Resume Journal Tugas Sismik Mufidah Dwi Suci Ningsih 1303122064 Biologi-A.

Resume Journal

Oleh :Mufidah Dwi Suci Ningsih (1303122064)

BIOLOGI-A

Aspergillus baeticus sp. nov. and Aspergillus thesauricus sp. nov., two species in section Usti from Spanish

caves

PendahuluanGua (caves) merupakan lingkungan yang menarik karena memiliki komunitas dari mikroorganisme yang unik .

Oleh karena itu gua dijadikan tempat wisata. Wisatawan membawa manfaat bagi ekonomi lokal tapi juga menyebabkan perubahan dramatis dalam ekosistem gua, kondisi iklim (suhu udara dan kelembaban) serta ekosistem mikroba.

Dilakukan penelitian pada Gua (caves) di Andalusia yang setelah penelitian lebih lanjut merupakan Aspergillus, secara morfologi mirip Aspergillus Usti. Namun beberapa isolat merupakan novel species.

MetodeTeknik Isolasi

Isolasi jamur mikro lewat udara

gravity settling method

Dichloran rose bengal

chloramphenicol(DRBC) agar

Isolasi jamur mikro dari

sedimen guaThe

dilution plate

method

in situ isolation

(ISI)

(DRBC) agar

The dilution plate method

MetodeDeskripsi Gua (Caves) Jamur mikroskopis diisolasi

dari dua gua Andalusia: - Cueva del Tesoro Cave

(Treasure Gua, CT) dekat Malaga

sebuah gua laut. Laut membentuk gua selama Jurassic Age. Gambar hewan dari Palaeolithic dan keramik dari Zaman Neolitik telah ditemukan di dalam gua.- Gruta de las Maravillas

Cave (gua dari Marvels, GM) di Aracena, Huelva.

Panjang >2 km, 1.200 m. sangat terkenal karena ada berbagai speleothems, vadose dan berhubung dgn dasar laut, aragonit acicular dan excentrics kalsit (danau bawah tanah)

Cueva del Tesoro Cave

Gruta de las Maravillas Cave

• Strain ditumbuhkan pada Czapek Dox-agar (CZA), Czapek ragi autolysate agar (CYA), ekstrak malt agar (MEA) dan ragi ekstrak-sukrosa agar (YES) dan berlapis pada 25 UC.

• Morfologi mikro diamati dan didokumentasikan pada MEA

• Penentuan Warna dilakukan sesuai dengan ISCC-NBS Centroid Colour Charts

MetodeMorfologi

MetodeStudi Fisiologi dan Kimia

Pertumbuhan pada 37 UC diuji pada CYA. Produksi asam atau terkait alkaloid cyclopiazonic adalah diuji menggunakan uji Ehrlich. Produksi senyawa asam di media agar diuji pada creatine-sukrosa agar (CRE Agar)

MetodeStudi MolekularDNA diekstraksi dari koloni 7-hari-tua menggunakan Isolasi kit Mikroba DNA (Mo-Bio Laboratories). PCR dilakukan dengan menggunakan fag M-13 urutan inti sebagai primer oligonukleotida (59-GAGGGTGGCGGTTCT). Amplifikasi dilakukan di 18,5 ml, masing-masing berisi 100 ng DNA, 25 mM MgCl (Promega), 0,2 mM dNTP dan 1 U DyNAzyme polimerase (Finnzymes), dengan buffer masing-masing.primer : ITS1-5.8S-ITS2 dari rDNA menggunakan primer ITS1F (59-CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA) dan NL4 (59GGTCCGTGTTTCAAGACGG), gen Bena parsial menggunakan primer Bt2a (59-GGTAACCAAATCGGTGCTGCTTTC) dan Bt2b (59-ACCCTCAGTGTAGTGACCCTTGGC), gen Cam parsial menggunakan primer CMfU (59- GTYTCYGAGTAYAARGARGCCTT) atau CF1L (59-GCCGACTCTTTGACYGARGAR) dan CF4 (59TTTYTGCATCATRAGYTGGAC) atau CMrU (59-CGGCCRTCRCCATCYTGATC) dan gen rpb2 parsial menggunakan primer fRPB2-5F (59-GAYGAYMGWGATCAYTTYGG) dan fRPB2-7cR (59-CCCATRGCTTGYTTRCCCAT). Campuran (25 ml) mengandung 50 ng genom DNA, 20 pmol primer masing-masing, 0,2 mM dNTP (dNTP Master campuran; Invitek) dan 1 U DyNAzyme polimerase (Finnzymes) dengan buffer (Finnzymes).

MetodeAnalisis Filogenik

Sequensnya diperiksa dan diurutkan menggunakan BioEdit sequence alignment editor v7.0.0.

MetodePelestarian Isolat

Isolat yang disimpan di Koleksi mikroskopis Fungi dari Institut Biologi Tanah di Akademi Ilmu Pengetahuan Republik Ceko di C eske' Budejovice (CMF ISB) dan koleksi Budaya Jamur di Departemen Botani di Universitas Charles di Praha (CCF). Isolat terpilih disimpan di the Agricultural Research Service Culture Collection (NRRL) di Peoria, Illinois, USA. Sebuah spesimen herbarium kering holotype itu disimpan di herbarium Departemen mikologi, Museum Nasional di Praha (PRM).

RESULTS AND DISCUSSIONTaxonomy and phylogenetic analysis

Dari isolat yang diuji menunjukkan empat pola yang unik. Isolat terpilih yang mewakili sidik jari yang berbeda disekuensing dan dibandingkan denganSequens gen di server GenBank. Kehadiran empat spesies dikonfirmasi. Spesies spektrum terdiri Aspergillus insuetus, Aspergillus cavernicoladan dua spesies yang belum dideskripsikan. Untuk ketiga lokus, A. baeticus ditempatkan pada cabang dengan Aspergillus ustus dan Aspergillus pseudoustus.

Penciptaan spesies baru Aspergillus thesauricus sangat didukung oleh data sekuens dari Bena dan Cam gen. Urutan ITS A. thesauricus adalah identik dengan urutan ITS A. insuetus dan A. Germanicus.Perbedaan genetik dari yang paling erat terkait spesies untuk kedua A. baeticus dan A. thesauricus di Bena dan gen Cam berkisar 2-3%. Nilai ini termasuk dalam kisaran variasi genetik antara lain terkait erat dengan Spesies Aspergillus pada bagian Usti.. Selain itu, morfologi koloni dari kedua isolat dari gua menunjukkan warna ungu-keabu-abuan.

RESULTS AND DISCUSSION

RESULTS AND DISCUSSION

Morphology and other characteristics

Aspergillus baeticus: 7-day-old colonies on CYA (a), MEA (b), YES (c) and CREA (d); reverse of 10-day-old colonies on CYA(e); conidia (f); conidiophores (g, h); Hulle cells (i). Bars, 10 mm.

Morfologi A. baeticus mirip dengan A. ustus, tapi memiliki perbedaan pada morfologi konidiofor. Vesikel dari A. baeticus biasanya memanjang sedangkan A. ustus adalah setengan bola.

Perbedaan pada morfologi makro yaitu warna koloni coklat berbulu pada A. ustus di MEA, sementara A. baeticus warna koloni kuning pucat.

konidiofor A. thesauricus memiliki stipes sempit dandiameter vesikel mereka lebih besar. Selain itu, A. thesauricus menunjukkan pertumbuhan yang lebih cepat pada semua media

REFERENCES

Nova A. K., Hubka V., Saiz C. J., Kolarik M. 2012.

Aspergillus baeticus sp. nov. and Aspergillus

thesauricus sp. nov., two species in section Usti from

Spanish caves. International Journal of Systematic

and Evolutionary Microbiology. Vol 62, 2778–2785