Protein(Structure( - Weber State University

Protein  Structure  

Figure  34:  Schema4c  of  x-­‐ray  crystallography  experiment.  

Adapted  from  C.  I.  Branden  and  J.  Tooze.  Introduc)on  to  Protein  Structure,  Second  edi)on.  Garland  Science,  1999.  

Figure  16AB:  Gel  electrophoresis.  

Adapted  from  B.  E.  Tropp.  Biochemistry:  Concepts  and  Applica)ons,  First  edi)on.  Brooks/Cole  Publishing  Company,  1997.  

Figure  01:  Structure  of  an  α-­‐amino  acid  

Figure  06:  Amino  acids  with  nonpolar  side  chains  

Figure  07:  Pep4de  bond  forma4on  in  the  laboratory  

Figure  23a:  Protein  structure.  

Adapted  from  B.  E.  Tropp.  Biochemistry:  Concepts  and  Applica)ons,  First  edi)on.  Brooks/Cole  Publishing  Company,  1997.  

Figure  29:  Macroscopic  dipole  in  the  α-­‐helix  

Adapted  from  R.  H.  GarreV  and  C.  M.  Grisham.  Biochemistry,  Third  edi)on.  Brooks/Cole  Publishing  Company,  2005.  

Figure  30B:  An4parallel  β  pleated  sheet  

Adapted  from  D.  C.  Nelson  and  M.  M.  Cox.  Lehninger  Principles  of  Biochemistry,  Fourth  edi)on.  W.  H.  Freeman  &  Company,  2004.  

Figure  32ABCD:  A)  Hairpin  turn  B)  Helix-­‐loop-­‐helix  C)  β-­‐α-­‐β  unit  D)  Greek  key  

Figure  23bcd:  Protein  structure.  

Adapted  from  B.  E.  Tropp.  Biochemistry:  Concepts  and  Applica)ons,  First  edi)on.  Brooks/Cole  Publishing  Company,  1997.  

Figure  35B:  Crystal  structure  displayed  in  s4ck  form.  

Structures  from  Protein  Data  Bank  1JVT.  L.  Vitagliano,  et  al.,  Proteins  46  (2002):  97-­‐104.  Prepared  by  B.  E.  Tropp.  

Figure  35C:  Crystal  structure  shown  in  ribbon  form.  

Structures  from  Protein  Data  Bank  1JVT.  L.  Vitagliano,  et  al.,  Proteins  46  (2002):  97-­‐104.  Prepared  by  B.  E.  Tropp.  

Figure  35A:  Crystal  structure  of  ribonuclease  A  displayed  in  space  filled  form.  

Structures  from  Protein  Data  Bank  1JVT.  L.  Vitagliano,  et  al.,  Proteins  46  (2002):  97-­‐104.  Prepared  by  B.  E.  Tropp.  

Figure  06:  Human  deoxyhemoglobin  with  2,3-­‐bisphosphoglycerate  bound  to  the  twoß-­‐globin  chains.  

Structure  from  Protein  Data  Bank  1B86.  V.  Richard,  G.  G.  Dodson,  and  Y.  Mauguen,  J.  Mol.  Biol.  233  (1993):  270-­‐274.  Prepared  by  B.  E.  Tropp.  

Figure  12:  Reac4on  coordinate  diagram  for  an  uncatalyzed  reac4on  (red)  and  an  enzyme  catalyzed  reac4on  (blue).  

Figure  14A:  Lock-­‐and-­‐key  model  of  enzyme-­‐substrate  interac4on  

Adapted  from  C.  K.  Mathews,  et  al.  Biochemistry:  Third  edi)on.  Pren4ce  Hall,  2000.  

Figure  14B:  Induced  fit  model  

Adapted  from  C.  K.  Mathews,  et  al.  Biochemistry:  Third  edi)on.  Pren4ce  Hall,  2000.  

Figure  16:  Hexokinase,  an  example  of  induced  fit.  

Photos  courtesy  of  Thomas  A.  Steitz,  Yale  University.