Vyšetření fMRI popis experimentu Dobrovolník II. 6.2.2001 17:00
Vyšetření fMRIpopis experimentu
Dobrovolník II.
6.2.2001 17:00
Popis experimentu 2
• Dobrovolník začne ihned po začátku měření pohybovat prsty pravé ruky tak, že se jimi střídavě dotýká palce pravé ruky. Nejprve malíček pak prsteníček, prostředníček, ukazováček a zase zpátky, pořád dokola v pravidelném rytmu.
• Tuto akci provádí po 20s, poté je 20s v klidu, pak 20s aktivity, ...
• Během 20s aktivity i 20s klidu provedeme 6 sérií 16ti snímků hlavy v místě motorického kortexu. Doba snímání celé série 16ti snímků byla v našem experimentu asi 1.1s.
• Blíže viz obrázek na další straně
Popis experimentu 3
Umístění snímků 4
Funkční snímky 5
Echoplanární technika (EPI)
Tyto snímky jsou T2* vážené
Použité parametry:
TR = 1500ms
TE = 37ms
flip angle = 90ms
FoV = 192mm
Velikost pixelu: 3x3mm2
Tloušťka vrstvy = 3mm
Matice 64x64 pixelů
Anatomické snímky 6
Jsou umístěny v přesně stejné pozici jako funkční
Jsou T1 vážené:
FoV = 192mm
Velikost pixelu: 0.43x0.43mm2
Tloušťka vrstvy = 3mm
Matice 512x512 pixelů
Předzpracování FUNKČNÍCH snímků pomocí programů
MRIcro a SPM
Předzpracování funkčních snímků 8
MRIcro:
• Konverze z formátu DICOM do formátu Analyze, který používá SPM - naše snímky byli umístěny v tzv. „mosaice“ (16 snímků v jednom obrázku)
SPM:
• Registrace - posun a rotace všech sérií (objemů) do stejného místa jako první objem.
• Normalizace - nelineární transformace objemu mozku do Talairachova prostoru
• Vyhlazení - odstranění prudkých změn intenzity v obraze
Registrace 9
Předzpracování funkčních snímků 10
Po: registraci, normalizaci a vyhlazeníPůvodní funkční snímek
Předzpracování ANATOMICKÝCH
snímků pomocí programůMRIcro a SPM
Předzpracování anatomických snímků 12
MRIcro:
• Konverze z formátu DICOM do formátu Analyze, který používá SPM - anatomické snímku již nejsou v mosaice
SPM:
• Registrace a normalizace - proběhne podle parametrů vypočítaných při registraci a normalizaci fčních snímků.
• Segmentace - oddělení mozkomíšního moku, šedé kůry a bílé hmoty do samostatných objemů
• Nalezení „povrchu“ šedé kůry
Segmentace 13
Anatomickýsnímek
Šedá kůramozková
Bílá hmota Mozkomíšnímok
Rekonstrukce šedé kůry mozkové 14
Statistické vyhodnocení funkce mozku pomocí
programu SPM
Statistické vyhodnocení 16
SPM:
• Specifikace modelu experimentu - závisí na statistické metodě:
• My jsme pro vyhodnocení použili tzv.: General Linear Model
• Vyhodnocení dat podle specifikovaného modelu
• Vizualizace výsledků
Popis experimentu 17
Vizualizace výsledků 18
Maximum Intensity Projection
Tailarachův prostor
Vizualizace výsledků 19
Sagitální,
koronální a
transverzální
řez mozkem s doplněnou funkční informací
Vizualizace výsledků 20
Aktivace zobrazená na šedé kůře mozkové
Vizualizace výsledků 21
Aktivace na šedé kůře:
Jiný způsob vizualizace - je zde vidět jak anatomická, tak funkční informace
Reference 22
Veškeré informace o problematice „Statistical Parametric Mapping“u nelzenete zde:
[SPM99] Members & collaborators of the Wellcome Department of Cognitive Neurology: Statistical Parametric Mapping, 2001. Dokument dostupný na URL http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/ (únor 2001).
[MRIcro] Rorden Chris: MRIcro, free Medical Imaging Software, University of Nottingham, 2000, Dokument dostupný na URL http://www.psychology.nottingham.ac.uk/staff/cr1/mricro.html (únor 2001).
Zde naleznete informace o konverzi DICOM obrázků do formátu Analyze a jejich předzpracování: