UCSC Genome Bioinformatics - molsim.sci.univr.itmolsim.sci.univr.it/2012_biocomp/presentazione_UCSC.pdf · funzionali del genoma umano, includendoli a ... Questo primo strumento permette

UCSC Genome Bioinformatics

Cos'è? A cosa serve? E' una banca dati che concentra i suoi

contenuti su sequenze di riferimento e bozze di lavoro riguardanti una vasta collezione di genomi.

Al suo interno sono presenti ”tools” che spaziano da tabelle informative fino ad applicazioni di algoritmi per mostrarne l'espressione ,omologia ed altre informazioni riguardo queste collezioni.

Indirizzo web : http://genome.ucsc.edu/

UCSC Genome Bioinformatics

UCSC fornisce un portale con il progetto ENCODE.

”ENCyclopedia Of Dna Elements”, consorzio che prevede una collaborazione di ricerca internazionale fondata dalla National Human Genome Research (NHGRI).

Obiettivo principale di ENCODE è quello di costruire un lista esauriente degli elementi funzionali del genoma umano, includendoli a livello proteico, genetico e RNA.

Genome Browser Questo primo

strumento permette di ingrandire, scorrere cromosomi e individuare la posizione dei geni in esso.

Con la possibilità di espandere a livelli più o meno dettagliati altre informazioni genomiche.

Indirizzo Web default : http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?org=human

Gene Sorter

Altro strumento che mostra espressione, omologia ed altre informazioni su gruppi di geni che possono avere informazioni condivise.

Indirizzo web default: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear?org=human

Blat

Strumento che riesce a mappare velocemente la nostra sequenza genomica desiderata e fare allineamenti con specie diverse presenti nel browser.

Indirizzo Web default: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?org=human

Table Browser

Tool che fornisce un accesso ”conveniente” alla base di dati sottostante.

Indirizzo Web default: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?org=human

VisiGene

Ulteriore strumento che ci permette di fare una ricerca attraverso una vasta collezione di immagini per esaminare modelli di espressione.

Indirizzo Web default: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgVisiGene?org=human

Genome Graphs

Quest'ultimo strumento consente di caricare e visualizzare differenti set di dati di un ampio genoma.

Indirizzo web default: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGenome?org=human

Articoli

Tutte le informazioni relative al UCSC si possono trovare nel dettaglio:

”UCSC genome browser database” ”ENCODE whole genome data UCSC genome

browser”

Esercizio

Trovare gene COX4I1 Qual'è la posizione cromosomica? Cos'è il gene? Dove viene espresso maggiormente? Dove meno?

Dove mai? Trovare informazioni riguardanti:

Sequenze ESTs Isole CpG Percentuale CG

By:

Stefano Cancian VR076787Luca Marcolungo VR084783

Mattia Gabrielli Agnese Lai VR080156

Elisabetta Beneduce VR079934Martina Bonuzzi VR 083367Andrea Bardilli VR066745

Sara Belloni VR079945Roberta Zampieri VR080002

Scegli un gene: Quante ORF contiene? Quanti esoni? Contiene selenocisteine? Ha ortologie? E con chi?

Trova la sequenza di DNA Tramite BLAT trova gli allineamenti

Quante regioni di appaiamento ci sono?

Esercizio-facoltativo

Trova la sequenza di DNA Aggiungi a monte e a valle 50 nucleotidi Crea dei primer con PCR

Soluzioni

A gene that is more highly expressed in a tissue is colored red, and a less expressed gene is shown in green. The values are colored on a logarithmic scale. This coloring is standard, but is the opposite of what an inexperienced user might expect: in this case, red means go and green means stop! Black indicates that a gene is neither over- nor under-expressed in the tissue. Uncolored boxes (white on most browsers) represent missing data.

Matching bases in cDNA and genomic sequences are colored blue and capitalized. Light blue bases mark the boundaries of gaps in either sequence (often splice sites).