетические построения. Метод не может быть применим для групп, далеко отстоящих друг от друга по времени образования
3. Микросателлитный анализ позволяет:• проводить внутривидовые филогенетические построения, в том числе для изучения малых, изолированных и однополых популяций; • изучать наличие генетической дифференциации популяций и выявление популяционной структуры вида; • выявлять криптические симпатрические виды на ранних этапах видообразования; • оценивать поток генов (миграции) между популяциями.
НО: микросателлитные маркеры надо искать для каждой группы!3
Генетические базы данных
National Center for Biotechnology Information GenBank molecular sequence database
Генетический анализ собранного материала выполнен на современном оборудовании в лаборатории Биохимической эмбриологии института Биологии развития им. Н.К.Кольцова РАН и в молекулярной лаборатории Беломорской биологической станции им. Н.А.Перцова МГУ.
Всего обработано 180 образцов.
Проводился SNP-анализ по фрагменту гена mtCO1, 16S, ПДРФ-анализ.
Обработка данных произведена с помощью пакета программ LASERGENE-97.
Последовательности ДНК, полученные в результате секвенирования,
сравнивали с базой данных GenBank.
7
АПФ
САП – Субантарктическая популяция,
СТрП – Субтропическая популяция,
АП – Антарктическая популяция.
8
Молекулярно-генетический анализ хетогнаты Молекулярно-генетический анализ хетогнаты Eukrohnia hamataEukrohnia hamata
Кладограмма генетической изменчивости по фрагменту гена СО1 Eukrohnia hamata
ст. 2277Pseudosagitta gazellae ст. 2296Pseudosagitta gazellae ст. 2277
ст. 2330ст. 2240ст. 2250ст. 2330ст. 2240
ст. 2242ст. 2246
ст. 2234
САП
АП
СТрПСТрП
Восточный разрез
Западный разрез
Сравнение наших данных с базой данных GenBank
Nucleotide Substitutions (x100)0
9.3
2468
2330.seq2240.seq
2250.seq2330 (2).seq
2240 (2).seq2242.seq
2246.seq2234.seq2232.seq
SE Atlantic2.seqSE Atlantic1.seq
SE Atlantic3.seqArctica1.seq
Arctica2.seq2296 (2).seq2296.seq2269.seq
2281.seq2277.seq
ст. 2330ст. 2240ст. 2250ст. 2330
ст. 2240ст. 2242
ст. 2246
САП
СТрП
АП
ст. 2296
ст. 2269ст. 2296
ст. 2281ст. 2277
ст. 2232SE A GenBank
SE A GenBankSE A GenBank
Arc GenBankArc GenBank АркП
ст. 2234
Кладограмма генетической изменчивости по фрагменту гена СО1 Eukrohnia hamata
10
ПДРФ-анализ (рестрикционный анализ) – экспресс метод, позволяющий определить принадлежность особи Eukrohnia hamata к одной из двух популяций – Субантарктической или Антарктической
СТрФ
СрСАФ
ЮСАФ
АПФ
ЮГ АЦТ
Антарктическаяпопуляция
Субантарктическаяпопуляция
Субтропическаяпопуляция
Хетогната Eukrohnia hamata
Кладограмма генетической изменчивости по гену СО1 копеподы
Metridia lucensMetridia lucens
11Nucleotide Substitutions (x100)0
13.3
24681012
A10 M_lucens large fem 2296 Dr_S.seqA85 M_lucens large fem 2242 SR2_N.seqA22 M_lucens sm fem 2296 Dr_S.seqA32 M_lucens large fem 2242 SR2_N.seqA36 M_lucens_ sm_fem 2300 Dr_S.seqA11 M_lucens large fem 2277 SR2_S.seqA86 M_lucens large fem 2242 SR2_N.seq
A84 M_lucens large fem 2242 SR2_N.seqA87 M_lucens sm fem 2240 SR2_N.seqA88 M_lucens sm fem 2240 SR2_N.seqA89 M_lucens sm fem 2240 SR2_N.seqA33 M_lucens large fem 2242 SR2_N.seqA82 M_lucens large fem 2242 SR2_N.seqA83 M_lucens large fem 2242 SR2_N.seq
A8 M_gerlachei fem 2277 SR2_S.seqA37 M_gerlachei fem 2307 Dr_S.seq
1
ст. 2242
ст. 2242
ст. 2240ст. 2240ст. 2240ст. 2242
ст. 2242
ст. 2300
ст. 2242
ст. 2242
ст. 2242ст. 2277
ст. 2296
ст. 2296
Metridia gerlachei ст. 2277Metridia gerlachei ст. 2307