R. Susanti Diterbitkan oleh Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Semarang Gedung D5, Kampus Sekaran Gunungpati Phone : (024) 8508112 Website : http://mipa.unnes.ac.id VIRUS AVIAN INFLUENZA & DINAMIKA MOLEKULERNYA R. Susanti VIRUS AVIAN INFLUENZA & DINAMIKA MOLEKULERNYA MONOGRAF ISBN : 978-602-18553-5-5
190
Embed
R. Susanti VIRUS A VIAN INFLUENZ MONOGRAF · DAFTAR TABEL Halaman Tabel 1 Segmen genom virus influenza A serta fungsi protein yang disandinya ..... 12 Tabel 2 Level laboratorium untuk
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
R. SusantiDiterbitkan olehFakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan AlamUniversitas Negeri SemarangGedung D5, Kampus Sekaran Gunungpati Phone : (024) 8508112 Website : http://mipa.unnes.ac.id
VIRUS AVIAN INFLUENZA & DINAMIKA MOLEKULERNYA
R. Susanti VIRUS AVIAN INFLUENZA & DINAMIKA M
OLEKULERNYA
MONOGRAF
ISBN : 978-602-18553-5-5
MONOGRAF
VIRUS AVIAN INFLUENZA dan
DINAMIKA MOLEKULERNYA
R. Susanti
Diterbitkan oleh:
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI SEMARANG
2013
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya ii
VIRUS AVIAN INFLUENZA dan
DINAMIKA MOLEKULERNYA
Penulis : Dr. drh R. Susanti M.P
Penyunting : _________________
Desain sampul dan tata letak : Yoris Adi Maretta
ISBN : 978-602-18553-5-5
Hak Cipta dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip atau memperbanyak
sebagian atau seluruh isi monograf
tanpa ijin tertulis dari penulis
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya iii
KATA PENGANTAR
Puji syukur ke hadirat Allah swt atas anugerah-Nya
sehingga buku monograf berjudul “Virus Avian Influenza dan
Dinamika Molekulernya” ini dapat terselesaikan. Monograf ini
berisi konsep, teori dan hasil penelitian tentang karakter virus
avian influenza subtipe H5N1 secara molekuler. Hasil-hasil
penelitian mencakup semua isolat virus avian influenza subtipe
H5N1 di dunia, namun paparan lebih rinci pada isolat di
Indonesia.
Virus avian influenza (VAI) adalah virus influenza tipe A
yang menyerang unggas dan menyebabkan penyakit “flu
burung”. Virus ini termasuk famili Orthomyxoviridae. Virus
influenza memiliki 8 segmen genom RNA berserat tunggal
(single-stranded RNA) berpolaritas negatif yang menyandi 11
protein. Virus ini merupakan patogen intraseluler, sehingga untuk
dapat beradaptasi, bertahan hidup dan bereplikasi dalam tubuh
hospesnya, VAI mempunyai mekanisme untuk menghindar dari
respon imun hospes. Mekanisme untuk menghindar dari respon
hospes tersebut terjadi melalui fenomena yang disebut hanyutan
antigenik (antigenic drift). Hanyutan antigenik adalah
perubahan/mutasi secara periodik akibat mutasi genetik struktur
protein permukaan VAI sehingga antibodi yang telah terbentuk
oleh tubuh akibat vaksinasi atau infeksi alami sebelumnya tidak
dapat mengenali keberadaan virus tersebut.
Virus HPAI subtipe H5N1 dari Asia menunjukkan
karakteristik zoonotik paling tinggi dan dapat ditransmisikan dari
unggas ke berbagai spesies mamalia termasuk manusia.
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya iv
Tingginya tingkat kejadian dan kematian manusia dan unggas
akibat VIA subtipe H5N1 di Indonesia, bahkan penyebab
kematian manusia tertinggi di dunia, menarik dilakukan
pembuatan vaksin selalu diperbarui mengikuti munculnya strain
virus baru (Plotkin et al. 2002; Smith et al. 2004).
Reasorsi dan transmisi VAI
Pandemi dapat terjadi jika subtipe virus influenza baru dapat
melintasi barier hospes antara unggas dan mamalia, termasuk
manusia. Adaptasi VAI strain unggas ke manusia antara lain
melalui reasorsi (reassortment), yaitu pertukaran atau
pencampuran gen. Genom RNA yang tersusun bersegmen-
segmen memudahkan terjadinya reasorsi, yaitu segmen gen
pada strain tertentu digantikan segmen gen sealel dari strain
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 27
lainnya. Reasorsi menyebabkan perubahan struktur antigen
secara dominan, sehingga disebut lompatan antigenik (antigenic
shift). Reasorsi hanya dapat terjadi jika suatu sel secara simultan
terinfeksi oleh 2 atau lebih strain VAI yang berbeda, sehingga
terjadi penyusunan kembali suatu strain virus baru yang
bermanifestasi sebagai genotipe virus baru. Hospes yang dapat
diinfeksi oleh 2 jenis strain VAI yaitu strain avian dan manusia
dikenal dengan “mixing vessel”. Hospes ini memungkinkan
sebagai hospes perantara transmisi VAI dari unggas ke manusia
(Ito et al. 1998; Hoffman et al. 2001; Li et al. 2004).
Virus influenza A subtipe H1N1 penyebab pandemi
influenza tahun 1918 mengalami lompatan antigenik sehingga
tahun 1958 muncul subtipe H2N2 dan tahun 1968 muncul subtipe
H3N2 (Belshe 2005). Transmisi langsung VAI Vdari unggas ke
manusia biasanya mengakibatkan kematian, seperti terjadi di
Hongkong tahun 1997-1998. Virus HPAI H5N1 yang menyerang
dan mematikan manusia dan ayam di Hongkong tersebut (Lee et
al. 2001), merupakan produk reasorsi dengan VAI H9N2 yang
bertindak sebagai donor gen internal (Guan et al. 1999). Virus
tersebut kemudian berkembang cepat di pasar unggas
Hongkong, dan mempunyai kemampuan untuk transmisi
langsung ke manusia (Zhou et al. 1999; Cauthen et al. 2000).
Kejadian tersebut merupakan kasus pertama, dimana
infeksi VAI H5N1 langsung pada manusia tanpa terlebih dulu
beradaptasi pada hospes mamalia perantara (Tumpey et al.
2002; Rowe et al. 2003; Sturm-Ramirez et al. 2004). Virus HPAI
H5N1 penyebab wabah di Danau Qianghai Cina tahun 2005 yang
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 28
mematikan ribuan unggas air migratori dilaporkan juga
merupakan virus hasil reasorsi (Zhou et al. 2006). Burung puyuh
menyediakan lingkungan yang memungkinkan VAI H3N2 babi
mengalami reasorsi dan menghasilkan virus influenza yang
berpotensi menyebabkan pandemi (Perez et al. 2003).
Transmisi VAI H5N1 dari manusia ke manusia belum
pernah dilaporkan (Buxton et al. 2000; The Writing Committee
WHO 2005; Kandun et al. 2006). Namun, VAI subtipe H5N1
berpotensi sebagai penyebab pandemi influenza pada manusia
melalui 2 mekanisme. Manusia yang terinfeksi VAI H5N1 dan
strain influenza manusia (misalnya H1N1) akan memicu reasorsi,
sehingga memunculkan VAI subtipe H5 yang mampu
ditransmisikan dari manusia ke manusia. Alternatif lain adalah
mutasi langsung VAI H5N1 yang berkemampuan untuk transmisi
dari manusia ke manusia (Russell & Webster 2005).
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 29
BAB III
TEKNIK MENUMBUHKAN DAN MENGISOLASI VIRUS AVIAN
INFLUENZA
Penelitian yang berhubungan dengan virus avian influenza
dilakukan di laboratorium standart Biosafety Level 2 (BSL-2) plus
atau BSL-3. Namun untuk propagasi virus AI subtipe H5N1 pada
hewan coba (pada tikus, marmut, ayam atau itik, dll) harus
dilakukan di laboratorium BSL-3. Semakin tinggi potensi suatu
agen penyakit (mikroorganisme) untuk menular dan
menyebabkan penyakit pada manusia (peneliti/pekerja
laboratorium), semakin tinggi tingkat (level) biosafety laboratorium
yang diperlukan. Pada Tabel 2 berisi jenjang safety laboratorium
dan penggunaannya.
Tabel 2. Level laboratorium untuk penelitian yang berhubungan dengan mikroorganisme penyebab penyakit
No Laboratorium Penggunaan Contoh
mikroorganisme
1 Biosafety Level-1 (BSL-1)
Mikroorganisme yang diketahui tidak menyebabkan penyakit pada manusia dewasa yang sehat dan potensi bahayanya minimal bagi pekerja laboratorium dan lingkungan Laboratorium tidak memerlukan lokasi terpisah dari lokasi umum dalam suatu bangunan
Bacillus subtilis
Naegleria gruberi
Infectious canine hepatitis virus
E. Coli‐K12
2 Biosafety Level-2 (BSL-
Mikroorganisme yang berpotensi secara
Epstein‐Barr virus
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 30
2) moderat dapat menyerang pekerja laboratorium dan lingkungan. Akses ke laboratorium dibatasi ketika pekerjaan tengah dilakukan
Hepatitis A, B, C, D, E
Neisseria meningitidis
Salmonella
Clostridium botulinum, tetani
Blastomyces dermatitidis
Entomeoeba histolytia
3 Biosafety Level-3 (BSL-3)
Fasilitas klinis, dignostik, riset atau produksi yang berhubungan dengan agen-agen infeksius yang berpotensi mengakibatkan penyakit berbahaya. Pekerja laboratorium memiliki pelatihan khusus dalam penanganan agen-agen patogenik berbahaya dan diawasi oleh ilmuwan yang kompeten terhadap agen-agen tersebut
Bacillus anthracis
M. tuberculosis
Yersenia pestis
Yellow fever (wild type)
Coccidioides immitis
Avian influenza
HIV
SARS
4 Biosafety Level-4 (BSL-4)
Mikroorganis/agen-agen eksotik yang ekstrem berbahaya, dan beresiko tinggi dapat menyebar melalui udara. Staf laboratorium terlatih khusus, memakai pelindung khusus dengan tabung oksigen tersendiri Fasilitas laboratorium terisolasi dari tempat-tempat umum, pekerjaan dalam tempat tertutup khusus.
Ebola
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 31
Preparasi Sampel
Tahap pertama yang harus dilakukan untuk memperbanyak
dan mengisolasi virus adalah mengambil contoh/sampel yang
diduga mengandung virus. Mengingat VAI berkembang/
bermultiplikasi pada sel epitel saluran pencernaan dan
pernafasan, maka sampel dapat diambil dari usap hidung, usap
anus atau usap kloaka. Sampel usap kloaka diambil dari hewan
yang diperiksa atau hewan/manusia yang diduga terinfeksi VAI.
Sampel usap kloaka/anus/hidung selanjutnya dimasukkan dalam
tabung berisi media transport PBS gliserol (WHO 2002). Sampel
selanjutnya dimasukkan dalam inkubator suhu dingin -4oC atau
lebih dingin lagi. Jika pengambilan sampel dari lapangan, tabung
berisi sampel dimasukkan dalam ice box kemudian dibawa ke
laboratorium. Cara membuat PBS gliserol adalah dengan
mencampurkan PBS 1x dan gliserol dengan perbandingan 1:1.
Dalam 1 liter PBS Gliserol, ditambahkan Penisilin-G 2x106 U/L
dan Srteptomisin 200 mg/L (Susanti et al. 2008b).
Media Perbanyakan virus
Untuk mengetahui apakah pada sampel terdapat virus yang
dimaksud atau tidak, sampel harus ditanam pada media yang
sesuai. Mengingat virus adalah organisme yang hanya dapat
bereplikasi pada sel hidup, maka media yang sesuai untuk
menumbuhkan virus adalah sel hidup. Virus influenza A dapat
bereplikasi secara in ovo pada telur ayam berembrio (TAB)
maupun secara in vitro pada kultur sel Madin Darby Canine
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 32
Kidney (MDCK) (Ito et al. 1997; Whittaker 2001). Sel MDCK
mempunyai reseptor α-(2,6) dan α-(2,3) sehingga efektif untuk
replikasi virus influenza isolat manusia maupun avian. Untuk
dapat menumbuhkan virus influenza pada sel MDCK, perlu
ditambahkan protease tripsin untuk memotong HA menjadi HA1
dan HA2 (Webster et al. 1992). Pertumbuhan virus ditandai
adanya cytopathogenic effect (CPE). Karena sel MDCK memiliki
2 jenis reseptor (α-(2,6) dan α-(2,3)), kultur virus influenza pada
MDCK tidak menyebabkan tekanan seleksi sehingga tidak terjadi
substitusi asam amino tertentu, namun kurang efektif jika
digunakan untuk mendapatkan virus dalam jumlah besar (Ito et al.
1997).
Ruang alantois TAB hanya mempunyai reseptor α-(2,3),
sementara pada sel amnion mempunyai reseptor α-(2,6) dan α-
(2,3). Secara in ovo, perbedaan reseptor sel hospes dengan
spesifisitas asam amino titik pengikat reseptor merupakan
tekanan seleksi yang memicu substitusi hemaglutinin (HA). Kultur
virus influenza strain manusia pada sel amnion (yang mempunyai
reseptor α-(2,6) dan α-(2,3)), sampai pasase ke-2 masih
mempertahankan spesifisitas reseptor pada α-(2,6). Namun, jika
virus influenza strain manusia ini dikultur pada sel alantois yang
hanya mempunyai reseptor α-(2,3) menyebabkan mutasi
substitusi L226G sehingga spesifisitas reseptor bergeser dari α-
(2,6) menjadi α-(2,3) (Ito et al. 1997). Isolasi virus dalam TAB
lebih tepat untuk strain avian (Ito et al. 1997). Meskipun demikian,
menurut hasil-hasil penelitian selanjutnya menunjukkan bahwa
semua virus influenza dapat tumbuh baik di TAB (Webster et al.
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 33
1992; Harimoto & Kawaoka 2001; Whittaker 2001). Hal ini
disebabkan karena protease serupa dengan faktor pembeku
darah “Xa” (anggota famili protrombrin) dalam cairan alantois
bertanggung jawab atas proteolitik HA pada cleavage site
sehingga virus dapat bereplikasi secara in ovo (Harimoto &
Kawaoka 2001). Protease yang dapat memotong HPAI dan LPAI
adalah enzim “trypsin like”, yaitu faktor pembeku darah “Xa”,
triptase, mini plasmin dan protease bakterial (Harimoto &
Kawaoka 2005). Enzim proteolitik mengenal sekuen asam amino
A/Indonesia/ CDC370E/2006; A/Indonesia/321H/2006; dan
A/Indonesia/CDC1031/ 2007) yang asam amino posisi 627
adalah K (Susanti 2012a). Hal ini menunjukkan bahwa bukan
hanya mutasi E627K dari PB2 yang berkontribusi pada
mekanisme adaptasi virus dari unggas ke manusia. Asam amino
pada PB2 adalah F363 dan F404 pada 158 VAI H5N1 di
Indonesia yang dianalisis. Hal ini menunjukkan bahwa protein
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 139
untuk proses vital virus tidak banyak mengalami mutasi bahkan
bersifat konserv.
Pada analisis gen NA, semua virus H5N1 Indonesia asal
manusia dan hewan tahun 2003-2010, mempunyai delesi 20
asam amino pada regio stalk yaitu pada posisi 48-67 (Susanti
2012b). Tempat glikosilasi pada regio stalk dari protein
neuraminidase berperan dalam menjaga struktur tetramer dari
protein (Luo et al. 1993). Delesi pada daerah glikosilasi ini akan
meningkatkan retensi virion pada membran plasma (Matrosovich
et al. 1999). Virus AI subtipe H5N1 isolat hewan dan manusia
tahun 2003-2010 mempunyai 5 asam amino pembentuk
oseltamivir binding pocket yang dapat diidentifikasi yaitu R224,
H274, E276, R292 dan N294. Asam amino posisi tersebut masih
stabil pada semua virus di Indonesia yang datanya terdaftar di
Genbank, kecuali 1 isolat yang mengalami mutasi H274Y yaitu
isolat A/Indonesia/560H/2007 (Susanti 2012b).
Berdasarkan kajian teori dan hasil-hasil penelitian
diketahui bahwa virus Avian Influenza subtipe H5N1 di Indonesia
selalu berevolusi ditunjukkan oleh dinamika molekuler yang
terjadi pada gen-gen virus ini. Dinamika molekuler terutama
terjadi pada gen-gen penyandi glikoprotein permukaan, dan
glikoprotein inilah yang bertanggung jawab terhadap mekanisme
infeksi pada sel hospes dan pengenalan antibodi. Gen-gen yang
bertanggung jawab terhadap aktivitas vital virus tersebut,
nampaknya tidak banyak menymbangkan terjadinya dinamika
mokuler. Gen-gen virus avian influenza secara natural mudah
mengalami mutasi, dan mutasi inilah penyebab terjadinya
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 140
dinamika molekuler. Di sisi lain, mutasi juga terjadi akibat
tingginya tekanan lingkungan hidup virus tersebut. Semakin tinggi
tekanan akibat respon imun hospes, semakin tinggi tingkat
mutasinya. Demikian juga semakin tinggi perubahan lingkungan,
semakin cepat terjadi mutasi akibat adaptasi virus terhadap
lingkungan yang baru. Dinamika molekuler inilah yang
mengakibatkan tidak efisiennya program vaksinasi. Vaksin harus
selalu di up-date sesuai strain virus lokal dan mengikuti dinamika
molekuler (gen-gen) yang terjadi. Dengan terjadinya dinamika
molekuler virus avian influenza, penelitian virus ini akan selalu
berkembang sehingga metode dasar yang dikemukakan dalam
buku ini diharapkan dapat bermanfaat.
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 141
DAFTAR PUSTAKA
Ali A, Avalos RT, Ponimaskin E, Nayak DP. 2000. Influenza virus
assembly : effect of influenza virus glycoproteins on the membrane association of M1 protein. J Virol 74: 8709-8719
Auewarakul P, Suptawiwat O, Kongchanagul A, Sangma C,
Suzuki Y, Ungchusak K, Louisirirotchanakul S, Lerdsamran H, Pooruk P, Thitithanyanont A, Pittayawonganon C, Guo C-T, Hiramatsu H, Jampangern W, Chunsutthiwat S, Puthavathana P. 2007. An avian influenza H5N1 virus that binds to a human-type receptor. J Virol 81: 9950-9955
Bae SH, Cheong HK, Lee JH, Cheong C, Kainosho M, Choi BS.
2001. Structural features of an influenza virus promoter and their implications for viral RNA synthesis. Proc Natl Acad Sci USA 98: 10602-10607
Beato MS, Toffan A, Nardi R De, Cristalli A, Terregino C, Cattoli
G, Capua I. 2007. A conventional, inactivated oil emulsion vaccine suppresses shedding and prevents viral meat colonisation in commercial (Pekin) ducks challenged with HPAI H5N1. Vaccine 25: 4054-4072
Belshe RB. 2005. The origins of pandemic influenza-lesson from
the 1918 virus. N Engl J Med 353: 2209-2211 Bender C, Hall H, Huang J, Klimov A, Cox N, Hay A, Gregory V,
Cameron K, Lim W & Subbarao K. 1999. Characterization of the Surface Proteins of Influenza A (H5N1) Viruses Isolated from Humans in 1997–1998. Virology 254 (1): 115-123
Berkoff EGM, Wit E de, Geelhoed-Mieras MM, Boon ACM,
Symons J, Faouchier RAM, Osterhaus ADME, Rimmelzwaan GF. 2005. Functional constraints of influenza A virus epitopes limit escape from cytotoxic T lymphocytes. J Virol 79: 11239-11246
Brown EG, Liu H, Kit LC, Baird S, Nesrallah M. 2001. Pattern of
mutation in the genome of influenza A virus on adaptation to
KH, Lim W, Tam JS, Clarke M, Williams SG, Mounts AW, Bresee JS, Conn LA, Rowe T, Hu-Primmer J, Abernathy RA, Lu X, Cox NJ, Fukuda K. 2000. Risk of influenza A (H5N1) infection among healt care workers exposed to patients with influenza A (H5N1) HongKong. J Infect Dis 181: 344-348
Campitelli L, Ciccozzi M, Salemi M, Taglia F, Boros S, Donatelli I,
Rezza G. 2006. H5N1 influenza virus evolution: a comparison of different epidemics in birds and humans (1997-2004). J Gen Virol 87: 955-960
Capua I, Marangon S. 2006. Control of avian influenza in poultry.
Emerg Infec Dis 12: 1-2 Cauthen AN, Swayne DE, Schultz-Cherry S, Perdue ML, Suarez
DL. 2000. Continued circulation in China of highly pathogenic avian influenza viruses encoding the hemagglutinin gene associated with the 1997 H5N1 outbreak in poultry and humans. J Virol 74: 6592-6599
CDC Control Diseases Center. 2007. Avian influenza infection in
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 143
Chan PK. 2002. Outbreak of Avian Influenza A (H5N1) Virus Infection in Hong Kong in 1997. Clin Infect Dis 34:S58-64
Chazal N, Gerlier D. 2003. Virus entry, assembly, budding, and
membrane rafts. Microbiol Mol Biol Rev 67: 226-237 Chen H, Smith GJD, Li KS, Wang J, Fan XH, Rayner JM,
Vijaykrishna D, Zhang JX, Zhang LJ, Guo CT, Cheung CL, Xu KM, Duan L, Huang K, Qin K, Leung YHC, Wu WL, Lu HR, Chen Y, Xia NS, Naipospos TSP, Yuen KY, Hassan SS, Bahri S, Nguyen TD, Webster RG, Peiris JSM, Guan Y. 2006. Establishment of multiple sublineages of H5N1 influenza virus in Asia: implications for pandemic control. Proc Natl Acad Sci USA 103: 2845-2850
Chen H, Deng G, Li Z, Tian G, Li Y, Jiao P, Zhang L, Liu Z,
Webster RG, Yu K. 2004. The evolution of H5N1 influenza viruses in ducks in southern China. Proc Natl Acad Sci USA 101: 10452-10457
Clavijo A, Tresnan DB, Jolie R. Zhou EM. 2002. Comparison of
embrionated chicken eggs with MDCK cell culture for the isolation of swine influenza virus. Can J Vet Res 66: 117-121
Coleman JR. 2007. The PB1-F2 protein of influenza A virus:
increasing pathogenecity by disrupting alveolar macrophages. Virology 4: 1-5
Conenello GM, Zamarin D, Perrone LA, Tumpey T, Palese P.
2007. A single mutation in the PB1-F2 of H5N1 (HK/97) and 1918 influenza A viruses contributes to increased virulence. PLoS Pathog 3(10): e141.
Creelan JL, Graham DA, McCullough SJ. 2002. Detection and
differentiation of pathogenecity of avian paramixovirus serotype 1 from field cases using one-step reverse transcriptase-polymerase chain reaction. Avian Pathol 31: 493-499
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 144
Cros JF, Garcia-sastre A, Palese P. 2005. An unconventional
NLS is critical for the nuclear import of the influenza A virus nucleoprotein and ribonucleoprotein. Traffic 6: 205-213
Cross KJ, Wharton SA, Shekel JJ, Wiley DC, Steinhauer DA.
2001. Studies on influenza hemagglutinin fusion peptide mutants generated by reverse genetics. EMBO J 20: 4432-4442
Crow M, Deng T, Addley M, Brownlee GG. 2004. Mutation
analysis of the influenza virus cRNA promoter and identification of nucleotides critical for replication. J Virol 78: 6263-6270
4181-4187 [Depkes] Departemen Kesehatan. 2008. Data kasus flu brung di
Indonesia sampai dengan tanggal 24 Januari 2008. http://www.ppmplp.depkes.go.id/. [24 Januari 2008]
Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. 2012.
Update Perkembangan Kasus Avian Influenza (AI) pada Unggas Kondisi s/d 30 September 2012. http://ditjennak.deptan.go.id. Diakses 21 November 2012.
Elton D, Simpson-Holley M, Archer K, Medcalf L, Hallam R,
McCauley J, Digard P. 2001. Interaction of the influenza virus nucleoprotein with the cellular CRM1-mediated nuclear export pathway. J Virol 75: 408-419
[FKH IPB] Fakultas Kedokteran Hewan, Institut Pertanian Bogor.
2006. Kajian karakter virus avian influenza pada unggas air sebagai dasar pengendalian penyakit Avian Influenza (AI). Laporan Akhir Penelitian Kerjasama Departemen Pertanian dan FKH IPB. Bogor: FKH IPB; 2006
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 145
Feare CJ, Yasue M. 2006. Asymptomatic infection with highly pathogenic avian influenza H5N1 in wild birds: how sound is the evidence? Virology 3: 96-100
Fechter P, Mingay L, Sharps J, Chambers A, Fodor E, Brownlee
GG. 2003. Two aromatic residues in the PB2 subunit of influenza A RNA polymerase are crucial for cap binding. J Biol Chem 278 (22): 20381–20388
Fernandez-Sesma A, Marukian S, Ebersole BJ, Kaminski D, Park MS, yuen T, Sealfon SC, Garcia-Sastre A, Moran TM. 2006. Influenza virus evades innate and adaptive immunity via the NS1 protein. J Virol 80: 6295-6304
Flory E, Kunz M, Scheller C, Jassoy C, Stauber R, Rapp UR,
Ludwig S. 2000. Influenza virus-induced NF-кB-dependent gene expression is mediated by overexpression of viral proteins and involves oxidative radicals and activation of IкB kinase. J Biol Chem 275: 8307-8314
The Influenza A Virus PB1-F2 Protein Targets the Inner Mitochondrial Membrane via a Predicted Basic Amphipathic Helix That Disrupts Mitochondrial Function . J. Virol. 77(13): 7214-7224
Gilbert M, Chaitaweesub P, Parakamawongsa T, Premashthira S,
Glaser L, Stevens J, Zamarin D, Wilson IA, Garcia-Sastre A,
Tumpey TM, Basler CF, Taubenberger JK, Palese P. 2005. A single amino acid substitution in 1918 influenza virus hemagglutinin changes receptor binding specificity. J Virol 79: 11533-11536
Gomez-Puertas P, Albo C, Perez-Pastrana E, vivo A, Portela A.
2000. Influenza virus matrix protein is the major driving force in virus budding. J Virol 74: 11538-11547
Gonzales S, Ortin J. 1999. Distinct regions of influenza virus PB1
polymerase subunit recognize vRNA and cRNA templates. EMBO J 18: 3767-3775
Guan Y, Peiris M, Kong KF, Dyrting KC, Ellis TM, Sit T, Zhank LJ,
Shortridge KF. 2002. H5N1 influenza viruses isolated from geese in southeastern Cina: evidence for genetic reassortment and interspecies transmission to duck. Virology 292: 16-23
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 147
Guan Y, Shortridge KF, Krauss S, Webster RG.1999. Molecular characterization of H9N2 influenza viruses: Were they the donors of the "internal" genes of H5N1 viruses in Hong Kong? J Virol 96: 9363-9367
Guo CT, Takahashi N, Yagi H, Kato K, Takahashi T, Yi SQ, Chen
Y, Ito T, Otsuki K, Kida H, Kawaoka Y, Hidari KIPJ, Miyamoto D, Suzuki T, Suzuki Y. 2007. The quail and chicken intestine have sialyl-galactose sugar chains responsible for the binding of influenza A viruses to human type receptors. Glycobiology 17: 713-724
Hale BG, Jackson D, Chen YH, Lamb RA, Randall RE. 2006. Influenza A virus NS1 protein binds p85β and activates phosphatiylinositol-3-kinase signaling. Proc Natl Acad Sci USA 103: 14194-14199
Hanson BA, Stallknecht DE, Swayne DE, Lewis LA, Senne DA.
2003. Avian influenza in Minnesota ducks during 1998-2000. Avian Dis 47: 867-871
residues in the N-terminal region of the PA subunit of influenza A virus RNA polymerase play a critical role in protein stability, endonuclease activity, cap binding and virion RNA promoter binding. J Virol 80: 7789-7798
Harris A, Cardone G, Winkler DC, Heymann JB, Brecher M, White
JM, Steven A. 2006. Influenza virus pleiomorphy characterizad by cryoelectron tomography. Proc Natl Acad Sci USA 103: 19123-19127
Harvey R, Martin ACR, Zambon M, Barclay WS. 2004. Restriction
to the adaptation of influenza A virus H5 hemagglutinin to the human host. J Virol 78: 502-507
Hatta M, Gao P, Halfmann P & Kawaoka Y. 2001. Molecular basis
for high virulence of Hong Kong H5N1 influenza A viruses. Science 293: 1840–1842.
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 148
Hayden FG. 2006. Antiviral resistance in influenza viruses-implications for management and pandemic response. N Engl J Med 354: 785-788
Hoffmann E, Lipatov AS, Webby RJ, Govorkova AE, Webster RG.
2005. Role of Specific hemagglutinin amino acids in the immunogenicity and protection of H5N1 Influenza virus vaccines. Proc Natl Acad Sci USA 102: 12915-12920
Hoffmann E, Stech J, Guan Y, Webster RG, Perez DR. 2001.
Universal primer set for the full-length amplification of all influenza A viruses. Arch Virol 146: 2275-2289
Honda A, Mizumoto K, Ishihama A. 2002. Minimum molecular
architectures for transcription and replication of the influenza virus. Proc Natl Acad Sci USA 99: 13166-13171
Honda A, Mizumoto K, Ishihama A. 1999. Two separate
sequences of PB2 subunit constitute the RNA cap-binding site of influenza virus RNA polymerase. Genes Cells. 4: 475-485.
Horimoto T, Kawaoka Y. 2005. Influenza: Lessons from past
pandemics, warnings from current incidents. Nature Rev 3: 591-598
Horimoto T, Kawaoka Y. 2001. Pandemic threat posed by avian
influenza A viruses. Clin Microbiol Rev 14: 129-149 Horimoto T, Nakayana K, Smeekens SP, Kawaoka Y. 1994.
Proprotein-processing endoproteases PC6 and furin both activate hemagglutinin of virulent avian influenza viruses. J Virol 68: 6074-6078
Hulse DJ, Webster RG, Russell RJ, Perez DR. 2004. Molecular
determinants within the surface proteins involved in the pathogenicity of H5N1 influenza viruses in chickens. J Virol 78: 9954-9964
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 149
Hulse-Post DJ, Sturm-Ramirez KM, Humberd J, Seiler P, Govorkova EA, Krauss S, Scholtissek C, Puthavathana P, Buranathai C, Nguyen TD, Long HT, Naipospos TSP, Chen H, Ellis TM, Guan Y, Peiris JSM, Webster RG.. 2005. Role of domestic ducks in the propagation and biological evolution of highly pathogenic H5N1 influenza viruses in Asia. Proc Natl Acad Sci USA 102: 10682-10687
Ibrecevich A, Pekosz A, Walter MJ, Newby C, Battaile JT, Brown
EG, Holtzman MJ, Brody SL. 2006. Influenza virus receptor specificity and cell tropism in mouse and human airway epithelial cells. J Virol 80: 7469-7480
[ICTV] International Commite on Taxonomy of Viruses. 2006.
http://www.ncbi.nlm.nih. /ICTVdb/ . [14 April 2006].
MR, Donatelli I, Kida H, Paulson JC, Webster RG, Kawaoka Y. 1998. Molecular basis for the generation in pigs of influenza A viruses with pandemic potential. J Virol 72: 7367-7373
Ito T, Suzuki Y, Takada A, Kawamoto A, Otsuki K, Masuda H,
Yamada M, Suzuki T, Kida H, Kawaoka Y. 1997. Differences in sialic acid-galactose linkages in the chiken egg amnion and allantois influence human influenza virus receptor specificity and variant selection. J Virol 71: 3357-3362
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 150
Jia D, Rahbar R, Chan RWY, Lee SMY, Chan MCW, Wang BX,
Baker DP, Sun B, Peiris JSM, Nicholls JM, Fish EN. 2010.
Influenza Virus Non-Structural Protein 1 (NS1) Disrupts
Interferon Signaling. Plos.One 5(11): e13927
Jin H, Lesser GP, Lamb RA. 1994. The influenza virus
hemagglutinin cytoplasmic tail is not essential for virus assembly or infectivity. EMBO J 13: 5504-5515
Jin H, Lesser G, Lamb RA. 1997. Influenza virus hemagglutinin
and neuraminidase cytoplasmic tails control particle shape. EMBO J 16: 1236-1247
Jong de JC, Beyer WE, Palache AM, Rimmelzwaan GF,
Osterhaus AD. 2000. Mismatch between the 1997/1998 influenza vaccine and the major epidemic A (H3N2) virus strain as the cause of an inadequate vaccine-induced antibody response to this strain in the elderly. J Med Virol 61: 94-99
Jong de MD, Tran TT, Truong HK, Vo MH, Smith GJ, Nguyen VC,
Bach VC, Phan TQ, Do QH, Guan Y, Peiris JS, Tran TH, Farrar J. 2005. Oseltamivir resistance during treatment of influenza A (H5N1) infection. N Eng J Med 353 (25): 2667-72
Jung TE, George G. Brownlee GG. 2006. A new promoter-binding
site in the PB1 subunit of the influenza A virus polymerase. J Gen Virol 87(3): 679-688
Kalthoff D, Globig A, Beer M. 2010. (Highly pathogenic) avian
influenza as a zoonotic agent. Veterinary Microbiology 140 : 237–245
Kandun I N, Wibisono H, Sedyaningsih ER, Yusharmen,
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 151
SD, Samaan G, Silitonga M, Chan KH, Poon LLM, Lim W, Klimov A, Lindstrom S, Guan Y, Donis R, Katz J, Cox N, Peiris M, Uyeki TM. 2006. Three Indonesian clusters of H5N1 virus infection in 2005. N Engl J Med 355: 2186-2194
Kanegae Y, Sugita S, Endo A, Ishida M, Senya S, Osaka K,
Nerome K. & Oya A. 1990. Evolutionary pattern of the haemagglutinin gene of in¯uenza B viruses isolated in Japan : cocirculating lineages in the same epidemic season. J Virol 64: 2860-2865
Keawcharoen J, Amonsin A, Oraveerakul K, Wattanodorn S,
Papravasit T, Karnda S, Lekakul K, Pattanarangsan R, Noppornpanth S, Fouchier RA, Osterhaus AD, Payungporn S, Theamboonlers A, Poovorawan Y. 2005. Characterization of the hemagglutinin and neuraminidase genes of recent influenza virus isolates from different avian species in Thailand. Acta Virol. 49(4):277-80
Khawaja JZ, Naeem K, Ahmed Z, Ahmad S. 2005. Surveillance of
avian influenza Viruses in wild birds in areas adjacent to epicenter of an out break in Federal Capital Territory of Pakistan. Int J Poultry Sci 4: 39-43
Kim JA, Ryu SY, Seo SH. 2005. Cells in the respiratory and intestinal tracts of chicken have different proportions of both human and avian influenza virus receptors. J Microbiol 43: 366-369
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 152
Kobasa D, Wells K, Kawaoka Y. 2001. Amino acids responsible for the absolute sialidase activity of the influenza A virus neuraminidase: relationship to growth in the duck intestine. J Virol 75: 11773-11780
Kuiken T, Holmes EC, McCauley J, Rimmelzwaan GF. Williams
CS, Grenfell BT. 2006. Host species barriers to influenza virus infections. Science 312: 394-397
Kumar S, Tamura K, Nei M. 2004. MEGA 3: Integrated software
for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment. Briefings in Bioinformatics 5: 150-163
Lamb R. 1989. Genes and Protein of The Influenza Viruses. In :
The Influenza Viruses. Krug RM New York. Plenum Press 1-67.
Lamb RA & RM Krug. 2001. Orthomyxoviridae: the viruses and
their replication. In: Fields Virology. Knipe DM & PM Howley (Eds). Philadelphia: Lippincott Williams and Wilkins
Lavner Y, Kotlar D. 2005. Codon bias is a factor in regulating
expression via translation efficiency in the human genome. Tel-Hai Academic College. http://www.iscb.org/ismb/ [27 Mei 2006]
Lee MS, Chang PC, Shien JH, Cheng MC, Shieh HK. 2001.
Identification and subtyping of avian influenza viruses by reverse trascription-PCR. J Virol Methods 97: 13-27
Lee DCW, Cheung CY, Law AHY, Mok CKP, Peiris M, Lau ASY.
2005. p38 mitogen-activated protein kinase-dependent hyperinduction of TNFα expression inresponse to avian influenza virus H5N1. J Virol 79: 10147-10154
Leung FC. 2007. Avian H5N1 is still an animal virus. Di dalam:
Zhou J & Yan H, editor. The 15th World Veterinary Poultry Congress Abstract Book. Beijing 11-14 September 2007: 42-52
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 153
Li J, Li Y, Hu Y, Chang G, Sun W, Yang Y. 2011. PB1-mediated virulence attenuation of H5N1 influenza virus in mice is associated with PB2. J Gen Virol 92: 1435–1444
Li KS, Y. Guan, J.Wang, GJ. Smith, KM. Xu, L. Duan, AP.
Rahardjo, P. Puthavathana, C. Buranathai, TD. Nguyen, AT. Estoepangestie, A. Chaisingh, P. Auewarakul, HT.Long, NT.Hanh, RJ. Webby, LL. Poon, H. Chen, KF.Shortridge, KY.Yuen, RG.Webster, JS. Peiris. 2004. Genesis of a highly pathogenic and potentially pandemic H5N1 influenza virus in eastern Asia. Nature 430:209-213
Li KS, Xu KM, Peiris JSM, Poon LLM, Yu KZ, Yuen KY,
Shortridge KF, Webster RG, Guan Y. 2003. Characterization of H9 subtype influenza viruses from the ducks of Southern China: a candidat for the next influenza pandemic in humans? J Virol 77: 6988-6994
Li Z, H. Chen, P. Jiao, G. Deng, G. Tian, Y. Li, R. Hoffmann, RG.
Webster, Y. Matsuoka, dan K. Yu. 2005. Molecular basis of replication of duck H5N1 influenza viruses in a mammalian mouse model. J Virol 79: 12058-12064
Li Z, Jiang Y, Jiao P, Wang A, Zhao F, Tian G, Wang X, Yu K, Bu
Z, Chen H. 2006. The NS1 Gene Contributes to the Virulence of H5N1 Avian Influenza Viruses. J. Virol 22 : 11115 – 11123
Li ML, Rao P, and Krug RM. 2001. The active sites of the
influenza cap-dependent endonuclease are on different polymerase subunits. EMBO J. 20(8): 2078–2086
Lindstrom SE, Hiromoto Y, Nishimura H, Saito T, Nerome R &
Nerome K. 1999. Comparative analysis of evolutionary mechanisms of the hemagglutinin and three internal protein genes of in¯uenza B virus : multiple cocirculating lineages and frequent reassortment of the NP, M and NS genes. J Virology 73: 4413-4426.
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 154
Lipatov AS, Andreansky S, Webby RJ, Hulse DJ, Rehg JE, Krauss S, Perez DR, Doherty PC, Webster RG, Sangster MY. 2005. Pathogenesis of Hongkong H5N1 Influenza Virus NS Gene Reassortants in Mice: The Role of Cytokines and B- and T- Cell Responses. J Gen Virol 86 : 1121-1130
Liu JP. 2005. Avian Influenza-A Pandemic Waiting to Happen?. J
Microbiol Immunol Infect. 39:4-10. Liu M, Guan Y, Peiris M, He S, Webby RJ, Perez D, Webster RG.
2003. The quest of influenza A virus for new host. Avian Dis 47: 849-856
Lu B, Zhou H, Ye D, Kemble G, Jin H. 2005. Improvement of
influenza A/Fujian/411/02 (H3N2) virus growth in embrionated chicken eggs by balancing the hemagglutinin and neuraminidase activities, using reverse genetics. J Virol 79: 6763-6771
Luo G, Chung J & Palese P. 1993. Alterations of the stalk of the
influenza virus neuraminidase: deletions and insertions. Virus Res. 29: 141-153
Nguyen DC, Szretter KJ, Chen LM, Thawatsupha P, Chittaganpitch M, Waicharoen S, Nguyen DT, Nguyen T, Nguyen HHT, Kim JH, Hoang LT, Kang C, Phuong LS, Lim W, Zaki S, Donis RO, Cox NJ, Katz JM, Tumpey TM. 2005. Avian influenza (H5N1) viruses isolated from human in Asia 2004 exhibit increased virulence in mammals. J Virol 79: 11788-11800
Matrosovich M, Zhou N, kawaoka Y & Webster R. 1999. The
surface glycoprotein of H5 influenza viruses isolated from human, chickens and wild aquatic birds have distinguishable properties. J. Virol. 73: 1146-115
Matrosovich MN, Tuzikov A, Bovin N, Gambaryan A, Klimov A,
Castrucci MR, Donatelli I, Kawaoka Y. 2000. Early alteration of the receptor-binding properties of H1, H2 and H3 avian
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 155
influenza virus hemagglutinins after their introduction into mammals. J Virol 74: 8502-8512
Min JY, Krug RM. 2006. The primary function of RNA binding by
the influenza A virus NS1 protein in infected cells: inhibiting the 2‟-5‟ oligo (A) synthetase/RNase L pathway. Proc Natl Acad Sci USA 103: 7100-7105
hemagglutinin glycosylation on influenza virus susceptibility to neuraminidase inhibitors. J Virol 79: 12416-12424
Moscona A. 2005a. Neuraminidase inhibitors for Influenza. N Eng
J Med 353: 1363-1373 Moscona A. 2005b. Oseltamifir Resistance-Disabling Our
Influenza Defense. N Eng J Med 353: 25 Munch M, Nielsen LP, Handberg KJ, Jorgensen PH. 2001.
Detection and subtyping (H5 and H7) of avian type A influenza virus by reverse transcription-PCR and PCR-ELISA. Arch Virol 146: 87-97
Murakami M, Takae T, Masanoku O, Mayumi S, Miyoko A, Yuushi
O, Parry MAA, Kido H. 2001. Mini-plasmin found in the epithelial cells of bronchioles triggers infection by broad-spectrum influenza A viruses and Sendai virus. Eur J Biochem 268: 2847-2855
Murphy BR & Webster R. 1996. Orthomyxoviruses. In
FieldsVirology. 3rd ed. Edited by BN Fields, DM Knipe & PM Howley. Philadelphia : Lippincott-Raven.
Nakajima K, Nobusawa E, Tonegawa K, Nakajima S. 2003. Restriction of amino acid change in influenza A virus H3HA: comparison of amino acid changes observed in nature and in vitro. J Virol 77: 10088-10098
Nerome R, Hiromoto Y, Sugita S, Tanabe N, Ishida M, Matsumoto
M, Lindstrom SE, Takahashi T & Nerome K. 1998. Evolutionary characteristics of influenza B virus since its first
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 156
isolation in 1940: dynamic circulation of deletion and insertion mechanism. Arch Virol 143: 1569-1583.
Neumann G, Hughes MT, Kawaoka Y. 2000. Influenza A virus
NS2 protein mediates vRNP nuclear export through NES-independent interaction with hCRM1. EMBO J 19: 6751-6758
Nga NTB, Van LTH & Hoa LT. 2011. Characterization of the
neuraminidase (NA) polypeptide of the avian influenza virus A/H5N1 strains in poultry collected during 2004 - 2009 in Vietnam. J Biotechnol 9(1): 47-54
OIE Office international des Epizooties. 2004. Manual of diagnostic test and vaccines for terrestrial animal. Avian
Influenza. 5th Edition. http://www.oie.int/ 21 Oktober 2006
OIE Office international des Epizooties. 2005. Update on avian influenza viruses, including highly pathogenic H5N1 from poultry in live bird market in Hanoi, Vietnam in 2001. J Virol 79: 4201-4212
Olsen B, Munster VJ, Wallensten A, Waldenstrom J, Osterhaus
ADME, Fouchier RAM. 2006. Global patterns of influenza A virus in wild birds. Science 312: 384-388
Ozawa M, Fujii K, Muramoto Y, Yamada S, Yamayoshi S, Takada
A, Goto H, Horimoto T, Kawaoka Y. 2007. Contributions of two nuclear localization signals of influenza A virus nucleoprotein to viral replication. J Virol 81:30-41
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 157
Re-Emergence of Fatal Human Influenza A Subtype H5N1 Disease. Lancet 363:617-619.
Pena L, Vincent AL, Loving CL, Henningson JN, Lager KM, Li W,
Perez DR. 2012. Strain-dependent Effects of PB1-F2 of Triple Reassortant H3N2 Influenza Viruses in Swine. J Gen Virol
Perez DR, lim W, Seiler JP, Yi G, Peiris M, Shortridge KF,
Webster RG. 2003. Role of quail in the interspecies transmission of H9 influenza A viruses: molecular changes on HA that correspond to adaptation from ducks to chickens. J. Virol. 77: 3148-3156
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 158
Rao P, Yuan W, Krug RM. 2003. Crucial role of CA cleavage sites
in the cap-snatching mechanism for initiating viral mRNA synthesis. EMBO J 22: 1188-1198
Reina J, Fernandez-Baca V, Blanco I, Munar M. 1997.
Comparison of Madin-Darby Kidney Cells (MDCK) with a Green Monkey Continuous Cell Line (Vero) and Human Lung Embryonated Cells (MRC-5) in isolation of influenza A virus fron nasopharyngeal aspirates by shell vial culture. J Clin Microbiol 35: 1900-1901
Roberts PC, Compans RW. 1998. Host cell dependence of viral
morphology. Proc Natl Acad Sci USA 95: 5746-5751 Rota PA, Wallis TR, Harmon MW, Rota JS, Kendal AP & Nerome
K. 1990. Cocirculation of two distinct evolutionary lineages of in¯uenza type B virus since 1983. Virology 175: 59-68.
Rota PA, Hemphill ML, Whistler T, Regnery HL. & Kendal A P.
1992. Antigenic and genetic characterization of the haemagglutinins of recent cocirculating strains of in¯uenza B virus. J Gen Virol 73: 2737-2742.
Rowe T, Cho DS, Bright RA, Zitzow LA, Katz JM. 2003.
Neurological manifestations of avian influenza viruses in mammals. Avian Dis 47:1122-1126.
Ruigrok RWH, Barge A, Durrer P, Brunner J, Ma K, Whittaker GR.
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 160
but not cell tropism, of Hong Kong H5N1 influenza A viruses in mice. Virology 320:258-266
Salomon R, Franks J, Govorkova EA, Ilyushina NA, Yen HL, Hulse-Post D J, Humberd J, Trichet M, Rehg JE & other authors. 2006. The polymerase complex genes contribute to the high virulence of the human H5N1 influenza virus isolate A/Vietnam/1203/04. J Exp Med 203: 689–697.
Solorzano A, Webby RJ, Lager KM, Janke BH, Garcia-Sastre A,
Richt JA. 2005. Mutation in the NS1 protein of swine influenza virus impair anti-interferon activity and confer attenuation in pigs. J Virol 79: 7535-7543
Songserm T, Jam-on R, Sae-Heng N, Meemak N, Hulse-Post DJ,
Sturm-Ramirez KM, Webster RG. 2006. Domestic ducks and H5N1 influenza epidemic, Thailand. Emerg Infec Dis 12: 575-581
Smith GDJ, Lapedes AS, Jong JC de, Bastebroer TM,
Rimmelzwaan GF, Osterhaus ADME, Fouchier RAM. 2004. Mapping the antigenic and genetic evolution of influenza virus. Science 305: 371-375
Smith GDJ, Naipospos TSP, Nguyen TD, Jong MD je, Vijaikrishna
D, Usman TB, Hassan SS, Nguyen TV, Dao TV, Bui NA, Leung YILC, Cheung CL, Rayner JM, Zhang JX, Zhang LJ, Poon LLM, Li KS, Nguyen VC, Hien TT, Farrar J, Webster RG, Chen H, Peiris JSM, Guan Y. 2006. Evolution and adaptation of H5N1 influenza virus in avian and human hosts in Indonesia and Vietnam. Virology 350: 258-268
Steel J, Lowen AC, Mubareka S & Palese P. 2009. Transmission
of Influenza Virus in a Mammalian Host Is Increased by PB2
Amino Acids 627K or 627E/701N. PLoS Pathog 5(1):
e1000252
Steinhaueur DA. 1999. Role of hemagglutinin cleavage for the
pathogenicity of influenza virus. Virology 258: 1-20
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 161
Stevens J, Blixt O, Tumpey TM, Taubenberger JK, Paulson JC,
Wilson IA. 2006. Structure and receptor specificity of the hemagglutinin from an H5N1 influenza virus. Science 312: 404-410
Sturm-Ramirez KM, Ellis T, Bousfield B, Bissett L, Dyrting K,
Rehg JE, Poon L, Guan Y, Peiris M, Webster RG. 2004. Reemerging H5N1 influenza viruses in Hong Kong in 2002 are highly pathogenic to ducks. J Virol 78: 4892-4901
Sturm-Ramirez KM, Hulse-Post DJ, Govorkova EA, Humberd J,
Seiler P, Puthuvanthana P, Burunathai C, Nguyen TD, Chaisingh A, Long HT, Naipospos TSP, Chen H, Ellis TM, Guan Y, Peiris JSM, Webster RG. 2005. Are ducks contributing to the endemicity of highly pathogenic H5N1 influenza virus in Asia? J Virol 79: 11269-11279
Stray SJ, Cummings RD, Air GM. 2000. Influenza virus infection
of desialylated cells. Glycobiology 10: 649-658 Susanti R. 2009. Pertumbuhan dan distribusi virus AI subtipe
H5N1 isolat unggas air pada Telur ayam berembrio. Laporan penelitian. Universitas Negeri Semarang
Susanti R. 2012a. Karakterisasi molekuler virus avian influenza
subtipe H5N1 asal manusia dan hewan di Indonesia. Laporan Penelitian. Semarang: Universitas Negeri Semarang
Susanti R. 2012b. Karakterisasi molekuler gen NA virus avian
influenza subtipe H5N1 di Indonesia. Prosiding Seminar Nasional MIPA. Semarang: 15 Desember 2012
Suhartono MT. 2008b. Isolasi dan identifikasi virus avian influenza subtipe H5N1 pada unggas air sehat di peternakan skala rumah tangga di Jawa Barat. Media Kedokteran Hewan 24(3): 139-146
Suhartono MT. 2008c. Identification of pathogenecity of avian influenza virus subtype H5N1 from waterfowls base on amino acid sequence of cleavage site. Indonesian J Biotech 13 (2): 1069-1077
Susanti R, Soejoedono RD, Mahardika IGNK, Wibawan IWT & Suhartono MT. 2008d. Filogenetik dan struktur antigenik virus avian influenza subtipe H5N1 isolat unggas air. Jurnal Veteriner 9 (3): 99-106
Suzuki Y, Ito T, Suzuki T, Holland RE, Chambers TM, Kiso M,
Ishida H, Kawaoka Y. 2000. Sialic acid species as a determinant of the host range of influenza A viruses. J Virol 74: 11825-11831
Suzuki Y, Nei M. 2002. Origin and evolution of influenza virus
hemagglutinin genes. Mol Biol Evol 19: 501-509 Swayne DE. 2007. Changing face of avian influenza acology and
its control: from wild birds to poultry and back again. Di dalam: Zhou J & Yan H, editor. The 15th World Veterinary Poultry Congress Abstract Book. Beijing 11-14 September 2007: 98-104
Swayne De, Suarez DL. 2003. Biology of avian influenza
especially the change of low pathogenicity virus to high pathogenicity. Proc Latin Amarican Poultry congress. 7 Oktober 2003. http://www.ars.usda.gov/research/publications/publications.html/ [23 Maret 2006]
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 163
Induction of neutralising antibodies by virus-like particles harbouring surface protein from highy pathogenic H5N1 and H7N1 influenza viruses. Virology 3: 1-7
Talon J, Horvath CM, Polley R, Basler CF, Muster T, Palese P,
Garcia-Sastre A. 2000. Activation of interferon regulatory factor 3 is inhibited by the influenza A Virus NS1 protein. J Virol 74: 7989-7996
Taubenberger JK, Reid AH, Lourens RM, Wang R, Jin G, Fanning
TG. 2005. Characterization of the 1918 influenza virus polymerase genes. Nature 437: 889-893
Terregino C, Toffan A, Beato MS, De Nardi R, Drago A, Capua I.
2007. Conventional H5N9 vaccine supresses shedding in specific-pathogen-free birds challenged with HPAI H5N1 A/Chicken/Yamaguchi/7/2004. Avian Dis 51: 495-497
The Writing Committee of the World Health Organization (WHO)
Consultation of Human Inflenza A/H5. 2005. Avian influenza A (H5N1) infection in humans. N Engl J Med 353: 1374-1384
Thomas PG, Keating R, Hulse-Post DJ, Doherty PC. 2006. Cell-
mediated protection in influenza infection. Emerg Infect Dis 12: 48-53
Infection of human airway epithelium by human and avian strains of influenza A virus. J Virol 80: 8060-8068
Triyana SY, Asmara W, Wibawa T. 2010. Analisis Molekuler Gen
NS1 Virus Avian Influenza H5N1 yang Diisolasi dari Unggas Asal Purworejo Jawa Tengah dan Bantul Daerah Istimewa Yogyakarta. Biomedika 2(2): 81-91
Tumpey TM, Suarez DL, Perkins LEL, Senne DA, Lee J, Lee YJ,
Mo IP, Sung HW, Swayne DE. 2002. Characterization of a highly pathogenic H5N1 avian influenza A virus isolated from duck meat. J Virol 76: 6344-6355
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 164
Vines A, Wells K, Matrosovich M, Castrucci MR, Ito T, Kawaoka
Y. 1998. The role of influenza A virus hemagglutinin residues 226 and 228 in receptor specificity and host range restriction. J Virol 72: 7626-7631
Viseshakul N, Thanawongnuwech R, Amonsin A, Suradhat S,
Payungporn S, Keawchareon J, Oraveerakul K, Wongyanin P, Plitkul S, Theamboonlers A, Poovorawan Y. 2004. The Genome Sequence Analysis of H5N1 Avian Influenza A Virus Isolated from the Outbreak Amog Poultry Populations in Thailand. Virology 328 : 169-176
Osterhaus AD, Rimmelzwaan GF. 2000. Antigenic drift in the influenza A virus (H3N2) nucleoprotein and escape from recognition by cytotoxic T lymphocytes. J Virol 74: 6800-6807
Vreede FT, Jung TE, Brownlee GG. 2004. Model suggesting that
replication of influenza virus is regulated by stabilization of replicative intermediates. J Virol 78: 9568-9572
Wagner R, Herwig A, Azzouz N, Klenk HD. 2005. Acylation-
mediated membrane anchoring of avian influenza virus hemagglutinin is essential for fusion pore formation and virus infectivity. J Virol 79: 6449-6458
Walker JA, Molloy SS, Thomas G, Sakaguchi T, Yoshida T,
Chambers TM, Kawaoka Y. 1994. Sequence specificity of furin, a proprotein-processing endoprotease for the hemagglutinin of a virulent avian influenza virus. J Virol 68: 1213-1218
Ward P, Small I, Smith J, Suter P, Dutkowski R. 2005. Oseltamivir
(Tamiflu) and its potential for use in the event of an influenza pandemic. J Antimicrob Chemother: 55
Weaver T. 2005. Avian influenza surveys in waterfowl part I: The
role of wild and domestic waterfowl in avian influenza
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 165
outbreaks in domestic poultry. NAHSS Outlook. February 2005. www.aphis.usda.gov/ [14 Juni 2005]
Webster RG. 2001. Science‟s compass: enhanced perspectives a
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 166
[WHO] World Health Organization Global Influenza Program
Surveilance Network. 2005b. Evolution of H5N1 avian influenza viruses in Asia. Emerg Infect Dis. 11:1515-1521
[WHO] World Health Organization. 2007. WHO interim protocol :
rapid operations to contain the initial emergence of pandemic influenza. http://www.who.int/ [October 2007]
[WHO] World Health Organization. 2008. Writing committee of
the second WHO consultation on clinical aspects of human infection with avian influenza A (H5N1) virus. Update on avian influenza A (H5N1) virus infection in Humans. N Eng J Med 358: 261-273
[WHO] World Health Organization. 2012. Cumulative number of
confirmed human cases of avian influenza A/(H5N1). http://www. who.int/. [24 Januari 2012]
[WHO] World Health Organization, OIE, FAO. 2005. Measures to
stop the spread of highly pathogenic bird flu as its source. http://www.ibdoc.who.int/ (12 September 2007)
Wu G, Freeland S. 2005. Quantifying unequal patterns of
synonymous codon usage. The CAI calculator. http://www.evolvingcode.net/codon/faq/CAI/ [ 10 Februari 2007]
Wu WWH, Sun YHB, Pante N. 2007. Nuclear import of influenza
A viral ribonucleoprotein complexes is mediated by two nuclear localization sequences on viral nucleoprotein. Virology 4: 49-50
Xing Z, Cardona CJ, Adams S, Sundaram NS. 2007.
Susceptibility and cytokine profiling of duck peripheral blood monocytic cells to low pathogenicity avian influenza virus H9N2. Di dalam: Zhou J & Yan H, editor. The 15th World Veterinary Poultry Congress Abstract Book. Beijing 11-14 September 2007: 132
KF, Cheung PT, To WK, Ho ET, Sung R, Cheng AF. 1998. Clinical Features and Rapid Viral Diagnosis of Human Disease Associated with Avian Influenza A H5N1 Virus. Lancet. 351:467-471.
Zamarin D, Ortigoza MB, Palese P. 2006. Influenza A virus PB1-
F2 protein contributes to viral pathogenesis in mice. J Virol 80: 7976-7983
Zhang J, Pekosz A, Lamb RA. 2000. Influenza virus assembly
and lipid raft microdomains: a role for the cytoplasmic tails of the spike glycoproteins. J Virol 71: 4634-4644
Zhang C, Yang Y, Zhou X, Liu X, Song H, He Y, Huang P. 2010.
Highly pathogenic avian influenza A virus H5N1NS1 protein induces caspase-dependent apoptosis in human alveolar basal epithelial cells. Virology J 7: 51-56
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 168
Zhirnov OP, Ikizler MR, Wright PF. 2002. Cleavage of influenza A virus hemagglutinin in human respiratory epithelium is cell associated and sensitive to exogenous antiproteases. J Virol 76: 8682-8689
Zhou JY, Shen HG, Chen HX, Tong GZ, Liao M, Yang HC, Liu
JX. 2006. Characterization of a highly pathogenic H5N1 influenza virus derived from bar-headed geese in China. J Gen Virol 87: 1823-1833
Zhou NN, Shortridge KF, Claas ECJ, Krauss SL, and Webster
RG. 1999. Rapid evolution of H5N1 influenza viruses in chickens in Hong Kong. J Virol 73: 3366-3374
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 169
GLOSARIUM
Aglutinasi : Peristiwa penggumpalan suatu sel/protein. Aglutinin adalah senyawa yang menyebabkan penggumpalan sel/protein. Contohnya adalah penggumpalan sel darah merah oleh hemaglitinin dari glikoprotein virus influenza
Alignment : pensejajaran atau penjejeran sekuens DNA, RNA, atau protein berdasarkan homologi sekuens tersebut dengan tujuan untuk mengidentifikasi sekuens yang memiliki kesamaan serta menganalisis persamaan sekuens tersebut yang nantinya dikaitkan dengan analisis fenetik, evlousi dan lain sebagainya.
Antibodi : glikoprotein yang tersusun dari protein dan dibentuk tubuh sebagai respon terhadap benda asing (antigen)
Antigenik : suatu molekul yangmampu merangsang respon imun, terutama dalam menghasilkan antibodi
Asam amino basa
: asam amino yang bersifat basa berdasarkan rantai samping yang dimiliki. Termasuk asam amino basa adalah arginin, histidin dan lisin
Avian influenza : penyakit flu pada unggas yang disebabkan oleh virus influenza
BSL (Biosafety lavel)
: tingkatan keamanan laboratorium. Setiap laboratorium memiliki tingkat keamanan pada pekerja lab sesuai tingkat penularan organisme yang ditangani di lab tersebut,
Budding : keluarnya virion-virion hasil repliklasi virus, keluar sel hospes Cairan alantois : cairan yang terdapat pada ruang alantois. Ruang alantois
adalah salah satu ruang pada perkembangan embrio ayam (dalam telur)
Clade ; Suatu kelompok taksonomi biologi atau spesies yang memiliki fitur yang berasal dari nenek moyangnya
Cleavage site : daerah pemotongan pada protein hemaglutinin. Pemotongan dilakukan pada saat virus akn masuk sel hospes, sehingga protein HA terpotong oleh enzim protease menjadi HA1 dan HA2
Dinamika molekuler
: perubahan dari waktu ke waktu dari suatu komponen terkecil/molekuler (gen, protein) suatu organisme
Endemis/endemik
: suatu keadaan dimana penyakit secara menetap berada dalam masyarakat pada suatu tempat / populasi tertentu.
Endositosis : transpor makromolekul dan materi yang sangat kecil ke dalam sel dengan cara membentuk vesikula baru dari membran plasmaproses masuknya suatu molekul/antigen ke dalam sel
Epidemik : mewabahnya penyakit dalam komunitas/daerah tertentu dalam jumlah biasa atau melebihi jumlah normal
Epidemiologi : ilmu yang mempelajari pola kesehatan dan penyakit serta fakor yang terkait di tingkat populasi
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 170
Fatalitas : tingkat kematian Fecal-oral : jalur masuknya agen penyakit melalui oral/mulut, dan sumber
penularan ke individu lain melalui feses/kotoran hewan yang terinfeksi agen penyakit
Filogenetik : studi yang membahas tentang hubungan kekerabatan antar berbagai macam organisme melalui analisis molekuler dan morfologi.
Fenotip suatu karakteristik (baik struktural, biokimiawi, fisiologis, dan perilaku) yang dapat diamati dari suatu organisme yang diatur oleh genotipe dan lingkungan serta interaksi keduanya.
Flu burung : penyakit flu pada unggas yang disebabkan oleh virus influenza.
Fragmen gen : potongan/penggalan gen. Gejala klinis : gejala yang teramati secara klinis Genom : keseluruhan material genetik pada suatu individu Genotipe : tipe gen yaitu istilah yang dipakai untuk menyatakan keadaan
genetik dari suatu individu atau sekumpulan individu (populasi.) Keadaan genetik dapat ditinjau dari suatu lokus maupun genom.
Glikoprotein : molekul yang tersusun dari protein dan karbohidrat. Komponen protein lebih dominan dibanding karbohidrat. Kalau proteoglikan, komponen karbohidrat lebih dominan dibanding protein)
Global : secara umum dan keseluruhan; secara bulat; secara garis besar, mendunia
Hemaglutinin (HA)
: Suatu glikoprotein yang bersifat mampu mengaglutinasi sel darah merah. Dimiliki oleh beberapa virus yaitu virus influenza, New Castle, rabies
Hanyutan antigenik
: Perubahan/mutasi gen dan atau protein secara alami sehingga tidak dikenal lagi oleh sistem imun/antibodi hospes
Hospes : organisme yang menunjang (tempat hidup) parasit/agen penyakit dan berakibat merugikan/tidak bagi hospes tersebut
Inokulasi : memasukkan/menumbuhkan suatu inokulum (biasanya virus/bakteri) ke medium/hospes
Introduksi : Masuknya suatu jenis hewan/ tumbuhan ke dalam satu habitat yang baru. Dalam hubungannya dengan penyakit, intruduksi berarti masuknya agen penyakit (virus/bakteri/prasit) (jenis baru) ke suatu wilayah yang sebelumnya tidak ada virus tersebut melalui transportasi manusia atau alamiah
In ovo : pertumbuhan suatu makhluk hidup dalam telur In vitro : pertumbuhan suatu makhluk hidup diluar tubuh makhluk hidup Isolasi : mengambil dan memisahkan sesuatu dari komponen lainnya.
Misalnya isolasi DNA, berarti mengambil DNA dengan cara
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 171
memisahkannya dari komponen-komponen lain Isolat : suatu agen penyakit yang diisolasi dari daerah tertentu/hospes
tertentu dan diidentifikasi di laboratorium dengan diberi nama sesuai database di lab tersebut
Karakter fenotip : sifat yang terlihat berdasarkan fenotipnya Karakter genotip : sifat yang terlihat berdasarkan genotipnya Klaster : kumpulan, kelompok, himpunan, atau gabungan obyek
tertentu yang memiliki keserupaan atau atas dasar karakteristik tertentu.
Kloaka : lubang posterior yang berfungsi sebagai satu-satunya lubang untuk saluran pencernaan, urin, dan (umumnya) genital pada spesies hewan tertentu (burung, reptilia, dan amfibi)
Kodon : deret nukleotida pada mRNA yang terdiri atas kombinasi tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatuasam amino tertentu
sehingga sering disebut sebagai kodon triplet.
Konserv : stabil, tidak berubah, dipertahankan untuk tidak berubah Lompatan antigenk (antigenic shift)
: Suatu proses dimana 2 atau lebih strain/subtipe berkombinasi membentuk subtipe/strain baru
Microplate : suatu tempat untuk reaksi kimiawi berkapasitas mikro/ kecil (1 set biasanya berisi 96 sumuran)
Mixing vesel : kompartemen sel tempat bercampurnya genom-genom dari berbagai subtipe virus influenza, sehingga memungkinkan terjadinya pertukaran segmen-segmen genom
Mutasi : Suatu kondisi yang berubah dari kondisi normalnya. Biasanya selalu dihubungkan dengan bahan genetik (DNA maupun RNA), baik pada taraf urutan gen (disebut mutasi titik) maupun pada taraf kromosom.
Nukleotida : monomer penyusun RNA, DNA, dan beberapa kofaktor, seperti CoA, FAD, FMN, NAD, dan NADP. Nukleotida tersusun dari gugus basa nitrogen (purin atau pirimidin), gula ribosa/deoksiribosa, dan satu atau lebih gugus fosfat..
Neuraminidase (NA)
: Suatu glikoprotein permukaan membran virus influenza, yang struktur dan komponennya bervariasi, sehingga NA dijadikan sebagai salah satu faktor penentu subtipe virus ini.
Pandemi : wabah yang terjadi secara global di seluruh dunia, akibat kemampuan suatu agen penyakit menular dari manusia ke manusia lain
Pandemik Epidemik yang terjadi dalam daerah yang sangat luas dan mencakup populasi yang banyak di berbagai daerah/negara di dunia
Patogen atau "penyebab penderitaan", adalah agen biologisyang
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 172
menyebabkan penyakit pada inang/hospes Patogenik : suatu sifat dari suatu agen penyakit (bakteri, virus, parasit)
yang menimbulkan kerusakan (patogen) Patogenesitas : daya /kemampuan suatu agent penyakit untuk menghasilkan
penyakit dengan gejala klinik yang jelas. merusak atau menimbulkan penyakit pada hospes
Patogen intraseluler
: Patogen yang hidupnya di dalam sel hospes
Prevalensi : jumlah keseluruhan kasus penyakit yg terjadi pd suatu waktu tertentu di suatu wilayah atau tingkat kejadian penyakit di wilayah tertentu dan pada waktu tertentu
Reasorsi : pertukaran segmen gen virus influenza subtipe tertentu dengan segmen gen subtipe virus lainnya
Replikasi : perbanyakan, penggandaan, pembelahan Reseptor : suatu molekul (biasanya) protein yang menerima sinyal kimia
dari luar sel yang mengarahkan kegiatan sel sepertimembelah atau mengizinkan molekul tertentu untuk masuk atau keluar sel. Molekul pemberi sinyal yang melekat pada suatu reseptor disebut ligan, yang dapat berupa suatu peptida atau molekul kecil lain seperti neurotransmiter, hormon, obat, atau toksin.
Reservoir : Sesuatu (orang, hewan, tanaman atau substansi) dimana agen infeksius/penyebab penyakit dapat hidup secara normal dan berkembang biak
Resistensi : (1) sistem dalam organisme yang memberikan ketahanan terhadap penyakit/hama atau (2) daya tahan suatu mikroorganisme/organisme terhadap obat/antibiotik
Respon imun : respons tubuh berupa suatu urutan kejadian yang kompleks terhadap antigen, untuk mengeliminasi antigen tersebut
Respon imun bawaan
: Respon yang dilakukan oleh sistem kekebalan tubuh bawaan/alami (sudah ada sejak mahkluk hidup tersebut lahir), seperti neutrofil, sel NK, interferon, makrofag, dll
Respon imun adaptif
: Respon yang dilakukan oleh sistem kekebalan adaptif (hanya dibentuk jika terpapar), seperti antibodi dan sel T
Sekuen : urutan Seroprevalensi : prevalensi (tingkat kejadian) berdasarkan data serologis Sporadis : penyebaran penyakit di suatu daerah yg tidak merata (hanya
di di beberapa tempat ) tidak secara bersamaan waktunya Strain : Variasi spesifik suatu hewan/organisme/tumbuhan dalam satu
spesies Subklinis : (1) secara klinis tidak menunjukkan gejala penyakit (2) tanpa
tanda-tanda atau gejala klinis, kadang-kadang digunakan untuk menggambarkan tahap awal dari suatu penyakit atau kondisi, sebelum gejala terdeteksi oleh pemeriksaan klinis
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 173
atau tes laboratorium. Substitusi sinonim
: substitusi berarti penggantian. Substitusi sinonim adalah substitusi/penggantian/perubahan pada nukleotida yang tidak menyebabkan perubahan asam amino.
Substitusi non sinonim
: substitusi pada nukleotida yang diikuti perubahan asam amino yang disandinya
TAB : telur ayam berembrio. Adalah telur ayam yang mengandung embrio (karena dibuat oleh induk ayam betina yang dibuahi oleh ayam pejantan)
Transmisi : perantara penularan suatu agen penyakit Unggas air : unggas yang habitat hidupnya di air (itik, angsa, entok, dll) Vaksin : antigen yang mengandung agen penyebab penyakit yang
dimatikan atau dilemahkan yang dimasukkan ke dalam tubuh untuk merangsang pembentukan kekebalan terhadap agen penyakit tersebut
Vaksinasi : Pemberian vaksin ke dalam tubuh seseorang untuk memberikan kekebalan terhadap penyakit tersebut
Virulensi : derajat /tingkat patogenitas suatu agen penyakit, diukur dari banyaknya organisme yang diperlukan untuk menimbulkan penyakit pada jangka waktu tertentu
Wabah : kejadian tersebarnya penyakit pada daerah yang luas dan pada banyak orang, maupun untuk menyebut penyakit yang menyebar tersebut
Zoonotik : Suatu sifat penyakit yang dapat ditularkan antara hewan dan manusia, seperti rabies, avian influenza, mad cow disease (bovine spongiform encephalopathyatau BSE).
146, Unggas air ................. 133, 137, Wabah ......................... 14, 140,
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 175
BIOGRAFI
Penulis dilahirkan di Sragen, 23 Maret 1969 dari ayah Sukardi Indriatmoko, BA (Alm) dan ibu Sumi. Penulis merupakan putri kedua dari tiga bersaudara. Penulis menempuh pendidikan dasar sampai menengah atas di kota Sragen, berturut-tururt di SDN Bener II (Desa Bener, Kecamatan Ngrampal, Kabupaten Sragen) lulus tahun 1982, SMPN 2 Sragen lulus tahun 1985, SMAN 1 Sragen lulus tahun 1988. Selepas SMA, tahun 1988 melanjutkan studi S1 (sarjana) di Fakultas Kedokteran Hewan (FKH) UGM dan mendapatkan gelar Sarjana Kedokteran Hewan (SKH) tahun 1992. Setelah mendapatkan gelar SKH langsung melanjutkan pendidikan profesi Dokter Hewan di FKH UGM juga, lulus tahun 1994 mendapatkan gelar Dokter Hewan (Drh). Pada tahun 1998 melanjutkan stusi S2 di program studi Sains Veteriner Program Pasca Sarjana UGM, lulus tahun 2000 dan mendapatkan gelar Magister Pertanian (MP). Tahun 2004 melanjutkan studi S3 di program studi Sains Veteriner Sekolah Pasca Sarjana IPB, lulus tahun 2008 dan mendapatkan gelar Doktor (Dr). Selama pendidikan S1 sampai S3 bidang penelitian yang ditekuni adalah bidang biokimia dan biologi molekuler. Sejak tahun 1997 sampai sekarang, sebagai dosen di Jurusan Biologi FMIPA Universitas Negeri Semarang, mengampu mata kuliah Biokimia, Imunologi, Enzimologi, Parasitologi, dan Kimia Organik.
Sejak tahun 1997 sampai sekarang telah melakukan penelitian 37 judul, diantaranya adalah (1) Aktivitas fagositosis dan aktivitas bakterisidal neutrofil terhadap Staphylococcus aureus isolat sapi di Jawa Tengah dengan teknik acridine orange fluorescence (2002), (2) Aspek intoksikasi 2,3,7,8 tetracholorodibenzo-p-dioxin(TCDD) terhadap aktivitas bakterisidal intrasel leukosit polimorfonuklear tikus putih (Rattus norvegicus)(2003), (3) Analisis gen ND3 dari DNA mitokondria dalam studi keragaman genetik burung gelatik Jawa (Padda oryzivora) di Pulau Jawa (2005-2006), (4) Keragaman sekuen gen ND3 dari DNA mitokondria burung famili Ploceidae endemik Pulau Jawa (2006), (5) Stimuli pematangan dini ovarium burung puyuh dengan interaksi fotoperiode dan gonadotrophin releasing hormon (GnRH) (2007), (6) Potensi kucing sebagai reservoir virus avian influenza H5N1 dan bahaya penularannya ke manusia: kajian molekuler dan dinamika virus (2007-2008), (7) Potensi
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 176
unggas air sebagai reservoir virus highly pathogenic avian influenza (HPAI) subtipe H5N1 dan peluang penularannya pada manusia (2008-2009), (8) pengembangan model sentra peternakan rakyat terpadu anti flu burung (2009), (9) Potensi Zat gizimikro seng terhadap respon imun seluler pada demam tifoid (2009), (10) Studi Aktivitas Imunostimulan Gel Lidah Buaya (Aloe vera) pada Infeksi Salmonella typhimurium (2010), (11) Indeks Patogenesita Virus Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) Subtipe H5N1 Isolat Unggas Air (2011), (12) Penurunan Kadar Glukosa Darah Tikus Putih Hiperglikemik Akibat Pemberian Ekstrak Etanol Biji Mahoni (2012), (13) Karakterisasi molekuler virus avian influenza subtipe H5N1 asal manusia dan hewan di Indonesia (2012).
Artikel yang telah dipublikasi dalam jurnal ada 33 judul, antara lain (1) Intoksikasi 2,3,7,8 tetracholodibenzo-p-dioxin (TCDD): I. Efek terhadap gambaran darah tikus putih (Rattus norvegicus) (2001), (2) Efek 2,3,7,8 tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) terhadap respon imun neutrofil dan limfosit tikus putih (Rattus norvegicus) (2001), (3) Intoksikasi 2,3,7,8 tatrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD): II. Efek terhadap histopatologis Hati, Ginjal dan Paru tikus putih (Rattus norvegicus) (2002), (4) Efek 2,3,7,8 tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) terhadap aktivitas metabolik neutrofil tikus putih (Rattus norvegicus) (2003), (5) Aktivitas fagositosis neutrofil terhadap Staphylococcus aureus isolat sapi di Jawa tengah dengan teknik acridine orange fluorescence (2003), (6) Peranan air buah mengkudu (Morinda citrifolia L) menurunkan kadar enzim AST dan ALT serum mencit (Mus musculus) yang di-treatment CCL4 (2004), (7) Respon imun seluler terhadap intoksikasi 2,3,7,8 tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) (2004), (8) Pengujian sifat resistensi Staphylococcus aureus terhadap aktivitas bakterisidal intrasel leukosit polimorfonuklear (2004), (9) Gen hormon pertumbuhan dan gen ornitin dekarboksilase sebagai kandidat dalam marker Assisted Selection (MAS) (2004), (10) Kegagalan sistem imun mengatasi infeksi human immunodeficiency virus (HIV) (2006), (11) Potensi unggas air sebagai reservoir virus high pathogenic avian influenza subtipe H5N1(2007), (12) Stimuli pematangan dini overium burung puyuh dengan interaksi fotoperiode dan gonadotropin releasing hormon (2008), (13) Filogenetik dan struktur antigenik virus avian influenza subtipe
Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya 177
H5N1 isolat Unggas Air (2008),(14) Analisis molekuler gen penyandi hemaglutinin Virus Highly Pathogenic Avian Influenza Subtipe H5N1 Isolat Unggas Air (2008), (15) Analisis Molekuler Gen Penyandi Enzim NADH Dehidrogenase Subunit 3 (ND3) Burung Gelatik Jawa (Padda oryzivora)(2008), (16) Hubungan Kekerabatan Burung Gelatik Jawa (Padda oryzivora) di Pulau Jawa Berdasarkan Karakter Morfologi (2008), (17) Isolasi dan identifikasi virus avian influenza subtipe H5N1 pada unggas air di Peternakan Skala rumah tangga di Jawa Barat (2008), (18) Identification of pathogenecity of avian influenza virus subtype H5N1 from waterfowls base on amino acid sequence of cleavage site haemagglutinin protein (2008), (19) Variasi Panjang Fragmen Gen ND3 Burung Famili Ploceidae Endemik Pulau Jawa (2009),(20) Polymorphic sequence in the ND3 region of Java endemic Ploceidae birds mitochondrial DNA (2011) (21) Aktivitas reactive oxygen species makrofag akibat stimulasi gel lidah buaya pada infeksi Salmonella typhimurium (2012).