www.upmc.fr Université Pierre- et-Marie-Curie Formation_Bu_Medecine (at)scd.upmc.fr Orthophonistes 3 e année PubMed
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Université Pierre-
et-Marie-Curie
Formation_Bu_Medecine
(at)scd.upmc.fr
Orthophonistes 3e année
PubMed
• Élaborer une stratégie de recherche
• Les outils de recherche
– Recherche sur Internet
– Catalogues de bibliothèques
– Ebooks et revues en ligne
– Bases de données : EM-Premium, banque de
données de l’UNADREO, base Saphir,
SantéPsy, PsycINFO + Pascal (aperçu),
Science Direct, Web of Science
– PubMed 2
PubMed / MedLine :
présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
3
PubMed / MedLine : contenu
- MedLine = le contenu (base de données)
≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine
+ autres bases)
- 20 millions de références d’articles, tirés de
5 000 revues, depuis les années 1950
- Une centaine de titres français
4
Liste des revues
5
Chercher une revue
6
Trouver le titre abrégé
7
PubMed via JUBIL
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais si on passe par JUBIL pour
s’y connecter :
On garde l’interface classique
+ lien vers texte intégral si nos
bibliothèques sont abonnées
8
PubMed via JUBIL
Accès distant possible, quand on se connecte
depuis chez soi ou dans son service !10
Interroger PubMed
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais
• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefshiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = DownSyndrome = Mongolism)
+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple dela revue Cell ou du docteur Cell
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général auparticulier
11
Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM
12
Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH (on part du
général pour arriver au plus précis)
13
Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences
Le MeSH est accessible via PubMed
15
Recherche en anglais
Ex. de recherche sur le troubles de la
parole
En anglais : Speech Disorders
16
On cherche le terme dans le MeSH
17
Détail d’un terme MeSH
18
Choix du qualificatif et
construction de la requête
19
Termes majeurs / Explosion
20
AB AD AE AG AA AN AH AI BI BS BL CF CS CI CH CL CO CN CT CY DF DI DU DH DE DT EC ED
Abnormalities Administration and Dosage Adverse Effects Agonists Analogs and Derivatives Analysis Anatomy and Histology Antagonists and Inhibitors Biosynthesis Blood Supply Blood Cerebrospinal Fluid Chemical Synthesis Chemically Induced Chemistry Classification Complications Congenital Contraindications Cytology Deficiency Diagnosis Diagnostic Use Diet Therapy Drug Effects Drug Therapy Economics Education
EM EN EP ES EH ET GE GD HI IM IN IR IS IP LJ MA ME MT MI MO NU OG PS PY PA PK PD PH
Embryology Enzymology Epidemiology Ethics Ethnology Etiology Genetics Growth and Development History Immunology Injuries Innervation Instrumentation Isolation and Purification Legislation and Jurisprudence ManpowerMetabolismMethodsMicrobiologyMortalityNursingOrganization and AdministrationParasitologyPathogenicityPathologyPharmacokineticsPharmacologyPhysiology
PP PO PC PX RE RA RI RT RH SC SE ST SN SD SU TU TH TO TM TR TD US UL UR UT VE VI
PhysiopathologyPoisoningPrevention and ControlPsychologyRadiation EffectsRadiographyRadionuclide ImagingRadiotherapyRehabilitationSecondarySecretionStandardsStatistics and Numerical DataSupply and DistributionSurgeryTherapeutic UseTherapyToxicityTransmissionTransplantationTrendsUltrasonographyUltrastructureUrineUtilizationVeterinaryVirology
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé
qu’avec certains qualificatifs
Les qualificatifs du MeSH
21
Combinaison avec un autre terme
22
23
Combinaison avec un autre terme
24
Chercher à partir du français
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français
• On détermine un mot-clef intéressant en
français
• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
• Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH
25
Équivalent du mot-clef dans le MeSH
français : http://pts.chu-rouen.fr
26
Exemple : troubles de la parole
27
Place du terme dans l’arborescence MeSH
28
Étape 2 : choix des qualificatifs
29
30
Étape 3 : on lance la recherche depuis CISMeF
Intérêt du CISMeF : les articles récents
• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie
31
Intérêt du CISMeF : les articles récents
• Ex. de recherche sur les thérapies pour l’écholalie
• Terme Mesh : Echolalia
• Formule de recherche standard :
• "echolalia/therapy"[MH]
• CISMeF : "echolalia/therapy"[MH] OR ((("mixed dysarthrias"[TIAB] OR "mixed
dysarthria"[TIAB] OR "stutter"[TIAB] OR "stammering"[TIAB] OR "echo reaction"[TIAB] OR
"logorrhoea"[TIAB] OR "slurring"[TIAB] OR "aprosodia"[TIAB] OR "dysarthrias"[TIAB] OR
"developmental stuttering"[TIAB] OR "verbal fluency disorders"[TIAB] OR "flaccid
dysarthria"[TIAB] OR "slurred speech"[TIAB] OR "speech disorder"[TIAB] OR "stuttering"[TIAB]
OR "dyslalias"[TIAB] OR "childhood stuttering"[TIAB] OR "aprosodias"[TIAB] OR "scanning
dysarthria"[TIAB] OR "dyslalia"[TIAB] OR "dysglossia"[TIAB] OR "cluttering"[TIAB] OR
"aprosodic speech"[TIAB] OR "dysarthria"[TIAB] OR "speech disorders"[TIAB] OR "acquired
stuttering"[TIAB] OR "echolalia"[TIAB] OR "rhinolalia"[TIAB] OR "spastic dysarthria"[TIAB] OR
"adult stuttering"[TIAB] OR "rhinolalias"[TIAB] OR "volubility"[TIAB]) AND ("therapy"[TIAB] OR
"disease management"[TIAB] OR "therapeutic"[TIAB] OR "treatments"[TIAB] OR
"treatment"[TIAB] OR "therapeutic procedure"[TIAB] OR "th"[TIAB] OR "therapeutics"[TIAB]))
NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb]))
32
Sans CISMeF
33
Avec CISMeF
34
Recherches très spécifiques avec
des termes absents du MeSH
• Utiliser [TIAB] = recherche du terme dans
les titres et résumés des articles
• Ex. : dose intégrale en radiothérapie :
« integral dose »
– "integral dose" [TIAB] : 312 résultats
– "integral dose" [TIAB] AND radiosurgery [MH]
: 23 résultats35
Les limites…
36
Limiter le nombre de résultats (par langue, type de
document, population…)
37
Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 56 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 2 articles seulement
– Avec « spinal cord » (directement) :
plus de 142 000 articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 72 000 articles
– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
2 600 articles
38
Combiner les termes recherchés
• Opérateurs booléens (en majuscules)
AND / OR / NOT
• (AND) par défaut (en majuscule !)
• Troncature (transpl*) + guillemets
(« kidney allograft »)
39
Consulter les articles trouvés
• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)
• En ligne, sur les postes des bibliothèques
• Et maintenant de chez vous, via l’accès
distant
40
Exemple d’article accessible
41
42
Chercher un auteur
• Rentrer son nom et l’initiale de son prénom
• PubMed comprend qu’on cherche une personne
43
Alertes et historiques
• Fil RSS sur une recherche
• Historique automatique, conservé 8 heures,
accessible via la recherche avancée
Utilisation optimale documentation médicale44
« Single Citation Matcher »
• Recherche par auteur / revue / date
• Pour retrouver une référence d’article précise
45
Création de compte gratuit : My NCBI
Intérêts :
– Sauvegarder ses résultats
– Sauvegarder ses recherches habituelles
– Créer des alertes (RSS ou courriel)
– Appliquer des filtres automatiques sur les
résultats
46
Création de compte gratuit : My NCBI
47
Création de compte gratuit : My NCBI
48
Création de filtres pour les recherches
49
Création de filtres pour les recherches
50
On cherche le filtre JUBIL
Utilisation optimale documentation médicale51
Les résultats sont triés
52
Les résultats sont triés
• JUBIL : articles parus dans des revues accessibles en ligne via JUBIL (5 500 revues)
• ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP (300 revues)
• ifrbinslib : articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm
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Liens vers les PDFNe fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université
ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)
54
Avant de partir…
Un petit questionnaire d’évaluation de la
formation, qui se remplit en 2 minutes :
www.tinyurl.com/formmedupmc
Merci d’avance
FINMerci de votre attention