Obliczanie wartości sygnałów w deterministycznych i stochastycznych modelach ścieżek sygnałowych Paweł Lachor, Institute of Informatics, Silesian University of Technology Krzysztof Puszyński, Institute of Automatic Control, Silesian University of Technology
13
Embed
Obliczanie wartości sygnałów w deterministycznych i stochastycznych modelach ścieżek sygnałowych
Obliczanie wartości sygnałów w deterministycznych i stochastycznych modelach ścieżek sygnałowych. Paweł Lachor , Institute of Informatics, Silesian University of Technology Krzysztof Puszyński , Institute of Automatic Control, Silesian University of Technology. Zrealizowane projekty. - PowerPoint PPT Presentation
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Obliczanie wartości sygnałów w deterministycznych i stochastycznych modelach ścieżek sygnałowych
Paweł Lachor, Institute of Informatics, Silesian University of TechnologyKrzysztof Puszyński, Institute of Automatic Control, Silesian University of Technology
Zrealizowane projekty
• Wizualizacja i analiza modeli ścieżek sygnałowych• Slover stochastyczno-deterministycznych modeli
2
Narzędzie do wizualizacji• Prostota obsługi• Interaktywność• Uniwersalność (można przestawić dowolne ekserymenty)• Platforma Action Script• System łatwy w rozbudowie o kolejne funkcjonalnosci• Prosty XML format danych wejściowych
3
4
Timelapse fluorescence images of one cell over 29 h after 5 Gy of gamma irradiation. Nuclear p53-CFP and Mdm2-YFP are imaged in green and red, respectively.
„Oscillations and variability in the p53 system” by Naama Geva-Zatorsky
5
6
Gen
etic
regu
lato
ry c
ircui
ts
Exploring mechanisms of oscillations in p53 and NF- кB systemsHat Beata, Krzysztof Puszyński and Tomasz Lipniacki, IET Systems Biology, SYB-2008-0156.R1
Model of dynamics of regulatory interactions between p53 and Mdm2.
The "Toy" model involving interlinked positive and negative feedbacks.
7
Aplikacja w akcji
8
Slover
• Pojawił się problem długotrwałych obliczeń w śrdowisku MATLAB.
• Zgodnie z postulatem Haseltine’a i Rawlingsa, planował realizację algorytmu Gillespiego dla wolnych reakcji w połączeniu z równaniami różniczkowymi zwyczajnymi w celu przybliżeń deterministycznych.
9
System• Został zrealizowany w C++• W pełni obiektowo• Zachowana została prostota rozbudowy• Cały silnik jest stworzony w postaci singletonu który można
zaimportować do innego systemu i łatwo go tam obudować• Zarządzanie pamięcią zostało zoptymalizowane
• W początkowej fazie problem było zaproponowanie szkieletu który musi jak optymalnie realizować obliczenia• Utrudnia tutaj zadanie fakt iż ma być zachowana całkowita
prostota przy tworzeniu plików modelu, parametrów i w przyszłości wejść. 10
Model i parametryA 1 (p[01]+(p[02]*(p[10]/(p[10]+AB))))+{p[05]*AB}{p[06]*(A*(B*(C/(C+p[09]))))}+(p[11]*A) 0C 1 (p[03]*(p[07]/(AB+p[07]))) (p[12]*C) 48B 0 {p[04]*(C*(p[08]/(C+p[08])))}+{p[05]*AB}{p[06]*(A*(B*(C/(C+p[09]))))}+{p[13]*B} 32AB 0 {p[06]*(A*(B*(C/(C+p[09]))))} {p[05]*AB}+{p[14]*AB}