PHP à GEREQ Jean Maupas Directeur de la plateforme Jean-François Larivière Coordonnateur du e-learning PHP Québec Conférence 21 Mars 2003
PHP à GEREQ
Jean MaupasDirecteur de la plateforme
Jean-François LarivièreCoordonnateur du e-learning
PHP Québec Conférence21 Mars 2003
Plan de la présentation
La Recherche Clinique Les bonnes pratiques cliniques GEREQ présentation générale GEREQ – plateforme GEREQ – réseau des URCEs La gestion des données cliniques Plan de développement du logiciel Web Contraintes et Environnement Choix technologiques Avancement du projet Exemple d’écrans
La Recherche Clinique
Les Bonnes Pratiques Cliniques GEREQ présentation générale GEREQ plateforme GEREQ – réseau des URCEs La gestion des données cliniques Plan de développement du logiciel Web Contraintes et environnement Choix technologiques Avancement du projet Exemple d’écrans
Une Étude Clinique : c’est quoi ?
Une étude scientifique(expérimentale, objective)
Chez des patients sains ou malades
Qui mesure Des maladies Des symptômes Des facteurs (pronostic)
Qui évalue (risque vs bénéfice, coût,…) Un médicament (industrie) Un traitement Une intervention
E1
E2
P
E1 : traitement A
E2 : traitement B (placebo)
Échantillons aléatoires
Comparaison statistique
GuérisPas
Guéris
Échantillon
E1 (trt A) 230 200
Échantillon
E2 (trt B) 210 230
Différence significative?
Étude Clinique : méthodologie simplifiée
Protocole expérimental Population et échantillons aléatoires
représentatifs Randomisation (allocation aléatoire des
traitements) Double insu, placebo Données complètes et propres Tests statistiques
GEREQ
La recherche clinique : résumé
Activité régulée
Sécurité documentée
Personnel formé (6-12 mois)
Procédures normatives
Gestion des données cliniques(Clinical Data Management)= un métier à part
Privé – Académique
Le Web et la signature électronique US FDA - 21 CFR 11
Les acteurs
Les promoteurs de la recherche Académie Pharmas Biotech
Les réalisateurs Pharmas Contract Research Organisations) CROs Les centres universitaires
Investigateur : initiateur ou réalisateur
Les 2 mondes
Industrie Académie
Médicament +++ +
Autres études + +++
Financement +++ +
Personnel +++ ?
Compétition (temps) +++ +
Collaborations + +++
Crédibilité ++ +++
Régulations +++ GEREQ
Principes contradictoires
ESSAICLINIQUE
QUALITÉ
COÛTTEMPS
La Recherche Clinique
Les bonnes Pratiques Cliniques
GEREQ présentation générale GEREQ plateforme GEREQ – réseau des URCEs La gestion des données cliniques Plan de développement du logiciel Web Contraintes et Environnement Choix technologiques Avancement du projet Exemple d’écrans
Dates importantes
1906 : Création de la Food and Drug Administration. 1938 : La Federal Food, Drug & Cosmetic Act exige que
les médicaments soient testés pour évaluer leur innocuité. 1948 : Le Code de Nuremberg délimite en 10 points la
recherche sur les sujets humains. 1964 : L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) lance
la Déclaration d’Helsinki. 1977 : le Code of Federal Regulations of the FDA,
directives sur la conduite des essais cliniques aux USA. 1978 : Rapport Belmont (National Commission for the
Protection of Human Subjects of Biomedical and Behavioral Research).
1990 : Bonnes Pratiques Cliniques (91/507/EEC). 1997 : FDA, 21 CFR Part 11, Electronic Records;
Electronic Signatures; Final Rule. 1996 : The Health Insurance Portability and Accountability
Act of 1996 (HIPAA). Application Avril 2003
Structure de la CIH
6 parties siégeant : European Agency for the Evaluation of Medicinal Product, European Federation of Pharmaceutical Industries and
Associations (EFPIA), Ministry of Health, Labor and Welfare, Japan (MHLW), Japan Pharmaceutical Manufacturers Association (JPMA), US Food and Drug Administration (FDA), Pharmaceutical Research and Manufacturers of America
(PhRMA). Les observateurs :
L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS-WHO), European Free Trade Area (EFTA), Le Canada, représenté par Santé Canada.
Secrétariat : International Federation of Pharmaceutical Manufacturers
Association (IFPMA).
L’organisation de la CIH
ICH Steering Committee
Expert Working Groups
EU (2)
EFPI (2)
MHW (2)
JPMA (2)
FDA (2)
PRMA (2)
IFPMA (2)
CANADA
(observer)
WHO
(observer)
EFTA
(observer)
Processus d’harmonisation
CIH 1 à Bruxelles en novembre 1991
CIH 2 à Orlando en Floride en octobre 1993,
CIH 3 à Yokohama au Japon en novembre 1995
CIH 4 en juillet 1997 de nouveau à Bruxelles,
CIH 5 à San Diego aux É-U en novembre 2000.
La prochaine rencontre aura lieu à Osaka au Japon en novembre 2003.
La Recherche Clinique Les bonnes Pratiques Cliniques
GEREQ présentation générale
GEREQ plateforme GEREQ – réseau des URCEs La gestion des données cliniques Description du logiciel Web Les contraintes et l’environnement Les choix technologiques L’avancement du projet Conclusion
Présentation de GEREQ
Organisme public fondé en 2001 par : FRSQ – Directeur de projet JP Collet les 19 centres et Instituts FRSQ
Promouvoir la Qualité des études cliniques : Plateforme électronique (Web) :
• Services de gestion de base de données• Programmes de formation en ligne
Réseau de sites cliniques
Pour mettre en valeur le Québec dans la recherche clinique : La synergie des Centres et Réseaux Pour la recherche académique Pour la recherche contractuelle
Accès à un outil de gestion de données conforme aux exigences du SC, US FDA et CIH.
Mise en place et accès à un réseau de sites cliniques provincial afin d’améliorer la qualité du travail sur le terrain et faciliter le recrutement de patients.
Accès à de la formation en ligne aux bonnes pratiques cliniques (BPC) et la méthodologie des essais cliniques.
Le projet GEREQ
Le projet GEREQ
Formation en ligne :BPC et méthodologie
Plateformeélectronique
Réseau desites cliniques
Gestion électroniquedes données
Le programme GEREQ
Financement initial 11,3 millions Fonds de la Recherche en Santé
•FRSQ 2,5 millions
•Centres FRSQ 0,8 millions FCI
Valorisation - Recherche Québec: 2.4 M$ Fondation canadienne pour l’innovation :
•Fédéral : 2.8 M$
•Gouvernement du Québec : 2.8 M$
Statut Réseau FRSQ (temporairement) Structure provinciale indépendante (à venir) Autofinancement planifié (plan d’affaire)
Financement public pour la recherche publique d’abord : collaboration avec l’industrie pharmaceutique
Valeurs
Mise en commun des ressources Gestion neutre (services aux chercheurs) Respect des partenaires, absence de compétition Renforcement des centres de recherche
(et non pas remplacement) Partenariat sur une base volontaire Retrait à tout moment sans pénalité Infrastructure financée par VRQ, FRSQ et FCI Fonctionnement au prix coûtant (académie) ou au prix du
marché (industrie)
La Recherche Clinique Les Bonnes Pratiques Cliniques GEREQ présentation générale
Plateforme de gestion des données
GEREQ – réseau des URCEs La Gestion des Données Cliniques Plan de développement du logiciel Web Contraintes et Environnement Choix technologiques Avancement du projet Exemple d’écrans
Plateforme GEREQ
Ensemble de modules Gestion des études cliniques Intégration Sécurité Partage - réutilisable Facile à utiliser Multilingue
Gestion conforme des bases de données US Food & Drug Adminstration (FDA) International Conference on Harmonization (ICH) Politiques d’assurance Qualité (standards à ISO 9001) Procédures Opératoires Standards
Caractéristiques générales du logiciel
Ensemble de modules logiciels cohérents et intégrés.
S’appuyant sur une base de données et une architecture système (matérielle et logicielle) partagée et sécurisée.
Personnel qualifié pour le développement et le fonctionnement.
Propriétés du logiciel Qualité
Développement et maintenance Exploitation (utilisation)
Respect des standards (FDA, ICH) Facilité d’utilisation
De manière simple et autonome À distance via Internet
Formation et auto-formation Gestion de l’essai en continu
Saisie et contrôle au fur et à mesure Meta-data (contexte) Optimisation
Référentiel d’information Registres Dictionnaires auto-incrémentaux
Multilingue
Traffic Splitting Principle
WW W
INTRANETwww
ftp, smtp, pop,dns
S
Protected Zone
DemilitarisedZone
PublicServers
WWWSMTPDNS
Filtering firewall
Internet
Public Zone
Public addressing Private addressing
FirewallVirtual Private Network
Encrypted tunnel
OracleDatabase
Database Isolation
FirewallProxy
La Recherche Clinique Les Bonnes Pratiques Cliniques GEREQ présentation générale GEREQ – plateforme
Réseau des URCE
La gestion des données cliniques Plan de développement du logiciel Web Contraintes et Environnement Choix technologiques Avancement du projet Exemple d’écrans
Réseau de sites cliniques
Réseau de centres de santé universitaires à travers la province
Dotés d’Unité de Recherche Clinique d’Établissement (URCE)
Afin d’assurer la conformité des opérations avec les normes de qualité (SOP)
Et faciliter l’accès aux patients
Sécurité des transferts
URCE GEREQ
ACCÈS NON AUTORISÉ INTERDIT
RPV “VPN”Chiffrement 128 bits
Authentification Authentification
Unité de Recherche Clinique d’Établissement (URCE)
Infrastructure Un local sécuritaire à même le centre Accès sécurisé et organisation conforme Matériel informatique dédié à la recherche clinique
conforme et validé Connexion à la plateforme sécurisée
Opérations Procédures normalisées Personnel qualifié, expérimenté et formé
Utilisation de GEREQ avec ou sans URCE
Plateforme GEREQ
(Serveurs)
Clients
Établissement
URCE
La Recherche Clinique Les Bonnes Pratiques Cliniques GEREQ présentation générale GEREQ – plateforme GEREQ – réseau des URCEs
Gestion des données cliniques
Plan de développement du logiciel Web Contraintes et Environnement Choix technologiques Avancement du projet Exemple d’écrans
La gestion des données cliniques
Le système d’information : Acteurs, Flux, Canaux Les formulaires : le CRF du patient L’inclusion des patients L’allocation aléatoire des traitements La gestion de l’insu La gestion de l’approvisionnement La saisie des données Le contrôle des données La correction des données Gestion du monitorage (+ bilans) Le codage des textes (MedDRA) Outils et bilans de gestion Gel des données / Analyse statistique Registres d’essais / Méta-analyses
Conclusion des tests de saisie
Grande variabilité (effets de bords)
Importance du Data Management
Importance du monitorage sur site
Instruction - formation
< 10 / 10 000 items en double saisie
Contrôle de qualité des données
Prévention Détection Correction Mesure Le problème des tricheries
Objectif des contrôles systématiques Objectif du monitorage
Intégration de la correction
Date de la détection de quelle manière, par qui, pourquoi (message généré ou commentaire), Date de réception, par qui, Date d’intégration dans le système, La personne qui a effectué la modification, Les moyens utilisés pour réaliser cette
correction, Valeur initiale, valeur corrigée, Signatures.
La Recherche Clinique Les Bonnes Pratiques Cliniques GEREQ présentation générale GEREQ – plateforme GEREQ – réseau des URCEs La Gestion des Données Cliniques
Plan de développement : les modules
Contraintes et Environnement Choix technologiques Avancement du projet Exemple d’écrans
Cahier des charges Exigences des utilisateurs Exigences du métier Exigences réglementaires
Acteurs et flux d’information Choix et organisation technique
MISE EN PLACE DU SYSTEME
LES ACTEURS
Patients Investigateurs Centre de coordination Arc (assistant de recherche clinique) Pharmacien Promoteur Gouvernement Centre de levée de l’insu Comite de lecture centralise Comite de validation des événements indésirables Laboratoire de dosage central Statisticien (centre d’analyse statistique) Centre de traitement des données Centre de conditionnement Centre d’approvisionnement en traitement Centre d’audit Coordination régionale ou nationale Comite directeur Comite de surveillance
Liste des Modules
Mise en place générale de l’étude Gestion des utilisateurs Assurance de qualité et suivi réglementaire Outil de développement de sites Internet pour la communication Mise en place des systèmes pour le recueil des données Saisie et contrôle des données Sélection, inclusion et randomisation Codage automatique et assisté Gestion des événements adverses sévères Monitorage Bilans de l’étude et rapports Import / export de bases de données Enseignement assisté à distance Divers Intégration des modules
Tâches principales pour chaque module :
Étude du besoins et contraintes Spécifications détaillées Codage informatique et tests Aide, documentation et formation Traduction et adaptation (français/anglais) Tests utilisateurs : Plan, Exécution, Analyse, Ajustement Évaluation: Plan, Audit, Analyse, Ajustement Dissémination: Diffusion, Distribution, Publications
CHOIX D’ORGANISATION
Sous-traitance Matérielle / humaine Tâches, délais, coûts
Ressources locales Logiciel commercial Système spécifique Système paramétrable
La Recherche Clinique Les bonnes Pratiques Cliniques GEREQ présentation générale GEREQ plateforme GEREQ – réseau des URCEs La gestion des données cliniques Plan de développement du logiciel Web
Contraintes et Environnement
Choix technologiques Avancement du projet Exemples d’écrans
Documents de référence pour l’utilisation de systèmes informatiques dans
la recherche clinique
FDA 21 CFR Part 11: Electronic Records; Electronic Signatures. 1997
http://www.21cfrpart11.com/files/library/government/21cfrpart11_final_rule.pdf
Guidance for Industry : Computerized Systems Used In Clinical Trials. 1999
http://www.fda.gov/ora/compliance_ref/bimo/ffinalcct.htm
General Principles of Software Validation; Final Guidance for Industry and FDA Staff. 2002
http://www.fda.gov/cdrh/comp/guidance/938.html
Guidance for Industry:21 CFR Part 11; Electronic Records; Electronic Signatures Maintenance of Electronic Records. 2002
http://www.21cfrpart11.com/files/fda_docs/draft_guidance_for_ind_july2002.pdf
HIERARCHIE ETUDE-ITEM
ETUDE
ITEM
FORMULAIRE
CENTRE
PATIENT
COORDINATEUR
PAYS
Validation (IEEE – FDA)
Définition formelle des besoins de l’usager, métiers, légaux, technologiques, design
Documentation technique, de l’utilisateur, plan de validation formel
Gestion du développement, suivi, revues, responsabilités
Suivi des changements et gestion des versions Test, Vérification et Validation :
plans de test, résultats, rapports Gestion des configurations, qualification des
l’installations Maintenance des systèmes, disponibilité, garanties Suivi des anomalies et des événements Validation des sous-systèmes Procédures Opératoires Standards - plan de reprise en
cas de sinistre Les assurances
AQ : MAITRISE DES RISQUES
Degré deProtection
Coût durisque
Cumul des coûts
Coût de laproduction
Coût
Optimum
SEUIL D’ACCEPTABILITE
La Recherche Clinique Les bonnes Pratiques Cliniques GEREQ présentation générale GEREQ plateforme GEREQ – réseau des URCEs La gestion des données cliniques Le plan de développement du logiciel Web Contraintes et Environnement
Les choix technologiques
Avancement du projet Exemples d’écrans
Choix du SE serveur
Adapté à Internet Standard, largement répandu Bien maintenu Peu polyvalent Léger (non graphique) Rapide Fiable, Stable, Robuste Prix
Choix du langage de programmation
Apprentissage simple Rapidité de développement Maintenance Grande communauté Accès BDD et ressources système Intégration Internet Rapidité d’exécution Concepts objets peu critique
Scripts interprété plutôt que compilé
Choix du langage de script
ASP PHP Java Perl Autre
Usage +++ +++ +++ +++ +
Apprentissage +++ +++ + ++ +
Codage rapide +++ +++ + +++ +++
Codage sûr + ++ +++ ++ ++
Outils associés +++ ++ +++ ++ +
Flexibilité + +++ +++ ++ +
Rapidité exec ++ +++ + ++ +
Maintenance + ++ + ++ +
Coût + +++ ++ +++ ++
18 24 19 21 13
Le choix de la base de donnéesou “Le divorce”
Standard dans l’industrie Robuste, Fiable, Stable Redondance des instances Standard (SQL) Contraintes d’intégrité Souple (scalability) Rapide
Forces de PHP
Les tableaux associatifs Les fonctions de chaînes Richesse Intégration Web Intégration UNIX Intégration Oracle La rapidité d’exécution La rapidité d’apprentissage Puissance
Moins de lignes Maintenance facilitée
Faiblesses de PHP
Les constantes Le typage Certaines équivalences Les classes (membres non privatifs) Formation des programmeurs
(tableaux, fonctions existantes) Les changements de comportements
(défauts de jeunesse) Les fonctions date-time La faiblesse de la couche d’accès BD
Retour d’expérience PHP
IDEs : pas de problème réelUtilisation sur le serveur
Debugger : pas de problème réellog distant en PHP3
Manque de professionnels formésMauvaise utilisation des ressources PHPL’impact du langage sur l’algorithmique
Le programmeur, l’outil et la méthodeLes problèmes de passage de versionLes performances correctes entre
versions
Retour d’expérience (suite)
La documentationIsolation code et affichage (templates,
tags) : souplesse vs maintenanceIsolation des bases de donnéesIsolation des autres sous-systèmesLe null, le zéro, la chaîne videLes problèmes de typagesCorriger les bugs avant d’ajouter des
fonctionnalités; versions
Le problème de la validation
Maîtrise des risques et sous-validation Définition des responsabilités Open source : développement collectif Open source : Transparence plutôt que garantie Spécifications
générées par l’usager plutôt que pré-établies Le support et la maintenance Le résultat global : la pression du nombre
(spécifications et tests) Reporte plus de travail du côté de l’usager Beaucoup de flou chez beaucoup de
fournisseurs non open source Audits de fournisseurs
Technologies informatiquesutilisées par la plateforme GEREQ
Machines
Serveur Web redondants sous Linux
Base de données
Duplication (en miroir) de la base de données : RAID
Serveurs Apache
Langage de script serveur
Environnement de développement
Clients sous Windows 2000 / Palm 5
La Recherche Clinique GEREQ présentation générale GEREQ – plateforme GEREQ – réseau des URCEs La gestion des données cliniques Plan de développement du logiciel Web Contraintes et Environnement Choix technologiques
Avancement du projet
Exemples d’écrans
GEREQ Aujourd’hui
33 employés (es).
6000 pieds carrés.
18 études en cours (essais cliniques, registres de patients, cohortes).
30 projets à venir.
Collaboration internationale avec le secteur académique et l’industrie
GEREQOrganigrammeJanvier 2003
GEREQOrganigrammeJanvier 2003
Comité de directionPrésident : S. Carrière
Comité de coordinationDirecteur : J-P Collet
Comité scientifiquePrésident : J-P Collet
Direction de la plateformeJ. Maupas
Direction de la gestion du réseau des sites
J. Goldberg
DBA A. Ezzahiri
Responsable Secrétariat et agent administratifA. Lebofsky
Responsable informatique
J. Duggan
Secrétariat de directionJ. Pepin
Direction, Système de gestion de la qualité
J. Goldberg
CommunicationsAgente : M-E Miron
Sites WebJ-F Larivière
Responsable Gestion des données
cliniquesJ. Duggan Coordinateur
C. Bigué
Direction scientifiqueJ-P Collet
Direction de la gestion des études cliniques
J-P Collet
ConsultantGestion des études
T. Ducruet
AssistantA. Belley
SecrétariatN. Nobert
SystèmesQualité
A. Ezzahiri
Chef d’équipeDéveloppementJ. Tondreau
AssistanteA. Lambert
AssistanteN. Nobert
Data ManagerSenior - APM. Gharbi
Data ManagerD. Paquin
Data ManagerE. Juan
Data ManagerM. Gherman
E-Learning
AP - DMY. Larrivée
AP - DMF. Boudreau
AP - DMP. Pinard
AP - DMS. Mathon
AP - DMW. Foley
AP - DMW. Dubost
StagiaireO. Brisebois
RéseauxG. Riffard
QualitéE. Beaulieu
StagiaireG. Picard
ConsultantD. Séguy
AP -Data Manager
M. Néro
AP = Analyste – Programmeur
DM = Data Manager
Vous êtes invités
1450, rue City Councillors, bureau 790Montréal (Québec) H3A 2E6 Canada
Tél. : (514) 734-4999Fax : (514) 734-4932
Sans-frais : 1-877-734-4999
www.gereq.net