SVEUČILIŠTE U SPLITU FAKULTET IZMJENE I DOPUNE STUDIJSKOG PROGRAMA Poslijediplomski sveučilišni studij Biofizika SPLIT, svibanj, 2013.
S V E U Č I L I Š T E U S P L I T U
FAKULTET
IZMJENE I DOPUNE STUDIJSKOG PROGRAMA
Poslijediplomski sveučilišni studij Biofizika
SPLIT, svibanj, 2013.
1 Puni naziv studijskog programa
OPĆE INFORMACIJE O STUDIJSKOM PROGRAMU
Prvotni naziv studijskoga programa
Poslijediplomski sveučilišni studij Biofizika
Novi naziv studijskoga programa
Poslijediplomski sveučilišni studij Biofizika
Nositelj studijskoga programa Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Splitu
Sunositelj studijskoga programa
Institut Ruđer Bošković (Zg), Institut za fiziku (Zg), Medicinski fakultet (St), Mediteranski institut za istraživanje života (St)
Vrsta studijskoga programa Stručni studijski program ☐ Sveučilišni studijski program ☒
Razina studijskoga programa
Preddiplomski ☐ Diplomski ☐ Integrirani ☐
Poslijediplomski
sveučilišni ☒
Poslijediplomski
specijalistički ☐
Diplomski
specijalistički ☐
Akademski/stručni naziv koji se stječe po završetku studija
doktor/doktorica prirodnih/biotehničkih/biomedicinskih znanosti iz odgovarajućeg polja (određenog matičnom strukom)
Ukupni broj ECTS bodova 180 ECTS
Ukupni broj ECTS bodova predmeta u kojima je došlo do promjene
kolegij nosi 10 ECTS bodova prije i nakon promjene
Procjena postotka izmjena i dopuna studijskog programa
☒ Manje od 20%
☐ Više od 20%, manje od 40%
☐ Više od 40%
Redni broj izmjene i dopune studijskog programa 1.
Odluka fakultetskog vijeća o prihvaćanju izmjena i dopuna (dostaviti u prilogu)
Preslika dopusnice za studijski program (dostaviti u prilogu)
2 Puni naziv studijskog programa
Popis predmeta u kojima je napravljena izmjena i/ili dopuna
Semestar Predmet ECTS prije
ECTS poslije
Izmjena (navesti u čemu je izmjena)
1. Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa 20P + 4S + 8E + 4LE
Sanja Tomić: 12P + 4S + 2LE
Larisa Zoranić: 8P + 8E + 2LE
10 10 Dolazi do izmjene u izvedbi kolegija zbog smrti prof. Graovca.
Ujedno dolazi do osuvremenjivanje kolegija u sadržaju.
Opis novog predmeta ili predmeta koji je nadopunjen i izmijenjen
NAZIV PREDMETA Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa
Kod PMP501 Godina studija Doktorski studij biofizike
Nositelj/i predmet
Sanja Tomid
Bodovna vrijednost (ECTS)
10
Suradnici Larisa Zoranid
Način izvođenja nastave (broj sati u semestru)
P S V T
20 4 8 4
Status predmeta obavezni Postotak primjene
eučenja
OPIS PREDMETA
Ciljevi predmeta Uvjeti za upis predmeta i ulazne kompetencije potrebne za predmet
Položene osnovne biologije, fizike, kemije, statistike i informatike.
3 Puni naziv studijskog programa
Očekivani ishodi učenja na razini predmeta (4-10 ishoda učenja
Shvadanje znanosti kao modela stvarnosti. Značaj modeliranja u biologiji i medicini. Multidimenzionalno molekulsko modeliranje. Kako nam modeliranje trodimenzionalne strukture molekula i njihovih kompleksa pomaže u razumijevanju eksperimentalnih podataka, u razumjevanju prirode bolesti te pri dizajniranju eksperimenata i razvoju novih aktivnih spojeva. Razumjevanje algoritama i tehnika koje se koriste pri modeliranju bioloških molekularnih sistema.
Sadržaj predmeta detaljno razrađen prema satnici nastave
Pojam strukture molekule i najznačajnije eksperimentalne metode za određivanje trodimenzionalne strukture molekula. Upoznavanje s bazom trodimenzionalnih struktura makromolekula «Protein Data Bank» (PDB) i s mrežnim alatima za komparativno modeliranje proteina. Metode molekulskog modeliranja – osnovne karakteristike i bitne razlike između empirijskih i kvantnomehaničkih metoda. Pojam polja sila, parametrizacija modela polja sile molekula. Računanje potencijalne energije molekularnog sistema, te strukturnih svojstava molekule i reaktivnosti. Metode optimizacije energije, pretraživanje konformacijskog prostora molekule, odnosno utvrđivanje mogudih realizacija molekulskog sistema. Molekulska dinamika i Monte Carlo metode. Važnost otapala kod molekulskog modeliranja. Ansambli – mikrokanonski, kanonski, izotermni-izobarni. Termodinamička svojstva molekularnih sustava. Dokiranje (prijanjanje/uklapanje) molekula. Različiti načini nastajanja (nekovalentnih) molekularnih kompleksa, upoznavanje s računalnim programima za dokiranje. Hibridne molekulskomehaničke – kvantnomehaničke metode. Računalni programi za molekulsko modeliranje. Koncept modeliranja odnosa molekulske strukture i biološke aktivnosti, (Quantitative Structure –Activity Relationships-QSAR). Tehnike i pristupi koji se koriste u iznalaženju tih odnosa. Metoda analize glavnih komponenti (“Principal component analysis”), klasteriranje, regresijske metode, neuralne mreže, statistički testovi. Na konkretnim primjerima studenti de se upoznati s tehnikama koje se koriste u iznalaženje kvantitativnog odnosa o strukturi ovisnih veličina s biološkom aktivnošdu. Interpretacija modela, kako na temelju dobivenih rezultata predvidjeti biološki odgovor. Dizajn ljekova.
Vrste izvođenja nastave:
☐ predavanja
☐ seminari i radionice
☐ samostalni zadaci
☐ multimedija
☐ vježbe
☐ on line u cijelosti
☐ mješovito e-učenje
☐ terenska nastava
☐ laboratorij
☐ mentorski rad
☐ (ostalo upisati)
Obveze studenata
Pradenje rada studenata (upisati udio u ECTS bodovima za svaku aktivnost tako da ukupni broj ECTS bodova odgovara bodovnoj vrijednosti
Pohađanje nastave
Istraživanje Praktični rad
Eksperimen talni rad
Referat (Ostalo upisati)
Esej Seminarski rad
(Ostalo upisati)
4 Puni naziv studijskog programa
predmeta): Kolokviji Usmeni ispit
(Ostalo upisati)
Pismeni ispit Projekt (Ostalo upisati)
Ocjenjivanje i vrjednovanje rada studenata tijekom nastave i na završnom ispitu
Usmeni i praktični dio provjere sposobnosti korištenja postojedih programa za modeliranje biomakromolekula. Provjera znanja kroz auditorne vježbe i kudne zadatke, te seminare. Usmeni ispit.
Obvezna literatura (dostupna u knjižnici i putem ostalih medija)
Naslov Broj primjeraka u
knjižnici Dostupnost putem
ostalih medija
Izabrana poglavlja iz: Andrew R. Leach ‘Molecular Modelling: Principles and Applications’, 2nd edition, Pretince Hall, Harlow, 2001.
Van Gunsteren W. F. , Weiner P. K., and Wilkinson A. J. (Eds) ’Computer Simulation of Biomolecular Systems’, Spinger, London, 1997.
Schwede, Peitsch M., ‘Computational Structural Biology’, World Scientific, Singapore, 2008.
Dopunska literatura
• Bultinck P, Winter H., Langenaeker W., Tollenaere J. P., ‘Computational Medicinal
Chemistry for Drug Discovery’, Marcel Dekker, Inc. New YorkBasel, 2004.
• Leach A. R., Gillet V. J. An Introduction to Chemoinformatics, Springer, Dordrecht,
2007.
• Znanstveni radovi
Načini pradenja kvalitete koji osiguravaju stjecanje utvrđenih ishoda učenja
Anketa prije i nakon održane nastave.
Ostalo (prema mišljenju predlagatelja)
5 Puni naziv studijskog programa
Popis obveznih i izbornih predmeta prema dopusnici
POPIS PREDMETA
Godina studija: 1.
Semestar: 1.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
PMP500 Biofizika stanice (I. Weber, I.M. Tolić-
Norrelykke, D. Juretić) 24 4 0 0 10
PMP501 Modeliranje biomakromolekula i njihovih
kompleksa (Sanja Tomić, A. Graovac) 20 4 12 0 10
Izborni predmet i/ili istraživački rad studenta u
biofizici 6
Istraživački rad u biofizici 4
Ukupno obvezni 30
Izborni
PMP510 Bioinformatika, biofizika i bioenergetika
membranskih proteina (D. Juretić) 20 4 10 0 6
PMP511 Struktura i dinamika molekula, spektroskopija i
simulacije (F. Sokolić) 20 0 15 0 6
PMP512 Neravnotežna termodinamika (P. Županović) 30 0 15 0 6
PMP514 Fizika DNK, kromatina i virusa (R. Podgornik) 20 0 20 0 6
PMP515 Molekularna genetika (J. Terzić) 24 10 12 0 6
PMP517 Modeli i metode u strukturnoj bioinformatici (B.
Lučić) 15 5 15 0 6
PMP518 Metode u molekularnoj biologiji i medicini (A.
Ambriović-Ristov) 0 0 30 0 6
PMP519 Laboratorijski vježbe u molekularnoj biologiji
(J. Puizina) 0 0 30 0 6
Istraživački rad studenta u biofizici 0 6 20 0 6
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 1.
Semestar: 2.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
PMP502 Eksperimentalne metode fizike u biofizici (A.
Bilušić, V. Svetličić; B. Rakvin, G. Baranović,
D. Vikić-Topić, I. Weber)
26 4 30 0 10
PMP503 Izabrana poglavlja na ICAST-u (V. Bonačić- 10 2 34 0 8
6 Puni naziv studijskog programa
Koutecky)
Izborni kolegij II i/ili istraživački rad studenta u
biofizici 6
Izborni kolegij III i/ili istraživački rad studenta u
biofizici
≥2 i
≤6
Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi
≥0 i
≤6
Ukupno obvezni 30
Izborni
PMP521 Teorija i eksperiment u izučavanju procesa
smatanja proteina (B. Žagrović) 20 6 10 0 6
PMP522 Primjena principa maksimalne proizvodnje
entropije u fizici i biologiji (P. Županović, D.
Juretić, …)
12 4 4 0 6
PMP523 Fizika medicinske dijagnostike (D. Eterović) 7 8 15 0 6
PMP524 Matematičko modeliranje bioloških procesa;
odabrane teme (M. Brumen) 10 5 20 0 6
PMP525 Struktura i interakcije u polielektrolitima:
osnove teorije i eksperimentalna provjera
(Silvia Tomić i T. Vuletić)
10 5 15 0 6
PMP526 Biofizikalni i biomedicinski temelji
oksidacijskog stresa (N. Žarković) 6 4 0 0 2
PMP527 Osnove sistemske biomedicine (K. Pavelić, S.
Kraljević Pavelić, M. Sedić, K. Hock, M. Baus
Lončar)
10 4 0 0 3
PMP528 Biomehanika (M. Dželalija) 20 1 10 0 6
PMP529 Strukturni, elektronski i dinamički aspekti
biofizikalnih procesa (V. Bonačić-Koutecky) 6
PMP530 Planiranje i pisanje znanstvenog rada (M.
Marušić) 10 6 4 0 6
Istraživački rad studenta u biofizici 0 6 20 0 6
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 2.
Semestar: 3.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
Istraživački rad iz biofizike 26
PMP505 Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-
znanosti (D. Juretić, V. Bonačić-Koutecky,
organizatori)
0 20 0 0 4
7 Puni naziv studijskog programa
Ukupno obvezni 30
Izborni
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 2.
Semestar: 4.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
Istraživački rad iz biofizike i studentski
seminari
≥22
≤26
PMP505 Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-
znanosti (D. Juretić, V. Bonačić-Koutecky,
organizatori)
0 20 0 0 4
Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi ≤4
Ukupno obvezni 30
Izborni
8 Puni naziv studijskog programa
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 3.
Semestar: 5.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
Istraživački rad studenta i rad na izradi
doktorata 27
Seminar studenta o istraživačkom radu
studenta i prvi seminar o predloženoj temi
doktorske disertacije
3
Ukupno obvezni 30
Izborni
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 3.
Semestar: 6.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni Istraživački rad studenta i rad na izradi 27
9 Puni naziv studijskog programa
doktorata
Dva seminara studenta o rezultatima
istraživačkog rada na doktorskoj tezi studenta
i obrana doktorske disertacije
3
Ukupno obvezni 30
Izborni
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
Popis obveznih i izbornih predmeta izmijenjenog studijskog programa
POPIS PREDMETA
Godina studija: 1.
Semestar: 1.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
PMP500 Biofizika stanice (I. Weber, I.M. Tolić-
Norrelykke, D. Juretić) 24 4 0 0 10
PMP501 Modeliranje biomakromolekula i njihovih
kompleksa (Sanja Tomić, Larisa Zoranić) 20 4 12 0 10
Izborni predmet i/ili istraživački rad studenta u
biofizici 6
Istraživački rad u biofizici 4
Ukupno obvezni 30
Izborni PMP510 Bioinformatika, biofizika i bioenergetika 20 4 10 0 6
10 Puni naziv studijskog programa
membranskih proteina (D. Juretić)
PMP511 Struktura i dinamika molekula, spektroskopija i
simulacije (F. Sokolić) 20 0 15 0 6
PMP512 Neravnotežna termodinamika (P. Županović) 30 0 15 0 6
PMP514 Fizika DNK, kromatina i virusa (R. Podgornik) 20 0 20 0 6
PMP515 Molekularna genetika (J. Terzić) 24 10 12 0 6
PMP517 Modeli i metode u strukturnoj bioinformatici (B.
Lučić) 15 5 15 0 6
PMP518 Metode u molekularnoj biologiji i medicini (A.
Ambriović-Ristov) 0 0 30 0 6
PMP519 Laboratorijski vježbe u molekularnoj biologiji
(J. Puizina) 0 0 30 0 6
Istraživački rad studenta u biofizici 0 6 20 0 6
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 1.
Semestar: 2.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
PMP502 Eksperimentalne metode fizike u biofizici (A.
Bilušić, V. Svetličić; B. Rakvin, G. Baranović,
D. Vikić-Topić, I. Weber)
26 4 30 0 10
PMP503 Izabrana poglavlja na ICAST-u (V. Bonačić-
Koutecky) 10 2 34 0 8
Izborni kolegij II i/ili istraživački rad studenta u
biofizici 6
Izborni kolegij III i/ili istraživački rad studenta u
biofizici
≥2 i
≤6
Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi
≥0 i
≤6
Ukupno obvezni 30
Izborni
PMP521 Teorija i eksperiment u izučavanju procesa
smatanja proteina (B. Žagrović) 20 6 10 0 6
PMP522 Primjena principa maksimalne proizvodnje
entropije u fizici i biologiji (P. Županović, D.
Juretić, …)
12 4 4 0 6
PMP523 Fizika medicinske dijagnostike (D. Eterović) 7 8 15 0 6
PMP524 Matematičko modeliranje bioloških procesa;
odabrane teme (M. Brumen) 10 5 20 0 6
PMP525 Struktura i interakcije u polielektrolitima: 10 5 15 0 6
11 Puni naziv studijskog programa
osnove teorije i eksperimentalna provjera
(Silvia Tomić i T. Vuletić)
PMP526 Biofizikalni i biomedicinski temelji
oksidacijskog stresa (N. Žarković) 6 4 0 0 2
PMP527 Osnove sistemske biomedicine (K. Pavelić, S.
Kraljević Pavelić, M. Sedić, K. Hock, M. Baus
Lončar)
10 4 0 0 3
PMP528 Biomehanika (M. Dželalija) 20 1 10 0 6
PMP529 Strukturni, elektronski i dinamički aspekti
biofizikalnih procesa (V. Bonačić-Koutecky) 6
PMP530 Planiranje i pisanje znanstvenog rada (M.
Marušić) 10 6 4 0 6
Istraživački rad studenta u biofizici 0 6 20 0 6
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 2.
Semestar: 3.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
Istraživački rad iz biofizike 26
PMP505 Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-
znanosti (D. Juretić, V. Bonačić-Koutecky,
organizatori)
0 20 0 0 4
Ukupno obvezni 30
Izborni
12 Puni naziv studijskog programa
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 2.
Semestar: 4.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
Istraživački rad iz biofizike i studentski
seminari
≥22
≤26
PMP505 Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-
znanosti (D. Juretić, V. Bonačić-Koutecky,
organizatori)
0 20 0 0 4
Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi ≤4
Ukupno obvezni 30
Izborni
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 3.
Semestar: 5.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
Istraživački rad studenta i rad na izradi
doktorata 27
Seminar studenta o istraživačkom radu
studenta i prvi seminar o predloženoj temi 3
13 Puni naziv studijskog programa
doktorske disertacije
Ukupno obvezni 30
Izborni
Napisati koliko se bira izbornih predmeta
POPIS PREDMETA
Godina studija: 3.
Semestar: 6.
STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU
ECTS P S V T
Obvezni
Istraživački rad studenta i rad na izradi
doktorata 27
Dva seminara studenta o rezultatima
istraživačkog rada na doktorskoj tezi studenta
i obrana doktorske disertacije
3
Ukupno obvezni 30
Izborni
14 Puni naziv studijskog programa
Napisati koliko se bira izbornih predmeta