BASF Aktiengesellschaft Produktsicherheit Chemikalienrecht, Toxikologie und Ökologie SCHLUSSBERICHT Computerunterstützte Neustoffentwicklung von ökologisch fortschrittlichen Produkten Förderkennzeichen: 01RC0090 (früher: 1461042/0) Laufzeit: 01.08.1998 – 31.12.2001 Durchführung in der Abteilung: Produktsicherheit Chemikalienrecht, Toxikologie und Ökologie Experimentelle Toxikologie und Ökologie GV/TB – Z 470 67056 Ludwigshafen, FRG Projektleiter: Herr Dr. D. B. Beimborn BASF-Mitarbeiter: Herr E. Rorije Frau F. Germa Frau P. Geyer-Zachmann Frau A. Jochens Unterauftragnehmer: Herr Prof. Dr. V. Mersch-Sundermann Herr M. Hoff Institut für Toxikologie und Ökotoxikologie Universität Trier Herr Prof. Dr. B. Schink Herr Prof. Dr. A. Cook Herr Dr. J. Mampel Herr Dr. B. Philipp Herr Dr. Tralau Universität Konstanz, Fakultät Biologie
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SCHLUSSBERICHT - cleaner-production.de · borpraxis (GLP Good Laboratory Practice) durchgeführt. Für die Durchführung des Forschungsvorhabens standen moderne, gut eingerichtete
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BASF Aktiengesellschaft ProduktsicherheitChemikalienrecht, Toxikologie und Ökologie
Durchführung in der Abteilung:ProduktsicherheitChemikalienrecht, Toxikologie und ÖkologieExperimentelle Toxikologie und ÖkologieGV/TB – Z 47067056 Ludwigshafen, FRG
Projektleiter:Herr Dr. D. B. Beimborn
BASF-Mitarbeiter:Herr E. RorijeFrau F. GermaFrau P. Geyer-ZachmannFrau A. Jochens
Unterauftragnehmer:Herr Prof. Dr. V. Mersch-SundermannHerr M. HoffInstitut für Toxikologie und ÖkotoxikologieUniversität Trier
Herr Prof. Dr. B. SchinkHerr Prof. Dr. A. CookHerr Dr. J. MampelHerr Dr. B. PhilippHerr Dr. TralauUniversität Konstanz, Fakultät Biologie
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1. ZUSAMMENFASSUNG 3
2. VORHABENBESCHREIBUNG 4
2.1. GESAMTZIEL DES VORHABENS 4
2.2. WISSENSCHAFTLICHE UND/ODER TECHNISCHE ARBEITSZIELE DES VORHABENS 5
2.3. BEZUG DES VORHABENS ZU DEN FÖRDERPOLITISCHEN ZIELENDES FÖRDERPROGRAMMS 6
2.4. VORAUSSETZUNGEN UNTER DENEN DAS VORHABENDURCHGEFÜHRT WURDE 6
2.5. PLANUNG UND ABLAUF DES VORHABENS 6
2.6. STAND DER TECHNIK ZU PROJEKTBEGINN 7
3. ERGEBNISSE 8
3.1. EINLEITUNG 8
3.2. PROJEKTVERLAUF 83.2.1. Projektphase I 83.2.2. Projektphase II 93.2.3. Projektphase III 13
3.3. PROJEKTERFOLG UND ZUKUNFTSAUSSICHTEN 14
4. VORAUSSICHTLICHER NUTZEN UND VERWERTBARKEITDER ERGENISSE 14
5. ERFOLGTE UND GEPLANTE PUBLIKATIONEN 16
5.1. VORTRÄGE 16
5.2. POSTER 17
5.3. PUBLIKATIONEN 17
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1. ZUSAMMENFASSUNG
Die bahnbrechenden Entwicklungen der Informationstechnologie in den letzten Jah-ren erlauben die Handhabung großer Datenbestände mit relativ geringem Rechner-aufwand, wie dies für Fragestellungen zu Struktur-Wirkungs-Korrelationen (SAR) er-forderlich ist. Zielsetzung des vorliegenden Projekts war es, Struktur-Abbau-Korrelationen (SBR) abzuleiten. Es wurden Abbau- und Strukturdaten zu ca. 6700Stoffen recherchiert und in eine neu entwickelte Datenbank eingespeist. Diese ‚ISISBASE‘-Datenbank ermöglichte die rasche Recherche und Visualisierung der Struktureines gewünschten organischen Stoffes und seiner Strukturanaloga mit den dazuge-hörigen experimentellen Daten, soweit diese vorhanden sind. In Projektphase I wur-den mit der Entwicklung und dem Aufbau dieser Datenbank BISS und der Etablie-rung geeigneter Softwaretools die Voraussetzungen für SBR-Studien geschaffen.
In Projektphase II wurden Struktur-Abbau-Relationen spezieller Chemikalienklassenerforscht und die Ergebnisse in speziellen Stoffmodulen zusammengefasst.
In Projektphase III wurde das Expertensystem BIOLINK für die Vorhersage der bio-log. Abbaubarkeit von Stoffen programmiert. Mit dieser Software hat der AnwenderZugriff auf die bisher erarbeiteten Zusammenhänge zwischen chemischer Strukturund Bioabbaubarkeit. Darüber hinaus bietet die Benutzeroberfläche die notwendigenVoraussetzungen für die Bearbeitung und Speicherung aktueller SBR-Fragestellungen. Die hier entwickelte Software BIOLINK ist für die Bearbeitung vonSAR-Fragestellungen anderer Fachgebiete gleichermaßen geeignet.
Das diesem Bericht zugrunde liegende Vorhaben wurde mit Mitteln des Bundes-ministeriums für Bildung und Forschung unter dem Förderkennzeichen 01RC0090gefördert.
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2. VORHABENBESCHREIBUNG
2.1. GESAMTZIEL DES VORHABENS
Mikrobieller Abbau findet in unterschiedlichen Umweltkompartimenten statt und stelltden natürlichen Entsorgungspfad für organische Naturstoffe dar. Abbaubare Xenobio-tika werden in Kläranlagen und Gewässern von verschiedenen Bakterien und Pilzen inGegenwart (aerob) und Abwesenheit von Sauerstoff (anaerob) abgebaut. Die Kinetikdes Stoffabbaus hängt von ihren chemischen und physikalischen Eigenschaften ab, soz. B. von der Wasser- bzw. Fettlöslichkeit, der Polarität, Adsorbierbarkeit oder derFlüchtigkeit. Die Umweltschutzgesetze fordern eine ökologische Risikobewertung so-wohl für neu entwickelte als auch für bereits im Verkehr befindliche Stoffe. Mit demNachweis der biologischen Abbaubarkeit eines Stoffes erhält dieser eine bedeutendgünstigere ökologische Risikobewertung. Über Ableitungen von Struktur-Abbau-Korrelationen wurden mit diesem Projekt neue Möglichkeiten sowohl für die Stoff- undProduktbewertung als auch für ein innovatives Produktdesign eröffnet. Die Bewertungeines einzelnen Stoffes soll zukünftig vor dem Hintergrund der Bewertung ganzerStoffklassen (mit ähnlichen Strukturen) geschehen. Die Einsparung experimentellerPrüfungen kann auf diese Weise durch nachvollziehbare QSAR-Aussagen erreichtwerden, sowohl in Altstoffprüfprogrammen als auch bei der Entwicklung ökologischverbesserter Substanzen.
Ein wichtiges Forschungsziel der chemischen Industrie ist der Ersatz problematischerStoffe und Produkte durch technisch und ökologisch verbesserte. Sie verpflichtet sichdazu, auch unabhängig von gesetzlichen Forderungen, im Rahmen der ‘ResponsibleCare Initiative’. Die biologische Abbaubarkeit eines Stoffes verhindert dessen Anrei-cherung in Ökosystemen, reduziert die Gefahr ökotoxischer Wirkungen und gehörtdaher zu den wünschenswerten Eigenschaften. Ein ausreichender Abbau wird insbe-sondere von Stoffen gefordert, die bei ihrer Anwendung in das Abwasser gelangen.Das Labor für Mikrobiologie der BASF prüft seit fast 30 Jahren Stoffe und Abwässerauf biologische Abbaubarkeit und setzt dabei international genormte Testmethodenein.
Dem mikrobiellen Abbau von Chemikalien liegen komplexe biologische Prozessezugrunde. Sie sind schlecht vorhersagbar und müssen in der Regel experimentell er-arbeitet werden. Zielsetzung dieses Forschungsprojekts war es, aus bereits vorhande-nen experimentellen Daten an Hochschulen und Industrie, Rückschlüsse auf die Ab-baubarkeit von Chemikalien mit ähnlicher Struktur zu ziehen. Es sollte ein QSAR-System etabliert werden, das sich besonders durch seine Recherchier- und Prädikti-onsfunktionen auszeichnet. Die chemische Struktur einer Substanz sollte von derSoftware erkannt und die Recherche nach Strukturanaloga in einer entsprechendenDatenbank ablaufen. Hierfür wurde eine käufliche Software (ISIS for Excel vonMDL/Basel) eingesetzt, mit der die substanzcharakteristischen Stoffdaten dargestelltund auf ihre potentielle Abbaubarkeit hin bewertet wurden. Dies versetzt nun den An-wender in die Lage, gezielt nach neuen, abbaubaren Strukturen zu suchen. Zur Vor-hersage der Abbaubarkeit wurden zwei an der Case Western Reserve University ent-
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wickelte Systeme lizensiert und modifiziert. MULTICASE ist ein ausgereiftes System,das auf der Basis statistischer Ableitungen Vorhersagen trifft. Im Rahmen dieses Pro-jekts diente es vornehmlich zur Analyse der chemischen Struktur bezüglich typischerAbbaudeskriptoren. METACASE beinhaltet mikrobielle Abbauwege und ist ein Exper-tensystem, das im Rahmen dieses Projekts für Abbauvorhersagen zusätzlich genutztwurde und Aussagen zu den wahrscheinlichen Abbauwegen von Stoffen lieferte.
Während die Datenbank BISS auch aufgrund firmeninterner, vertraulicher Daten über-wiegend BASFseitig aufgebaut wurde, wurden die für eine untersuchte Stoffgruppeerkannten Gesetzmäßigkeiten, nach denen biologische Abbauprozesse ablaufen, vonder Fakultät für Biologie der Universität Konstanz (Prof. Schink/Prof. Dr. Cook, ) erar-beitet. Herr Prof. Dr. Mersch-Sundermann von der Universität Gießen (ehemals Hei-delberg (Inst. f. Medizinische Mikrobiologie & Hygiene)) erarbeitete das Expertensys-tem BIOLINK.
Die durchgeführten Arbeiten werden als Bindeglied zwischen experimenteller Sub-stanzforschung (‘try and error’-Screening) und Molecular Modelling betrachtet. Derinnovative Aspekt ergibt sich aus der Nutzung EDV-technischer Recherche- und Da-tenmanagementmöglichkeiten auf Basis der chemischen Struktur eines Stoffes.
Das erarbeitete SAR-System wurde für das Fachgebiet ‚Bioabbaubarkeit von Stoffen‘erarbeitet; es kann grundsätzlich auf andere, beispielsweise (öko-) toxikologische Ge-biete ausgedehnt oder übertragen werden.
2.2. WISSENSCHAFTLICHE UND/ODER TECHNISCHE ARBEITSZIELE DES VORHABENS
Mit dem beantragten Projekt wurden die Möglichkeiten der modernen Informations-technologie genutzt, um aus vorhandenen experimentellen Daten zur biologischenAbbaubarkeit von Substanzen ein Expertensystem zu entwickeln, mit dem sich dieseStoffeigenschaft anhand strukturähnlicher Stoffe vorhersagen lässt. Das Struktur-Abbau -Relationssystem -System (SAR) wurde so flexibel konzipiert, dass die Daten-lage ständig erweitert und für folgende Dienstleistungen eingesetzt werden kann:
• Erstellung von Struktur-Abbau-Beziehungen im Rahmen der Entwicklung neuerStoffe, die beispielsweise der Substitution vorhandener Chemikalien mit wenigerguten Eigenschaften dienen (z. B. für Wasch- und Reinigungsmittel). Mit diesemSystem wird eine gezielte Stoffsuche deutlich erleichtert.
• Beurteilung von Altstoffen durch systematische Gruppierung und Klassifizierungvon Stoffen mit vergleichbaren Abbaueigenschaften z. B. bei der Risikobewertungvon Stoffen
• Aussagen zur biologischen Abbaubarkeit von Stoffen, die z.B. bei einer Betriebs-störung in die Umwelt gelangen und für die (noch) keine ausreichenden experi-mentellen Daten vorliegen.
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2.3. BEZUG DES VORHABENS ZU DEN FÖRDERPOLITISCHEN ZIELEN DES FÖRDERPROGRAMMS
Das Labor ‚Ökologische Methoden‘ der BASF, ist ein Dienstleistungslabor, das für dieBASF, aber auch für jeden anderen Kunden, Prüfungen auf biologische Abbaubarkeitvon Stoffen, in der Regel nach international genormten Methoden anbietet. Die regel-mäßige Durchführung von Tests, die Mitarbeit bei der Entwicklung neuer Stoffe, aberauch die Mitwirkung bei der Erarbeitung von Abbaumethoden hat zu einem fundiertenWissen und Datenbestand geführt.
In diesem Projekt wurden die Möglichkeiten der modernen Informationsverarbeitungzur Lösung von Problemstellungen des Umweltschutzes eingesetzt. Damit wurde einBeitrag zur Umsetzung dieses ökologisch relevanten Wissens in Produkte undDienstleistungen geleistet.
2.4. VORAUSSETZUNGEN UNTER DENEN DAS VORHABEN DURCHGEFÜHRT WURDE
Die Unterabteilung Experimentelle Toxikologie und Ökologie gehört zum For-schungsbereich Wirk- und Effektstoffe der BASF Aktiengesellschaft. Diese Einheitarbeitet sehr eng mit der Abteilung Produktsicherheit zusammen. Etwa 200 Mitar-beiter sind dort in den Gebieten biologische Abbaubarkeit, toxische, ökotoxische Wir-kungen, Analytik, Risk Assessment von Neu- und Altstoffen und Ökobilanz-/Öko-effizienzerstellung tätig. In den Labors werden Untersuchungen mit international an-erkannten, genormten Prüfmethoden unter Anwendung der Kriterien der guten La-borpraxis (GLP Good Laboratory Practice) durchgeführt.
Für die Durchführung des Forschungsvorhabens standen moderne, gut eingerichteteLaborräume zur Verfügung. Notwendige Einrichtungen und Ausrüstungsgegenständewaren größtenteils vorhanden und wurden zum Teil ergänzt, insbesondere wasComputer Hard- und Software anbetraf.
2.5. PLANUNG UND ABLAUF DES VORHABENS
Das Vorhaben wurde in Zusammenarbeit der BASF AG mit den Universitäten Kon-stanz und Heidelberg (später Uni Trier) geplant und ausgeführt. Dazu wurden bereitsim Planungsstadium Treffen durchgeführt, in denen Inhalte und Zeitplan des Vorha-bens projektiert wurden.
Es bedurfte für die Bearbeitung der SAR-Studien, der Pflege sowie des ständigenAusbaus des Expertensystems eines Teams mit Fachkenntnissen aus Chemie, Bio-logie und Informatik.
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2.6. STAND DER TECHNIK ZU PROJEKTBEGINN
Der Wissensstand über die vor Projektbeginn bekannten Vorhaben zur Entwicklungvon Computersystemen zur Vorhersage der Bioabbaubarkeit von Stoffen ist im Ta-gungsband „Peijnenburg, W.J.G.M. and Damborský, J.1996: Biodegradability Predicti-on. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, The Netherlands“ zusammengefaßt. Au-ßerdem war ein im Auftrag des Bundesumweltministeriums am Fraunhofer-Institut fürUmweltchemie und Ökotoxikologie in Schmallenberg entwickeltes ‘SAR-Programm(Version 3.0,1992; Projektleitung: Prof. Dr. W. Klein) bekannt; dieses Programm wurdeim Rahmen dieses Projekts nicht verwendet.
Bewertung vorhandener (Q)SAR-Modelle zur Vorhersage des biologischen Ab-baus vor Projektbeginn
Eine Bewertung von 84 (Q)SAR- Modellen erfolgte im Rahmen des EU-Projektes:‘QSAR for predicting fate and effects of chemicals in the environment’. Die Autorenkamen zu dem Schluss, dass keines der Modelle den geforderten Kriterien zur Vorher-sage der biologischen Abbaubarkeit von Chemikalien genüge.
Zu den besten verfügbaren Systemen zählte das SAR-System BIODEG (Howard, P.and Meylan, W. 1992 Biodegradation Probability Program, Version 3. Syracuse Re-search Corporation , NY). BIODEG ist über TDS (Technical Database Services/ NewYork) online abrufbar. Im Rahmen des vorliegenden Projekts wurde BIODEG einer-seits ausgewählt, um einen Vergleich der Vorhersagegenauigkeit mit dem hier entwi-ckelten System BIOLINK für ca. 80 Stoffe zu erarbeiten; andererseits wurde BIODEGin das Vorhersagemenue von BIOLINK integriert und liefert daher für jede neue Stoff-anfrage die gewünschte BIODEG-Vorhersage per Knopfdruck.
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3. ERGEBNISSE
3.1. EINLEITUNG
Einen Überblick über den Projektverlauf gibt der Balkenplan in Anlage 1. Das Projektwurde inhaltlich in drei Projektphasen unterteilt und von drei Projektpartnern reali-siert. Die Bearbeitung der drei Projektabschnitte erfolgte mit zeitlicher Überlappung.Projektphase I wurde von der BASF AG bearbeitet und diente der Entwicklung unddem Aufbau der Datenbank BISS und der Etablierung geeigneter Softwaretools. DieErgebnisse der Projektphase II wurden überwiegend in Kooperation mit den Wissen-schaftlern der Universität Konstanz erarbeitet; es wurden Struktur-Abbau-Relationenvon verschiedenen Chemikalienklassen erforscht und die Ergebnisse in speziellenStoffmodulen zusammengefasst.
In Projektphase III wurde ein Expertensystem von Herrn Hoff an der Universität Hei-delberg (später Universität Trier) für die Vorhersage der biolog. Abbaubarkeit vonStoffen programmiert. Mit dieser Software hat der Anwender Zugriff auf die in denDatenbanken vorliegenden Zusammenhänge zwischen chemischer Struktur und Bio-abbaubarkeit. Darüber hinaus bietet die Benutzeroberfläche die notwendigen Vor-aussetzungen für die Bearbeitung und Speicherung weiterer aktueller Fragestellun-gen zu Struktur-Abbau-Relationen.
3.2. PROJEKTVERLAUF
3.2.1. Projektphase I
In der ersten Projektphase wurden die EDV-technischen Voraussetzungen geschaf-fen, mit denen eine Datenanalyse bezüglich Struktur – Abbau – Relationen erfolgenkonnte. Die ursprünglich geplante direkte Anbindung des BIOLINK-Expertensystemsan bestehende bzw. in der Entwicklung befindliche BASF-Datenbanken (wie z. B.BASIS) erwies sich als nicht praktikabel, da
• die zeitliche Korrelation bei der Entwicklung dieser verschiedenen Systeme nichthergestellt werden konnte,
• projektspezifisch programmierte EDV-Programme, die direkt auf BASIS zugriffen,durch ein neues BASIS-Release ihre Funktionstüchtigkeit verloren und teuernachgerüstet hätten werden müssen, ohne die Garantie, für zukünftige BASIS-Releases funktionsfähig zu bleiben.
Aufgrund dieser Erfahrungen in der ersten Projektphase wurde die Projektkonzeptionüberwiegend auf PC’s realisiert und hierfür eine projekteigene ISIS-Datenbank entwi-ckelt. In diese Datenbank wurden Daten aus externen Datenbanken wie BASIS,WISS, MITI-Datenbank, IUCLID u.a. eingespeist.
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Das Projektteam konnte von neu entwickelten Softwaretools der Firma MDL profitie-ren (zum Beispiel von einigen neuen ‚Features‘ der Software ISIS for EXCEL und derVisualisierungssoftware SPOTFIRE). Durch Lizenzierung dieser Software konntenTeile der in der Projektplanung vorgesehenen Softwareausstattung käuflich erworbenwerden, ohne den geplanten teuren, projektspezifischen Programmieraufwand zubeanspruchen.
Mit dieser Kombination aus den oben erwähnten verschiedenen Softwaretools sowieeiner umfangreichen Literaturdatenbank waren in der ersten Projektphase dieGrundlagen geschaffen worden, um in der zweiten Projektphase Struktur-Abbau-Korrelationen (SBR) ableiten zu können. Dies erfolgte, indem zunächst das Haupt-modul der Heterozyklen bearbeitet wurde.
3.2.2. Projektphase II
Mit dem in Projektphase I etablierten EDV-System, bestehend aus ISIS for Excel,ISIS Base-Datenbank BISS, ISIS-Draw und SpotfirePRO, wurden in Projektphase IIStruktur – Abbau –Vergleiche für unterschiedliche Stoffklassen erstellt und mit derSoftware Spotfire-Decision-Explorer und MULTICASE analysiert. Ferner wurde dieErfassung biochemischer Grundlagen zum Abbau definierter Stoffklassen vorange-trieben und systematisiert. Parallel zu den Informatikarbeiten wurden Abbauexperi-mente im Labor zu stoffspezifischen Fragestellungen durchgeführt. Für die Ausar-beitungen der Stoffklassen (Module) siehe Anlagen 4 - 13 zu diesem Bericht.
Im Folgenden wird für die Stoffklasse der Imidazole exemplarisch gezeigt, wie dieAbleitungen von Struktur – Abbau – Relationen im Einzelnen durchgeführt wurden.Zunächst erfolgte für die jeweilige Stoffklasse eine Literaturrecherche und –auswer-tung gemäß der Arbeitsanweisung in Anlage 8. Die relevanten Ergebnisse wurden indie projekteigene Datenbank BISS eingespeist.
Im Anschluss wurde eine Recherche in dieser Datenbank und der BASF-eigenenDatenbank BASIS durchgeführt. In BASIS werden, unabhängig von dem hier vorlie-genden Projekt, die für die Umwelt und Sicherheit relevanten Stoffdaten für alleBASF-Produkte eingespeist.
Abb. 1 zeigt in einem Ausschnitt aus der BISS-Datenbank die experimentellen Ab-baudaten für die Leitstruktur dieses Submoduls, das Imidazol-Strukturformel. In Abb.2 ist ein Teil der Ergebnisse der Substruktursuche für diese Leitstruktur tabellarischdargestellt, wie sie mit der verwendeten Software erhalten wurde. Die Ergebnissewurden gemäß experimentellem Abbaugrad geordnet und als Grafik in Abb. 2b dar-gestellt. Die abgeleiteten Gesetzmäßigkeiten wurden in Form eines Entscheidungs-baumes formuliert. Bevor dieser Entscheidungsbaum als Vorlage für die Program-mierung des Expertensystems BIOLINK verwendet werden konnte, wurden dieBASF-seitig erarbeiteten Ergebnisse durch die Arbeiten der Universität Konstanz er-gänzt und in entsprechenden Dossiers beschrieben (siehe Anlagen 4 – 7).
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Abb.1Ausschnitt der BISS-Datenbank mit den experimentellen Abbaudaten für die Substanz Imidazol.
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Abb. 2Substruktursuche für die Leitstruktur Imidazol mit der Software ISIS for Excel
Abb. 2a: Ausschnitt aus der Excel-Tabelle, die einen Teil der Ergebnisse einer Substruktursuche für Imidazol dargestellt.
0
2 0
4 0
6 0
8 0
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IMIDAZ
OLE
4-METH
YL
2-METH
YL
2-ETH
YL°
2-ISO
PROPYL
2-ETH
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1-VINYL
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NITRO
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1-VINYL
-2-MET
HYL*
B I O D E G R A D A T IO N O F IM ID A Z O L E D E R IV A T IV E S
Maximum Degradation te st r esu ltM in imum Degradation test r esult
B iodegradation tes t OE C D 3 02B w ith in d ustr ial s lu d ge(° wi th m unic ipal sludge; * O E C D 3 0 1-test)
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Abb. 2b: Grafische Darstellung der gemessenen Abbaugrade für die verschiedenen Imidazolderivate.
Folie 8 wm0782 ZH/T Juni 2000
Experimental Toxicology and Ecology
IUPAC NM E MOLSTRUCTUREABBAU O P R
ABBAU M IN
ABBAU M AX M ETHOD NEW
HENRY GROUP
KOW EST
IM IDAZO L 81 91 OECD 303A , Simulation 0,06
1 ,2-D IMETHYLIM IDA ZO L < 10 OECD 302B , Zahn-W ellens 1,15
1 -CYANETHYLIM IDA ZO L 0 10 OECD 301A , DOC Die-Away 0,12
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3.2.3. Projektphase III
In Projektphase III wurde das Expertensystem BIOLINK für die Vorhersage der biologi-schen Abbaubarkeit von Stoffen an der Universität Heidelberg (später Universität Trier)programmiert. Zeitlich überlappte diese Projektphase mit Projektphase II. Das Experten-system wurde in Visual Basic so programmiert, das die Anwender die erforschten wis-senschaftlichen Ergebnisse selbst einarbeiten konnten. Mit dieser neu entwickelten Soft-ware hat der Anwender Zugriff auf die erarbeiteten Zusammenhänge zwischenchemischer Struktur und Bioabbaubarkeit. Darüber hinaus bietet die Benutzeroberflächedie notwendigen Voraussetzungen für die Bearbeitung und Speicherung aktueller SBR-Fragestellungen. Diese Software ist daher auch für die Bearbeitung von SAR-Fragestellungen in anderen Fachgebieten einsetzbar. Sie ist mit folgenden Funktionenausgestattet (für die Detailbeschreibung s. Anlage 2):
• Datenspeicherfunktionen:• Enthält ca. 6700 verschiedene Substanzstrukturen bzw. Stoffmischungen (BASF-
Produkte) plus dazugehörige Abbaudaten sowie physikalische und chemische Eck-daten
• Strukturbasierte Datenrecherchierfunktionen
• Prädiktionsfunktionen
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3.3. PROJEKTERFOLG UND ZUKUNFTSAUSSICHTEN
Die geplanten Forschungsziele wurden vollständig erreicht, bezüglich Quantität der be-arbeiteten Einzelmodule sogar übertroffen. An dieser Stelle gilt den engagierten undkompetenten Projektmitarbeitern ein besonderer Dank. Als besonders vorteilhaft wird dieAusbaufähigkeit des Systems gesehen:
1. Das System kann bei Bedarf um Funktionen des ‚molecular modelings‘ erweitert wer-den.
2. Die etablierte Softwarekombination kann leicht auf andere Forschungsgebiete (zumBeispiel ökotoxikologische Fragestellungen) übertragen werden.
3. Das Expertensystem BIOLINK wurde so flexibel programmiert, dass es kontinuierlichweiter ausgebaut werden kann. Jede hinzukommende SAR-Ableitung wird systema-tisch entsprechend der chemischen Struktur abgespeichert und steht zusammen mitallen bisherigen SBR-Ergebnissen für neue Fragestellungen zur Verfügung.
4. Die in das Expertensystem BIOLINK integrierte Datenbank BISS kann mit weiterenDatenbeständen aus anderen Datenbanken (zum Beispiel aus dem Internet) ergänztwerden.
5. Es können weitere ISIS BASE Datenbanken in das System integriert werden, wie bei-spielsweise die Biochemicals Pathway Reaction Database Computer-Chemie-CentrumDatenbank (Arbeitsgruppe Prof. Gasteiger , Universität Erlangen).
6. Über Internet-Links können externe Faktendatenbanken abgerufen werden, wie diesfür die UMBB Datenbank bereits realisiert wurde.
4. VORAUSSICHTLICHER NUTZEN UND VERWERTBARKEIT DER ERGENISSE
In vielen OECD-Länder besteht seit etlichen Jahren ein erhebliches Interesse an geeig-neten QSAR-Studien zu ökologischen Stoffeigenschaften von auf dem Markt befindlichenChemikalien. Vor dem Hintergrund der aktuellen internationalen Aktivitäten (QSAR TFder ECETOC; SETUBAL ICCA Workshop on the Regulatory Acceptance of QSARsMarch 2002; OECD QSAR Special Session Nov. 2002: „Risk Assessment, Possible O-ECD activities related to the use and regulatory acceptance of (Q)SARs; OECD/ECBWorkshop on QSAR Acceptability Criteria 03) gewinnen die in diesem Projekt geleistetenArbeiten an besonderer Bedeutung. Die genannte ECETOC Task Force kommt zu demSchluss, dass SAR-Systeme in aller Regel nur dann geeignet sind, wenn sie die Mecha-nismen, die einer vorherzusagenden Stoffeigenschaft zu Grunde liegen, mit in Betrachtziehen. Diese Schlussfolgerung bestimmte auch den gewählten methodischen Ansatzdes vorliegenden Projektes. Damit sind die erbrachten Leistungen auch für die zukünftigeSAR-Forschung von dauerhaftem Wert.Der in diesem Projekt verfolgte Ansatz gelangte über eine Integration des Universitäts-und industrieseitig vorhandenen Wissens zu wissensbasierten zuverlässigen Vorhersa-gen bezüglich der Abbaubarkeit nicht-geprüfter Stoffe. Es gelang die Erarbeitung einer
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großen Anzahl von Stoffmodulen. Eine Auswahl der teilweise sehr umfassend bearbeite-ten Module ist nachfolgend aufgelistet:
1. Aromatenabbau1.1. Modul Chloraromaten (Anlage 3)1.2. Modul Nitroaromaten (Anlage 4)1.3. Modul monozyklische Sulfonate (Anlage 51.4. Modul Naphthalinsulfonate (Anlage 6)
2. Modul Alkansulfonate (Anlage 7)
Zu den besonderen Erfolgen dieses Projekts zählt die Erarbeitung der Module zum Ab-bau N-heterozyklischer Verbindungen (s. Anlagen 9 - 14). Mit der Bearbeitung diesesHauptmoduls, das in entsprechende Einzelmodule untergliedert wurde, konnte auf ein-drucksvolle Weise die Brauchbarkeit des diesem Projekt zugrunde liegenden methodi-schen Ansatzes für SAR-Ableitungen gezeigt werden. Die Kombination von Expertenwis-sen und statistischen Computermodellen führte zur Ableitung von Abbauregeln, mitdenen sich die Abbaubarkeit von Neustoffen gut vorhersagen lässt.
Wiewohl der Anteil an N-heterozyklischen Verbindungen bei den in den letzten Jahrenangemeldeten Neustoffen besonders hoch war, lagen für einige Stoffklassen dieses Mo-duls nur wenige wissenschaftliche Untersuchungen zum Abbau und Metabolismus vor.Daher haben die erarbeiteten Erkenntnisse Bedeutung sowohl für die Grundlagenfor-schung, die Neustoffentwicklung als auch bezüglich sicherheits- und umweltrelevanterAspekte der im Handel befindlichen N-Heterozyklen.
Die Projektergebnisse wurden einem fachlich interessierten Publikum in einer Reihe vonVorträgen auf unterschiedlichen BASF-internen und externen Veranstaltungen, zweiPostern und in mehreren Publikationen vorgestellt.
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5. ERFOLGTE UND GEPLANTE PUBLIKATIONEN
5.1. VORTRÄGE
1. D. B. Beimborn (1999). Struktur – Bioabbau – Beziehungen. Info-Veranstaltung(Q)SAR-BIOABBAU Zwischenbericht eines BMBF-Projekts und Vorstellung der Soft-ware SPOTFIRE und CHESHIRE, 30.6.99; organisiert vom Labor für Ökologie derBASF AG, Ludwigshafen.
2. E. Rorije (1999). Struktur – Abbau – Beziehungen von sulfonierten Aromaten. Info-Veranstaltung (Q)SAR-BIOABBAU Zwischenbericht eines BMBF-Projekts und Vor-stellung der Software SPOTFIRE und CHESHIRE, 30.6.99; organisiert vom Labor fürÖkologie der BASF AG, Ludwigshafen.
3. F. Germa (1999). Struktur – Abbau – Beziehungen von nichtionischen Tensiden. Info-Veranstaltung (Q)SAR-BIOABBAU Zwischenbericht eines BMBF-Projekts und Vor-stellung der Software SPOTFIRE und CHESHIRE, 30.6.99; organisiert vom Labor fürÖkologie der BASF AG, Ludwigshafen.
4. B. Schink (1999). Anaerober Abbau von phenolischen Verbindungen, Polyethylengly-col und nichtionischen Tensiden. Info-Veranstaltung (Q)SAR-BIOABBAU Zwischen-bericht eines BMBF-Projekts und Vorstellung der Software SPOTFIRE und CHESHI-RE, 30.6.99; organisiert vom Labor für Ökologie der BASF AG, Ludwigshafen.
5. A. M. Cook (1999). Characterized reactions in aerobic and anaerobic utilisation of li-near alkylbenzenesulfonate (LAS). Info-Veranstaltung (Q)SAR-BIOABBAU Zwischen-bericht eines BMBF-Projekts und Vorstellung der Software SPOTFIRE und CHESHI-RE, 30.6.99; organisiert vom Labor für Ökologie der BASF AG, Ludwigshafen.
6. J. Waterman-Smith (1999). Spotfire – Interactive Data Visualisation & Datamining.Info-Veranstaltung (Q)SAR-BIOABBAU Zwischenbericht eines BMBF-Projekts undVorstellung der Software SPOTFIRE und CHESHIRE, 30.6.99; organisiert vom Laborfür Ökologie der BASF AG, Ludwigshafen.
7. J. Waterman-Smith (1999). Spotfire – Example Applications in Chemical & BiologicalResearch. Info-Veranstaltung (Q)SAR-BIOABBAU Zwischenbericht eines BMBF-Projekts und Vorstellung der Software SPOTFIRE und CHESHIRE, 30.6.99; organi-siert vom Labor für Ökologie der BASF AG, Ludwigshafen.
8. Bandara (1999). Sophisticated Interpretation of Structure Property Relationship withCheshire and Spotfire. Info-Veranstaltung (Q)SAR-BIOABBAU Zwischenbericht einesBMBF-Projekts und Vorstellung der Software SPOTFIRE und CHESHIRE, 30.6.99;organisiert vom Labor für Ökologie der BASF AG, Ludwigshafen.
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9. J. Waterman-Smith (1999). Chemical Business Rule Management by MDL. Info-Veranstaltung (Q)SAR-BIOABBAU Zwischenbericht eines BMBF-Projekts und Vor-stellung der Software SPOTFIRE und CHESHIRE, 30.6.99; organisiert vom Labor fürÖkologie der BASF AG, Ludwigshafen.
10. C. Helma, S. Kramer, De Raedt (2000). Datamining in chemischen, biologischen undUmweltdatenbanken. Info-Veranstaltung im Rahmen des BMBF-Projekts (Q)SAR-BIOABBAU, 6.12.2000; organisiert vom Labor für Ökologie der BASF AG, Ludwigs-hafen.
11. D. B. Beimborn (für 2003 geplant). Computer-aided Design of Biodegradable Chemi-cals. ACHEMA 2003 – 27. International Meeting on Chemical Engineering, Environ-mental Protection and Biotechnology Frankfurt/Main.
5.2. POSTER
1. D. B. Beimborn, F. Germa, E. Rorije, B. Philipp, B. Schink (2000). BiodegradabilityTesting & SAR; Imidazole Derivatives. QSAR 2000 Conference, Dunes, Bulgarien,Sep. 2000. (Anlage 13)
2. E. Rorije, D. B. Beimborn, F. Germa, M. Hoff, V. Mersch-Sundermann, B. Philipp,A. M. Cook, B. Schink (2000). QSAR-Biodegradation; Prediction of Microbial Degra-dation of Imidazole Compounds. Poster auf der BASF AG-internen VeranstaltungExploratorische Forschung, Ludwigshafen Oktober 2000. (Anlage 12)
5.3. PUBLIKATIONEN
1. D. B. Beimborn, B. Schink, A. M. Cook, V. Mersch-Sundermann, (1999). BiologischerAbbau - Expertensysteme helfen mit. Herausgeber: Bundesministerium für Bildungund Forschung und Deutsches Zentrum für Luft und Raumfahrt e. V. Bonn. Bezug:BMBF – Referat Öffentlichkeitsarbeit (www.bmbf.de) (Anlage 14)
2. B. Philipp, F. Germa, M. Hoff, B. Schink, A. M. Cook, V. Mersch-Sundermann, E. Ro-rije and D. B. Beimborn (in Vorbereitung). Structure-Activity Relationships (SAR) foraerobic biodegradation of N-heterocyclic compounds: Computer-assisted structuralanalysis and biochemical explanations. (Anlage 10)
3. E. Rorije, D. B. Beimborn, F. Germa, M. Hoff, V. Mersch-Sundermann, B. Philipp, A.M. Cook, B. Schink (2000). QSAR-Biodegradation; Prediction of Microbial Degradati-on of Imidazole Compounds. ZH Forschungsnotiz des Hauptlaboratoriums der BASFAG. (Anlage 11)
BASF Aktiengesellschaft ProduktsicherheitChemikalienrecht, Toxikologie und Ökologie
18
4. E. Rorije, F. Germa, B. Philipp, B. Schink and D. B. Beimborn (erscheint in SAR &QSAR in Environmental Sciences 2002 oder 2003). Prediction of Biodegradabilityfrom Structure: Imidazoles. (Anlage 9)
6. Peijnenburg, W.J.G.M. (Ed.), Damborsky, J. (Ed.) (1996). Biodegradability Prediction.NATO Asi Series. Series 2, Environment, Vol. 23. Kluwer Academic Publ., Dordrecht
ANLAGE 1: Arbeitsschritte und Zeitplan (Balkenplan)98 1999 2000 2001
Arbeitsschritte IV I II III IV I II III IV I II III IV
Projektphase IPC und Software-Install: ISIS-Draw &ISIS for Excel; Excel Einarbeitung; ISIS-Kurse etc.
Entwicklung der Abbaudatenbank BISS; Integration der Abbaudaten der Stoffe aus derÖkodatei, IUCLID,MITI, BIODEG und ihrer Strukturformeln in die Abbaudatenbank BISS.Programmierung einer ISIS-Schnittstelle zu BASIS
Projektphase II
Aufbau der Module mit ISIS/Excel-, Multicase-, und Worddateien (Module s. Antragstext),
Projektbegleitende Laboruntersuchungen z. Abbaubarkt. v. Stoffen und Einspeisung derErgebnisse in BISS; Einspeisung von Abbauergebnissen aus der Literatur in BISS.Aufbau der Reference Manager Datenbank mit der verwendeten wissenschaftl. Literatur.
Fakultät für Biologie der Universität Konstanz
A) Literaturdatensichtung
B) ab November 99: SAR-Ableitungen und Erstellung von Modulen
QSAR-/Expertensystem-Einheit (Uni Heidelberg)
Hard/Software-Installation (MULTI- u. METACASE,...)
Einarbeitung des neuen Mitarbeiters m. USA-ReiseProjektphase III
Expertensystemgenerierung u. Evaluierung;fachlicher Ausbau des Expertensystems BIOLINK, Auswertung von Datenbanken mitMULTICASE, die von der BASF erstellt wurden
Anmerkungen: Das Projekt wurde kostenneutral verlängert bis 31.12.2001.
Universität Trier
Institut f. Toxikologie und Ökotoxikologie FB VI - Geozentrum H919
Universität Trier 54286 Trier
BIOLINK (II)
Schlußbericht zum BMBF-Teilprojekt Entwicklung eines Expertensystems zur Beurteilung der
Bioabbaubartkeit von Chemikalien
Projektleitung: Prof. Dr. med. Volker Mersch-Sundermann
Institut f. Toxikologie und Ökotoxikologie Universität Trier
Dipl.-Ing. Malte Hoff Prof. Dr. med. Volker Mersch-Sundermann
Juli 2001
BMBF Förderkennzeichen 1461142 Computergestützte Neustoffentwicklung von ökologisch fortschrittlichen Produkten
Entwicklung eines Expertensystems zur Beurteilung der Bioabbaubarkeit von Chemikalien: BIOLINK
Inhalt
1) Vorbemerkung 1
2) User(Browse)-Interface 2
3) Isis-Browser 4
4) Verknüpfung der SAR-Module: Interne Links 6
4.1) Umsetzung der internen Links 7
4.2) Interne Links und Datenstruktur 7
5) Relative Pfade zu Kurzinfos und Documents 9
6) Startfenster: Wahl der Informationsabfrage 12
7) Strukturbasierte Biolink-Abfragen 13
8) Ausblick: Anwendung der neuen Clipboardschnittstelle 14
1
1) Vorbemerkung
Dieser Schlußbericht stellt die Weiterentwicklungen von Biolink dar. Er ist
gleichzeitig eine Kurzanleitung für das nun vorliegende Biolink (II) und gibt
Nutzungsempfehlungen für die neuen Funktionen. Auf die diesen Neuerungen
zugrundeliegenden Umstellungen auf Programm- und Datenebene wird in diesem
Bericht nicht weiter eingegangen. Es sei aber erwähnt, daß alle bisher
eingegebenen Daten vollständig in Biolink (II) übernommen wurden. Speziell dafür,
also zum einmaligen Gebrauch, wurden Datenkonverter entwickelt, nachdem
beispielsweise die Verarbeitung und Speicherung von Molekül-Strukturen in Biolink
vollständig auf das Isis-Datenbank Format umgestellt wurde.
Zur Einführung in Biolink und zur begrifflichen Definition, wird gebeten, den
Zwischenbericht vom Januar 2001 einzusehen.
Da sowohl der technische Hintergrund (Programmentwicklung, Betriebssystem),
wie auch die zugrundeliegenden Daten und das Biolink-Interface selbst auf der
englischen Sprache basiert, wurde zur Vereinfachung auf eine klare Trennung von
englischen und deutschen Bezeichnungen verzichtet. U. a. folgende Begriffe werden
je nach Zusammenhang synonym verwendet: [Daten -Tree, -Baum]; [Link,
Die bisherige "Journal"-Form des User(Browse)-Interface bleibt erhalten: Dem
"Leser" (User) wird jeweils eine "Seite" (Branch) angeboten, mit "Headline"
(Message/Anweisungs-Feld im Navigations-Rahmen), einem "Abstract" (Kurzinfo), der
Hintergrundinformation ("more"-Button) und orientierender "Illustration" (Structure-Box). Im
Unterschied zu einem Journal "blättert" der User nicht zur nächsten Seite, sondern springt (über
das Angebot in der Answer-List) zu der Seite, die ihn seiner Fragestellung näher bringt und er
hat die Möglichkeit, Kommentare und Molekülstrukturen der jeweils geöffneten Seite
hinzuzufügen, wobei für die Struktureingaben sofort erste Berechnungen durchgeführt werden
wie Smiles, Henry-Koeffizienten und Kennwerte zum biologischen Abbauverhalten [vergl.
Zwischenbericht].
Drei Neuerungen, die auf Anregung der BASF umgesetzt wurden, sind im User(Browse)-
Interface sichtbar:
1. Die Hintergrundinformation ("more"-Button), die bisher MS-Word Dokumenten vorbehalten
war, kann jetzt in jedem beliebigen registrierten Dateityp angeboten werden, also auch als
Excel-Sheet, Html-Seite, Pdf-Dokument usw.. Wie bisher zeigt der Status des "more"-Buttons
(enabled/anklickbar oder disabled/nicht anklickbar/grau unterlegt) an, ob ein Dokument im
vorliegenden Zusammenhang angeboten wird oder nicht. Neu ist, daß der Name des
Dokumentes als QuickInfo (gelbes Label, das beim Verweilen des Cursors eingeblendet wird)
angekündigt wird.
2. Als "Zugangs-Tool" zu Daten und Hilfsprogrammen, soll Biolink auch jederzeit die
Sprungadresse zu anderen Programmen und externen Informationsquellen zur Verfügung stellen.
Diese Funktion ist als jederzeit zugängliches Pull-down Menü (Mausklick auf "->i") umgesetzt
(Bild 1).
Neben den Editoren Word und Excel, den Isis-Programmen "Base" und "Draw", erscheint in
dem Pull-down Menü auch eine Liste relevanter Weblinks, die durch einfachen Mausklick
direkt auf die Html-Seite von z. B. UMBBD (Univ. Minnesota), Chemfinder (Cambridge Soft)
3
oder EPA (Query-Input) verzweigen. In den Settings können diese Weblinks in beliebiger
Anzahl einschließlich eines jeweils treffenden Namens, der dem User im Pull-down Menü
angeboten werden soll, eingegeben/verändert werden.
3. Neben dem "go-back"-Button befindet sich der neue Button "check isis-db". Diese
Funktionalität stellt den denkbar schnellsten und einfachsten Weg zur Isis-Datenbank Abfrage
der BASF "Biss"-Datenbank dar und wird im folgendem Kapitel vorgestellt.
Bild 1: User(Browse)-Interface mit Sprungfunktion zu externen Hilfsprogrammen und Datenquellen als Pull-Down Menü
4
3) Isis-Browser
Der Isis-Browser soll nicht das Programm Isis-Base ersetzen, sondern für eilige Biolink-User
oder User ohne Vorkenntnisse in Isis-Base einen schnellen Überblick über die "Biss"-
Datenbank der BASF ermöglichen, sowie die Suchfunktionalität so einfach und schnell wie
möglich zur Verfügung stellen.
Ein Zwischen-Release von Biolink enthielt bereits einen Vorläufer dieser Funktionalität, der in
den Datenbankfeldern IUPAC-Name und Molstructure nach Substrings bzw. nach Substrukturen
suchte.
In der vorliegenden Version können alle Felder nach allen Suchkriterien (exact, substructure,
größer/kleiner als, exists usw.) abgefragt werden, jeweils als Abfrage der kompletten
Datenbank oder als Suche im bisherigen Suchergebnis (kombinierte Suche). Dabei ist der Isis-
Browser unabhängig von Aufbau oder Version der Datenbank, da beim ersten Start automatisch
die jeweilige Datenbank auf alle Felder einschließlich aller Unterfelder durchsucht wird. Aus
der Liste gefundener Felder (in der "Biss"-Datenbank zur Zeit mehr als 150) werden einmalig
die wichtigsten per Mausklick markiert und stehen dann zur Datenanzeige und als Suchfeld zur
Verfügung (Bilder 2 A-C). Als Zusatzfunktion können über den Button "view in WebLab"
einzelne Moleküle zur 3-D Ansicht in das Fenster des WebLab-Viewers kopiert werden (und
dort während einer Session gesammelt werden, siehe Bild 2 D).
5
Bild 2: Isis-Browser mit automatisch generierter Liste aller Datenbankfelder (A); in der Standardansicht mit einer Auswahl dieser Felder (B), mit denen sich durch Doubleclick eine
D
C
A
B
6
Datenbankabfrage durchführen läßt (C); Strukturen können zur 3-D Ansicht in den WebLabViewer exportiert werden (D)
7
4) Verknüpfung der SAR-Module: Interne Links
Wie im Zwischenbericht 01-2001 dargestellt, liegen dem Biolink Datenkonzept die von den
Projektpartnern (Univ. Konstanz; BASF) entwickelten SAR-Module zugrunde, deren interner
Aufbau, wie auch deren Verknüpfung miteinander als Baumstruktur umgesetzt wurde. Hieraus
wurde das im genannten Zwischenbericht dargestellte, transparente und stabile Datensystem
entwickelt, dessen Konsistenz sich bereits aus den Dateinamen ergab.
Im Laufe der Arbeit mit Biolink (Dateneingabe) wurde deutlich, daß es sinnvoll wäre,
innerhalb dieses Datenbaumes Verknüpfungen, also Sprungverbindungen von einem Branch
(Zweig des Datenbaumes) zu einem anderen, der sich in einem anderen Modul oder auf einer
anderen Ebene des Datenbaumes befindet, zu ermöglichen.
Zwei Überlegungen verdeutlichen dies:
1.) Je mehr SAR-Module entwickelt bzw. je dichter das Feld möglicher Molekül-Strukturen
durch diese SAR-Module abgedeckt wird, desto häufiger und enger werden die
Verwandtschaften zwischen diesen Modulen und um so wahrscheinlicher werden auch
Überlappungen.
In solchen Fällen könnte nach dem bisherigen Konzept die der Überlappung entsprechenden
Fragmente anderer Module kopiert werden. Auf diese Weise würde zwar die strenge
Baumstruktur erhalten bleiben, es ergäbe sich jedoch eine Datenredundanz, die nicht nur aus
Speicherplatzgründen, sondern auch im Hinblick auf künftige Datenänderungen (und der damit
verbundenen Problematik der simultanen Anpassung der selben Daten an verschiedenen
Speicherorten) vermieden werden sollte.
2.) Es hat sich gezeigt, daß Biolink (über den ursprünglichen Verwendungszweck hinaus) sich
auch zur Aufnahme chemischer Systematiken eignet. So wurde von der BASF die Beilstein-
Nomenklatur (als Hilfsmittel zur Datenablage) in Biolink umgesetzt.
Die Verknüpfung dieses Konzepts auf Datenebende mit den kausalen SAR-Modulen, kann nur
sinnvoll durch interne Links verwirklicht werden.
8
4.1) Umsetzung der internen Links
Die Nutzung dieser Funktion ist wieder so einfach wie möglich: Soll ein Doubleclick auf die
Answer-List zu einem Sprung auf einen bestehenden Branch führen, wird bei der Dateneingabe
wie bisher (ebenfalls durch einfachen Doubleclick) ein neuer, leerer Branch erstellt und dieser
mit dem "convert to link"-Button zu einer Verknüpfung umgewandelt. Nach Betätigen dieses
Buttons erscheint der Button "set link" (leuchtend grün). Der User(edit) bewegt sich dann auf
die Seite(/den Branch), die zukünftig anstelle des neuen, leeren Branches angezeigt werden soll
und etabliert dort den Link durch Betätigen dieses "set-Link"-Buttons.
Der Link kann, wie die "normalen" Branches auch, gelöscht und/oder modifiziert neu erstellt
werden. Im Edit-Modus wird explizit angegeben ob es sich um einen Link handelt und wohin
dieser verzweigt. Im Run/Browse-Modus weist lediglich ein kurzes Aufblinken "linked branch"
auf einen internen Link hin.
Der Eindruck, im Browse-Modus sicher durch die Daten geführt zu werden, bleibt erhalten:
Der "go back"-Button enthält intern eine History-List, die den Weg des Users speichert, so daß
der User wie gewohnt seinen Weg zurückverfolgen kann, auch wenn dieser "kreuz und quer"
durch die Module führte. Während der Dateneingabe im Edit-Modus ist die ursprüngliche
"go up"-Funktionalität erhalten, es wird also die Baumstruktur immer Richtung Root
zurückverfolgt.
4.2) Interne Links und Datenstruktur
Im Zuge der Einführung des internen Links, konnte auch die Datenstruktur des SAR-Trees so
modifiziert werden, daß sich mehr Übersicht und eine größere Flexibilität bei der Gestaltung
des Datenbaumes ergibt: Bisher startete der User im Browse-Modus immer an der Wurzel des
Baumes (Root, ID 1) und sollte dieser Baum umstrukturiert werden, mußte auch das
Dateisystem umgeschrieben werden. Jetzt ist programmintern festgelegt, daß der User im
Browse-Modus nicht mehr an der Wurzel, sondern am ersten Zweig (ID 1'1) startet. Alle
9
Module sind ebenfalls auf dieser Ebene abgelegt (ID 1'2, 1'3, usw.). Die Module werden also
von der User-Startpage nur noch durch interne Links angesprochen.
Die Vorteile sind offensichtlich:
• Auch wenn bei sehr großen Modulen/Trees eine Neustrukturierung stattfindet, kommt es zu
keiner Systembelastung durch umfangreiche Dateineubenennungen, das Filesystem ist
statisch1.
• Im Edit-Modus stehen dem User alle Module, ob im Entwicklungsstadium oder nicht,
geordnet nebeneinander als Bausteine zur Verfügung.
• Dem User im Browse-Modus wird nur der jeweils optimierte und aktuelle Datenbaum
angeboten.
1 Das Edit-Fenster weist keine "copy branch"-, "copy tree"- oder "paste branch"-Buttons mehr auf, denn das interne Linken ersetzt diese Funktionen. Weggefallen ist ebenfalls der "move up"-Button zum Sortieren der Answer-List. Per Drag+Drop (ziehen mit der Maus) ist diese Routine jetzt deutlich schneller und flexibler.
10
5) Relative Pfade zu Kurzinfos und Documents Auf Wunsch der BASF wurden alle über den "more"-Button aufrufbaren Dokumente (vergl.
Kap. 2) im Biolink-Datenverzeichnis abgelegt, so daß die Links dorthin nur noch einen
relativen Pfad enthalten. Damit ist sichergestellt, daß alle User, die Zugriff auf die Biolink-
Daten haben, auch auf die gelinkten Dokumente zugreifen können, es besteht also eine
einheitliche Zugangsberechtigung. Hierdurch gestaltet sich außerdem das Linken der Documents
für den User im Edit-Modus komfortabler, denn durch einfachen Mausklick stellt Biolink eine
Liste aller verfügbaren Dokumente zur Wahl (Bild 3).
Bild 3: Linken von Hintergrunddokumenten, Listenauswahl
Die Kurzinfos (Abbildungen 1-seitiger Word-Dokumente, die dem User sofort angezeigt
werden) werden jetzt ähnlich gehandhabt. Statt wie bisher direkt eingebunden, werden diese
jetzt indirekt als Link adressiert, das heißt, die Kurzinfos werden jetzt ebenfalls separat im
Datenpool abgespeichert, können also mit einem aussagekräftigem Namen versehen und
beliebig oft wiederverwendet werden. Da wieder nur Links gesetzt werden, wird jegliche
Datenredundanz vermieden.
11
Die Kurzinfo ist eine der wichtigsten Funktionen in Biolink. Im Konzept des hierarchischen
Daten- und Informationsangebotes stellt sie das Bindeglied zwischen der ein- bis zweizeiligen
Message-Box und der Hintergrundinformation im gelinkten Dokument: Da Ole-basiert, ist sie
sofort für den User sichtbar und muß nicht (wie die Documents) separat geladen werden.
Andererseits kann ihr Layout (im Gegensatz zur Message-Box) mit allen Mitteln, die MS-Word
zur Verfügung stellt (einschließlich der Einbindung von Graphiken), gestaltet werden, um dem
User
• eine Orientierungshilfe zu geben (wo befindet er sich im Datenpool?),
• einen Ausblick/Hinweis auf den Inhalt des gelinkten Hintergrunddokumentes zu geben,
• zusätzliche Informationen anzubieten, die die Message-Box oder die Structure-Box nicht
leisten können
Bild 4: Kurzinfo-Browser und -Editor
12
Es stehen dem User dazu zwei Ansichten zur Verfügung (die Standardansicht im Run-Fenster
und die separate "enlarge"-Ansicht). Durch geeignete Wahl der Schriftgrößen werden somit im
"enlarge"-Fenster weitere Informationen (in kleiner Schrift) zugänglich, auf die in der
Standardansicht in Form von Überschriften (große Schrift) hingewiesen wird. Die Kurzinfos
sollten einheitlich gestaltet werden (beispielsweise die drei oben genannten Punkte in der
selben Reihenfolge und Farbe) um dem User Datenerfassung "auf einen Blick" zu ermöglichen.
Da von dieser Möglichkeit bisher zu wenig Gebrauch gemacht wurde, steht jetzt in Biolink ein
Kurzinfo-Browser und -Editor zur Verfügung (Bild 4). Er enthält eine Liste mit allen bisherigen
Kurzinfos, die durch Anklicken sofort sichtbar werden und in beiden Run-Modus-Formaten
betrachtet werden können. Durch Doubleclick auf die angezeigte Kurzinfo, wird diese zum
Editieren direkt in Word geöffnet und kann mit dem "save as"-Button unter dem bisherigem oder
einem neuen Namen gesichert werden. Neue Kurzinfos können wie bisher durch den Button
"paste from clipboard" nach Erstellen in Word und Kopieren in die Zwischenablage erstellt
werden.
13
6) Startfenster: Wahl der Informationsabfrage
Mit steigendem Funktionsumfang wird es sinnvoll, den User bereits unmittelbar nach
Programmstart dabei zu unterstützen, die Art der Biolink-Informationsabfrage seinem
Informationsbedarf anzupassen. Die neue Startseite, die nach dem Programmstart erscheint,
(Bild 5 A) bietet dem User:
• die "klassische", textbasierte Abfrage des SAR-Trees über den gleichnamigen Button, der
direkt zum Browse-Modus führt, von wo weiter verzweigt werden kann (Beilstein-
Systematik; direkt zu den SAR-Modulen; ...).
• zunächst im Isis-Browser eine Schnell-
abfrage durchzuführen;
• oder – und dies stellt wieder eine neue
Funktionalität in Biolink dar – per
Struktureingabe sich eine Übersicht zu
verschaffen, ob wo und wie oft
"seine" Struktur in den von Biolink
zugänglichen Strukturdatenbanken
vorliegt:
Bild 5: BIOLINK-Startpage (A) mit Struktursuche im Daten-Tree (B)
A
B
14
7) Strukturbasierte Biolink-Abfragen
Da diese Funktion der Orientierung dient, ist sie vollständig in die Programmstartseite
integriert. Nach Betätigung des "mol-query"-Buttons öffnet sich Isis-Draw zur Struktureingabe.
Nach Schließen von Isis-Draw werden automatisch 6 Datenbankabfragen durchgeführt: Jeweils
eine exakte und eine Substruktur-Suche in den Usermolekülen, den Leadstructures der Structure-
Box und in der "Biss"-Datenbank. Die Ergebnisse dieser Abfragen werden auf Textbuttons
angezeigt und sind sofort abrufbar (Bild 5 A).
Abrufbar heißt, im Falle der "Biss"-Datenbank, daß die Moleküle/das Molekül einschließlich
verfügbarer Daten im Isis-Browser angezeigt werden/wird, bei Fundstellen in den Userinputs
werden die zugehörigen User-Input-Fenster geöffnet und im Falle der Leadstructure-Datenbank
wird direkt der entsprechende Branch im Browse-Fenster geladen. Im Fenster des Browse-
Modus wird dann ein zusätzliches Navigationsfeld eingeblendet, mit dem ggf. mehrere
Fundstellen "durchgeblättert" werden können ("previous"- und "next"-Buttons), bzw. über einen
"back"-Button zurück zur Übersicht der Suchergebnisse (Programmstartseite) gelangt werden
kann (Bild 5 B).
15
8) Ausblick: Anwendung der neuen Clipboardschnittstelle Biolink (II) unterstützt zwei neue Schnittstellen:
• Den Programmstart mit Sprung zu einer vorgegebenen Adresse im Datenbaum durch
Erstellen einer temporären Datei "AutoExec" im Anwendungsverzeichnis von Biolink, in
der diese Adresse abgelegt ist2
• und eine Clipboard-basierte Schnittstelle, mit der Biolink zur Laufzeit angesteuert werden
kann, um 1. den Windowstatus zu setzen (minimiert, Standard, Standard mit Fokus), 2. im
Datenbaum zu navigieren, bzw. einzelne Seiten aufzurufen und 3. das Userinput-Fenster zu
öffnen (Tabelle 1).
Diese beiden Features richten sich insbesondere an die PL-Script Entwickler (Isis-Datenbank
Programmiersprache) der BASF, da sich jetzt direkte Verknüpfungen von der Isis-Base
Datenbank zu einzelnen Biolink-Seiten sehr einfach realisieren lassen.
Tabelle 1: Steuersatz der Clipboardschnittstelle3
Clipboard - Inhalt Biolink - Reaktion
"BiolinkMessage_OpenBranch_1'5'1'2'2" öffnet den Branch 1'5'1'2'2 (Beispiel)
"BiolinkMessage_MinimizeBiolink" minimiert das Biolink-Fenster
"BiolinkMessage_ShowBiolink" Standardansicht, der Fokus wechselt von der aufrufenden Anwendung zu Biolink
"BiolinkMessage_UserInput" öffnet das Userinput-Fenster zum aktuellen
Branch
"BiolinkMessage_EndCommunication" schließt in Biolink die Clipboardschnittstelle
"BiolinkMessage_UnloadBiolink" beendet Biolink
2 ASCII-Datei mit Datenadresse als String (mit Anführungszeichen), z. B.: "1'7'3'2". Sie wird von Biolink bei Programmstart gelesen und gelöscht. Ist die Datei leer oder enthält eine ungültige BranchID, wird der User-Startbranch geladen. 3 Diese Strings werden von Biolink sofort ausgeführt, sobald sie sich (ohne Anführungszeichen) im Clipoard befinden (PL-Script: CopyCustomDataToClipboard). Wird ein nicht vorhandener Branch aufgerufen, sendet Biolink eine Fehlermeldung über das Clipboard zurück.
16
Diese Entwicklung zielt wieder in Richtung des hierarchischen Informationsangebotes. Ein
Beispiel: Entscheidet sich der Biolink-User eine Datenbankrecherche nicht im Biolink-internen
Isis-Browser durchzuführen, sondern startet über "->i" (vergl. Kap. 2) die "Biss"-Datenbank in
Isis-Base, um dort auf die PL-Funktionen zurückzugreifen, besteht von dort beispielsweise die
Möglichkeit, daß simultan in Biolink entsprechende Seiten des Datenpools aufgerufen werden4.
Auf diese Weise sind alle Daten wie Kurzinfos und Links auch in Isis-Base verfügbar. Ebenso
stehen durch den Aufruf des Userinput-Fensters die komfortablen Userinputs von Biolink zur
Verfügung.
4 Die Clipboardschnittstelle öffnet sich, sofern von Biolink bei Programmstart die Datei "AutoExec" detektiert, oder wenn über "->i" Isis-Base geladen wurde.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 1/41
Anlage 3
Dossier über die biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten:
I; Struktur, relevante chemische Eigenschaften und Toxizität
Mit Hinblick auf die Abbaubarkeit und Biochemie von chlorierten Aromaten ist es sinnvoll
zwischen Chlorbenzolen und -benzoaten,
Chlorphenol, chlorierten Biphenylen sowie
Chlornaphthalinen zu unterscheiden (s. Abb. 1).
Viele dieser Substanzen sind aufgrund
ausgeprägter Aromatizität schlecht wasserlöslich
(z. B. Chlorbenzol mit max. 500 mg/l, s. 9). Eine
Ausnahme von dieser Regel sind die
hydroxylierten Chloraromaten, wie z. B. die
Chlorphenole (70). In aquatischen Ökosystemen
bewirkt die schlechte Wasserlöslichkeit häufig
eine bevorzugte Anreicherung von Chloraromaten
im Sediment (39). Mit zunehmender Chlorierung reagieren Chloraromaten als schwache
Säuren:
Tabelle 1. pKS-Werte verschiedener Chlorphenole, entnommen aus (82).
Für 2,4-Dichlorphenol und 2,4,5-Trichlorphenol konnte in P. chrysosporium der in Abbildung
5 dargestellte Abbauweg ermittelt werden (59, 110). Bei beiden Substraten erfolgt zuerst eine
Peroxidase-katalysierte Dechlorierung. Das daraus entstehende Quinonintermediat wird
anschließend methyliert, was wiederum ein Substrat für eine weitere Peroxidase-katalysierte
Dechlorierung erzeugt. Letztendlich führt dies zu 1,2,4,5-Tetrahydroxybenzol als zentralem
Metaboliten mit anschließender Ringspaltung und vollständigem Umsatz zu CO2 und Energie.
Vermutlich liegen dem Abbau von 2-Chlorphenol durch Trametes versicolor (44), als auch
dem Umsatz verschiedener Haloaromaten, wie 3-Chlor- und 4-Chlorphenol, durch
Penicillium simplicissimum SK9117 (71) ähnliche Abbauwege zu Grunde. Mit zunehmender
Chlorierung wird ein Abbau der Chlorphenole problematisch: obwohl Pentachlorphenol von
P. chrysosporium metabolisiert werden kann (74) ist der metabolische Umsatz häufig gering.
Zudem steigt hier die Gefahr, daß statt des Abbaus Polymere gebildet werden (91), die sich
dem weiteren Abbau durch Adsorption an die Bodenmatrix entziehen (7). Am Abbau von
Abb. 5. Abbau von 2,4-Dichlorphenol in P. chrysosporium. Der Abbau von 2,4,5-Trichlorphenol verläuftanalog. LiP: Ligninperoxidase, MnP: Mangangperoxidase
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 8/41
PCB's konnte gezeigt werden, daß diese Oligomerisierung ganz oder teilweise auf die
Aktivität von Laccase zurückgeht (95)
Donnelly et al. haben den vollständigen Abbau sowohl von Atrazin, als auch von 2,4-
Dichlorphenoxyessigsäure durch verschiedene Pilze beschrieben. P. chrysosporium erwies
sich in dieser Studie als der effizienteste Abbauer, Informationen über die einzelnen
metabolischen Schritte liegen jedoch leider nicht vor (29).
Der Abbau von PCB's durch Pilze ist mehrfach beschrieben worden. Meist ist der
metabolische Umsatz jedoch gering und zudem langsam (s. 89). Vor allem die Biphenyle mit
wenigen Chlorsubstituenten (mono- und disubstituiert) konnten gut umgesetzt werden (24,
107). Die Abbauwege sind hier noch Gegenstand der Forschung.
Der Abbauweg von 2,7-Dichlordibenzo-p-Dioxin in P. chrysosporium wurde von Valli et al.
aufgeklärt (111; s. Abb. 6). Ähnlich dem Abbau der Chlorphenole erfolgt die Dechlorierung
hier ebenfalls vor der Ringspaltung über zyklische oxidative Dechlorierung, Methylierung
und abermalige Dechlorierung unter Beteiligung von Lignin- und Manganperoxidase.
Da die hier beschriebenen Abbaureaktionen kometabolisch sind, ist die Abbaurate meist sehr
langsam (89), gleichzeitig aber weniger störanfällig durch die Präsenz anderer Substrate, wie
Toluol (113), die in bakteriellen Systemen häufig zu einer regulatorischen Hemmung des
betreffenden Abbauweges führen.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 9/41
2) Stoffwechsel von Chloraromaten in bakteriellen Systemen:
Bakteriell katalysierter Chloraromatenabbau ist sowohl unter aeroben, als auch unter
anaeroben Bedingungen beschrieben worden. Im Gegensatz zum kometabolischen Abbau bei
Pilzen sind dienen die umgesetzten Chloraromaten bei Bakterien häufig als alleinige Energie-
und Kohlenstoffquelle.
a) Aerober Stoffwechsel, allgemeine Prinzipien (zusammengefaßt nach 89):
Kritisch für die vollständige Mineralisation von Chloraromaten ist die Entfernung der
Chlorsubstituenten. Bei den verschiedenen Abbauwegen kann die sog. "Eliminierung" dieser
Substituenten vor (= "früh"), während oder nach der Ringspaltung (= "spät") beobachtet
werden.
Eine frühe Dechlorierung ist vor allen Dingen bei weniger stark substituierten Chloraromaten
zu beobachten. Im Fall der Chlorbenzole führt dies zur Bildung von Catecholen, welche über
den normalen Aromatenstoffwechsel umgesetzt werden. Bei zwei oder mehr Chloratomen am
Ring bilden sich Chlorcatechole, Chlorprotocatechuat oder Chlorhydroquinone, welche z. T.
toxisch auf die Zelle wirken können (s. "I b)"). Eine Stoffwechselkarte dieser Prozesse ist in
Abb. 7 dargestellt.
Abb. 6. Abbau von 2,7-Dichlordibenzo-p-Dioxin durch P. chrysosporium
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 10/41
Dechlorierung vor der Ringspaltung.
Folgende Mechanismen können zu einer Dechlorierung vor der Ringspaltung führen:
Hydrolyse, Oxygenolyse oder Reduktion (Abb. 8 ).
Eine frühe hydrolytische Dechlorierung wurde u. a. beim Abbau von 4-Chlorbenzoat und
einiger Chlorphenole beobachtet. Der
Sauerstoff stammt dabei aus Wasser.
Voraussetzung für die erfolgreiche Abspaltung
des Chloratoms vom Ring ist hierbei eine
vorhergehende Aktivierung des Ringes durch
Koenzym A an der Carboxylgruppe. Die
eigentliche Dechlorierung wird dann von einer
Dehalogenase katalysiert, welche durch
Bildung eines intermediären
Meisenheimerkomplex am chlortragenden C-
Atom den Abgang des Chlors bewirkt. Durch
die spezielle Enzymatik ist die hydrolytische
Dechlorierung von Chlorbenzoat auf das para-
substituierte Isomer beschränkt. Bei
Chlorphenolen findet man frühe hydrolytische
Dechlorierungen im sog. "Hydroquinon-Weg"
Abb. 7. Stoffwechselschema des (Chlor-)Aromatenabbaus. 1: Aromatenabbau über Catechol und den3-Oxoadipatweg; 2: Monochloraromatenabbau über Chlorcatechol mit vorheriger Dechlorierung; 3:Chloraromatenabbau über den Hydroquinonweg; 4: Tri- & Tetrachloraromatenabbau überChlorcatechol; 5: Chloraromatenabbau über Chlorcatechol
Abb. 8. Aromatendechlorierung vor derRingspaltung. Von links nachrechts: Hydrolytisch, Oxy-genolytisch und reduktiv.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 11/41
(Abb. 9). Die frühe hydrolytische Dechlorierung von Chloraromaten ist auf wenige Beispiele
beschränkt, da für den nukleophile Angriff am Chlortragenden C-Atom eine vorhergehende
Aktivierung des aromatischen π-Elektronensystems notwendig ist, entweder durch Koenzym
A oder durch Hydroxylgruppen.
Schlüsselenzyme der oxygenolytischen Dechlorierung sind Di- und Monooxygenasen, welche
durch Einführung einer Hydroxylgruppe am Chlortragenden C-Atom die Kohlenstoff-
Chlorbindung destabilisieren mit letztendlicher Abspaltung von Chlorid als besserer
Abgangsgruppe (Abb. 10). Je nach Anzahl der Chlorsubstituenten ist das Produkt ein
Catechol oder ein Chlorbenzol bzw. das entsprechende Catechuat. Eine Dioxygenase-
katalysierte Dechlorierung konnte für 2-Chlor-, 3-Chlor-, 2,4-Dichlor-, 2,5-Dichlor und 3,4-
Dichlorbenzoat, sowie 1,2,4,5-Tetrachlorbenzol, 2-Chlortoluol und 4-Chlorphenylazetat
gezeigt werden. Die beteiligten Dioxygenasen besitzen eine stark ausgeprägte Substrat- als
auch Positionspezifität bezüglich der umgesetzten Aromaten. Einfach substituierte Substrate
werden über den regulären Aromatenstoffwechsel metabolisiert, mehrfach substituierte
Abb. 9. Dechlorierungen über den sog. "Hydroquinonweg" während des Abbausvon höher substituierten Chloraromaten.
Abb. 10. Oxygenolytische Dechlorierung von 2-Chlorbenzoat durch 1: Benzoat-1,2-Dioxygenase, 2:spontane Reaktion, 3: Ringspaltung
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 12/41
entweder über einem modifizierten ortho- oder meta-Weg (s. unten). Monooxygenasen
vermögen z. B. den Umsatz von 2,4,6-Trichlorphenol zu 2,6-Dichlorhydroquinon oder von 4-
Chlorphenol zu Hydroquinon zu katalysieren.
Eine reduktive Dechlorierung mittels Dehalogenasen kann entweder Glutathiongekoppelt
oder aber unter Einführung einer Hydroxylgruppe vonstatten gehen. Je nach Organismus -
Flavobacterium sp. oder Mycobacterium fortuitum CG-2 - können beide Varianten dieser
Form der Dechlorierung am Beispiel von Pentachlorphenol beobachtet werden (Abb. 11).
Dechlorierung während und nach der Ringspaltung.
Wie eingangs bei der Toxikologie beschrieben (s. "I b)") führen Chlorcatechole zu reversiblen
und irreversiblen Hemmungen der für unsubstituierte Aromaten verwendeten
Ringspaltoxygenasen. Studien über den Abbau von chlorierten Anilinen, Benzolen,
Benzoaten, Toluolen, Phenolen, Phenoxyacetaten, Biphenlyen und Naphthalinen haben
gezeigt, daß es in den betreffenden Organismen sowohl für den ortho-, als auch für den meta-
Weg (für letzteren s. auch 61) alternative Ringspaltoxygenasen gibt, welche durch die
Chlorsubstituenten nicht inaktiviert werden (Abb. 12 & 13).
Abb. 11. Reduktive Dechlorierung von Pentachlorphenol durch Flavobacterium sp. & Mycobacterium fortuitumCG-2
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 13/41
Abb. 12. Modifizierter ortho-Weg am Beispiel von 3-Chlor, 4-Chlor und 3,5-Dichlorcatechol. 1:Chlorcatechol-1,2-Dioxygenase, 2: Chlormuconatcycloisomerase, 3: Dienlactonhydrolase, 4:Maleylacetatreduktase; gestrichelte Pfeile stehen für spontane Dechlorierungen, Klammern fürinstabile Zwischenprodukte.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 14/41
Abb. 13. Skizze der beiden bekannten Alternativen des ungehemmten meta-Weges beimChloraromatenabbau.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 15/41
Der modifizierte ortho-Weg kann mit bis zu drei Chlorsubstituenten am Ring betrieben
werden, im Falle des Abbaus von höher substituierten Chloraromaten wird die Anzahl
Chloratome durch andere Dechlorierungsmechanismen auf 3 reduziert (s. Abbau von 1,2,4,5-
Tetrachlorbenzol durch Pseudomonas sp. PS14, Abb. 14). Die Inaktivierung der
Ringspaltoxygenase des modifizierten meta-Weges kann u. a. durch die Cyclisierung des
Ringspaltproduktes vermieden werden, da diese dann einhergeht mit einer nukleophilen
Abspaltung des Chlorsubstituenten.
b) aerober Stoffwechsel, Beispiele:
Chlorbenzole, -toluole, -aniline & -benzoate. Chlorbenzol wird von vielen Studien als
abbaubar beschrieben (z. B. 47, 72, 80, 86, 100). Einfach substituiertes Chlorbenzol wird
demnach in 2,3-Stellung dioxygeniert und das daraus resultierende 3-Chlorcatechol entweder
in meta- (72) oder aber in ortho-Position (47, 80, 86, 100) gespalten. Die Substratspezifität
der Benzoldioxygenasesysteme ist recht unterschiedlich: Das Enzymsystem in Pseudomonas
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 18/41
Ersteres wird über den normalen Aromatenstoffwechsel umgesetzt, letzteres über einen
modifizierten ortho-Weg (52). 2-Chlorbenzoat erwies sich als persistenter (31), was
vermutlich unter anderem auf die Inkompatibilitäten der gefundenen Abbauwege
zurückzuführen ist: zum einen kann der Umsatz über eine 1,2-Benzoat-Dioxygenase zu
Catechol erfolgen (31, 52), zum anderen gibt es Hinweise auf die Möglichkeit einer Bildung
von 3-Chlorcatechol als problematischem Zwischenprodukt (52, 65), außerdem wird noch die
oxygenolytische Dehalogenierung zu 2-Hydroxybenzoat beschrieben (114). Die
Substratspezifitäten der gefundenen Halobenzoatdioxygenasen sind auch hier variabel.
Pseudomonas aeruginosa JB2 vermag außer 2- und 3-Chlorbenzoat auch 2,3-Dichlor-, 2,5-
Dichlor-, sowie 2,3,5-Trichlorbenzoat umzusetzen (s. Abb. 16 nach 52), das aus P.
aeruginosa 142 2-Chlorbenzoate und 2,4-Dichlorbenzoate (90, 108). Abbau von 3- und 4-
Chlorbenzoat über die respektiven Chlorcatechole als Intermediate und anschließender
Metabolisierung über einen modifizierten ortho-Weg ist für Pseudomonas aeruginosa 3mT
beschrieben worden (6).
Abb. 16. Abbau von 2-Chlor-, 3-Chlor-, 2,3-Dichlor-, 2,5-Dichlor- und 2,3,5-Trichlorbenzoatdurch Pseudomonas aeruginosa JB2.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 19/41
Chlorphenole & chlorierte Herbizide. Für den Abbau der Monochlorphenole ist, ähnlich der
Situation bei den Dichlorbenzolen, eine positionsbedingte Präferenz des Abbaus zu
beobachten, der ausgehend von der para-Stellung, über die meta- hin zur ortho-Position
schwieriger zu werden scheint. Deutlich wird dies unter anderem am Abbau von 2-, 3- und 4-
Chlorphenol, sowie 2,4-Dichlorphenol in Rhodococcus opacus 1G, R. rhodnii 135, R.
rhodochrous 89 und R. opacus 1cp, wo die Wachstumsrate in R. opacus 1cp von 4-
Chlorphenol über 3-Chlorphenol hin zu 2-Chlorphenol abnimmt (s. Abb. 17, entnommen aus
Quelle 35). Das para- und das meta-Monochlorphenol, als auch das 2,4-Dichlorphenol
werden dabei über einen modifizierten ortho-Weg abgebaut, während 2-Chlorphenol in R.
opacus cp1 zu 3-Chlorcatechol und anschließend zu 4-Chlorpyrogallol umgewandelt wird.
Ein Umsatz von Trichlorphenolen konnte in dieser Studie nicht beobachtet werden. Farrel und
Quilty beschreiben den langsamen und z. T. unvollständigen Abbau von 2-, 3- und 4-
Chlorphenol in einer Mikrobengemeinschaft über den regulären meta-Weg (33). Während 2-
und 3-Chlorphenol in dem meta-Ringspaltsystem stark hemmend wirken, ist der vollständige
Abbau von 4-Chlorphenol über dieses System möglich (55). Eine weitere Variante des 4-
Chlorphenolabbaus wurde in Arthorbacter ureafaciens CPR706 beobachtet, wo eine frühe
Hydroxylierung den Chlorsubstituenten eliminiert und das entstehende Hydroquinon
nachfolgend über einen Hydroquinonweg (vgl. Abb. 9) abgebaut wird (12). Andere
Enzymsysteme vermögen monosubstituierte Chlorphenole kometabolisch umzusetzen, z. B.
3- und 4-Chlorphenol in phenolgezogenen Zellen von Acinetobacter sp. (62). Substituierte
Chlorphenole scheinen abbaubar, sofern Stellung und Art der Substituenten in das
Substratspektrum der induzierten Enzyme paßt, so wurden z. B. der vollständige Abbau von
4-Chlor-2-methylphenol und 2,4-Dichlorphenol in einem Neuisolat durch ein und dasselbe
Enzymsystem beschrieben (67). Für manche Spezies konnte ein ungewöhnlich breites
Substratspektrum beobachtet werden, Streptomyces rochei 303 vermag neben 2- und 3-
Chlorphenol auch 2,3-, 2,4-, 2,5-, 2,6-, und 3,5-Dichlorphenol, sowie 2,4,6-, 2,4,5-, 2,3,4-,
2,3,5- und 2,3,6-Trichlorphenol umzusetzen. Hinzu kommen noch 2,3,5,6-Tetrachlorphenol
und Pentachlorphenol (42). Der Abbau von höher substituierten Chlorphenolen (> Tri)
verläuft häufig über den Hydroquinonweg (Abb. 9) ( oder 42, s. z. B. 101). Zum Teil
ermöglicht aber auch erst die Kooperation der Mikrobengemeinschaft an einem Standort den
Abbau solch höher substituierter Chlorphenole (z. B. 2,4,6-Trichlorphenol, s. 13).
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 20/41
Abb. 17. Metabolismus von Monochlorphenolen und Dichlorphenolen durch R. opacus 1G (a), R.Rhodnii 135 (b), R. Rhodochrous 89 (c) und R. opacus 1cp (d).
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 21/41
Mit Hinblick auf ihre Abbaubarkeit sind Atrazin, 2,4-Dichlorphenoxyessigsäure, Dichlorprop
(2-(2,4-Dichlorphenoxy)propionat) und Mecoprop ((2-(4-Chlor-2-methyl-)phenoxypropionat)
die am besten untersuchten Systeme (5, 37, 38, 76, 77, 92, 106, 109, 117). Diese Herbizide
sind, mit Ausnahme von Atrazin, welches unter Kohlenstoffmangelbedingungen
unvollständig abgebaut wird (112), vollständig abbaubar. Dabei führt die Abspaltung der
Seitenkette entweder zu chlorierten Benzolderivaten wie Chlorphenolen oder zu
Chlorbenzoaten, welche nachfolgend über einen der oben genannten Abbauwege mineralisiert
werden.
Chlorierte Biphenyle. Unsubstituierte oder hydroxylierte Biphenyle sind prinzipiell leicht
abbaubar, meist über einen meta-Weg (s. Abb. 18, s. 53, 97). Im Fall von chlorierten
Biphenylen führt dies zu einer Hemmung der 2,3-Ringspaltoxygenase mit nachfolgender
Anhäufung von 2-,3- und z. T. auch 4-Chlorbenzoat, da letzteres nur von manchen
2,3-Ringspaltoxygenasen metabolisiert werden kann (10, 103) und zudem toxisch auf die
Zellen wirkt (49), weil es - ebenso wie 3-Chlorbenzoat - die 2-Hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-
2,4-dienoathydrolase (BphD) hemmt (96). Ein weiteres problematisches Produkt des PCB-
Abbaus ist Acetophenon, welches ebenfalls nur schlecht metabolisiert werden kann (s. Abb.
19 aus 50, 96). Sowohl für 3-Chlorbiphenyl, als auch für 4-Chlorbiphenyl ist vollständiger
Abbau beschrieben worden (34, 63), wobei die para-Position bevorzugt wird (51). Der Abbau
von 2-Chlorbiphenyl dagegen ist problematischer, vermutlich aufgrund der sterischen
Behinderung der bevorzugten 2,3-Dioxygenierung durch den Chlorsubstituenten in der ortho-
Position (3). In Mutanten erwies sich der Abbau von 2-Chlorbiphenyl als instabil,
dementsprechend häufen sich beim Abbau von Biphenylgemischen die in ortho-Stellung
substituierten Isomere an (51). In vielen Ökosystemen werden polychlorierte Biphenyle im
anaeroben Sediment zu einfach bis zweifach chlorierten Biphenylen dechloriert, welche
wiederum - sofern zugänglich - von aeroben Organismen abgebaut werden können (3). Eine
Ausnahme unter den biphenlyabbauenden Stämmen ist Alcaligenes eutrophus H850, welcher
ein ungewöhnlich breites Substratspektrum auch für höher substituierte Biphenyle aufweist:
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 22/41
Tabelle 2. Abbau von chlorierten Biphenylen durch Alcaligenes eutrophus H850.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 23/41
Dieser Stamm ist auch in der Lage Biphenyle mit dem
Chloratom in ortho-Stellung zu metabolisieren (16). Als
nichtabbaubar in diesem Stamm erwiesen sich die meisten
Biphenyle mit mehr als 5 Chlorsubstituenten, sowie
2,4,5,4'-, 2,3,6,2',4'- und 2,3,4,2',4'-Chlorbiphenyl. Seeger
et. al. (97) konnten in Burkholderia sp. LB400 zeigen, daß
Art und Position des dioxygenolytischen Angriffs auf den
Ring wesentlich von den vorhandenen Substituenten
bestimmt wird (s. Abb. 20). In ihrer Studie wurden auch
die ortho-sbustituierten Biphenyle größtenteils abgebaut.
Als inert erwiesen sich das 2,3-Dihydrodiol von 4,4'-
Chlorbiphenyl und das 5',6'-Dihydrodiol von 2,5,3'- und 2,4,3'-Chlorbiphenyl.
Abb. 19. Bildung von Chloraceto-phenon aus chloriertenBiphenylen. DiesesSubstrat kann von BphDnicht umgesetzt werdenund wirkt daherhemmend auf denAbbau.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 24/41
Abb. 20. Regioselektivität der BphA-abhängigen Dioxygenierung verschiedener chlorierter Biphenyle inBurkholderia sp. LB 400, Reaktionen in Klammern sind nicht gesichert, die substituiertenPositionen sind jeweils angegeben.
Cl
Cl
Cl
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Cl
Cl
Cl
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O O
Cl
Cl
Cl
Cl
O O
2,2' 2,3' 2,4' 3,3'
3,4' 4,4' 2,3,2'
2,4,2'
2,5,2' 3,4,2' 3,5,2' 2,3,3'
2,4,3' 2,5,3' 2,3,4'
2,4,4' 2,4,2',4' 2,3,4,5,2'
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 25/41
b) Anaerober Stoffwechsel, allgemeine Prinzipien (zusammengefaßt nach 89):
Im Gegensatz zum aeroben Chloraromatenabbau sind Berichte über den anaeroben Abbau
weniger zahlreich und häufig weniger detailliert. Anaerober Abbau ist für folgende
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 26/41
Diese Studie zeigt unter anderem die Dechlorierung von Chlorbenzol und -toluol zu Benzol
bzw. Toluol als Endprodukt. In anderen Studien wird Chlorbenzol als Endprodukt
beschrieben (z. B. 20, oder 81). In einer Studie zum Abbau von Chlorbenzolen durch eine
methanogene Lebensgemeinschaft konnte gezeigt werden, daß bei mehrfacher
Chlorsubstitution bevorzugt die Chloratome abgespalten werden, die entweder durch zwei
weitere Chlorsubstituenten flankiert werden, oder aber in ortho-Position zu einem anderen
Chloratom stehen (s. Abb. 21, aus 81). Ähnliche Beobachtungen wurden beim Abbau von
Chlorphenolen (79) und PCB's (2) gemacht.
Chlorbenzoate werden meist zu Benzoat dechloriert, welches dann über den anaeroben
Aromatenstoffwechsel vollständig metabolisert werden kann (28, 57, 99, 102). Die
Dechlorierung von 2-Chlorbenzoat, 2,6-Dichlorbenzoat, 2,4-Dichlorbenzoat und 2-Chlor-5-
Abb. 21. In methanogener Mischkultur beobachtete anaerobe Dechlorierung von Chlorbenzolen,ausgehend vom Hexachlorbenzol. Chloratome, die bevorzugt abgespalten werden sind rot.Gestrichelte Pfeile bezeichnen Reaktionen, die abweichend von der bevorzugten ortho-Dechlorierung beobachtet wurden.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 27/41
hydroxybenzoat durch verschiedene bakterielle Konsortien erfolgte ausschließlich in der
ortho-Position und war Benzoat-spezifisch: 2-Chlorbenzaldehyd und 2-Chloranisol wurden in
2-Chlorphenol umgewandelt, nicht jedoch dechloriert (40), vgl. auch mit dem anaeroben
Metabolismus von Chlorguaiacolen (78). Am Beispiel von 3-Chlor-4-Hydroxybenzoat konnte
gezeigt werden, daß die vorhergehende Adaptation des Sediments die beobachtete Biochemie
vorgibt: vorheriger Umsatz von 4-Hydroxybenzoat (= Aryldecarboxylierung) führte zu
Bildung von 2-Chlorphenol, Anpassung an 3-Chlorbenzoat (= meta-Dehalogenierung) oder 2-
Chlorphenol (= ortho-Dehalogenierung) zu 4-Hydroxybenzoat (115). Es scheint, daß in
einzelnen Organismen die Dehalogenierung von Chlorbenzoat positionsspezifisch ist. In
Mischpopulationen, welche Chlorbenzoate an allen drei Positionen dechlorieren, konnte eine
Präferenz für meta- > para- > ortho-Position beobachtet werden (89).
Chlorphenole & chlorierte Herbizide. Obwohl die Nutzung von 2-,3- oder 4-Chlorphenol als
alleiniger Energie- und Kohlenstoffquelle unter anaeroben Bedingungen möglich ist (11, 22,
27, 46, 60), häufen sich in vielen Studien monosubstituierte Chlorphenole als Zwischen- und
Endprodukte beim Abbau höher substituierter Chloraromaten an (15, 19, 21, 68, 79). Ursache
für diese Anhäufung ist vermutlich der langsame enzymatische Umsatz der einfachen
Chlorphenole, kombiniert mit toxischen Effekten derselben auf die Zellen, wie am Abbau von
2,4-Dichlorphenol über 4-Chlorphenol zu CH4 und CO2 gezeigt werden konnte (116). Bei
monosubstituierten Chlorphenolen zeigt sich bezüglich der Dechlorierung eine
wurde dies beim Abbau von Pentachlorphenol über 2,3,5,6-Tetrachlorphenol, 2,3,5-
Trichlorphenol und 3,5-Dichlorphenol zu 3-Chlorphenol durch ein methanogenes Konsortium
(60). Ausgehend von Pentachlorphenol sind die bisher gefundenen Dechlorierungen in
Abbildung 22 dargestellt (79, 104).
Der anaerobe Abbau des Herbizids 2,4-Dichlorphenoxyessigsäure ist beschrieben worden (s.
89). Ähnlich der Situation beim aeroben Abbau wird zuerst Acetat abgespalten und es entsteht
2,4-Dichlorphenol, welches weiter metabolisiert wird (18).
Chlorierte Biphenyle. Der anaerobe Abbau von PCB's wurde sowohl in Modellsystemen, als
auch in Klärschlämmen beobachtet (25, 89). Häufig werden dabei nur partielle
Dechlorierungen gemessen. Für den weiteren Abbau der Endprodukte bedarf es dann anderer
Mitglieder der mikrobiellen Gemeinschaften, wie z. B. aerober Biphenylabbauer (69, 85).
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 28/41
Abb. 22. Für den anaeroben Abbau von Chlorphenolen beschriebene Dechlorierungsmechanismen. RotePfeile geben besonders bevorzugte Dechlorierungen (> 85 % Wahrscheinlichkeit), gestrichelteWahrscheinlichkeiten unter 40 % an, für die restlichen Reaktionen liegen keine Angaben vor.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 29/41
IV; Zusammenfassung zum Abbau von Chloraromaten
Folgendes Resümee läßt sich für den Abbau von Chloraromaten ziehen:
- Abiotischer Abbau von chlorierten Aromaten ist meist extrem langsam.
- Da viele Chloraromaten sowohl auf Eukaryoten, als auch auf Prokaryoten toxisch wirken,
bedarf es meist einer Adaptation des betreffenden Ökosystems, bevor nennenswerter
Abbau zu beobachten ist.
- Unter den Pilzen leisten die ligninolytischen Pilze den größten Beitrag zum Abbau von
Chloraromaten. Unter Stickstoffmangelbedingungen setzen Phenoloxidasen,
Ligninperoxidasen, Manganperoxidasen und Laccase ein bis mehrfach substituierte
Chloraromaten um. Allerdings sinkt der Umsatz mit zunehmender Substituentenzahl,
gleichzeitig steigt das Risiko einer Polymerisierung der Substrate zu größeren, noch
schlechter abbaubaren Molekülen. Da der Umsatz kometabolischer Natur ist, ist er
langsam und meist gering.
- Der aerobe Abbau wird mit zunehmender Substituentenzahl (> 3 Chloratome) schwierig.
Durch vorhergehende Dechlorierung im anaeroben Milieu können vorher schwer
zugängliche Substanzen wie z. B. einige PCB's einem aeroben Abbau zugeführt werden.
Eines der größten Probleme beim aeroben Abbau ist die irreversible Hemmung der
regulären 2,3-Dioxygenaseringspaltenzyme durch reaktive Zwischenprodukte meta-
gespaltener Chloraromaten. Obwohl alternative Ringspaltsysteme für den
Chloraromatenabbau existieren (ortho, als auch meta), kann es in natürlichen
Ökosystemen durch nicht-chlorierte Aromaten zur bevorzugten Induktion der normalen
Systeme und damit zu toxischen Effekten in den Zellen kommen. Dies ist besonders beim
PCB-Abbau ein Problem. Sowohl für die Chlorbenzole, als auch für die Chlorphenole
ergibt sich mit Hinblick auf den Chlorsubstituenten eine positionsspezifische Präferenz
der Abbaubarkeit: para > meta > ortho. Beim Abbau von PCB's wirken sich vor allem
Chlorsubstituenten in 2-Stellung störend aus, da sie den Angriff der 2,3-Dioxygenase
sterisch behindern. Chlorsubstituenten in para-Stellung wirken dagegen weniger störend.
- Der anaerobe Abbau geht - im Gegensatz zum aeroben Abbau - mit höher substituierten
Chloraromaten leichter vonstatten als mit den niedrigsubstituierten, welche sich häufig
anhäufen. Da Chloraromaten in anaeroben Systemen meist als Elektronenakzeptoren
dienen, hängt ihre (Nicht-)Abbaubarkeit wesentlich von den zur Verfügung stehenden
Elektronendonatoren bzw. alternativen -akzeptoren ab. Bei Chlorbenzolen ist eine
bevorzugte Dechlorierung des ortho-Substituenten beobachtet worden. Anders als beim
aeroben Abbau wird hier für die Chlorphenole eine Präferenz der Dechlorierung in der
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 30/41
Reihenfolge ortho > meta > para beobachtet. Für Monochlorbenzoat wurde in
Mischkulturen andere Präferenzen beobachtet: meta > para > ortho.
Biologische Abbaubarkeit von Chloraromaten - Stand 11/12, 2001 S. 31/41
Literaturquellen:
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chlorophenols in the Skagerrak. J. Sea Res. 35:73-79.
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dichlorobiphenyls and chlorohydroxybiphenyls by methanotrophic groundwater
isolates. Environ. Sci. Technol. 28:1325-1330.
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pesticides. Aust. J. Soil Res. 33:925-942.
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chlorobenzoate degradation in Pseudomonas aeruginosa 3mT. Biodegradation
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7. Alexander, M. 1999. Biodegradation and bioremediation. 2nd ed. Academic Press,
San Diego, Calif.
8. Anchel, M. 1952. Identification of Drosophilin A as p-methoxytetrachlorophenol. J.
ANLAGE 4: Abbau der Nitroaromaten (Phe-NO2)Der überwiegende Teil der aromatischen Nitroverbindungen wird durch menschlicheAktivitäten verursacht (1,2): unvollständige Verbrennung von fossilen Brennstoffen, Synthesevon künstlichen Farbstoffen, Kunststoffen, Pestiziden und Sprengstoffen. Die meisten dieserStoffe sind toxisch (3). Es wurde nur über wenige natürliche Nitroaromaten berichtet, und dassind vor allem Antibiotika (2).
1. DATEN AUS DER LITERATURAromatische Nitroverbindungen können nach dem Aufbau ihres chemischen Grundgerüsts indrei Klassen eingeteilt werden:- einfach aromatische Verbindungen, die aus einem Phenylring bestehen, der verschiedensubstituiert sein kann- heteroaromatische Verbindungen- polycyclische aromatische Verbindungen (1).Im Folgenden wird überwiegend der Abbau der einfach aromatischen Verbindungenbetrachtet.
Chemie der Nitrogruppe• Die resonanzstabilisierte Nitrogruppe ist im Allgemeinen reaktionsträge; jedoch hat diese
funktionelle Gruppe aufgrund der positiven Partialladung am Stickstoff einenelektrophilen Charakter, weshalb die Nitrogruppe relativ leicht reduziert werden kann. Inder Natur kommen solche Reduktionen häufig vor. Dabei entstehen sehr reaktiveIntermediate, bevor die Nitrogruppe in die wiederum stabile Aminogruppe überführt wird(Abb. 1).
Abb.1: Reduktion der Nitrogruppe zur Aminogruppe am Beispiel der Umwandlung vonNitrobenzol zu Anilin (2)
Aromatische Nitroverbindungen haben sich im Boden und in industriellen Abwässern alspersistent erwiesen (1). Der mikrobielle Abbau ist durch die elektronenziehende Wirkung derNitrogruppe erschwert (1). Etliche Nitroaromaten sind jedoch nach Adaptation abbaubar (4).
Mehrere Faktoren können den Abbau von Nitroaromaten behindern:- die Toxizität der Nitroaromaten gegenüber Mikroorganismen- die schwache Bioverfügbarkeit (schlechte aquatische Solubilität, hohe Sorptionsneigung)- der Abbau einiger Nitroaromatengemische wird aufgrund bestimmter Nitroaromaten-kombinationen inhibiert- offenbar existieren nicht genügend Abbauwege für Nitroaromaten in Mikroorganismen (2)
Biologische Nutzung von NitroaromatenMikroorganismen können Nitroaromaten auf sehr unterschiedlicher Weise nutzen (2):
Germa, Philipp NitroaromatenZusammen.doc
05.2000 2/10
- als Kohlenstoff- und Energiequelle- als Stickstoffquelle- als ElektronenakzeptorZum Teil verstoffwechseln Mikroorganismen Nitroaromaten sowohl als Kohlenstoff-,Energie- und Stickstoffquelle. Wenn Nitroaromaten ausschließlich als Stickstoffquelle oderals Elektronenakzeptor genutzt werden, werden die Substrate nicht abgebaut, sondernlediglich transformiert. Bei der Nutzung als Elektronenakzeptor kann unterschieden werdenzwischen Reduktionen, die zur Energiekonservierung beitragen und solchen, die keinenEinfluß auf die Energiebilanz der Organismen haben.
Strategien des aeroben Abbaus von NitroaromatenDie Enzyme, die den Abbau der Nitroaromaten ermöglichen, sind nicht dieselben, die imanorganischen Stickstoffzyklus vorkommen (2).
Viele Mikroorganismen verfügen über Enzyme (z.B. Redoxenzyme dienen alsNitroreductase), die Nitroaromaten primär abbauen können. Wenige sind aber in der Lage,Nitroaromaten zu mineralisieren (2).
Nitroaromatische Verbindungen können- entweder über die Entfernung der Nitrogruppe als Nitrit- oder über die Reduktion zur entsprechenden Aminoverbindungabgebaut werden. Dabei ist die Art des Abbaus von der Art der weiteren Substituentenweitgehend unabhängig (1).
Da die Sauerstoffatome elektronegativer sind als das Stickstoffatom, besitzt der Stickstoffelektrophile Eigenschaften. Er wird in biologischen Systemen daher vorwiegend reduziert.
Mikrorganismen bauen Nitroaromaten über die folgenden fünf Varianten ab (2):
a) Eliminierung der Nitrogruppe durch Monooxygenasen (2)b) Eliminierung der Nitrogruppe durch Dioxygenasen (2,5)c) Eliminierung der Nitrogruppe durch Ringreduktiond) Reduktion der Nitrogruppee) Partielle Reduktion der Nitrogruppe
Im Weiteren sind Beispiele für diese Reaktionen dargestellt. Der weitere Abbau derentstehenden Phenole ist den Modulen zum Aromatenabbau im Allgemeinen zu entnehmen.
NOO O
N
R
R
R
-NO2
Reduktion
CO2
-NH4+
Germa, Philipp NitroaromatenZusammen.doc
05.2000 3/10
zu a) Eliminierung der Nitrogruppe durch Monooxygenase-Reaktionen
OH
OH
NO2
OH
OH
OH
o2 O
OH
O NAD+ NADH + H+
NO2-
Abb.2: Monooxygenase-katalysierte Umwandlung von 4-Nitrocatechol zuHydroxyhydrochinon (1,2,4-Trihydroxybenzol) durch Bacillus sphaericus JS905 (6). DieReaktion verläuft über 2-Hydroxy-1,4-benzochinon als Intermediat.
zu b) Eliminierung der Nitrogruppe durch Dioxygenase-Reaktionen
NO2 OHO2N OH
H
o2
NADH+H+ NAD+
OH
OH
NO2-
Abb. 3: Dioxygenase-katalysierte Umwandlung von Nitrobenzol zu Catechol (2). DieReaktion verläuft über ein cis,cis-Diol, wobei die Nitrogruppe über spontaneRearomatisierung des Ringes eliminiert wird.
zu c) Eliminierung über Reduktion des aromatischen RingesDiese Form der Nitrogruppen-Eliminierung wurde für den Abbau von Picrinsäurebeschrieben. Dabei wird ein Hydrid auf den aromatischen Ring übertragen, wodurch einsogenannter Meisenheimer-Komplex entsteht. Durch Abspaltung von Nitrit wird dasRingsystem wieder rearomatisiert (2,2,7)
zu d) Reduktion der NitrogruppeDie Reduktion der Nitrogruppe zum entsprechenden Hydroxylamin ist die erste Reaktion imMetabolismus von Nitrobenzol, 4-Nitrotoluene und 4-Nitrobenzoate. Diese Hydroxylaminewerden dann enzymatisch hydroxyliert bevor die Ringöffnung stattfindet (2,7-10).Die Reduktion der Nitrogruppe zum Hydroxylamin erfolgt über zwei NADPH-abhängigeReduktasen. Hydroxyamin wird über ein Mutase in ortho-Aminophenol umgewandelt. DieseReaktion kann auch chemisch spontan ablaufen und wird als „Bamberger-Umlagerung“bezeichnet. Ortho-Aminophenol wird dann durch eine ungewöhnliche meta-Spaltung in ein 2-Aminomuconsäuresemialdehyd überführt (2,11).
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NO2NO NHOH NH2
OH
NH2
COOHCOH
NADPH+H+ NADP+ NADPH+H+ NADP+O2
Abb. 4: Abbau von Nitrobenzol in Pseudomonas pseudoalcaligenes JS45 (11)
Zu e) Die Reduktion der Nitrogruppe kann auch durch eine partielle Reduktion zu NO-Substitution und Austauschreaktionen von NO- zu NH2- und OH-Substitutionen oder zu 2OH-Substitutionen erfolgen (12).
Aerober Abbau unterschiedlicher Nitroaromaten
- Chlornitroaromaten und Nitroaniline gehören zu den schwer abbaubarenVerbindungen. Der vollständige Abbau über Anilinderivate wurde selten beschrieben (1).
- Nitrotoluole werden von unterschiedlichen Mikroorganismen primär abgebaut, allerdingsnicht oder nur bis zu 20 % mineralisiert (1,2).
- Der Abbau von Nitrophenolen und Nitrobezoesäuren ist bereits für verschiedeneMikroorganismen beschrieben worden. Die Position der Nitrogruppe in 3-Stellung scheintschwieriger abbaubar zu sein als die Positionen 2 und 4 (1). Im Boden werden dieseVerbindungen möglicherweise eher abgebaut (3).Da Nitrogruppen elektronziehend bezüglich des aromatischen Ring wirken, hat deraromatische Ring von Polynitroaromaten eine starke Elektrondefizienz und ist entsprechendresistant gegen elektrophilen Angriff. Darüber hinaus führen mehrere Nitrogruppen amaromatischen Ring zu sterischer Behinderung des mikrobiellen Angriffs. Polynitroaromatensind daher in der Regel schwer biologisch abbaubar (3). In verschiedenen Mikro-organismenanreicherungen wurden Bakterien isoliert, die unterschiedliche Polynitroaromatenabbauen konnten (9,13,14). Möglicherweise werden eine Reihe dieser Verbindungenlängerfristig biologisch abgebaut.
Ergebnisse der SAR-Studien zum aeroben Abbau von Nitroaromaten- Die Nitrogruppe hat generell einen ungünstigen Einfluß auf die biologische Abbaubarkeit
(16-21).- Monosubstituierte Aromaten sind leichter abbaubar als polysubstituierte Aromaten.- Die Reduktionsrate nitroaromatischer Stoffe nimmt bei stärker elektronenziehenden
Substituenten in Paraposition zu : -NH2 < -OH < -H < -CH3 < -COOH < -NO2 (15).Die Position der Substituenten beeinflusst die biologische Abbaubarkeit.- Parasubstituierte Nitroaromaten sind besser abbaubar als ortho- oder metasubstituierte- Metasubstituierte Nitrophenole hingegen sind besser abbaubar als ortho- oder
parasubstituierte Nitrophenole.
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- Ortho- oder parasubstituierte Nitrobenzosäuren sind besser abbaubar als metasubstituierteNitrobenzosäuren (16)
- In Orthoposition substituierte Nitroaromaten sind leichter abbaubar als solche, die inMeta- oder Para-Stellung substituiert sind. (15).
- Der Abbaubarkeit nimmt mit steigender Elektronegativität des Substituenten inOrthoposition zu.
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Zusammenfassung zum aeroben AbbauNitroaromaten sind oft schwer abbaubar. Die Wirkung anderer Substituenten ist wie folgt:w Anzahl der NO2-Gruppen ì ⇒ Abbau îw Halogensubstitution ⇒ Abbau îw NH2-Gruppen ⇒ Abbau îw OH- (e- donnierend) und CO- (e- ziehend)Verbindungen vorhanden ⇒ Abbau ìw Methoxy-Substitutionen (e- donnierend) vorhanden ⇒ Abbau ì
Anaerober Metabolismus von NitroaromatenUnter anaeroben Bedingungen beschränkt sich der mikrobielle Umsatz von Nitroaromatenmeist auf eine Reduktion der Nitrogruppe (1,2). Allerdings können auch anaerobNitroaromaten als Kohlenstoff-, Energie- und Stickstoffquelle dienen, wie z.B. für den Abbauvon TNT gezeigt werden konnte (22).Mehrere Mikrooorganismen können Nitroaromaten unter anaeroben Bedingungen in diezugehörigen Amine reduzieren (23,24). Die Amingruppe wird dann wahrscheinlich nacheinem reduktiven Deaminationsmechanismus entfernt. Desulfuvibrio und Clostridium Artekönnen Nitroaromaten wie z.B. TNT mineralisieren (2) (24).Die Reduktion von Nitrogruppen dient vielen anaeroben Bakterien dazu, Elektronen aus denGärungsprozessen abzugeben. Wenn dadurch das Produktmuster der Gärungen zuoxidierteren Produkten verschoben werden kann, kann die Nitrogruppenreduktion indirektzum Energiegewinn beitragen. Kürzlich wurde gezeigt, daß die membrangebundeneReduktion von TNT auch direkt zur Energiekonservierung über einen chemiosmotischenMechanismus genutzt werden kann (25).
2. DATEN-ANALYSEUnsere WISS+ Datenbank enthält 148 Stoffe, die -NO2 substituiert sind.Davon sind- 2 Stoffe aliphatisch- 4 Stoffe mit einem Imidazolring- 117 auswertbare Nitroaromaten, davonsind 8 Stoffe polyzyklischhaben 26 eine Halogensubstitution am Nitroringhaben 34 überhaupt eine Halogensubstitution.
Der Abbau dieser 117 Nitroaromaten ist verteilt, wie folgt :
Abbau Stoffe Abbau für Multicase Stoffe1. schwer abbaubar 69 schwer 69schwer bis potentiell (nach Adaptation) 6mäßig abbaubar 11
mäßig 17
potentiell abbaubar 15potentiell abbaubar, gut nach Adaptation 5gut abbaubar nach Adaptation 4gut abbaubar 4leicht abbaubar 3
abbaubar 31
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a. Spotfire Visualisierung der DatenDie Visualisierung der Daten mit Hilfe von Spotfire hat zu folgenden Erkenntnissen gebracht:- die Anwesenheit von 2 (oder mehr) aromatischen Zyklen ist mit einem Abbau verbunden,der von „1.schwer“ bis „4.potentiell abbaubar“ ist- Polyzyklen sind mit einem Abbau verbunden, der von „1.schwer“ bis „4.potentiellabbaubar“ ist- die Anwesenheit von 2 (oder mehr) NO2-Gruppen am Nitroring ist mit einem Abbauverbunden, der von „1.schwer“ bis „5.potentiell abbaubar, gut nach Adaptation“ ist- Je mehr Halogenatome im Molekül vorhanden sind, desto schwerer ist der Abbau.
ZusammenfassungJe mehr aromatische Zyklen, NO2-Gruppen und Halogenatome im Molekül vorhanden sind,desto schwerer ist der Abbau.
b. Multicase-Analyse für BiophorenUnser Datenset enthält 116 Moleküle, davon sind31 aktiv aktiv = abbaubar (Abbauwert von 40 oder 55)68 inaktiv = schwer abbaubar (Abbauwert von 10)17 marginal = mäßig abbaubar (Abbauwert von 25)Die Analyse kann zwischen 3 möglichen Substrukturen für den ersten Biophor nichtentscheiden: 1. COH-c = siehe SNA1.DAT2. CH =cH –c =cH –cH =c >- siehe SNA2.DAT3. CH =cH –c =cH – siehe SNA3.DATDie drei möglichen Analysen wurden durchgeführt. Folgende Biophoren wurden für diewichtigsten gehalten:w COH-c =w CH3-O –c =cH –cH =w CH =c –cH =cH –c >=w OH- c =cH –cH =c >-cH =w cH =c –cH =cH –cH =c >-w CO –CH –w OH –SO2-c =cH –c =cH –cH =cHw NO2-c =cH –c =cH –c“ –NO2
InterpretationFolgendes fördert den Abbau von Nitroaromaten:w OH- (e- donnierend) und CO- (e- ziehend)Verbindungenw Methoxy-Substitutionen (e- donnierend)w eine kleine Anzahl an Substitutionen am aromatischen Ringw Substitutionen in Para- oder Meta-Position .
c. Multicase-Analyse für BiophobenUnser Datenset enthält 115 Moleküle, davon sind67 aktiv = schwer abbaubar (Abbauwert von 55)31 inaktiv = abbaubar (Abbauwert von 10)17 marginal = mäßig abbaubar (Abbauwert von 25)(Im Vergleich mit dem Datenset für Biophoren gibt es hier einen schwer abbaubaren Stoffweniger. Er wurde aus versehen gelöscht : 2-Chlor-3-(2-Chlor-5-Nitrophenyl)2-Propensäureethylester. Es sollte aber keine Folgen auf die Analyse haben.)
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Folgende Biophoren wurden für die wichtigsten gehalten:c =cH –c =c –NH –c =NH2-c =cH –cH =CH= cH –c =c –c =c >=cH –c =cH –c >=
InterpretationFolgendes verschlechtert den Abbau von Nitroaromaten:w eine große Anzahl an Substitutionen am aromatischen Ringw NH- und NH2- Substitutionen (e- donnierend)w elektronziehende Substitutionen.
3. SCHLUßFOLGERUNGNitroaromaten sind oft schwer abbaubar. Die Substituenten haben folgende Wirkung auf denbiologischen Abbau:w Anzahl der Substitutionen am aromatischen Ring ì ⇒ Abbau îw NH- und NH2- Substitutionen vorhanden (e- donnierend) ⇒ Abbau îw elektronziehende Substitutionen vorhanden ⇒ Abbau îw Anzahl der aromatischen Zyklen ì ⇒ Abbau îw Anzahl der Halogenatomeì ⇒ Abbau îw Anzahl der NO2-Gruppen ì ⇒ Abbau îw OH- (e- donnierend) und CO- (e- ziehend)Verbindungen vorhanden ⇒ Abbau ìw Methoxy-Substitutionen (e- donnierend) vorhanden ⇒ Abbau ìw Substitutionen in Para-Position vorhanden ⇒ Abbau ì (außer bei Phenolen)siehe Entscheidungsbaum.
Abbildung 3 Hydrolyltische Desulfonierung von Sulfoacetaldehyd durch eine TPP-abhängige Lyase.
2) Destabilisierung der C-SO3 Bindung durch Addition eines weiteren Heteroatoms an das
C-Atom unter Freisetzung der besseren Abgangsgruppe (Sulfit) (Abbildung 4). Die
Freisezung des Sulfits erfolgt spontan, meist unter Rearomatisierung des
Benzolringsystems, oder hydrolytisch.
COOH
OH
OHSO3
-
NADH+H+
O2
SO3-
COO-COOH
OH
OH
HSO3-
Abbildung 4 Desulfonierung durch Oxygenierung von 4-Sulfobenzoat in C. testosteroni PSB-4 (33).Die C-S-Bindung wird durch Addition eines weiteren Heteroatoms an das C-Atom destabilisiert. Dasinstabile cis-Diol rearomatisiert spontan unter Freisetzung von Sulfit.
3) ein noch unverstandener, formell reduktiver Desulfonierungsmechanismus nach
vorausgegangener Dioxygenierung (Abbildung 5). Aufgrund fehlender Informationen ist
dieser Abbauweg bislang hypothetisch. Lediglich 3-Methylcatechol wurde als Intermediat
identifiziert.
NADH+H+
O2
SO3-
CH3
SO3-
CH3
OH
OH
CH3
OH
OH
Abbildung 5 Hypothetische reduktive Desulfonierung durch einen Pseudomonaden. 3-Methylcatecholund Sulfit wurden als erste Reaktionsprodukte identifiziert (15).
3.A.2: Mineralisation
Mineralisation von sulfonierten Aromaten wird bislang nur unter oxischen und nicht
Schwefel-Mangelbedingungen beobachtet. Unter anoxischen Bedingungen werden
sulfonierte Aromten lediglich desulfoniert (s.u.).
3.A.3: Transformation
Bei Schwefelmangel dient die Sulfonatgruppe als S-Quelle. Das desulfonierte
Reaktionsprodukt wird nicht weiter metabolisiert und akkumuliert. Die Substratspektren der
Organismen, die Sulfonate als Schwefelquelle nutzen, sind im allgemeinen sehr breit. So
Abbildung 9 Drei Abbauwege für den Katabolismus von 4-Toluolsulfonat durch aerobe Bakterien. Derobere Abbauweg wird in Alcaligenes sp. Stamm O-1 vorgefunden, der mittlere in C. testosteroni T-2und der untere in einem Pseudomonaden.
3-Sulfocatechol ist das Ringspaltintermediat im Abbauweg von 2-Aminobenzolsulfonat, eine
Verbindung, die modellhaft für in ortho Position zur Sulfonatgruppe substituierte
Sulfonoaromaten steht. 3-Sulfocatechol wird nachfolgend über den meta-Abbauweg
verstoffwechselt (Abbildung 10) (22).
Abbildung 10: Abbau von 2-Aminobenzolsulfonat durch Alcaligenes sp. Stamm O1
4-Sulfocatechol ist das zentrale Intermediat im Abbauweg von zusätzlcih in ortho- oder meta
Position substituierten Sulfonaten, beispielsweise im Abbau von 4-Aminobenzolsulfonat (19)
oder Benzol-1,3-disulfonat (5). Die Sulfonatgruppe verbleibt nach der Ringspaltung am
Molekül und wird nach Ausbildung einer Lactonstruktur hydrolytisch abgespalten (vgl.
mineralisiert Naphthalin-1-sulfonat und Naphthalin-2-sulfonat. Substituierte Naphthalin-1-
sulfonate sowie substituierte Naphthalindisulfonate werden nicht als Substrate akzeptiert.
Naphthalin-2,6-disulfonat ist die einzige von Stamm BN6 akzeptierte disulfonierte
Verbindung und ein schlechtes Substrat für Stamm BN6. Eine Reihe von substituierten
Naphthalin-2-sulfonaten wird nicht vollständig von Stamm BN6 mineralisiert, aber zu den
entsprechenden Salicylaten umgesetzt, da die entsprechenden Salicylat-oxidierenden
Enzyme fehlen. Lediglich 4- bzw. 5-Aminonaphthalin-2-sulfonat und 4-Hydroxynaphthalin-2-
sulfonat werden nicht zu den entsprechenden Salicylaten metabolisiert. Bis auf 4- und 5-
Hydroxysalicylat sind alle getesteten Salicylate gute Induktoren des Abbaus; nicht
substituiertes Salicylat inhibiert hingegen den Abbau von Naphthalinsulfonaten. Einige der
Salicylate können in nachfolgenden Schritten durch andere Mikroorganismen innerhalb einer
Mischkultur vollständig mineralisiert werden. Entscheidend für die Reaktivität gegenüber den
verschiedenen Naphthalinsulfonaten ist ihre Umsetzung zu den entsprechenden Salicylaten,
die als Induktoren der Enzyme des Abbauweges dienen. Der Metabolismus von 5-
Aminonaphthalin-2-Sulfonat erzeugt beispielsweise ein in Stamm BN6 nicht weiter zum
17.12.02 / Mampel Naphthalinsulfonate 6
Salicylat verstoffwechselbares Reaktionsprodukt (Dead End Produkt; das entsprechende
Naphthochinon) ohne Induktionspotential (23) (s.u.)
Tabelle 1 Transformation (Oxidation) verschiedener Naphtahlinsulfonate durch S. xenophga BN6 unddie entsprechenden Transformationsprodukte auf Stufe der Salicylate (24)
4-Aminonaphthalin-2-Sulfonat Dead End (Autoxidation)
4-Amino-1,2-Naphthochinon
4-Hydroxynaphthalin-2-Sulfonat Dead End (Autoxidation)
2-Hydroxy-1,4-Naphthochinon
substituierte Naphthalin-1-Sulfonate Kein Substrat, kein Umsatz
in 3-Position substituierte
Naphthalinsulfonate
Kein Substrat, kein Umsatz
substituierte Naphthalindisulfonate
(Sulfonatgruppen nicht in 2-Position)
Kein Substrat, kein Umsatz
17.12.02 / Mampel Naphthalinsulfonate 7
OHCOOH
SO3-
NH2
SO3-
OH
NH2
SO3-
SO3-
NO2 NH2SO3
-
SO3-
OH
SO3-
OH
NH2
SO3-
SO3-
SO3-
COOH
SO3-
OHSO3
-
SO3-
NH2
SO3-
OHOH
SO3-
OHNH2
SO3-
O-CH3
SO3-N
H
CH3
SO3-
OH
SO3-
SO3-
SO3-
NH2
SO3-
NH2
NH2OH
SO3-SO3
-
OH
SO3-
SO3-
NH2
SO3-
SO3-
OH
SO3-
SO3-
OH
SO3-
SO3-
NH2
SO3-
SO3-
OH
SO3-
SO3-
SO3- OH
SO3-
OH
COOH
OHOH
COOH
N
NH2
SO3-
100 %
35
24
21
30
8
15
18
18
15
6
< 5 %
dead end
dead end
dead end
> 5 %
Abbildung 3:Transformation verschiedener Naphthalinsulfonate zu den entsprechendenSalicylaten durch Sphingomonas xenophaga BN6. Die mit 2-Naphthalinsulfonat gemesseneUmsatzrate wurde 100 % gesetzt. Zahlenangaben neben den Molekülstrukturen geben dengemessenen Umsatz realtiv zu Naphthalin-2-Sulfonat an. Die rot gezeicheten Verbindungen liefertenUmsatzraten von weniger als 5 Prozent und sind keine Substrate für Stamm BN6. Dead end: sogekennzeichnete Verbindungen wurden nicht in die entsprechenden Salicylate umgesetzt (24).
3.A.3: Transformation
Autoxidation:
Befindet sich eine Hydroxylgruppe in ortho-Stellung zu einer Aminogruppe – eine
Konstellation, die nach Reduktion von Azofarbstoffen häufig anzutreffen ist – unterliegt diese
17.12.02 / Mampel Naphthalinsulfonate 8
kritische Struktur oft einer Autoxidation unter oxischen Bedingungen zur den
entsprechenden chinoiden Strukturen. (Abbildung 4) Die Kinetik der Autoxidation sowie die
Stabilität der primären Autoxidationsprodukte ist vom Substitutionsmuster abhängig. Dabei
setzt die Sulfonatgruppe in 3-Position die Reaktivität der Chinone herab, indem sie den
Zugang zur kritischen 4-Position sterisch blockiert. Weitere Amino- oder
Hydroxylsubstituenten können die Chinonstrukturen über Wasserstoffbrücken zusätzlich
stabilisieren und verhindern so die Neigung der nicht in 3-Position substituierten
Naphthochinone zur Ausbildung von Dimeren. Die monomeren Naphthochinone sind
mikrobiell zumeist weiter umsetzbar (18).
OH
NH2
SO3-
O
OH
OH
SO3-
N
SO3-
O
O
SO3-
1
2
3
+
OH
NH2
SO3- SO3
-
O
O
SO3- SO3
- SO3- SO3
-
COOHCOOH
A
B
Abbildung 4 Autoxidation von ortho-Hydroxyamino-Naphthalinsulfonaten. Befindet sich in 3-Position eine Sufonatgruppe (B), wird die reaktive 4-Position sterisch von dieser blockiert und diespontane Dimerisierung (A) mit der reduzierten Ausgangsverbindung unterbunden (18).
Ähnlilch wie die ortho-Hydroxyaminonaphthaline neigen Trihydroxynaphthaline, die als erste
Reaktionsprodukte nach der initialen Oxygenierung beim Abbau substituierter Naphthalin-1-
bzw. –2-suflonate entstehen, unter oxischen Bedingungen zur Autoxidation zu den
entsprechenden Naphtochinonen. Dabei erfolgt die Autoxidation umso schneller, je näher
sich die dritte Hydroxylgruppe zu den beiden vicinalen Hydroxylgruppen des 1,2,x-
Trihydroxynaphthalins (THN) befindet. Besonders schnell ist die Autoxidation bei 1,2,4-THN
im Vergleich zu 1,2,5- oder 1,2,6- oder 1,2,7-THN (24) (20). Die rasche Autoxidation von
1,2,4-THN verhindert beispielsweise den vollständigen Umsatz von 4-Hydroxynaphthalin-2-
sulfonat durch S. xenophaga BN6. Das Produkt der Autoxidation, 2-Hydroxy-1,4-
17.12.02 / Mampel Naphthalinsulfonate 9
naphthochinon, ist ein natürlich vorkommendes Naphthalinderivat (Pigment der Henna-
Pflanze), dessen bakterieller Abbau bereits beschrieben wurde (38), so daß auch eine
Substituentenkonstellation mit einer Hydroxylgruppe in 4- oder 5-Position (vgl. 5-
Hydroxynaphthochinon (28) den vollständigen Abbau nicht ausschließt.
Desulfonierung:
Desulfonierung durch Bakterien:
Werden Naphthalinsulfonate als S-Quelle genutzt, verläuft ihr Metabolismus unter oxischen
Bedingungen über die entsprechenden Naphthole (41), so z.B. die Desulfonierung von 2,7-
Naphthalindisulfonat (30), unter anoxischen Bedingungen vermutlich über Carboxylate (Prof.
Cook, pers. Mitteilung)
Desulfonierung von Naphthlain-1-sulfonat durch die grüne Alge Scenedesmus obliquus.
Neben Bakterien können auch höhere Orgainsmen wie Pilze und Algen Naphthalinsulfonate
umsetzen. Unter Schwefelmangelbedingungen desulfoniert die grüne Alge Scenedesmus
obliquus Naphthlin-1-sulfonat zu einem Produktgemisch, bei dem nur ein Teil des
gebundenen Schwefels als Sulfat freigesetzt wird (17). Das desulfonierende Enzymsystem
wird konstitutiv exprimiert und wird auch nicht durch die Anwesenheit von Sulfat (bis zu 15
mg/l) inhibiert, wobei die Nutzung der organischen Schwefelquelle erst nach Verbrauch des
im Medium gelösten Sulfats einsetzt.
S. obliquus desulfoniert jedoch nur 10-20 % des Naphthalin-1-sulfonats. Das vorwiegende
Reaktionsprodukt aus der Transformation ist 1-Hydroxynaphthalin-2-sulfonat, welches aus
einem NIH-shift (12) nach vorausgegangener Monooxygenierung hervorgeht. Dieser NIH-
shift positioniert die Sulfonatgruppe in ortho-Position zur Hydroxylgruppe. 1-
Hydroxynaphthalin-2-sulfonat wird beispielsweise durch Sphingomonas xenophaga Stamm
BN6 oxidiert, so daß ein Abbau des Hauptproduktes dieser Transformation prinzipiell
möglich ist. Ein NIH-shift wird auch beim Abbau von Naphthalin durch Bakterien, Pilze und
Algen beobachtet (17). Desulfonierte Reaktionsprodukte sind 1-Naphthol, 4-Hydroxy-1-
tetralon und 1-Naphthylglucoside (Abbildung 5). Die Konjugation mit Glucose dient zur
Detoxifikation von 1-Naphthol.
17.12.02 / Mampel Naphthalinsulfonate 10
SO3- SO3
-
OOH
OH
SO3-
OGlucose
NIH-shiftO
OH1-Hydroxynaphthalin- sulfonat
1-Naphthyl- glucosid
4-Hydroxy-1-tetralon
Abbildung 5 Transformation von Naphthalin-1-sulfonat durch Scenedesmus obliquus (17)
Dead-end Metabolite:
5-Aminonaphthalin-2-sulfonat (5AN2S) wird durch Stamm BN6 zu 5-Hydroxyquinolin-2-
carboxylat umgesetzt, welches nicht weiter verstoffwechselt werden kann. Da im
Gegengsatz zu 5AN2S die analoge Verbindung 5-Hydroxynaphthalin-2-sulfonat zu den
entsprechenden Salicylaten umgesetzt wird, ist die nicht beobachtete Abbaubarkeit von
5AN2S in der Aminogruppe in der 5-Position begründet. Tatsächlich verhindert die spontan
ablaufende Kondensationsreaktion des sehr reaktiven 6-Amino-2-hydroxybenzalpyruvats zu
5-Hydroxyquinolin-2-carboxylat (5H2QC) (Abbildung 6) seine Spaltung in Pyruvat und 6-
Aminosalicylaldehyd. Die Rekalzitranz von 5AN2S beruht dabei auf zwei Effekten: einerseits
zehrt der Umsatz von 5AN2S die NADH-Reserven des Organismus auf, da kein Pyruvat aus
dem Abbau von 5AN2S erzeugt und somit auch nicht der Vebrauch an
Reduktionsäquivaltenten durch die Aktivität der Naphthlinsulfonatdioxygenase kompensiert
werden kann. Andereseits wirken höhere Konzentrationen an 5H2QC toxisch auf den
Organismus. Die intramolekulare Kondensationsreaktion zu 5H2QC, die aufgrund der
Aminogruppe in 5-Position möglich wird, macht den Metabolismus sowohl unproduktiv (da
kein Pyruvat abgespalten wird und das Produkt in Wasser kaum löslich ist) als auch
kontraproduktiv (aufgrund der Toxizität in höheren Konzentrationen für Stamm BN6) (23).
17.12.02 / Mampel Naphthalinsulfonate 11
OH
O
COOH
NH2 N
OH
COOH
H2O
Abbildung 6 Metabolismus von 5-Aminonaphthalin-2-sulfonat durch Sphingomonasxenophaga BN6 zum Dead End-Metaboliten 5-Hydroxyquinolin-2-carboxylat (vgl. Abbildung2)
Eine Transformation zu nicht weiter verstoffwechselbaren Dead-End-Metaboliten kann auch
innerhalb eines Konsortiums beobachtet werden, welches Naphthalin-2-sulfonat abbaut. Drei
der vier Stämme entwickeln während des Umsatzes einen braunen Einschlußkörper in ihren
Zellen, der schließlich das Wachstum hemmt. Dabei handelt es sich vermutlich um ein
Naphthochinon oder Polymerisationprodukt. Die Anwesenheit von Pseudomonas aeruginosa
verhindert die Bildung dieses Einschlußkörpers dadurch, daß 1,2-Dihydroxynaphthalin in
produktive Stoffwechselwege gespeist wird (Slaicylat/Gentisat-Abbauweg). P. aeruginiosa
ermöglicht dem Konsortium somit die vollständige Mineralisation von Naphthalin-2-sulfonat
(36).
3.A.4: Abbaubarkeit von Naphthalinsulfonaten: kritische Molekülstrukturen
Aus den in der Literatur verfügbaren Daten lassen sich folgende für den Abbau von
39. Wittich, R. M., H. G. Rast, and H.-J. Knackmuss. 1988. Degradation of
naphthalene-2,6- and naphthalene-1,6-disulfonic acid by a Moraxella sp. Appl. Environ.
Microbiol. 54:1842-1847.
40. Yen, K. M., and C. M. Serdar. 1988. Genetics of naphthalene catabolism in
pseudomonads. Crit Rev Microbiol 15(3):247-268.
41. Zürrer, D., A. M. Cook, and T. Leisinger. 1987. Microbial desulfonation of
substituted naphthalenesulfonic acids and benzenesulfonic acids. Appl. Environ. Microbiol.
53:1459-1463.
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 1
ANLAGE 7 Alkansulfonate
1. Eigenschaften der Alkansulfonate
Die Stabilität der C-S-Bindung von aliphatischen Organosulfonaten ist eine Funktion der
Kettenlänge. Methansulfonat ist das stabilste Alkansulfonat. Mit steigender Kettenlänge
nimmt die Stabilität der C-S-Bindung jedoch ab. Bereits deutliche Unterschiede lassen sich
zwischen Methansulfonat und Ethansulfonat feststellen. Die Spaltung der C-SO3-Bindung
durch eine einfache Hydrolyse ist jedoch in jedem Fall auszuschließen (87) (31).
Sind aliphatische Sulfonate mit Amino-, Hydroxyl- und oder Carboxylgruppen derivatisiert,
spricht man von aktivierten Alkansulfonaten, die den nicht substiutierten Verbindungen (z.B.
Ethansulfonat) gegenüberstehen (Abbildung 1). Je nach Kettenlänge der Alkane handelt es
sich um niedermolekulare, hochpolare oder langkettige, amphiphile Verbindungen. Aufgrund
der Sulfonatgruppe sind die ansonsten hydrophoben Alkane wasserlöslich und nicht
membrangängig (11). Befindet sich die Sulfonatgruppe endständig an einem längeren
Alkylrest, ist die Verbindung in Abhängigkeit der Länge der aliphatischen Kette schwer
löslich. Eine zentrale Sulfonatderivatisierung der aliphatischen Kette erhöht die
Wasserlöslichkeit. Alkansulfonate sind bis zu einem Gehalt von ca. 30 Masse-%
wasserlöslich (C15-Kette), wobei sich die Löslichkeit mit abnehmender Kettenlänge erhöht
(54)
CysteatTaurin
H2NSO3
-
+H3NSO3
-
COO-
HOSO3
-
Isethionat
SO3-
Methansulfonat
HSSO3
-
Coenzym M
Cerilipin
R2
OH
O
O
NH
R1 O
NH
(CH2)3NH3+
O
SO3-
OHN
SO3-
OHOH
O
Taurocholat
Abbildung 1 Natürlich vorkommende Alkansulfonate
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 2
1.A Vorkommen der Alkansulfonate
1.A.1: natürlich
Bis auf Aeruginosin B und der Gruppe der sulfonierten Pyoverdine (vgl. Modul
”monozyklische Arensulfonate”) sind alle natürlich vorkommenden Sulfonate aliphatisch
(Abbildung 1). Sie spielen eine wichtige Rolle im globalen Schwefelkreislauf. Methansulfonat
entsteht im Megatonnenmaßstab durch die photochemische Oxidation von Dimethylsulfid
(5), eine der häufigsten organischen Schwefelverbindungen mit überwiegend biologischer
Herkunft (Dimethylsulfopropionat, ein Osmolyt mariner Algen (42). Weitere natürliche
Sulfonate sind Isethionat, das Haupt-Anion in Axonen mariner Arthropoden (z.B. in den
Riesenaxonen von Tintenfischen (50)), Coenzym M, ein wichtiges Coenzym methanogener
Bakterien (76), Cysteat, das man als Oxidationsprodukt des Cysteins in Wolle findet sowie
das in Algen und Tieren weit verbreitete Taurin, welches in Säugern eine der häufigsten
niedermolekularen Verbindungen darstellt, dort vielfältige Aufgaben erfüllt (Anitoxidanz,
Detergenz, Osmolyt), aber nicht verstoffwechselt wird (38). Taurin wird auch als Bestandteil
der bakteriellen Zellwand identifiziert (40) (72). In der Thylakoidmembran der Pflanzen sowie
in Membranen photosynthetisch aktiver Bakterien findet man mit dem pflanzlichen Sulfolipid
eines der zusammen mit Taurin mengenmäßig wichtigsten natülichen Alkansulfonate.
Sulfolipide (z.B. Cerlipin, Capinin) werden auch als Komponenten der bakteriellen Zellwand
identifiziert. Capinin ist ein Kondensationsprodukt aus Cysteat und einer aktivierten
Fettsäure und hat in der acylierten Form eine zentrale Funktion bei der Fortbewegung
gleitender Bakterien (Cytophaga johnsonae) (1) Unter den natürlichen Sulfonaten finden sich
auch zuckerähnliche Verbindungen (Sulfochinovose) sowie Stoffe aus der Klasse der
Tenside, z.B. Gallensäuren (u.a. Taurocholat). Einige xenobiotische Verbindungen weisen
Substrukturen natürlicher Alkansulfonate auf, beipielsweise sekundäre Alkansulfonate oder
Fettsäureestersulfonate (65). Eine Übersicht über die wichtigsten natürlich vorkommenden
Alkansulfonate gibt Tabelle 1
Tabelle 1 Die wichtigsten natürllich vorkommenden Alkansulfonate
Alkansulfonat Literatur
Methansulfonat (77) (41)
2-Aminoethansulfonat (Taurin) (38)
Sulfoacetat (48) (63)
Sulfolactat (29)
Sulfopyruvat (29)
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 3
Sulfosuccinat (65)
Isethionat (37)
Cysteat (58) (64) (88)
Sulfoacetaldehyd (47)
Sulfopropandiol (15)
2-Mercaptoethansulfonat (Coenzym M) (76)
Sulfolipide (3) (28) (32)
Sulfochinovose (30)
1.A.2: xenobiotisch
Langkettige, nicht substituierte Alkansulfonate sind in der Natur nicht bekannt. Es existieren
keine Untersuchungen über die natürliche Verbreitung von relativ kurzkettigen
Alkansulfonaten wie Propan- oder Butansulfonat. Da aber im Boden eine Vielzahl
sulfonierter organischer Verbindungen existiert und umgesetzt wird (4) (75), erscheinen
kurzkettige Alkansulfonate als plausible natürliche Verbindungen (Abbildung 2)
Aufgrund ihrer guten Wasserlöslichkeit werden Alkansulfonate in einer Vielzahl flüssiger
Verbindungen eingesetzt, vorzugsweise in Haushalts- und Allzweckreinigern und
Spülmitteln. Auch in der Textil- und Lederindustrie sowie als Emulgatoren bei der
Polymerisation (PVC) werden diese Verbindungen verwendet. Dialkylester von Sulfosuccinat
bilden eine Gruppe wichtiger synthetischer Tenside, die in Pestiziden, Kosmetika, Shampoos
und Spülmitteln Anwendung finden.
Vor allem disulfonierte Alkane werden als pharmakologisch inaktive Gegenionen (vgl. (2)) in
Pharmazeutika eingesetzt, beispielsweise Ethan-1,2-disulfonat (Edisylat) (pers. Mitteilungen
Prof. Cook; (13)). Ihr Eintrag in die Umwelt über Kläranlagen ist somit wahrscheinlich.
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 4
Abbildung 2 Einige xenobiotische Alkansulfonate
2. Nutzung von Alkansulfonaten durch Mikroorganismen
Sowohl unter oxischen als auch unter anoxischen Bedingungen werden Alkansulfonate als
C- und Energiequelle von Mikroorganismen genutzt und können so vollständig mineralisiert
werden. Eine vollständige Mineralisation wird unter anoxischen Bedingungen jedoch nur
selten beobachtet.
Die Nutzung des Sulfonatschwefels als Schwefelquelle unter Schwefelmangelbedingungen
ist unter Mikroorganismen sehr weit verbreitet und findet sowohl unter oxischen als auch
unter anoxischen Bedingungen statt.
3. Abbau von Alkansulfonaten
3.A.1: allgemeine Prinzipien
Der erste Schritt zur Degradation von Alkansulfonaten liegt im Transport dieser polaren
Verbindungen über die Membran. Für den intrazellulären Abbau von Alkansulfonaten werden
zur Zeit zwei grundlegende Mechanismen beschrieben, bei denen die Desulfonierung einen
zentralen Schritt im Abbauweg darstellt. Die Desulfonierung kann auf zwei Arten erfolgen:
A) Die Hydrolyse von Sulfoacetaldehyd durch eine Thiamin-Pyrophosphat (TPP) abhängige
Sulfolyase (Abbildung 3). Das zentrale Intermediat Sulfoacetaldehyd wird dabei zunächst
OCH3
SO3-
O
Fettsäureester-Sulfonat
SO3-
SO3-
primäres Alkansulfonat
sekundäres Alkansulfonat
SO3-
CH3
CH3
CH3
verzweigtkettiges Alkansulfonat
SO3-
SO3-
Ethandisulfonat (Edisylat)
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 5
durch verschiedene vorgeschaltete Reaktionen erzeugt. Die Hydrolyse von
Sulfoacetaldehyd wird sowohl unter oxischen als auch unter anoxischen Bedingungen
beobachtet. Das entstehende Acetat wird unter oxischen Bedingungen vollständig
mineralisiert, unter anoxischen Bedingungen wird es vom Organismus als Endprodukt
ausgeschieden. Die als Sulfit freigesetzte Sulfonatgruppe wird unter oxischen
Bedingungen als Sulfat freigesetzt (Sulfit-Dehydrogenase oder Sulfit-Oxidasen; siehe
(66)), unter anoxischen Bedingungen kann sie für katabolische Zwecke
weiterverstoffwechselt werden.
Abbildung 3 Transaminierung durch eine Taurin:Pyruvat-Transaminase und hydrolytischeDesulfonierung von Sulfoacetaldehyd während des Abbaus von Taurin. I, Taurin:Pyruvat-Transaminase; II, Alanin-Dehydrogenase; III, Sulfoacetaledhyd-Sulfolyase.
B) Oxygenierung zur Spaltung der C-S-Bindung (Abbildung 4) unter Freisetzung der
Sulfonatgruppe als Sulfit; ein Prozeß, der aufgrund des Bedarfs an molekularem
Sauerstoff nur unter oxischen Bedingungen abläuft. Die Abspaltung der Sulfonatgruppe
scheint bei allen näher untersuchten Systemen der erste Schritt in der Biodegradation zu
sein (65).
Pyruvate Alanine H2O HSO3-
H2O
NAD+NADH+H+
NH4+
I
II
III
Taurine Sulfoacetaldehyde Acetate
HS-
6 [H]IV
H3N+ SO3
-
OSO3
-
O
O-
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 6
Abbildung 4 Oxygenolytische Desulfonierung durch Monooxygenasen (A) oder α-Ketoglutaratabhängige Dioxygenasen (B)
Mechanismus A wird zur Zeit ausschließlich für aktivierte C2-Verbindungen beschrieben
(Taurin und Isethionat); Mechanismus B für Alkansulfonate mit einer Kettenlänge von C1 –
C12 (66). Mikroorganismen nutzen beide Mechanismen zur Degradation der verschiedenen
Alkansulfonate und es können beide Abbauaktivitäten in einem Organismus beobachtet
werden (67). Dabei spielen Umweltfaktoren (Verfügbarkeit molekularen Sauerstoffs), die
Organsimen (Bakterien, Pilze, Algen) und das jeweilige sulfonierte Alkan eine Rolle.
Beispielsweise wird Taurin von Bakterien und Pilzen durch einen initialen Angriff auf die
Aminogruppe abgebaut. Bakterien setzen dazu meist den Mechanismus der
Transaminierung zu Sulfoacetaldehyd ein, Pilze hingegen die Deaminierung zu Isethionat
(Taurin-Dehydrogenase). Algen hingegen greifen zunächst die Sulfonatgruppe an und
desulfonieren oxidativ Taurin zu Ethanolamin.
Die aktuell verfügbaren Informationen zur Abhängigkeit zwischen der jeweiligen Verbindung
und dem eingeschlagenen Abbauweg deuten an, daß aktivierte Alkansulfonate über die
hydrolytische Desulfonierung abgebaut werden, wohingegen nicht aktivierte Alkansulfonate
durch Oxygenierung aktiviert und desulfoniert werden.
3.A.2: Transport
Wie für alle Sulfonate gilt auch für die Alkansulfonate, daß eine passive Diffusion über die
Zellmembran aufgrund der starken Polarität der Sulfonatgruppe ausgeschlossen werden
kann, obwohl wie im Fall von Methan- oder Ethansulfonat die Molekulargewichte gering sind.
SO3- SO3
-
OH
O
H
SO32-
O2+
+
+ NADH2+ H2O
A
B
H2NSO3
-
-OOC COO-
O
H2NSO3
-
OH
-OOCCOO-
CO2
H2NO
HO2
NADH2
Taurin
α-Ketoglutarat
α-Hydroxytaurin Aminoacetaldehyd
Succinat+
+
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 7
In Chlorella fusca (9) (10) und verschiedenen Cyanobakterien (11) werden
Transportsysteme für Ethansulfonat und Taurin beschrieben. Das Sulfonattransportsystem
in Chlorella fusca wird durch Ethansulfonat sowie unter Schwefelmangelbedingungen
induziert und zeigt Affinitäten gegenüber einer Reihe von Alkansulfonaten (Methan-, Ethan-,
Pentansulfonate) bzw. substituierter Alkansulfonate (Amino-, Hydroxy-, Mercapto-
ethansulfonate) sowie gegenüber Benzolsulfonat, allerdings mit deutlich schwächerer
Affinität. Entsprechende nicht sulfonierte Alkane inhibieren die Aufnahme von Ethansulfonat
nicht. Die Sulfonatgruppe ist für dieses Transportsystem offenbar die entscheidende
Molekülsignatur, die auch erkannt wird, wenn sich in unmittelbarer Nachbarschaft zur
Sulfonatgruppe HO-, NH2-, HS- oder HOOC-Gruppen befinden. Die Affinität gegenüber
Alkansulfonaten liegt bei 50 µM (KD-Wert) (9). Dieselbe Alge verfügt über ein
Taurintransportsystem, welches analog zum Ethansulfonataufnahmesystem unter
Schwefelmangelbedingungen exprimiert wird. Auch dieses System erkennt spezifisch die
Sufonatgruppe. In beiden Aufnahmesystemem scheinen Thiolgruppen der Transportproteine
eine wichtige Rolle zu spielen. Vergleichbare Transportsysteme finden sich in einer Reihe
von Cyanobakterien (11). Im Gegensatz zu den sulfonatspezifischen Aufnahmesystemen
aus C. fusca für Taurin und Ethansulfonat existiert in Staphylococcus aureaus ein
Taurintransportsystem, welches jedoch keine spezifischen Affinitäten gegenüber
Sulfonatgruppen aufweist (7)
Unter Schwefelmangelbedingungen werden zusammen mit den cytosolischen Proteinen
vielfach spezielle Transportsysteme des ABC-Typs (hohe Affinitäten) über die Co-
lokalisation entsprechender Gene in Form eines Operons exprimiert (siehe unten, SSIS) (44)
(26). Soweit untersucht, spiegeln die Substratspektren der Transporter weitestgehend die
Substratspektren der den Abbau einleitenden Enzyme wieder (26).
Informationen zu Alkansulfonattransportern, die im dissimilatorischen Metabolismus
involviert sind, liegen bislang nicht vor.
3.A.3: Alkansulfonatabbau ohne Oxygenierung
Zentrales Intermediat im Abbau von Alkansulfonaten als C- und Energiequelle für
Mikroorganismen ohne Beteiligung von Oxygenasen ist Sulfoacetaldehyd. Dieses
Intermediat kann in Abhängigkeit der jeweiligen Ausgangsverbindung (Taurin, Isethionat,
Sulfoacetat) über eine individuelle Abfolge verschiedener Reaktionen erzeugt werden (70)
(52) (47) (53) (48). Da molekularer Sauerstoff an diesen Reaktionen nicht beteiligt ist, wird
dieser Umsatz sowohl unter oxischen als auch unter anoxischen Bedingungen beobachtet.
In der Literatur finden sich detaillierte Angaben zum Abbau von Taurin mit Sulfoacetaldehyd
als Zwischenprodukt (55-57, 60). Das über die Aminogruppe aktivierte Taurin kann über
zwei alternative Wege zu Sulfoacetaldehyd umgesetzt werden; ein dritter Weg ist bislang
Die Aminogruppe von Taurin wird auf einen Aminogruppenakzeptor übertragen (Abbildung
3). Dieser kann α-Ketoglutrarat (α-KG) oder Pyruvat sein (Abbildung 5). In Abhängigkeit
dieses Aminogruppenakzeptors werden α-KG (80) oder Pyruvat-abhängige Transaminasen
(70) unterschieden. Alle bislang charakterisierten Transaminasen verwenden Pyridoxal-5´-
Phosphat als Cofaktor. Die Übertragung der Aminogruppe auf den Akzeptor erzeugt
Glutamat bzw. Alanin als aminierte Produkte sowie Sulfoacetaldehyd. Oxidative
Deamnierung durch entsprechende Dehydrogenasen regenriert anschließend den
Aminogruppenakzeptor unter Freisetzung von Ammonium (57) (56).
2) Dehydrogenasereaktion erzeugt Sulfoacetaldehyd
Alternativ zum Transaminasemechanismus kann Taurin direkt oxidativ deamniert werden
(52) (Abbildung 5). Die beteiligten Taurin-Dehydrogenasen sind membrangebunden und
oxidieren Taurin zu Sulfoacetaldehyd unter Freisetzung von Ammonium. Dabei werden
Reduktionsäquivalente des Oxidationsschrittes auf nicht näher charakterisierte Akzeptoren
übertragen.
Abbildung 5 Wege zum aeroben nicht-oxygenolytischen Abbau von Taurin überSulfoacetaldehyd als zentralem Intermediat. Ia, Taurin-Dehydrogenase; Ib, Taurin-a-Ketoglutarat-Transaminase; Ic, Taurin-Pyruvat-Transaminase; II, Sulfoacetaldehyd-Sulfolyase; III, Sulfit-Oxidase
3) weitere Reaktionen zur Erzeugung von Sulfoacetaldehyd
Über Sulfoacetaldehyd als zentralem Intermediat werden vermutlich auch Isethionat und
Sufloacetat verstoffwechselt (48) (53). Ob der Abbau von Cysteat und Sulfolactat ebenfalls
Glu
α-KGPyr
Ala
IaIb Ic
II
III
Accox
Accred
Cyt coxCyt cred
H2O
O
O-
HSO3-
H3N+ SO3
-
H2O
+NH4
H2O
HSO4-
OSO3
-
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 9
über dieses Intermediat verläuft ist noch unklar. Ein möglicher Reaktionsweg verläuft über
Taurin als Zwischenstufe (74) (12). Es wird in Verbindung mit diesen Sulfonaten aber auch
ein noch unverstandener neuer Desulfonierungsmechanismus diskutiert (64). Arbeiten zum
Abbau von Cysteat durch anaerobe Bakterien zeigen, daß eine klassische Sulfoacetaldehyd-
Sulfolyase in dem entsprechenden Organismus nicht detektiert werden kann (68).
Hydrolytische Desulfonierung von Sulfoacetaldehyd durch eine Lyase
Sulfoacetaledhyd wird quantitativ zu den Produkten Acetat und Sulfit hydrolysiert (Abbildung
3). Katalysiert wird dieser Schritt von einer Thiamin-Pyrophosphat (TPP) abhängigen Lyase,
die in einer Vielzahl von aeroben und anaeroben Bakterien vorgefunden wird (51) (71).
Alternative Mechanismen zur Desulfonierung von Sulfoacetaldehyd
Alternativ zur Desulfonierung durch eine Sulfolyase kann Sulfoacetaldehyd reduktiv zu Sulfit
und Acetaldehyd gespalten werden, welcher nachfolgend -katalysiert von einer Acetaldehyd-
Dehydrogenase- zu Acetat oxidiert wird (Abbildung 6). Ein derartiger Mechanismus wird für
den Abbau von Isethionat durch Desulfovibrio desulfuricans IC1 (62) vorgeschlagen.
Ein weiterer alternativer Desulfonierungsmechanismus schlägt Sulfoacetaldehyd als direktes
Substrat für eine dissimilatorische Sulfitreduktase vor. Diese setzt Acetat und Sulfid als
Produkte dieser hypothetischen Desulfonierung frei (55).
Abbildung 6 Reduktive Spaltung von Sulfoacetaldehyd
3.A.4: aerober Abbau über Oxygenierungen
Unter oxischen Bedingungen werden aliphatische Sulfonate über drei Mechanismen
metabolisiert. Zwei dieser Mechanismen erfordern molekularen Sauerstoff als
Reaktionspartner (Abbildung 4), der dritte Mechanismus ist die Transaminierung zu
Sulfoacetaldehyd (s.o.; Abbildung 3). Die Monooxygenierung von Alkansulfonaten wird
beobachtet, wenn die Verbindung als C- und Energiequelle oder als Schwefelquelle genutzt
wird. Die Monooxygenasesysteme, die unter Schwefelmangelbedingungen exprimiert
werden, unterscheiden sich in ihrer Regulation und molekularen Architektur von denen
dissimilatorischer Prozesse (44). Wird Taurin als Schwefelquelle genutzt, kommt eine
ungwöhnliche α-Ketoglutarat abhängige Dioxygenase zum Einsatz (24) (siehe unten, 3.A.6).
2 [H] 2 [H]
HSO3-
H2O
O
H
OSO3
-H
O
O-
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 10
Die zur Zeit in der Literatur verfügbare Information deutet darauf hin, daß nicht aktivierte
Alkansulfonate über Monooxygenasen metabolisiert werden (vgl. (67)). Lineare
Alkansulfonate mit Kettenlängen zwischen C4–C7 bzw. C8-C12 (für zwei unterschiedliche
Pseudomonasstämme (79)), sekundäre Alkansulfonate wie Sulfosuccinat (65) oder 2-
Propansulfonat (67) sowie Methansulfonat (5) (77) werden durch diesen Oxygenasetyp
aktiviert, Sulfit und zentrale Stoffwechselintermediate freigesetzt und letztere über bekannte
vorgefunden. Entsprechende Organismen können aus Kläranlagen, Sedimenten oder
Bodenproben angereichert werden. Andere Isolate werden im Gastro-Instestinaltrakt
vorgefunden (19).
Alkansulfonate können in drei Funktionen in dissimilatorische Prozesse eingebunden sein: in
Atmungsprozessen als Elektronendonor und –akzeptor sowie als Substrat für
Disproportionierungsreaktionen in Verbindung mit Gärungen (Abbildung 7)
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 11
Abbildung 7 Mögliche Funktionen von Alkansulfonaten im anaeroben Stoffwechsel.Exemplarisch sind die Möglichkeiten des Taurinabbaus durch anaerobe Bakterien aufgezeigt. EnzymeI, Taurin:Pyruvat-Aminotransferase; Enzym II, Alanindehydrogenase; Enzym III, Sulfoacetaldehyd-Sulfolyase. (1), Taurin als Elektronenakzeptor in einer anaeroben Atmung mit Formiat alsElektronendonator; (2), Taurin als Elektronendonor in einer anaeroben Atmung mit Nitrat oder Eisen(3) als Elektronenakzeptor; (4) (5), Vergärung von Taurin; (6), Assimilierung des Sulfonatschwefelsdes Taurinmoleküls unter Schwefelmangelbedingungen.
1. Organosulfonate als Elektronenakzeptoren:
Sowohl sulfatreduzierende (61, 62) (59) als auch nicht sulfatreduzierende anaerobe
Mikroorganismen (59) nutzen aliphatische Sulfonate als terminale Elektronenaktzeptoren.
Bei dieser Reduktion wird das Kohlenstoffgerüst des Organosulfonats oxidiert. Die
freiwerdenden Elektronen zusammen mit Elektronen des Elektronendonators werden
genutzt, um die Sulfonatgruppe zum Sulfid zu reduzieren. Desulfovibrio desulfuricans setzt
auf diese Weise 1 mol Isethionat mit 1 mol Lactat zu 1 mol Sulfid, 2 mol Acetat und 1 mol
CO2 um (62).
2. Organosulfonate als Elektronendonatoren:
Organosulfonate können in anaeroben Atmungsprozessen als Elektronendonatoren
eingesetzt werden. Neben ihrer gut verstandenen Funktion bei der Nitratatmung scheinen
aliphatische Organosulfonate auch die Atmung mit Eisen, nicht aber mit Sulfat als
Elektronenakzeptor zu ermöglichen. Alcaligenes sp. nutzt Taurin als C- und Energiequelle in
einer anaeroben Nitratatmung, bei der Taurin quantitativ in Zellmaterial und CO2
umgewandelt wird. Die Sulfonatgruppe wird zu Sulfat oxidiert und die Aminogruppe als
Ammonium freigesetzt. Nitrat wird zum molekularen Stickstoff reduziert (22). Dieser
anaerobe Prozeß führt somit zur vollständigen Mineralisierung des Organosulfonats.
NAD+I
Alanine
Pyruvate
FeIII
FeII
(2)(1)
CO2
(4)
[H]
R-SH
IIIIII
?
Acetate
Acetate
(3) (5)
II
Formate
Sulfite
Sulfate
+ CO2
Thiosulfate
Nitrate
IIIAcetate
Sulfide
N2
Sulfide
(6)
H2OH2O
+H3NSO3
-
OSO3
-
NH4+
H2O
H2O
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 12
3. Organosulfonate in Gärungen:
Die Vergärung von Organosulfonaten unterscheidet sich von der Veratmung dadruch, daß
kein geeigneter Elektronenakzeptor oder -donator erforderlich ist. Die Vergärung von Taurin
durch Desulfonispora thiosulfatigenes Stamm GKNTAU (23) disproportioniert dieses
Sulfonat in Acetat und Thiosulfat, wobei letzteres ein weitverbreiteter natürlicher
Elektronenakzeptor- und donator ist (39). Die Vergärung von Cysteat oder Isethionat durch
ein Desulfovibrio sp. erzeugt Ammonium, Acetat und CO2 als Gärprodukte. Im Unterschied
zur Sulfonatgärung durch Stamm GKNTAU wird hier die Sulfonatgruppe zu Sulfat und Sulfid
disproportioniert, vmtl. unter Energiegewinnung für den Organismus (58).
3.A.6 Alkansulfonate als Schwefelquellen
Die natürlichen Alkansulfonate Taurin, Isethionat und Cysteat werden von einer Reihe von
Bakterien und Hefen als Schwefelquelle genutzt (17) (69) (82) (83) (85) (84). Auch viele
photosynthetisch aktive Organismen wie Algen und Cyanobakterien können Alkansulfonate
als Schwefelquelle verwerten (11) (8). Werden Alkansulfonate als Schwefelquelle genutzt,
sind die Substratspektren der beteiligten Systeme sehr breit. Der Sulfonatschwefel sowohl
aktivierter als auch nicht aktivierter Alkansulfonate wird unter diesen Bedingungen
assimiliert. Werden sie jedoch als C- und Energiequelle für das Wachstum verwendet,
zeigen Mikroorganismen meist eine hohe Präferenz für ein oder wenige Substrate. In einer
Testreihe mit 100 nicht selektiv isolierten Mikroorganismen stellten King und Quinn fest, daß
mehr als 90 % der Bakterien Taurin, Isethionat, Sulfoacetaldehyd oder Sulfoacetat als
Schewelquelle nutzen konnten, wohingegen nur 10 % der Organismen Taurin oder
Isethionat, nicht aber Sulfoacetaldehyd als C- und Energiequelle akzeptierten (49).
SSIS: Sulfate Starvation Induced Stimulon
Unter Schwefelmangelbedingungen synthetisieren viele Bakterien eine besondere Gruppe
von Proteinen, die unter dem Begriff ”Sulfate Starvation Induced proteins” (SSI-proteins)
zusammengefaßt werden (6) (44). Diese Proteine werden nur in Abwesenheit der vom
jeweiligen Organismus bevorzugten Schwefelquelle (i.d.R. Sulfat, aber auch Cystein, Sulfid
und Thiocyanat) exprimiert. Neben Proteinen, denen eine spezifische Funktion in der
Kompensation des Schwefelmangels zukommt, z.B. periplasmatische Bindeproteine zur
hochaffinen Sulfataufnahme oder Enzyme zur Mobilisierung intrazellulärer Schwefelspeicher,
werden auch Kopien von nicht-SSI-Proteinen synthetisiert, deren nicht essentielle Cystein-
und Methioninaminosäuren in Anpassung an den Schwefelmangel ersetzt werden.
Die Expression der SSI-Proteine unterliegt einer Regulation auf Ebene eines Stimulons
(SSIS = Sulfate Starvation Induced Stimulon), das über CysB, einem übergeordneten
Regulator vom LysR-Typ, gesteuert wird.. Zusätzliche Regulatoren in Verbindung mit der
Nutzung des Sulfonatschwefels als S-Quelle werden mit dem Cbl-Protein in E. coli bzw.
dem AsfR-Protein aus Pseudomonas putida beobachtet. Die Abwesenheit von CysB und Cbl
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 13
führte zu einem vollständigen Verlust der Fähigkeit von E.coli, den Sulfonatschwefel unter
SSIS-Bedingungen zu nutzen und unterstreicht damit die zentrale regulatorische Funktion
dieser Proteine. Die Funktion von CysB in der Desulfonierung von n-Alkansulfonaten (C2-
C6), Isethionat, Sulfoacetat, MOPS (3-(N-morpholino)propansulfonat und Piperazin-1,4-bis-
2-ethansulfonat konnte belegt werden. Die Organisation der beteiligten Gene als Stimulon
unterscheidet sich wesentlich von der Organisation der an der Dissimilation von Sulfonaten
beteiligten Gene, die meist in Form eines Operons organisiert sind (44). Darüber hinaus
ändert sich unter SSIS-Bedingungen der Stoffluß des Schwefels innerhalb der Zelle (45).
Nutzung von Organosulfonaten als Schwefelquelle durch aerobe Mikroorganismen:
In Anwesenheit molekularen Sauerstoffs werden Oxygenasen zur Freisetzung des
Sulfonatschwefels eingesetzt. Bislang werden zwei Hauptmechanismen zur Assimilation des
Schwefels beschrieben: ein Abbauweg, der eine α-KG-abhängige Dioxygenase (TauD)
beinhaltet, sowie die Monooxygenierung (Abbildung 4). Die beteiligten Oxygenasen
unterscheiden sich von denen des katabolischen Stoffwechsels, wie es u.a. für den
Metabolismus von Methansulfonat gezeigt werden konnte (34) (46).
TauD hat ein Taurin-spezifisches Substratspektrum. Höhere homologe Alkansulfonate (C4-
C6) werden nur mit einer sehr viel geringeren Affinität desulfoniert (24). Homologe TauD-
Proteine werden in Yersinia pestis, Saccharomyces cerevisiae, Mycobacterium tuberculosis,
Bordetella pertussis, und Pseudomonas aeruginosa, z.T. mit mehreren homologen Proteinen
innerhalb eines Organismus vorgefunden. Das Substratspektrum der FeII-abhängigen α-KG
abhängigen Dioxygenase aus Saccharomyces cerevisiae ist weniger eng als das von TauD:
Isethionat und Taurocholat sind sogar bessere Substrate als Taurin (35).
Die am SSIS beteiligten Monooxygenasen weisen eine ungewöhnliche Struktur auf, da die
Flavinkomponente (FMN) nicht als prosthetische Gruppe an die Oxygenase gebunden ist,
sondern als frei lösliches Flavin in Funktion eines Co-Substrats an der Reaktion teilnimmt.
Entsprechend werden in diesen Fällen keine spezifischen Reduktasen gefunden. Reduzierte
Flavine genügen in Verbindung mit der Oxygenasekomponente zur Rekonstitution der in
vitro Aktivität. Werden α-KG abhängige Dioxygenasen bislang nur in Verbindung mit Taurin
beobachtet, wird eine Reihe von Alkansulfonaten durch Monooxygenasen desulfoniert. Eine
derartige Differenzierung des Abbaus innerhalb eines Organismus wird in E. coli beobachtet,
in dem zwei Operons (das tauABCD-Operon zur Verwertung von Taurin und das
ssuEADCB-Operon für alle anderen Alkansulfonate) existieren (26). Die beiden
Monooxygenasen zeigen ein vergleichsweise enges Substratspektrum. SSIS-
Monooxygenasesysteme konnten bislang in E. coli, Bacillus subtilis, Pseudomonas putida,
P. aeruginosa, Rhodococcus erythropolis und Chelatobacter sp. identifiziert werden (44).
Nutzung von Organosulfonaten als Schwefelquelle durch anaerobe Mikroorganismen:
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 14
In Analogie zur Desulfonierung unter oxischen Bedingungen zeigen die desulfonierenden
Systeme der anaeroben Mikroorganismen ein im Vergleich zur Alkansulfonatdissimilation
breites Substratspektrum. Neben natürlich vorkommenden aktivierten Alkansulfonaten wie
Taurin und Cysteat (17) werden auch nicht aktivierte Sulfonate wie Ethansulfonat und 1-
Heptansulfonat desulfoniert (20). Methansulfonat kann unter anoxischen Bedingungen
offenbar nicht als S-Quelle genutzt werden, vermutlich aufgrund der hohen Stabilität der C-
S-Bindung in diesem Molekül (43). Es werden sowohl substratspezifische Sulfonatasen
(z.B. für Taurin) als auch unspezifische Alkansulfonatasen beschrieben (19). Clostridium
pasteurianum zeigt mit Taurin als Schwefelqulle gleiche Wachstumsraten wie mit Sulfat.
Verringerte Wachstumsraten werden mit Isethionat bzw. p-Toluolsulfonat beobachtet (16).
Der Desulfonierungsmechanismus unter anoxischen Bedingungen ist noch unverstanden.
Untersuchungen mit Clostridium pasteurianum C1 deuten auf eine unter
Schwefelmangelbedingungen induzierbare Taurin-Pyruvat Aminotransferase hin (18), so
daß unter diesen Bedingungen Taurin offenbar nach demgleichen Reaktionsmechanismus
desulfoniert wird wie unter dissimilatorischen Bedingungen, vermutlich aber katalysiert von
modifizierten Proteinen (s.o.).
3.A.7 Struktur-Abbaumechanismus Beziehungen für Alkansulfonate
# nicht aktivierte AlkansulfonateDie Aktivierung und Desulfonierung erfolgt durch Monooxygenierung; der nachfolgende
Abbau über β-Oxidation
# aktivierte AlkansulfonateÜber vorgeschaltete Reaktionen, beispielsweise Transaminierungen, wird Sufloacetaldehyd
als zentrales Intermediat erzeugt. Dieser wird nachfolgend durch Sulfolyasen hydrolytisch
desulfoniert.
# kurz- /kangkettige Alkansulfonate
Kurzkettige Alkansulfonate werden bevorzugt über Sulfoacetaldehyd abgebaut; langkettige
werden einleitend oxygenolytisch desulfoniert, dann über eine Folge von β-Oxidationen
abgebaut. Methansulfonat als stabilstes Alkansulfonat kann bislang nur unter oxischen
Bedinungen abgebaut werden.
# lineare- /verzweigtkettige AlkansulfonateLineare Alkansulfonate werden nach der einleitenden Desulfonierung über Sulfoacetaldehyd
(kurzkettige) oder eine Abfolge von β-Oxidationen (langkettige) abgebaut. Beim Abbau
längerkettiger Alkansulfonate scheint die Kettenlänge ein für den Abbau weniger wichtiges
Kriterium zu sein. Beispielsweise akzeptiert Stamm DS-1 eine ganze Reihe langkettiger
Alkansulfonate als C- und Energiequelle (pers. Mitteilung Prof. Cook).
Verzweigtkettige Alkane gelten allgemein als weniger leicht abbaubar als lineare n-Alkane
oder mit Methylseitenketten derivatisierte Alkane (14). Dennoch bauen einige
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 15
Pseudomonasstämme verzweigtkettige Alkane und Alkene ab, z.B. 3,7-Dimethyl-6-octen-1-
ol (27). In diesem Zusammenhang ist auch die Mineralisierung von verzweigtkettigen
Dodecylbenzolsulfonaten zu erwähnen (73). Methylseitenkettenverzweigungen werden
vermutlich über eine Decarboxymehtylase entfernt, wie sie für Pseudomonas citronellolis
71. Shimamoto, G., and R. S. Berk. 1980. Taurine catabolism II. Biochemical and
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79. Thysse, G. J. E., and T. H. Wanders. 1974. Initial steps in the degradation of n -
alkane-1-sulphonates by Pseudomonas. Antonie van Leeuwenhoek 40:25-37.
80. Toyama, S., H. Misono, and K. Soda. 1972. Crystalline taurine : α-ketoglutarate
aminotransferase from Achromobacter superficialis. Biochemical and Biophysical Research
Communications 46:1374-1379.
81. Toyama, S., and K. Soda. 1972. Occurence of taurine : α-ketoglutarate
aminotransferase in bacterial extracts. Journal of Bacteriology 109:533-538.
82. Uria-Nickelsen, M. R., E. R. Leadbetter, and W. Godchaux III. 1993. Sulfonate
utilization by enteric bacteria. Journal of General Microbiology 139:203-208.
17.12.02 / Mampel aliphatische Sulfonate 27
83. Uria-Nickelsen, M. R., E. R. Leadbetter, and W. Godchaux. 1993. Sulfonate-sulfur
assimilation by yeasts resembles that of bacteria. FEMS Microbiology Letters 114:73-78.
84. Uria-Nickelsen, M. R., E. R. Leadbetter, and W. Godchaux. 1994. Sulfonate-sulfur
utilization involves a portion of the assimilatory sulfate reduction pathway in Escherichia coli.
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85. Uria-Nickelson, M. R., W. Godchaux, and E. R. Leadbetter. 1994. Comparitive
aspects of utilization of sulfonate and other sulfur sources by Escherichia coli K12. Archives
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86. van der Ploeg, J. R., N. J. Cummings, T. Leisinger, and I. F. Connerton. 1998.
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aliphatic sulfonic acids. Journal of the American Chemical Society 53:3407-3413.
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Methods in Enzymology 113:102-108.
ANLAGE 8
Methodischer Teil: Direkthilfen für das interaktive Arbeiten am Computer
Arbeitsanweisung:Einarbeitung von wissenschaftlichen Publikationen in ein neues Modul
1. Literaturrecherche zu Bioabbaudaten für die entsprechende Stoffklasse1.1. Suche der vorhandenen Artikel über die projektintern aufgebaute ‚ReferenceManager‘- Literaturdatenbank auf M:/Work/Literatur/Z570 Literatur.rmd1.2. Suche ergänzender Artikel in den per BASF-Intranet verfügbarenLiteraturdatenbanken : Medline 66-01 und Current contents 97-01(http://www.sirius.basf-ag.de/deutsch/ovidweb.htm.) Die verwertbaren Referenzenwurden als Papierkopie bestellt und abgelegt. Mit der OPAC Datenbank(http://www.sirius.basf-ag.de/opac/uopacsrc.htm) wurden hierfür die Standorte vielerZeitschriften innerhalb der BASF nachgeschlagen und die brauchbaren Artikel dorteingesehen oder bestellt.
2. Ablage der wissenschaftlichen PublikationDie verfügbaren Kopien der verwendeten Artikel wurden unter der Ablage „ProjektLiteratur“ abgelegt. Zuvor wurden diese Referenzen in die Datenbank Z 570Litertur.rmd des Reference Managers übernommen (Einzelheiten sieheREFERENCE MANAGER.doc). Die einzelnen wissenschaftlichen Publikationenwaren hierfür mit einer eindeutigen ID-Nummer zu versehen und entsprechenddieser Nummern geordnet.
3. Auswertung der PublikationDie Daten der Artikel wurden in der Literaturdatenbank möglichst vollständig undzitierfähig zusammengefasst. Im Reference Manager wurden der Name desbetroffenen Moduls (Chemikalienklasse) und die entsprechenden Schlagwortevermerkt.In der BISS-Datenbank wurden die zu einem Stoff bekannten Abbauwege undAbbaudaten stichwortartig mit entsprechenden Literaturzitaten eingetragen.Das zusammengetragene Wissen wurde in Form eines Berichts zu jedem Modul mitden entsprechenden Referenzen zusammengefasst.
Arbeitsanweisung:
BASIS-Recherche
Stoffsuche in der Biss-Datenbank mit der Software ISIS for Excel
Sie möchten eine Struktur und/oder ähnliche Strukturen suchen und mit derenAbbaudaten ein Excel-sheet (und eine Excelgrafik) erzeugen.
Suche nach einer Struktur
Öffnen Sie Excel.Clicken Sie auf das Tool Open database (links) oder auf das Menü ISIS und dannOpen database. Clicken Sie auf Browse und suchen Sie nach der Datenbank :M:\WORK\Biolink\Biss.db. Clicken Sie auf OK.Ein Search Biss Fenster ist jetzt geöffnet. Clicken Sie zuerst auf Clear Query(rechts). Dort wo REGNO angezeigt wird, mit dem Pfeil das Feld MOLSTRUCTUREwählen. Clicken Sie dann auf Edit Cell... (unten)Doppelclicken Sie auf das große weiße Feld, in welches die Struktur gezeichnetwerden soll, oder clicken Sie auf Edit Structure...Ein ISIS/Draw Fenster wird geöffnet und Sie können jetzt Ihre Struktur zeichnen.Anschließend auf das Tool in der linken oberen Ecke clicken.Ein Fenster Name The Structure ist jetzt offen, und Sie können der Struktur einenNamen geben (und Speichern) oder einfach bei query1 belassen. Die Persistencekann auf Temporary bleiben. Clicken Sie auf OK.Ihre Struktur steht jetzt im richtigen Feld. Weiterhin kann in dem geöffneten Fensterunter Condition: substructure (Substruktursuche) etc. gewählt werden, und unterStructure: wird der Name der Struktur (oder query1) angezeigt. Clicken Sie auf OK.Sie kehren zurück zum Search Biss Fenster. Clicken Sie auf Search.Nach ein paar Sekunden erscheint ein Search Results Fenster mit der Anzahl dergefundenen Strukturen. Clicken Sie auf OK.
Arbeitsanweisung:
Ein Excel-Sheet erzeugen, in dem Struktur und Abbaudaten angezeigt werden
Ein Retrieve Data Fenster ist zu öffnen. Sie sind in Define Table. Falls unter Columnsdie Felder IUPAC_NME, MOLSTRUCTURE und die gewünschtenMETHODE_ABBAUDATEN schon aufgelistet sind (eventl.von letzter Recherchenoch vorhanden), können Sie sofort auf OK clicken, und zum Punkt 12 gehen.Ansonsten clicken Sie in Table Definition auf Clear und dann auf Ja oder aufRemove all.Nun können Sie sich die gewünschten Felder in Available Fields markieren :IUPAC_NME, MOLSTRUCTURE und die gewünschten METHODE_ABBAUDATENund mit der Add Taste übernehmen. Clicken Sie auf OK. Ein Excel-sheet mit den gewünschten Daten wird erstellt. Es kann sein, daß dieStruktur des Query die Übersicht ein verhindert, dann sollten Sie auf die erste Zelleder ersten Spalte clicken und mit der Taste Entfernen die Suchstruktur löschen.Sie können die Daten (z.B.Abbaugrad) sortieren : clicken Sie auf das Menü Data,Sort, und wählen Sie diejenigen Daten, die geordnet werden sollen.Die Daten sind jetzt alle sortiert, nur die Strukturen nicht. Clicken Sie auf eineStruktur und dann auf das Menü Format, Structure, Relink structure to cell.
Eine Excel-Grafik erzeugen
15. Markieren Sie die Spalten IUPAC_NME und die gewünschten METHODE_ABBAUDATEN mit Hilfe der Strg Taste und der Maus.16. Clicken Sie auf das Tool Diagramm-Assistent.17. Nun kann man den gewünschen Diagrammtyp auswählen und Diagrammtitel,Achsenbeschriftungen etc. vornehmen .
Sie haben jetzt eine Excel-Grafik erzeugt, in dem Ihre Suchstruktur undSubstrukturen in Form von Substanznamen (IUPAC- /Trivial-) mit deren Abbaudatenangezeigt werden. Wenn Sie die Molekülstrukturen auf der Grafik sehen wollen,müssen Sie sie einzeln kopieren, einfügen und an die richtige Stelle in der Kurveablegen.
BISS-Datenbank: Zusätzliche Funktionen
Formblattwechsel durch Anklicken des Formblattnamens.
Neue Funktionen der rot unterlegten Buttons:
Im Formblatt StructureButton BISS info -> Info-Formblatt der BISS DatenbankButton Return to Database -> zurück zum Formblatt StructureButton 3 D -> aus der gespeicherten 2 D -Struktur wird eine optimierte 3 D-Strukturhergestellt (mit WebLabViewer und MOPAC), die automatisch in der Datenbankgespeichert wird.Im Formblatt BiodegradationButton rotes Kreuz in rechter Spalte im Browse Modus-> Sprung zum Formblattdegcurve, wo automatisch eine Abbaukurve erstellt wird, falls Rohdaten vorhandensind. Button Return to Biodegradation Test results -> zurück zum FormblattBiodegradationIm Formblatt Metabolism (aerobe)Button Tree -> ein Metabolismus-Baum wird anhand aller Umsetzungen dieserDatenbank hergestellt.(z.Z. noch nicht verfügbar)Button Parent(s) -> alle Strukturen dieser Datenbank, von welchen diese Verbindung(current compound) ein Metabolit ist, werden gesuchtButton Metabolite(s) -> alle Metaboliten dieser Verbindung (current compound)werden aus der Datenbank gesucht.Im Formblatt PredictionsButton Predictions for Current Compounds -> Berechnung von Biodeg-Ergebnissen,Modulerkennung mit Abbauvorhersage z.T. mit Links zu DokumentenButton Predictions for Current List -> siehe 1.Button Predictions for whole DataBase -> siehe 1.Button Biodeg linear -> Struktur und Substruktur, die zur Abbauvorhersage beitragenwerden gezeigt.Button Return to Prediction -> zurück zum Formblatt PredictionsAuf die Frage, ob dieses Formblatt gespeichert werden soll, soll mit nein geantwortetwerden.
Rorije et al. Biodegradability of Imidazoles 21-03-2001
1 of 16
ANLAGE: 9Prediction of Biodegradability from
Structure: Imidazoles
Emiel Rorije1*, Florence Germa1, Bodo Philipp2, Bernhard Schink2
and Dieter B. Beimborn1,
1. Regulations Toxicology and Ecology, BASF AG, Ludwigshafen, Germany.
2. Laboratory for Microbial Ecology, Department of Biology, University of
Wackett LP and Ellis LBM (1999) Predicting Biodegradation, Environmental Microbiology
1:119-124.
Xu G and West TP (1992) Reductive catabolism of pyrimidine bases by Pseudomonas
stutzeri Journal of General Microbiology 138:2459-2463.
17.12.02 20
N N O
OH2
2 [H]
N
N O
O
NH2
N O
HOOC
OH2
N N OH
O2 + NADH + H+ H2O + NAD+
NN
HOOCOH2
HOOC
NN
O
1
2
3
4
Figure 1: Examples for key-reactions initiating degradation of N-heterocyclic compounds: (1)
Hydroxylation of quinoline catalysed by a molybdenum hydroxlase [Fetzner 2000]. (2)
Monohydroxylation of pyrrolidine catalysed by cytochrome P450 monooxygenase [Poupin et
al., 1999]. (3) Hydrolysis of dihydrouracil [Vogels and van der Drift, 1976]. (4) Hydratation of
the imidazole moiety of urocanate catalysed by urocanase [Klepp et al.,1990].
17.12.02 21
TABLE I
Biophores identified by MCASE for aerobic.A capital C indicates an aliphatic carbon atom,lowercase c indicates an aromatic carbon atom.
Substructures derived by using our rules for biodegradation based on the complementary approachAnd the evaluation of their scores in the 151 N-heterocycles database.
1. Target sites for amidohydrolasesOxo-group adjacent to N-atom in non-aromatic ring
18 / 150 compounds à 1 Poorly biodegradable, tetrahydrophtalimide:
31 / 150 compounds à 5 Poorly biodegradable, again tetrahydrophtalimide, and 4 timesa -N-C(=O)-N- compound.
19 / 150 compounds à 1 Poorly biodegradable, tetrahydrophthalimide.
Tetrahydrophthalimide is tested in a non-defined test as poorly biodegradable with adapted sludge. This source isa little old. PITTER P. (1976) DETERMINATION OF BIOLOGICAL DEGRADABILITY OF ORGANICSUBSTANCES, WATER RESEARCH 10:231-235. Captan, a N-substituted phthalimide is evaluated asinherently biodegradable (in several grab-sample test, i.e. degradation in soil!).
2. Target sites for cytochrome P450 monooxygenasesSecondary C-atom adjacent to secondary N-atom in non-aromatic ring
46 / 150 compounds à 9 Poorly biodegradable (5 of these are piperazine)
25 / 150 compounds à 5 Poorly biodegradable (5 x subst. piperazine deriv.!)
If we can explain why piperazine (methyl subst.) is so hard to degrade this might be a good fragment.
3. Target site for molybdenum hydroxlasesecondary C-atom adjacent to N-atom in aromatic ring
44 / 150 compounds à 15 poorly biodegradable!
NHCH
CH
O
O
CHCH
CH2
CH2
NH2CH
ONH2 O
CH3
NH
O
C H 3
CH 3
NH2
CH2 (in ring)
C H 2 ( i n r i n g )
NH
C H 2 ( i n r i n g )
NH 2 CH 2
H
CH 2
CH 2
NH
HH
17.12.02 22
16 / 150 compounds à 4 poorly biodegradable!
This one does not seem to have very good perspectives, it is too general.
4. Target site for hydration in imidazole residuesboth N-atoms not linked to other substituents than H
11 / 150 compounds à 4 poorly biodegradable (3 x nitro, 1 benzyl)
A mechanistic model explaining the non-biodegradability of these 4 is proposed in [Rorije et al. 2001] A separatemodel is developed, which explains the non-biodegradability of the imidazoles with electron-withdrawingsubstituents, and assumes that N-substitution blocks the urocanase like degradation mechanism.
5. N-unsubstituted pyrazolecontrary to imdazole N-substitution (-methyl) seems to makes pyrazole rings biodegradable
An EFO-project for the development of Structure-Activity-Relationships forBiodegradation (SBRs) is presented. The concept of the project is to use all availablebiodegradation test results and metabolic pathway information for modelingpurposes. The aim is to assemble sets of structural rules governing the potentialmicrobial degradability of classes of chemicals. These structural rules do not yield‚classical‘ statistical models that are generally applicable, while being restrained tomodel one specific type of test result, but give insight into the general probability ofbiodegradation for specific classes of chemicals.
For the class of imidazole derivatives such rules are derived, and a degradationmechanism is proposed in analogy to the uracanat-hydratase mechanism fromhistidine metabolism. Histidine is a (natural) amino-acid which has the imidazol ring asa rest group. It is demonstrated that both data analysis and the proposed enzymaticreaction mechanisms are necessary to yield a meaningful SBR for imidazoles.
The model is validated using 12 imidazol-compounds, which were all predictedcorrectly to be poorly biodegradable, based on their substituent patterns.
Biodegradability highly determines the persistence of chemicals in our environment.The ability of ambient microorganisms to utilize chemicals as nutrient sourcessecures the transformation of many man-made chemicals that enter the environmenteither through accidents or by their use (i.e. surfactants). If and how a chemical isdegraded in the environment determines for a large part the overall environmentalfate of a chemical. Persistance to microbial degradation or partial degradation leadingto intermediates could mean that environmental concentrations of specificcompounds could locally reach unacceptable levels. Testing of the biodegradabilitypotential of a compound is however a tedious and time-consuming job, where anegative result in a specific standardized test does not necessarily mean that acompound is not biodegradable. This makes it difficult (time- and cost-intensive) totake the biodegradability potential of research candidates for new products intoaccount at a very early stage of product development. Reliable predictions of thepotential for biodegradability of chemicals, based on their chemical structure wouldtherefore be very useful in risk assessment and environmental fate analyses ofexisting chemicals, but even more convenient in the development of new chemicalsand production processes, where models can give information about chemicals thathave not even been synthesized yet.
An EFo project has therefore been initiated, to gather all available information onbiodegradation behaviour of chemicals, and to look for trends in the data for specificclasses of chemicals. External partners are the Laboratory for Microbial Ecology fromthe University of Konstanz, and the laboratory for Toxicology and Ecotoxicology fromthe University of Trier. The project is financed 55% by BASF ExploratorischeForschung (EFO) and 45% by the german ministry of science and education(BundesMinisterium für Bildung und Forschung, BMBF). The aim of the project is notto develop general, statistical models with a broad applicability, which give a certainprobability that a chemical will be biodegradable or not biodegradable in a specifictest, as such models have been the subject of much research in the past [1-3]. Suchmodels also do not fulfill the need for more fundamental understanding ofbiodegradability [1,2], which arises e.g. in the case of sudden load of previouslyuntreated chemicals for the BASF waste water treatment plant, or in the selectionand proposal of research candidates in the development of new products.The aim of the project is therefore to develop mechanistically based (substructure)models for classes of chemicals which are thought to biodegrade via a commondegradation pathway or mechanism. As an example of our approach, one of thesenewly developed models is presented here, for the class of imidazole compounds.
BIODEGRADATION DATABASE
For this project a database has been assembled gathering all data on biodegradationtest results, physico-chemical characteristics and metabolic pathway information thatcould be found both within the BASF as well as outside, via scientific literature. Thisdatabase contains at the moment information on 5000 compounds, with chemical
structures assigned to over 4000 compounds of these, and the results of more than14000 separate biodegradation test. Metabolic information comes from literature andavailable resources such as the Boehringer Metabolism Pathways [4] and theBioremediation and Biodegradation Database on the internet [5]. The database canbe searched on substructures and chemical similarity, making it easy to assemblehomologous series of chemicals, which can be analyzed on biodegradation trends.
For validation purposes the german environmental protection agency(UmweltBundesAmt [7]) has provided the project with a database of 1363compounds with their chemical structures and biodegradation test results which wereprovided for the registration of new chemicals on the german market in the pastyears. These data are confidential, and are therefore only used to validate ourfindings within the project. The raw data (structures and biodegradation test results)can not be shown.
DATA ANALYSIS
An SBR analysis of imidazole derivatives in our database yielded 23 compoundscontaining an imidazole ring, from which 2 were dye-stuffs and 1 was a polymer,having only adsorption test data in the database. These three compounds aretherefore discarded from the analysis. This leaves a set of 20 different structures withtheir (evaluated) biodegradation data, The most relevant quantitive data for these 20structures are shown in figure 1.
The following observations were made:• Imidazole and its ring-C-substituted derivatives with methyl-, ethyl-, and
isopropyl-substituents are ultimately biodegradable.
0
20
40
60
80
100
Min
eral
izat
ion
(in %
) afte
r 28
days
2-ETH
YL
2-MET
HYL
4-MET
HYL
2-ETH
YL-4-
METHYL
2-ISO
PROPY
L
THEO
PHYL
LIN
imida
zole
5-amino
-4-ca
rboxa
mide1-V
INYL
2-PHEN
YL
1,2-D
IMET
HYL
N-(3-AM
INOPROPY
L)
1,2-D
IMET
HYL-5-
NITRO
1-cya
noeth
yl-2-et
hyl-4
-meth
yl
2-ISO
PROPY
L-4-N
ITRO
1-CYA
NETHYL
1-VIN
YL-2-M
ETHYL
1-MET
HYL
4-NITR
O
2-MET
HYL-4-
NITRO
Maximum DegradationMinimum Degradation
N NN N
N N N N
N N
N NN N
NN O
O
N N
NN O
N
N
N N
N
N
N
N
N
N
N
NO O
N N
N O
ON
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
N
NOO
N
N
NOO
• Phenyl-, cyano- and nitro-substituted imidazoles seem to be poorlybiodegradable.
• All N-substituted imidazole derivatives were poorly biodegradable.
MECHANISTIC INFORMATION
Literature research on biodegradation pathways of imidazole derivatives led to theHistidine metabolism [4,6,7]. Catabolic pathways for imidazole compounds may besimilar to the breakdown of urocanate, the first metabolite of the histidinebiodegradation pathway [5,6,7]. Below, in figure 2, the proposed enzymaticmechanism of the urocanase attack is given. The product of this reaction is a 5-oxoimidazole derivative, which is subject to hydrolytic cleavage and ring opening.
Figure 2. Proposed mechanism for the metabolism of uracanat by urocanat-hydratase, EC 4.2.1.49 [6].
The above hydratase mechanism involves electronic rearrangements of theimidazole ring system, followed by an electrophilic attack of Urocanase-bound NAD+.The imidazol-ring will be deactivated towards an attack of NAD+ by substituentshaving an electronic minus M- or I-effect on the ring, like nitro-, cyano- or halogen-groups. The attack on the imidazole ring will be activated by electron-donatingsubstituents, like methyl-, ethyl-, amino- or hydroxyl-groups. The fact that notimidazole, but 2-ethylimidazole is the most readily biodegraded substance in ourseries (see figure 1), also indicates that the imidazole ring is possibly activatedtowards electrophilic attack, making the methyl-, ethyl-, and even isopropylimidazolesbetter biodegradable than their mother compound imidazole.
Combination of the data analyis and the mechanistic information leads to thefollowing rule for predicting the biodegradability of imidazoles in general:
N
N
H
O
O
N+
CONH2
Urocanase
N+
N
O
O
N
Urocanase
CONH2
H
HN
N
O
O
N
Urocanase
CONH2
H
H+-
H+
+
H+
N+
N
O
O
N
Urocanase
CONH2
HH
H
OHH
+N
+
N
O
O
N
Urocanase
CONH2
HH
H
OH
H
N
N
C3H4O2
H
ON
+
Urocanase
CONH2
+
N
N
C3H4O2
H
O
Hydrolytic ring opening
-
-
Imidazole derivatives are biodegradable in the aquatic environment, if thesubstituents are:
a) attached to the imidazole-ring carbon atoms, andb) do not have an electron-withdrawing effect on the imidazole ring through
resonance- or inductive-effectsVALIDATION
This above formulated rule was then externally validated with a data set of 12imidazole derivatives from the UBA-database [8]. All of them were correctly predictedas poorly biodegradable, because of their substitution patterns (data not shown).
One other compound which was not in our degradation database but for whichinformation on biodegradability could be found in the BASF Material Safety DataSheets (MSDS) [9] is caffeine. This compound is the 1-N-methyl substitutedderivative of theophyllin (which was in our database), shown in figure 3.
N
N
N
N
O
O
Theophyllin90% degradation after 10 daysOECD 301A - DOC die-away test
N
N
N
N
O
O
Caffein<20% degradationDIN52900 - BOD of COD
Figure 3. Structure and biodegradability of Theophyllin and Caffein.
Whereas theophyllin is very rapidly biodegraded according to our data (90%degradation within 10 days in the OECD301A test – DOC die-away), we expectcaffein not to be readily biodegradable, according to our rules, because of the 1-N-substitution. Indeed, caffein is not readily biodegradable in the DIN52900 test,showing <20% Biological Oxygen Demand (BOD) as fraction of the ChemicalOxygen Demand (COD) [9].
DISCUSSION
It is not obvious looking at the mechanism only, that 1-N-substituted imidazoles willbe hindered in their degradation via a urocanase similar mechanism. Similarly it is notobvious only looking at the data-analysis, that all C-substituents on the imidazole ringthat have an electron withdrawing effect through resonance or induction willdeactivate the imidazole rings reactivity towards NAD+, therefore makingbiodegradation more difficult. For the class of imidazoles it is shown that it isnecessary to use both data-analysis (statistical and/or manual methods), andinterpret information from catabolic mechanisms, to come up with meaningfulstructural rules for biodegradation, which have general validity and thus predictivevalue.
The analysis can be made more quantitative by applying Hammett sigma constantsto describe (quantitatively) the electronic effects of the imidazole ring-carbon
substituents. Another possibility is to perform (semi-empirical) quantum chemicalcalculations to quantitate and/or visualize the electronic effects from substituents onthe imidazole ring. Both ideas are being worked out further.
Apparently, N-substitution of the imidazole ring can block the urocanase mechanism,possibly by disabling the electronic rearrangements in the imidazole ring. Onepossibility which will be further investigated is that it is not the neutral species ofimidazole which is reactive towards NAD+ but the dissociated form. With asubstituent on the 1-nitrogen of the ring, the aromatic character of the imidazole ringis enhanced and dissociation is not longer possible. The pKa of imidazole is 7.0,providing 50% dissociated imidazole anions in an aqueous medium at neutral pH.Although an experimental setup to test this hypothesis may prove difficult, it isrelatively simple to perform (semi empirical) quantum chemical calculations to studythe dissociation kinetics of imidazole-compounds. Such calculation can give indirectevidence of the correctness of our hypothesis, and may necessitate testing of furthercompounds in the laboratory. This aproach will be pursued.
Acknowledgements
This project was financially supported by the German Ministry of Education andScience (BMBF Code 01RC0090). This help is greatfully acknowledged.
References
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[6] Lengeler J.W., Drews G., Schlegel, H.G. (1999) Biology of the Prokaryotes.Thieme, Stuttgart, XXVII.
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[8] UmweltBundesAmt, UBA (2000), Germany. Daten für neue Stoffen under demChemikalien Gesetz.
[9] Material Safety Data Sheet for Caffein (2000), Knoll AG, Germany.
EINLEITUNG
In diesem Projekt wird der Versuch unternommen, das verfügbare Wissen über den biologischen Abbau zu Struktur-ähnlichen Chemikalien zusammenzustellen, um
• Struktur-Abbau-Korrelationen abzuleiten
• Regelmässigkeiten des mikrobiellen Abbaus zu erkennen
Die erforschten Zusammenhänge sollen einen Beitrag leisten zur
• effizienten Entwicklung neuer, ökologisch verbesserter Produkte
• Vorhersage der Bioabbaubarkeit von nicht-untersuchten Stoffen
• Einsparung von experimentellem Aufwand
Bei ZH/TC wurde eine ISIS-Datenbank mit Struktur- und Abbaudaten zu mehr als 5000 Stoffen aufgebaut (Abb.1). Diese Datenbank wird kontinuierlich ergänzt um
• physikalisch-chemische Stoffdaten
• aerobe und anaerobe Angaben zum Metabolismus
STRUKTUR-ABBAU-ANALYSE DER IMIDAZOLE
Mit Substruktursuchen können Struktur-Abbau-Korrelationen ( SBRs) erkannt werden. In Abb . 2 ist beispielhaft der Grad der biologischen Abbaubarkeit für 19 verschiedene Imidazole aus dieser Datenbank im Balkendiagramm gezeigt.
Imidazol und seine C-substituierten Derivate (z.B. Methyl-, Ethyl-, und Isopropylimidazol) sind vollständig biologisch abbaubar.
Alle N-substitutierten Verbindungen, sowie Phenyl-, und Nitro -substituierte Imidazole sind schwer abbaubar.
UROCANASE MECHANISMUS
Das Analysenergebnis wird in Analogie zur Urocanase-Reaktion des Histidinabbaus erklärt. Die Aminosäure Histidin ist eine natürliche Imidazolverbindung, die über Urocanat als ersten Metaboliten abgebaut wird.
Abb . 3 zeigt den Reaktionsmechanismus der Urocanase die Urocanat zum 4-Imidazolon-5-propionat oxidiert.
Möglicherweise sind am Abbau von anderen Imidazolverbindungen Urocanase-ähnliche hydratasen beteiligt, deren Reaktionsmechanismen in gleicher Weise durch Umlagerungen von Elektronenpaarbindungen gekennzeichnet sind.
Es wird postuliert, dass Imidazole mit elektronenziehenden Substituenten (minus M- oder I- effekt , z.B. Nitro -, Phenyl und Halogengruppen), und N-substituierte Imidazole, von diesen Enzymen nicht umgesetzt werden. Dies würde die gefundenen Testergebnisse mechanistisch erklären.
Abb.3 Mechanismus der Urocanase
VALIDIERUNG UND WEITERE VORGEHENSWEISE
Abbaudaten zu 19 Imidazolverbindungen aus unterschiedlichen OECD-Testmethoden wurden analysiert. Folgende Regel wurde abgeleitet:
Imidazolverbindungen sind im aeroben aquatischen Milieu vollständig biologisch abbaubar, wenn siea) am Ringkohlenstoff substituiert sind, und b) diese Substituenten keinen minus M- oder I-Effekt haben.
Das UmweltBundesAmt (UBA) stellte für dieses Projektes zu 1350 Neustoffen Abbaudaten zur Verfügung. Diese Datenbank enthielt 12 Imidazolverbindungen , deren biologische Abbaubarkeit entsprechend dieser Abbauregel als biologisch schwer abbaubar korrekt vorhergesagt werden konnte.
In gleicher Weise, wie hier am Beispiel der Imidazole gezeigt, wird die Datenbank ständig um weitere Stoffklassen erweitert (sulfonierte Aromaten, weitereN-Heterozyklen, Pflanzenschutzmittel). Auf Wunsch können Stoffklassen für einzelne Unternehmensbereiche erarbeitet werden.
Dieter B. Beimborn (BASF AG)Florence Germa (BASF AG)
Emiel Rorije (BASF Española)Bernhard Schink (University of Konstanz)
Alasdair Cook (University of Konstanz)Bodo Philipp (University of Konstanz)
Volker Mersch-Sundermann ( University of Trier)Malte Hoff ( University of Trier)
project sponsored partially by the German Ferderal Ministryfor Education, Science, Research and Technology (BMBF)
ABSTRACTABSTRACTStructure- Activity Relationships for Biodegradation (SBRs), using collated biodegradation test results from different OECD methods, are assessed within this project . The aim was to assemble sets of structural rules governing the potential microbial degradability of ( classes of) chemicals.For the class of imidazole derivatives such rules are derived, and it is demonstrated that both data analysis and proposed enzymatic reaction mechanisms are necessary to yield meaningful SBRs.
INTRODUCTIONINTRODUCTION(Q)SAR approaches in biodegradation are mainly developed using one specific endpoint, and are usually based on data sets that are as homogeneous as possible [1-3]. This often means that limited data sets have to be used, and that models will only be valid for predicting the result of one specific test . Moreover, mechanistic information in the form of metabolic pathways is often only valid for one (microbial) species and one compound only. Hence, the derivation of meaningful, generally valid, mechanistical models for biodegradation is complicated , and existing models have limited applicability.
Within this project all available (different) biodegradation data are gathered and used . Test data are evaluated from aquatic tests for each compound, with classifications poorly, moderately, inherently or readily biodegradableThis approach is similar to work by Howard et al. [4]. Our database now contains information on almost 5000 different structures, their associated physico -chemical properties, (raw and evaluated) biodegradation test results, and available information on metabolic pathways. Using these integrated data, trends are analyzed for different chemical classes, like imidazole derivatives. Further examples of heterocyclic chemicals are analyzed within this project [8].
BIODEGRADATION TEST METHOD: Zahn-BIODEGRADATION TEST METHOD: Zahn-Wellens testWellens test
A generally applied standardized test is OECD 302B, Zahn-Wellens (ZW) test. The ZW test is a static test to determine ultimate aerobic biodegradability in the aquatic environment. The test substance, a defined inorganic medium and activated sludge are incubated and aerated at room temperature for up to 28 days. At regular intervals the Dissolved Organic Carbon (DOC) concentration is measured. The %DOC removal is plotted vs. time to give the elimination curve. Final DOC removal is evaluated as follows:
A test substance which is biodegradable in this test is more generally classified as inherently biodegradable. This implies that biodegradation will take place in the environment, especially in adapted environments like waste water treatment plants.
SBR ANALYSISSBR ANALYSIS of of IMIDAZOLE-DERIVATIVES IMIDAZOLE-DERIVATIVESThe benefits of integrating biodegradation test data and mechanistic information into one system are evident when analyzing the group of imidazole-derivatives. An SBR analysis of imidazole derivatives in our database yielded 19 different structures with their biodegradation data, given on the left.
The following observations are made:
– Imidazole and its ring-C-substituted derivatives with methyl-, ethyl-, and isopropyl-substituents are ultimately biodegradable.– Phenyl- and nitro -substituted imidazoles seem to be poorly biodegradable. This is in agreement with the electrophilic ring-attack by urocanase-bound NAD+ proposed in the mechanism above.– All N-substituted imidazole derivatives are poorly biodegradable in this test. Apparently, N-substitution of the imidazole ring can block the urocanase mechanism completely, possibly by disabling the electronic rearrangements in the imidazole ring. This i
s not obvious when looking only at the mechanism.
MECHANISTIC BACKGROUNDMECHANISTIC BACKGROUND
Literature data on biodegradation pathways of imidazole derivatives are rare. Catabolic pathways may be similar to the breakdown of urocanate, the first metabolite of the histidine biodegradation pathway [5-6]. Below, the proposed enzymatic mechanism of the urocanase attack is given. The product of this reaction is a 5-oxoimidazole derivative, which is subject to hydrolytic cleavage and ring opening.
Proposed mechanism of the Urocanase reactionProposed mechanism of the Urocanase reaction [6] [6]
The above hydratase mechanism involves electronic rearrangements of the imidazole ringsystem, followed by an electrophilic attack of Urocanase-bound NAD+. This attack may behindered by substituents having an electronic minus M- or I-effect, like nitro-, phenyl- orhalogen-groups.
N
N
H
O
O
N+
CONH2
Urocanase
N+
N
O
O
N
Urocanase
CONH2
H
HN
N
O
O
N
Urocanase
CONH2
H
H+-
H+
+
H+
N+
N
O
O
N
Urocanase
CONH2
HH
H
OHH
+N
+
N
O
O
N
Urocanase
CONH2
HH
H
OH
H
N
N
C3H4O2
H
ON
+
Urocanase
CONH2
+
N
N
C3H4O2
H
O
Hydrolytic ring opening
-
-
CONCLUSIONSCONCLUSIONS and and VALIDATION VALIDATIONWithin this project , collated biodegradation data from various OECD tests for classes of chemicals are analyzed for general trends. The findings of these analyses are compared with biodegradation mechanisms proposed in literature . As an example of our approach a Structure-Biodegradation Relationship for derivatives of imidazole was complemented by a hydratase mechanism. With the results obtained the following rule is derived for predicting the biodegradability of imidazole derivatives in general:
Imidazole derivatives are biodegradable in the aquatic environment, if the substituents are a) attached to the imidazole -ring carbon atoms, and b ) do not have an electronic minus M- or I-effect.
This rule was externally validated with a data set of 12 imidazole derivatives [7]. All of them were correctly predicted as poorly biodegradable, because of their substitution patterns ( data not shown).Due to the complexity of microbial catabolic pathways, it seems necessary to use both data-analysis (statistical and/or manual methods), and interpret information from catabolic mechanisms to assess meaningful structural rules for biodegradation with general validity.
[1] JR Parsons and HA Govers (1990) Quantitative Structure-Activity Relationships for Biodegradation, Ecotoxicology & Environmental Safety 19(2):212-227[2] E Rorije, JH Langenberg and WJGM Peijnenburg (1995) Chapter 6: QSARs for Biodegradation, in Overview of structure-activity relationships for environmental endpoints. Report of the EU-DGXII Project QSAR for Predicting Fate and Effects of Chemicals in the Environment, ed. JLM Hermens, Brussels..[3] H Loonen et al. (1999) Prediction of Biodegradability From Chemical Structure: Modeling of Ready Biodegradation Test Data, Environmental Toxicology & Chemistry 18(8):1763-1768[4] PH Howard, AE Hueber and RS Boethling (1987) Biodegradation Data Evaluation for Structure/Biodegradability Relations, Environmental Toxicology & Chemistry 6(1):1-10.[5] JW Lengeler; G Drews; HG Schlegel (1999) Biology of the Prokaryotes, Stuttgart : Thieme, 1999. - XXVII[6] J Klepp, A Fallert-Muller , K Grimm, WE Hull and J Retey (1990) Mechanism of action of urocanase. Specific 13C- labelling of the prosthetic NAD+ and revision of the structure of its adduct with imidazolylpropionate. European Journal of Biochemistry 192(3):669-76.[7] UmweltBundesAmt (UBA), Germany. Daten für neue Stoffen under dem Chemikalien Gesetz.[8] B. Philipp et al ., in preparation
N
N
R1
R2
R3
BIODEGRADABILITYBIODEGRADABILITY of of IMIDAZOLE-DERIVATIVES IMIDAZOLE-DERIVATIVES
0
20
40
60
80
100
%D
egra
datio
n af
ter 2
8 da
ys
IMIDAZO
LE
4-MET
HYL
2-MET
HYL
2-ETH
YL°
2-ISOPR
OPYL
2-ETH
YL-4-
METHYL
4-AMINO-5-
CARBO
XAMIDE*
5-NITR
O
2-MET
HYL-5-
NITRO
2-ISOPR
OPYL-5
-NITRO
2-PHEN
YL
1-MET
HYL
1-VINYL
N-(3-AM
INOPROPY
L)
1,2-DIM
ETHYL
-5-NITR
O
1,2-DIM
ETHYL
1-cya
nethy
l-2-eth
yl-4-m
ethyl*
1-CYA
NETHYL
*
1-VINYL
-2-MET
HYL*
Maximum Degradation test resultMinimum Degradation test result
Biodegradation test OECD 302B with industrial sludge(° with municipal sludge; * OECD 301-test)
N
N
N
N
N
N
N
N
N
NN N
NO
O
N N
NO
O
N N
N
O
O
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N NN N
N N
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N
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N
N
N
N
N
N
N
N N
N
O
O
N N
ANLAGE 14: IntegrierterUmweltschutz in der nachhaltigenChemie
biologischer
Expertensysteme helfen mit
Computergestützte Neustoffentwickung von ökologisch fortschrittlichenProdukten. Ein datenbankgestütztes Informationssystem zur biologischenAbbaubarkeit chemischer Verbindungen ermöglicht bereits sehr frühzeitig eineumweltintegrierte Produktplanung. Bei der Entwicklung neuer Produktesteigert dieses Computersystem die Effizienz und schont Ressourcen. Mit derÜbertragung von strukturspezifischen Erkenntnissen zur biologischenAbbaubarkeit bekannter Stoffe lassen sich fundierte Aussagen über neu syn-thetisierte Verbindungen treffen. Damit wird es möglich, schon zu Beginn derProduktentwicklung Umweltaspekte in die Planung zu integrieren.
Zum Schutz der Umwelt sollten Chemikalien, die während der Produktion oder
bei ihrer späteren Anwendung in die Umwelt gelangen können, bio-logisch
abbaubar sein. Auch die fortschrittlichste Anlagentechnik und
verantwortungsvollste Anwendung kann die diffuse Verbreitung geringer
Mengen in der Umwelt nicht gänzlich ausschließen. Deshalb wendet die Industrie
standardisierte Verfahren, wie beispielsweise den DOC-Abnahmetest, zur
Untersuchung der biologischen Abbaubarkeit neu entwickelter Substanzen und
Produkte an. Gängige Praxis bei der Entwicklung neuer Stoffe ist bisher ein auf
die gewünschten Eigenschaften konzentriertes Vorgehen. Die
Umweltverträglichkeit wird üblicherweise erst zu einem späteren Zeitpunkt
anhand der entwickelten Produkte überprüft. Die vorgeschriebenen Tests sind
langwierig und ihre Durchführung ist aufwendig. Stellt sich dann nach einer
mehrmonatigen Testphase heraus, daß die Abbaubarkeit der neuen Produkte
nicht den einschlägigen Richtlinien entspricht, ist eine Markteinführung
blockiert. Mißerfolge dieser Art verlangsamen die Entwicklung, sind teuer und
vergeuden unnötig Ressourcen. An diesem kritischen Punkt setzt das vom BMBF
geförderte Projekt an. In dem Forschungsvorhaben zur computer-gestützten
Neustoffentwicklung von ökologisch fortschrittlichen Produkten soll ein
wissensbasiertes System aufgebaut werden, das fundierte Prog-
nosen über die Abbaubarkeit von Stoffen ermöglicht. Dieses innovative System
kann breit eingesetzt werden: Hauptsächlich soll es Forschungslaboratorien bei
der Entwicklung abbaubarer Stoffe unterstützen und den Aufwand für Tests
reduzieren. So läßt sich der vorbeugende Umweltschutz schon in die
Produktplanung integrieren. Daneben soll es ältere Testergebnisse von bekannten
Stoffen überprüfen, da die früher durchgeführten Tests häufig nicht mehr den
heutigen Standards entsprechen. In ähnlicher Weise können widersprüchliche
Testergebnisse bewertet werden (Plausibilitätskontrolle). Nicht zuletzt soll das
Datenbanksystem mithelfen, die Abbaubarkeit von Stoffen generell zu beurteilen.
Obwohl umfangreiche Datenbestände existieren, liegen für einige Substanzen nur
unzureichende Untersuchungsergebnisse über deren Bioabbaubarkeit
Die frühzeitige Berücksichtigung und Vermeidung umwelt-relevanter Auswirkungen eines geplanten Produkts schon inder Entwicklungsphase ist eine der Hauptforderungen desintegrierten Umweltschutzes. Ein wichtiges Maß für dieUmweltverträglichkeit chemischer Substanzen ist ihre biolo-gische Abbaubarkeit, die neben Toxizität und Ökotoxizität desStoffs zu Recht für eine ökologische Bewertung herangezogenwird. Mit einem System, das die Beurteilung der biologischenAbbaubarkeit neuer Produkte schon in der Konzeptphaseermögiicht, lassen sich ökologische und ökonomischeFehlentwicklungen rechtzeitig verhindern.
vor. Zwar werden lange bekannte Stoffe in einer Vielzahl von Forschungs-
vorhaben untersucht, von einer umfassenden Kenntnis und systematischen
Aufarbeitung der biologischen Abbaubarkeit von Stoffen ist die Wissenschaft
jedoch noch weit entfernt. Auch in der Nachsorge soll mit Hilfe der Datenbank
bei Produktionsstörungen und Störfällen eine schnelle Bewertung der
Umweltauswirkungen ermöglicht werden. Insbesondere nach Unfällen mit diesen
Substanzen kann dieses Wissen frühzeitig die entscheidenden Hinweise zur
Minimierung negativer ökologischer und ökonomischer Auswirkungen geben.
In diesem Forschungsvorhaben arbeiten Industrie und Universitäten Hand in
Hand. Das Labor für Ökologie der BASF stellt möglichst viele der weltweit
verfügbaren Daten zur Abbaubarkeit strukturanaloger Chemikalien zusammen
und bewertet die vorliegenden Testergebnisse. Die Universität Konstanz
untersucht die Gesetzmäßigkeiten des mikrobiologischen Abbaus, die sich aus
diesen Daten ableiten lassen. Anhand dieser Erkenntnisse baut die Universität
Heidelberg ein datenbankgestütztes Expertensystem auf, das im Laufe des
Projekts auf die speziellen Anforderungen hin optimiert wird.
Testergebnisse zum toxikologischen und ökotoxikologischen Verhalten
sowie zur biologischen Abbaubarkeit bereits untersuchter Stoffe und die
zugehörigen Strukturdaten und physikochemischen Kenngrößen sind weltweit
bereits heute in mehreren Datenbanksystemen abrufbar (beispielsweise in
„IUCLID", „BEILSTEIN" und „ACD"). Ein umfassendes,
anwendungsorientiertes System, das die vorhandenen Erkenntnisse mit der
Zielrichtung einer integrierten Produktplanung bündelt, fehlt aber noch. Das
geplante wissensbasierte System geht über die bestehenden Datenbanken hinaus,
die Testergebnisse lediglich dokumentieren: Das Exper-
tensystem soll nicht nur prozentuale Wahrscheinlichkeiten der Abbaubarkeit
liefern, sondern vielmehr durch die Erforschung der Zusammenhänge zwischen
Molekülstruktur und Abbauverhalten zusätzlich zu den vorhandenen Daten eine
wissenschaftlich fundierte Bewertung der mikrobiellen Abbaubarkeit für
einzelne Stoffklassen ermöglichen. Diese Übertragung von Detailwissen über
bereits untersuchte Substanzen auf neu synthetisierte Stoffe ermöglicht die
Integration des Umweltschutzes bereits in die Produktplanung. Die
umfangreichen Untersuchungen, die BASF im Laufe der Jahre zur biologischen
Abbaubarkeit der von ihr entwickelten und eingesetzten Chemikalien
durchgeführt hat, bilden die Grundlage der Datenbank. Ergänzt werden diese
Daten durch die Recherche in den bestehenden weltweiten Datenbanken und die
Bewertung der auf diese Weise erhaltenen Informationen. Aus diesem Datenpool
wird auf der Basis bereits entwickelter Software (ISIS) eine Verknüpfung der
angebundenen Datenbanken durchgeführt. Die im Rahmen des Projektes
zusammengestellte Datenbank bündelt und strukturiert also die vorhandenen
Informationen aus einer Vielzahl unterschiedlicher Quellen. Das Ziel ist eine
möglichst umfassende Ermittlung aller umweltrelevanten Daten, um so
Gesetzmäßigkeiten für gleichartige Stoffe oder chemische Strukturen ableiten zu
können. Die biologische Abbaubarkeit hängt unter
Auch außerhalb der Produktentwicklung besteht ein großerBedarf nach schnell verfügbaren aussagekräftigenUmweltinformationen. Droht bei Unfällen die Verschmutzung vonGewässern oder Böden, oder sind Altlasten zu bewerten, könntedas Expertensystem in kurzer Zeit wichtige Hinweise zumbiologischen Abbau von Stoffen geben und damit zu einerschnellen Schadensbegrenzung beitragen.
anderem von der Art der funktionellen Gruppen, der räumlichen Struktur und der
Größe des Moleküls ab. Dabei bewirken oft schon geringe Abweichungen in der
Molekülstruktur große Unterschiede in der Abbaubarkeit. Um also für nicht
getestete Substanzen Vorhersagen treffen zu können, muß das Wissen über
möglichst viele ähnliche Stoffe verfügbar sein. Als Ergebnis der Untersuchungen
zu den Abbaumechanismen wird eine valide Übertragbarkeit von der biologischen
Abbaubarkeit eines bekannten Stoffs auf einen unbekannten Stoff angestrebt.
Auf der Basis dieser Erkenntnisse soll an der Universität Heidelberg ein
Expertensystem programmiert werden, das Aussagen zu bisher nicht untersuchten
Substanzen treffen kann. Dieses Expertensystem ist so konzipiert, dass neue
Erkenntnisse jederzeit eingearbeitet werden können. Es vergleicht von ihm
erkannte chemische Strukturen, insbesondere funktionelle Gruppen und
Bruchstücke von Molekülen, mit den Einträgen in der Strukturdatenbank. Finden
sich gleiche oder ähnliche Molekülgrup-
pen in der Datenbank, werden die zugehörigen Untersuchungsergebnisse in der
Rangfolge der Ähnlichkeit dieser Stoffe tabellarisch zusammengestellt.
Als Arbeitsoberfläche wird die Standardsoftware Excel von Microsoft so
gestaltet, daß nach der Eingabe der gesuchten chemischen Substanz die Recherche
in den Datenbanken automatisch durchgeführt wird. Benutzerfreundlichkeit steht
bei der Gestaltung der Ein- und Ausgabemasken im Vordergrund. Die zu
untersuchende chemische Struktur läßt sich frei in ein Zeichenprogramm
eingehen, der Computer sucht dann automatisch die zugehörige chemische
Verbindung. Ist die eingegebene Struktur nicht exakt in der Datenbank
verzeichnet, tritt das Informationssystem in Aktion. Es sucht ähnliche Stoffe und
gibt die zugehörigen Daten zunächst tabellarisch aus. Sämtliche Angaben zu den
biologischen Abbaudaten, den verwendeten Testmethoden aber auch die
chemischen und physikalischen Kenndaten sowie Literaturhinweise sind diesen
Tabellen zu entnehmen. Zur Veranschaulichung und Interpretation der gefundenen
Ergebnisse steht den Tabellen ein Grafikmodul zur Seite, mit dem sich
beispielsweise Beziehungen zwischen der Abbaubarkeit und möglichen sonstigen
Molekülbausteinen analysieren und übersichtlich darstellen lassen. Insbesondere
dann, wenn viele unterschiedliche Testergebnisse zu der untersuchten Struktur
gefunden werden, ist die mathematische Aufbereitung zur Strukturierung der
Informationen hilfreich. So lassen sich aus differierenden Angaben, die häufig aus
den unter-schiedlichen Testmethoden resultieren, wissenschaftlich nachvollzieh-
bare Prognosen ableiten. Gerade diese Innovation gegenüber bestehenden
Datenbanksystemen macht das Expertensystem zu einem wertvollen Hilfs- mittel
der umweltintegrierten Produktplanung.
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