SRS – Sequence Retrieval System PIR – Protein Information Resource

SRS – Sequence Retrieval SystemPIR – Protein Information Resource

כלים אינטגרטיביים לאיתור ועיבוד נתונים

עד כה עסקנו בכל שעור בנושא נפרד, והיכרנו כלי/כלים ייחודיים לו.

במהלך אנאליזה ביואינפורמטית אנו מעוניינים לעיתים תכופות לקבץ /רשומות נתונים בעזרת שיטה אחת ואח"כ

להמשיך לנתח או לאפיין נתונים אלה באמצעות כלים נוספים.

של שלב א' מהווה בסיס outputכלים אינטגרטיביים, בהם ה- של השלב הבא, יכולים לפשט את תהליכי הניתוח inputל-

ולהקל על המשתמש, במיוחד כשיש שפע נתונים.

היום נציג כלים/ממשקים המאפשרים לנו חשיפה למספר כלי ניתוח נפוצים ונותנים לנו שליטה בפרמטרים השונים של

כלים אלה.

Quick search: allows to choose sets of libraries, does not allow search of specific fields

SRS (EBI)

Broad categories

More info (release details)

Not enough?

Search combinations of databases (affects choice of fields to be searched

Specific fields to be searched

Choose fasta(?)

Search some fields and present others

What does the search form allow to do?

Query’s syntax

All other entries: seq length 291-346

Link to entry

Initial outputWhat was the search phrase?

The output of the initial search step can serve as the input for the next analysis.

Alphabetical list of all tools

Following the selection of the analysis tool you can select the analysis parameters

More options to control software

Crambin

A very short protein – hopefully, this will result in shorter waiting periods for the results and will simplify your comparisons.

עבודת צוות