Linux & G09 Intro/JHT 1 / 10 Qu´ ımica computacional: Introducci ´ on a Linux y Gaussian09 Jes ´ us Hern ´ andez Trujillo Agosto de 2014
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Linux & G09 Intro/JHT 1 / 10
Quımica computacional: Introduccion a
Linux y Gaussian09
Jesus Hernandez Trujillo
Agosto de 2014
Sistema operativo Linux
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 2 / 10
Algunas caracterısticas de Linux:
Sistema operativo portable.
Sistema operativo Linux
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 2 / 10
Algunas caracterısticas de Linux:
Sistema operativo portable.
Multiusuarios.
Sistema operativo Linux
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 2 / 10
Algunas caracterısticas de Linux:
Sistema operativo portable.
Multiusuarios.
Multitareas.
Sistema operativo Linux
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 2 / 10
Algunas caracterısticas de Linux:
Sistema operativo portable.
Multiusuarios.
Multitareas.
Hay gran cantidad de software disponibles.
Sistema operativo Linux
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 2 / 10
Algunas caracterısticas de Linux:
Sistema operativo portable.
Multiusuarios.
Multitareas.
Hay gran cantidad de software disponibles.
Soporte para muchos dispositivos perifericos.
Sistema operativo Linux
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 2 / 10
Algunas caracterısticas de Linux:
Sistema operativo portable.
Multiusuarios.
Multitareas.
Hay gran cantidad de software disponibles.
Soporte para muchos dispositivos perifericos.
Desarrollo de software.
Sistema operativo Linux
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 2 / 10
Algunas caracterısticas de Linux:
Sistema operativo portable.
Multiusuarios.
Multitareas.
Hay gran cantidad de software disponibles.
Soporte para muchos dispositivos perifericos.
Desarrollo de software.
GRATIS.
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 3 / 10
Estructura de Linux:
Fuente: M. G. Sobell,
A practical Guide to Linux, 2nd edn.
Prentice Hall, 2010
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 4 / 10
Lınea de comandos.
Shell: Interprete de comandos y lenguaje de programacion.
Ejemplos:
1. Bourne Again Shell (bash).
2. TC Shell (tcsh).
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 4 / 10
Lınea de comandos.
Shell: Interprete de comandos y lenguaje de programacion.
Ejemplos:
1. Bourne Again Shell (bash).
2. TC Shell (tcsh).
Interfaz grafica (GUIs).
Administradores de ventanas (ej. Gnome, KDE)
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 4 / 10
Lınea de comandos.
Shell: Interprete de comandos y lenguaje de programacion.
Ejemplos:
1. Bourne Again Shell (bash).
2. TC Shell (tcsh).
Interfaz grafica (GUIs).
Administradores de ventanas (ej. Gnome, KDE)
Diversas distribuciones (ej. Ubuntu, Fedora, KDE).
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 4 / 10
Lınea de comandos.
Shell: Interprete de comandos y lenguaje de programacion.
Ejemplos:
1. Bourne Again Shell (bash).
2. TC Shell (tcsh).
Interfaz grafica (GUIs).
Administradores de ventanas (ej. Gnome, KDE)
Diversas distribuciones (ej. Ubuntu, Fedora, KDE).
Administracion del sistema.
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Gaussian09
Linux & G09 Intro/JHT 5 / 10
Sistema de archivos jerarquico:
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Gaussian09
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Algunos comandos utiles:
ls muestra el contenido de un directorio.
cp nombre1 nombre2 copia el archivo nombre1 a nombre2.
mv nombre1 nombre2 mueve el archivo nombre1 a nombre2.
cat nombre muestra el contenido del archivo nombre.
ps Muestra las tareas en ejecucion.
gedit Se trata de un editor de texto.
tail nombre muestra las 10 ultimas lıneas del
archivo nombre.
man ls manual en lınea del comando ls.
Introduccion al uso de Gaussian09
Sistema operativo Linux
Introduccion al uso de
Gaussian09
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Las instrucciones para ejecutar un calculo de estructura electronica
se escriben en un
archivo de texto.
Introduccion al uso de Gaussian09
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Introduccion al uso de
Gaussian09
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Las instrucciones para ejecutar un calculo de estructura electronica
se escriben en un
archivo de texto.
Para ejecutar el programa Gaussian09 con las especificaciones en
el archivo input.com:
g09 input &
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Gaussian09
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Se puede monitorear el uso de recursos del servidor
(comando top):
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Se puede monitorear el uso de recursos del servidor
(comando top):
– Los resultados se encuentran en el archivo input.log
–Se puede seguir desarrollo del calculo:
tail -f input.log
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Existen interfases graficas para algunos programas (ej. molden,
gaussview).
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