TRANSPORTNE RNK Doc. dr Snežana Marković Doc. dr Snežana Marković Doc. dr Snežana Marković Doc. dr Snežana Marković Institut za biologiju i ekologiju nstitut za biologiju i ekologiju Prirodno rirodno-matematički fakultet matematički fakultet Univerzitet u Kragujevcu niverzitet u Kragujevcu
15
Embed
TRANSPORTNE RNK - CPCTAS-LCMBcpctas-lcmb.pmf.kg.ac.rs/lcmb/molekularna biologija/tRNK.pdfSEKUNDARNA STRUKTURA tRNK Model trolisne deteline – H-veze, 4 A-zavojnice, 3 drške sa petljom
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
TRANSPORTNE RNK
Doc. dr Snežana MarkovićDoc. dr Snežana MarkovićDoc. dr Snežana MarkovićDoc. dr Snežana MarkovićIInstitut za biologiju i ekologijunstitut za biologiju i ekologijuPPrirodnorirodno--matematički fakultetmatematički fakultet
UUniverzitet u Kragujevcuniverzitet u Kragujevcu
TRANSPORTNE RNK (tRNK)Adapterski molekuli – vezuju se za kodon i aminokiselinu (AK)Specifičnost pojedinih tRNK prema određenim AK –izoakceptorske tRNKEnzimi aminoacil-tRNK sintetaze katalizuju vezivanje tRNK za AK; 20 specifičnih enzima za izoakceptorske tRNKSpecifičnost aminoacil-tRNK sintetaza za tRNK se zasniva na prepoznavanju tercijerne strukture tRNKprepoznavanju tercijerne strukture tRNKPRIMARNA STRUKTURA tRNK– 70-90 nukleotida, 4S– Nepromenljivi i polupromenljivi nizovi– Modifikovane baze (metilacija, restruktuiranje puri nskog prstena)– Metil grupe na 2’-O atomu riboze– Preko 50 različito modifikovanih nukleozida– Specifični enzimi– TψC.
SEKUNDARNA STRUKTURA tRNKModel trolisne deteline– H-veze, 4 A-zavojnice, 3 drške sa petljom
Akceptorski krak– Nema petlju, od 7 komplementarnih parova baza i jednolančanog niza od 4
nukleotida na 3’ kraju – 5’-CCA-3’, vezuje AK, nakon transkripcije ovaj trip let dodaje nukleotidil
transferaza
T krak (T ψC) - spiralizovani deo od 5 bp i T krak (T ψC) - spiralizovani deo od 5 bp i
petlju od 7 nukleotida
Antikodonski krak – drška od 5 bp i
petlja od 7 nukleotida sa antikodonom
D krak (dihidrouridinski krak) –
drška od 3-5 bp i petlja od 8-12 nukleotida
Dužine tRNK od 74-95 nukleotida
(različita dužina D kraka i promenljive petlje)
TERCIJARNA STRUKTURA tRNKTercijerna struktura obezbeđuje specifičnost tRNKDve zavojnice, oblik slova L (akceptorski i TψC krak, antikodonski i D krak)– Razlikuje se veličina ugla L– Tercijerne H-veze
AKTIVACIJA AK - interakcijaaminoacil-tRNK sintetaze sa tRNKtRNK određuju mesto AK u polipeptidnom lancuAktivacija AK – AK se COOH krajem vezuju za 3’ kraj tRNKEnzimi aminoacil-tRNK sintetaze– Svaki prepoznaje jednu AK i
odgovarajuće izoakceptorske tRNKodgovarajuće izoakceptorske tRNK– Za prepoznavanje je bitna prostorna
orijentacija akceptorskog kraka, drške D i antikodonske drške
Korekcioni mehanizmi (ciklusi vezivanja i hidroliza – kinetička selektivnost enzima)– Vezivanje bilo koje AK za tRNK, ako
je par odgovarajući veza se stabilizuje konformacionom promenom enzima
AMP
Genetički kod – skup svih kodona i odgovarajuća šifra kodon-aminokiselinaUniverzalan
INTERAKCIJA KODON -ANTIKODONGenetički kod je izrođen (AK=više kodona)– Razlika u trećem nukleotidu kodona– Sparivanje kodona (5’-3’) sa antikodonom (3’-5’) je antiparalelno– Prva baza antikodona je kolebljiva– “Kolebanje” je moguće zbog specifične konformacije antikodonske petlje
u tRNK (prisustvo modifikovanih baza)
Preko 40 različitih tRNK; efikasna zaštita od mutacijaefikasna zaštita od mutacija
SUPRESORSKE tRNKSupresori – mutacije koje omogućavaju da se suprimira efekat neke prethodne mutacijeNefunkcionalan protein zbog zamene neke AK ili prerane terminacije (besmislena mutacija)Supresorska mutacija u antikodonu tRNK prepoznaje stop kodon, ali ugrađuje neku AKSupresorske tRNK su u kompeticiji sa faktorima terminacije Supresorske tRNK su u kompeticiji sa faktorima terminacije translacijeEfikasnost zavisi od njihove koncentracije u ćeliji, ali je aktivnost strogo regulisanaSupresorske tRNK koje suprimiraju efekte insercije ili delecije nukleotida u DNK
MALE NEKODIRAJU ĆE RNK
snRNK – male nuklearne RNK (za splajsovanje primarnog transkripta, formiranje ribozoma)– Pol III
Procesi RNK interferencije (RNAi) koriste nekodirajuće male RNK da bi se regulisali procesi transkripcije (modifikacija histona), splajsovanja i translacije; represija gena.
ncRNK - male nekodirajuće RNK: dsRNK - dvolančane RNK → seku ih dajser enzimi → siRNK - male interferentne RNK – u okviru utišavajućih kompleksa (RISC) interferentne RNK – u okviru utišavajućih kompleksa (RISC) utišavaju ili zaklju čavaju virusne i ostale genemiRNK – mikro RNK (kodirane posebnim genima, intronima, nekodirajućim nizovima); regulišu (utišavaju, zaključavaju) ekspresiju onkogena, transpozona piRNK (Piwi-associated), male 25–30 nukleotida, nastaju izjednolančanih prekursora, važne za razvoj germinativnihćelija .....