Savremene metode za Savremene metode za tipizaciju grupe A tipizaciju grupe A streptokoka i streptokoka i distribucija serotipova i distribucija serotipova i genotipova u Srbiji u genotipova u Srbiji u periodu od 1991. do 2007. periodu od 1991. do 2007. godine godine Nataša Vučković Opavski Nataša Vučković Opavski Institut za mikrobiologiju i Institut za mikrobiologiju i imunologiju imunologiju Medicinski fakultet Beograd Medicinski fakultet Beograd
32
Embed
Nataša Vučković Opavski Institut za mikrobiologiju i imunologiju Medicinski fakultet Beograd
Savremene metode za tipizaciju grupe A streptokoka i distribucija serotipova i genotipova u Srbiji u periodu od 1991. do 2007. godine. Nataša Vučković Opavski Institut za mikrobiologiju i imunologiju Medicinski fakultet Beograd. Streptococcus pyogenes. - PowerPoint PPT Presentation
Welcome message from author
This document is posted to help you gain knowledge. Please leave a comment to let me know what you think about it! Share it to your friends and learn new things together.
Transcript
Savremene metode za Savremene metode za tipizaciju grupe A tipizaciju grupe A
streptokoka i distribucija streptokoka i distribucija serotipova i genotipova u serotipova i genotipova u
Srbiji u periodu od 1991. do Srbiji u periodu od 1991. do 2007. godine2007. godine
Nataša Vučković OpavskiNataša Vučković Opavski
Institut za mikrobiologiju i imunologiju Institut za mikrobiologiju i imunologiju
Medicinski fakultet BeogradMedicinski fakultet Beograd
• S. pyogenes = grupa A streptokoka (GAS) je vrlo važan član roda Streptococcus
• Isključivo je patogen ljudi; prenosi se respiratornim kapima ili
direktno, preko inficiranih rana
• Kolonizuje gušu i kožu
• Najčešće izaziva neinvazivne infekcije guše i kože; sporadični slučajevi teških invazivnih bolesti sa visokim procentom mortaliteta
Klinički tok invazivnih bolesti – STŠS i NF je vrlo dramatičan
sa visokom stopom letaliteta
Streptococcus pyogenesStreptococcus pyogenes
• GAS je vrlo važan uzročnik morbiditeta i mortaliteta ljudi
širom sveta (procena je 517,000 smrtnih ishoda svake godine)
• U Evropi je prosečna godišnja stopa incidence invazivnih
bolesti izazvanih GAS 0,3 - 3/100.000 (StrepEURO, 2003-04.)
• U SAD je prosečna godišnja stopa incidence invazivnih
bolesti izazvanih GAS bila: 3,2 - 3,9/100.000 (CDC, 2008.)
Streptococcus pyogenesStreptococcus pyogenes
Mortalitet
Evropa: 20% (50% STSS i 25% NF)
SAD: 10 - 15% (32% STSS i 25% NF)
• Najviša incidenca invazivnih oboljenja je među osobama ≥65
godina (9.4 slučaja na 100,000 ljudi) i kod dece <1 godine
starosti (5.3 slučaja na 100,000 ljudi)
• -laktamski antibtioci su lek izbora
• Vakcinacija - 26-valentna vakcina; u 2. fazi kliničkih ispitivanja
• Praćenje trendova u epidemiologiji oboljenja GAS preko tipizacije sojeva
Za epidemiološke studije, laboratorijska istraživanja i razvoj vakcije je od izuzetnog značaja tačna tipizacija izolata GAS
Strategije kontroleStrategije kontrole
Streptococcus pyogenesStreptococcus pyogenes
Tipizacija M-proteina
Tipizacija T-proteina
OF-tipizacija
emm tipizacija
PFGE
Multilocus sequence typing (MLST)
Klasićna karakterizacija - Klasićna karakterizacija - fenotipske metode fenotipske metode
Molekularnemetode –genotipizacija
Dr. Rebecca Lancefield je 1928.god. napravila sistem za
tipizaciju grupe A streptokoka (GAS) koji bazira na varijabilnim
antigenskim karakteristikama
termostabilnog površnog proteina.
Tipizacija M proteina - M sTipizacija M proteina - M seroerotipizacijatipizacija
Streptococcus pyogenesStreptococcus pyogenes
Metoda po Lancefield-ovoj bazira na tretmanu kulture GAS u Todd-Hewitt bujonu, ključalom HCl. Prečišćeni ekstrakt je korišćen u testu kapilarne precipitacije da bi se odredio tip M proteina GAS. Na osnovu ekspresije M antigena je napravljena klasifikacija GAS.
apoproteinazu – površni protein, koji funkcioniše kao
enzim i koji reaguje sa lipoproteinima u serumu sisara,
dovodi do povećanja zamućenja seruma
Soj GAS može biti ili OF pozitivan ili OF negativan i
korelira sa M tipom
OF enzimi su OF tipski specifični, jer svaki M tip koji
produkuje OF može indukovati tipski specifična antitela
koja se mogu koristiti u testu inhibicije OF
Iako nisu tako specifične metode kao M
tipizacija, T tipizacija i OF tipizacija predstavljaju
vredne tehnike zbog mogućnosti da se efikasno i
relativno jeftino predvidi M/emm tip
Ponovna pojava reumatske groznice i pojava teških
infekcija izazvanih GAS tokom 1980tih i 1990tih, sa
visokim procentom sojeva koje nije bilo moguće
tipizirati M serotipizacijom, je ukazala na potrebu za
preispitivanjem strategija tipizacije GAS
Pravljenje antiseruma za M tipizaciju je vrlo zahtevno
i skupo
Okretanje ka neserološkim sistemima tipizacije i
uvođenje tehnike sekvencioniranja gena koji
kodira sintezu M proteina (emm gena)
emmemm tipizacija tipizacija
mga fcrA emm scpAenn
velikiveliki virvir-regulon-regulon
mrp sph
Regulator Regulator Gen za M protein Gen za M protein (centralni gen)(centralni gen) C5a
peptidaza
Superfamilija emm gena – sastoji se od više od 20 gena koji kodiraju M i M-like proteine, koji imaju svojstvo vezivanja za Ig; Svaki soj GAS ne mora imati ceo set ovih gena. Na osnovu broja i organizacije emm subfamilije gena, postoji 5 glavnih emm hromozomskih profila (pattern-a) (A-E).
superfamilija superfamilija emmemm gena gena
emm sekvencioniranje se zasniva na određivanju
sekvence ~ 200 baznih parova na 5‘ kraju emm gena
(centralni gen u superfamiliji emm gena)
emm tipizacija se zasniva na upotrebi dva vrlo
konzervirana prajmera, kako
bi se umnožio veći deo
emm gena
Metoda je opisana 1990tih god.Kaufhold Kaufhold et al.et al. FEMS Microbiol Lett 1994;119:19-26FEMS Microbiol Lett 1994;119:19-26Whatmore Whatmore et al.et al. Mol Microbiol 1994;14:619-631 Mol Microbiol 1994;14:619-631Beall Beall et al.et al. J Clin Microbiol 1996;34:953-8 J Clin Microbiol 1996;34:953-8
Website koji održava CDC (Centres for Diseases and Control and Prevention)
Baza podataka, koja se može pretraživati i koja sadrži podatke o svim potvrđenim emm tipovima i podtipovima, kao i privremenim tipovima i podtipovima
Karaktersitike sajta: Određivanje tipa i subtipa posle sekvencioniranja u lab Pretraživanje tipova Protokoli Publikacije U bazu podataka se neprekidno dodaju sekvence gena
novih emm tipova (privremeni tipovi „st“)
Definicija tipa se zasniva na identifikaciji 90 baza koji kodiraju 30
aminokiselina smeštenih na N terminalnom delu M proteina
Određivanje Određivanje emmemm tipa/podtipa tipa/podtipa Poređenje sa bazom podataka CDC Poređenje dobijenih sekvenci sa
referentnim sekvencama korišćenjem baze podataka CDC
www.cdc.gov/ncidod/biotech/strep
Princip
> 92% homologije sa 90bp – tip
bilo koja izmena u prvih 150bp – podtip
U ovom trenutku postoji više od 110 zvanično
definisanih emm tipova (emm-1 do emm-124)
emm tipovi se dalje dele na subtipove na osnovu
minornih varijacija u sekvencama 150 baza (kodiraju
50 AK) unutar tipski specifičnog hipervarijabilnog
regiona emm gena. Momentalno postoji preko 800
emm subtipova.
Postoji skoro uvek 1:1 odnos između
5‘ emm tipa sekvence i M serotipa, tj.
M tip korelira sa emm tipom
M tip emm tip OF gen za OF T tip/ T pattern
1 1 N Neg 1 (1/3/13/B3264)
2 2 P Poz 2 (2/28; 8/25/Imp19)
3 3 N Neg 3/13/B3264 (NT; 1)
4 4 P Poz 4 (NT; 8/25/Imp19; 4/28)
5 5 N Neg 5/27/44 (NT; 11/12)
6 6 N Neg 6 (NT)
7 Nije ustanovljeno
Nije ustanovljeno
Nije ustanovljeno
M – 7 ne postoji (pripada grupi C BHS)
8 8 P Poz 8/25/Imp19 (T14; NT)
9 9 P Poz 9 (14;5I9; 9/3/B3264; 11/12)
Primer je dat na prvih 9 M tipova
...koja je izvedena da bi se procenila karakterizacija GAS u 11 strep - EURO i 7 drugih streptokoknih referentnih centara
Sekvencioniranje emm gena se koristi u većini centara,
obezbeđujući visok stepen tipizacije sojeva i izuzetnu
podudarnost rezultata
Sekvencioniranje emm gena se pokazalo kao visoko
precizna i pouzdana metoda i idealna alternativa M tipizaciji.
Za karakterizaciju sojeva su od velikog značaja i fenotipske metode – T tipizacija i OF tipizacija.
International Quality Assurance Study for Characterization of International Quality Assurance Study for Characterization of Streptococcus pyogenes. Streptococcus pyogenes. Members of the Strep-EURO Study Members of the Strep-EURO Study Group and International Streptococcus Reference Laboratories and Androulla Efstratiou; Journal of Clinical Microbiology, Group and International Streptococcus Reference Laboratories and Androulla Efstratiou; Journal of Clinical Microbiology, 2007, 45:1175–1179.2007, 45:1175–1179.
Molekularna tipizacija sojeva
Pulsed-field Gel Electrophoresis (PFGE) – elektroforeza u pulsnom polju
PFGE se zasniva na upoređivanju profila DNK fragmenata u agaroza gelu
Bacterial CellIntact bacterial cells embedded in agarose
Intact bacterial DNAsuspended in agarose
2. Lysis of cells
3. Restriction enzyme digestion of DNA
Fragments of bacterial DNAsuspended in agarose
1. Cell suspension
4. Electrophoresis
1. Suspenzija ćelija
Bakterijska ćelija
2. Liza ćelija
Intaktne bakterijske ćelije uronjene u agarozu
3. Digestija DNK, restrikcionim
enzimima
4. elektroforeza
Intaktna bakterijska DNK suspendovana u agarozi
Fragmenti bakterijske DNK suspendovani u agarozi
Molekularna tipizacija soja
Pulsed-field Gel Electrophoresis (PFGE)
-291 kb-194-145.5
- 97
- 48.5
PFGE se zasniva na nekarakterističnim razlikama u genomu između izolata jedne bakteriijske vrste. Genetske varijacije koje se registruju ovom metodom se akumuliraju relativno brzo, te je vrlo pogodna za kratkoročne epidemijske studije.
Analiza razlika u 7 “housekeeping” enzima, tj. gena koji
kodiraju te enzime
“Housekeeping” geni su prisutni u svakom organizmu.
Visoko su konzervirani, a njihovi produkti su od vitalnog
značaja za svaki organizam
Mutacije u njima su selektivno neutralne
Variajacije u ovim genima se akumuliraju relativno sporo
– pogodno za dugoročne epidemiološke studije (analiza
Streptococcus pneumoniaeStreptococcus pneumoniae – – Po završenom sekvencioniranju svih 7 gena se šalje zahtev na sajt http://www.mlst.net/databases . Dobijeni alelni profiil je
Sequence Type
aroe gdh_ gki_ recP spi_ xpt_ ddl_
Query 8 13 14 4 17 4 14
1.
4.
Za svaki od 7 gena se svaka različita sekvenca označava određenim alelnim brojem i svaki izolat se definiše kao serija 7 brojeva - alelni profil, koji definiše tip sekvence - sequence type (ST)
Izolati sa identičnim alelnim profilom imaju isti sequence type (ST)
Za ovaj soj je Za ovaj soj je sequence type sequence type (ST) (ST) 199199
Zamena M/Zamena M/emmemm tipova – M11/M18 su zamenjeni tipovima M/ tipova – M11/M18 su zamenjeni tipovima M/emmemm1 i M/1 i M/emmemm 3 3Pojava novih Pojava novih emmemm tipova (M/ tipova (M/emmemm 28, M/ 28, M/emm emm 50 i M/50 i M/emm emm 58)58)
Faringealni izolati – 93% izolata pripada Faringealni izolati – 93% izolata pripada najčešćim 8 najčešćim 8 emmemm tipovima tipovima
Infekcije kože – 63% izolata pripada 10 Infekcije kože – 63% izolata pripada 10 emmemm tipovima; 37% izolata pripada 21 tipovima; 37% izolata pripada 21 emmemm tipu tipu
Tokom 17-godišnjeg perioda je došlo do zamene nekih
M/emm
Postoji heterogenost tipova GAS u Srbiji (posebno kožnih
izolata)
Postoje značajne razlike u distribuciji emm tipova