Page 1
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Seminar Dewinta G34063443
Dewinta, Achmad Farajallah, dan Yusli Wardiatno. 2010. Pola Distribusi Geografispada Udang Mantis di Pantai Jawa Berdasarkan Genom Mitokondria. Seminardisampaikan tanggal 11 September 2010, Departemen Biologi FMIPA IPB.
PENDAHULUANLatar Belakang
Udang mantis atau udang ronggeng merupakan anggota Filum Arthropoda,Subfilum Crustacea, Ordo Stomatopoda, yang terdiri atas empat famili, yaituOdontodactylidae, Lysiosquillidae, Harpiosquillidae dan Squilidae. Sebagaimanaudang pada umumnya, kelompok udang ini dicirikan dengan tubuh yangbersegmen, di belakang kepala terdapat karapas pendek, kaki beruas-ruas, ukurantubuh yang besar dan mata seringkali berbentuk T (Carpenter dan Niem 1998).
Habitat sebagian besar udang mantis adalah pantai, senang hidup di dasar airterutama pasir berlumpur. Cara hidup udang mantis dengan menggali danbersembunyi di dasar air untuk berburu mangsa. Salah satu udang mantis yangbernilai ekonomi tinggi adalah Harpiosquilla harpax dari Famili Harpiosquillidae.Udang ini diekploitasi untuk diperdagangkan sebagai makanan eksotik. Jenis udangmantis lain yang sering diperdagangkan adalah Lysiosquillina maculata, Squillaempusa, dan S.mantis (Moosa 1997).
Karakteristik dari stomatopoda sebagai hewan pemangsa memiliki dua metodeuntuk menangkap mangsa. Kedua metode inilah yang kemudian akan membedakankelompok fungsional stomatopoda yang sangat luas, yaitu smashers (galak) dan spearers (sangat baik). H. Harpax sendiri tergolong kedalam spearers (Ahyong1997).
H. harpax banyak ditemukan di Pantai Utara Pulau Jawa, Selat Malaka sampai keLaut Pasifik (Ahyong et al. 2008). Ciri-ciri H. harpax adalah tubuh terdiri atas tigabagian yaitu kepala, thoraks dan abdomen, karapas dengan median carina, distal
page 1 / 286
Page 2
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
segmen dari uropod memiliki garis tengah warna putih atau sedikit hitam, carinaintermediat tidak terlalu tajam, rostal dilengkapi dengan projeksi anterior, panjangtotal mencapai 30 cm, mata sangat besar dan berbentuk T, telson berduri danmedian carina pada telson memiliki dua bintik hitam (Carpenter dan Niem 1998).
Udang betina mampu menelurkan 50.000 hingga 1 juta telur, yang akan menetassetelah 24 jam menjadi larva nauplius (Choi dan Hong 2001). Tahap perkembanganlarva pada udang mantis terdiri dari empat fase. Fase pertama yaitu nauplius,larva nauplius tidak dapat berenang sehingga terbawa arus kemana saja arusbergerak, terutama arus sejajar garis pantai, bermetamorfosis dalam enam stagesberkisar selama dua hari. Fase ke dua yaitu protozoea, mempunyai tujuh pasanganggota tubuh, bermetamorfosis dalam tiga stages berkisar selama tujuh hari.Fase ketiga yaitu mysis bermetamorfosis dalam tiga stages berkisar selama tujuhhari. Fase terakhir yaitu postlarva, pada fase ini udang mulai memiliki karakteristikudang dewasa, dilanjuti menjadi juvenil dan udang dewasa (Choi, 2001).
Pergerakkan arus ini bergantung kepada arah/sudut gelombang yang datang. Padakawasan pantai yang diterjang gelombang menyudut, terhadap garis pantai, arusyang dominan terjadi adalah arus sejajar pantai. Pergerakan arus sejajar dengangaris pantai inilah yang menyebabkan pola penyebaran terus mengikuti garispantai. Persebaran larva yang hanyut terikut arus terus mengalami persebaranyang sangat luas bahkan antar samudera (Barber et al. 2002).
Dalam penelitian ini populasi H. harpax berusaha dipelajari menggunakan penandagenetik genom mitokondria, yaitu ruas genom yang dikenal dengan d-loop atau control region. Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yangdiwariskan secara uniparental, dan tidak mengalami rekombinasi. Genommitokondria atau mtDNA terdiri atas 2 gen penyandi rRNA, 22 tRNA, dan 13 genpenyadi protein yang terlibat dalam rangkaian rantai respirasi selular, dan saturuas yang berfungsi sebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai d-loop.Ruas d-loop dikenal mempunyai laju mutasi yang lebih cepat dibanding ruas-ruasgen lainnya, sehingga sangat cocok untuk digunakan sebagai penanda genetikuntuk mempelajari fenomena intraspesifik (Cook 2005).
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik udang mantis Harpiosquilla harpax di Pantai Jawa, berdasarkan genom mitokondria.
page 2 / 286
Page 3
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
BAHAN DAN METODEMetode
Koleksi Udang dan Identifikasi sampel. Udang mantis H. harpax sebanyakdelapan ekor koleksi bapak Dr. Yusli Wardiatno dari Departemen ManajemenSumberdaya Perairan IPB yang dipreservasi dalam etanol. Kepastian spesies udangmantis sebagai Harpiosquilla harpax diidentifikasi berdasarkan kunci identifikasi(Carpenter dan Niem 1998).
Ekstraksi dan Isolasi DNA. Isolasi DNA dilakukan dari otot tungkai. Otot tungkaiyang disimpan dalam etanol dicuci dengan air destilata dua kali kemudiandihomogenasi dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM, pH 8).Sel-sel otot dilisis menggunakan proteinase K 0,125 mg/ml dan sodium dodesilsulfat 1%. Metode ekstraksi DNA selanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA minikit for fresh blood.
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Bagian d-loop dari mtDNAdiamplifikasi menggunakan primer yang didesain menggunakan Primer 3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/) dengan referensi beberapa mtDNA anggotastomatopoda yang ada di Gen Bank ( www.ncbi.nlm.nih.gov). Primer forwardAF180berada pada urutan 15102 nt dan primer reverse AF181 berada pada urutan15127 terhadap mtDNA H.harpax, dengan target DNA hasil amplifikasi berukuran929 bp.
Reaksi PCR dilakukan dalam volume 50 μL. Reaksi PCR dilakukan dengan kondisipredenaturasi pada suhu 94oC selama 5 menit, kemudian dilanjutkan 30 siklus yangterdiri atas denaturasi suhu 94oC selama 1 menit, penempelan primer suhu 54oCselama 1 menit, pemanjangan 72oC selama 2.30 menit dan diakhiri pemanjanganakhir suhu 72oC selama 7 menit. Produk PCR diuji menggunakan PAGE 6%,kemudian dilanjutkan dengan pewarnaan sensitif perak (Tegelstrom 1986).
Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequencing. Produk PCR berupapita tunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai desain primerdimurnikan, untuk dijadikan cetakan dalam PCR for sequencing. PCR untuk
page 3 / 286
Page 4
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
sequencing menggunakan primer yang sama seperti amplifikasi sebelumnyadengan metode big dye terminator cycle sequencing. Runutan nukleotida yangdiperoleh kemudian diedit secara manual. Runutan-runutan nukleotida yang telahdiedit kemudian saling disejajarkan dengan runutan nukleotida referensi, yaitu H.harpax yang ditangkap dari Pantai Vietnam dengan No akses AY699271 (Miller danAustin 2006) menggunakan program Clustal W 1.8 yang tertanam dalam program MEGA versi 4.00.
Analisis Filogeni. Analisis keragaman nukleotida dan filogenetik dilakukanmenggunakan MEGA (Kumar et al. 2008) berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Analisis kekerabatan antar sampel menggunakan metode neighbourjoining (NJ) dengan bootstrap 1000x.
HASIL DAN PEMBAHASANIdentifikasi
Hasil identifikasi berdasarkan buku identifikasi Carpenter dan Niem (1998)menunjukkan bahwa sampel udang yang digunakan adalah spesies H. harpax.
Amplifikasi dan Visualisasi DNA
Dari kedelapan sampel yang digunakan, semuanya berhasil diamplifikasi.Amplifikasi menggunakan pasangan primer AF180 dan AF181 menghasilkan pitatunggal berukuran sekitar 1100bp (Gambar 1).
page 4 / 286
Page 5
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Gambar 1. Produk PCR berupa pita tunggal yang diuji dengan menggunakan polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) 6%. Keterangan: M = DNA marker 100bp, No urut sesuai dengan Gambar 2.
Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA SequencingPanjang basa nukleotida DNAsetelah ruas penempelan primer dibuang dan diedit, yakni sekitar 800-an. Setelahdisejajarkan, runutan nukleotida yang bisa dilanjutkan dianalisis berada pada posisi13496 nt sampai 14273 nt berdasarkan referensi mtDNA H. harpax (Miller danAustin 2006) sepanjang 787 nt. Dari 787 nukleotida, sebanyak 645 nt sama untuksemua sampel. Dari 142 nt yang berbeda, sebanyak 9 nt merupakan insersi/delesiyang hanya ditemukan pada satu sampel dan 84 nt substitusi yang hanyaditemukan pada satu sampel sehingga sebanyak 93 nt tidak diikutkan dalamanalisis berikutnya karena tidak bersifat parsimoni. Sisanya sebanyak 49 nt yangterdiri dari dua jenis mutasi, yaitu subsitusi dan insersi/delesi kemudian digunakandalam menghitung keragaman genetik (Gambar 2).
Gambar 2. Runutan nukleotida yang saling berbeda antar sampel yang digunakandalam analisis keragaman genetik dan membangun pohon filogeni. Nomor urut
page 5 / 286
Page 6
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
nuleotida ditulis secara vertikal (5 baris paling atas) mengacu pada genommitokondria H. harpax No. akses AY699271.
Secara filogeografi H. harpax di Perairan Cirebon terpisah dengan H. harpax diPerairan Vietnam. Hal ini dibuktikkan oleh nilai jarak genetik terjauh adalah antara H. harpax Vietnam dan H. harpax 3 yaitu sebesar 10,5%, sedangkan jarak genetikpaling dekat adalah antara H. harpax 1dan 6 (kelompok 1) yaitu sebesar 1,8%.Keragaman genetik H.harpax di Perairan Cirebon berdasarkan ruas d-loop memilikinilai lebih besar yaitu 5.1% (±0,005) (Tabel 1) bila dibandingkan dengankeragaman genetik Halocyprida sp berdasarkan ruas C01 yaitu sebesar 2,27%. Nilaikeragaman genetik d-loop yang lebih besar membuktikkan bahwa ruas d-loop memiliki laju mutasi lebih tinggi dibandingkan ruas-ruas pada mtDNA lainnya danmutasi yang tinggi berbanding lurus dengan tingginya keragaman (Cook 2005).
Rata-rata komposisi nukleotida A=41,2% ; T=38,7% ; G=7,9% ; C=12,3%.Persentase A+T (79,9%) lebih besar daripada C+G (20,2%). Banyaknya basa A+Tpada genom mitokondria d-loop dibandingkan C+T berkaitan dengan d-loop sebagaipromotor titik awal transkripsi bagi utas berat maupun utas ringan (Hoelzoel et al. 1994). Hal lain yang menyebabkan basa AT lebih tinggi disebakan oleh adanyasekuens yang berulang dan panjangnya urutan T (Cook 2005).
Analisis Filogeni
Topologi pohon filogeni menggunakan metode NJ dengan bootstrap1000xmengelompokkan udang H. Harpax dalam satu percabangan dan H. Harpax Vietnam berada di luar percabangan. Struktur populasi yang digambarkan olehmtDNA ini setidaknya membagi populasi H. harpax di perairan Cirebon menjadi duayaitu kelompok 1 dan kelompok 2. H. harpax 1,4,6 dan 10 termasuk ke dalamkelompok 1 dan saling berkerabat dekat.
H. harpax 2, 3, 5, dan 8 termasuk ke dalam kelompok 2 dan saling berkerabatdekat. Titik nenek moyang (anchestral node) menunjukkan bahwa kekerabatan H.harpax 1, 2, 3, 4, 5, 6, 8 dan 10 adalah berasal dari satu nenek moyang/indukkan.Sedangkan populasi H harpax dari perairan Cirebon berbeda nenekmoyang/indukan dengan H. harpax di perairan Vietnam (Gambar 3). Hal inidisebabkan oleh pola penyebaran udang mantis sangat berkaitan erat dengan aruslaut. Arus pada Laut Jawa bergerak ke arah Kalimantan sedangkan arus dari LautChina Selatan bergerak ke Vietnam sehingga pergerakan arus dari Cirebon danVietnam tidak searah. Penyebaran udang mantis melalui tingkat larva yang terbawa
page 6 / 286
Page 7
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
arus dan bergerak mengikuti garis pantai. Teluk Vietnam yang berada di sisi utaradari Laut China Selatan tidak terhubung/ saling terpisah dengan Laut Jawa(Cirebon), sehingga memiliki garis pantai yang tidak berhubungan (McCleave et al.1984).
Hal lain yang menyebabkan H. harpax di Perairan Cirebon berbeda nenekmoyang/indukkan dengan H. harpax dari Perairan Vietnam adalah arus dari Indo-Pasifik saling berhubungan karena arus yang datang dari Pasifik menujulautan Indonesia yang juga melewati Vietnam bergerak bolak-balik, hanya sajadikarenakan adanya bencana alam yang pernah terjadi menyebabkan polapenyebaran H. harpax hanya berkisar ±40km, sehingga menyebabkankeragamannya homogen dan pola penyebaran yang terbatas/tidak luas (Barber etal. 2002).
Dari data yang ada, kelompok 1 dan 2 mungkin sebagai spesies yang berbedadalam genus Harpiosquilla . Hal ini diperkuat dengan adanya beberapa perbedaanyaitu seperti intermediat carina pada bagian thoraks tanpa/ dilengkapi dengan duri,dari segi warna ada yang lebih gelap dan terang, dan segmen distal pada uropodada yang tidak/ bewarna sedikit hitam (data tidak diperlihatkan). Hal ini jugadisebabkan oleh spesies H. harpax yang tertangkap di Perairan Cirebon seringkalitertangkap bersamaan dengan H. raphidae.
Gambar 3. Hasil rekontruksi pohon filogeografi pengelompokan sampel H. harpaxberdasarkan ruas d-loop mtDNA menggunakan metode NJ dengan bootstrap 1000x.
page 7 / 286
Page 8
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Tabel 1.Jarak genetik antar sampel (di bawah diagonal) dan standar error (di atasdiagonal) berdasarkan model subtitusi K2P dengan bootstrap 1000x.
No Sampel 1 2 3 4 5 6 7 8 91 H. harpax 1 0.01
00.011
0.006
0.010
0.005
0.009
0.008
0.011
2 H. harpax 2 0.061
0.007
0.009
0.005
0.009
0.005
0.010
0.011
3 H. harpax 3 0.080
0.041
0.010
0.007
0.010
0.007
0.011
0.012
4 H. harpax 4 0.028
0.059
0.074
0.009
0.006
0.009
0.007
0.011
5 H. harpax 5 0.064
0.023
0.047
0.059
0.009
0.005
0.010
0.011
6 H. harpax 6 0.018
0.056
0.071
0.025
0.059
0.009
0.007
0.011
7 H. harpax 8 0.059
0.018
0.040
0.056
0.020
0.056
0.010
0.011
8 H. harpax 10 0.045
0.070
0.087
0.038
0.070
0.042
0.067
0.0119 H. harpax
Vietnam0.085
0.089
0.105
0.079
0.088
0.079
0.091
0.083
SIMPULANdanSARAN
Kera
page 8 / 286page 8 / 286
Page 9
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
gamangenetik H.harpax diPerairanCirebonberdasarkanruasd-loop mtDNAadalah5,1%(±0,005).PopulasiH.harpax diPerairanCirebonsetidaknyabisadibagimenjadi2kelompo
page 9 / 286
Page 10
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
k.PopulasiH.harpax diLautJawajauhkemungkinannyaberasaldariPerairanVietnam.Hubunganfilogeniberdasarkanruasd-loop mtDNA menempatkan H.harpax Cirebonberbedanenek
page 10 / 286
Page 11
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
moyang/indukandengan H.harpax dariVietnam.
Saranbagipenelitian iniadalahdiperlukanpenelitianlebihlanjutmengunakanruasmitokondriayangberbedaatauselain
page 11 / 286
Page 12
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
d-loopdanperluanalisispembandingsampel H.harpaxdariPantaiUtaraKalimantandandaerahsekitarSelatMalakauntukmembuktikkanhubungankekerabatanantara H.
page 12 / 286
Page 13
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
harpax dariCirebondan H.harpax dariVietnam.
DAFTARPUSTAKA
AhyongST,ChanTY,danLiaoYC.2008. ACatalogue ofMan
page 13 / 286
Page 14
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
tisShrimps(Stomatopoda)ofTaiwan.NationalTaiwanOceanUniversity:Keelung.
AhyongST.1997.PhilogeneticAnalysisoftheStomatopoda(Malacostraca). Journal
page 14 / 286
Page 15
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ofCrustaceansBiology 17(4):695-715.
AlRozi,F.2008. PenerapanBudidayaUdangRamadanBerkelanjutanMelaluiAplikasiBakteriAntagonisuntukBiokontrolVibri
page 15 / 286
Page 16
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
osisUdangWindu(Penaeusmonodon)[skripsi].Yogyakarta:FakultasPertanian,UniversitasGadjahMada.
Barber P,MoosaMK,danPalumbiSR.2002.RapidRecoveryof
page 16 / 286
Page 17
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
GeneticsDiversityofStomatopodPopulationsonKrakatau:Temporal andSpatialScales ofMarineLarvalDispersal. JournalofTheRoyalSociety269:1591-1597.
Carp
page 17 / 286
Page 18
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
enter KEdanNiemVH.1998. TheLivingMarineResources ofTheWesternCentralPacificVolume2:Cephalopods,Crustacean,HolothuriansandShark.FoodandAgricultureOrganizat
page 18 / 286
Page 19
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ionofTheUnitedNation:Rome.
ChoiHJdanHongSY.2001.Larvaldevelopment ofthekishivelvetshrimp,metapenaeopsisdalei(rathbun)(decapoda:penaeidae),rear
page 19 / 286
Page 20
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ed inthelaboratory. FishBull 99:275-291.
Cook C.2005.TheCompleteMitochondrialGenomeofStomatopodCrustacean Squillamantis. JournalofBMCGenomics 6:1-9.
page 20 / 286
Page 21
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
HoelzoelAR,Lopez JV,DoverGA,Brien JO.1994.Rapidevolution ofaheteroplasmicrepetitivesequences inthemitochondrialDNAcontrolregionofcarnivores. JMolEvol 39:191-199.
page 21 / 286
Page 22
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
McCleaveJD,ArnoldGP,DodsonJJ,NeilWH.1984. MechanismofMigration inFishesh.PlneumPress:NewYorkdanLondon.
Miller ADdanAustinCM.2006.TheComplete
page 22 / 286
Page 23
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
MitochondrialGenomeOfTheMantisShrimp H.Harpax,andAPhylogeneticInvestigationofTheDecapodaUsingMitochondrialSequences. MolPhylogenetEvol38:565–574.
page 23 / 286
Page 24
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Moosa,M.1997.StomatopodasebagaiSalahSatuPotensiSumberdayaHayatiLaut. PerwataOseana5:1-6.
Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: ABiolo
page 24 / 286
Page 25
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
gist-CentricSoftwareforEvolutionary
AnalysisofDNAandProteinSequences. BriefingsinBioinformatics 9:299-306.
Tegelstrom H.1986.MitochondrialDNAinnatural
page 25 / 286
Page 26
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
populations:animproveroutineforthescreening
ofgeneticvariationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.
Dewinta,AchmadFarajalla
page 26 / 286
Page 27
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
h,danYusliWardiatno.2010.PolaDistribusiGeografispadaUdangMantis diPantaiJawaBerdasarkanGenomMitokondria.Seminardisampaikantanggal11September2010,Departe
page 27 / 286
Page 28
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
menBiologiFMIPAIPB.
PENDAHULUAN
LatarBelakang
UdangmantisatauudangronggengmerupakananggotaFilumArthropoda,Subfilum
page 28 / 286
Page 29
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Crustacea,OrdoStomatopoda,yangterdiriatasempatfamili,yaituOdontodactylidae,Lysiosquillidae,HarpiosquillidaedanSquilidae.Sebagaimanaudang padaumumnya,kelompo
page 29 / 286
Page 30
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
kudanginidicirikandengan tubuhyangbersegmen,dibelakangkepalaterdapatkarapaspendek,kaki beruas-ruas,ukurantubuhyangbesardanmataseringkaliberbentuk T(Carpent
page 30 / 286
Page 31
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
erdanNiem1998).
Habitatsebagianbesarudangmantisadalahpantai,senanghidup didasar airterutama pasirberlumpur.Carahidupudangmantisdenganmen
page 31 / 286
Page 32
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ggalidanbersembunyididasar airuntukberburumangsa.Salahsatuudangmantisyangbernilaiekonomitinggiadalah Harpiosquillaharpax dariFamiliHarpiosquillidae.Udanginidiek
page 32 / 286
Page 33
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ploitasiuntukdiperdagangkansebagaimakananeksotik.JenisudangmantislainyangseringdiperdagangkanadalahLysiosquillina maculata,Squillaempusa, dan S.mantis(Moosa
page 33 / 286
Page 34
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
1997).
Karakteristikdaristomatopodasebagaihewanpemangsamemiliki duametodeuntukmenangkapmangsa.Keduametodeinilahyangkemudianakanmembedaka
page 34 / 286
Page 35
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
nkelompokfungsionalstomatopodayangsangatluas, yaitu smashers (galak)dan spearers (sangatbaik). H.Harpax sendiritergolongkedalam spearers(Ahyong1997).
page 35 / 286
Page 36
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H.harpax banyakditemukan diPantaiUtaraPulauJawa,SelatMalakasampaikeLautPasifik(Ahyong et al.2008).Ciri-ciri H.harpax adalahtubuhterdiriatastigabagi
page 36 / 286
Page 37
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
anyaitukepala,thoraksdanabdomen,karapasdenganmediancarina,distalsegmendariuropodmemilikigaristengahwarnaputihatausedikithitam,carinaintermediat
page 37 / 286
Page 38
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
tidakterlalutajam,rostaldilengkapidenganprojeksianterior,panjangtotalmencapai 30cm,matasangatbesardanberbentuk T,telsonberduridanmediancarinapadatelso
page 38 / 286
Page 39
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
nmemiliki duabintikhitam(CarpenterdanNiem1998).
Udangbetinamampumenelurkan50.000hingga 1jutatelur,yangakanmenetassetelah24jammenjadilarv
page 39 / 286
Page 40
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
a nauplius(Choi danHong2001).Tahapperkembanganlarvapadaudang mantisterdiridariempatfase.Fasepertamayaitu nauplius,larvanaupliustidakdapatbere
page 40 / 286
Page 41
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
nangsehinggaterbawaaruskemanasajaarusbergerak,terutamaarussejajargarispantai,bermetamorfosisdalamenam stagesberkisarselamaduahari.Fasekeduayaitu prot
page 41 / 286
Page 42
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ozoea,mempunyaitujuh pasanganggotatubuh,bermetamorfosisdalam tiga stages berkisarselamatujuhhari.Faseketigayaitu mysisbermetamorfosisdalam tiga stag
page 42 / 286
Page 43
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
es berkisarselamatujuhhari. Faseterakhiryaitu postlarva,padafaseiniudangmulaimemilikikarakteristikudangdewasa,dilanjuti menjadi juvenildan udangdewasa
page 43 / 286
Page 44
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
(Choi,2001).
Pergerakkanarusini bergantungkepadaarah/sudutgelombangyangdatang.Padakawasanpantaiyangditerjanggelombangmenyudut,terhadapgarispantai,
page 44 / 286
Page 45
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
arusyangdominanterjadiadalaharussejajarpantai.Pergerakanarussejajardengangarispantaiinilahyangmenyebabkanpolapenyebaranterusmengikutigarispantai.Persebaranlarv
page 45 / 286
Page 46
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ayanghanyutterikutarusterusmengalamipersebaranyangsangatluas bahkanantarsamudera(Barber etal. 2002).
Dalampenelitian inipopulasiH.harpaxberu
page 46 / 286
Page 47
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
sahadipelajarimenggunakanpenandagenetikgenommitokondria,yaituruasgenomyangdikenaldengan d-loopataucontrolregion.Genommitokondriahewanmerupakangenom
page 47 / 286
Page 48
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
sitoplasmikyangdiwariskansecarauniparental,dantidakmengalamirekombinasi.GenommitokondriaataumtDNAterdiri atas2 genpenyandi rRNA,22 tRNA,dan13genpenyadi
page 48 / 286
Page 49
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
proteinyangterlibatdalamrangkaianrantai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagaipengontroltranskripsiyangdikenalsebagai d-loop.Ruasd-loopdikenalmempunyai
page 49 / 286
Page 50
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
lajumutasiyanglebihcepatdibandingruas-ruasgenlainnya,sehinggasangatcocokuntukdigunakansebagaipenandagenetikuntukmempelajarifenomenaintraspesifik
page 50 / 286
Page 51
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
(Cook2005).
Tujuan
Penelitianinibertujuanuntukmenganalisiskeragamangenetikudangmantis Harpiosquillaharpax diPantaiJawa,berdasarkangenom
page 51 / 286
Page 52
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
mitokondria.
BAHANDANMETODE
Metode
KoleksiUdangdanIdentifikasisampel. Udangmantis H.harpaxsebanyakdelapanekorkoleksibapak
page 52 / 286
Page 53
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Dr.YusliWardiatnodariDepartemenManajemenSumberdayaPerairanIPByangdipreservasidalametanol.Kepastianspesiesudangmantissebagai Harpiosquillaharpaxdiidentifikasiberd
page 53 / 286
Page 54
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
asarkankunciidentifikasi(CarpenterdanNiem1998).
EkstraksidanIsolasiDNA. IsolasiDNAdilakukandariotottungkai.Otottungkaiyangdisimpandalametanoldicu
page 54 / 286
Page 55
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
cidenganairdestilataduakalikemudiandihomogenasidalambuferSTE(NaCl 1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8).Sel-selototdilisismenggunakanproteinase K0,125
page 55 / 286
Page 56
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
mg/mldansodiumdodesilsulfat1%.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengikutipetunjuk GenomicDNAminikitforfreshblood.
AmplifikasidanVisualisasiFragmen
page 56 / 286
Page 57
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
DNA. Bagian d-loopdarimtDNAdiamplifikasimenggunakanprimeryangdidesainmenggunakanPrimer 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)denganreferensibeberapamtDNA
page 57 / 286
Page 58
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
anggotastomatopodayangadadiGenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). Primer forwardAF180beradapadaurutan15102ntdanprimer reverse AF181beradapadaurut
page 58 / 286
Page 59
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
an15127terhadapmtDNA H.harpax,dengantargetDNAhasilamplifikasiberukuran929bp.
ReaksiPCRdilakukandalamvolume50μL. ReaksiPCRdilakukandengan
page 59 / 286
Page 60
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
kondisipredenaturasipadasuhu94oCselama5menit,kemudiandilanjutkan30siklusyangterdiriatasdenaturasisuhu94oCselama1menit,penempelanprimersuhu54oCselama
page 60 / 286
Page 61
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
1menit,pemanjangan 72oCselama2.30menitdandiakhiripemanjanganakhirsuhu72oCselama7menit.ProdukPCRdiujimenggunakanPAGE6%,kemudiandilanjutkan
page 61 / 286
Page 62
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
denganpewarnaansensitifperak(Tegelstrom1986).
PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNASequencing. Produk PCRberupapitatunggaldiatasgelpoliakrilamiddan
page 62 / 286
Page 63
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
berukuransesuaidesainprimerdimurnikan,untukdijadikancetakandalam PCRforsequencing.PCRuntuksequencingmenggunakanprimeryangsamasepertiamplifikasisebe
page 63 / 286
Page 64
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
lumnyadenganmetode bigdyeterminatorcyclesequencing.Runutannukleotidayangdiperolehkemudiandieditsecaramanual. Runutan-runutannukleotidayangtelahdiedit
page 64 / 286
Page 65
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
kemudiansalingdisejajarkandenganrunutannukleotidareferensi,yaitu H.harpaxyangditangkapdariPantaiVietnamdenganNoaksesAY699271(MillerdanAustin2006)men
page 65 / 286
Page 66
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ggunakanprogramClustalW1.8yangtertanamdalamprogram MEGAversi4.00.
AnalisisFilogeni. Analisiskeragamannukleotidadanfilogenetikdilakukanmenggunaka
page 66 / 286
Page 67
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
nMEGA(Kumar et al.2008)berdasarkanmodelsubtitusi Kimura-2-parameter. Analisiskekerabatanantarsampelmenggunakanmetode neighbourjoining (NJ)dengan boot
page 67 / 286
Page 68
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
strap1000x.
HASILDANPEMBAHASAN
Identifikasi
Hasil identifikasiberdasarkanbukuidentifikasiCarpenterdanNiem(1998)
page 68 / 286
Page 69
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
menunjukkanbahwasampeludangyangdigunakanadalahspesies H.harpax.
AmplifikasidanVisualisasiDNA
Darikedelapansam
page 69 / 286
Page 70
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
pelyangdigunakan,semuanyaberhasildiamplifikasi.AmplifikasimenggunakanpasanganprimerAF180danAF181menghasilkanpitatunggalberukuransekitar1100bp(Gamba
page 70 / 286
Page 71
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
r 1).
Gambar1.ProdukPCRberupapitatunggalyangdiujidenganmenggunakan polyacrilamidegelelectrophoresis (PAGE)
page 71 / 286
Page 72
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
6%.Keterangan:M =DNAmarker100bp,NourutsesuaidenganGambar2.
PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNA SequencingPanjangbasanukleotidaDNAsetelahruas
page 72 / 286
Page 73
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
penempelanprimerdibuangdandiedit,yaknisekitar800-an.Setelahdisejajarkan,runutannukleotidayangbisadilanjutkandianalisisberadapadaposisi13496ntsampai142
page 73 / 286
Page 74
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
73ntberdasarkanreferensimtDNA H.harpax(MillerdanAustin2006)sepanjang787nt.Dari787nukleotida,sebanyak645ntsamauntuksemuasampel.Dari142ntyangberb
page 74 / 286
Page 75
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
eda,sebanyak9 ntmerupakaninsersi/delesiyanghanyaditemukanpada satusampeldan84ntsubstitusiyanghanyaditemukanpadasatusampelsehinggasebanyak93nttida
page 75 / 286
Page 76
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
kdiikutkandalamanalisisberikutnyakarenatidakbersifatparsimoni.Sisanyasebanyak49ntyangterdiridariduajenismutasi,yaitusubsitusidaninsersi/delesikemudiandigunaka
page 76 / 286
Page 77
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ndalammenghitungkeragamangenetik(Gambar 2).
Gambar2.Runutannukleotidayangsalingberbedaantarsam
page 77 / 286
Page 78
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
pelyangdigunakandalamanalisiskeragamangenetikdanmembangunpohonfilogeni.Nomorurutnuleotidaditulissecaravertikal(5barispalingatas) mengacupada
page 78 / 286
Page 79
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
genommitokondria H.harpaxNo.aksesAY699271.
SecarafilogeografiH.harpax diPerairanCirebonterpisahdengan H.harpax diPerairanVietnam. Halinidibuktikkanoleh
page 79 / 286
Page 80
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
nilaijarakgenetikterjauhadalahantara H.harpax Vietnamdan H.harpax 3yaitusebesar10,5%,sedangkanjarakgenetikpalingdekatadalahantara H.harpax 1dan 6(kelompo
page 80 / 286
Page 81
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
k 1) yaitusebesar1,8%.Keragamangenetik H.harpaxdiPerairanCirebonberdasarkanruasd-loopmemilikinilailebihbesaryaitu5.1%(±0,005)(Tabel 1)biladibandingkanden
page 81 / 286
Page 82
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
gankeragamangenetik Halocypridasp berdasarkanruasC01yaitusebesar2,27%.Nilaikeragamangenetik d-loop yanglebihbesarmembuktikkanbahwaruasd-loop memiliki laju
page 82 / 286
Page 83
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
mutasilebihtinggidibandingkanruas-ruaspadamtDNAlainnyadanmutasiyangtinggiberbandinglurusdengantingginyakeragaman(Cook2005).
Rata-ratakomposi
page 83 / 286
Page 84
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
sinukleotidaA=41,2% ;T=38,7% ;G=7,9%;C=12,3%.PersentaseA+T(79,9%)lebihbesardaripadaC+G(20,2%).BanyaknyabasaA+Tpadagenommitokondria d-loopdiba
page 84 / 286
Page 85
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ndingkanC+Tberkaitandengan d-loop sebagaipromotortitikawaltranskripsibagiutasberatmaupunutasringan(Hoelzoeletal. 1994).HallainyangmenyebabkanbasaATlebihtinggi
page 85 / 286
Page 86
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
disebakanolehadanyasekuensyangberulangdanpanjangnyaurutan T(Cook2005).
AnalisisFilogeni
TopologipohonfilogenimenggunakanmetodeNJden
page 86 / 286
Page 87
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ganbootstrap1000xmengelompokkanudangH.Harpax dalamsatupercabangandan H.Harpax Vietnamberada diluarpercabangan.StrukturpopulasiyangdigambarkanolehmtDNAini
page 87 / 286
Page 88
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
setidaknyamembagi populasiH.harpax diperairanCirebonmenjadiduayaitukelompok 1dankelompok 2. H.harpax 1,4,6dan10termasukkedalamkelompok 1dansalingberk
page 88 / 286
Page 89
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
erabatdekat.
H.harpax 2,3, 5,dan8termasukkedalamkelompok 2dan salingberkerabatdekat.Titiknenekmoyang(anchestralnode) menunjukkanbahwakeke
page 89 / 286
Page 90
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
rabatanH.harpax 1,2, 3,4, 5,6, 8dan10adalahberasaldarisatunenekmoyang/indukkan.SedangkanpopulasiHharpaxdariperairanCirebonberbedanenekmoyang/indukandengan
page 90 / 286
Page 91
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H.harpax diperairanVietnam(Gambar 3).Halinidisebabkanolehpolapenyebaranudangmantissangatberkaitaneratdenganaruslaut.AruspadaLautJawabergerakkearahKalimantan
page 91 / 286
Page 92
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
sedangkanarusdariLautChinaSelatanbergerakkeVietnamsehinggapergerakanarusdariCirebondanVietnamtidaksearah.Penyebaranudangmantismelaluitingkatlarvayang
page 92 / 286
Page 93
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
terbawaarusdanbergerak mengikutigarispantai.TelukVietnamyangberada disisiutaradariLautChinaSelatan tidakterhubung/salingterpisahdenganLautJawa(Cirebon),sehi
page 93 / 286
Page 94
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
nggamemilikigarispantaiyangtidakberhubungan(McCleave etal.1984).
HallainyangmenyebabkanH.harpax diPerairanCirebonberbedanenekmoyang/indukkan
page 94 / 286
Page 95
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
dengan H.harpax dariPerairanVietnamadalaharusdari Indo-PasifiksalingberhubungankarenaarusyangdatangdariPasifikmenujulautanIndonesiayangjugamelewatiVietnam
page 95 / 286
Page 96
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
bergerakbolak-balik,hanyasajadikarenakanadanyabencanaalamyangpernahterjadimenyebabkanpolapenyebaran H.harpaxhanyaberkisar±40km,sehinggamenyebabkankeragamanny
page 96 / 286
Page 97
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ahomogendanpolapenyebaranyangterbatas/tidakluas(Barber etal. 2002).
Daridatayangada,kelompok 1dan2mungkinsebagaispesiesyangberbedadalamgenus
page 97 / 286
Page 98
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Harpiosquilla . Halinidiperkuatdenganadanyabeberapaperbedaanyaitusepertiintermediatcarinapadabagianthorakstanpa/dilengkapidenganduri,darisegiwarnaada
page 98 / 286
Page 99
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
yanglebihgelapdanterang,dansegmendistalpadauropodadayangtidak/bewarnasedikithitam(datatidakdiperlihatkan).Halinijugadisebabkanolehspesies H.harpax
page 99 / 286
Page 100
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
yangtertangkap diPerairanCirebonseringkalitertangkapbersamaandengan H.raphidae.
Gambar3.Hasilrekontruksipoh
page 100 / 286
Page 101
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
onfilogeografipengelompokansampel H.harpaxberdasarkanruasd-loopmtDNA menggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x.
Tabel1.Jarak
page 101 / 286
Page 102
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
genetikantarsampel(dibawahdiagonal)danstandarerror(diatasdiagonal)berdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x.
No Sampel 1 2 3 4 5 6 7 8 91 H. harpax 1 0.01
00.011
0.006
0.010
0.005
0.009
0.008
0.011
2 H. harpax 2 0.061
0.007
0.009
0.005
0.009
0.005
0.010
0.011
3 H. harpax 3 0.080
0.041
0.010
0.007
0.010
0.007
0.011
0.012
4 H. harpax 4 0.028
0.059
0.074
0.009
0.006
0.009
0.007
0.011
page 102 / 286
Page 103
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
page 103 / 286
Page 104
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
5
page 104 / 286
Page 105
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H. harpax 5
page 105 / 286
Page 106
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.064
page 106 / 286
Page 107
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.023
page 107 / 286
Page 108
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.047
page 108 / 286
Page 109
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.059
page 109 / 286
Page 110
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
page 110 / 286
Page 111
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.009
page 111 / 286
Page 112
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.005
page 112 / 286
Page 113
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.010
page 113 / 286
Page 114
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.011
page 114 / 286
Page 115
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
6
page 115 / 286
Page 116
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H. harpax 6
page 116 / 286
Page 117
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.018
page 117 / 286
Page 118
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.056
page 118 / 286
Page 119
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.071
page 119 / 286
Page 120
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.025
page 120 / 286
Page 121
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.059
page 121 / 286
Page 122
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
page 122 / 286
Page 123
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.009
page 123 / 286
Page 124
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.007
page 124 / 286
Page 125
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.011
page 125 / 286
Page 126
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
7
page 126 / 286
Page 127
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H. harpax 8
page 127 / 286
Page 128
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.059
page 128 / 286
Page 129
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.018
page 129 / 286
Page 130
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.040
page 130 / 286
Page 131
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.056
page 131 / 286
Page 132
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.020
page 132 / 286
Page 133
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.056
page 133 / 286
Page 134
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
page 134 / 286
Page 135
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.010
page 135 / 286
Page 136
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.011
page 136 / 286
Page 137
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
8
page 137 / 286
Page 138
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H. harpax 10
page 138 / 286
Page 139
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.045
page 139 / 286
Page 140
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.070
page 140 / 286
Page 141
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.087
page 141 / 286
Page 142
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.038
page 142 / 286
Page 143
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.070
page 143 / 286
Page 144
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.042
page 144 / 286
Page 145
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.067
page 145 / 286
Page 146
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
page 146 / 286
Page 147
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.011
page 147 / 286
Page 148
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
9
page 148 / 286
Page 149
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H. harpaxVietnam
page 149 / 286
Page 150
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.085
page 150 / 286
Page 151
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.089
page 151 / 286
Page 152
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.105
page 152 / 286
Page 153
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.079
page 153 / 286
Page 154
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.088
page 154 / 286
Page 155
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.079
page 155 / 286
Page 156
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.091
page 156 / 286
Page 157
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.083
page 157 / 286
Page 158
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
SIMPULANdanSARAN
Keragamangenetik H.harpax diPerairanCirebonberdasarkanruasd-loop mtDNAadalah5,1%(±0,005)
page 158 / 286
Page 159
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
.PopulasiH.harpax diPerairanCirebonsetidaknyabisadibagimenjadi2kelompok.PopulasiH.harpax diLautJawajauhkemungkinannyaberasaldariPerairanVietnam.Hubunganfilog
page 159 / 286
Page 160
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
eniberdasarkanruasd-loop mtDNA menempatkan H.harpax Cirebonberbedanenekmoyang/indukandengan H.harpax dariVietnam.
Saranbagipenelitian iniadalahdipe
page 160 / 286
Page 161
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
rlukanpenelitianlebihlanjutmengunakanruasmitokondriayangberbedaatauselain d-loopdanperluanalisispembandingsampel H.harpaxdariPantaiUtaraKalimantandandaer
page 161 / 286
Page 162
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ahsekitarSelatMalakauntukmembuktikkanhubungankekerabatanantara H.harpax dariCirebondan H.harpax dariVietnam.
DAFTARPU
page 162 / 286
Page 163
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
STAKA
AhyongST,ChanTY,danLiaoYC.2008. ACatalogue ofMantisShrimps(Stomatopoda)ofTaiwan.NationalTaiwanOceanUniversity:Keelung.
Ahy
page 163 / 286
Page 164
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ongST.1997.PhilogeneticAnalysisoftheStomatopoda(Malacostraca). JournalofCrustaceansBiology 17(4):695-715.
AlRozi,F.2008. PenerapanBudidayaUdang
page 164 / 286
Page 165
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
RamadanBerkelanjutanMelaluiAplikasiBakteriAntagonisuntukBiokontrolVibriosisUdangWindu(Penaeusmonodon)[skripsi].Yogyakarta:FakultasPertanian,UniversitasGadjah
page 165 / 286
Page 166
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Mada.
Barber P,MoosaMK,danPalumbiSR.2002.RapidRecoveryofGeneticsDiversityofStomatopodPopulationsonKrakatau:Temporal andSpatialScales ofMarine
page 166 / 286
Page 167
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
LarvalDispersal. JournalofTheRoyalSociety269:1591-1597.
Carpenter KEdanNiemVH.1998. TheLivingMarineResources ofTheWesternCentralPacificVolume
page 167 / 286
Page 168
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
2:Cephalopods,Crustacean,HolothuriansandShark.FoodandAgricultureOrganizationofTheUnitedNation:Rome.
ChoiHJdanHongSY.2001.Larvaldevelopmen
page 168 / 286
Page 169
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
t ofthekishivelvetshrimp,metapenaeopsisdalei(rathbun)(decapoda:penaeidae),reared inthelaboratory. FishBull 99:275-291.
Cook C.2005.TheCompleteMitochondrialGen
page 169 / 286
Page 170
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
omeofStomatopodCrustacean Squillamantis. JournalofBMCGenomics 6:1-9.
HoelzoelAR,Lopez JV,DoverGA,Brien JO.1994.Rapidevolution ofaheteroplasmic
page 170 / 286
Page 171
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
repetitivesequences inthemitochondrialDNAcontrolregionofcarnivores. JMolEvol 39:191-199.
McCleaveJD,ArnoldGP,DodsonJJ,NeilWH.1984. MechanismofMigratio
page 171 / 286
Page 172
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
n inFishesh.PlneumPress:NewYorkdanLondon.
Miller ADdanAustinCM.2006.TheCompleteMitochondrialGenomeOfTheMantisShrimp H.Harpax,andAPhylogenetic
page 172 / 286
Page 173
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
InvestigationofTheDecapodaUsingMitochondrialSequences. MolPhylogenetEvol38:565–574.
Moosa,M.1997.StomatopodasebagaiSalahSatuPotensiSumberdaya
page 173 / 286
Page 174
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
HayatiLaut. PerwataOseana5:1-6.
Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: ABiologist-CentricSoftwareforEvolutionary
AnalysisofDNAandProtein
page 174 / 286
Page 175
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Sequences. BriefingsinBioinformatics 9:299-306.
Tegelstrom H.1986.MitochondrialDNAinnaturalpopulations:animproveroutineforthescreening
ofgenetic
page 175 / 286
Page 176
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
variationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.
Dewinta,AchmadFarajallah,danYusliWardiatno.2010.PolaDistribusiGeografispadaUdang
page 176 / 286
Page 177
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Mantis diPantaiJawaBerdasarkanGenomMitokondria.Seminardisampaikantanggal11September2010,DepartemenBiologiFMIPAIPB.
PENDAHULU
page 177 / 286
Page 178
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
AN
LatarBelakang
UdangmantisatauudangronggengmerupakananggotaFilumArthropoda,SubfilumCrustacea,OrdoStomatopoda,yangterdiriatasemp
page 178 / 286
Page 179
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
atfamili,yaituOdontodactylidae,Lysiosquillidae,HarpiosquillidaedanSquilidae.Sebagaimanaudang padaumumnya,kelompokudanginidicirikandengan tubuhyangbersegm
page 179 / 286
Page 180
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
en,dibelakangkepalaterdapatkarapaspendek,kaki beruas-ruas,ukurantubuhyangbesardanmataseringkaliberbentuk T(CarpenterdanNiem1998).
Habitatsebagian
page 180 / 286
Page 181
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
besarudangmantisadalahpantai,senanghidup didasar airterutama pasirberlumpur.Carahidupudangmantisdenganmenggalidanbersembunyididasar airuntukberburuman
page 181 / 286
Page 182
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
gsa.Salahsatuudangmantisyangbernilaiekonomitinggiadalah Harpiosquillaharpax dariFamiliHarpiosquillidae.Udanginidiekploitasiuntukdiperdagangkansebagaimakanan
page 182 / 286
Page 183
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
eksotik.JenisudangmantislainyangseringdiperdagangkanadalahLysiosquillina maculata,Squillaempusa, dan S.mantis(Moosa1997).
Karakteristikdaristomatopoda
page 183 / 286
Page 184
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
sebagaihewanpemangsamemiliki duametodeuntukmenangkapmangsa.Keduametodeinilahyangkemudianakanmembedakankelompokfungsionalstomatopodayangsang
page 184 / 286
Page 185
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
atluas, yaitu smashers (galak)dan spearers (sangatbaik). H.Harpax sendiritergolongkedalam spearers(Ahyong1997).
H.harpax banyakditemukan diPantaiUtar
page 185 / 286
Page 186
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
aPulauJawa,SelatMalakasampaikeLautPasifik(Ahyong et al.2008).Ciri-ciri H.harpax adalahtubuhterdiriatastigabagianyaitukepala,thoraksdanabdomen,
page 186 / 286
Page 187
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
karapasdenganmediancarina,distalsegmendariuropodmemilikigaristengahwarnaputihatausedikithitam,carinaintermediat tidakterlalutajam,rostaldilengkapi
page 187 / 286
Page 188
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
denganprojeksianterior,panjangtotalmencapai 30cm,matasangatbesardanberbentuk T,telsonberduridanmediancarinapadatelsonmemiliki duabintikhitam(Carpenter
page 188 / 286
Page 189
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
danNiem1998).
Udangbetinamampumenelurkan50.000hingga 1jutatelur,yangakanmenetassetelah24jammenjadilarva nauplius(Choi danHong2001).Tahap
page 189 / 286
Page 190
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
perkembanganlarvapadaudang mantisterdiridariempatfase.Fasepertamayaitu nauplius,larvanaupliustidakdapatberenangsehinggaterbawaaruskemanasaja
page 190 / 286
Page 191
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
arusbergerak,terutamaarussejajargarispantai,bermetamorfosisdalamenam stagesberkisarselamaduahari.Fasekeduayaitu protozoea,mempunyaitujuh pasanganggota
page 191 / 286
Page 192
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
tubuh,bermetamorfosisdalam tiga stages berkisarselamatujuhhari.Faseketigayaitu mysisbermetamorfosisdalam tiga stages berkisarselamatujuhhari. Fasetera
page 192 / 286
Page 193
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
khiryaitu postlarva,padafaseiniudangmulaimemilikikarakteristikudangdewasa,dilanjuti menjadi juvenildan udangdewasa(Choi,2001).
Pergerakkanarus
page 193 / 286
Page 194
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ini bergantungkepadaarah/sudutgelombangyangdatang.Padakawasanpantaiyangditerjanggelombangmenyudut,terhadapgarispantai,arusyangdominanterjadiadalaharussejajar
page 194 / 286
Page 195
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
pantai.Pergerakanarussejajardengangarispantaiinilahyangmenyebabkanpolapenyebaranterusmengikutigarispantai.Persebaranlarvayanghanyutterikutarusterusmengala
page 195 / 286
Page 196
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
mipersebaranyangsangatluas bahkanantarsamudera(Barber etal. 2002).
Dalampenelitian inipopulasiH.harpaxberusahadipelajarimenggunakanpenandagen
page 196 / 286
Page 197
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
etikgenommitokondria,yaituruasgenomyangdikenaldengan d-loopataucontrolregion.Genommitokondriahewanmerupakangenomsitoplasmikyangdiwariskansecarauniparen
page 197 / 286
Page 198
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
tal,dantidakmengalamirekombinasi.GenommitokondriaataumtDNAterdiri atas2 genpenyandi rRNA,22 tRNA,dan13genpenyadiproteinyangterlibatdalamrangkaianrant
page 198 / 286
Page 199
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ai respirasiselular,dansaturuasyangberfungsisebagaipengontroltranskripsiyangdikenalsebagai d-loop.Ruasd-loopdikenalmempunyailajumutasiyanglebihcepatdibandingruas
page 199 / 286
Page 200
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
-ruasgenlainnya,sehinggasangatcocokuntukdigunakansebagaipenandagenetikuntukmempelajarifenomenaintraspesifik(Cook2005).
Tujuan
page 200 / 286
Page 201
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Penelitianinibertujuanuntukmenganalisiskeragamangenetikudangmantis Harpiosquillaharpax diPantaiJawa,berdasarkangenommitokondria.
BAH
page 201 / 286
Page 202
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ANDANMETODE
Metode
KoleksiUdangdanIdentifikasisampel. Udangmantis H.harpaxsebanyakdelapanekorkoleksibapakDr.YusliWardiatnodari
page 202 / 286
Page 203
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
DepartemenManajemenSumberdayaPerairanIPByangdipreservasidalametanol.Kepastianspesiesudangmantissebagai Harpiosquillaharpaxdiidentifikasiberdasarkankunciidentifik
page 203 / 286
Page 204
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
asi(CarpenterdanNiem1998).
EkstraksidanIsolasiDNA. IsolasiDNAdilakukandariotottungkai.Otottungkaiyangdisimpandalametanoldicucidenganairdestilata
page 204 / 286
Page 205
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
duakalikemudiandihomogenasidalambuferSTE(NaCl 1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8).Sel-selototdilisismenggunakanproteinase K0,125mg/mldansodiumdod
page 205 / 286
Page 206
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
esilsulfat1%.MetodeekstraksiDNAselanjutnyamengikutipetunjuk GenomicDNAminikitforfreshblood.
AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA. Bagian d-loop
page 206 / 286
Page 207
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
darimtDNAdiamplifikasimenggunakanprimeryangdidesainmenggunakanPrimer 3(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)denganreferensibeberapamtDNAanggotastomatopoda
page 207 / 286
Page 208
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
yangadadiGenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). Primer forwardAF180beradapadaurutan15102ntdanprimer reverse AF181beradapadaurutan15127terhadap
page 208 / 286
Page 209
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
mtDNA H.harpax,dengantargetDNAhasilamplifikasiberukuran929bp.
ReaksiPCRdilakukandalamvolume50μL. ReaksiPCRdilakukandengankondisipredenaturasipad
page 209 / 286
Page 210
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
asuhu94oCselama5menit,kemudiandilanjutkan30siklusyangterdiriatasdenaturasisuhu94oCselama1menit,penempelanprimersuhu54oCselama1menit,pemanjanga
page 210 / 286
Page 211
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
n 72oCselama2.30menitdandiakhiripemanjanganakhirsuhu72oCselama7menit.ProdukPCRdiujimenggunakanPAGE6%,kemudiandilanjutkandenganpewarnaansens
page 211 / 286
Page 212
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
itifperak(Tegelstrom1986).
PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNASequencing. Produk PCRberupapitatunggaldiatasgelpoliakrilamiddanberukuransesuaidesa
page 212 / 286
Page 213
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
inprimerdimurnikan,untukdijadikancetakandalam PCRforsequencing.PCRuntuksequencingmenggunakanprimeryangsamasepertiamplifikasisebelumnyadenganmetode
page 213 / 286
Page 214
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
bigdyeterminatorcyclesequencing.Runutannukleotidayangdiperolehkemudiandieditsecaramanual. Runutan-runutannukleotidayangtelahdieditkemudiansalingdisej
page 214 / 286
Page 215
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ajarkandenganrunutannukleotidareferensi,yaitu H.harpaxyangditangkapdariPantaiVietnamdenganNoaksesAY699271(MillerdanAustin2006)menggunakanprogramClus
page 215 / 286
Page 216
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
talW1.8yangtertanamdalamprogram MEGAversi4.00.
AnalisisFilogeni. AnalisiskeragamannukleotidadanfilogenetikdilakukanmenggunakanMEGA(Kumar et al
page 216 / 286
Page 217
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
.2008)berdasarkanmodelsubtitusi Kimura-2-parameter. Analisiskekerabatanantarsampelmenggunakanmetode neighbourjoining (NJ)dengan bootstrap1000x.
page 217 / 286
Page 218
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
HASILDANPEMBAHASAN
Identifikasi
Hasil identifikasiberdasarkanbukuidentifikasiCarpenterdanNiem(1998)menunjukkan
page 218 / 286
Page 219
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
bahwasampeludangyangdigunakanadalahspesies H.harpax.
AmplifikasidanVisualisasiDNA
Darikedelapansampelyangdigu
page 219 / 286
Page 220
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
nakan,semuanyaberhasildiamplifikasi.AmplifikasimenggunakanpasanganprimerAF180danAF181menghasilkanpitatunggalberukuransekitar1100bp(Gambar 1).
page 220 / 286
Page 221
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Gambar1.ProdukPCRberupapitatunggalyangdiujidenganmenggunakan polyacrilamidegelelectrophoresis (PAGE)6%.Keterangan:M =
page 221 / 286
Page 222
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
DNAmarker100bp,NourutsesuaidenganGambar2.
PerunutanProdukPCRdanAnalisisDNA SequencingPanjangbasanukleotidaDNAsetelahruaspenempelanprimer
page 222 / 286
Page 223
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
dibuangdandiedit,yaknisekitar800-an.Setelahdisejajarkan,runutannukleotidayangbisadilanjutkandianalisisberadapadaposisi13496ntsampai14273ntberdasarkan
page 223 / 286
Page 224
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
referensimtDNA H.harpax(MillerdanAustin2006)sepanjang787nt.Dari787nukleotida,sebanyak645ntsamauntuksemuasampel.Dari142ntyangberbeda,sebanyak9 ntmer
page 224 / 286
Page 225
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
upakaninsersi/delesiyanghanyaditemukanpada satusampeldan84ntsubstitusiyanghanyaditemukanpadasatusampelsehinggasebanyak93nttidakdiikutkandalam
page 225 / 286
Page 226
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
analisisberikutnyakarenatidakbersifatparsimoni.Sisanyasebanyak49ntyangterdiridariduajenismutasi,yaitusubsitusidaninsersi/delesikemudiandigunakandalammenghit
page 226 / 286
Page 227
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ungkeragamangenetik(Gambar 2).
Gambar2.Runutannukleotidayangsalingberbedaantarsampelyangdigunakan
page 227 / 286
Page 228
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
dalamanalisiskeragamangenetikdanmembangunpohonfilogeni.Nomorurutnuleotidaditulissecaravertikal(5barispalingatas) mengacupadagenommitokondria
page 228 / 286
Page 229
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H.harpaxNo.aksesAY699271.
SecarafilogeografiH.harpax diPerairanCirebonterpisahdengan H.harpax diPerairanVietnam. Halinidibuktikkanolehnilaijarakgenetik
page 229 / 286
Page 230
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
terjauhadalahantara H.harpax Vietnamdan H.harpax 3yaitusebesar10,5%,sedangkanjarakgenetikpalingdekatadalahantara H.harpax 1dan 6(kelompok 1) yaitusebesar
page 230 / 286
Page 231
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
1,8%.Keragamangenetik H.harpaxdiPerairanCirebonberdasarkanruasd-loopmemilikinilailebihbesaryaitu5.1%(±0,005)(Tabel 1)biladibandingkandengankeragamangen
page 231 / 286
Page 232
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
etik Halocypridasp berdasarkanruasC01yaitusebesar2,27%.Nilaikeragamangenetik d-loop yanglebihbesarmembuktikkanbahwaruasd-loop memiliki lajumutasilebihtinggi
page 232 / 286
Page 233
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
dibandingkanruas-ruaspadamtDNAlainnyadanmutasiyangtinggiberbandinglurusdengantingginyakeragaman(Cook2005).
Rata-ratakomposisinukleotidaA=4
page 233 / 286
Page 234
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
1,2% ;T=38,7% ;G=7,9%;C=12,3%.PersentaseA+T(79,9%)lebihbesardaripadaC+G(20,2%).BanyaknyabasaA+Tpadagenommitokondria d-loopdibandingkanC+Tberkaita
page 234 / 286
Page 235
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ndengan d-loop sebagaipromotortitikawaltranskripsibagiutasberatmaupunutasringan(Hoelzoeletal. 1994).HallainyangmenyebabkanbasaATlebihtinggidisebakanolehada
page 235 / 286
Page 236
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
nyasekuensyangberulangdanpanjangnyaurutan T(Cook2005).
AnalisisFilogeni
TopologipohonfilogenimenggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x
page 236 / 286
Page 237
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
mengelompokkanudangH.Harpax dalamsatupercabangandan H.Harpax Vietnamberada diluarpercabangan.StrukturpopulasiyangdigambarkanolehmtDNAinisetidaknyamemba
page 237 / 286
Page 238
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
gi populasiH.harpax diperairanCirebonmenjadiduayaitukelompok 1dankelompok 2. H.harpax 1,4,6dan10termasukkedalamkelompok 1dansalingberkerabatdekat.
page 238 / 286
Page 239
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H.harpax 2,3, 5,dan8termasukkedalamkelompok 2dan salingberkerabatdekat.Titiknenekmoyang(anchestralnode) menunjukkanbahwakekerabatanH.harpax 1,2, 3,4, 5,
page 239 / 286
Page 240
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
6, 8dan10adalahberasaldarisatunenekmoyang/indukkan.SedangkanpopulasiHharpaxdariperairanCirebonberbedanenekmoyang/indukandengan H.harpax diperairanVietnam
page 240 / 286
Page 241
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
(Gambar 3).Halinidisebabkanolehpolapenyebaranudangmantissangatberkaitaneratdenganaruslaut.AruspadaLautJawabergerakkearahKalimantansedangkanarusdariLautChin
page 241 / 286
Page 242
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
aSelatanbergerakkeVietnamsehinggapergerakanarusdariCirebondanVietnamtidaksearah.Penyebaranudangmantismelaluitingkatlarvayangterbawaarusdanbergerak
page 242 / 286
Page 243
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
mengikutigarispantai.TelukVietnamyangberada disisiutaradariLautChinaSelatan tidakterhubung/salingterpisahdenganLautJawa(Cirebon),sehinggamemilikigarispant
page 243 / 286
Page 244
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
aiyangtidakberhubungan(McCleave etal.1984).
HallainyangmenyebabkanH.harpax diPerairanCirebonberbedanenekmoyang/indukkandengan H.harpax dariPera
page 244 / 286
Page 245
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
iranVietnamadalaharusdari Indo-PasifiksalingberhubungankarenaarusyangdatangdariPasifikmenujulautanIndonesiayangjugamelewatiVietnambergerakbolak-balik,hanya
page 245 / 286
Page 246
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
sajadikarenakanadanyabencanaalamyangpernahterjadimenyebabkanpolapenyebaran H.harpaxhanyaberkisar±40km,sehinggamenyebabkankeragamannyahomogendanpolapeny
page 246 / 286
Page 247
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ebaranyangterbatas/tidakluas(Barber etal. 2002).
Daridatayangada,kelompok 1dan2mungkinsebagaispesiesyangberbedadalamgenus Harpiosquilla . Halinidiperkua
page 247 / 286
Page 248
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
tdenganadanyabeberapaperbedaanyaitusepertiintermediatcarinapadabagianthorakstanpa/dilengkapidenganduri,darisegiwarnaadayanglebihgelapdanterang,
page 248 / 286
Page 249
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
dansegmendistalpadauropodadayangtidak/bewarnasedikithitam(datatidakdiperlihatkan).Halinijugadisebabkanolehspesies H.harpax yangtertangkap diPerairanCire
page 249 / 286
Page 250
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
bonseringkalitertangkapbersamaandengan H.raphidae.
Gambar3.Hasilrekontruksipohonfilogeografipengelompo
page 250 / 286
Page 251
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
kansampel H.harpaxberdasarkanruasd-loopmtDNA menggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x.
Tabel1.Jarakgenetikantarsampel(di
page 251 / 286
Page 252
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
bawahdiagonal)danstandarerror(diatasdiagonal)berdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x.
No Sampel 1 2 3 4 5 6 7 8 91 H. harpax 1 0.01
00.011
0.006
0.010
0.005
0.009
0.008
0.011
2 H. harpax 2 0.061
0.007
0.009
0.005
0.009
0.005
0.010
0.011
3 H. harpax 3 0.080
0.041
0.010
0.007
0.010
0.007
0.011
0.012
4 H. harpax 4 0.028
0.059
0.074
0.009
0.006
0.009
0.007
0.011
5 H. harpax 5 0.064
0.023
0.047
0.059
0.009
0.005
0.010
0.011
6 H. harpax 6 0.018
0.056
0.071
0.025
0.059
0.009
0.007
0.011
7 H. harpax 8 0.059
0.018
0.040
0.056
0.020
0.056
0.010
0.011
page 252 / 286
Page 253
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
8
page 253 / 286
Page 254
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H. harpax 10
page 254 / 286
Page 255
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.04
page 255 / 286
0.07 0.08 0.03 0.07 0.04 0.06 0.01
Page 256
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
5
page 256 / 286
0 7 8 0 2 7 1
Page 257
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
9
page 257 / 286
Page 258
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
H. harpaxVietnam
page 258 / 286
Page 259
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.085
page 259 / 286
Page 260
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.089
page 260 / 286
Page 261
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.105
page 261 / 286
Page 262
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.079
page 262 / 286
Page 263
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.088
page 263 / 286
Page 264
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.079
page 264 / 286
Page 265
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.091
page 265 / 286
Page 266
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
0.083
page 266 / 286
Page 267
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
SIMPULANdanSARAN
Keragamangenetik H.harpax diPerairanCirebonberdasarkanruasd-loop mtDNAadalah5,1%(±0,005)
page 267 / 286
Page 268
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
.PopulasiH.harpax diPerairanCirebonsetidaknyabisadibagimenjadi2kelompok.PopulasiH.harpax diLautJawajauhkemungkinannyaberasaldariPerairanVietnam.Hubunganfilog
page 268 / 286
Page 269
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
eniberdasarkanruasd-loop mtDNA menempatkan H.harpax Cirebonberbedanenekmoyang/indukandengan H.harpax dariVietnam.
Saranbagipenelitian iniadalahdipe
page 269 / 286
Page 270
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
rlukanpenelitianlebihlanjutmengunakanruasmitokondriayangberbedaatauselain d-loopdanperluanalisispembandingsampel H.harpaxdariPantaiUtaraKalimantandandaer
page 270 / 286
Page 271
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ahsekitarSelatMalakauntukmembuktikkanhubungankekerabatanantara H.harpax dariCirebondan H.harpax dariVietnam.
DAFTARPU
page 271 / 286
Page 272
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
STAKA
AhyongST,ChanTY,danLiaoYC.2008. ACatalogue ofMantisShrimps(Stomatopoda)ofTaiwan.NationalTaiwanOceanUniversity:Keelung.
Ahy
page 272 / 286
Page 273
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
ongST.1997.PhilogeneticAnalysisoftheStomatopoda(Malacostraca). JournalofCrustaceansBiology 17(4):695-715.
AlRozi,F.2008. PenerapanBudidayaUdang
page 273 / 286
Page 274
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
RamadanBerkelanjutanMelaluiAplikasiBakteriAntagonisuntukBiokontrolVibriosisUdangWindu(Penaeusmonodon)[skripsi].Yogyakarta:FakultasPertanian,UniversitasGadjah
page 274 / 286
Page 275
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Mada.
Barber P,MoosaMK,danPalumbiSR.2002.RapidRecoveryofGeneticsDiversityofStomatopodPopulationsonKrakatau:Temporal andSpatialScales ofMarine
page 275 / 286
Page 276
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
LarvalDispersal. JournalofTheRoyalSociety269:1591-1597.
Carpenter KEdanNiemVH.1998. TheLivingMarineResources ofTheWesternCentralPacificVolume
page 276 / 286
Page 277
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
2:Cephalopods,Crustacean,HolothuriansandShark.FoodandAgricultureOrganizationofTheUnitedNation:Rome.
ChoiHJdanHongSY.2001.Larvaldevelopmen
page 277 / 286
Page 278
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
t ofthekishivelvetshrimp,metapenaeopsisdalei(rathbun)(decapoda:penaeidae),reared inthelaboratory. FishBull 99:275-291.
Cook C.2005.TheCompleteMitochondrialGen
page 278 / 286
Page 279
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
omeofStomatopodCrustacean Squillamantis. JournalofBMCGenomics 6:1-9.
HoelzoelAR,Lopez JV,DoverGA,Brien JO.1994.Rapidevolution ofaheteroplasmic
page 279 / 286
Page 280
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
repetitivesequences inthemitochondrialDNAcontrolregionofcarnivores. JMolEvol 39:191-199.
McCleaveJD,ArnoldGP,DodsonJJ,NeilWH.1984. MechanismofMigratio
page 280 / 286
Page 281
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
n inFishesh.PlneumPress:NewYorkdanLondon.
Miller ADdanAustinCM.2006.TheCompleteMitochondrialGenomeOfTheMantisShrimp H.Harpax,andAPhylogenetic
page 281 / 286
Page 282
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
InvestigationofTheDecapodaUsingMitochondrialSequences. MolPhylogenetEvol38:565–574.
Moosa,M.1997.StomatopodasebagaiSalahSatuPotensiSumberdaya
page 282 / 286
Page 283
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
HayatiLaut. PerwataOseana5:1-6.
Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: ABiologist-CentricSoftwareforEvolutionary
AnalysisofDNAandProtein
page 283 / 286
Page 284
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
Sequences. BriefingsinBioinformatics 9:299-306.
Tegelstrom H.1986.MitochondrialDNAinnaturalpopulations:animproveroutineforthescreening
ofgenetic
page 284 / 286
Page 285
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/
variationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.
page 285 / 286
Page 286
Achmad Farajallah | Seminar Dewinta G34063443Copyright Achmad Farajallah [email protected] ://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/23/seminar-dewinta-g34063443/