Jure Stojan 7. predavanje Primeri delovanja alosteričnih proteinov in encimov Hb, PFK, PK, ATC
Jure Stojan7. predavanje
Primeri delovanja alosteričnih proteinov in encimov
Hb, PFK, PK, ATC
Stacionarno stanje
Alosterični pojavi
1 alosterija: v sistemu iz podenot poteka kontrola funkcije z drugega mesta
2 kooperativnost: sistem je sposoben vplivati sam nase
3 kinetika: sigmoidna krivulja v:[S]
4 matematična formulacija:
5 molekulski modeli: sočasni MWC
zaporedni AKNF
6 psevdo-kooperativnost: sistem ni iz podenot
[ ][ ] KS
SVv n
nMAX
+=
Hemoglobin - Hb
HeterotetramerTransportna beljakovina
Hb + 4 O2 Hb(O2)4
Hemoglobin - Hb
Hemoglobin - Hb
Hemoglobin - Hb
Hemoglobin - Hb
Hemoglobin - Hb
Hemoglobin - Hb
( )424321
32321
222121
424321
32321
22211
)()()()(14
)(4)(3)(2
OKKKKOKKKOKKOK
OKKKKOKKKOKKXKY
+++++++=
[ ][ ]
[ ][ ]n
n
n
nMAX
OB
OAy
KS
SVv
2
2 +
=+
=
K1
K2
K3
K4
Adair-ova enačba
Hemoglobin - Hb
Hemoglobin - Hb
Vpliv pH na vezavo kisika - Bohrov efekt
Hemoglobin - Hb
Hemoglobin - Hb
E6V
Srpasta anemija
Fosfofruktokinaza - PFK1
PDB koda 1MTO: homodimer dimerov
Fruktoza-6-P Fruktoza-1,6-biP
Fosfofruktokinaza - PFK1
Fruktoza-6-P Fruktoza-1,6-biP
ATP, PEP, Citrat
AMP, F-2,6 bi P
+++
---
Fosfofruktokinaza - PFK1
Aspartat transkarbamoilaza - ATC
Aspartat transkarbamoilaza - ATC
karbamoil-P karbamoil-aspartataspartat
Proteinska kinaza - PK
Regulatorna podenota
Katalitska podenota
Proteinska kinaza - PK
Regulatorna podenotaKatalitska podenota
cAMPATP
Laktat dehidrogenazaPiruvat Laktat
tetramer: M, H verigePDB koda: 1CET, P. malariae
chloroquine
Laktat dehidrogenaza
Aktivna oblika Neaktivna oblikaAktivna oblika
PDB koda: 3LDH, M tetramer PDB koda: 1LDH, M dimer + H dimer
Piruvat Laktat+++
Fruktoza 1,6 bi fosfat
Laktat dehidrogenaza
Matjaž Zorko8. predavanje
Klasifikacija encimov
Primeri delovanja predstavnikov različnih encimskih razredov