Pelayanan Mikrobiologi Klinikforlabinfeksi.or.id/wp-content/uploads/2018/01/11...Pengumpulan Data Pemeriksaan (mikroskopik, kultur dan identifikasi, dll.) Diagnosis . Laboratory .

Anis Karuniawati,dr.,PhD,SpMK(K)

• Sekretaris I KPRA KEMENKES R.I

• Wakil Dekan II Fak.Kedokteran Universitas Indonesia

• Koordinator OHLN-INDOHUN (one health lab network)

• Sekjen PAMKI Pusat

• Pengurus Pusat PERDALIN

LAYANAN MIKROBIOLOGI KLINIK

DAN MEMBUAT POLA MIKROBA YANG SEDERHANA DAN INFORMATIF

Anis Karuniawati

KOMITE PENGENDALIAN RESISTENSI ANTIMIKROBA

KEMENTERIAN KESEHATAN R.I

Masalah Infeksi di Rumah Sakit

Penegakan Diagnosis

Penggunaan Antibiotik

Penanganan Infeksi Rumah

Sakit

Penanganan Limbah Infeksi

Penanganan Kasus Infeksi di Rumah Sakit

Infectious Diseases

Specialists Infection Control

Professionals

Healthcare

Epidemiologists

Clinical

Pharmacists

Clinical

Pharmacologists

Surgical Infection

Experts

Clinical

Microbiologists

Optimal

Patient Care

Campaign to Prevent Antimicrobial Resistance in Healthcare Settings, CDC, 2011

Pemeriksaan Laboratorium Mikrobiologi

• Memberikan informasi yang akurat tentang ada atau tidaknya mikroba di dalam spesimen atau sampel yang mungkin merupakan penyebab infeksi

• Bila terdapat pertumbuhan mikroba patogen (terutama bakteri dan jamur) maka dilanjutkan dengan uji kepekaan mikroba terhadap antimikroba

5

The Etiologies of AFIRE (Acute Fever Illness Requiring Hospitalization)

The Etiologies of AFIRE, 2013-2014, INA-RESPOND

Laboratorium Mikrobiologi

• Pemeriksaan mikroskopis

• Biakan dan identifikasi mikroba

• Uji kepekaan antimikroba

• Uji serologi infeksi

• Uji biologi molekuler

• Uji mikrobiologi lingkungan

Pemeriksaan Mikrobiologi Klinik

• Berbeda dengan pemeriksaan laboratorium lain, pemeriksaan mikrobiologi: “a science of interpretive judgment”

• Pemeriksaan otomatisasi, genomik, proteomik? interpretasi sangat tergantung pada kualitas spesimen

IDSA Guidelines. Clinical Infectious Diseases Advance Access published July 10, 2013

Essential to all aspects of health care are Laboratory results that are

• Accurate

• reliable, and

• timely

Complexity of a Laboratory System

•Data & Laboratory Management •Safety •Customer Service

Patient/Client Prep Sample Collection

Sample Receipt and Accessioning

Sample Transport Quality Control

Testing

Record Keeping

Reporting

Personnel Competency Test Evaluations

Test ordering

Order transcription

Patient preparation

Specimen collection

Specimen identification

Specimen transport

Sample testing

Result transcription

Result delivery

Result review

Action taken on basis

of result

Pre analytical Analytical Post analytical

Quality In Quality Out

“Pre-analytical specimen management in microbiology is CRITICAL TO ACCURACY”

Bakteri adalah prokariotik:

• lebih sederhana daripada eukariotik

• Berkembang biak sangat cepat

• kemampuan adaptasi pada pengaruh antibiotik atau respon imun

Penanganan spesimen:

• Pengambilan

• Transportasi

• Penyimpanan akan sangat memengaruhi interpretasi

Laboratory tests are influenced by

laboratory environment

knowledgeable staff

competent staff

reagents and equipment

quality control

communications

process management

occurrence management

record keeping

Laboratory errors cost in

time

personnel effort

patient outcomes

Apa yang terjadi di laboratorium mikrobiologi?

Komunikasi

Pengumpulan Data

Pemeriksaan (mikroskopik, kultur dan identifikasi, dll.)

Diagnosis

Laboratory

Good?

• Appropriate testing

– Specimens handling

– Methods and procedures

– Human resources

• Appropriate reporting clinical impact

1st day 2nd day 3rd day

Grow bacteria

Test bacteria

Fast?

2-5 day

Day 1 Day 2 Day 3- 4

More than one bacteria: isolate for pure culture

Pure culture Further testing can be performed

Grow bacteria Grow bacteria Test bacteria

Day 5

Fast?

Fast?

Molecular testing MALDI-TOF Automation

Konvensional Technology

Cheap?

biochemical tubes

Appropriate Reporting

• clinically appropriate

• guided in interpretative statements

• evidence based

• concurrent with literature

Interpreting Results

Contamination

Colonization

Infection

Flora Normal

Interpreting results

Contamination

• growing organisms that are not from the intended site culture

Blood culture: (Coagulase-negative

staphylococci, diptheroids) Urine culture: Mixed bacterial growth, low

viable counts Sterile sites: (Coagulase-negative

staphylococci, diptheroids)

Interpreting results

Colonisation

• growing organisms that are unlikely to cause infection

• or growing organisms without signs of infection

Critical Colonisation

• The point when the patient’s immune system is no longer able to control the colonising bacteria

Throat swabs: Gram-negative bacilli,

coagulase-negative staph

Secret from Non-

infected Wound: Gram-negative bacilli

Specimen : Sputum in CAP

Growth of • Klebsiella pneumoniae • Pseudomonas aeruginosa • Candida sp.

K.pneu P.aeru

Amox R

Amox-Clav.acid S

Cefuroxime I

Ciprofloxacin S R

Ceftriaxone S R

Ceftazidime S S

Tri/Sulpha S

Pip/Tazo S S

Imipenem S S

Meropenem S S

Epithelial cells: 2+ White cells: 1+

Mixed growth of Gram-negative bacilli

Klebsiella pneumoniae: Scanty

Comment: • presence of epithelial cells which

may indicate sample contamination with upper airway flora.

Interpreting Result

Infection

• The presence of multiplying bacteria that overwhelms the patient’s immune system and result in bacterial spreading .

• Active signs and symptoms of disease present

Contoh Kasus

30

• Laki, 55 th, dirujuk ke RS karena gagal jantung yang tidak teratasi

• Terapi saat masuk: obat untuk gagal jantung

• Pemeriksaan di RS:

• Pasien dgn Gagal Jantung

• Suhu tubuh 380C (axilla)

• DPL: Lekosit 16.000/dl

• Kultur Darah dari 2 tempat pengambilan (2 botol)

Hasil lab Mikrobiologi Klinik

Staphylococcus epidermidis

(pada 2 spesimen)

–Penyebab ? atau

–Kontaminan?

31

CLINICAL SIGNIFICANCE OF Staphylococcus epidermidis

Spesimen: darah vena

Tokars, JI. Clin Infect Dis , 2004; 39:333

Sets Obtained

Sets Positive

% Significant

% Contamination

% Indeterminant

%Positive Predictive Value

1 1 0 97 3 55

2 1 2 95 3 20

2 2 60 3 37 98

3 1 0 100 0 5

3 2 75 0 25 91

3 3 100 0 0 100

Bacteria Amount (semiquantitative)

Amount (CFU/ml) (q.PBS/BAL)

Action

S.pyogenes any any Id/no AST*

S.pneumoniae, M.catarrhalis H.Influenzae N.meningitidis

<normal microbiota Moderate-heavy->normal microbiota

<103

>103-4 No Id/AST

S.aureus <normal microbiota Moderate-heavy->normal microbiota

<103 rule out MRSA

>103-4 No Id/AST

Strep group B,C,G <normal microbiota Moderate-heavy->normal microbiota

<103

>103-4 No Id Id/no AST*

Other normal microbiota

NA <103

>103-4 heavy amount or pure growth

No Id Id/AST

Anaerobes NA PBS only Id/AST, in Aspiration or obstructive pneumonia

Interpretasi hasil kultur: Sekret Saluran Napas Bawah

Garcia, LS, Isenberg HD. Clinical Microbiology Procedures Handbook, 2010

Interpretasi Uji Kepekaan Antibiotik

• Pedoman CLSI

• Grup mikroba tertentu, diuji dgn Grup AB tertentu (CLSI)

• Perhatikan intrinsic resistance:

–Enterobacteriaceae vs Eritromisin

Prinsip pelaporan AST

• Laporkan obat-obat lini pertama dengan spektrum paling kecil, toksisitas paling rendah dan harga termurah

• Laporkan obat yang lain bila,

– Didapatkan resistensi pada obat lini pertama

– Infeksi dari bagian tubuh spesifik

Pelaporan Hasil Uji Kepekaan: Seleksi dalam Pelaporan

Pseudomonas aeruginosa

Cefepime S

Ciprofloxacin S

Gentamicin S

Pip-tazobactam S

Hindler A. The basics: Using CLSI Antimicrobial Susceptibility Testing Standards. CLSI.

Interpretative Reading CLSI

Hindler A. The basics: Using CLSI Antimicrobial Susceptibility Testing Standards. CLSI.

Uji Kepekaan Antibiotik: Kapan menggunakan pelaporan selektif?

• Bila tidak yakin penggunaan antibiotik di institusi yang dilaporkan dilakukan dengan baik

• Tidak perlu pelaporan selektif bila pemberian terapi di RS diyakini “prudent prescribing”

1. Sebelum ada hasil pemeriksaan mikrobiologi

terapi antibiotik empirik sesuai PPAB yang

disusun berdasarkan ANTIBIOGRAM

2. Setelah ada hasil pemeriksaan mikrobiologi

terapi antibiotik definitif

Pemanfaatan hasil pemeriksaan mikrobiologi

Antibiogram

• Mikroba dan kepekaannya terhadap antimikroba di suatu fasyankes (rumah sakit) yang diperoleh dari spesimen pasien dengan infeksi

• Pedoman penyusunan CLSI M39-A 4 tentang Analysis and Presentation of Cumulative Antimicrobial Susceptibility Data

Antibiogram

Digunakan untuk:

• Acuan pemilihan terapi antibiotik empirik

• Memonitor kecenderungan (trends) resistensi mikroba di suatu fasyankes atau wilayah tertentu pengendalian AMR

• Membandingkan kepekaan antar institusi/fasyankes

Kebijakan Antibiotik adalah salah satu komponen penilaian akreditasi pelayanan kesehatan,

antibiogram adalah salah satu acuan dalam penyusunan Kebijakan Antibiotik

Antibiogram

• Penyajian dan analisis data secara periodik, sedikitnya 1x/tahun

• Inklusi data isolat:

– Hasil akhir dan telah diverifikasi

– Jumlah spesies minimal 30 isolat

– Isolat pathogen (bukan hasil skrining)

– Isolat pertama dari 1 pasien, tanpa memperhatikan jenis spesimen yang diperiksa

• Penyajian data antibiotik yang tersedia dalam formularium rumah sakit

Antibiogram

• Penyajian data uji antibiotik: – Persen kepekaan (%S) – Hindari data yang membingungkan dan tidak sesuai

dengan evidence based data – Pengelompokan data: berdasarkan ruang perawatan;

ICU/non-ICU; dewasa/anak; medik/bedah; diagnosis

• Kesepakatan dalam analisis data: – %peka yang dipilih untuk terapi empirik – Terapi empirik yang dipilih tidak sesuai hasil klinis – Bandingkan antibiogram dengan antibiogram nasional

ANTIBIOGRAM Sputum, Penyakit Dalam, RS “X”, Jan-Juli 2017

Organisms N AMK GEN TOB AMC FEP CTX CAZ CRO TZP CIP LVX ETP IPM MEM

Acinetobacter baumanii 92 67 45 47 0 27 8 - 19 35 35 40 0 61 35 Enterobacter cloacae 36 100 41 30 0 33 22 - 19 33 41 82 63 96 100

Escherichia coli 215 99 62 41 17 18 23 18 13 40 18 19 63 94 95 Klebsiella pneumoniae 120 86 53 32 22 25 27 27 22 41 26 47 61 90 91 Pseudomonas aeruginosa 62 71 44 42 0 44 - 75 - 71 34 46 0 71 69

N: number of isolates AMK: Amikacin GEN: Gentamicin TOB: Tobramicin AMC: Amoxicilin clav-acid FEP: Cefepime

CTX: Cefotaxime CAZ: Ceftazidime CRO: Ceftriaxone TZP: Piperacilin tazobactam

CIP: Ciprofloxacin LVX: Levofloxacin ETP: Ertapenem IPM: Imipenem MEM: Meropenem

% Susceptibility

1. Peran laboratorium mikrobiologi dalam PPRA:

i. Pendukung diagnosis penyakit infeksi

• Kualitas pemeriksaan

• Faster is better, but good interpreting result is

important

ii. Penentu tatalaksana terutama pemilihan antibiotik:

• Terapi empirik: berdasarkan antibiogram

• Terapi definit: berdasarkan hasil kultur dan AST

Simpulan

Simpulan

2. Pembuatan antibiogram:

Hanya bakteri patogen dan isolat pertama dari seorang pasien, minimal 30 isolat

Antibiotik sesuai formularium

Pengelompokan data sesuai kesepakatan

Disampaikan secara periodik, 1x/tahun

Komite Pengendalian Resistensi Antimikroba

KEMENTERIAN KESEHATAN R.I