Termin Thema 20. Okt Microarray-Technologien, Grundlagen der Datenanalyse 27. Okt Normalisierung von Microarrays I 3. Nov Normalisierung von Microarrays II 10.Nov Varianzanalyse I (Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen) 17. Nov Varianzanalyse II (Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen) 24. Nov Varianzanalyse III (Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen) 1. Dez Clusterverfahren 8. Dez Klassifikation I 15. Dez Klassifikation II 22. Dez Bayessche Netzwerke/MCMC I 5. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC II 12. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC III 19. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC IV 26. Jan Modellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen I 2. Feb Modellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen II 9. Feb Zusammenfassung, Wiederholung, Ausblick 16. Feb Klausur
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Termin Thema 20. Okt Microarray-Technologien, Grundlagen der Datenanalyse 27. Okt Normalisierung von Microarrays I 3. Nov Normalisierung von Microarrays.
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TerminThema
20. Okt Microarray-Technologien, Grundlagen der Datenanalyse
27. Okt Normalisierung von Microarrays I
3. Nov Normalisierung von Microarrays II
10.NovVarianzanalyse I(Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen)
17. Nov
Varianzanalyse II(Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen)
24. NovVarianzanalyse III(Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen)
1. Dez Clusterverfahren
8. Dez Klassifikation I
15. Dez Klassifikation II
22. Dez Bayessche Netzwerke/MCMC I
5. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC II
12. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC III
19. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC IV
26. JanModellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen I
2. Feb Modellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen II
9. Feb Zusammenfassung, Wiederholung, Ausblick
16. FebKlausur
Zellen isolieren
mRNA isolieren und cDNA synthetisieren
Transkript mit Anchor Enzym schneiden
„Taggen“
Ligieren der Tags
Sequenzierung
Quantifizierung
SAGE – Serial Analysis of Gene Expression
Trends in BiotechHess et al, 19(11),2001
-> Schätzung für Hintergrund und Signal
cDNA-Arrays: Bildanalyse
Affy-Arrays: Signalabhängigkeitvom Sequenzgehalt
Mitt
lere
Roh
inte
nsitä
t
Mitt
lere
Roh
inte
nsitä
t
Analyse von mRNAC-,U- Markierung
Analyse von DNAEndmarkierung
Affy-Arrays: Bildanalyse
Lokal verschiedener Hintergrund
Artefakte
Northern Blot
Unterschiede in den Promotoren
Regulation der Transkription
Regulation der mRNA-Stabilität
cDNADNA-RNA-Hybrid
DoppelsträngigecDNA
cRNA
Biotin markiertecRNA
~100 ng Poly-A - RNA
RNase-H Verdau
~1 ng Poly-A - RNA
Reverse Transkriptionmit Oligo-dT-T7 - Primern
Reverse TranskriptionMit Random-Hexamer - Primern
Invitro - Transkription
Invitro – Transkription mit Biotin markierten dCTP‘s und dUTP‘s