TESIS PENYEBARAN GALUR METHICILLIN …repository.unair.ac.id/29457/1/HALAMAN DEPAN.pdf · Sidik Jari Fenotipik . Antibiogram ”. Saya menyadari bahwa tesis ini dapat terselesaikan

TESIS

PENYEBARAN GALUR METHICILLIN-RESISTANT Staphylococcus

aureus (MRSA) PADA PASIEN KELUAR RUANG RAWAT INAP

BEDAH DAN PENYAKIT DALAM RSUD Dr. SOETOMO SURABAYA

BERDASARKAN SIDIK JARI FENOTIPIK ANTIBIOGRAM

AIMA INSANA

PROGRAM STUDI ILMU KEDOKTERAN DASAR

JENJANG MAGISTER FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS AIRLANGGA

2016

ADLN-PERPUSTAKAAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

PENYEBARAN GALUR METHICILLIN...TESIS AIMA INSANA

TESIS





AIMA INSANA

011314153011

PROGRAM STUDI ILMU KEDOKTERAN DASAR



2016



iii





TESIS

Untuk memperoleh Gelar Magister

Dalam Program Studi Ilmu Kedokteran Dasar

Pada Jenjang Magister Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga

Oleh :

AIMA INSANA

011314153011



SURABAYA

Tanngal 3 Februari 2016





v

HALAMAN PENETAPAN PANITIA PENGUJI TESIS

Telah diuji pada tanggal 3 Februari 2016

PANITIA PENGUJI TESIS

Ketua : Prof. Usman Hadi, dr., Ph.D., Sp.PD, K-PTI

Anggota : 1. Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., Sp.MK(K)

2. Dr. Marijam Purwanta, Dra., M.Sc., Apt.

3. Kartuti Debora, dr., MS., Sp. MK(K)

4. Dr. Sri Umijati, dr., MS.

5. Dr. Budi Utomo, dr., M.Kes



vi

UCAPAN TERIMA KASIH

Alhamdulillah, puji dan syukur saya ucapkan ke hadirat Allah Yang Maha

Kuasa atas limpahan berkah dan rahmat-Nya sehingga saya dapat menyelesaikan

tesis dengan judul “Penyebaran Galur Methicillin-Resistant Staphylococcus

aureus (MRSA) pada Pasien Keluar Ruang Rawat Inap Bedah dan Penyakit

Dalam RSUD Dr. Soetomo Surabaya berdasarkan Sidik Jari Fenotipik

Antibiogram”.

Saya menyadari bahwa tesis ini dapat terselesaikan berkat adanya

dorongan, bantuan dan bimbingan dari berbagai pihak, baik dari Fakultas

Kedokteran Universitas Airlangga, RSUD Dr. Soetomo, Politeknik Kesehatan

Kementerian Kesehatan Banjarmasin dan institusi lain yang tidak bisa saya

sebutkan satu persatu. Oleh karena itu saya mengucapkan terima kasih kepada:

1. Prof Dr. Kuntaman, dr., MS., Sp.MK(K) beserta tim SMART Study yang

telah memberikan ijin penggunaan isolat MRSA untuk dapat digunakan dalam

penelitian ini.

2. Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., Sp.MK (K) selaku pembimbing ketua yang

dengan penuh pengertian, ketelitian dan kesabaran dalam membimbing selama

ini.

3. Dr. Marijam Purwanta, Dra., M.Sc., Apt. selaku pembimbing yang telah

memberikan bimbingan, pengarahan dan semangat dalam menyelesaikan

penulisan tesis ini,

4. Prof. Usman Hadi, dr., Ph.D., Sp.PD., K-PTI, Kartuti Debora, dr., MS.,

Sp.MK (K), Dr. Sri Umijati, dr., MS., dan Dr. Budi Utomo, dr., M.Kes. selaku



vii

penguji yang telah memberikan masukan dan saran dalam ujian proposal dan

sidang tesis sehingga tesis ini dapat terselesaikan dengan baik.

5. Rektor Universitas Airlangga Prof. Dr. Moh. Nasih, SE., MT., Ak, CMA dan

Rektor periode sebelumnya Prof. Dr. H. Fasich, Apt. beserta segenap jajaran

yang telah memberikan kesempatan untuk menempuh pendidikan di Program

Studi Ilmu Kedokteran Dasar Jenjang Magister Fakultas Kedokteran

Universitas Airlangga.

6. Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga Prof. Dr. Soetojo, dr., Sp.U

(K) dan dekan periode sebelumnya Prof. Dr. Agung Pranoto, dr., M.Kes.,

Sp.PD., K-EMD.FINASIM. beserta segenap jajaran yang telah memberikan

kesempatan untuk menempuh pendidikan di Program Studi Ilmu Kedokteran

Dasar Jenjang Magister Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga.

7. Koordinator Program Studi Ilmu Kedokteran Dasar Jenjang Magister Fakultas

Kedokteran Universitas Airlangga Prof. Dr. Kuntaman, dr., MS., Sp.MK (K)

dan Koordinator Program Studi Ilmu Kedokteran Dasar periode sebelumnya

Dr. Susilowati Andajani, dr., M.S. beserta tim administrasi Mas Ragil dan

Mbak Puji yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk dapat

menempuh dan menyelesaikan pendidikan di Program Studi Ilmu Kedokteran

Dasar.

8. Ketua Minat Studi Mikrobiologi Kedokteran Program Studi Ilmu Kedokteran

Dasar Jenjang Magister Abu Rohiman, dr., MS., Sp.MK (K) beserta para

dosen dan staf Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas

Airlangga yang telah memberikan bimbingan dan ilmu pengetahuan serta

telah mendidik dengan penuh kesabaran.



viii

9. Direktur Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Banjarmasin H.

Mahpolah, M.Kes. dan direktur periode sebelumnya H. Alfian Yusuf, S.KM.,

S.Pd., M.Kes beserta segenap jajaran yang telah memberikan tugas kepada

saya untuk belajar di Program Studi Ilmu Kedokteran Dasar Jenjang Magister

Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga.

10. Pusat Standarisasi Sertifikasi dan Pendidikan Berkelanjutan Sumber Daya

Manusia Kesehatan Badan PPSDMK Kementerian Kesehatan RI dan

Politeknik Kesehatan Banjarmasin yang telah memberikan bantuan dana

pendidikan kepada saya untuk belajar di Program Studi Ilmu Kedokteran

Dasar Jenjang Magister Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga

11. Direktur RSUD Dr. Soetomo Surabaya (Plt) dr. Harsono dan dr. Dodo

Anondo, MPH beserta segenap jajaran yang telah memberikan ijin dan

fasilitas selama penelitian.

12. Kepala Departemen Mikrobiologi Kedokteran Fakulltas Kedokteran

Universitas Airlangga Dr. Eko Budi Koendhori, dr., M.Kes., Sp.MK dan

Kepala Departemen Mikrobiologi Kedokteran Fakulltas Kedokteran

Universitas Airlangga periode sebelumnya Prof. Dr. Ni Made Martiniasih, dr.,

MS., Sp.MK beserta segenap jajaran yang telah memberikan ijin dan fasilitas

selama penelitian.

13. Kepala Instalasi Mikrobiologi Klinik RSUD Dr. Soetomo Surabaya Prof. Dr.

Eddy Bagus Wasito, dr., MS., Sp.MK (K) beserta segenap jajaran yang telah

memberikan ijin dan fasilitas selama penelitian.

14. Ayahanda Imansyah, Ibunda Siti Aisyah, kakak Ahrina Maulidiya kakak ipar

M. Rohandi, keponakan tercinta Ahsanu Taqli Genio dan Ash Shaba Shidqi



ix

Ramadhan serta semua keluarga yang selalu memberikan motivasi dan doa

untuk bisa menyelesaikan pendidikan ini.

15. Teman-teman Minat Studi Mikrobiologi Kedokteran angkatan tahun 2013:

Putri Kartika Sari, S.Si.,M.Si., Viranda Sutanti, drg., M.Si., dan Mardiana

Lelitawati, S.Si., M.Si yang selalu memberikan dukungan, semangat serta

selalu bersama dalam suka dan duka.

16. Teman-teman Program Studi Ilmu Kedokteran Dasar Jenjang Magister

Fakultas Kedokteran Dasar Universitas Airlangga angkatan tahun 2013 yang

telah memberikan dukungan dan semangat dalam menyelesaikan pendidikan

ini.

Semoga bantuan dan dukungan yang diberikan kepada saya mendapat

balasan dari Allah SWT. Akhirnya saya berharap tesis ini dapat bermanfaat bagi

seluruh pembaca sekalian. Aamiin.

Surabaya, Februari 2016

Penulis



x

RINGKASAN


aureus (MRSA) PADA PASIEN KELUAR PADA RUANG RAWAT INAP



Aima Insana

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) merupakan patogen utama terkait infesi yang didapat di rumah sakit (nosocomial infections). Infeksi nosokomial didefinisikan sebagai infeksi yang terjadi pada pasien di rumah sakit atau fasilitas kesehatan lainnya dimana tidak ada tanda atau gejala atau sedang inkubasi infeksi tersebut saat masuk rumah sakit. Infeksi nosokomial merupakan penyebab utama morbiditas, mortalitas dan juga meningkatkan beban biaya bagi pasien. Data prevalensi MRSA di berbagai rumah sakit di belahan dunia bervariasi, berkisar antara 2 – 70% dengan angka rata-rata 20%. Berdasarkan penelitian Kuntaman et al. (2014 unpublised) diketahui prevalensi pasien dengan kolonisasi MRSA di RSUD Dr. Soetomo Surabaya sekitar 8,1 %. Sumber utama MRSA adalah pasien dan petugas kesehatan yang terkolonisasi atau terinfeksi. Transmisi orang ke orang (person-to-person) merupakan bentuk umum penyebaran dan dapat dengan mudah menular melalui kontak langsung maupun tidak langsung. Faktor risiko akuisisi MRSA antara lain terapi antibiotik yang tidak rasional, dekubitus atau luka, perangkat invasif, penyakit autoimun, pasien kanker, HIV/AIDS, pasien hemodialisis, pasien yang menjalani terapi imunosupresif, lama rawat inap di rumah sakit. Tindakan kewaspadaan standar yang baik merupakan tindakan utama untuk mencegah penularan dan penyebaran mikroogranise patogen penyebab infeksi rumah sakit. Metode typing dan pemahaman epidemiologi MRSA memiliki dampak penting dalam mendeteksi galur MRSA, sumber, transmisi dan pengendalian mikroorganisme ini. Antibiogram typing merupakan salah satu teknik sidik jari secara fenotipik yang melibatkan komparasi kerentanan isolat terhadap berbagai antibiotik. Isolat yang berbeda dalam kerentanan terhadap antibiotik dianggap sebagai galur yang berbeda. Isolat dianggap memiliki tipe antibiogram yang berbeda jika setidaknya memiliki satu atau lebih perbedaan kriteria hasil uji antibiogram.

Tujuan penelitian ini adalah menganalisis penyebaran galur MRSA pada pasien keluar ruang rawat inap bedah dan penyakit dalam RSUD Dr. Soetomo Surabaya berdasarkan sidik jari fenotipik antibiogram. Penelitian ini merupakan bagian dari penelitian pohon dengan judul Preventing methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) acquisition and infection in surgical wards and medical wards in Dr. Soetomo Hospital Surabaya (Kuntaman et al., 2014 unpublished). Sampel yang digunakan dalam penelitian ini merupakan koleksi isolat dari penelitian sebelumnya yang telah dilakukan pada bulan Juni sampai Oktober 2014. Empat puluh sembilan isolat yang sesuai dengan kriteria inklusi



xi

penelitian berasal pasien keluar yang teridentifikasi MRSA dari kolonisasi usapan hidung dan tenggorok pasien ruang rawat inap bedah dan ruang rawat inap penyakit dalam. Isolat diambil dari biakan simpanan MRSA usapan hidung dan tenggorok yang telah dikonfirmasi secara fenotipik dengan metode uji katalse, uji peragian manitol pada MSA, uji koagulase menggunakan Staphaurex, CROMagar MRSA dan deteksi gen mecA secara genotipik. Empat puluh sembilan isolat terdiri dari 21 isolat (43%) dari ruang rawat inap bedah dan 28 isolat (57%) dari ruang rawat inap penyakit dalam. Semua isolat dilakukan subkultur pada media Mannitol Salt Agar (MSA) menunjukkan pertumbuhan koloni kuning yang selanjutnya dilakukan analisis antibiogram. Uji antibiogram dilakukan dengan menggunakan metode difusi agar pada media Muller Hinton Agar (MHA) menggunakan 12 antibiotik yaitu amikasin (Ak, 30 μg), siprofloksasin (Cip, 5 μg), klorampenikol (C, 30 μg), klindamisin (Da, 2 μg), eritromisin (Ery, 15 μg), sefoksitin (Fox 30 μg), gentamisin (Gen, 10 μg), penisilin (P, 10U), rifampisin (Rif, 5 μg), trimethoprim-sulfametoksasol (Sxt, 25 μg), tetrasiklin (Te, 30 μg), vankomisin (Va, 30 μg) dan selanjutnya dikelompokkan berdasarkan kriteria CLSI. Pengelompokkan antibiogram berdasarkan kriteria hasil uji antibiogram yaitu resisten, intermediet dan sensitif. Isolat dianggap memiliki tipe antibiogram yang berbeda jika setidaknya memiliki satu atau lebih perbedaan kriteria hasil uji antibiogram. Hasil penelitian analisis antibiogram dari 49 isolat pasien keluar diketahui memiliki 18 tipe antibiogram yaitu tipe 3, 5, 7 , 9, 11, 12, 14, 16, 17, 18, 20, 21, 22, 24, 26, 27, 31 dan 32. Tipe antibiogram 24 resisten terhadap antibiotik siprofloksasin, sefoksitin, gentamisin, penisilin dan tetrasiklin merupakan tipe yang paling banyak yaitu 17 isolat (34,7%) terdiri dari 10 isolat (59%) dari ruang rawat inap bedah dan 7 isolat (41%) dari ruang rawat inap penyakit dalam. Hal ini menunjukkan tingginya tingkat penyebaran MRSA antar pasien di RSUD Dr. Soetomo Surabaya. Untuk membandingkan penyebaran galur MRSA di ruang rawat inap bedah dan ruang rawat inap penyakit dalam hasil uji antibiogram dilakukan uji Fisher’s exact. Nilai signifikasi isolat yang didapat dari usapan hidung adalah sebesar 0,642 sedangkan pada isolat yang didapat dari usapan tenggorok sebesar 0,698 Hasil ini menunjukkan tidak terdapat perbedaan penyebaran galur MRSA antara ruangan rawat inap bedah dan rawat inap penyakit dalam.

Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa isolat MRSA pasien keluar ruang rawat inap bedah dan penyakit dalam RSUD Dr. Soetomo Surabaya berdasarkan analisis sidik jari fenotipik antibiogram menunjukkan 18 tipe. MRSA di RSUD Dr. Soetomo telah terjadi penyebaran antar pasien dan antar ruang perawatan. Tidak ada perbedaan bermakna tingkat penyebaran MRSA di ruang rawat inap bedah dan ruang rawat inap penyakit dalam.



xii

SUMMARY

THE CLONAL SPREAD OF METHICILLIN-RESISTANT Staphylococcus

aureus (MRSA) STRAINS FROM DISCHARGE PATIENS IN SURGICAL

AND MEDICAL WARDS Dr. SOETOMO HOSPITAL SURABAYA BY

ANTIBIOGRAM FINGER-PRINTING

Aima Insana

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is the primary pathogen related infections acquired in hospital (nosocomial infections). Nosocomial infections is defined as an infection that occurs in patients in hospitals or other health facilities with no signs or symptoms or during incubation period as entered the hospital. Nosocomial infection is the main cause of mortality and morbidity also increase costs for patients. Data on the prevalence of MRSA in hospitals in parts of the world varies, ranging between 2% and 70% with an average of 20%. Kuntaman et al. (2014 unpublised) reported the prevalence of patients with MRSA colonization in Dr. Soetomo Hospital Surabaya approximately 8,1%. The major source of MRSA are patients and health care workers who are colonized or infected. Person-to-person transmission is common and can be easily transmitted through direct or indirect contacts. Risk factors for MRSA acquisition include irrational antibiotic therapy, pressure sores or wounds, invasive devices, autoimmune diseases, cancer patients, HIV / AIDS, hemodialysis patients, patients undergoing immunosuppressive therapy, and length of stay in hospital. Good standard precautions constitute the main action to prevent transmission and spread of pathogenic microorganisms causing hospital infections. Typing method and understanding of the epidemiology of MRSA have a significant impact in detecting MRSA strain, source, transmission and control of these microorganisms. Antibiogram typing is a technique phonotypic finger-printing for comparing susceptibility of isolates to various antibiotics. Isolates that differ in susceptibility to antibiotics is regarded as a different strain. Isolates are considered to have different types of antibiogram if at least have one difference criteria in antibiogram test results. The aim of this study was to analyze the spread of MRSA strains from discharge patients in Dr. Soetomo Hospital Surabaya based on antibiogram finger-printing. This study is part of a grand research titled “Preventing methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) acquisition and infection in surgical wards and medical wards in Dr. Soetomo Hospital Surabaya” (Kuntaman et al., 2014 unpublished). The sample used in this study is a collection of isolates from previous research that has been carried out from June to October 2014. Forty-nine isolates from discharge patients identified MRSA colonization from nose and throat swabs of patients in surgical and medical wards. Isolates were taken from stock cultured of MRSA collected from nose and throat swab confirmed phenotypically with the catalase test, mannitol fermentation test in the MSA,



xiii

coagulase test using Staphaurex, MRSA CROMagar and genotypically by detection of the mecA gene. Forty-nine isolates consisting of 21 isolates (43%) from surgical wards and 28 isolates (57%) from medical wards. All isolates are subcultured onto Mannitol Salt Agar (MSA) resulting all of the samples showed growth of yellow colonies were then analyzed antibiogram. Antibiogram test were performed using disk-diffusion on Muller Hinton Agar (MHA) using 12 antibiotics: amikacin (Ak, 30 mg), ciprofloxacin (Cip, 5 g), chloramphenicol (C, 30 mg), clindamycin (Da, 2 g), erythromycin (Ery, 15 mg), cefoxitin (Fox, 30 g), gentamicin (Gen, 10 g), penicillin (P, 10U), rifampicin (Rif, 5 g), trimethoprim-sulfametoxazol (Sxt, 25 mg ), tetracycline (Te, 30 g), vancomycin (Va, 30 g) and further classified based on CLSI criteria. Grouping of antibiogram test results based on resistant, intermediate and sensitive criteria. Isolates are considered to have different types of antibiogram if at least have one or more difference criteria in antibiogram test results. Antibiogram analysis results 49 isolates from discharge patients are known to have 18 antibiogram types: type 3, 5, 7, 9, 11, 12, 14, 16, 17, 18, 20, 21, 22, 24, 26, 27, 31 and 32. Antibiogram type 24 which are resistant to ciprofloxacin, cefoxitin, gentamicin, penicillin and tetracycline is type with the most isolates viz. 17 isolates (34.7%) consisted of 10 isolates (59%) from surgical wards and 7 isolates (41%) from medical wards. It showed high spread of MRSA between patiens in Dr. Soetomo Hospital, Surabaya. The spread of MRSA strains in surgical and medical wards was conducted with Fisher’s exact test. Significant value of isolates from nose swab is 0.642 and isolates from throat swab is 0.698. This result showed the same spread of MRSA strains between surgical and medical wards. From this study we can conclude that MRSA isolates from discharge patiens in surgical and medical wards Dr. Soetomo Hospital Surabaya based on phenotypic fingerprinting by antibiogram type showed 18 types. MRSA in Dr. Soetomo Hospital has been spread between patients and wards. There is no difference of spread of MRSA in surgical and medical wards.



xiv

ABSTRAK





Latar belakang dan tujuan: MRSA merupakan patogen utama terkait infeksi yang didapat di rumah sakit yang menyebabkan peningkatan morbiditas dan mortalitas. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis penyebaran galur MRSA RSUD Dr. Soetomo Surabaya berdasarkan sidik jari fenotipik antibiogram. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian observasional analitik dengan desain cross-sectional. Sampel penelitian ini adalah 49 isolat pasien keluar yang teridentifikasi MRSA dari kolonisasi usapan hidung dan tenggorok pasien ruang rawat inap bedah dan ruang rawat inap penyakit dalam. Isolat diambil dari biakan simpanan MRSA usapan hidung dan tenggorok yang telah dikonfirmasi secara fenotipik dan genotipik pada penelitian sebelumnya. Uji antibiogram dilakukan dengan menggunakan metode difusi agar pada media Muller Hinton Agar. Antibiotik yang digunakan yaitu amikasin, siprofloksasin, klorampenikol, klindamisin, eritromisin, sefoksitin, gentamisin, penisilin, rifampisin, trimethoprim-sulfametoksasol, tetrasiklin, vankomisin. Pola resistensi MRSA terhadap antibiotik dipergunakan sebagai dasar penentuan tipe antibiogram. Isolat dianggap memiliki tipe antibiogram yang berbeda jika setidaknya memiliki satu atau lebih perbedaan kriteria hasil uji antibiogram. Hasil: Hasil penelitian analisis antibiogram dari 49 isolat menunjukkan 18 tipe. Tipe 24 resisten terhadap siprofloksasin, sefoksitin, gentamisin, penisilin dan tetrasiklin merupakan tipe yang paling banyak yaitu 17 isolat (34,7%) terdiri dari 10 isolat (59%) dari IRNA bedah dan 7 isolat (41%) dari IRNA penyakit dalam. Hal ini menunjukkan tingginya tingkat penyebaran MRSA antar pasien di RSUD Dr. Soetomo Surabaya. Analisis perbedaan tingkat penyebaran antar IRNA bedah dan IRNA penyakit dalam diketahui tidak menunjukkan perbedaan yang bermakna, baik MRSA isolat hidung (p = 0,642), maupun MRSA isolat tenggorok (p = 0,698). Kesimpulan: MRSA di RSUD Dr. Soetomo telah terjadi penyebaran antar pasien dan antar ruang perawatan. Tidak ada perbedaan tingkat penyebaran MRSA diantara IRNA bedah dan IRNA penyakit dalam, RSUD Dr. Soetomo Surabaya.

Kata kunci :Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA, sidik jari fenotipik, antibiogram, penyebaran



xv

ABSTRACT

THE CLONAL SPREAD OF METHICILLIN-RESISTANT Staphylococcus

aureus (MRSA) STRAINS FROM DISCHARGE PATIENS IN SURGICAL

AND MEDICAL WARDS Dr. SOETOMO HOSPITAL SURABAYA BY

ANTIBIOGRAM FINGER-PRINTING

Background and Aims: MRSA is a major pathogen associated infections acquiredin the hospitals cause increased morbidity and mortality. The aim of this study was to analyze clonal spread of MRSA strains from discharge patiens in Dr.Soetomo Hospital based on antibiogram finger-printing. Methods: This study was an analytic observational study using cross-sectional design. The samples were 49 isolates patients on discharge in surgical and medical wards colonized with MRSA in nose and throat. Isolates were taken from stock culture of MRSA collected from nose and throat swab confirmed by phenotypic and detection of the mecA gene in previous studies. Antibiogram used diffusion agar method in Muller Hinton Agar. Antibiotics using in the test were amikacin, ciprofloxacin, chloramphenicol, clindamycin, erythromycin, cefoxitin, gentamicin, penicillin, rifampicin, trimethoprim-sulfamethoxazole, tetracycline, and vancomycin. Antibiotic resistant pattern of MRSA were used to classify antibiogram type. Isolates were considered to belong to different antibiotypes if at least one or more difference was observed. Result : Antibiogram analysis of 49 isolates showed 18 types. Type 24, the predomimant resistance pattern was ciprofloxacin, cefoxitin, gentamicin, penicillin and tetracycline occured in 17 isolates (34,7%) consisted of 10 isolates (59%) from surgical wards and 7 isolates (41%) from medical wards. It showed high spread of MRSA between patiens in Dr. Soetomo Hospital, Surabaya. Clonal spread analisys in surgical and medical wards showed no significant difference, MRSA nose swab (p = 0,642) throat swab (p = 0,698). Conclusion: MRSA in Dr.Soetomo Hospital has spread between patients and wards. There is no difference of spread of MRSA in surgical and medical wards Dr. Soetomo Hospital, Surabaya. Keywords: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA, finger-printing,

antibiogram, clonality



xvi

DAFTAR ISI

Halaman

SAMPUL DEPAN ...................................................................................... i SAMPUL DALAM ..................................................................................... ii PRASYARAT GELAR ............................................................................... iii HALAMAN PENGESAHAN ..................................................................... iv HALAMAN PENETAPAN PANITIA PENGUJI TESIS ........................... v UCAPAN TERIMA KASIH ........................................................................ vi RINGKASAN .............................................................................................. x SUMMARY ................................................................................................. xii ABSTRAK ................................................................................................... xiv ABSTRACT ................................................................................................. xv DAFTAR ISI ............................................................................................... xvi DAFTAR GAMBAR .................................................................................. xviii DAFTAR TABEL ........................................................................................ xix DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... xx DAFTAR SINGKATAN ............................................................................ xxi BAB 1 PENDAHULUAN .......................................................................... 1 1.1 Latar Belakang ....................................................................... 1 1.2 Rumusan Masalah .................................................................. 5 1.3 Tujuan Penelitian ................................................................... 5 1.3.1 Tujuan umum ......................................................................... 5 1.3.2 Tujuan khusus ........................................................................ 5 1.4 Manfaat Penelitian ................................................................. 5 1.4.1 Manfaat umum ....................................................................... 5 1.4.2 Manfaat khusus ...................................................................... 6 BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA ................................................................. 7 2.1 Infeksi Nosokomial ................................................................ 7 2.2 Staphylococcus aureus ........................................................... 11 2.2.1 Klasifikasi, morfologi dan sifat pertumbuhan .............................. 11 2.2.2 Faktor virulensi dan patogenesis ................................................ 12 2.3 Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) .................... 14 2.3.1 Epidemiologi MRSA ............................................................. 15 2.3.2 Faktor risiko MRSA .............................................................. 17 2.3.3 Infeksi MRSA ........................................................................ 18 2.4 Penyebaran MRSA ................................................................ 19 2.5 Mekanisme Resistensi MRSA ............................................... 20 2.6 Teknik Typing MRSA .................................................................... 22 2.6.1 Metode secara fenotipik ......................................................... 23 2.6.2 Metode secara genotipik ........................................................ 24 2.7 Sidik Jari Fenotipik Antibiogram .......................................... 26



xvii

BAB 3 KERANGKA KONSEPTUAL DAN HIPOTESIS PENELITIAN . 28 3.1 Kerangka Konseptual ............................................................. 28 3.2 Hipotesis Penelitian ............................................................... 30 BAB 4 MATERI DAN METODE PENELITIAN ..................................... 31 4.1 Jenis dan Rancangan Penelitian ............................................. 32 4.2 Populasi, Sampel, Besar Sampel dan Teknik Pengambilan Sampel .............................................................. 32 4.2.1 Populasi .................................................................................. 32 4.2.2 Sampel ................................................................................... 33 4.2.3 Besar sampel .......................................................................... 33 4.2.3 Teknik pengambilan sampel .................................................. 33 4.3 Variabel Penelitian dan Definisi Operasional ........................ 33 4.3.1 Variabel penelitian ................................................................. 33 4.3.2 Definisi operasional ................................................................ 34 4.4 Bahan Penelitian .................................................................... 34 4.5 Instrumen Penelitian .............................................................. 34 4.6 Lokasi dan Waktu Penelitian ................................................. 35 4.7 Prosedur Pengambilan dan Pengumpulan Data ..................... 35 4.7.1 Pembuatan media Mannitol salt agar .................................... 35 4.7.2 Pembuatan media Mueller Hinton agar ................................. 35 4.7.3 Subkultur isolat MRSA .......................................................... 36 4.7.4 Uji antibiogram ....................................................................... 36 4.8 Cara Pengolahan dan Analisis Data ....................................... 37 BAB 5 HASIL PENELITIAN DAN ANALISIS DATA ............................ 38 5.1 Sidik Jari Fenotipik Antibiogram .......................................... 39 5.2 Penyebaran MRSA ................................................................ 42 BAB 6 PEMBAHASAN .............................................................................. 43 6.1 Sidik Jari Fenotipik Antibiogram .......................................... 43 6.2 Penyebaran MRSA ................................................................ 46 BAB 7 PENUTUP ....................................................................................... 51 7.1 Kesimpulan ............................................................................. 51 7.2 Saran ....................................................................................... 51 DAFTAR PUSTAKA ................................................................................. 53 LAMPIRAN ................................................................................................ 60



xviii

DAFTAR GAMBAR

Halaman

Gambar 2.1 Pewarnaan Gram Staphylococcus aureus ............................ 12 Gambar 2.2 Resistensi metisilin pada Staphylococcus aureus dengan

modifikasi struktural situs target .......................................... 21 Gambar 2.3 Fitur umum metode typing secara molekuler ....................... 25 Gambar 3.1 Skema kerangka konseptual ................................................. 28 Gambar 4.1 Rancangan penelitian ........................................................... 32 Gambar 5.1 Hasil uji antibiogram metode difusi agar menggunakan 12 antibiotik ............................................................................... 40



xix

DAFTAR TABEL

Halaman

Tabel 5.1 Distribusi dan Frekuensi Isolat MRSA Berdasarkan Usapan Spesimen dan Ruang Rawat Inap ........... 39 Tabel 5.2 Tipe Antibiogram Isolat MRSA berdasarkan Kriteria Resisten, Intermediet dan Sensitif ............................................. 41



xx

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Lampiran 1. Laik etik penelitian ................................................................ 60 Lampiran 2. Surat keterangan telah melakukan penelitian ........................ 61 Lampiran 3. Surat ijin penggunaan isolat .................................................. 62 Lampiran 4. Denah RSUD Dr. Soetomo Surabaya .................................... 63 Lampiran 5 Kriteria interpretasi diameter zona hambat antibiotik (CLSI) .................................................................................... 64 Lampiran 6. Hasil analisis statistik ........................................................... 65 Lampiran 7. Dokumentasi penelitian ........................................................ 67



xxi

DAFTAR SINGKATAN

AFLP : amplified fragment length polymorphism AK : amikasin AMP : ampisilin APD : alat pelindung diri CA-MRSA : community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus CHL : klorampenikol CIP : siprofloksasin CLSI : clinical and laboratory standards institute CoNS : coagulase-negative Staphylococcus DA : klindamisin DNase : deoksiribonuklease ERY : eritromisin FOX : sefoksitin GEN : gentamisin HA-MRSA : hospital-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus HIV/AIDS : human immunodefficiency virus / acquired immunodeficiency

syndrome I : intermediet ICU : intensive care unit ISK : Infeksi saluran kemih MGE : mobile genetic element MHA : Mueller-Hinton agar MLEE : multilocus enzyme electrophoresis MLST : multilocus sequence typing MRSA : methicillin-resistant Staphylococcus aureus MSA : mannitol salt agar PEN : penisilin PBP : penicillin binding protein PFGE : pulsed-field gel electrophoresis PVL : panton-valentine leukocidin R : resisten RAPD : randomly amplified polymorphic DNA RIF : rifampisin RS : rumah sakit RSUD : rumah sakit umum daerah S : sensitif SCCmec : Staphylococcal cassette chromosomes mec SIRS : Systemic Inflammatory Response Syndrome

SSTIs : soft and skin tissue infections SSLT : single locus sequence typing spa-typing : Staphylococcal protein A typing STX : trimetoprim/sulfametoksazol TET : tetrasiklin TSST-1 : toxin shock syndrome toxin-1



xxii

VA : vankomisin VRSA : vancomycin- resistant Staphylococcus aureus VRE : vancomycin-resistant Enterococci WHO : world health organization



TESIS PENYEBARAN GALUR METHICILLIN …repository.unair.ac.id/29457/1/HALAMAN DEPAN.pdf · Sidik Jari Fenotipik . Antibiogram ”. Saya menyadari bahwa tesis ini dapat terselesaikan

Documents