Pengantar biokima

SELAMAT DATANG DI PERKULIAHAN

BIOKIMIA

Tujuan Perkuliahan

• Mengenalkan dan memahamkan bahasa biokimia : Kosakata (istilah dan struktur kimia), tatabahasa (reaksi-reaksi kimia), struktur kalimat (Jalur metabolisme) dan arti (keterkaitan metabolik)

Apa itu Biokimia?

• Definisi:– Webster’s dictionary: Bios = Yunani,

artinya “hidup” “Kimia mahluk hidup; Kimia yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan.”

– WebNet dictionary: “Biokimia adalah kimia dari bahan-bahan dan proses-proses yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup; sebagai upaya untuk memahami proses kehidupan dari sisi kimia.“

Apa itu biokimia?

Pemahaman bentuk dan fungsi biologis dari sudut pandang kimia

Bertujuan untuk memahami interaksi molekul-molekul tak hidup yang menghasilkan fenomena kompleks dan efisien yang menjadi ciri-ciri kehidupan serta menjelaskan keseragaman kimia dari kehidupan yang beragam.

Hal-hal yang dipelajari

Struktur kimia dan bentuk tiga dimensi molekul biologi

Interaksi antar biomolekul

Sintesis dan degradasi biomolekul dalam sel

Perolehan dan pemanfaatan energi oleh sel

Mekanisme pengorganisasian biomolekul dan pengkoordinasian aktifitasnya

Penyimpanan, pemindahan dan ekspresi informasi genetika

Sejarah Biokimia Pertama, identifikasi unsur kimia penyusun mahluk hidup.

Enam unsur utama penyusun sel hidup adalah: C, H, N, O, P, dan S.

Unsur kimia utama penyusun mahluk hidup adalah bahan minor penyusun kerak bumi (kandungan utama 47% O, 28% Si, 7.9% Al, 4.5% Fe, dan 3.5% Ca).

99% penyusun sel adalah H, O, N, dan C

Unsur Elektron bebas Jumlah Fraksi

H 1 2/3

O 2 1/4

N 3 1/70

C 4 1/10

Unsur dengan berat atom paling ringan membentuk ikatan paling kuat

Sebagian besar unsur penyusun bahan hidup memiliki berat atom yang rendah; H, O, N dan C adalah unsur dengan berat atom relatif paling kecil yang masing-masing mampu membentuk ikatan tunggal, rangkap, rangkap 3 dan rangkap 4.

Sejarah Biokimia• Kemudian, identifikasi tipe molekul yang ditemukan dalam mahluk hidup

• Asam Amino

• Nukleotida

• Karbohidrat

• Lipida

Sejarah Biokimia Selanjutnya memahami mekanisme biomolekul membuat mahluk hidup

menjadi hidup

Hubungan antara Biokimia dan ilmu lainnya

Kimia Organik yang mempelajari sifat-sifat biomolekul.

Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika untuk mempelajari struktur biomolekul.

Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan makanan bagi mahluk hidup mempertahankan kehidupan normalnya.

Kesehatan, yang mencari pemahaman tentang keadaan sakit dari sudut pandang molekular.

• Mikrobiologi, yang menunjukkan bahwa organisme sel tunggal dan virus cocok untuk digunakan sebagai sarana mempelajari jalur-jalur metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.

• Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan pada tingkat jaringan dan organisme.

• Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja biokimia dalam sel.

• Genetika, yang mempelajari mekanisme penyusunan identitas biokimia sel.

Hubungan antara Biokimia dan ilmu lainnya

(1)ENERGI, hal yang perlu diketahui adalah cara:

Memperolehnya Mengubahnya Memanfaatkannya

Tiga hal yang dibutuhkan sel

(2) MOLEKUL SEDERHANA , hal yang perlu diketahui adalah cara:

• Mengubahnya

• Mempolimerisasikannya

• Mendegradasinya

Tiga hal yang dibutuhkan sel

(3) MEKANISME KIMIA, untuk:• Memperoleh energi• Menjalankan reaksi kimia secara berurutan• Mensintesis & mendegradasi makromolekul• Mempertahankan suatu keadaan steady state

yang dinamis• Swarakit kembali struktur yang kompleks• Menggandakan diri secara akurat dan efisien• Mempertahankan keteraturan proses biokimia

Strategi sel #1: mahluk hidup menggunakan sistem reaksi kimia berpasangan untuk mendorong reaksi yang sulit terjadi

Strategi sel #2: mahluk hidup menggunakan enzim untuk mempercepat reaksi yang semestinya lambat

Bagaimana enzim bisa mempercepat reaksi? Penjelasan termodinamis

Bagaimana enzim bisa mempercepat reaksi? Penjelasan mekanistis

Atom Karbon yang sangat lentur merupakan tulangpunggung kehidupan

Konversi isomer kimia membutuhkan pemutusan ikatan kovalen

Stereoisomers: Sama secara kimia, berbeda secara biologi

Stereoisomers: Sama secara kimia, berbeda secara biologi

Transformasi Biokimia dapat dikelompokkan ke dalam 5 kelompok besar

• Reaksi pemindahan Group• Reaksi Oksidasi-reduksi• Penyusunan kembali

Rearrangements (isomerizations)• Reaksi pemotongan• Reaksi kondensasi

Biomolekul – Struktur

• Senyawa Pembangun

• Gula sederhana

• Asam amino• Nukleotida

• Asam lemak

• Makromolekul• Polisakarida• Protein (peptida)

• RNA or DNA

• Lipid

Anabolic

Catabolic

Biosintesis Membutuhkan molekul sederhana untuk dirangkai secara kovalen melalui berbagai kombinasi

1. Keelektronegatifan kedua atom

• O 3.5

• Cl 3.0

• N 3.0

• C 2.5

• P 2.1

• H 2.1

• Na 0.9

• K 0.8

Kekuatan ikatan kimia dipengaruhi oleh

Keelectronegatifan tinggi =Kebutuhan akan elektron

2. Jumlah elektron yang berikatan

Kekuatan beberapa ikatan kimia:

Approx. Avg.

Triple: 820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole

Gugus Fungsi yang Umum

Nukleofil Biologi yang Penting:

Gugus fungsi yang kaya elektron

BIOKIMIA (MKS1002A)drs. Winarto Hariadi, M.Si. Dr. Sedyo HartonoDr. Irfan D. Prijambada

Jadual & SAPNo. Topik Kuliah Tanggal Dosen

1. Pendahuluan :- Konsep dasar biokimia- Reaksi-reaksi biokimia

27-08-2007 Dr. Irfan D. Prijambada

2. Air dan Buffer 03-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.

3. Karbohidrat I- Tinjauan umum- Monosakarida- Disakarida- Polisakarida

10-09-2007 Drs. Winarto Hariadi, M.Si.

4. Karbohidrat II- Reaksi monosakarida- Ikatan glikosida- Fungsi karbohidrat


5. Asam Amino dan Protein I- Tinjauan umum- Asam Amino- Biosintesis asam amino


Jadual & SAPNo. Topik Kuliah Tanggal Dosen

6. Asam Amino dan Protein II- Peptida- Struktur protein- Fungsi asam amino dan protein- Biosintesis protein


7. Ujian tengah semester Jadual dari Fakultas

Topik Kuliah 1 s/d 6

8. Lipida I- Tinjauan umum- Asam lemak jenuh & tak jenuh- Reaksi asam lemak


9. Lipida II- Fungsi asam lemak dan lipid- Biosintesis asam lemak


Jadual & SAP

No. Topik Kuliah Tanggal Dosen

10. Asam nukleat I- Tinjauan umum- Nukleosida dan nukleotida

19-11-2007 Dr. Sedyo Hartono

11. Asam nukleat II- Struktur DNA dan RNA- Informasi genetik


12. Enzim - Tinjauan umum- Klassifikasi enzim- Koenzim dan kofaktor - Mekanisme dan kinetika kerja enzim- Penghambatan


Jadual & SAP

No. Topik Kuliah Tanggal Dosen

13. Metabolisme I- Tinjauan umum- Jalur metabolisme

10-12-2007 Dr. Sedyo hartono

14. Metabolisme II- Bioenergetika- Kontrol metabolisme


15. Ujian Akhir Semester Jadual dari Fakultas

Topik Kuliah 8 s/d 14

Buku Acuan

• Trudy McKee and James McKee. 2003. Biochemistry: The Molecular Basis of Life. Third edition. McGraw-Hill, Boston.

• Lehninger, Nelson, & Cox. 1997. Principles of Biochemistry.2nd edition. Worth Publishers.

• Albert L. Lehninger. 1995. Dasar-dasar Biokimia. (Alih bahasa: Maggy Thenawidjaja). Penerbit Erlangga, Jakarta.

• David S. Page. 1995. Prinsip-prinsip Biokimia. Penerbit Unair, Surabaya.

• Soeharsono. 1982. Biokimia I dan II. Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.

Penilaian

Total Nilai Ujian + Mid + Tugas dari 4 dosen dibagi 4(Rata-rata dari Nilai Dosen I + II + III + IV)

Pengharkatan A : > rata-rata kelas + 1,5 x stdevB : < rata-rata kelas + 1,5 x stdev &

> rata-rata kelas + 0,5 x stdevC : < rata-rata kelas + 0,5 x stdev &

> rata-rata kelas – 0,5 x stdevD : < rata-rata kelas – 0,5 x stdev &

> rata-rata kelas – 1,5 x stdevE : < rata-rata kelas – 1,5 x stdev

Tata Tertib Kuliah

Tepat waktu, toleransi maks. 15 menitTidak BerisikHP tidak diaktifkanHadir minimal 70% Paham bahasa Indonesia & Inggris Baca salah satu / dua buku acuanKerjakan Tugas, Mid, & Ujian

Kesimpulan

• Karbon dengan struktur tetrahedral memiliki sifat ikatan yang luwes

• Senyawa yang memiliki banyak atom dapat memiliki bentuk isomerik

• Untuk konversi perlu terjadinya pemecahan ikatan kimia

• Molekul berukuran besar dibentuk oleh molekul berukuran kecil melalui pembentukan ikatan baru

Pengantar biokima

Education