ula ientífica 23/08/08 Introducción a la Bioinformática Introducción a la Bioinformática 1 Ejemplos de uso de la Bioinformática 1. Clasificación de un hongo, comparando una secuencia suya con las de una base de datos para determinar si las hay similares 2. Visualización de estructuras moleculares en tres dimensiones 3. Introducción al análisis de secuencias
las ciencias de la biologia aopyadas en la informatica
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23/08/08 Introducción a la BioinformáticaIntroducción a la Bioinformática 1
Ejemplos de uso de la Bioinformática
1. Clasificación de un hongo, comparando una secuencia suya con las de una base de datos para determinar si las hay similares
2. Visualización de estructuras moleculares en tres dimensiones
3. Introducción al análisis de secuencias
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Ejemplo 1: Identificación de un hongo
• Unos investigadores han detectado una infección fúngica en un cultivo agrario.
• En caso de duda en la identificación directa (crecimiento lento del hongo, características morfológicas similares entre varias especies, etc.) se puede plantear la alternativa siguiente:– Secuenciar un fragmento del ADN del hongo– Buscar en bases de datos moleculares intentando
encontrar la misma secuencia o una lo más similar posible (“DB homology search”)
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Ej. 1.1 Secuencia característica
• Obtenemos la secuencia siguiente• gtttacgctctacaaccctttgtgaacatacctacaactgttgcttcggcgggtagggtctccgcgaccctcccggcctcccgcctccgggcgggtcggcgcccgccggaggataaccaaactctgatttaacgacgtttcttctgagtggtacaagcaaataatcaaaacttttaacaaccggatctcttggttctggcatcgatgaagaacgcagcgaaatgcgataagtaatgtgaat
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1. Vía internet accedemos al EBI: European Bioinformatics Institute
2. Aquí escogemos la opción “Tools” y 1. Seleccionamos Fasta3 2. Seleccionamos en DATABASES :
Nucleic ACIDS , FUNGI
3. Enganchamos la secuencia y hacemos la consulta
3. Obtendremos un listado de especies ordenado de mayor a menor similitud
Ej. 1.2 Búsqueda de la secuencia en una base de datos
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