Tem´ atica: Bioinform´ atica— Matem´ atica computacional Modelo de representaci´ on de superficies de estructuras macromoleculares Surface representation model of macromolecular structures Edisel Navas-Conyedo 1* , Leonardo A. Ram´ ırez-Cay´ on 2 , Amauris D. Gonz´ ales-Su´ arez 2 , Jorge Gul´ ın-Gonz´ alez 1 1 Centro de Estudio de Matem´ atica Computacional (CEMC). Grupo de Matem´ atica y F´ ısica Computacionales, Facultad de Ciencias y Tecnolog´ ıas Computacionales. Universidad de las Ciencias Inform´ aticas, Carretera a San Antonio delos Ba˜ nos, 2 1 2 Km, Torrens, La Lisa, La Habana, Cuba. 2 Facultad de Ciencias y Tecnolog´ ıas Computacionales. Universidad de las Ciencias Inform´ aticas, Carretera a San Antonio delos Ba˜ nos, 2 1 2 Km, Torrens, La Lisa, La Habana, Cuba. * Autor para correspondencia: [email protected]Resumen Algunas estructuras biol´ ogicas como macromol´ eculas, prote´ ınas y plaquetas tienen cientos o miles de estructu- ras at´ omicas, donde las estructuras internas son irrelevantes a la hora de evaluar la interacci´ on entre ellas. Al evaluar la interacci´ on entre estructuras, la informaci´ on presente en su superficie es suficiente, por esta raz´ on, es importante contar con un modelo que abstraiga toda la estructura interna, manteniendo solo la presente en la superficie y evitando c´ alculos innecesarios. Proponemos un m´ odulo de Python nombrado pysurmolmesh para la construcci´ on de un modelo representativo de las superficies de estructuras macromoleculares a trav´ es de una malla de part´ ıculas interactuantes que reflejan sus propiedades mec´ anicas y qu´ ımicas, evitando contener informaci´ on sobre las estructuras macromoleculares internas. Palabras claves: Modelo de superficie, Macromol´ eculas, Python Abstract Some biological structures as macromolecules, proteins, and platelets have hundreds to thousands of atomic structures, where internal structures are irrelevant when evaluating the interaction between them. When eva- luating the interaction between structures, the information present on their surface is sufficient, for this reason, it is important to have a model that abstracts the entire internal structure, keeping only the one present on the surface and avoiding unnecessary computations.We propose a Python module named pysurmolmesh for the construction of a representative model of the surfaces of macromolecular structures through a mesh of inter- acting particles that reflect their mechanical and chemical properties, avoiding containing information on the internal macromolecular structures. Keywords: Surface model, Macromolecule, Python IV Conferencia Cient´ ıfica Internacional UCIENCIA 2021 Universidad de las Ciencias Inform´ aticas. La Habana, Cuba [email protected]1
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Surface representation model of macromolecular structures
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Modelo de representacion de superficies de estructurasmacromoleculares
Surface representation model of macromolecular structures
Edisel Navas-Conyedo1*, Leonardo A. Ramırez-Cayon2, Amauris D. Gonzales-Suarez2, JorgeGulın-Gonzalez1
1Centro de Estudio de Matematica Computacional (CEMC). Grupo de Matematica y FısicaComputacionales, Facultad de Ciencias y Tecnologıas Computacionales. Universidad de las CienciasInformaticas, Carretera a San Antonio delos Banos, 2 1
2 Km, Torrens, La Lisa, La Habana, Cuba.2Facultad de Ciencias y Tecnologıas Computacionales. Universidad de las Ciencias Informaticas, Carretera aSan Antonio delos Banos, 2 1
ResumenAlgunas estructuras biologicas como macromoleculas, proteınas y plaquetas tienen cientos o miles de estructu-ras atomicas, donde las estructuras internas son irrelevantes a la hora de evaluar la interaccion entre ellas. Alevaluar la interaccion entre estructuras, la informacion presente en su superficie es suficiente, por esta razon, esimportante contar con un modelo que abstraiga toda la estructura interna, manteniendo solo la presente en lasuperficie y evitando calculos innecesarios. Proponemos un modulo de Python nombrado pysurmolmesh parala construccion de un modelo representativo de las superficies de estructuras macromoleculares a traves deuna malla de partıculas interactuantes que reflejan sus propiedades mecanicas y quımicas, evitando contenerinformacion sobre las estructuras macromoleculares internas.
Palabras claves: Modelo de superficie, Macromoleculas, Python
AbstractSome biological structures as macromolecules, proteins, and platelets have hundreds to thousands of atomicstructures, where internal structures are irrelevant when evaluating the interaction between them. When eva-luating the interaction between structures, the information present on their surface is sufficient, for this reason,it is important to have a model that abstracts the entire internal structure, keeping only the one present onthe surface and avoiding unnecessary computations.We propose a Python module named pysurmolmesh for theconstruction of a representative model of the surfaces of macromolecular structures through a mesh of inter-acting particles that reflect their mechanical and chemical properties, avoiding containing information on theinternal macromolecular structures.
Keywords: Surface model, Macromolecule, Python
IV Conferencia Cientıfica Internacional UCIENCIA 2021Universidad de las Ciencias Informaticas. La Habana, [email protected]