Zuhrotus Sholichah Blast 146070122011022 S2DD

Zuhrotus Sholichah 2015

Tugas Bioinformatika

METODE BLAST PADA NCBI :

Membandingkan Homologi Mitokondria Manusia (Homo Sapiens) dengan Mitokondria

Rattus Novergicus

Oleh:

ZUHROTUS SHOLICHAH 146070122011022

PROGRAM DUAL DEGREE PASCA SARJANA ILMU BIOMEDIK

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG

2015

1

Zuhrotus Sholichah 2015

BLAST

1. masuk ke alamat website http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2

Zuhrotus Sholichah 2015

2. Masukkan protein yang ingin diketahui sekuens nukleutida nya, misal “Mitochondrial complete genome”

3. pilih organisme spesifik .. klik homosapiens karena yang ingin kita lihat skuensnya adalah mitokondria manusia.

3

Zuhrotus Sholichah 2015

4. Hasil Pencarian akan muncul seperti gambar diatas , kemudian klik pada protein yang ingin diketahui sekuens nukelotidanya

5. Setelah mengeklik proein yang dinginkan akan muncul data seperti diatas , dan kita bisa mendapatkan data dalam 2 jenis yaitu data Graphics yang akan mendiskripsikan secara lengkap ,

Fasta yang hanya kan mencantumkan sekuens nukelutidanya dan graphics.

4

Zuhrotus Sholichah 2015

6. Gambar diatas merupakan bentuk fasta (hanya sekuens nukleutda) pada Miktokondria manusia.

7. Klik Run Blast untuk mengetahui homologi antara sequens Mitokondria tersebut dengan sekuens yang lain

5

Zuhrotus Sholichah 2015

8. Akan muncul tampilan seperti diatas. Untuk membandingkan sekuens tersebut dengan organisme lain bisa dimasukkan organisme yang dimaksud pada isian organisme. Dalam hal ini saya ngin

mengetahui homologi nukleutida yang mengkode Mitokondria masnusia dengan nukleutida yang mengkode spesies rattus novergicus

9. Kemudian Klik Blast untuk mengetahui persamaa antara mitokondria Homo sapiens dan spesies rattus Novergicus

6

Zuhrotus Sholichah 2015

Waiit......... 10. Akan muncul Tab seperti diatas, kemudian tunggu sampai hasilnya muncul.

7

Zuhrotus Sholichah 2015

11. Result , interpretasinya semakin banyak grafik yang diwarnai merah, menunjukkan semakin besar homologinya.

8

Zuhrotus Sholichah 2015

12. Data diatas menunjukkan bahwa persentase homologi antara gen yang mengkode nitokondria Homo sapiens dengan gen yang mengkode mitokondria pada spesies pembanding. Disitu

menunjukan bahwa mitokondria manusia memiliki homologi dengan rattus novergicus sekitar 76%

9