Oihana Belar 1 , Sergio Bartolomé 2 , Josu Aramberri 3 Roberto Bilbao 1

Nuevas necesidades de comunicaciones en el ámbito de la imagen médica para el desarrollo de un motor de

búsqueda con fines de investigación

Oihana Belar1, Sergio Bartolomé2, Josu Aramberri3 Roberto Bilbao1

1Biobanco Vasco, Bilbao, 2Redytel, Erandio, 3I2BASQUE Donostia-San Sebastián

http://www.rediris.es/

BIOPOOL: un proyecto de servicios de imagen médica

BIG DATA Biobancos Comunicaciones Almacenamiento de datos: Nube

Donantes sanosPacientes

Datos

Procesamiento muestras

Research center

Muestras y datos

BiobancosSociedad

Funcionamiento de los biobancos

DATOS

MUESTRAS

https://www.contractlaboratory.com/labclass/product_entryform.cfm

Biobank 2

Biobank n

Biobank 3

Biobank 1

Many queries based on diagnosis for each biobank

40 colon adenocarcinoma

1. SITUATION BEFORE THE BIOPOOL PROJECT

Issues to be solved

Data dispersion

Different languages

Different data set format•TEXT DATA SET

Less usage of data

Less accessibility

Many queries to find a specific sample or enough

number of samples

1. Biobanks are misused

National Bioethics Advisory Commission estimated that there were 282 million specimens in the US

2. IDEA: DEVELOPMENT OF DIGITAL BASE DATA

Tumor surgically removedLung tumor processedto histological slide

Lung with tumor

Digital scanning of histological sections

Central server of Biobank

Histological images

Associated Clinical dataTumor Imagen

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&docid=NYjRIDPbAW3XHM&tbnid=L-jA36Cw4uqsbM:&ved=0CAUQjRw&url=http%3A%2F%2Fmedicablogs.diariomedico.com%2Fjmsanz%2F2010%2F05%2F08%2Fadenocarcinoma-de-pulmon-de-origen-ocupacional%2F&ei=-SJoUurHC4So0AXgq4C4Cw&bvm=bv.55123115,d.d2k&psig=AFQjCNEMBdoNsuS25fNgfCnPmsNRljNzFQ&ust=1382642770382414

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&docid=dnCi4q4JBtZ9TM&tbnid=dfrRGuhCPVRw9M:&ved=0CAUQjRw&url=http://powertripberkeley.com/guggenheim-museum-imagesguggenheim-bilbao-jan05/&ei=if5aUprQGeXK0AWx1YHIBg&bvm=bv.53899372,d.d2k&psig=AFQjCNGvnPQwiQEi7Bi3xJDMADeTFvd0nA&ust=1381781506144455

Datos morfológicosDatos diagnóstico APDatos

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&docid=jteT0ok_Xz3KBM&tbnid=_8V_7B7pkdMOEM:&ved=0CAUQjRw&url=http://www.ciberdem.org/biobanco.php&ei=BhNfUtTwPMi20QW53oHYAQ&bvm=bv.54176721,d.d2k&psig=AFQjCNEQ9kdSA0MjvKbNVNZaGHePYZDhBQ&ust=1382048881956946

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&docid=o0FTZxwiHZbwkM&tbnid=IZ6BlEba7hwJzM:&ved=0CAUQjRw&url=http://www.redbiobancos.es/secciones.aspx?i=26&ei=KRNfUoTqK6i00wWhvgE&bvm=bv.54176721,d.d2k&psig=AFQjCNEQ9kdSA0MjvKbNVNZaGHePYZDhBQ&ust=1382048881956946

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&docid=_Y__Ha_p2Od0nM&tbnid=4FKIpdfDLdOT5M:&ved=0CAUQjRw&url=http://www.fmdv.org/Es/Noticias/Paginas/ELBIOBANCOVALDECILLAYAENELREGISTRONACIONALDEBIOBANCOS.aspx&ei=bxNfUv2_AYem0AW704DACA&bvm=bv.54176721,d.d2k&psig=AFQjCNF8ePSh9wUPhM4RbnvsvvVAoK2_Dg&ust=1382048990684340

2. IDEA: DEVELOPMENT OF DIGITAL BASE DATA

Biobank 3

Biobank 4

Biobank n

Biobank 1

Biobank 2

Tumor surgically removedLung tumor processedto histological slide

Lung with tumor

Digital scanning of histological sections

Central server of Biobank

Histological images

Associated Clinical data

Búsquedas basadas en texto y/o imágenes

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&docid=4DWLEBQPPTlDEM&tbnid=bI10D9B5IH_phM:&ved=0CAUQjRw&url=http://mpilarmarquez.wordpress.com/2011/04/02/seminario-desarrollo-tecnologico-de-la-red-web-1-02-0-y3-0/&ei=AKArUpfVB-yb0wXhq4CoBg&bvm=bv.51773540,d.d2k&psig=AFQjCNHE6TKeNdaZQYBokijnj3vw-qk7vA&ust=1378676992090961

Red de biobancos y hospitales

Investigador

BIOPOOL: Web 3.0 interface

Servicios BIOPOOL

DocenteMédico

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=investigador&source=images&cd=&cad=rja&docid=B9R8t3eMcBx98M&tbnid=C0DmOkv6RcviSM:&ved=0CAUQjRw&url=http://190.26.202.205/index.php?idcategoria=27970&ei=tBCMUcbKDcfH0QWPyYCoCA&bvm=bv.46340616,d.d2k&psig=AFQjCNEIgQKYrxBcflNnjjdey97Kb1ny0w&ust=1368220113403955

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=docencia&source=images&cd=&cad=rja&docid=L9ew7jRypV8PFM&tbnid=Ka1wcEC7NXAtFM:&ved=0CAUQjRw&url=http://definicion.de/docente/&ei=9hCMUcqFH6Gc0wX9lIGQAw&bvm=bv.46340616,d.d2k&psig=AFQjCNECOzuN8U7C7dYtKXB-dgrTShSQtg&ust=1368220265900913

Application to the call: FP7 ICT 2011.4.1 SME initiative on digital content and languages

7 partners

1 non-profit public body.

2 Research Centres

3 SMEs

1 University From 4 different countries

3. THE COMPOSITION OF THE CONSORTIUM

Buscador de muestras BIOPOOL

RESULTADO OBTENIDOS

www.biopoolproject.eu

http://www.biopoolproject.eu/

BIOPOOL prototype

Search engine result

Problemas a resolver

• Almacenamiento de datos

• Comunicaciones: envío de datos

Problemas de comunicaciones y almacenamiento

•2000-3000 imágenes/año•0.5-10 GB/imágen•Diferentes formatos de almacenamiento•Diferentes tipos de fichero

Almacenamiento de imágenes: Nube privada

Biobanco Vasco

Edificio centraldel Sistema sanitario

Proveedor de servicios de nube privada: almacenamiento de imágenes

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&docid=K0RIj9eTSZP8yM&tbnid=WbrGJlCysxF9PM:&ved=0CAUQjRw&url=http://velocidad.es/proveedores/euskaltel/&ei=Oy9gUuzSHvOY0AWayoGYDA&bvm=bv.54176721,d.Yms&psig=AFQjCNF5iziaoG7EBeDWBavgvEXuHt26AQ&ust=1382121632435949

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&docid=U8li-Ss5rB23FM&tbnid=a6SL6MfydpJQLM:&ved=0CAUQjRw&url=http://udaikastaroak.i2basque.es/cursos/&ei=3TBgUojjB82k0AX6w4GgCw&bvm=bv.54176721,d.Yms&psig=AFQjCNEZnnLE_EfjlFCZlZKNxgSogsUq3g&ust=1382122053524237

Nube BiobancoCentro 1 Centro 2 Centro n

. . .

Almacenamiento centralizado de

imágenes ÍNDICE

BBDD

ÍndiceGestiónDescarga visualiz.Miniaturas

INTERNET

INFRAESTRUCTURA EN CLOUD COMPUTING (IaaS)

MPLS

MPLSMPLS

BACKUP(Remoto)

Usuarios

GestoresAdministradoresDesarrolladores

2 TB

CompresiónEstandarizaciónComunicación

2 TB


2 TB


Recomendaciones de AEPD I•La jurisdicción aplicable es la española•El cliente tiene que dar su conformidad a la participación de terceras empresas, al menos delimitando genéricamente los servicios en los que participarán •A la terminación del contrato, a entregar toda la información al cliente en el formato que se acuerde.•El cliente debe tener la opción de exigir la portabilidad de la información a sus propios sistemas de información o a un nuevo prestador de cloud cuando considere inadecuada la intervención de algún subcontratista o la transferencia de datos a países que estime no aportan garantías adecuadas.•Deben preverse mecanismos que garanticen el borrado seguro de los datos cuando lo solicite el cliente y, en todo caso, al finalizar el contrato

Flujo de datos en el proyecto BIOPOOL

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=investigador&source=images&cd=&cad=rja&docid=B9R8t3eMcBx98M&tbnid=C0DmOkv6RcviSM:&ved=0CAUQjRw&url=http://190.26.202.205/index.php?idcategoria=27970&ei=tBCMUcbKDcfH0QWPyYCoCA&bvm=bv.46340616,d.d2k&psig=AFQjCNEIgQKYrxBcflNnjjdey97Kb1ny0w&ust=1368220113403955

http://www.google.es/url?sa=i&rct=j&q=docencia&source=images&cd=&cad=rja&docid=L9ew7jRypV8PFM&tbnid=Ka1wcEC7NXAtFM:&ved=0CAUQjRw&url=http://definicion.de/docente/&ei=9hCMUcqFH6Gc0wX9lIGQAw&bvm=bv.46340616,d.d2k&psig=AFQjCNECOzuN8U7C7dYtKXB-dgrTShSQtg&ust=1368220265900913



Cumplimiento de la normativa legal

GRACIASEskerrik asko

Oihana Belar 1 , Sergio Bartolomé 2 , Josu Aramberri 3 Roberto Bilbao 1

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