SENDROMİK TANIDA MİKROBİYOLOJİK YAKLAŞIM SUNUMLAR/10-Kasım... · Ensefalopati nedenleri -ayırıcı tanı • Parainfeksiyözimmun ilişkili ensefalit • ADEM • Otoimmun/enflamatuvar

SENDROMİK TANIDA MİKROBİYOLOJİK YAKLAŞIM:

SSS ENFEKSİYONU TANISI

NAT PANELLERİ YORUMLAMA VE RAPORLAMA

AYŞIN ZEYTİNOĞLU4. ULUSAL KLİNİK MİKROBİYOLOJİ KONGRESİ

8-12 KASIM 2017 ANTALYA

Başağrısı- ateş +/- ense sertliği

ENSEFALİT

MENENJİT

MENİNGOENSEFALİT

ENSEFALOMİYELİT

AKUTSUBAKUTKRONİK REKÜRREN

2

Enterovirüslerden en sık bildirilen SSSE etkenikoksaki (A9, B1, B5 vb) ve ekovirüslerdir (5,6,18,30,70,71 vb)

MANYETİK REZONANS GÖRÜNTÜLEME

SSSEAkut bakteriyel menenjit

ABD 3-5/100 000 kişi Mortalite % 6-12 Streptococcus pneumoniaeGroup B streptokokNeisseria meningitidisHaemophilus influenzaeListeria monocytogenes

Viral enfeksiyonlarDaha selim seyirli olabiliyor. HSE tedavi edilmezse fatal/ciddi sekellerle

seyrediyor Coğrafik bölge ve mevsimlere göre farklılıklar gösteriyor

polio dışı EV- sonbahar ve geç ilkbahar döneminde pik yapıyor

He T 2016

Tanı önemli. Tedavi edilmezse fatal seyrediyor- HSE

Klinik etkene göre çok farklılık göstermiyor

NAT testleri - rutin tanı

NAT testleri – klasik yöntemlere göre daha hızlı, duyarlılık ve özgüllük ↑

Klasik yöntemlerle zor saptanan etkenlerin tanısında, BOS’ta etkenin gösterilmesi yeni altın standart

SSSE’da rutinde tanısal ve izlem amacı ile yaygın kullanılan NAT sonuçlarının özellikle klinik bulgular ile dikkatli bir şekilde yorumlanması gerekiyor.

He T 2016

SSSE

• Yaş

• İmmunsupresyon durumu

• Coğrafya

• Etkenle karşılaşma

Ensefalopati nedenleri -ayırıcı tanı• Parainfeksiyöz immun ilişkili

ensefalit• ADEM• Otoimmun/enflamatuvar

ensefalit• Metabolik• Vasküler neoplastik• Paraneoplastik• Toksik• Septik ensefalopati (sepsiste %50-

70)

Klinik bulgular/laboratuvar bulgular ?!

İngiliz Viral Ensefalit Ulusal Rehberi (Nöroloji+Enfeksiyon) JI ,2012

NAT viral etkenler için altın standart

BOS NAT

Mono(single)pleks testler

• HSV DNA, vb virüsler

• Zika virüs +/- Chikungunya, dengue virüs

• Japon ensefalit virüsü

• N. meningitis

• S. pneumoniae

• H. influenzae type b

• M. tuberculosis

(The Xpert MTB/RIF D: % 80.5)

Multipleks testler

• Bakteri etkenleri• Luminex suspension array

(bakteri+virüs-8)• BF Film array

(bakteri+mantar+virüs-15)• Seegene Seeplex (3 panel)

(bakteri+virüs-12)• FTD Neuro 9 (3 panel) (bakteri+

virüs-17)• BD Max (virüs-3)• Meningofinder

(bakteri+mantar+virüs-21)

He T 2016

Lazzarotto T 2017 ESCV

FA ME Panel Klasik Yöntemler

Bakteri 1 saat 45 dk (1 s 25 dk- 2 s) 84 saat (48-120 s) p 0.0003

Virüs 1 saat 45 dk (1 s 25 dk- 2 s) 5 saat (2-9s) p 0.0001

Steiner 2012 Eur J Neurol EFNS-ENS RehberiSSSE tanısında PCR teknolojisinin kullanımı



BakterilerStandardize kantitatif RT- PCR bakteriyel menenjit tanısında önemli, rutin BOS örneklerinde öneriliyor A IMikroskobi ve kültür – altın standart A II

A. Tanı için NAT uygundur

B. Tanı için NAT bazı durumlarda veya enfeksiyonun bazı formlarında uygundur

C. Tanı için NAT nadiren uygundur, referans laboratuvarlarında epidemiyolojik çalışmalarda veya beklenmeyen durumların tanısında kullanılmaktadır.

He T 2016




He T 2016




He T 2016




He T 2016

BOS NAT testimiz : Negatif

Monopleks/ multipleks test

• aradığımız etken yok – diğer testler

ensefalit - yaklaşık % 60 tanı konulamıyor

yeni yöntemlere gereksinim var (NGS vb)

• erken örnek alınmış

herpes simpleks ensefaliti;

3-5 gün sonra test tekrarı

SSSE paneli

Solunum sistemi enfeksiyon paneli

SSSE paneli

Solunum sistemi enfeksiyon paneli

Örneğe uygun olmayan paneller kullanıldığında (eksik etkenler için) , etkenlerin tiplerine dikkat etmeli- paneller genişletilinceye kadar

BOS NAT testimiz : Pozitif

• Coğrafya

• Etkenle karşılaşma

SSSE %

Zeyt

ino

ğlu

17

Feyz

ioğl

u1

4

Kal

fao

ğlu

14

Soyl

ar 1

3

Çiç

ek 1

2,1

4

Sağl

ık 1

3

Var

ıcı

17

Kah

ram

an 1

7

*Akk

aya

17

Erd

em

17

TK

Kle

ines

14

Du

pu

is1

1 A

BD

Has

bu

n1

7

HSV1 1.8 3.6 0,9 1 1 2 13 1.8 1.2 0,9 8.3

HSV2 0.08 1 3 1.3 1,5

CMV 3.3 0,4 2 3,6 2,2 0.2 0,4

EBV 4.4 0 15 3,4 1 0.6 1.6 3,6

VZV 0.5 1,2 1 1 2 3.5 1.3 1,9

HHV6 1.1 0,4 8 0.2 0,9

EV 3.4 18 4 5,3/5,9

6,1 7 25 3.5 0.4 5,5 51.6

ADV 0.4 0,6 22 0,08

BNV 1.4 0,2


• Ön tanı , etkenle karşılaşma

Klinik Sendrom Sinir Sisteminde Etkilenen Bölge

Aseptik menenjit Meninksler

Ensefalit Beyin parenkimi

Miyelit Omurilik

Nörit (radikülit) Periferik sinirler

Ensefalit %

Altuğlu 06 Mülayim 05 Zeytinoğlu 00 Sili (MR+) 14

HSV 1 17 29.4 19 69

Aseptik Menenjit %

Sayıner 03 Özkaya 05 Dirim 15 Güney 03

HSV 1 9,7

EV 38,7 17 (P) 8 63 (P)

Akut Menenjit %

Kalfaoğlu 14

EBV 1.8

HHV 6 0.9

Atipik Menenjit/ Ensefalit (P) %

Koçak 17

HSV 1 2

HHV 6 4

EV 1

Dupuis M ve ark. Molecular detection of viral causes of encephalitis and menengitis in NYS. JMV 2011; 83:2172-81

Retrospektif, çok merkezli, toplum kökenli SSSE1.5.2012-1.5.2014n: 2583 Arnavutluk, Bosna, Hersek, Hırvatistan, Çek C, Danimarka, Mısır, Fransa, Macaristan, Hong Kong, İran, İtalya, Kazakistan, Kosova, Pakistan, Portekiz, Romanya, Sırbistan, Suriye, Teksas/ABD, Türkiye

Erdem 2017 Toplum kökenli SSSE

Tüm mikroorgnizmalara bağlı ölüm oranı %9


• İmmunsupresyon

Ensefalitte mikrobiyoloji tanı- BOS PCR

Tüm hastalar HSV1 VZVHSV2 ParekovirüsEV

Endikasyon varsa- immunsuprese

EBV CMVHH6 HHV7ADV İnfluenza A ve BKızamık virüsü Rotavirüs (pediatrik) Kabakulak virüsü Parvovirüs B19Klamidya

Özel durumlar Kuduz virüsü Kene kaynaklı ensefalit virüsleriBNV

İngiliz Viral Ensefalit Ulusal Rehberi (Nöroloji+Enfeksiyon) JI ,2012

Ensefalit





Ensefalit





Bakteriyel menenjit S. pneumoniae E. coliN. menengitidis L. monocytogenesH. influenza S. agalactiae

Aseptik menenjit EV

Nörotrop mantarlar C. neoformans/C. gattii

Ensefalit

Tüm hastalar HSV1 ● ● ● ● ● VZV ● ● ● ● ●HSV2 ● ● ● ● ● Parekovirüs ● ● ●EV ● ● ● ●


EBV ● ● ● ● CMV ● ● ● ●HHV6 ● ● ● ● HHV7 ● ●ADV ● İnfluenza A ve BKızamık virüsü ● Rotavirüs (ped) Kabakulak virüsü ● Parvovirüs B19 ●

Bakteriyel menenjit S. pneumoniae ● ● ● ● E. Coli ● ● ●N. menengitidis ● ● ● ● L. Monocytogenes ● ● ● ●H. influenza ● ● ● S. agalactiae ● ● ● ●

Nörotrop mantarlar C. neoformans/C.gattii ● ●

● BFA ek panelle! ADV, influenza● SP (3 panel) ● FTD (3 panel) ek paneller influenza ,kızamık ve kabakulak virüs ● BDM ek paneller● Meningofinder (HHV8, Borrellia)

BOS NAT testimiz : Çoklu Etken Pozitifliği


• Çok etkenli SSSE ?



• Etiyolojik etken?




• Bir / daha çok seyirci (‘by stander’)

mikroorganizma mı var?


• Çoklu SSSE ?


• Bir / daha çok seyirci (‘by stander’)

mikroorganizma mı var?

• Yalancı pozitiflik!

Saptanan virüsler (NAT)

Zeytinoğlu 2017

Sayı

HSV1 + EBV 3

HSV1 + HHV 6 1

EBV + VZV 1

EBV + HHV 6 1

ÇOKLU ENFEKSİYONLAR


Akkaya 2017

Sayı

EV+ADV 3

S. pneumoniae + CMV HHV 6 + HSV 1S. pneumoniae + VZV EV + HPeVS. agalactiae + HSV 1


Zeytinoğlu 2017

Sayı

HSV1 + EBV 3

HSV1 + HHV 6 1

EBV + VZV 1

EBV + HHV 6 1

ÇOKLU ENFEKSİYONLAR


Akkaya 2017

Sayı

EV+ADV 3

S. pneumoniae + CMV HHV 6 + HSV 1S. pneumoniae + VZV EV + HPeVS. agalactiae + HSV 1

% 85 pediatrik

BOS’ta çoklu SSSE etkenleri

BOS’ta lenfotropik herpes virüs DNA PCR

(EBV, HHV 6, HHV 7, HHV 8) pozitifse

muhtemel ilgili herpes virüsle ilişkili ensefaliti gösterir,

tanı kesin değildir

Boivin G, 2004

+ VZV

HHV-6 için PCR’ın duyarlılığı %95 ama sağlıklı erişkinlerde ensefalittanısı açısından pozitif prediktif değerinin %30 olduğu bildirilmiştir

Rotbart HA 2003

HHV6 ve EBV (çoklu enfeksiyon)HHV 6 (ciHHV 6)ve EBV insan hücre kromozomuna entegre olur Sağlıklı beyin dokusunda ve BOS’ta bulunabilir

De Tiege 2003, Clark DA 2016, Pellett PE 2012

Kan hücrelerinde, beyinde ve diğer dokularda latent genomun saptanması? Etiyolojik ajan?• Akut enf (virüs aktif olarak replike olur)• Latent genomun reaktivasyonu - kantitasyon ! • Hücre içi latent virüsün saptanması – kantitasyon ! Venkatesan 2013

EBV• HIV+ olgular (primer SSS lenfoması)dışında, muhtemel etken

Steiner 2012- Eur J Neurol EFNS-ENS Rehberi

MS – EBV çalışmaları: seyirci etken, enfekte B lenfositlerinde latent genomun saptanması Burnard S 2017

VZV etken ise VY ↑↑, MS/ilişkili nörolojik hast pozitif olabilirPersson 2009

HHV6 özellikle ISH • Diğer viral akut enf - reaktivasyon (çoklu pozitiflik)• MS• Temporal lop epilepsisi• Normal beyin dokusunda/BOS’ta pozitif (kromozoma entegre)

Clark 2016, Pellet 2012

Steiner 2012- Eur J Neurol EFNS-ENS Rehberi

VZV• BOS’ta VZV DNA’nın tanısal değeri , BOS’ta VZV IgG saptanmasından daha

düşük Nagel 2007, Gilden 1998

• Kanda VZV DNA ve BOS’ta kantitatif VZV IgG bakısı Kennedy 2011 -Zoster sine herpete

JCV• PML- yüksek JCV viral yük, kısa süre Koralnik 1999 ,Garcıa de Viedma 2002

düşük uzun süre Yiannoutsos 1999

sağ kalım ile ilişkili bulunmuş

• CMV ensefaliti (immunsuprese olguda reaktivasyon)HIV enfekte olgulardaorgan transplant alıcılarındakonjenital CMV’li yenidoğanda

Solunum etkenleri - multipleks NAT

Basel, 5 yıllık- semptomatik çocuk ve erişkinlerde

Compagno ve ark. ECCMID 2017 (poster)

çoklu etken

pediatrik % 10 virus+virus yetişkin % 6

% 1 bakteri + virüs % 1

DİĞER SENDROMİK TESTLER

Zautner AE 2017, mini derlemeFrontiers in Microbiology

RT PCR ↑ tanısal duyarlılık

Avantaj

* tanının kalitesi

* daha erken doğru antimikrobiyal kullanım

Dezavantaj

* etiyolojik ajan olmayanların da saptanması

atoksijenik suşların saptanması

enfektif dozdan az olan patojenin saptanması (seyirciler !)

enfeksiyonda beklenmeyen virulans faktörü genlerinin saptanması

Özellikle steril olmayan örneklerde çoklu fakültatif patojenik mikroorganizmaların

saptanması, etiyolojik etkenin tanımlanması açısından sorunludur.

Solunum yolu ve dışkı örnekleri

Ct değerleri - semikantitatif bir değerlendirme

Yüksek patojen yükünün klinik anlamlı

(düşük ct değerleri, jelde koyu bant)

SSSE




*Dışkı örneklerinde PCR inhibisyonu ct bazlı semi-kantitatif değerlendirmeyi zorlaştırır

*Ct değerleri PCR protokollerine göre değişebilir

internal kontrol olarak kantitatif standartlar olmalı




Houben 2010- SYE RSV Pediatrik, Lindsay 2013, Liu 2014

ASYE panelinde- farengeal lavaj örneği

aynı zamanda -rinit, farenjit, bronşit etkenleri varsa – kontaminasyon!

Frickmann 2015

O an geçirilmekte olan sistemik bir enfeksiyon

Kanda antikor testleri ve NAT

SSSE

Mikroorganizmaların Kan Beyin Bariyerini Geçmesi

Bakteriler ve Mantarlar

• Kanda yüksek miktarda olması(E.coli, pnömokok, GBS ve HiB )

• Transselüler penetrasyonmekanizmaları

(bağlayıcı pr , pili, reseptör etkileşimi -

S.pneumoniae, N.meningitidis,

kandidalar- BMEH, C.neoformans)

• Kan beyin bariyerini hasarlandırarak(S.pneumoniae, GBS, E.coli K1,

N.meningitidis, C.neoformans)

• Enfekte fagositler içinde (Truva atı)

(M.tuberculosis ve L.monocytogenes?,

C.neoformans )

Virüsler

• Kanda viral yük yüksekliği

(Gastrik asidite, mukus (mukozal IgA) gibi

fiziksel bariyerleri ve makrofajları geçerek)

• BMEH’in doğrudan aşılması(JCV, polio, EBV, HTLV-1,BNV)

• Truva atı mekanizması(Enfekte lökositlerin KB-B’yi geçmesi, HIV)

• Periferik sinirler yolu ile SSS ulaşım

(Poliovirus , koksaki, adenovirus,

kuduz virüsü, herpes virüsler)

SSSE





ASYE panelinde- farengeal lavaj örneği

aynı zamanda -rinit, farenjit, bronşit etkenleri varsa – kontaminasyon!

Mikrobiyata önemli (BOS?)

Harvard Gazetesi 2017

SSSE

Solunum yolu ve dışkı örnekleri Ct değerleri - semikantitatif bir değerlendirme Yüksek patojen yükünün klinik anlamlı


ASYE panelinde- farengeal lavaj örneği aynı zamanda -rinit, farenjit, bronşit etkenleri varsa – kontaminasyon!

Mikrobiyata önemli

Kolonizasyon ? Latent enf?Kantitatif/semi-kantitatif testler; yüksek patojen yükü - hastalık ile korele

düşük mikroorganizma yükü- kolonizasyon? latent virüs reaktivasyonu/ latent virüs saptanması. Özellikle immunsuprese

olgulardaKantitatif değerlendirmelerde kesin eşik değer tanımları çok az etkende var

Viral SSSE enfeksiyonlarında ?

Yüksek endemik bölgedeAsemptomatik taşıyıcılık/önceki enfeksiyonlardan kalma DNA’lar - D↑↑ PCR

etkeni tanımlamakta kısıtlılıklar Frickmann 2015

SSSE

Test 11.02.2016 22.02.2016

HSV2 DNA PCR (BOS) NEGATİF NEGATİF

CMV DNA PCR (BOS) NEGATİF NEGATİF

VZV DNA PCR (BOS) NEGATİF NEGATİF

HHV-6 DNA PCR (BOS) NEGATİF NEGATİF

HSV1 DNA PCR (BOS) POZİTİF NEGATİF

EBV DNA PCR (BOS) POZİTİF POZİTİF

AMPİRİK ASİKLOVİR

Olgu : OG

Test 11.02.2016 22.02.2016

HSV2 DNA PCR (BOS) NEGATİF NEGATİF

CMV DNA PCR (BOS) NEGATİF NEGATİF

VZV DNA PCR (BOS) NEGATİF NEGATİF

HHV-6 DNA PCR (BOS) NEGATİF NEGATİF

HSV1 DNA PCR (BOS) POZİTİF NEGATİF

EBV DNA PCR (BOS) POZİTİF POZİTİF

AMPİRİK ASİKLOVİR

Olgu : OG

Zayıf Pozitif

Olgu : OG

FARKLI ZAMANLARDA 3 ÖRNEK1 ÖRNEK- 4 LABORATUVARA

(bakteriyoloji, viroloji, mikoloji, mikobakteriyoloji)Parazitoloji?*VİRAL NAT MULTİPLEKS NAT- 6 VİRÜS

MONOPLEKS OLSA- 6 ÇALIŞMA (10 çalışma)

Olgu : OG

Değişik biyolojik matrikslerde* nükleik asit ekstraktları (DNA/RNA) 30 güne kadar stabil * eksraksiyonu yapılmamış örneklerde sıcaklıkla ilişkili hedef kaybı

serum ve BOS’ta anlamlı p< 0.05 ( EDTA’lı kan anlamlı değil) Hasan 2012

Sonuç- gelecekte , standardizasyonda

• Asemptomatik kolonizasyon- etiyolojik etken ayrımı için genel kabul görecek kantitatif eşik değerlere gereksinim var

• Kantitatif yaklaşım önemli. Yeni teknolojiler umut çözüm için veriyor.

Bir salgında olguların % 67 ‘sinin dışkı örneklerindeShiga-toksin üreten E. coli’nin etken olarak tanımlanması, negatif kontrol örnekleri ile kıyaslanan kantitatif NGS ile yapılmış

Loman 2013

Zautner AE 2017

Kültür + mikroskobide % 35 etken saptanan bir çalışmada

16S rRNA saptayan PCR temelli test etkeni % 65 saptamıştır Meyer 2014

Menenjit olgularında antibiyotik kullanımı nedeni ile klasik yöntemlerle negatif sonuç alınanlarda NAT testlerinin yararlı olduğu raporlanmaktadır

Bahr 2016

BOS’ta NAT testleri , zor saptanan/ tanımlanan virüslerin neden olduğu SSSE’da ‘platin’ standart

Jaramillo-Gutierrez 2013, Launes 2015, McAllister 2015

He T 2016

Notlar…..

Herpes grubu ve enterovirüslere bakıldığında

genel olarak SSS enf yaklaşık %20’sinde etiyoloji saptanıyor

Ensefalit ön tanısında ampirik antiviral başlanması önemli. Etkenin tanımlanması tedavinin kesilmesi/devam edilmesi açısından önemli

Özellikle HSE şüphesi kuvvetli olan olgularda erken dönemdebakılan ve negatif NAT testlerinin 3-5 gün sonra tekrarı önerilir

EBV, HHV6 (VZV?) çoklu enfeksiyonlarda sıklıkla saptanan virüsler

BAKTERİ - MANTAR

• Menenjit gibi acil durumların yönetimi - D ve Ö ↑

• Antibiyotik/antimikotik kullanan olgular

• Antibiyotik duyarlılığı ᴓ

VİRÜS

• Panelde olan etkenlerde D ve Ö ↑

• Etkene yönelik doğru antiviral• Etkene yönelik doğru korunma

yöntemleri• Çoklu etkenler !

• Panel dışı etkenler !• Çoklu etkenler !

Tek bir çalışma KolaylıkHızlı tanı Bakteri + virüs + mantar7-24 sonuç Ampirik antimikrobiyal tedavinin devamı/kesilmesi

MULTİPLEKS TESTLER

BAKTERİ - MANTAR




VİRÜS






MULTİPLEKS TESTLER

Çoklu viral etkenler için : kantitatif PCR panelleri ile tekrarBOS hücre sayısı, latent virüs?, eşik değer?

sistemik enfeksiyon ?

BAKTERİ - MANTAR




VİRÜS






MULTİPLEKS TESTLER

Çoklu viral etkenler için :Raporlama önerisi?‘Zayıf pozitif’ !!

Pan-omik moleküler platformlar- gelecek

• NGS

• Pangenomik

• Metagenomik (insan mikrobiyomu)

Teşekkürler…………….

SENDROMİK TANIDA MİKROBİYOLOJİK YAKLAŞIM SUNUMLAR/10-Kasım... · Ensefalopati nedenleri -ayırıcı tanı • Parainfeksiyözimmun ilişkili ensefalit • ADEM • Otoimmun/enflamatuvar

Documents