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Rparation de lADN par une protine Radical-SAM : Etude de la
Spore Photoproduct Lyase
Alexia Chandor-Proust
To cite this version:Alexia Chandor-Proust. Rparation de lADN
par une protine Radical-SAM : Etude de la SporePhotoproduct Lyase.
Biochimie [q-bio.BM]. Universit Joseph-Fourier - Grenoble I, 2008.
Franais.
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UNIVERSITE JOSEPH FOURIER GRENOBLE I SCIENCES ET GEOGRAPHIE
ECOLE DOCTORALE CHIMIE ET SCIENCES DU VIVANT
THESE
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE LUNIVERSITE JOSEPH FOURIER
Discipline : Chimie / Biologie
Prsente et soutenue publiquement par
Alexia CHANDOR-PROUST
Le 28 novembre 2008
Rparation de lADN par une protine Radical-SAM
Etude de la Spore Photoproduct Lyase
Composition du jury
Prsident : Pr. Alain FAVIER Rapporteurs: Dr. Pascale CLIVIO
Dr. Bertrand CASTAING Examinateur : Pr. Olivier PLOUX Directeur
: Dr. Mohamed ATTA Co-directeur : Pr. Marc FONTECAVE Laboratoire de
Chimie et Biologie des Mtaux CEA Grenoble iRTSV/LCBM CNRS Universit
Joseph Fourier
-
3
RESUME Chez les spores de bactries, le photoproduit le plus
abondant form dans lADN irradi
par les UV est un dimre de thymines appel Photoproduit des
spores (SP, 5-(-thyminyl)-5,6-dihydrothymine). Au dbut de la
germination, ce photoproduit est spcifiquement rpar par une enzyme,
la Spore Photoproduct Lyase (SPL), rgnrant les deux rsidus thymine
originaux. Cette enzyme est une protine Fe-S qui appartient la
famille des Radical-SAM . Les protines de cette famille denzymes
possdent un centre [4Fe-4S], coordin par 3 cystines conserves
organises selon le motif CxxxCxxC, et utilisent la
S-Adnosylmthionine comme cofacteur. Elles fonctionnent toutes selon
un mcanisme radicalaire, initi par la formation du radical
5-dsoxyadnosyle issu de la coupure homolytique de la
S-Adnosylmthionine par le centre [4Fe-4S] rduit. Dans ce travail,
nous avons effectu une caractrisation biochimique et
spectroscopique des SPL de Clostridium acetobutylicum et Bacillus
subtilis. Par ailleurs, nous avons synthtis un substrat minimum
sous la forme d'un dinucloside monophosphate appel SPTpT, pour
lequel une caractrisation structurale par RMN a t ralise. Le SPTpT
est reconnu et efficacement rpar par l'enzyme, ce qui nous a permis
d'obtenir de nouvelles informations sur le mcanisme enzymatique de
rparation. Enfin, la squence primaire des SPL contient une 4e
cystine conserve, essentielle la rparation, mais qui nest pas
implique dans la coordination du centre [Fe-S]. Nous nous sommes
intresss au rle de cette cystine dans le mcanisme de rparation grce
ltude biochimique et enzymatique du mutant SPLC141A. MOTS CLES :
spore, ADN, lsion de lADN, photoproduit, rparation de lADN, SPL,
Radical-SAM, centre fer-soufre TITLE : Study of Spore Photoproduct
Lyase, a Radical-SAM enzyme involved in DNA repair ABSTRACT
The major photoproduct of UV-irradiated DNA from bacterial
spores is 5-(-thyminyl)-5,6-dihydrothymine, a unique thymine dimer
called Spore Photoproduct (SP). At the beginning of germination,
this photoproduct is specifically repaired by the Spore
Photoproduct Lyase (SPL), regenerating the two thymine monomers.
SPL belongs to a family of iron-sulfur enzymes named Radical-SAM .
In this family, proteins have a [4Fe-4S] cluster, chelated by three
cysteines highly conserved constituting the Radical-SAM motif
CxxxCxxC, and use S-Adenosylmethionine as a cofactor. They all use
a radical based mechanism, initiated by 5-deoxyadenosyl radical
formation, derived from the homolytic cleavage of
S-Adenosylmethionine by the reduced [4Fe-4S] cluster. Here, we have
characterized, by biochemical and spectroscopic methods, the
recombinant SPL from Clostridium acetobutylicum or Bacillus
subtilis. Furthermore, we have synthesized a novel substrate called
SPTpT under the form of a dinucleoside monophosphate. The
structural characterization of this compound, using NMR
spectroscopy, has been carried out. Moreover, this substrate is
recognized and efficiently repaired by this enzyme, providing a
convenient way to investigate the repair mechanism. Finally, the
sequence of all SPL contains a fourth well-conserved cysteine.
Site-directed mutagenesis shows that this residue is strongly
involved in the repair mechanism but not in the cluster formation.
The role of this cysteine 141 in the catalytic mechanism has been
studied.
KEYWORDS: spore, DNA, DNA lesion, photoproduct, DNA repair, SPL,
Radical-SAM, iron-sulfur cluster
-
RemerciementsRemerciementsRemerciementsRemerciements
-
Remerciements
7
Je tiens tout dabord remercier Marc Fontecave de mavoir
accueillie au sein du
Laboratoire de Chimie et Biochimie des Centres Rdox Biologiques
devenu le Laboratoire de
Chimie et Biologie des Mtaux, de m'avoir fait confiance malgr
les connaissances plutt
lgres que j'avais en biochimie en octobre 2005. Je te remercie
pour ta disponibilit, les
runions de travail trs motivantes et les discussions
scientifiques trs enrichissantes que nous
avons eues.
Je remercie galement mon directeur de thse Mohamed Atta ; pour
mavoir permis
deffectuer cette thse et pour ton encadrement au quotidien.
Mes remerciements vont galement Sandrine Ollagnier-de-Choudens,
si implique
dans ce sujet passionnant mme si a ntait pas officiel . Merci de
ttre implique dans
ma formation pratique en biochimie, merci pour tes conseils et
ton suivi rgulier, jusqu la
rdaction de ce manuscrit et pour ta disponibilit lors de la
prparation de ma soutenance.
Je dsire ensuite exprimer mes plus chaleureux remerciements
Thierry Douki et Didier
Gasparutto, pour mavoir initie la chimie et la photochimie
particulire de lADN. Merci
pour votre accueil dans votre laboratoire, pour votre
gentillesse qui mont permis de me sentir
laise dans ce laboratoire que jai frquent par intermittence, et
surtout pour mavoir appris
tant de choses.
Je tiens galement remercier les diffrentes personnes qui ont
collabor mon travail :
Tout dabord Serge Gambarelli, merci pour ta pdagogie en ce qui
concerne les
explications des principes de la RPE et de la spectroscopie
Hyscore ;
Je remercie le laboratoire de Rsonnances Magntiques du CEA, en
particulier Michel
Bardet, Jean-Marie Mouesca, Claire Mantel et Pierre-Alain Bayle
pour leur implication dans
le projet et leurs immenses comptences qui nous ont permis de
rpondre une question
cruciale sur le sujet ;
Yvain Nicolet, je te remercie davoir accept dessayer de
cristalliser la SPL, et je
mexcuse auprs de toi de ne pas avoir pu te donner de protine
suffisamment pure. Jespre
que cela aboutira un jour.
Je souhaite aussi remercier tous les membres du jury, Alain
Favier, Pascale Clivio,
Bertrand Castaing et Olivier Ploux, pour avoir accept de juger
mon travail.
Vient le tour de remercier tous les membres du LCBM, sans qui
mes trois annes
passes au laboratoire nauraient pas t si sympatiques !
-
Remerciements
8
Merci tous, chimistes ou biochimistes, pour les discussions
scientifiques que nous
avons pu avoir (Etienne, Vincent N, Vincent A, Stphane, Olivier,
Caroline Marchi, Cathy,
Fabien) et pour les moments de dtente au caf. Nico, je te
remercie pour les premires
manips de RMN que nous avons faites ensemble et aussi pour les
discussions prolonges
devant la porte du labo de RMN.
Des Special Thanks pour Les Filles , qui plus que des collgues
sont devenues de
vritables amies, Mat avec qui jai partag beaucoup plus quun
bureau ; Emilie ta
gentillesse na pas dgal ; Carole, merci pour ce que tu mas
appris en purification de
protines et bien plus (pas seulement professionnellement), ta
bonne humeur et ta tchatche ; la
mystrieuse Carine et tes expressions spontanes devenues clbres ;
Guni pour mavoir
permis de pratiquer un tout petit peu lallemand pendant 2 ans ;
Chantal pour tre la fois une
maman et une mamie de substitution ; Adeline pas seulement pour
ma mosaque, mais aussi
pour partager mes gots tlvisuels !! Je ne vous remercierai
jamais assez pour tous les bons
moments passs ensemble au labo et lextrieur, pour mon
enterrement de vie de jeune fille,
pour les surprises lors de mon mariage, pour mes cadeaux de
thse, pour mavoir soutenue
dans les moments de doute, etc vous tes gniales.
Je noublierai pas Sigolne (je compte sur toi pour perptuer le
fameux Chimie
Pariiiiiis) ; Florence, Pascal et son humour que japprcie
beaucoup, Eric pour ses potins,
Stphane Mouret pour mavoir forme lutilisation du spectro de
masse et pour ses
nombreux conseils, Silke, Ccile, Simon, Pierre-Andr et tous ceux
qui ne sont plus au
LCBM, Caro Ranquet, Yohan, Aziz pour les bons moments passs au
labo.
Pour terminer, je voudrais remercier ma famille, Edouard,
Valentin et mes parents pour
votre amour, votre confiance et votre soutien permanent ; ma
grand-mre Nicole, Jean et
Odile pour tout ce que vous avez fait pour moi ; Jacques et
Martine Proust, qui avez accept
quun docteur de plus entre dans votre famille et enfin et
surtout Alexandre qui a accept de
me suivre Grenoble et est devenu mon mari pendant cette thse. Je
te remercie pour ton
amour incommensurable, pour toujours croire en moi et pour
mavoir soutenue mme dans
certains moments de doute, merci pour tout ce que tu fais pour
moi et pour ce que tu
mapportes au quotidien.
-
Table des matiresTable des matiresTable des matiresTable des
matires
-
Table des matires
11
Abrviations et notationsAbrviations et notationsAbrviations et
notationsAbrviations et
notations_________________________________________15
IntroductionIntroductionIntroductionIntroduction
___________________________________________________21
I. Les spores de bactries
_______________________________________________ 24 I.1. Structure
et caractristiques des spores _____________________________________
25 I.2. Sporulation
__________________________________________________________ 28 I.3.
Germination__________________________________________________________
29
II. Agressions UV et rparation de lADN
__________________________________ 30 II.1. Rappels sur lADN
(structure, rle et nomenclature) __________________________ 30
II.2. Les lsions de lADN
__________________________________________________ 37 II.3.
Rparation des lsions
photoinduites_______________________________________ 44 II.4. Le
Photoproduit des spores
______________________________________________ 48
III. La Spore Photoproduct Lyase
_______________________________________ 63 III.1. Mise en vidence
d'un processus de rparation spcifique ______________________ 63
III.2. La Spore Photoproduct Lyase
____________________________________________ 64
IV. Les protines de la famille Radical-SAM
___________________________ 67 IV.1. Les protines centre [Fe-S]
_____________________________________________ 67 IV.2. La famille
des Radical-SAM __________________________________________ 68 IV.3.
La Spore Photoproduct Lyase : Mcanisme
propos___________________________ 74
V. Objectifs de la
thse__________________________________________________ 77
Matriels et MthodesMatriels et MthodesMatriels et
MthodesMatriels et Mthodes
____________________________________________79
I. Matriels biologiques
________________________________________________ 81 I.1. Souches
bactriennes___________________________________________________ 81
I.2. Vecteur de
surexpression________________________________________________ 82
I.3. Milieux de culture
_____________________________________________________ 82
II. Mthodes de biologie molculaire
______________________________________ 83 II.1. Introduction dADN
dans E. coli__________________________________________ 83 II.2.
Amplification par PCR - Mutagense dirige
________________________________ 84
III. Mthodes
biochimiques_____________________________________________ 86 III.1.
Obtention des protines
_________________________________________________ 86 III.2.
Reconstitution du centre [Fe-S] de la SPL
__________________________________ 88 III.3. Analyses biochimiques
_________________________________________________ 89
-
Table des matires
12
III.4. Libration du Photoproduit des spores de lADN par voie
enzymatique ___________ 93 III.5. Tests enzymatiques
____________________________________________________ 95
IV. Mthodes
Chimiques_______________________________________________ 98 IV.1.
Produits chimiques
____________________________________________________ 98 IV.2.
Synthses
____________________________________________________________ 98
V. Techniques physico-chimiques Mthodes analytiques
___________________ 105 V.1. Spectrophotomtrie
UV-visible__________________________________________ 105 V.2.
Spectroscopie de Rsonance Paramagntique Electronique
(RPE)_______________ 107 V.3. Spectroscopie Hyscore
________________________________________________ 109 V.4.
Spectroscopie Mssbauer
______________________________________________ 111 V.5.
Spectroscopie de Rsonance Magntique Nuclaire (RMN)
___________________ 114 V.6. Chromatographie Liquide Haute
Performance (HPLC) en phase inverse__________ 118 V.7.
Chromatographie Liquide Haute Performance couple la spectromtrie de
masse en tandem (LC-MS/MS)
________________________________________________________ 119 V.8.
Spectromtrie de masse MALDI-TOF
____________________________________ 121
RsultatsRsultatsRsultatsRsultats_____________________________________________________123
Partie I Expression, Purification et Caractrisation de la Spore
Photoproduct Partie I Expression, Purification et Caractrisation de
la Spore Photoproduct Partie I Expression, Purification et
Caractrisation de la Spore Photoproduct Partie I Expression,
Purification et Caractrisation de la Spore Photoproduct
LyaseLyaseLyaseLyase
_______________________________________________________125
Chapitre 1 :
Rsultats___________________________________________129
I. Obtention des protines (sauvages et mutes) de Bacillus
subtilis et Clostridium
acetobutylicum_________________________________________________________
129 I.1. Expression et purification des protines recombinantes en
arobiose_____________ 129 I.2. Quantification du Fer et du Soufre
_______________________________________ 132 I.3. Purification de la
SPL recombinante de C. acetobutylicum en anarobiose ________ 132
I.4. Reconstitution des protines purifies en arobiose
__________________________ 133 I.5. Caractrisation biochimique de
la SPL de B. subtilis reconstitue _______________ 134
II. Caractrisation spectroscopique du centre [Fe-S]
________________________ 134 II.1. Caractrisation du centre [Fe-S]
aprs reconstitution _________________________ 134 II.2.
Caractrisation par RPE du centre aprs
oxydation___________________________ 138 II.3. Caractrisation du
centre [Fe-S] ltat rduit ([4Fe-4S]1+) ____________________ 139
Chapitre 2 : Discussion
_________________________________________143
Partie II Synthse du Photoproduit des sporesPartie II Synthse du
Photoproduit des sporesPartie II Synthse du Photoproduit des
sporesPartie II Synthse du Photoproduit des spores
_______________________147
Chapitre 1 :
Rsultats___________________________________________150
-
Table des matires
13
I. Synthse du SPTpT
_________________________________________________ 150 I.1.
Prparation du dinucloside monophosphate TpT
(thymidylyl-(3'-5')-thymidine) ___ 150 I.2. Prparation du
Photoproduit des spores SPTpT (thymidylyl-(3-5)-thymidine) ____ 152
I.3. Dtermination de la configuration absolue du C5 du SPTpT par
RMN ___________ 155
II. Obtention du 11mer contenant le Photoproduit des spores,
simple et double brin
166 II.1. Synthse de loligonuclotide 11mer GCGAATTCACG et de son
complmentaire _ 167 II.2. Irradiation UV-C Incorporation du SP dans
loligonuclotide_________________ 168 II.3. Squenage de
loligonuclotide 11merSP _________________________________ 169 II.4.
Hybridation du 11merSP avec le 11mercomp
________________________________ 171
Chapitre 2 : Discussion
_________________________________________172
Partie III Partie III Partie III Partie III Quel mcanisme pour
la SPLQuel mcanisme pour la SPLQuel mcanisme pour la SPLQuel
mcanisme pour la SPL ???? ___________________________177
Chapitre 1 :
Rsultats___________________________________________180
I. Activit et spcificit de la SPL sauvage de Bacillus
subtilis________________ 180
II. Activits de la SPL sauvage de Bacillus subtilis avec le
SPTpT _____________ 181 II.1. Cintique de lactivit de rparation du
Photoproduit des spores ________________ 181 II.2. Dtermination des
paramtres cintiques Km et Vmax de la SPL sauvage de B. subtilis
pour le substrat SPTpT
_______________________________________________________ 182 II.3.
Mesure de lactivit de rductolyse de la
S-Adnosylmthionine________________ 183
III. Activits de la SPLBsC141A de Bacillus subtilis en prsence
du SPTpT ___ 185 III.1. Activit de rparation du SPTpT par la
SPLBsC141A de B. subtilis _____________ 185 III.2. Activit de
rductolyse de la SAM de la SPLBsC141A _______________________ 187
III.3. Identification des produits issus de lincubation de la
SPLBsC141A avec le substrat SPTpT par spectromtrie de masse MS2
_________________________________________ 188 III.4. Modlisation
chimique de la formation des produits A et B ____________________
193
IV. Dtermination du rle de la cystine 141 dans la raction
enzymatique ____ 197 IV.1. Transfert de deutrium par la
S-Adnosylmthionine marque en position 5 ______ 198 IV.2. Marquage
de la SPL par du deutrium ____________________________________
199
V. Test dactivit de la SPL de B. subtilis avec le substrat
oligonuclotidique ___ 204
Chapitre 2 : Discussion
_________________________________________206
I. Activit de rparation de la SPL sauvage
_______________________________ 206 I.1. Le substrat SPTpT
____________________________________________________ 206 I.2. Le
substrat
oligonuclotidique___________________________________________
207
-
Table des matires
14
II. Activit de rductolyse de la
SAM_____________________________________ 208
III. Informations mcanistiques obtenues grce ltude de la SPL
mute ____ 210
Conclusion gnraleConclusion gnraleConclusion gnraleConclusion
gnrale ____________________________________________215
Table des illustrationsTable des illustrationsTable des
illustrationsTable des illustrations
__________________________________________221
Table des figures
_______________________________________________________ 223
Table des schmas
______________________________________________________ 229
Table des
tableaux______________________________________________________
233
Rfrences bibliographiquesRfrences bibliographiquesRfrences
bibliographiquesRfrences
bibliographiques______________________________________235
AnnexesAnnexesAnnexesAnnexes
_____________________________________________________253
1. Chandor, A., Berteau, O., Douki, T., Gasparutto, D., Sanakis,
Y., Ollagnier-de-
Choudens, S., Atta, M., and Fontecave, M. (2006) J Biol Chem
281, 26922-26931
2. Chandor, A., Douki, T., Gasparutto, D., Gambarelli, S.,
Sanakis, Y., Nicolet, Y.,
Ollagnier-De-Choudens, S., Atta, M., and Fontecave, M. (2007) C.
R. Chim. 10, 756-765
3. Chandor-Proust, A., Berteau, O., Douki, T., Gasparutto, D.,
Ollagnier-de-Choudens,
S., Fontecave, M., and Atta, M. (2008) J Biol Chem 283,
36361-36368
4. Mantel, C., Chandor, A., Gasparutto, D., Douki, T., Atta, M.,
Fontecave, M., Bayle, P.
A., Mouesca, J. M., and Bardet, M. (2008) J Am Chem Soc 130,
16978-16984
-
Abrviations et Abrviations et Abrviations et Abrviations et
notationsnotationsnotationsnotations
-
Abrviations et notations
17
(6-4)PP Adduit pyrimidine(6-4)pyrimidone
Angstrm
A Absorbance
ADN Acide dsoxyribonuclique
Ado radical 5-dsoxyadnosyle
AdoH 5-dsoxyadnosine hydrogne
APS Ammonium persulfate
ARN Acide ribonuclique
BET Bromure dEthidium
CaCl2 Chlorure de Calcium
CPD Dimre cyclobutabipyrimidique
Cys (C) Cystine
DMPD DiMthyl Phnylne Diamine
DO Densit Optique
DTT Dithiothritol
E Energie
EDTA Acide Ethylne Diamine TtraActique
ESI Ionisation par Electrospray
Coefficient dabsorption (ou extinction) molaire
FPLC Fast Protein Liquid Chromatography
G Gauss
GHz Gigaherz
h Constante de Planck
HCl Acide Chlorhydrique
HPLC Chromatographie Liquide Haute Performance
Hz Hertz
I Spin nuclaire
IPTG IsoPropyl--D-ThioGalactopyranoside
K Kelvin
kDa Kilodalton
LB Luria Bertani
MALDI Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation
mL Millilitre
-
Abrviations et notations
18
mM Millimolaire
mV Millivolt
L Microlitre
M Micromolaire
NaCl Chlorure de Sodium
NAD Nicotinamide Adnine Dinuclotide
NADPH Nicotinamide Adnine Dinuclotide Phosphate, forme
rduite
ng Nanogramme
NH4Cl Chlorure dammonium
Ni-NTA Nickel- Acide Nitilotriactique
nm Nanomtre
Frquence
OD Optical Density
pb Paire de Bases
PCA Acide Perchlorique
PCR Polymerase Chain Reaction (Raction de Polymrisation en
Chane)
pmol picomole
ppm Parties par millions
RMN Rsonance Magntique Nuclaire
RPE Rsonance Paramagntique Electronique
Rpm Tours par minute
Rt Temps de rtention
S Radical thiyle
SAM (AdoMet) S-Adnosylmthionine
SDS-PAGE Sodium Dodcyl Sulfate polyAcrylamide Gel
Electrophoresis
SP Photoproduit des spores
SPL Spore Photoproduct Lyase
SPTpT Photoproduit des spores sous la forme dun dinucloside
monophosphate
T1 Temps de relaxation spin rseau
T2 Temps de relaxation spin spin
TEMED N, N, N, N-TtraMthylEthylne Diamine
Thy Thymine
Thd Thymidine
-
Abrviations et notations
19
TOF Time Of Flight (Temps de vol)
TpT Thymidily-(35)-thymidine
UV Ultra Violet
Vitesse angulaire
-
IntroductionIntroductionIntroductionIntroduction
-
Introduction
23
Les spores de bactries sont des organites au mtabolisme ralenti
voire quasi-inexistant
ayant des proprits trs particulires. Ainsi sont-elles extrmement
rsistantes toutes sortes
dagressions extrieures (tempratures leves, irradiations UV et
gamma, vide, agents
chimiques). Cette rsistance confre aux spores une longvit
extraordinaire, qui peut aller
jusqu plusieurs milliers dannes (Nicholson et al., 2002).
Les agressions extrieures peuvent fortement endommager lacide
dsoxyribonuclique
ou ADN, contenu dans toutes les cellules et support de
linformation gntique, quil est donc
primordial pour un organisme vivant de protger. Les spores de
bactries ont ainsi acquis des
mcanismes leur permettant la fois de protger leur matriel
gntique, en vue de leur
survie, et galement de rparer les dommages que lADN aurait pu
subir pendant cet tat
cryptobiotique.
Mon sujet de thse sinscrit dans le contexte de ltude dune de ces
lsions subies par
lADN aprs irradiation provoque par le rayonnement solaire et
plus particulirement le
rayonnement ultra-violet ainsi que sa rparation enzymatique. Ce
travail a t effectu dans
deux laboratoires, le Laboratoire de Chimie et Biologie des
Mtaux, spcialis dans ltude
des mtalloenzymes, et le laboratoire des Lsions des Acides
Nucliques, dont les
thmatiques concernent la synthse et lanalyse de lsions de lADN.
Cest cette
complmentarit qui a permis de mener bien le projet. Aprs un
rappel sur les spores de
bactries et sur les lsions de lADN en gnral, nous prsenterons la
lsion UV-induite
spcifique des spores. Nous verrons que cette lsion est rpare
spcifiquement par une
mtalloprotine (la Spore Photoproduct Lyase ou SPL) appartenant
la superfamille des
Radical-SAM qui sera prsente la fin de cette introduction.
-
Introduction
24
I. Les spores de bactries
Cest la fin du XIXme sicle, en 1876, que Cohn et Koch dcouvrent
de faon
indpendante les spores de bactries, bien quen 1838 ait t dj
rapporte la prsence de
corps rfractiles dans certaines cellules bactriennes. Alors que
Cohn se concentrait sur une
recherche plus fondamentale concernant la comprhension de la
rsistance la chaleur de
certaines bactries, lintrt de Koch tait plus appliqu,
recherchant comment combattre les
maladies de lpoque et particulirement la maladie du charbon1.
Cest Koch, qui, 12 ans plus
tard, dcrivit en premier le cycle complet sporulation
germination multiplication
resporulation (Schma 1).
Schma 1 : Cycle de vie des bactries sporulantes.
Les recherches sur les spores de bactries ont continu, et se
sont surtout accrues aprs
les annes 1950, notamment grce aux progrs de la gntique et de la
biologie molculaire.
La rsistance des spores constitue un problme majeur de sant
publique, car le pouvoir
pathogne de certaines bactries se manifeste lors de la
germination de spores dans un milieu
favorable (sang, tissus, etc.). A titre dexemple, Bacillus
cereus et Clostridium botulinum
sont responsables de certaines toxi-infections alimentaires,
Clostridium tetani du ttanos,
Clostridium difficile de certaines maladies nosocomiales, sans
oublier Bacillus anthracis. Les
spores de cette bactrie sont, lorsquelles rentrent en
germination, responsables de la maladie
du charbon qui est principalement une maladie du btail. Objet
initial des travaux de Koch sur
les spores, Pasteur dveloppa un vaccin contre elle en 1881.
Cependant, les spores de Bacillus
anthracis sont une arme de bioterrorisme potentielle depuis la
fin de la seconde guerre
mondiale. En effet, linhalation des spores provoque une
pneumopathie mortelle.
1 Maladie infectieuse provoque par Bacillus anthracis.
-
Introduction
25
I.1. Structure et caractristiques des spores
Les spores bactriennes, ou endospores, sont des organites
produits chez certaines
espces de bactries, qui constituent un tat de dormance (encore
appel tat cryptobiotique)
induit par des conditions dfavorables la survie du
microorganisme (stress nutritif,
dessiccation, chaleur, ). Il existe 6 genres de bactries, toutes
Gram+2, pouvant sporuler :
Bacillus, Sporolactobacillus, Clostridium, Desulfotomaculum,
Sporosarcina et
Thermoactinomycetes. Ces bactries sont ainsi relies de faon
phnotypique mais non
phylogntique.
Lors dobservations au microscope, les spores ne sont visibles
que si elles sont colores
au vert de malachite3 (Figure 1).
Figure 1 : Observation au microscope de spores de Bacillus
subtilis aprs coloration au vert de malachite.
Larrive de la microscopie lectronique dans les annes 1960 a
permis de dcrire la
structure complexe des spores (Figure 2), ainsi que den
identifier les composants spcifiques.
La spore est constitue du protoplaste (core en anglais), pauvre
en ARN, en enzymes et
en eau mais contenant une quantit dADN proche de la cellule
vgtative, et beaucoup
dacide dipicolinique, un compos spcifique des spores constituant
environ 20% du poids sec
de celles-ci (Gould, 2006). Le noyau contient galement de
petites protines solubles en
milieu acide (Small Acid-Soluble Proteins ou SASPs). Ces
protines se complexent fortement
2 Les bactries Gram positif sont mises en vidence par une
technique de coloration appele coloration de Gram. Elles
apparaissent alors mauves au microscope. Les bactries Gram positif
ont une structure qui sorganise en trois grandes parties : la
couche de peptidoglycane, lespace priplasmique et la membrane
plasmique. 3 La coloration seffectue chaud, de faon ce que le
colorant entre dans les spores. Aprs lavage leau et
contre-coloration la safranine froid, les bactries sont colores en
rouge, et les spores en vert, le vert de malachite y tant pieg.
-
Introduction
26
lADN en le compactant, et sont responsables de la rsistance des
spores aux agents
chimiques dtriorant lADN et aux irradiations UV (Setlow, 1988).
La membrane
cytoplasmique, analogue celle de la cellule vgtative, est
entoure de la paroi sporale et du
cortex, une paisse paroi de peptidoglycane. La formation
correcte du cortex est ncessaire
ltat de dshydratation du protoplaste, confrant la spore la
rsistance des tempratures
leves. Applique contre le cortex on trouve la ou les tuniques
(appeles alors intine ou
tunique interne et exine ou tunique externe) formes de protines
riches en ponts disulfures
puis, ventuellement, l'exosporium (Figure 2) (Prescott et al.,
2007).
Figure 2 : Structure des spores, daprs une image au microscope
lectronique
Une bactrie ne peut donner lieu qu une seule spore, qui peut tre
de forme et de
position dans la bactrie diffrentes selon les espces, dformante
ou non-dformante de la
bactrie initiale, et de taille entre 0,2 et 2 m. Il existe en
effet trois groupes (Figure 3) :
- Les bactries spore ronde ou ovale, centrale ou sub-terminale
non dformante ;
- Les bactries spore ovale centrale ou sub-terminale dformante
;
- Les bactries spore ronde terminale dformante.
-
Introduction
27
Figure 3 : Les diffrents types de spores, classes selon leur
forme et leur position dans la bactrie initiale
La spore diffre de la cellule vgtative par sa forme, sa
structure, son contenu
enzymatique ainsi que sa grande rsistance aux agressions dagents
exognes (physiques,
chimiques, radiatifs,), ce qui lui permet davoir une longvit
extraordinaire dans des
conditions dfavorables. La spore est en effet le type de
microorganisme le plus durable
trouv dans la nature. On peut attribuer ces proprits entre
autres son tat de
dshydratation, la prsence dacide dipicolinique dans le cortex et
de ponts disulfures au
niveau des tuniques. Le Tableau 1 permet de comparer quelques
proprits des cellules
vgtatives et des spores.
Proprits Cellule vgtative Spore
Apparence au microscope Non rfringente Rfringente
Acide dipicolinique DPA Absence Prsence
Prsence deau dans le
cytoplasme Eleve Faible
Activit enzymatique
Synthse molculaire Eleve Faible
Rsistance aux agents
exognes Faible Eleve
Sensibilit la coloration Sensible Rsistante
Tableau 1 : Comparaison de quelques proprits des spores et des
cellules vgtatives.
-
Introduction
28
I.2. Sporulation
La sporulation est la diffrenciation qui conduit de la forme
vgtative dune bactrie
la forme spore. Cest un des procds de diffrenciation bactrienne
les plus complexes. Elle
se droule en 7 tapes, dcrites par Ryter en 1966 grce des tudes
de microscopie
lectronique (Ryter et al., 1966) (Figure 4).
Figure 4 : Les diffrentes tapes de la sporulation. Image de
droite : microscopie de fluorescence diffrentes tapes de la
sporulation de B. subtilis daprs D. Rudner HMS Harvard.
La sporulation commence par une division du cytoplasme en deux
parties non gales,
paralllement une duplication du matriel gntique (Stade I).
Contrairement une division
cellulaire normale, les deux protoplastes ne se sparent pas par
la membrane cellulaire. En
revanche la spore est progressivement invagine par le cytoplasme
de la cellule mre et une
premire membrane se forme (septum stade II). Par un mcanisme
dendocytose, ce septum
de sporulation enveloppe ensuite le cytoplasme de la plus petite
partie pour former une
prspore (forespore) caractristique du stade III. Lors du stade
IV, la paroi sporale se forme
entre les deux membranes dlimitant la prspore puis apparat
rapidement le cortex. Les
tuniques sont labores au cours du stade V, et, aprs maturation
(phase VI), la cellule mre
se lyse et libre la spore mature (phase VII).
-
Introduction
29
I.3. Germination
La germination correspond au retour la forme vgtative. Cest la
transformation
inverse de la sporulation. Il est intressant de noter que cette
volution a lieu sans aucune
nouvelle synthse macromolculaire, tout le matriel requis tant dj
prsent dans la spore.
Les diffrentes tapes de ce processus ont t mises en vidence par
lidentification des
exsudats des diffrentes tapes de germination dans les annes 1950
(Moir, 2006).
Aprs activation de la spore, et si les conditions du milieu sont
favorables, la
bactrie germe. L'activation est un stade souvent indispensable
correspondant une ouverture
des enveloppes sporales par des agents physiques ou chimiques.
En l'absence de cette
activation et mme si elles sont places dans un environnement
favorable, les spores sont
incapables de germer. L'activation peut tre provoque par des
agents mcaniques (choc,
abrasion), des agents physiques (choc thermique) ou chimiques
(lysozyme, acides...)(Euzby,
2006). Ce temps de latence (Microlag time Figure 5) peut aller
de quelques minutes une
vingtaine de minutes. Puis la germination proprement dite est
dclenche (Figure 5), en
prsence de conditions favorables dhydratation, par lactivation
de rcepteurs spcifiques de
molcules germinantes (alanine, adnosine, magnsium, ). Ces
rcepteurs sont localiss sur
la tunique interne. Aprs avoir pntr les couches externes
endommages par lactivation et
le cortex, le germinant interagit avec le rcepteur ce qui
provoque la germination. Avant que
le cortex ne soit hydrolys, la spore perd ses proprits de
rsistance la chaleur, des
mouvements dions sont observs, le DPA est libr dans le milieu et
le protoplaste se
rhydrate partiellement (phase I, quelques secondes). Durant la
phase II (temps variable selon
les espces et les conditions environnantes : de quelques minutes
plusieurs dizaines de
minutes), les enveloppes mdianes ainsi que le cortex sont
dgrads, et les composants du
peptidoglycane sont librs dans le milieu. Puis la cellule se
rhydrate totalement.
-
Introduction
30
Figure 5 : Les diffrentes tapes de la germination (Hashimoto et
al., 1969). Temps de latence : de 1 20 minutes, phase I de la
germination : quelques secondes, phase II : de quelques minutes
plusieurs dizaines de minutes.
II. Agressions UV et rparation de lADN
II.1. Rappels sur lADN (structure, rle et nomenclature)
II.1.1. LADN : support de linformation gntique
Les connaissances actuelles de la biologie proviennent de
plusieurs disciplines : la
gntique, la cytologie, la chimie, la physique molculaire, la
biochimie et la biologie
molculaire. La gntique molculaire est ne lorsque Avery, Mc Leod
et Mc Carthy ont
montr en 1943 que lacide dsoxyribonuclique (ADN) tait le support
molculaire de
linformation gntique (Avery et al., 1944). Cette dcouverte fut
toutefois accueillie avec
beaucoup de scepticisme, car cette poque la majorit des
scientifiques pensaient que
linformation gntique tait de nature protique. Lacceptation
dfinitive de la thorie de
Avery ne viendra quavec llucidation de la structure de lADN en
1953 par James Watson et
Francis Crick (Watson et al., 1953), en partie grce aux clichs
de diffraction des rayons X de
lADN des cristallographes Rosalind Franklin et Maurice Wilkins.
Cette dcouverte valut aux
trois hommes le prix Nobel de mdecine en 1962.
Lexistence dun code gntique permettant de traduire linformation
contenue dans
lADN en une squence dacides amins a t dcrite par Nirenberg et
Khorana en 1961
-
Introduction
31
(Khorana, 1961, Nirenberg et al., 1961). Avec lavnement du gnie
gntique dans les
annes 1970, les gnes des organismes les plus complexes
deviennent directement accessibles
lanalyse.
II.1.2. Structure de lADN :
La macromolcule dADN est un polymre form de deux brins
oligonuclotidiques
antiparallles enrouls hlicodalement lun autour de lautre, en
double hlice. Un brin
dADN est constitu dune succession de quatre motifs lmentaires :
les nuclotides (Schma
2). Ceux-ci portent chacun une des quatre bases azotes
diffrentes : adnine (A), guanine
(G), cytosine (C) et thymine (T). Chaque base est fixe sur un
2-dsoxyribose par une liaison
N-glycosidique pour former un nucloside. Lorsquun nucloside est
li un ou plusieurs
phosphates, il sagit dun nuclotide. A et G sont appeles bases
puriques, alors que C et T
prennent le nom de bases pyrimidiques.
Schma 2 : Structure des quatre bases de lADN et des nuclotides.
Adnine (A), Thymine (T), Cytosine (C) et Guanine (G). Numrotation
des carbones du 2-dsoxyribose de 1 5. B reprsente une des quatre
bases de lADN. Les N en vert indiquent les azotes impliqus dans la
liaison N-glycosidique avec le dsoxyribose.
-
Introduction
32
Lenchanement des nuclosides est assur par des ponts
phosphodiesters (Schma 3).
Ceux-ci unissent le carbone C-3 dune unit osidique au carbone
C-5 de la suivante. Lordre
dans lequel sont disposes les bases constitue la squence des
gnes, et donc le message
gntique.
Schma 3 : Structure des nuclotides dans lADN et complmentarit
des bases selon Watson et Crick : A T, C G
Des liaisons hydrognes entre bases complmentaires (appeles
appariements de
Watson et Crick) permettent dassurer la stabilit de la molcule
dADN : la thymine
sapparie avec ladnine et la cytosine avec la guanine (Schma 3).
Cette complmentarit
permet la duplication et la transcription en ARN de la molcule,
chaque brin servant de
matrice pour la synthse du brin oppos (il faut rappeler que lors
de la transcription, la
thymine T dans lADN devient un uracile U dans lARN).
LADN tant extrmement long par rapport lespace cellulaire qui lui
est accord, un
compactage de celui-ci est ncessaire. Le gnome bactrien se
concentre dans une zone
appele nuclode. LADN dans cette structure forme des supers
hlices et il est verrouill par
des protines spcifiques.
-
Introduction
33
II.1.3. Conformation des nuclosides et de la double hlice
Un nuclotide prsente plusieurs degrs de libert dont un au niveau
de la liaison
glycosidique et les autres au niveau du 2-dsoxyribose. Il est
donc possible de dfinir deux
paramtres majeurs pour un nuclotide : lorientation de la base
par rapport au sucre et la
conformation du 2-dsoxyribose. Ces paramtres sont lorigine du
polymorphisme de
lADN pouvant adopter majoritairement trois conformations A, B et
Z dcrites plus loin.
Orientation de la base par rapport au sucre
Quand le carbonyle C2 des bases pyrimidiques ou le carbone C4
des bases puriques se
situe au dessus du cycle du dsoxyribose, la base est dite en
orientation syn. Dans le cas
contraire, elle est dite en orientation anti (Figure 6). Dans
lADN, lorientation la plus
courante est anti.
Figure 6 : Orientation de la base syn ou anti par rapport au
sucre
Conformation du 2 dsoxyribose
Le cycle furanose ne peut tre plan du fait de la prsence de
carbones sp3. La distorsion
rsultante est nomme plissage ou puckering du sucre (Schma 4). Le
cycle peut prendre
la forme denveloppe (E) ou de demi-chaise (twiste T). Pour la
forme E, quatre atomes sont
dans le mme plan et le cinquime au dessus ou en dessous du plan.
Pour la forme T, deux
atomes adjacents sont de part et dautre du plan form par les
trois autres atomes.
-
Introduction
34
Schma 4 : Forme enveloppe (E), 1 atome est en dehors du plan
form par les 4 autres. Forme (T), deux atomes adjacents sont de
part et dautre du plan form par les 3 autres.
Dans le cas de la conformation twiste du 2-dsoxyribose, latome
hors du plan est
appel endo sil se trouve du mme ct que le C5, et exo sil est de
lautre ct. Les
dsoxyriboses de lADN prsentent essentiellement la conformation
C2-endo-C3-exo, alors
que les riboses de lARN ont la conformation C2-exo-C3-endo
(Schma 5).
Schma 5 : Notation endo/exo du puckering du sucre.
Conformation de la double hlice
Les changements de conformation des nuclotides induits par les
conditions
environnantes ainsi que par la squence du brin d'ADN expliquent
que la double-hlice
d'ADN peut adopter plusieurs conformations stables. LADN peut
adopter jusqu 5 formes
(Voet et al., 2002) dont trois majoritaires. Les deux formes qui
nous intressent ici
particulirement sont les formes A et B, toutes deux hlices
droites (lenroulement se fait
en tournant vers la droite). La forme B est la forme la plus
naturelle. On peut observer la
formation d'un petit et d'un grand sillon d au fait que les
liaisons N-glycosidiques ne sont pas
diamtralement opposes au sein d'une paire de base ce qui cre dun
ct un espace plus
grand (grand sillon) et de lautre un espace plus petit (petit
sillon). La forme A, plus
compacte, se rencontre lorsque lADN est dshydrat, et na t
observe in vivo que dans
lADN des spores de bactries. Les formes C et D sont des
sous-classes de la forme B,
-
Introduction
35
galement hlices droites. En revanche, la forme Z (ou ZigZag) est
de type gauche et est
observe sur les portions dADN riches en cytosine et en guanine
(Figure 7), mais la fonction
biologique de cette forme est inconnue (Voet et al., 2002).
Figure 7 : De gauche droite, conformation A, B et Z de lADN.
Le Tableau 2 prsente les diffrentes caractristiques de ces 3
grandes formes :
Paramtre A B Z Type dhlice Droite Droite Gauche Grand sillon
Etroit et profond Large et profond
Aplati
Petit sillon Large et superficiel
Etroit et profond
Etroit et profond
Degr dinclinaison des bases par rapport au plan perpendiculaire
laxe
20 6 7
Liaison osidique Anti Anti
Syn pour les purines Anti pour les pyrimidines
Puckering C2-exo C3-endo
Nord C2-endo C3-exo
Sud
C3-endo pour les purines
C2-endo pour les pyrimidines
Pas de lhlice et nombre de paires par pas
28 11 pb
34 10 pb
45 12 pb
Hauteur de lhlice par paire de base
2,6 3,4 3,7
Diamtre de lhlice 26 20 18 Tableau 2 : Donnes sur la structure
de lADN idal respectivement A, B et Z. (Voet et al., 2002).
-
Introduction
36
II.1.4. Rle biologique :
(1) La synthse protique
Grce un code de 4 lettres (A, T, G et C), les gnes sont le point
de dpart de la
synthse des protines par la cellule. De plus, certaines rgions,
non codantes, sont utilises
pour la rgulation de lexpression des gnes, par lintermdiaire de
la fixation de protines
rgulatrices de type activateur ou rpresseur. Pour la synthse des
protines, lADN est ainsi
transcrit en ARN (le sucre est alors un ribonuclotide et non
plus un dsoxyribonuclotide et
la thymine est remplace par luracile), puis traduit en protine
au niveau des ribosomes.
Chaque triplet de nuclotides, appel codon, code pour un acide
amin.
(2) La transmission de linformation gntique
En plus de sa fonction de support de linformation gntique, lADN
assure aussi le
transfert de cette information travers les gnrations
cellulaires. En effet, avant chaque
division cellulaire, la totalit de lADN se rplique afin que les
cellules filles aient le mme
contenu en ADN que la cellule mre.
Le principe de la rplication est simple mais ce processus fait
intervenir de nombreuses
protines que ce soit pour la synthse du nouveau brin ou la
correction des erreurs.
La rplication est dite semi-conservative car au cours du
processus, chaque brin dADN
de la double hlice est utilis comme support sa recopie par des
ADN polymrases. Ainsi
chacun des nouveaux doubles brins contient-il un brin provenant
de lADN parental et un brin
nouvellement synthtis.
Llongation seffectue dans le sens 5 vers 3. Le groupement
phosphate relie le
carbone C3 du sucre du premier nuclotide au C5 du nuclotide
suivant, laissant libre
lextrmit C3 de ce dernier, pour laccrochage dun nouveau
nuclotide. Cette longation
est accompagne dune tape de vrification. Celle-ci permet la
polymrase de reprer un
nuclotide incorpor de faon errone ; ce dernier est alors excis
et remplac par le
nuclotide correct. La rplication est un mcanisme dune trs grande
fidlit (moins dune
erreur pour 109 bases).
-
Introduction
37
II.2. Les lsions de lADN
II.2.1. Gnralits
Au cours de la vie cellulaire, l'ADN est constamment endommag
par des agents
endognes ou exognes (Lindahl, 1993). L'action de ces agents sur
l'ADN conduit des
modifications chimiques trs varies de celui-ci (Schma 6).
Schma 6 : Exemples de lsions subies par lADN.
Parmi ces agresseurs, on peut citer les agents physiques comme
les radiations ionisantes
(rayons X et ) et la lumire ultraviolette (dont nous dtaillerons
les effets plus loin). L'ADN
peut galement tre modifi par des agents chimiques, comme des
agents alkylants entranant
l'addition de chanes carbones sur les bases (cis-platine, gaz
moutarde). Des ractions
hydrolytiques spontanes pH et temprature physiologiques ou sous
l'action de produits
divers peuvent galement endommager l'ADN. Les groupements NH2
des bases A, C et G
sont ainsi convertis en groupe ctonique ; la cytosine dsamine se
transforme en uracile,
l'adnine en hypoxanthine, la guanine en xanthine pouvant aboutir
des mutations suite la
rplication comme le montre le Schma 7.
-
Introduction
38
Schma 7 : Exemples de lsions frquemment rencontres dans lADN. a)
Dsamination. b) Rupture de la liaison N-Glycosidique conduisant la
formation de site abasique. c) Oxydation de la guanine par HO
conduisant la formation de 8-oxo-2-dsoxyguanosine. dR signifie
dsoxyribose.
La liaison N-glycosidique est galement hydrolysable, plus
facilement pour les bases
puriques et conduit alors la formation de sites abasiques (Schma
7). Le mtabolisme
cellulaire est aussi une source d'espces ractives de l'oxygne
(Winterbourn, 2008), en
particulier le radical HO, qui est capable dendommager l'ADN en
l'oxydant (par exemple,
oxydation de la guanine en 8-oxoGuanine - Schma 7).
L'arrachement d'un atome
d'hydrogne au niveau du fragment osidique sous l'effet des
radiations ionisantes se traduit
par la coupure d'un ou des deux brins d'ADN appele cassure
simple ou double brin. Une
autre consquence de laction d'agents photosensibilisateurs
(psoralnes) ou physiques (UV,
radiations ionisantes) est la formation de ponts covalents entre
brins d'ADN ou entre l'ADN et
des protines qui l'entourent.
Enfin, des lsions peuvent tre provoques par le rayonnement
ultraviolet (UV). En
effet, le rayonnement UV fait partie des rayonnements
lectromagntiques mis par le soleil
qui parviennent la surface de la Terre avec la lumire visible,
les infrarouges (IR) et les
-
Introduction
39
ondes de radiofrquence. Le rayonnement UV peut tre dcompos en
trois catgories qui
sont les UV-A (315-400 nm), les UV-B (280-315 nm) et les UV-C
(200-280 nm), ces derniers
tant filtrs par la couche d'ozone. Si les rayonnements UV-A et
UV-B peuvent avoir des
effets bnfiques sur la sant (synthse de la vitamine D,
traitement du rachitisme, du
psoriasis ...), ils sont galement l'origine d'effets
gnotoxiques, les photons UV-A pntrant
plus profondment dans l'piderme. Les effets de la lumire UV sur
l'ADN font intervenir
deux sries de mcanismes : une voie directe dans laquelle
l'nergie des rayonnements UV-B
est directement absorbe par l'ADN ; et une voie indirecte, qui
concerne les UV-A et la
lumire visible. Cette voie indirecte fait intervenir des
photosensibilisateurs endognes ou
exognes (Cadet et al., 1992).
II.2.2. Effets indirects des UV-A
L'ADN n'absorbe aucune longueur d'onde du domaine des UV-A et du
visible.
Toutefois, par photoexcitation de molcules endognes (flavines,
acides amins, quinones) ou
exognes (mdicaments, colorants ...), ces rayonnements sont
capables de dtriorer l'ADN.
Ces molcules sont appeles agents de photosensibilisation et,
lorsqu'elles sont dans des tats
excits triplets, peuvent agir sur l'ADN principalement par deux
mcanismes nomms types I
et II reprsents sur le Schma 8 (Aubin, 2001).
Schma 8 : Effet indirect des UV-A sur lADN via un
photosensibilisateur P. B signifie la base nuclique
Mcanisme de type I:
Le photosensibilisateur et la base changent un lectron ou un
atome d'hydrogne,
convertissant par oxydation la base en cation radical qui peut
ensuite ragir avec l'eau ou se
-
Introduction
40
dprotoner. La guanine est la base nuclique la plus sensible ce
mcanisme car elle possde
le potentiel d'oxydation le plus bas dans l'ADN.
Mcanisme de type II:
Dans ce cas, une espce ractive de l'oxygne non radicalaire dite
oxygne singulet 1O2,
est produite partir d'un transfert d'nergie entre O2 et le
photosensibilisateur excit.
Il peut galement y avoir transfert de charge entre le
photosensibilisateur et l'oxygne
molculaire qui conduit la formation du radical anion superoxyde
(O2-). Ce dernier peut
ragir indirectement sur l'ADN aprs formation de peroxyde
d'hydrogne (H2O2) puis
gnration du radical hydroxyle HO via la raction de Fenton
(Raction 1) en prsence de
fer.
Raction 1 : Production du radical hydroxyle par la raction de
Fenton.
L'oxygne singulet ragit trs spcifiquement avec la
2'-dsoxyguanosine pour former la
8-oxo-2-dsoxyguanosine (Schma 7). A l'inverse, le radical HO
peut oxyder les quatre
bases nucliques ainsi que le 2-dsoxyribose et entrainer des
cassures de chanes.
II.2.3. Effets directs des UV-B et C
L'effet direct du rayonnement UV est prdominant pour les photons
de longueur d'onde
de 260 nm (UV-C), ce qui correspond au maximum d'absorption de
l'ADN. Toutefois, cet
effet persiste pour les photons moins nergtiques comme les
UV-B.
Ce sont les bases pyrimidiques adjacentes de l'ADN qui sont les
plus sensibles. Les
photoractions impliquant ces bases conduisent des produits de
dimrisation comme les
cyclobutabipyrimidines (nots CPD par la suite) (cycloaddition
2+2 des doubles liaisons
C5-C6 de deux pyrimidines adjacentes) pour lesquels plusieurs
diastroisomres peuvent
tre obtenus selon la position des deux noyaux pyrimidiques par
rapport au cyclobutane
(isomrie cis ou trans) et selon l'orientation relative des deux
liaisons C5-C6 (isomrie syn ou
anti) (Schma 9).
-
Introduction
41
Schma 9 : Structure chimique du dimre cyclobutabipyrimidique TT,
et les diffrents diastroisomres. dR signifie dsoxyribose.
Pour des raisons striques, seuls les drivs syn sont forms dans
l'ADN ou les
oligonuclotides, et l'isomre cis est nettement majoritaire.
Un deuxime type de photoproduits issus de l'irradiation de l'ADN
par les UV-B sont les
adduits pyrimidine(6-4)pyrimidone (nots (6-4)PP par la suite).
La raction consiste
galement en une cycloaddition 2+2 entre la double liaison C5-C6
de la pyrimidine en 5' et le
groupement carbonyle situ en position 4 de la thymine en 3' (ou
imine si la base en 3' est une
cytosine) (Schma 10).
Une troisime classe de photoproduits provient de la
photo-conversion des noyaux
pyrimidone des adduits (6-4)PP en isomre de valence Dewar par
exposition aux UV-B ou A
(Schma 10).
-
Introduction
42
Schma 10 : Structures chimiques des photoproduits (6-4) et
formation de lisomre de valence Dewar.
Enfin, comme discut et dtaill plus loin, le Photoproduit des
spores est obtenu par
dimrisation de deux thymines adjacentes uniquement aprs
irradiation des spores de
bactries ou dans l'ADN isol dans des conditions trs spcifiques
(Donnellan Jr. et al., 1965,
Varghese, 1970).
II.2.4. Consquences biologiques des lsions de lADN
Ces nombreuses agressions conduisent la formation de plusieurs
milliers de lsions par
jours et par cellule dans le cas d'agressions endognes (Lindahl,
1993, Lodish et al., 2004).
Ceci semble contradictoire avec l'apparente stabilit de
l'information gntique contenue dans
l'ADN et observe au fils des gnrations. Comme le dit E.
Friedberg la vie est un quilibre
dlicat entre la stabilit et l'instabilit gnomique ainsi qu'entre
les mutations et la rparation
(Friedberg, 2003). En effet, d'une part l'volution selon la
slection darwinienne est fonde
sur la diversit gntique. D'autre part, la vie et son volution
n'est possible qu'en prsence de
processus cellulaires performants assurant le maintien du
message gntique et capable de
contrecarrer les effets nfastes des dommages spontans et
environnementaux.
-
Introduction
43
Schma 11 : Consquences biologiques des lsions sur lADN.
La prsence d'un dommage dans l'ADN induit en gnral soit
l'expression de gnes dont
les produits sont impliqus dans la rparation, soit des blocages
temporaires du cycle
cellulaire, ou encore la programmation de la mort de la cellule
(Schma 11).
Cette dernire consquence est paradoxalement une faon de protger
l'individu et les
gnrations futures de mutations conduisant la cancrisation et au
vieillissement. Cette
proprit est utilise notamment en cancrologie par l'emploi
d'agents alkylants ou oxydants
qui induisent un grand nombre de dommages sur lADN des cellules
tumorales ce qui
dclenche le processus dapoptose4 (cis-platine,
radiothrapie).
Paralllement, la cellule dispose d'une panoplie de systmes de
rparation de son ADN.
Le principe de ces systmes a t conserv des procaryotes aux
eucaryotes suprieurs. Leur
complexit a cependant fortement augment au cours de lvolution,
tant du point de vue du
nombre denzymes impliques que de la taille des complexes
multi-enzymatiques et du
nombre de protines rgulatrices.
Plusieurs stratgies peuvent tre utilises pour contourner leffet
dltre dune lsion :
les dommages peuvent tre rpars par rversion directe, par
recombinaison et par excision-
resynthse (Friedberg, 2003). Il existe de plus des polymrases
spcialises dans la synthse
4 Mort cellulaire programme contrle par un certain nombre de
gnes.
-
Introduction
44
translsionelle qui permettent la cellule de rpliquer l'ADN
endommag au risque d'induire
des mutations (Shcherbakova et al., 2006).
Nous nous intressons ici deux mcanismes de rparation prenant en
charge les lsions
dimriques induites par les UVB. La Rparation par Excision de
Nuclotides (REN) et la
rparation par rversion directe des dommages (Direct Reversal
Repair DRR).
II.3. Rparation des lsions photoinduites
II.3.1. La rparation par excision de nuclotides (REN)
Ce processus est un des plus importants mcanismes de rparation
de l'ADN, retrouv
la fois chez les procaryotes et chez les eucaryotes (Petit et
al., 1999). Sa fonction principale
est de rparer les lsions encombrantes de l'ADN qui crent des
blocages de la rplication et
de la transcription (comme les bases alkyles ou oxydes de l'ADN
ainsi que les
photoproduits) cause de la distorsion de la double hlice qu'ils
engendrent. Ce systme a t
bien tudi chez E. coli o il a t observ en premier au dbut des
annes 1960 (Setlow et al.,
1964), mais le mcanisme d'action est transposable tous les
procaryotes.
Dans les bactries, la REN implique l'excision d'un
oligonuclotide de 12-13 bases. Le
processus de la REN peut tre divis en 3 grandes tapes. Le
dommage sur l'ADN est d'abord
repr, puis le brin endommag est excis de part et d'autre de la
lsion. La portion d'ADN
manquante est enfin resynthtise et grce une ligation, lintgrit
du double brin est
restaure (Van Houten, 1990).
Chez E. coli, la REN fait intervenir 5 protines d'un systme
appel systme UvrABC.
Trois gnes ont d'abord t identifis : uvrA, uvrB et uvrC puis
plus tard deux autres uvrD et
pdA (Figure 8).
Les trois protines UvrA, UvrB et UvrC sont produites de faon
constitutive un niveau
trs faible mais elles sont inductibles par des agents
gnotoxiques (multiplication par 10 du
nombre de protines UvrA par cellule). Toutes ces protines sont
recrutes conjointement ou
successivement lors des trois tapes de la rparation.
-
Introduction
45
Figure 8 : La rparation de lADN par excision de nuclotides chez
E. coli (Van Houten, 1990).
(1) 1re tape : Reconnaissance du dommage
Les dommages reconnus par le systme sont de nature trs varie
(cis-platine, adduits
avec la mitomycine, photoproduits). Cependant, le mcanisme doit
tre suffisamment
spcifique des dommages de faon ne pas exciser l'ADN inutilement.
Pour cela, il semble
que le systme reconnaisse les dommages induisant une distorsion
de la double hlice (un
dimre de pyrimidine droule l'hlice de 19 et cre une courbure de
27 au niveau du grand
sillon). C'est cette dformation qui est reconnue par le dimre
d'UvrA du complexe A2B1 (2
protines UvrA et une UvrB) se dplaant le long du double brin
d'ADN. La protine UvrB,
une hlicase, droule alors localement l'hlice et s'enroule sur le
brin endommag. Cette
-
Introduction
46
deuxime reconnaissance induit un changement de conformation qui
entrane la dissociation
de (UvrA)2. UvrC, en prsence d'ATP, vient se lier au complexe
UvrB/ADN (appel
complexe de pr-incision).
(2) 2e tape : Excision du dommage
Une premire incision est ralise ct 3' par la protine UvrB au
niveau du 4e ou 5e
nuclotide du ct 3' de la lsion. La seconde incision est faite au
niveau du 8e nuclotide
aprs la lsion ct 5' par UvrC. Le dimre d'UvrC se dissocie
spontanment tandis que le
complexe UvrB/oligonuclotide est stable et reste en place.
Enfin, UvrD permet le
dplacement du brin excis, mais UvrB reste complex l'ADN.
(3) 3e tape : Resynthse et ligation
L'extrmit 3'-OH du brin d'ADN ayant subi l'incision 5' est alors
libre par le dpart
d'UvrC. Ceci permet PolI, polymrase spcifique de la rparation,
de synthtiser un brin en
remplacement de celui excis, grce au brin complmentaire utilis
comme matrice. Lorsque
PolI arrive au niveau de l'autre extrmit incise, UvrB est libre.
Une ligase relie enfin le
brin nouvellement synthtis l'extrmit 5'.
(4) La REN chez B. subtilis
Les gnes codant pour UvrA, UvrB, UvrC ont chez B. subtilis de
fortes similarits de
squence avec ceux de E. coli. L'expression des protines de la
REN est induite en rponse
l'apparition de dommages de l'ADN l'tat vgtatif et pendant la
phase de dveloppement au
moment de la germination. En revanche, pendant la sporulation,
les protines sont exprimes
de faon constitutive un faible niveau (Nicholson et al.,
2000).
Ceci explique pourquoi la REN est dj fonctionnelle pendant la
germination mme
lorsque la synthse protique est bloque, les protines tant
probablement enfermes dans le
protoplaste de la spore pendant la sporulation (Munakata et al.,
1974).
II.3.2. Mcanisme de rparation par rversion directe : exemple des
photolyases
(1) Principe
Ce mode de rparation consiste transformer une lsion en la base
normale dont elle est
issue en faisant intervenir une seule enzyme spcifique de la
lsion. Cette voie concerne les
alkyltransfrases (Mishina et al., 2006), la Spore Photoproduct
Lyase (pour laquelle un
-
Introduction
47
paragraphe est ddi plus loin) ou les photolyases de dimres
cyclobutane ou photoproduits
(6-4) (Sancar, 2003).
En effet, ces dernires rparent spcifiquement les dommages de
l'ADN gnrs par
exposition aux rayonnements UVB et C (200 300 nm). Ce mcanisme
galement appel
photoractivation semble tre le premier processus de rparation de
l'ADN avoir volu
dans la nature. C'est en tout cas le premier avoir t dcouvert
(Friedberg, 2003) dans la fin
des annes 40 indpendamment par deux laboratoires amricains. Ces
enzymes catalysent la
monomrisation des dimres bipyrimidiques aprs activation par
exposition un rayonnement
UV proche ou visible (300 500 nm). Les photolyases utilisent
deux cofacteurs qui sont la
flavine rduite (FADH2) note F1- dans le Schma 12 ; et une
molcule de folate
(mthylnettrahydrofolate ; 5,10-MTHF) ou une dazaflavine
(8-hydroxydeazariboflavine ;
8-HDF) nots F2 dans le Schma 12. L'absorption d'un photon par le
folate permet son
interaction avec le cofacteur redox de la protine, FADH2, qui
aboutit la rduction du
dimre et la rupture des liaisons du cycle cyclobutane. Fait
remarquable, ce processus de
rparation fait intervenir un mcanisme produisant des radicaux
libres alors que nous avons
vu plus haut que ceux ci peuvent tre fortement dltres pour
l'ADN. Il est donc ncessaire
que ce processus soit finement contrl.
Schma 12 : Reprsentation des cofacteurs des photolyases et
mcanisme ractionnel. F2 absorbe un photon et transfre son nergie
F1-, tapes (1) et (2). La flavine rduite excite transfre un lectron
au dimre PyrPyr. La monomrisation seffectue par voie concerte (3),
avec rtro-donation dun lectron FADH (F1), afin de le rgnrer dans sa
forme catalytiquement active (4).
-
Introduction
48
(2) Le base-flipping
Il a t montr dans le cas de mthyltransfrases et de
N-glycosylases et plus rcemment
pour les photolyases (Mees et al., 2004, Roberts, 1995, Sancar,
2003) que le processus de
rparation implique une tape initiale dite de base-flipping , non
photo-induite, pendant
laquelle la lsion (en jaune sur la Figure 9) est positionne par
lenzyme de faon
extrahlicodale afin de se fixer dans le site actif de celle-ci
(Figure 9). Il est propos que des
acides amins de la protine viennent remplacer les bases
manquantes pour stabiliser le
double brin (par liaisons hydrognes et liaisons de Van der
Waals).
Actuellement, des incertitudes subsistent concernant la
reconnaissance du dommage : la
protine retourne-t-elle toutes les bases unes unes dans son site
jusqu ce quelle rencontre
celle dont les interactions sont spcifiques de la lsion, ou ne
retourne-t-elle que la base
quelle doit rparer ?
Figure 9 : Etapes de rparation dADN par une photolyase. La
premire tape, dite base-flipping est active thermiquement (Sancar,
2003). La lsion, en jaune est positionne dans le site actif de la
protine, puis la lsion est rpare par la photolyase.
II.4. Le Photoproduit des spores
L'exceptionnelle rsistance des spores bactriennes au rayonnement
ultraviolet
(Nicholson et al., 2000, Setlow, 2001) suscite beaucoup dintert
et de ce fait a conduit
ltude des photoproduits forms dans leur ADN. Ces tudes ont montr
que lirradiation UV
des cellules vgtatives conduit lapparition de dimres CPD
(majoritairement les cis-syn
entre une thymine et une cytosine, et entre deux thymines) et
dadduits (6-4) entre deux
thymines et entre une thymine et une cytosine adjacente (Douki
et al., 2001). Or la prsence
de ces dimres est la plus importante cause de ltalit pour la
cellule vgtative expose aux
rayonnements UV (Setlow, 1966). Cependant, dans le cas de spores
exposes aux UV-C, la
formation de ces photoproduits est absente, allant de pair avec
la rsistance de ces
organismes. Cette dernire ne s'explique cependant pas par
l'absence de dommages l'ADN.
En effet, Donnellan et Setlow ont dcouvert, en 1965, la
formation dun autre photoproduit
-
Introduction
49
qui nest observ que dans les spores de bactries, do son nom le
Photoproduit des Spores
(SP) (Donnellan Jr. et al., 1965). Sa structure prcise a t
dtermine par les travaux de
Varghese en 1970, grce des analyses RMN 1H, de spectromtrie de
masse et par
spectrophotomtrie UV. Il proposa alors comme structure le motif
5-(-thyminyl)-5,6-
dihydrothymine (Varghese, 1970) (Figure 10).
Figure 10 : Motif 5-(-thyminyl)-5,6-dihydrothymine : le
Photoproduit des spores.
II.4.1. Conditions de formation de cette lsion
Depuis la dcouverte de ce photoproduit particulier, les quipes
travaillant sur ce sujet
ont cherch en expliquer le mcanisme de formation, en dterminant
plus particulirement
les facteurs qui influencent la slectivit de formation de cet
adduit par rapport aux dimres
CPD et (6-4)PP.
En effet, plusieurs paramtres peuvent favoriser la formation du
Photoproduit des spores
au dtriment des dimres CPD et (6-4)PP. Ceux-ci sont dtaills
ci-dessous.
(1) Conditions dirradiation des spores
Milieu dirradiation
- En solution :
La premire observation du Photoproduit des spores a t faite
suite lirradiation
265nm de spores de Bacillus megaterium en solution dans leau
(Donnellan Jr. et al., 1965).
Les autres photoproduits nont pas t identifis, cependant aucune
trace de formation du
dimre CPD nest dtecte. De mme, pour des spores de Bacillus
subtilis irradies 254 nm,
la quantit de Photoproduit des Spores form est de lordre de dix
fois plus importante que
celle de dimres CPD (Smith et al., 1966).
- A ltat sec :
Les mmes observations peuvent tre faites si des spores sont
irradies ltat sec
(Lindberg et al., 1991), et, de faon trs intressante, si des
cellules vgtatives et non plus
des spores sont irradies ltat gel (Varghese, 1970).
-
Introduction
50
- Sous vide :
Lorsque des spores sont irradies sous vide, le Photoproduit des
spores se forme mais en
plus faible quantit qu pression atmosphrique, ces conditions
modifiant la structure de
lADN, sans doute peu favorable la formation du SP. Sur la
totalit des dimres de thymine
forms, 70 % sont le SP, 23 % le dimre CPD cys-sin, et 7% le
trans-syn (Lindberg et al.,
1991).
Longueur donde
La longueur donde dirradiation a un effet sur la sensibilit des
spores. Son influence a
t tudie par C. Lindberg et G. Horneck sur la gamme 200-300 nm
(UV-C et UV-B) et par
R. Tyrrell pour des longueurs donde comprises entre 250 et 370
nm (UV-C, UV-B et UV-A)
(Lindberg et al., 1991, Tyrell, 1978). Les spores sont plus
sensibles pour les longueurs donde
correspondant au maximum dabsorption de lADN (254 - 260 nm), car
la rsistance des
spores augmente quand labsorption diminue. Cependant, pour les
longueurs donde
infrieures 230 nm, une augmentation de la rsistance des spores
aux UV est observe
tandis que labsorbance de lADN augmente. Cette divergence peut
sexpliquer par
labsorption des radiations infrieures 230 nm par les couches
externes de la spore qui
entourent le cytoplasme contenant lADN. Ainsi cette filtration
protge partiellement lADN.
La longueur donde dirradiation a galement un effet sur la
formation du SP.
Lirradiation de spores 254, 313 et 365 nm montre que le SP se
forme toutes ces longueurs
donde. Cependant, on en observe de moins en moins quand la
longueur donde augmente.
Ainsi pour une mme dose dirradiation (J.m-2), lirradiation 313
nm produit mille fois
moins de SP qu 254 nm (maximum dabsorption de lADN), et le
rapport est de 1 million
quand lirradiation est ralise 365 nm (Tyrell, 1978). Enfin, le
SP reste le photoproduit
majoritaire observ lorsque les spores de bactries sont irradies
par le rayonnement solaire,
ensemble de longueurs donde et non plus irradiation
monochromatique (Slieman et al.,
2000a, Tyrell, 1978).
(2) Autres facteurs influenant la formation du SP
Les travaux concernant ltude des conditions de formation et
particulirement le rle de
divers facteurs ont t effectus majoritairement, non plus sur les
spores entires, mais sur des
brins dADN isols, des oligonuclotides et des solutions de
thymidine.
-
Introduction
51
Hydratation
Alors que la cellule vgtative contient 75 80 % de son poids
humide en eau, la spore
n'en contient que 25 55 %. Cette faible quantit d'eau est
l'origine de la rsistance des
spores la chaleur, et galement serait un facteur influenant la
formation du SP au dtriment
des autres dimres de pyrimidines. En effet, R. Rahn et coll. et
M. Patrick et coll. ont montr
que la formation du SP tait favorise par irradiation d'ADN peu
hydrat (Patrick et al., 1976,
Rahn et al., 1969).
Conformation de la double hlice
Des tudes par dichrosme circulaire ont montr que lADN en
solution dans un
mlange eau/thanol pouvait adopter diffrentes conformations selon
la quantit dthanol.
Ainsi, au del de 80%, lADN est de conformation A (Ivanov et al.,
1974). Par la suite, M.
Patrick et D. Gray ont montr que la formation de SP tait
favorise au dtriment de CPD lors
dune exposition aux UV dADN isol en solution dans un mlange
eau/thanol (20 : 80),
(Patrick et al., 1976). Cette prparation correspond de lADN
faiblement hydrat, comme
lADN des spores.
Small Acid Soluble Proteins : SASP
Un deuxime facteur important influenant la photochimie de l'ADN
dans les spores est
un groupe de petites protines appeles SASP (Small Acid-Soluble
Proteins). Ces protines
sont spcifiques des spores de bactries et reprsentent jusqu' 20%
de la quantit totale de
protines dans les spores (Setlow, 1988). Elles sont synthtises
la fin de la sporulation et
leur fonction principale est de fournir lors de leur dgradation
au tout dbut de la germination,
les acides amins ncessaires la synthse protique qui redmarre
alors. Il existe deux types
de SASP : le type / et le type . Les SASP et ont un poids
molculaire de 5 000
7 000 Da pour 61 72 acides amins et comportent une quantit
significative d'acides amins
hydrophobes (21 29 %). Les SASP ont un poids molculaire de 8000
11000 Da pour 81
96 acides amins et sont pauvres en acides amins hydrophobes (9
11 %). Les SASP /
sont localises dans le protoplaste de la spore o elles se
complexent l'ADN. Les SASP
sont localises partout o l'on trouve de l'ADN, sans pour autant
se complexer lui.
Les SASP sont les produits des gnes ssp, chaque gne codant pour
une seule protine
(sspA pour SASP , sspB pour SASP , etc...). Leur expression est
rgule au niveau
-
Introduction
52
transcriptionnel bien qu'il existe galement une rtro-rgulation.
En effet, lors dune dltion
du gne codant pour SASP , il n'y a pas de SASP mais un taux
normal de et . En
revanche si sspA est mute, un taux deux fois plus lev de SASP
est observ (Setlow,
1988).
Des tudes sur des souches mutes des gnes codant pour SASP ont
montr que les
spores avaient une rsistance aux rayons UV et identiques aux
souches sauvages (Hackett et
al., 1988). En revanche, les spores dont les SASP et sont
absentes ont une sensibilit
accrue aux UV (elles sont plus sensibles que les cellules
vgtatives et beaucoup plus
sensibles que les spores sauvages). La rsistance aux UV retrouve
un niveau normal lorsque
les cellules sont complmentes avec les gnes sspA ou sspB. Enfin,
ces souches dficientes
en SASP et sont aussi rsistantes au rayonnement que les sauvages
mais plus sensibles
la chaleur (Hackett et al., 1988). Afin de comprendre ces
observations, des analyses sur le
type de photoproduit form ont alors t effectues. Dans les
souches mutes pour SASP et
SASP , la quantit de SP form est divise par deux par rapport aux
souches sauvages
(Douki et al., 2005a), la formation de dimres CPD et de (6-4)PP
est observe la place avec
des quantits de l'ordre de la moiti de celles trouves dans les
cellules vgtatives (Douki et
al., 2005a).
Les squences en acides amins des SASP ne contiennent pas de
tryptophane, et un
certain nombre ne contient pas non plus de tyrosine, excluant
ainsi un rle de
photosensibilisateur pour les SASP. En revanche, la forte
similarit de squence entre les
SASP et entre elles et entre diffrentes espces suggre plutt un
rle structural. En effet,
lorsque lADN est complex par les SASP et irradi par les UV, la
quantit de SP form
augmente avec la quantit de SASP complexant lADN. Lorsque la
saturation est atteinte (au
dessus de 1 protine pour 5 paires de bases) seul le SP se forme
(Nicholson et al., 1991). Puis
ces auteurs ont galement montr que la complexation de SASP des
plasmides induisait de
nombreux surenroulements de ceux-ci. Ils observent que la
superhlicit est maximale
saturation de lADN par les SASP, avec une densit proche de celle
des spores (Nicholson et
al., 1990).
Enfin, S.C. Mohr et coll. ont montr par dichrosme circulaire et
spectroscopie
infrarouge que la complexation de l'ADN isol par les SASP
saturation (rapport massique
3:1 soit une SASP pour 5 paires de bases) induisait un
changement de conformation de l'ADN
de la forme B la forme A (Mohr et al., 1991), favorisant ainsi
largement la formation du SP
par rapport aux CPD et (6-4)PP (Douki et al., 2005a).
-
Introduction
53
Cependant, la quantit de SP form lors de la complexation de
l'ADN avec les SASP est
de l'ordre de dix fois infrieure celle trouve dans les spores
entires sauvages, ce qui
suggre qu'un autre facteur augmente encore le rendement de
formation du SP dans celles-ci.
Acide dipicolinique (DPA)
L'acide dipicolinique (acide pyridine-2,6-dicarboxylique) est
galement un constituant
spcifique des spores, prsent sous forme de dipicolinate de
calcium (Figure 11). Cette petite
molcule reprsente environ 20% du poids sec de la spore. Elle est
synthtise la fin de la
sporulation juste aprs la synthse des SASP par la DPA synthase,
encode par deux cistrons
(dpaA et dpaB) de lopron spoVF, et est localise dans le cortex
et dans le protoplaste
(Daniel et al., 1993, Setlow et al., 2006, Tovar-Rojo et al.,
2002).
Figure 11 : Pyridine-2,6-dicarboxylate de Calcium DPA.
Le DPA jouerait un rle important dans la dshydratation du
protoplaste de la spore,
allant de pair avec la rsistance la chaleur (en effet, des
souches mutes de l'opron dpaAB
sont plus sensibles la chaleur humide (Paidhungat et al.,
2000)). Il a t montr galement
que le DPA serait impliqu dans la maintenance de l'tat de
dormance, en effet, des souches
DPA sont instables, et tendent germer spontanment (Paidhungat et
al., 2000).
Enfin, il a t montr par diffrentes quipes, que la sensibilit des
spores aux UV tait
diffrente selon qu'elles contiennent ou non du DPA (Douki et
al., 2005b, Setlow et al., 2006,
Setlow, 2006, Slieman et al., 2001).
En effet, les spores de souches sauvages de Bacillus subtilis
sont moins sensibles, en
termes de survie aprs la germination, que celles mutes (ne
synthtisant pas le DPA), aprs
exposition aux rayonnements UV provenant soit de lampes
monochromatiques, soit
directement du rayonnement solaire, soit du rayonnement solaire
filtr ne laissant passer que
les UV-A. De plus, l'ajout de Ca-DPA dans des films d'ADN
complex aux / SASP
augmente de faon trs significative la production de SP par
rapport aux autres dimres et ce
quelle que soit la source de rayonnement (Setlow et al., 1993).
Enfin, plusieurs tudes
rapportent que le DPA peut interagir directement avec l'ADN in
vitro (Lindsay et al., 1985,
Lindsay et al., 1986).
-
Introduction
54
T. Douki et coll. ont d'ailleurs montr que dans les spores
dficientes en DPA, le SP se
formait beaucoup moins que dans les cellules sauvages. Plusieurs
explications peuvent tre
donnes quant au rle du DPA sur la photochimie de l'ADN (Douki et
al., 2005b):
une altration de la structure de l'ADN cause de la liaison du
DPA la double
hlice. Cependant, la nature de cette modification n'est pas
claire l'heure
actuelle ;
une autre hypothse concerne l'observation que les spores
dficientes en DPA
voient leur contenu en eau augmenter modifiant ainsi la
photochimie. Or l'eau de
spores varie de 36% 44% sans DPA et des tudes ont montr qu'une
variation
de 34 39% d'eau dans les spores ne modifiait pas la sensibilit
de celles-ci vis-
-vis des UV. Il serait donc peu probable que l'augmentation 44%
modifie
considrablement la rsistance des spores aux UV ;
Enfin, une autre hypothse propose par T. Douki et coll. est
celle d'une
photosensibilisation de l'ADN par le DPA impliquant un tat excit
triplet du
DPA. Les preuves d'un tel mcanisme sont d'une part que la
quantit de
photoproduits, incluant galement les CPD et dans une moindre
mesure les (6-
4)PP, augmente avec l'addition de Ca-DPA, et surtout que
l'analyse des quantits
de photoproduits issus de l'irradiation de films secs d'ADN en
prsence de DPA
indique que le rapport CPD/(6-4)PP augmente significativement
avec l'addition
de DPA. Or il a t montr qu'un tat triplet tait l'origine de la
formation de
CPD mais pas de (6-4)PP. Ceci suggre un transfert d'nergie de
l'tat triplet du
Ca-DPA excit l'ADN des spores. De plus, il a t montr que la
photosensibilisation UV-A de films secs de thymidine par des
psoralnes ou la
benzophnone implique un tat triplet dans la formation du SP et
que cet tat
triplet favorise en outre la formation de dimres de thymines
plutt que de
cytosine (Charlier et al., 1972, Douki et al., 2003c, Lamola,
1970).
En conclusion, la formation du Photoproduit des Spores dpend de
nombreux
paramtres. La dshydratation de l'ADN contenu dans le protoplaste
empche l'ADN
d'adopter une conformation B et limite ainsi la formation de
dimre CPD ltal pour la cellule.
La prsence des SASP induit une conformation A compacte qui
permet une formation
exclusive du SP, photosensibilise par le DPA prsent dans le
protoplaste.
-
Introduction
55
II.4.2. Structure et formation du Photoproduit des spores
- Nature du photoproduit : intra-brin ou inter-brin ?
Pendant longtemps, toutes les tudes concernant le Photoproduit
des spores ont t faites
par hydrolyse acide de lADN afin den extraire et dtudier le
Photoproduit des spores. Cette
technique permet de dissocier les bases nucliques du sucre sur
lequel il est fix, facilitant
ainsi lanalyse. Cette dmarche ne permet cependant pas de
dterminer si les lsions
dimriques se produisent de faon intra-brin ou entre les deux
brins complmentaires de
lADN, puisque alors seules les deux bases dimrises sans les
dsoxyriboses sont observes.
Habituellement, ce type de lsions est considr comme survenant
entre deux bases
adjacentes donc situes sur le mme brin dADN ; mais dj en 1969,
R. Rahn et H.
Hosszu sinterrogeaient sur la nature intra- ou inter-brin du
photoproduit de type spore (Rahn
et al., 1969).
En 2003, T. Douki et coll. prsentent une mthode danalyse
qualitative et quantitative
plus complte que celles utilises prcdemment en proposant de
digrer les brins dADN
irradis par des exonuclases (phosphodiestrases) qui vont donc
hydrolyser les liaisons
phosphodiesters entre les nuclotides. Les nuclosides issus de
lhydrolyse sont ensuite
analyss par HPLC5 couple la spectromtrie de masse (Douki et al.,
2003b). Or, dans le cas
des lsions dimriques intra-brin, les exonuclases sont incapables
dhydrolyser le pont
phosphodiester compris entre deux nuclosides renfermant la lsion
bipyrimidique. Cest
alors le dinucloside monophosphate qui est libr lissu de
lhydrolyse. Dans le cas des
lsions inter-brin, le photoproduit nempche pas lhydrolyse des
ponts phosphodiesters de
part et dautre des nuclotides engags dans la lsion. Ici, cest
donc le dinucloside sans le
pont phosphodiester qui est libr la suite de la digestion
enzymatique. La diffrence entre
les deux cas, intra- et inter-brin, peut ainsi tre distingue en
HPLC-MS, comme le montre le
Schma 13.
5 High Performance Liquid Chromatography. Technique de
chromatographie liquide haute performance. Voir dans le chapitre
Matriels et Mthodes V.6, page 118.
-
Introduction
56
Schma 13 : Principe de la mthode utilise par Douki et coll. pour
lanalyse des lsions bipyrimidiques (Douki et al., 2003b).
Aprs avoir appliqu cette mthodologie lirradiation 254 nm de
brins dADN
lyophiliss, T. Douki et coll. ont montr que la totalit de la
lsion SP produite dans lADN se
rpartissait de faon presque quitable entre les lsions intra- et
les lsions inter-brin, la
proportion dinter-brin tant sensiblement plus importante (54%
dinter contre 46% dintra).
En revanche, dans le cas de lirradiation 254 nm dADN dans une
solution eau/thanol
20/80, favorable la formation du Photoproduit des spores car
induisant une dshydratation et
une conformation A de lADN, le profil est trs diffrent puisque
les SP intra-brin
reprsentent 91% des SP totalement forms dans lADN contre 9% de
SP inter-brin (Douki et
al., 2003b).
Enfin, lirradiation de spores de B. subtilis conduit la
formation de 99% de SP intra-
brin et peine 1% de SP inter-brin (Douki et al., 2005a). Il
semblerait donc que le
Photoproduit des spores soit plutt une lsion intra-brin dans la
cellule, mme si la forme
inter-brin peut tre obtenue en grande quantit in vitro.
-
Introduction
57
- Slectivit de la raction de formation du Photoproduit des
spores
La stroslectivit de la raction de formation du Photoproduit des
Spores est un
paramtre important considrer puisque le C5 de la base sature est
un carbone asymtrique.
Plusieurs paramtres sont prendre en compte, dune part
lorientation des bases par rapport
au sucre (syn ou anti) avant irradiation, et dautre part la
provenance du pont mthylne entre
les deux bases : soit celui-ci provient du mthyle de la base en
5 qui ragit sur le C5 de la
base en 3 (flches bleues conduisant aux composs de gauche sur le
Schma 14 : 3R et
3S ) soit linverse (flches orange conduisant aux composs de
droite 5R et 5S ).
A cause de ces diffrents cas, la formation de quatre
diastroisomres peut tre envisage
(Schma 14).
Schma 14 : Les quatre diastroisomres du Photoproduit des spores
obtenus selon lorientation des bases syn ou anti et lorigine du
mthyle engag dans le pont mthylne. La notation 3 S signifie que le
carbone asymtrique est sur la base en 3 et de configuration absolue
S.
Jusqu prsent, aucune tude na permis de dterminer quel isomre du
Photoproduit
des spores est obtenu par irradiation des spores. En effet,
lhydrolyse acide ne permet pas de
dterminer sur quelle base est le carbone asymtrique (5 ou 3),
car celle-ci provoque une
rupture de la liaison N-glycosidique. Les deux produits
possibles sont alors identiques. De
mme, la configuration absolue du carbone 5 asymtrique na encore
jamais t dtermine.
-
Introduction
58
Cependant, la formation prfrentielle dun dimre peut tre suppose
par :
- des donnes de la littrature concernant la fois la conformation
de lADN
(conformation A) et des bases elles-mmes (en anti dans lADN),
favorisant la
formation des composs 3S et 5R ;
- des tudes sur dautres dimres (effet de squence sur les dimres
Guanine
Thymine) (Bellon et al., 2002), indiquant que la base en 3
attaque la base en 5 ;
- des contraintes striques et de distance (Figure 12).
Il serait donc plus vraisemblable que le pont mthylne se forme
entre le mthyle de la
base en 3 et le C5 de la base en 5, car cette distance est plus
courte que la distance inverse
(entre le mthyle de la base 5 et le C5 de la base 3) (Figure 12,
ralise partir du fichier
pdb 1G4Q, structure dun ADN de conformation A). Cest cet effet
de squence qui a
galement t observ par S. Bellon et coll. sur les dimres forms
artificiellement entre une
guanine et une thymine. Le dimre d(GT) est form prfrentiellement
au d(TG), car cest
la thymine en 3 qui engage son mthyle (Bellon et al., 2002).
Figure 12 : Distances entre deux thymines adjacentes dun ADN de
conformation A. Les bases ont lorientation anti. Distance jaune :
3,69 entre le mthyle de la base en 3 vers le C5 de la base en 5.
Distance rouge : 5,52 entre le mthyle de la base en 5 vers le C5 de
la base en 3. Daprs le fichier pdb 1G4Q.
Pour toutes ces raisons, il semblerait que lisomre naturel du
Photoproduit des spores
soit donc le 5 R , encadr sur le Schma 14.
-
Introduction
59
- Mcanisme de formation du Photoproduit des spores
Deux hypothses concernant le mcanisme de formation du
Photoproduit des spores ont
t proposes. Une voie radicalaire et un mcanisme concert (Schma
15).
Selon A.J. Varghese, qui tudia la structure du SP en 1970, le SP
pourrait provenir de la
recombinaison de deux radicaux issus de la thymine (Schma 15
(1)) (Varghese, 1970).
La formation du radical 5,6-dihydrothyminyle centr en C5 (b) a t
justifie par des
tudes de rsonance paramagntique lectronique lorsque l'ADN est
irradi sous UV -196C
la faveur de l'addition d'un radical hydrogne sur le C6 de la
base (Pershan et al., 1965). La
formation de l'autre radical (a) peut tre dmontre par l'obs