UC Risques sanitaires environnementaux et alimentaires pour l’Homme Page 1 TD Analyse de données pour l’évaluation de l’exposition Octobre 2014 1 Contexte et objectif du TD Pour réaliser une évaluation de l’exposition d’une population à un contaminant chimique, plusieurs sources de données sont nécessaires : des données de consommations alimentaires d’une part et des données de composition des aliments d’autre part. La précision de l’évaluation de l’exposition dépend à la fois de la méthodologie employée et des données utilisées. Les données utilisées proviennent la plupart du temps de fournisseurs différents et ont souvent été produites pour des objectifs différents. Un travail d’analyse et de préparation des données est donc nécessaire avant tout calcul. Ce travail de préparation permet d’utiliser correctement les données et de pouvoir exploiter les résultats au mieux. L’objectif de ce TD est de découvrir les problématiques de gestion et de traitements des données auxquelles nous sommes confrontés au cours d’une analyse du risque alimentaire. Dans ce TD, nous souhaitons mener une évaluation de l’exposition d’une population au plomb. Il s’articulera en 3 phases : - Apprendre à faire un calcul d’exposition - Analyser et préparer les données de consommation - Analyser et préparer les données de contamination Pour simplifier ce TD, nous nous abstenons des problématiques de conversion d’unités et supposerons que les chiffres présentés sont dans des unités de mesure cohérentes. Ce TD se déroule sur 3 heures : vous devez donc consacrer environ 1 heure pour chacune des phases. Ce que vous devez rendre à la fin du TD A la fin de ce TD, vous devez remettre les fichiers Excel correspondant à votre travail effectué pendant ce TD. Sur le lecteur réseau TD dans le dossier UC_Risque_Analyse_Donnees/Rendu, créez un dossier avec les noms de famille de votre binôme (par exemple Dupont_Durand). Dans la suite de ce document, nous ferons référence à ce dossier sous le terme dossier_de_votre_binome.
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UC Risques sanitaires environnementaux et alimentaires pour l’Homme Page 1
TD Analyse de données pour l’évaluation de l’exposition Octobre 2014
1 Contexte et objectif du TD
Pour réaliser une évaluation de l’exposition d’une population à un contaminant chimique, plusieurs sources
de données sont nécessaires : des données de consommations alimentaires d’une part et des données de
composition des aliments d’autre part. La précision de l’évaluation de l’exposition dépend à la fois de la
méthodologie employée et des données utilisées.
Les données utilisées proviennent la plupart du temps de fournisseurs différents et ont souvent été produites
pour des objectifs différents. Un travail d’analyse et de préparation des données est donc nécessaire avant
tout calcul. Ce travail de préparation permet d’utiliser correctement les données et de pouvoir exploiter les
résultats au mieux.
L’objectif de ce TD est de découvrir les problématiques de gestion et de traitements des données auxquelles
nous sommes confrontés au cours d’une analyse du risque alimentaire. Dans ce TD, nous souhaitons mener
une évaluation de l’exposition d’une population au plomb.
Il s’articulera en 3 phases :
- Apprendre à faire un calcul d’exposition
- Analyser et préparer les données de consommation
- Analyser et préparer les données de contamination
Pour simplifier ce TD, nous nous abstenons des problématiques de conversion d’unités et supposerons que
les chiffres présentés sont dans des unités de mesure cohérentes.
Ce TD se déroule sur 3 heures : vous devez donc consacrer environ 1 heure pour chacune des phases.
Ce que vous devez rendre à la fin du TD
A la fin de ce TD, vous devez remettre les fichiers Excel correspondant à votre travail effectué pendant ce TD.
Sur le lecteur réseau TD dans le dossier UC_Risque_Analyse_Donnees/Rendu, créez un dossier avec les noms
de famille de votre binôme (par exemple Dupont_Durand).
Dans la suite de ce document, nous ferons référence à ce dossier sous le terme dossier_de_votre_binome.
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2 TD 1 – calculer une exposition
L’objectif de ce TD est de réaliser un premier calcul d’exposition à partir de données déjà préparées.
Où trouver les données pour le TD ?
L’ensemble des fichiers nécessaires pour le TD 1 se trouvent sur le lecteur réseau TD dans le dossier
UC_Risque_Analyse_Donnees/TD1.
FAITES UNE COPIE DE CE DOSSIER SUR VOTRE ESPACE DISQUE N:/
2.1 Réaliser un calcul d’exposition
Dans cette partie, nous allons travailler sur le fichier calcul_exposition_plomb.xls, plus précisément avec les
feuilles intitulées matrice_contamination et matrice_consommation_ENQ1.
La feuille intitulée matrice_contamination contient une matrice représentant la moyenne des teneurs en
plomb pour plusieurs groupes d’aliments. Cette matrice a été réalisée à partir d’un ensemble de teneurs en
plomb mesurées dans différents aliments puis regroupées selon différents groupes d’aliments.
La feuille intitulée matrice_consommation_ENQ1 contient une matrice représentant la consommation
hebdomadaire en différents groupes d’aliments d’une population d’individus ayant répondus à une enquête
de consommation que nous nommerons ENQ1. Ces consommations ont été divisées par le poids des individus.
Description des champs de la feuille matrice_consommation_ENQ1
Nom du champ Description
identi Identifiant de la personne ayant répondu à l’enquête
libellegroupe Libellé du groupe aliments consommés
SommeDeqte Sommes des quantités consommées divisées par le poids de l’individu
Notre objectif dans cette partie est de calculer l’exposition de notre population au plomb pour les groupes
aliments Abats et Crustacés et mollusques.
Question 1 : Avant de faire le calcul d’exposition proprement dit, nous devons préparer nos données de
consommation : nous devons filtrer les consommations et ne conserver que celles correspondant aux groupes
d’aliments désirés pour pouvoir les multiplier avec les moyennes de contamination correspondantes.
- Construisez un tableau croisé dynamique représentant les sommes des consommations des individus
de l’enquête ENQ1 en Abats et en Crustacés et mollusques. Vous placerez notamment dans le tableau
croisé dynamique :
o la variable identi dans la zone champs de ligne
o la variable libellegroupe dans la zone de champs de colonne.
- Renommez la feuille de calcul contenant ce tableau croisé en tableau_ENQ1.
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- Notez que vous n’avez que les consommateurs d’Abats et/ou de Crustacés et mollusques. Faites
apparaitre les non-consommateurs en prenant soin que la quantité affichée dans le tableau soit 0 pour
ces non consommateurs.
- Combien d’individus sont présents dans votre tableau croisé avant l’affichage des éléments sans
Sur le lecteur réseau TD dans le dossier UC_Risque_Analyse_Donnees/Rendu/dossier_de_votre_binome,
créez un dossier TD2. Ajoutez dans ce dossier les fichiers Excel contenant vos réponses. :
- ENQ_1_consommateur.xls
- ENQ_1_conso_semaine.xls
- Il faut maintenant propager la fonction sur les autres intervalles de fréquences.
- Sélectionnez l’ensemble des cellules dans lesquelles il faut propager le calcul de la fréquence
- Tout en gardant ces cellules sélectionnées, appuyez sur la touche F2 puis sur CTRL+MAJ+ENTRÉE.
- Vous devez maintenant avoir une fréquence en face de chaque intervalle.
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4 TD 3 – Analyser et préparer les données de contamination
Certaines méthodes statistiques (notamment les approches probabilistes) sont sensibles à la qualité et la
quantité des données disponibles. Pour pouvoir choisir la méthode de calcul adaptée, il est donc essentiel de
caractériser ses données.
Où trouver les données pour le TD ?
L’ensemble des fichiers nécessaires pour le TD 3 se trouvent sur le lecteur réseau TD dans le dossier
UC_Risque_Analyse_Donnees/TD3.
FAITES UNE COPIE DE CE DOSSIER SUR VOTRE ESPACE DISQUE N:/
4.1 Caractérisation des données de contamination
Dans cette partie, nous allons travailler sur le fichier mesure_plomb.xls. Ce fichier présente les teneurs en
plomb mesurées dans différents aliments. Ces données de contamination se présentent sous la forme de listes
de mesures de contamination organisées en groupe d’aliments. Le tableau ci-dessous décrit les champs de ce
fichier.
Description des champs du fichier mesure_plomb.xls
Nom du champ Description
id_mesure Identifiant de la mesure
id_contaminant Identifiant du contaminant
nom_contaminant Nom du contaminant
id_aliment Identifiant de l’aliment analysé
nom_aliment Nom de l’aliment analysé
id_groupe_aliment Identifiant du groupe aliment
nom_groupe_aliment Nom du groupe aliment
id_laboratoire Identifiant du laboratoire ayant effectué les analyses
unite_mesure Unité de la mesure effectuée
quantite_numerique Quantité de contaminant retrouvé dans l’aliment analysé. Cette valeur est renseignée si la teneur en contaminant dans l’aliment analysé était supérieure à la LOQ. Sinon les 2 colonnes signe_quantite_imprecise et quantite_imprecise_valeur sont renseignées
signe_quantite_imprecise Signe de l’imprécision dans la mesure de contamination. Cette colonne est renseignée si la mesure est inférieure à la LOQ ou la LOD. De plus, la colonne quantite_imprecise_valeur est aussi renseignée.
quantite_imprecise_valeur Quantité imprécise de contaminant retrouvé dans l’aliment analysé. Cette valeur est renseignée si la mesure est inférieure à la LOD ou la LOQ.
loq La limite de quantification associée à la mesure
lod La limite de détection associée à la mesure
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Question 1 :
- Calculez le nombre de mesures disponibles par groupe d’aliments.
- Faites un histogramme représentant les résultats.
- Quelles conclusions en tirez-vous sur les calculs et leurs futures interprétations ?